D07-自相關(guān)函數(shù)和數(shù)據(jù)解析2014_第1頁
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文檔簡介

AutocorrelationFunctions

and

DataInterpretationLightScatteringUniversityWyattTechnologyCorporationCHINA自相關(guān)函數(shù)理想情況下,相關(guān)函數(shù)在時(shí)間軸的前半部分完全衰減。得到的參數(shù):

衰減時(shí)間衰減時(shí)間與平移擴(kuò)散系數(shù)成正比,因此也依賴于分子尺寸。自相關(guān)函數(shù)-樣品相關(guān)函數(shù)與溶液中的粒子有關(guān):平滑且連續(xù)衰減指數(shù)從最大值2降至1信號(hào)弱和純?nèi)軇┰胍艉芨呋蛘邲]有明顯衰減純?nèi)軇┑牡湫托盘?hào)函數(shù)值圍繞1附近無規(guī)變化逐漸達(dá)到1衰減的平滑度差可能是由于樣品濃度過低這種情況,可以嘗試以下操作:延長采集時(shí)間增加采集次數(shù)提高激光功率(如果設(shè)置成手動(dòng))多模樣品可觀察到不止一個(gè)衰減較快的一個(gè)代表較小粒子較慢的一個(gè)代表較大粒子長時(shí)間拖尾自相關(guān)函數(shù)無法到達(dá)基線相對(duì)于衰減時(shí)間,采集時(shí)間過短(這里顯示的是大分子)尺寸分布分析誤差更大嘗試更長的采集時(shí)間*備注:在更長的衰減時(shí)間內(nèi),增加采集數(shù)目無法捕獲額外系數(shù)。大粒子,大波動(dòng)第二可見平臺(tái),“腳”波動(dòng)測(cè)定過程中,散射體積中顆粒濃度很低。樣品需要離心或過濾這些采集必須標(biāo)記出來總強(qiáng)度快速變化或者峰沒有明確定義的基線可能由于出現(xiàn)汽泡,聚集體或者大顆粒;這些粒子可能超出了DynaPro的檢測(cè)限(例如,一些微米尺寸粒子)

樣品需要離心或過濾這些采集點(diǎn)必須被標(biāo)記(Mark)良好數(shù)據(jù)的獲得靜電相互作用

帶電荷分子,例如蛋白質(zhì);通常配制較高濃度和低離子強(qiáng)度緩沖液。粘度效應(yīng)

樣品本身導(dǎo)致的粘度;通常是高濃度的蛋白制劑。多重光散射

光在到達(dá)檢測(cè)器之前,被不止一個(gè)分子散射;通常指較大的納米粒子(乳膠微球)和脂質(zhì)體,其溶液通常是渾濁的。這些效應(yīng)可能會(huì)相互抵消!高濃度效應(yīng)Dt–濃度為c時(shí)的平移擴(kuò)散系數(shù)D0–外推至濃度為0時(shí)的擴(kuò)散系數(shù)A2–第二維利系數(shù),描述非特異性相互作用。M–摩爾質(zhì)量f‘–第一階摩擦系數(shù)

(通常與粘度有關(guān))較高濃度下的平移擴(kuò)散系數(shù)較高濃度溶液的校正項(xiàng)稀溶液高濃度效應(yīng)–

示例:靜電相互作用靜電排斥力導(dǎo)致較高的Dt(表面上得到的Rh較小)減弱這一效應(yīng):稀釋樣品增加緩沖液的離子強(qiáng)度樣品本身使得溶液的總體粘度增加;Dt

下降,導(dǎo)致表觀Rh

較高。高濃度效應(yīng)–

示例:DLS測(cè)定粘度50mM鈣鹽添加到緩沖液中DLS(圓形)粘度計(jì)(方形)Intheexampleabove,theStokes-EinsteinRelationshipofaparticleofknownsizewasusedtocalculatesolutionviscosity.光在到達(dá)檢測(cè)器之前,被不止一個(gè)粒子散射,

測(cè)得的Dt

要比真實(shí)Dt高得多,導(dǎo)致表觀Rh偏小。高濃度效應(yīng)–

示例:多重光散射檢測(cè)器入射光散射光示例:不同濃度下的乳膠球粒子重復(fù)測(cè)試三次研究Rh的濃度依賴性。粒子尺寸分布分析(cumulants)擬合擴(kuò)散常數(shù)的分布以獲得擴(kuò)散常數(shù)的平均和標(biāo)準(zhǔn)偏差,并計(jì)算rh的平均值和分布寬度。Intensityrh單模多分散單分散Intensityrh粒子尺寸分布分析(Regularization)以指數(shù)分布擬合數(shù)據(jù),獲得rh的基本分布,

通常以直方圖表示。IntensityrhIntensityrh多模多分散單分散尺寸

分布單模vs.多模尺寸分布單模%Pd<15%%Pd>15%“均一的”:尺寸分布僅限于蛋白的一種低聚物。結(jié)晶概率最高?!岸喾稚⒌摹?尺寸分布包含蛋白的一些無法分辨低聚物。蛋白峰

<99.9%Mass蛋白峰

>99.9%Mass多模尺寸分布實(shí)際上是單模態(tài),無較大聚集體?!岸嗄!?為一些可分辨組分的尺寸分布包含大的非特異性聚集體且最不可能結(jié)晶。.Cumulants分析(半徑)或者Regularization分析(峰1

半徑,峰2半徑……)Regularization分析(峰1半徑,峰2半徑…)尺寸分布示例BLGA,4mg/ml,PBS,T=25°CPeaks: 1MeanRadius:2.8nm%Polydispersity:

13.8%多數(shù)是單體一個(gè)“窄單?!被蛘摺皢畏稚ⅰ背叽绶植糂LGA,4mg/ml,PBS,T=5°CPeaks: 1MeanRadius:3.4nm%Polydispersity:22.1%二聚體數(shù)量逐漸增加一個(gè)寬單?;蛘摺岸喾稚ⅰ狈逡粋€(gè)多模尺寸分布包含個(gè)別寬峰或者多分散峰BSA,2mg/ml,PBS,T=25°CPeaks:2Peak1:MeanRadius:4.3nm%Polydispersity:32.1%單體,二聚體。三聚體Peak2:MeanRadius:130.9nm%Polydispersity:

34.5%

不同的非特異性聚集體強(qiáng)度百分?jǐn)?shù),質(zhì)量百分?jǐn)?shù)和數(shù)量分布百分?jǐn)?shù)質(zhì)量百分?jǐn)?shù)和數(shù)量分布百分?jǐn)?shù)向較小分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)移散射光強(qiáng)度(強(qiáng)度百分?jǐn)?shù))和質(zhì)量或體積(質(zhì)量百分?jǐn)?shù))計(jì)算出的尺寸分布質(zhì)量-尺寸分布取決于分子形狀:對(duì)于無規(guī)線團(tuán)高分子選擇

“Coils”模式對(duì)于蛋白和球形高分子選擇“Spheres”模式“RayleighSpheres”模式對(duì)于半徑大于10nm的分子,考慮進(jìn)去了散射光強(qiáng)度的角度依賴性?!癐sotropicSpheres”適用于無角度依賴性樣品Dynamics數(shù)據(jù)展示和計(jì)算CumulantsRegularization相關(guān)函數(shù)先擬合,然后計(jì)算平均值!相關(guān)函數(shù)先計(jì)算平均值,然后擬合!平均半徑,多分散度和多分散指數(shù)的計(jì)算。備注:

這些計(jì)算適用于單模尺寸分布和多模尺寸分布的每一個(gè)單一模式。平均半徑的計(jì)算也可使用質(zhì)量百分?jǐn)?shù)進(jìn)行類似計(jì)算

(%Mass)平均值是每一組數(shù)據(jù)的質(zhì)量百分?jǐn)?shù)(或強(qiáng)度百分?jǐn)?shù))乘以半徑計(jì)算得出的加權(quán)平均值–見上述公式.bins多分散度計(jì)算多分散度是質(zhì)量分?jǐn)?shù)(%Mass)加權(quán)平均得到的平均值分布的標(biāo)準(zhǔn)偏差。多分散度百分?jǐn)?shù)計(jì)算多分散度百分?jǐn)?shù)是多分散度除以平均Rh

然后再乘以

100多分散系數(shù)的計(jì)算多分散系數(shù)是分散度的平方除以Rh的平方。Cumulants或Regularization得到的Rh

估計(jì)(MW-R)摩爾質(zhì)量

為你的樣品選擇合適的模型。理想的尺寸分布是單分散的,否則估計(jì)到的Mw是測(cè)得的半徑分布的加權(quán)平均值?;蛘?,尋找最佳匹配模型,根據(jù)已知分子量去估計(jì)樣品的形狀或者構(gòu)象。Lysozyme:Rh=1.9nmMw=14kDaDynamics分析方法(DynaLSvs.Legacy)測(cè)定坐標(biāo)軸比率附錄Dynamics分析方法(v.6.10或者更高版本)分析方法比較AnalysisDynalsDynamics6.10LegacyPriortoDynamics6.10ParticleSizeDistributionRegularization使用DynaLS分析包使用專利運(yùn)算法,與DynaLS類似多模分散或單分散CumulantsCalculatePolydispersitysettoTRUE對(duì)ACF進(jìn)行第一和第二Cumulant擬合并縮短負(fù)的衰減速率對(duì)ACF進(jìn)行單一指數(shù)擬合,且衰減速率分布呈指數(shù)變化單模多分散CumulantsCalculatePolydispersitysettoFALSEACF的單一指數(shù)擬合ACF的單一指數(shù)擬合單模單分散Perrin方程衍生出的:“F”(橢球面的摩擦系數(shù)與f0的比值,f0是硬球的摩擦系數(shù))與長橢圓面和扁橢球的axialratio之間的關(guān)系方程。第一,計(jì)算f0,

f0

是Stokes摩擦系數(shù),與半徑為Rsph

的硬球以速度v

在溶劑中運(yùn)動(dòng)的摩擦力有關(guān),溶液粘度是η:

如果我們忽略溶劑化作用(水合作用),蛋白的硬球半徑Rsph

可通過硬球體積和它的半徑的關(guān)系方程,根據(jù)已知摩爾質(zhì)量(Mw),

微分比容(),和阿伏伽德羅常數(shù)(NA

)計(jì)算出來:AxialRatio的測(cè)定第二,測(cè)定f,假設(shè)粒子是橢球體,其中f是粒子的摩擦系數(shù),可通過

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