第五章系譜分析生物信息學(xué)第五章生物信息學(xué)12.系統(tǒng)發(fā)生分析（Phylogeneticanalysis)分析基因或蛋白質(zhì)的進化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)生（進化）樹（phylogenetictree）Atreeshowingtheevolutionaryrelationshipsamongvariousbiologicalspeciesorotherentitiesthatarebelievedtohaveacommonancestor.2.系統(tǒng)發(fā)生分析（Phylogeneticanal2經(jīng)典進化生物學(xué)：比較：形態(tài)、生理結(jié)構(gòu)、化石分子進化生物學(xué)：比較DNA和蛋白質(zhì)序列研究系統(tǒng)發(fā)生的方法經(jīng)典進化生物學(xué)：研究系統(tǒng)發(fā)生的方法3Residuesthatarelinedupindifferentsequencesareconsideredtoshareacommonancestry(i.e.,theyarederivedfromacommonancestralresidue).AnAlignmentisanhypothesisofpositionalhomologybetweenbases/AminoAcidsEasyonlywithsubstitutionsDifficultalsowithindelsResiduesthatarelinedupin4=((A,(B,C)),(D,E))Newickformat節(jié)點Node分支BranchABCDE末端節(jié)點

可以是物種，群體，或者蛋白質(zhì)、DNA、RNA分子等OTU祖先節(jié)點/樹根Root系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語內(nèi)部節(jié)點/分歧點該分支可能的祖先HTU=((A,(B,C)),(D,E))Newick5Aclade（進化支）isagroupoforganismsthatincludesanancestorandalldescendentsofthatancestor.geneticchangenomeaningPhylogram CladogramtimeTaxonATaxonBTaxonCTaxonD111635TaxonATaxonBTaxonCTaxonDTaxonATaxonBTaxonCTaxonDUltrametrictree

超度量樹進化樹分支樹系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語Aclade（進化支）isagroupoforg6Rootedtreevs.Unrootedtreetwomajorwaystoroottrees:ABCD102352d(A,D)=10+3+5=18Midpoint=18/2=9Bymidpointordistance有根樹ACBD無根樹系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語outgroup外群、外圍支Rootedtreevs.Unrootedtreet7plantplantplantfungusanimalanimalanimalUnrootedtreerootRootedtreebacteriumanimalanimalanimalfungusplantplantplantMonophyleticgroupMonophyleticgroupRootedtreevs.Unrootedtreeplantplantplantfungusanimalani8選擇外群

（Outgroup）選擇一個或多個已知與分析序列關(guān)系較遠的序列作為外類群外類群可以輔助定位樹根外類群序列必須與進化樹上其它序列同源，但外類群序列與這些序列間的差異必須比這些序列之間的差異更顯著。eukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaeabacteriaoutgroup外群Howtorootatree?選擇外群

（Outgroup）選擇一個或多個已知與分析序列關(guān)9系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建步驟多序列比對（自動比對、手工校正）選擇建樹方法（替代模型）建立進化樹進化樹評估最大簡約法(maximumparsimony,MP)距離法(distance)最大似然法(maximumlikelihood,ML)貝葉斯法(Bayesianinference)統(tǒng)計分析BootstrapLikelihoodRatioTest……UPGMA鄰近法(Neighbor-joining,NJ)最小進化法(minimumevolution)系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建步驟多序列比對（自動比對、手工校正）選擇建樹方10距離法 距離法又稱距離矩陣法，首先通過各個序列之間的比較，根據(jù)一定的假設(shè)（進化距離模型）推導(dǎo)得出分類群之間的進化距離，構(gòu)建一個進化距離矩陣。進化樹的構(gòu)建則是基于這個矩陣中的進化距離關(guān)系。CatDogRatDog3Rat45Cow676CatDogRat11224Cow計算序列的距離，建立距離矩陣通過距離矩陣建進化樹距離法 距離法又稱距離矩陣法，首先通過各個序列之間的比較，11Step1.計算序列的距離，建立距離矩陣Uncorrected“p”distance(=observedpercentsequencedifference)Kimura2-parameterdistance(estimateofthetruenumberofsubstitutionsbetweentaxa)對位排列，去除空格（選擇替代模型）Step1.計算序列的距離，建立距離矩陣Uncorrect12由進化距離構(gòu)建進化樹的方法有很多，常見有：1.UnweightedPairGroupMethodwithArithmeticmean

(UPGMA)

2.Neighbor-JoiningMethod(NJ法/鄰位連接法)

3.MinimumEvolution(MP法/最小進化法)Step2.通過矩陣建樹由進化距離構(gòu)建進化樹的方法有很多，常見有：Step2.通過13 最大簡約法（MP）最早源于形態(tài)性狀研究，現(xiàn)在已經(jīng)推廣到分子序列的進化分析中。最大簡約法的理論基礎(chǔ)是奧卡姆（Ockham）哲學(xué)原則，對所有可能的拓撲結(jié)構(gòu)進行計算，找出所需替代數(shù)最小的那個拓撲結(jié)構(gòu)，作為最優(yōu)樹。

最大簡約法(MaximumParsimony)Findthetreethatexplainstheobservedsequenceswithaminimalnumberofsubstitutions 最大簡約法（MP）最早源于形態(tài)性狀研究，現(xiàn)在已經(jīng)推廣到分14Sequence1TGCSequence2TACSequence3AGGSequence4AAG1

2

3PositionMP法建樹流程If1and2aregroupedatotaloffourchangesareneeded.

If1and3aregroupedatotaloffivechangesareneeded.

If1and4aregroupedatotalofsixchangesareneeded.Position1

(1,2):1change;

(1,3)or(1,4):2changesPosition2

(1,3):1change;

(1,2)or(1,4):2changesPosition3

(1,2):1change;

(1,3)or(1,4):2changesSequence1TGCSequence2TACSequen15456BESTMP法建樹步驟456BESTMP法建樹步驟16最大似然法(MaximumLikelihood)最大似然法(ML)最早應(yīng)用于對基因頻率數(shù)據(jù)的分析上。其原理為選取一個特定的替代模型來分析給定的一組序列數(shù)據(jù)，使得獲得的每一個拓撲結(jié)構(gòu)的似然率都為最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓撲結(jié)構(gòu)作為最優(yōu)樹。最大似然法(MaximumLikelihood)最大似然17ML法建樹流程CAGATGCCATGCML法建樹流程CAGATGCCATGC18PickanEvolutionaryModelForeachposition,GenerateallpossibletreestructuresBasedontheEvolutionaryModel,calculateLikelihoodoftheseTreesandSumthemtogettheColumnLikelihoodforeachOTUcluster.CalculateTreeLikelihoodbymultiplyingthelikelihoodforeachpositionChooseTreewithGreatestLikelihoodInferringthemaximumlikelihoodtreePickanEvolutionaryModelInf19Holder&Lewis(2003)NatureReviewsGenetics4,275-284Bayesianinference:Whatistheprobabilitythatthemodel/theoryiscorrectgiventheobserveddata?Pr(T|D)MaximumLikelihood:

Whatistheprobabilityofseeingtheobserveddata(D)givenamodel/theory(T)?Pr(D|T)SpeedNoneedforbootstrapping構(gòu)建進化樹的新方法——貝葉斯推斷

(Bayesianinference)與ML相比，BI的優(yōu)勢：Holder&Lewis(2003)NatureRev20ComparisonofMethodsDistanceMaximumparsimonyMaximumlikelihoodUsesonlypairwisedistancesUsesonlysharedderivedcharactersUsesalldataMinimizesdistancebetweennearestneighborsMinimizestotaldistanceMaximizestreelikelihoodgivenspecificparametervaluesVeryfastSlowVeryslowEasilytrappedinlocaloptimaAssumptionsfailwhenevolutionisrapidHighlydependentonassumedevolutionmodelGoodforgeneratingtentativetree,orchoosingamongmultipletreesBestoptionwhentractable(<30taxa,homoplasyrare)GoodforverysmalldatasetsandfortestingtreesbuiltusingothermethodsComparisonofMethodsDistanceM21Bioinformatics:SequenceandGenomeAnalysis,2ndedition,byDavidW.Mount.p254ChoosingaMethodforPhylogeneticPrediction/cgi/content/full/2008/5/pdb.ip49MolecularBiologyandEvolution200522(3):792-802Bioinformatics:SequenceandG22AssessingtreereliabilityPhylogeneticreconstructionisaproblemofstatisticalinference.Onemustassessthereliabilityoftheinferredphylogenyanditscomponentparts.Questions:(1)howreliableisthetree?(2)whichpartsofthetreearereliable?(3)isthistreesignificantlybetterthananotherone?Assessingtreereliability23Astatisticaltechniquethatusesintensiverandomresamplingofdatatoestimateastatisticwhoseunderlyingdistributionisunknown.評估進化樹的可靠性——自展法（bootstrappingmethod）從排列的多序列中隨機有放回的抽取某一列，構(gòu)成相同長度的新的排列序列重復(fù)上面的過程，得到多組新的序列對這些新的序列進行建樹，再觀察這些樹與原始樹是否有差異，以此評價建樹的可靠性Astatisticaltechniquethatu24TheBootstrapComputationalmethodtoestimatetheconfidencelevelofacertainphylogenetictree.rat GAGGCTTATChuman GTGGCTTATCturtle GTGCCCTATGfruitfly CTCGCCTTTGoak ATCGCTCTTGduckweed ATCCCTCCGG 0123456789SamplerathumanturtlefruitflyoakduckweedInferredtreeMorereplicates(between100-1000)rat GGAAGGGGCThuman GGTTGGGGCTturtle GGTTGGGCCCfruitfly CCTTCCCGCCoak AATTCCCGCTduckweed AATTCCCCCT

0011222345Pseudosample1rat CCTTTTAAAThuman CCTTTTAAATturtle CCCCCTAAAT fruitfly CCCCCTTTTToak CCTTTCTTTTduckweed CCTTTCCCCG

4455567778Pseudosample2TheBootstrapComputationalme25自展法檢驗流程Bootstrappingdoesn’treallyassesstheaccuracyofatree,onlyindicatestheconsistencyofthedata對ML法而言，自展法太耗時，可用aLRT法檢驗進化樹的可靠性Anisimova&Gascuel(2006)Syst.Biol.55(4):539-552自展法檢驗流程Bootstrappingdoesn’tr26MSA程序可對任何序列進行比對，選擇什么樣的序列進行比對非常重要??！用于構(gòu)建進化樹的序列必須是同源序列MSA是構(gòu)建分子進化樹的關(guān)鍵步驟MSA程序可對任何序列進行比對，選擇什么樣的序列進行比對非常27分子進化樹構(gòu)建（ClustalW）頁面下方顯示CladogramTree點擊“ShowasPhylogramTree”展示PhylogramTree不推薦：僅提供距離法建樹，且沒有進行評估輸入比對后的序列（或上載Alignments文件）EBI的ClustalW2-phylogeny分析網(wǎng)頁http://www.ebi.ac.uk/Tools/phylogeny/clustalw2_phylogeny/分子進化樹構(gòu)建（ClustalW）頁面下方顯示Cladog28看圖工具下載“Phyliptreefile”（ph文件）TreeView進化樹編輯打印軟件（在http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html）輸入比對后的序列（或上載Alignments文件）用TreeView軟件打開上述文件可以不同格式展示進化樹（1、2、3）EBI的ClustalW2-phylogeny分析網(wǎng)頁看圖工具下載“Phyliptreefile”（ph文件）29PHYLIP/phylip.html免費的集成進化分析工具PAUP/商業(yè)軟件，集成的進化分析工具MEGA/免費的圖形化集成進化分析工具PHYMLhttp://atgc.lirmm.fr/phyml/最快的ML建樹工具PAMLhttp://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.htmlML建樹工具Tree-puzzle

http://www.tree-puzzle.de/較快的ML建樹工具MrBayes/基于貝葉斯方法的建樹工具分子進化分析軟件更多工具/phylip/software.htmlPHYLIPhttp://evolution.g30提供最大簡約法（MP）、最大似然法（ML）和距離法三種建樹方法。其中距離法包括鄰接法（NJ）、最小進化法（ME）和UPGMA三種算法。分子進化樹構(gòu)建方法優(yōu)點：圖形界面，集序列查詢、比對、進化樹構(gòu)建為一體，幫助文件詳盡，免費/提供最大簡約法（MP）、最大似然法（ML）和距離法三種建樹方31分子進化樹構(gòu)建方法課件32Buffon(1707-1788)NaturalHistoryofAnimals

Buffon(1707-1788)33始祖鳥化石復(fù)原圖始祖鳥化石復(fù)原圖342.7%difference2.7%difference35xl,Xenopuslaevis;xt,Xenopustropicalis;gg,Gallusgallus;rn,Rattusnorvegicus;mm,Musmusculus;hs,Homosapiens.BMCEvolutionaryBiology20077:164xl,Xenopuslaevis;BMCEvolut36分子進化樹構(gòu)建方法課件37分子進化樹構(gòu)建方法課件38分子進化樹構(gòu)建方法課件39由于同一位點多重替代（multiplesubstitution）的發(fā)生，觀測到的差異比實際替代數(shù)要小原始序列后代序列13mutations

=

3differencesDegreeofdivergenceTotalnumberofsubstitutions由于同一位點多重替代（multiplesubstituti40為了估算出正確的分歧時間（期望替代數(shù)），必須對觀測到的替代數(shù)進行校正在進化的任意時間點，任意位點的核苷酸都可能發(fā)生回復(fù)和平行突變。替代模型Substitutionmodel為了估算出正確的分歧時間（期望替代數(shù)），必須對觀測到的替代數(shù)41替代模型替代模型42第五章系譜分析生物信息學(xué)第五章生物信息學(xué)432.系統(tǒng)發(fā)生分析（Phylogeneticanalysis)分析基因或蛋白質(zhì)的進化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)生（進化）樹（phylogenetictree）Atreeshowingtheevolutionaryrelationshipsamongvariousbiologicalspeciesorotherentitiesthatarebelievedtohaveacommonancestor.2.系統(tǒng)發(fā)生分析（Phylogeneticanal44經(jīng)典進化生物學(xué)：比較：形態(tài)、生理結(jié)構(gòu)、化石分子進化生物學(xué)：比較DNA和蛋白質(zhì)序列研究系統(tǒng)發(fā)生的方法經(jīng)典進化生物學(xué)：研究系統(tǒng)發(fā)生的方法45Residuesthatarelinedupindifferentsequencesareconsideredtoshareacommonancestry(i.e.,theyarederivedfromacommonancestralresidue).AnAlignmentisanhypothesisofpositionalhomologybetweenbases/AminoAcidsEasyonlywithsubstitutionsDifficultalsowithindelsResiduesthatarelinedupin46=((A,(B,C)),(D,E))Newickformat節(jié)點Node分支BranchABCDE末端節(jié)點

可以是物種，群體，或者蛋白質(zhì)、DNA、RNA分子等OTU祖先節(jié)點/樹根Root系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語內(nèi)部節(jié)點/分歧點該分支可能的祖先HTU=((A,(B,C)),(D,E))Newick47Aclade（進化支）isagroupoforganismsthatincludesanancestorandalldescendentsofthatancestor.geneticchangenomeaningPhylogram CladogramtimeTaxonATaxonBTaxonCTaxonD111635TaxonATaxonBTaxonCTaxonDTaxonATaxonBTaxonCTaxonDUltrametrictree

超度量樹進化樹分支樹系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語Aclade（進化支）isagroupoforg48Rootedtreevs.Unrootedtreetwomajorwaystoroottrees:ABCD102352d(A,D)=10+3+5=18Midpoint=18/2=9Bymidpointordistance有根樹ACBD無根樹系統(tǒng)發(fā)生樹術(shù)語outgroup外群、外圍支Rootedtreevs.Unrootedtreet49plantplantplantfungusanimalanimalanimalUnrootedtreerootRootedtreebacteriumanimalanimalanimalfungusplantplantplantMonophyleticgroupMonophyleticgroupRootedtreevs.Unrootedtreeplantplantplantfungusanimalani50選擇外群

（Outgroup）選擇一個或多個已知與分析序列關(guān)系較遠的序列作為外類群外類群可以輔助定位樹根外類群序列必須與進化樹上其它序列同源，但外類群序列與這些序列間的差異必須比這些序列之間的差異更顯著。eukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaeabacteriaoutgroup外群Howtorootatree?選擇外群

（Outgroup）選擇一個或多個已知與分析序列關(guān)51系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建步驟多序列比對（自動比對、手工校正）選擇建樹方法（替代模型）建立進化樹進化樹評估最大簡約法(maximumparsimony,MP)距離法(distance)最大似然法(maximumlikelihood,ML)貝葉斯法(Bayesianinference)統(tǒng)計分析BootstrapLikelihoodRatioTest……UPGMA鄰近法(Neighbor-joining,NJ)最小進化法(minimumevolution)系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建步驟多序列比對（自動比對、手工校正）選擇建樹方52距離法 距離法又稱距離矩陣法，首先通過各個序列之間的比較，根據(jù)一定的假設(shè)（進化距離模型）推導(dǎo)得出分類群之間的進化距離，構(gòu)建一個進化距離矩陣。進化樹的構(gòu)建則是基于這個矩陣中的進化距離關(guān)系。CatDogRatDog3Rat45Cow676CatDogRat11224Cow計算序列的距離，建立距離矩陣通過距離矩陣建進化樹距離法 距離法又稱距離矩陣法，首先通過各個序列之間的比較，53Step1.計算序列的距離，建立距離矩陣Uncorrected“p”distance(=observedpercentsequencedifference)Kimura2-parameterdistance(estimateofthetruenumberofsubstitutionsbetweentaxa)對位排列，去除空格（選擇替代模型）Step1.計算序列的距離，建立距離矩陣Uncorrect54由進化距離構(gòu)建進化樹的方法有很多，常見有：1.UnweightedPairGroupMethodwithArithmeticmean

(UPGMA)

2.Neighbor-JoiningMethod(NJ法/鄰位連接法)

3.MinimumEvolution(MP法/最小進化法)Step2.通過矩陣建樹由進化距離構(gòu)建進化樹的方法有很多，常見有：Step2.通過55 最大簡約法（MP）最早源于形態(tài)性狀研究，現(xiàn)在已經(jīng)推廣到分子序列的進化分析中。最大簡約法的理論基礎(chǔ)是奧卡姆（Ockham）哲學(xué)原則，對所有可能的拓撲結(jié)構(gòu)進行計算，找出所需替代數(shù)最小的那個拓撲結(jié)構(gòu)，作為最優(yōu)樹。

最大簡約法(MaximumParsimony)Findthetreethatexplainstheobservedsequenceswithaminimalnumberofsubstitutions 最大簡約法（MP）最早源于形態(tài)性狀研究，現(xiàn)在已經(jīng)推廣到分56Sequence1TGCSequence2TACSequence3AGGSequence4AAG1

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3PositionMP法建樹流程If1and2aregroupedatotaloffourchangesareneeded.

If1and3aregroupedatotaloffivechangesareneeded.

If1and4aregroupedatotalofsixchangesareneeded.Position1

(1,2):1change;

(1,3)or(1,4):2changesPosition2

(1,3):1change;

(1,2)or(1,4):2changesPosition3

(1,2):1change;

(1,3)or(1,4):2changesSequence1TGCSequence2TACSequen57456BESTMP法建樹步驟456BESTMP法建樹步驟58最大似然法(MaximumLikelihood)最大似然法(ML)最早應(yīng)用于對基因頻率數(shù)據(jù)的分析上。其原理為選取一個特定的替代模型來分析給定的一組序列數(shù)據(jù)，使得獲得的每一個拓撲結(jié)構(gòu)的似然率都為最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓撲結(jié)構(gòu)作為最優(yōu)樹。最大似然法(MaximumLikelihood)最大似然59ML法建樹流程CAGATGCCATGCML法建樹流程CAGATGCCATGC60PickanEvolutionaryModelForeachposition,GenerateallpossibletreestructuresBasedontheEvolutionaryModel,calculateLikelihoodoftheseTreesandSumthemtogettheColumnLikelihoodforeachOTUcluster.CalculateTreeLikelihoodbymultiplyingthelikelihoodforeachpositionChooseTreewithGreatestLikelihoodInferringthemaximumlikelihoodtreePickanEvolutionaryModelInf61Holder&Lewis(2003)NatureReviewsGenetics4,275-284Bayesianinference:Whatistheprobabilitythatthemodel/theoryiscorrectgiventheobserveddata?Pr(T|D)MaximumLikelihood:

Whatistheprobabilityofseeingtheobserveddata(D)givenamodel/theory(T)?Pr(D|T)SpeedNoneedforbootstrapping構(gòu)建進化樹的新方法——貝葉斯推斷

(Bayesianinference)與ML相比，BI的優(yōu)勢：Holder&Lewis(2003)NatureRev62ComparisonofMethodsDistanceMaximumparsimonyMaximumlikelihoodUsesonlypairwisedistancesUsesonlysharedderivedcharactersUsesalldataMinimizesdistancebetweennearestneighborsMinimizestotaldistanceMaximizestreelikelihoodgivenspecificparametervaluesVeryfastSlowVeryslowEasilytrappedinlocaloptimaAssumptionsfailwhenevolutionisrapidHighlydependentonassumedevolutionmodelGoodforgeneratingtentativetree,orchoosingamongmultipletreesBestoptionwhentractable(<30taxa,homoplasyrare)GoodforverysmalldatasetsandfortestingtreesbuiltusingothermethodsComparisonofMethodsDistanceM63Bioinformatics:SequenceandGenomeAnalysis,2ndedition,byDavidW.Mount.p254ChoosingaMethodforPhylogeneticPrediction/cgi/content/full/2008/5/pdb.ip49MolecularBiologyandEvolution200522(3):792-802Bioinformatics:SequenceandG64AssessingtreereliabilityPhylogeneticreconstructionisaproblemofstatisticalinference.Onemustassessthereliabilityoftheinferredphylogenyanditscomponentparts.Questions:(1)howreliableisthetree?(2)whichpartsofthetreearereliable?(3)isthistreesignificantlybetterthananotherone?Assessingtreereliability65Astatisticaltechniquethatusesintensiverandomresamplingofdatatoestimateastatisticwhoseunderlyingdistributionisunknown.評估進化樹的可靠性——自展法（bootstrappingmethod）從排列的多序列中隨機有放回的抽取某一列，構(gòu)成相同長度的新的排列序列重復(fù)上面的過程，得到多組新的序列對這些新的序列進行建樹，再觀察這些樹與原始樹是否有差異，以此評價建樹的可靠性Astatisticaltechniquethatu66TheBootstrapComputationalmethodtoestimatetheconfidencelevelofacertainphylogenetictree.rat GAGGCTTATChuman GTGGCTTATCturtle GTGCCCTATGfruitfly CTCGCCTTTGoak ATCGCTCTTGduckweed ATCCCTCCGG 0123456789SamplerathumanturtlefruitflyoakduckweedInferredtreeMorereplicates(between100-1000)rat GGAAGGGGCThuman GGTTGGGGCTturtle GGTTGGGCCCfruitfly CCTTCCCGCCoak AATTCCCGCTduckweed AATTCCCCCT

0011222345Pseudosample1rat CCTTTTAAAThuman CCTTTTAAATturtle CCCCCTAAAT fruitfly CCCCCTTTTToak CCTTTCTTTTduckweed CCTTTCCCCG

4455567778Pseudosample2TheBootstrapComputationalme67自展法檢驗流程Bootstrappingdoesn’treallyassesstheaccuracyofatree,onlyindicatestheconsistencyofthedata對ML法而言，自展法太耗時，可用aLRT法檢驗進化樹的可靠性Anisimova&Gascuel(2006)Syst.Biol.55(4):539-552自展法檢驗流程Bootstrappingdoesn’tr68MSA程序可對任何序列進行比對，選擇什么樣的序列進行比對非常重要??！用于構(gòu)建進化樹的序列必須是同源序列MSA是構(gòu)建分子進化樹的關(guān)鍵步驟MSA程序可對任何序列進行比對，選擇什么樣的序列進行比對非常69分子進化樹構(gòu)建（ClustalW）頁面下方顯示CladogramTree點擊“ShowasPhylogramTree”展示PhylogramTree不推薦：僅提供距離法建樹，且沒有進行評估輸入比對后的序列（或上載Alignments文件）EBI的ClustalW2-phylogeny分析網(wǎng)頁http://www.ebi.ac.uk/Tools/phylogeny/clustalw2_phylogeny/分子進化樹構(gòu)建（ClustalW）