1、MAFFT多重序列比對圖解教程2014年07月14日/Bioinformatics/字號小中大/暫無評論/閱讀793次點(diǎn)擊加入在線收藏夾【絮語】提到多重序列比對，很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx為ClustalW的GUI版)，其實(shí)有一款多重序列比對軟件-MAFFT，不論從比對速度(MuscleMAFFTClustalWT-Coffee)，還是比對準(zhǔn)確性(MAFFTMuscleT-CoffeeClustalW)來說，其相比于ClustalW(或ClustalX)有過之而無不及，所以這里強(qiáng)烈推薦使用MAFFT這款多重比對軟件。PS:不同比對軟件的比較，有興趣的童鞋可以下載這篇文

2、章看看：Alignmentuncertaintyandgenomicanalysis.Science,2008MAFFT官方網(wǎng)站：http:/mafft.cbrc.jp/alignment/software/支持平臺(tái)：MacOSX、Linux、WindowsWindows32位版本：http:/mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip64位版本：http:/mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip請根據(jù)自己操作系統(tǒng)選擇相應(yīng)版本下載awCndowEsystem3

3、2cmd.exeMftFFTCopyMyht：2013KazutakaXatohNflR39；HBElbeu/nst010http；/nafftchrcjp/aligfnment/software/Inputfile?Cffoiniat圖1MAFFT主界面簡明操作流程：1.載入序列文件將FASTA格式的待比對序列文件:如:TMV.fas)復(fù)制MAFFT的根目錄下:當(dāng)然也可以放任意位置只有找得到)雙擊mafft.bat啟動(dòng)MAFFT，此時(shí)提示輸入文件(Inputfile?)，在后面輸入示例的TMV.fas，也可以直接將文件拖入窗口(注意有個(gè)+，說明當(dāng)前是拖放狀態(tài))，如下圖所示：:HC:Windo

4、wssystem3exeMfiFFTu7.023bC2(513/92/33Copyr-ig-h七(c2313Mazu七比1比MatohMAR2039S933&,NBEdo1:13.1093/nolbeu/mst010CInpresshttp：Z/inaff七.cbrc.Jp/alijfnnient：/*s：oFiJ5ii?e5z*Inputfile?(?D-,.Bj-OGoftsmafftw:n7.3231MU.FasOK.jnfile=D:BiQGoFts：jiiaFFtwin?.323?111_FasOutput1le?&加載后回車，當(dāng)顯示OK時(shí)說明載入文件成功。2.設(shè)置輸出信息輸出文件名

5、稱自定義，擴(kuò)展名任意，這里保留原擴(kuò)展名，輸出文件名為TMV-out.fas，確定后回車。輸出文件格式，建議用3或4,這里在后輸入4后回車，此時(shí)出現(xiàn)MAFFT三種主要比對策略的5個(gè)選項(xiàng)，如下圖：awC:Wind塵竺竺OutputFi_Le?邑TMllDiit.FasOK.outfj.Le=TMUout.Fas：Outputfornafc?GLustalfarnatGLustalfornatFastafornatPastafamatPhylipfopintPhylipfopmat1.2./Sorted/Inputorder/Sorted/Inputorder/Sorted/Inputoidep=一

6、一input&id&rGtratejjy?1. autzo2. FFT-NS-i3. FFT-NS-24. G-IHS-i5L-IHS-i&.E-INS-ieiCd&fAultCaGGiiratc?Caccurate?當(dāng)你無法確定時(shí)候，建議用第1種的-auto模式，讓MAFFT根據(jù)序列的特點(diǎn)自動(dòng)選擇相應(yīng)的比對策略，輸入1后回車。當(dāng)不需要附帶參數(shù)時(shí)，直接回車。3.開始多重比對切設(shè)置完畢，輸入Y回車，程序自動(dòng)開始比對。SBC:Vlzindowssystem32cmd.exeKtjratec(ry?1-auto2. FFT-HS-i3. FFT-HS-24. G-IHS-iI5.L-INS-i6.E

7、-INS-i01OK.argunentsacciacciCaGGurate=autoinputorderAdditionalargunenits：?Ceptt,optt,kappatt,etccommand二,FD:ZBiosofts/nafft-win7ft-win7023/THUfas：11TMUoutFrs“OK?EVJV.autoinputoidep,FD：ZBiosoFtsZma準(zhǔn)備就緒國BC:Windowssystem32cmd.exe:PpocfpessiuealigninenitSTEP50/50fdone：.D：BiosoFtsMTiafftwin?023vsjnslibMn

8、afFtdist七bFns七.exeUevsion7.023balgft.model=DMA200C2,1.530C4590.-0.000C-0.0000threadrutbread=0lblos：uni62/klmura200cjeneratIng200PAMscopingmatrixFornucleotidesdonedonedonescorentx=-1GapPenalty=-1.53.+-0.00,+0.00Makingradistancenatrix40/50doneConstniGtingaUPGMAtree40/51dome.ProgressivealignmenitSTEP18

9、Z50fT80S88Z.9eT/6o|q/i70Z.T008S/LUO3-bb-auozbuasn/:duq:早日晳采另畀不串目apeqsxai()ZffXXl*1aIxiTUIIaixiI8XLIZ0X1I1S11IJ1X1,1JiIJLII011IXffALXxvxi-i19AllTAX11zamuajKiiTRai8*IIXIX1X才：F：-的ZDAAI工Blill.ZtlXlrAHiiMaXMBXTgAlllTXSsQrTAaBI曲F3I1I工FUABlim城劃日tFJJIJI,EIBXOXKHJXHAX11XBOIvUnJIJIlrpi.8aasifvarj.iHaHivxixxsS

10、TnnaiHV1ItXBKIXlsOJ.rlAJLKtt疋為扁心書HPjiDAVlJiM:Bl畜輕，歸沖dydSm/Wq-加!dSm/yd:q!7d!_ids9:d!叫:書網(wǎng)第丑另畀另金ldudS3(乙)4X】If-RF：ftwwTZTiAVSSXVXlItACSXIXlflfiTAJIKV?ri/haaaoKBinABRiixM0OTr.fLXifvrlfXRAHBlIXanSinAKY巫電獨(dú)號電蠱電3lABSdVAan-!；TnXBBX1J.WflDilAHirv3AaaV03SlHABSl&XaOxiAJ(HI3f&t4M)xxa-LMBAa工噫工直=乞工勺juuXnsxvnifh亶sm

11、itiSKAlltf8T911XO011MyBxvaxicx皤1isxriav9X0131巾屈直甞*171超TSTff1!VTSJffHI70XQI1V1CIfXV1BMSSS93390SJHq-wPFqqqqqssg1自mR燈EhXI車X10XIrTTITTflos9EO8IQ6*B4-ILBESTSL曲!?:(XpuiejXq)虱摩搦國apeqsxog古澹另畀i紳岡宜Wl呈旱辜訝丁網(wǎng)里虱摩宙剝關(guān)申|Lum-LUJofxO9/9-ieMjos/6joiauqLua-q3-MMM/:duq:書網(wǎng)第丑(另畀曰諾)apeqsxog(i)逵另畀睹日申趙習(xí)咄紳重號：期T回1=1ax-apuun乜iwaisAs5MtpuBSAQP1.PR0AQP2.PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5.PROconsensusLGLgLSCQlE副MBIVQC