1、Lammps初學(xué)者in文件中文解析（1）初始化Units :L = H-H H-H L-J n IUnits命令是用來(lái)設(shè)定模擬的原子類(lèi)型。Un its style (lam mps 現(xiàn)在提供的有 style=LJ、real、metal、si、cgs、electr on)LJ是硬球模型Real是真實(shí)的原子模型Metal是金屬原子模型Si是硅（半導(dǎo)體）原子模型CgsElectro n是電子模型Dimension :I HH HH = H HH = = H H 1HH HH H H HHH HH H H HHH HH H H H KHZH HH KH H H H H HH HH H H HHH H

2、H H H HIDime nsion命令是用來(lái)定義模擬的維度，默認(rèn)情況為三維。Dimension N (N=2, 3)Boundary :Boun dary命令是用來(lái)設(shè)定模擬的邊界條件。Boundary x y z （x，y，z=p，s，f，m四種類(lèi)型中的一種或者兩種）P是周期性邊界條件S是自由邊界條件（但是具有收縮性）F是固定邊界條件M是具有最小值的自由邊界條件（但是具有收縮性）HH H HHHH HH n H HH H HHH HH H H HHH HH H H HHH HH H H H * H HH H n H H H H H HH HH H H HHH HH H HAtom-style

3、I1i Atom-style定義了模擬體系中的原子屬性。iJn H H HH HH HH H H HH HH H H HH HH H H HHH HH H H HHH HH H H HH HH H H H H H H H HH HH H H HHH HH H HDelete-atomsP air-style-pair-style定義了相互作用力場(chǎng)類(lèi)型，即勢(shì)函數(shù)IWH H H HH HH H H HHH HH H HIn H H HH HH HI(2) 原子定義Read-data/read-restartRead-data或 read-restart為從data或restart文件中讀取內(nèi)容來(lái)定

4、義原子。Lattice-lattice是用來(lái)原子類(lèi)型構(gòu)建模型晶格結(jié)構(gòu)。Lattice style scale keyword values.Style 表示點(diǎn)陣類(lèi)型，點(diǎn)陣類(lèi)型有 none sc、bcc、fee、hep、diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale表示構(gòu)建的點(diǎn)陣類(lèi)型的單位長(zhǎng)度Keyword表示后面可以追加0個(gè)或者多個(gè)關(guān)鍵字，關(guān)鍵字有origin、orienti spacing a1、a2、a3、basis各關(guān)鍵字意思為Regi onH H H HH HH H H H H HH HH H H H H H HH HH H H HH HH H H HHH HH H H

5、 H H H H HH H H H H H H H HH H H H H H HHH HH H H HIH H H HH HH HH H H HH HH H H HH HH H H HHH HH H H HHH HH H H HH HH H H H H H H H HH HH H H HHH HH H H HICreate-boxICreate-box命令用于在region box命令指定的區(qū)域內(nèi)創(chuàng)建一個(gè)模擬的盒I子。Create_box N regi on-IDN為使用該原子類(lèi)型進(jìn)行模擬Region-ID為使用區(qū)域的ID使用模擬域IH H H HH HH HH H H HH HH H H H

6、H HH H H HHH HH H H HHH HH H H H H H HH H H H H H H H HH HH H H HHH HH H H HCreate-atoms :Create-atoms用于在所創(chuàng)建的模擬的盒子中填充某種原子。Create_atoms type style args keyword values .H H H HH HH HH H H HH HH H 1HH HH H H H HH HH H H HHH HH H H H H H HH H H H H H H H HH HH H H HHH HH H HI(3) 設(shè)定:力場(chǎng)系數(shù)P air-coeff:模擬參數(shù)N

7、eighborNeighbor是定義Neighbor skin styleSkin 為Style 可取 bin、nsq、multiNeighbor-modify :Group:Timestep :Timestep是定義模擬的時(shí)間步長(zhǎng)。Timeste p dtDt為時(shí)間步長(zhǎng)（時(shí)間單位），默認(rèn)為1psHH H HHH HHH H HH n HH H H HH HH H H HHH HH H H HH HH H H H H H H H HH HH H H HHH HH H H HIReset-timestep :FixFix為定義對(duì)部分原子或者對(duì)系綜的操作。htt p:/lam mp s.sa nd

8、/doc/fix.htmlFix ID group-ID style argsID=指定的操作名稱編號(hào)（如1、2、3.）Grou p-ID=制定操作范圍的原子（如all）Style=B作內(nèi)容，如何操作Args=相關(guān)操作內(nèi)容的相關(guān)操作參數(shù)Fix-nvt :恒定N （原子數(shù)量）、V （體積）、T （溫度）對(duì)時(shí)間積分Fix-npt:恒定N、P、T對(duì)時(shí)間積分Unfix :Compute/compute-modify :輸出選項(xiàng)Thermo :Thermo命令用于定義每隔一定時(shí)間步長(zhǎng)輸出一次采樣內(nèi)容。Thermo N每隔N個(gè)時(shí)間步長(zhǎng)輸出一次采樣內(nèi)容至屏幕或者log文件Thermo_style

9、 :Thermo_style命令主要是用來(lái)說(shuō)明采樣的內(nèi)容，即輸出到屏幕或者LOG i 文件中的內(nèi)容。 (/doc/thermo_style.htmThermo_style style argsStyle=one multi、customArgs=特定的參數(shù)列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of attributesPossible attributes=step elaosed elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpuAtoms、temp、presspe、ke、otatal、

10、en thal py、Evdwl、ecoul、ep air、ebond eangleediheck eimp、Emol、elong、etail、Vol、lx、ly、Iz、xio、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、Celia、cellb、cellc、cella Ip ha、cellbeta、cellgamma、 c_ID、c_IDl、c_IDlJ、 f_ID、f_IDI、f_IDIJ、V_n ameDump :Dump命令主要是用來(lái)輸出計(jì)算后單個(gè)原子的相關(guān)信息的。Dump

11、ID group-ID style N file argsID :自己給這個(gè)dump命令定義的一個(gè)代號(hào)（自定義）grou p-ID :那些信息需要被輸出的原子群（預(yù)先定義好group）Style：類(lèi)型N:每經(jīng)過(guò)多少時(shí)間步輸出信息File：輸出名稱Args：相關(guān)參數(shù)（每個(gè)類(lèi)型不同）Restart:（4）運(yùn)行Run：Minimize :例一units metal # 單位為 lammps 中的 metel 類(lèi)型 bou ndary ppp #周期性邊界條件 atom_style atomic # 原子模式lattice fee 3.61 # Cu 的晶格常數(shù) 3.61 regi on box bl

12、ock 0 4 0 4 0 4 # x,y,z各方向上的晶胞重復(fù)單元數(shù)，也即區(qū)域大小 create box 1 box #將上述區(qū)域指定為模擬的盒子 create_atoms 1 box #將原子按晶格填滿盒子 pair_style eam #選取 Cu的EAM 勢(shì)作為模型Pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 勢(shì)文件名稱run 0 #運(yùn)行0步，僅為啟動(dòng)lammps的熱力學(xué)數(shù)據(jù)計(jì)算variable E equal pe #定義變量 E為系統(tǒng)總勢(shì)能 variable N equal atoms #定義變量 N為系統(tǒng)總原子數(shù)prin t "the nu mber o

13、f atoms & system energy now are $N $E" # 打印信息boundary 是周期性， 期性u(píng)nitsmetal#單位制定義為create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 #在該位置插入一個(gè)原子 min_style sd # 能量最小化模式， sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化參數(shù)， 指數(shù)越大最小化程度越深print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E"fix

14、 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系綜，原子數(shù)、體積和溫度保持不變;T=100Ktimestep 0.005 # 步長(zhǎng) 0.005fs run 1000 # 運(yùn)行 1000 步print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系綜，溫度由 100K 到 0.0001K run 1000 # 運(yùn)行 1000 步print "nvt performed,

15、temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 計(jì)算每個(gè)原子的勢(shì)能compute 4 all ke/atom # 計(jì)算每個(gè)原子的動(dòng)能compute 5 all coord/atom 3.0 # 計(jì)算每個(gè)原子的近鄰原子數(shù)dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 #將信息寫(xiě)入 dump.atom min_style sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化print &qu

16、ot;the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息例二p s s # 邊界條件，拉伸方向其余是自由邊界； 如果是薄膜拉伸則是兩個(gè)周期性， 塊體則是三個(gè)周metalatom_style atomic#原子類(lèi)型自動(dòng)neighbor 2.0 bin#截?cái)喟霃较嚓P(guān)的東西neigh_modifydelay 1 check yes鄰近原子列表更新速度#create geometrylattiee fee 3.61# 定義晶胞為fee,晶格常數(shù) 3.61Aregion box bloek 0 30 0 3 0 3#定義一個(gè)長(zhǎng)方體區(qū)域叫b

17、ox,長(zhǎng)30,寬和高是 3ereate_box 1 box#創(chuàng)建了這樣一個(gè)boxereate_atoms 1 box#在 box 里創(chuàng)建了一種原子mass 1 63.546#定義這種原子的質(zhì)量是 63.546# potentialspair_style eam# 定義勢(shì)函數(shù)是 EAMpair_eoef * * Cu_u3.eam#勢(shì)所需要的參數(shù)在此文件里#define groupsregion 1 bloek INF 1 INF INF INF INF# 定義了一個(gè)叫1 的區(qū)域groupleftregion#定義了一個(gè)#定義 left+#定義此區(qū)域里的原子叫 left region 2 blo

18、ek 29 INF INF INF INF INF叫 2 的區(qū)域group right region 2定義此區(qū)域里的原子叫 right group boundary union left right right = boundary# 定義group mobile subtract all left mobile= all - left# 設(shè)置# initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0原子初速度為 0computep all pressure thermo_temp# 計(jì)算應(yīng)力，計(jì)算結(jié)果記為 pvariablepressx equal

19、c_p1#定義變量pressx=c_p1,c_p1的意思是p 里第一個(gè)值variablepressy equal c_p2#定義變量pressy=c_p2,c_p2的意思是p 里第二個(gè)值variablepressz equal c_p3#定義變量pressz=c_p3,c_p3的意思是p 里第三個(gè)值thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz voldump 1 all atom 1000 dump.tensile# 輸出結(jié)果到dump.tensileminimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000# 馳豫fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL#固定左邊的原子fix 2 al