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R語(yǔ)言在物種進(jìn)化分析中的應(yīng)用中國(guó)疾病預(yù)防控制中心11、生物信息學(xué)對(duì)R語(yǔ)言的需求2、R語(yǔ)言對(duì)生物學(xué)的“友好”3、R語(yǔ)言在物種進(jìn)化分析中的應(yīng)用4、R語(yǔ)言與Perl語(yǔ)言2生物學(xué)的“新時(shí)代”3生物信息學(xué)Bioinformatics運(yùn)用計(jì)算機(jī)技術(shù)和信息技術(shù)開(kāi)發(fā)新的算法和統(tǒng)計(jì)方法，對(duì)生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，確定數(shù)據(jù)所含的生物學(xué)意義，并開(kāi)發(fā)新的數(shù)據(jù)分析工具以實(shí)現(xiàn)對(duì)各種信息的獲取和管理的學(xué)科。4極易上手極其友好56物種進(jìn)化分析生物進(jìn)化：生物的演化過(guò)程對(duì)進(jìn)化進(jìn)行研究的意義：了解過(guò)去：我是誰(shuí)？人是如何出現(xiàn)的？明了現(xiàn)在：地球上的物種多樣性預(yù)測(cè)未來(lái)：物種滅絕、世界的末日7進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)是清晰明了的表示物種進(jìn)化關(guān)系的最好方法。8程序包PackageApe:物種進(jìn)化關(guān)系分析包功能涵蓋專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)的讀取、格式轉(zhuǎn)化、存儲(chǔ)、畫(huà)圖和計(jì)算等。最重要的是：可構(gòu)建多種模式的進(jìn)化關(guān)系樹(shù)9使用方法10Rscritps111213更多分析命令基本信息：Summary()細(xì)節(jié)放大：Zoom()距離矩陣：cophenetic.phylo()點(diǎn)擊獲得細(xì)節(jié)信息：identify.phylo()兩個(gè)樹(shù)的比較：cophyloplot()14Braching.times()ervals()ervals()Gmyc()其它高級(jí)分析：祖先狀態(tài)重建、物種分化速率、物種鑒定等等15R的兼容性16R與Perl17如何使用？利用Perl調(diào)用R：system("R<test.R--vanil

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