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文檔簡介
1、MBOAT7在肝癌組織中的表達及其生物信息學功能分析MBOAT7在肝癌組織中的表達及其生物信息學功能分析 |0.5|為標準。用在線分析工具 :/bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/做韋恩圖,并獲得前兩者共同的基因。 1.3 預報MBOAT7生物學功能 利用Cytoscape3.7對MBOAT7共表達基因進行GO和KEGG信號通路富集分析,篩選條件以P 2.2 MBOAT7共表達基因生物信息學分析 利用cBioPortal和LinkedOmics分析TCGA肝細胞腫瘤數(shù)據(jù),獵取76個與MBOAT7共表達的基因,結(jié)果見圖2-A。通過Cytoscape
2、3.7進行GO分析,發(fā)覺MBOAT7共表達基因主要富集在amide transmembrane transporter activity、snRNP binding、hydro-lyase activity等過程P<0.05;KEGG通路分析,發(fā)覺MBOAT7共表達基因主要富集在beta-Alanine metabolism、Propanoate metabolism、Valine,leucine and isoleucine degradation等過程P<0.05。通過STRING分析,MBOAT7在細胞信號轉(zhuǎn)導通路中處于重要位置,PPI富集P<0.01,節(jié)點數(shù)為77。通
3、過Cytoscape軟件對PPI數(shù)據(jù)進行可視化處理,運用MMH法選擇出CAT、TRIM28、H2AFX、SNRPD2等10個在MBOAT7共表達基因中起關鍵重用的基因,結(jié)果見圖2-B。3 商量.目前討論說明,MBOAT7參加磷酸肌醇重構(gòu)的過程,促進花生四烯酸AAs與溶血磷脂酰肌醇的連接,降低花生四烯酸的含量13。MBOAT7 rs641738促進肝病的進展,參加炎癥、纖維化等過程14。目前MBOAT7在肝細胞癌中的討論較少。最近有意大利和英國人群的報道,MBOAT7與非酒精性脂肪肝病進展為HCC的過程有相關性,提示MBOAT7可能在HCC的發(fā)病及進展中起著重要作用15。生物信息學通過整合和充分
4、利用目前浩瀚的數(shù)據(jù)資源,為討論提供新的思路和理論支持。本討論首先利用GEPIA 數(shù)據(jù)庫討論MBOAT7轉(zhuǎn)錄水平上在肝細胞腫瘤的表達狀況。 結(jié)果顯示,肝細胞腫瘤組織中MBOAT7表達水平均顯著高于正常對比組織,且MBOAT7基因在肝細胞腫瘤中高表達患者與低表達患者相比,總生存率降低。接著,利用Cytoscape3.7分析發(fā)覺,MBOAT7基因在細胞信號轉(zhuǎn)導通路中處于重要節(jié)點位置,參加調(diào)整很多生理過程,但主要集中在物質(zhì)代謝過程, 提示物質(zhì)代謝在腫瘤的發(fā)生進展中起著重要作用。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互相作用網(wǎng)絡分析,提示CAT、TRIM28、H2AFX、SNRPD2等基因可能與 MBOAT7有緊密關系,但需要進一步的試驗驗證。綜上所述,應用數(shù)據(jù)庫可進行數(shù)據(jù)挖掘,預報MBOAT7在肝細胞細胞腫瘤中呈高表達狀態(tài),且影響患者預后,
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