xx分子標(biāo)記連鎖圖的構(gòu)建

報(bào)告人：指導(dǎo)教師：（研究員）主要內(nèi)容1國內(nèi)外研究綜述2主要研究內(nèi)容和研究意義3研究材料和方法4預(yù)期結(jié)果5研究進(jìn)展6可行性和創(chuàng)新性分析7可能出現(xiàn)的主要問題及解決方法

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xx的基本生物學(xué)特性和產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀

一國內(nèi)外研究綜述xx主打品種的親本來源較為局限，遺傳多樣性缺乏；近年來xx生產(chǎn)中面臨的問題日益嚴(yán)重；亟需拓寬xx的遺傳多樣性，培養(yǎng)抗病、優(yōu)質(zhì)新品種。一

國內(nèi)外研究綜述2

國內(nèi)外分子生物學(xué)研究現(xiàn)狀瓠瓜的分子生物學(xué)基礎(chǔ)研究卻遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于黃瓜、西瓜、甜瓜等其他瓜類作物；目前主要依賴RFLP、RAPD等分子標(biāo)記對種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性研究；最近本實(shí)驗(yàn)室利用Roche454技術(shù)測序了瓠瓜10%的基因組；自主開發(fā)了400對SSR標(biāo)記，并構(gòu)建了基于UPGMA的系統(tǒng)樹圖。一

國內(nèi)外研究綜述材料長度標(biāo)記數(shù)連鎖群數(shù)平均間隔黃瓜RIL/F2群體706cM13175.6cM西瓜測交群體1976cM360195.8cM甜瓜瓠瓜RIL群體無1116cM190155.9cM一

國內(nèi)外研究綜述（1）瓜類作物分子標(biāo)記連鎖圖譜研究現(xiàn)狀3瓜類作物分子遺傳圖譜研究進(jìn)展（2）遺傳圖譜構(gòu)建意義和步驟遺傳圖譜的構(gòu)建是分子生物學(xué)和基因組學(xué)研究的重要環(huán)節(jié)，是目的基因定位、標(biāo)記輔助育種、背景選擇和比較基因組分析的前提；遺傳圖譜作圖的基本原理是染色體的交換與重組。一

國內(nèi)外研究綜述選擇適合的遺傳標(biāo)記

構(gòu)建群體搜集遺傳標(biāo)記

構(gòu)建連鎖群數(shù)據(jù)的處理分析，構(gòu)建連鎖群建立一個(gè)能充分、準(zhǔn)確反映染色體重組交換的分離群體搜集反映染色體交換信息的遺傳標(biāo)記一

國內(nèi)外研究綜述研究內(nèi)容：二

研究內(nèi)容和意義意義：二

研究內(nèi)容和意義技術(shù)路線三研究材料和方法群體基因型分析多態(tài)性分析連鎖作圖帶型分析U♀×♂F2分離群體SSR基因型數(shù)據(jù)化基因型F1SSR標(biāo)記多態(tài)性SSR引物xx分子標(biāo)記連鎖圖比較基因圖譜已測序的模式基因組比較基因組學(xué)分析方法：DNA提取和SSRs標(biāo)記分析：用改進(jìn)的CTAB法提取DNA。首先在親本間進(jìn)行多態(tài)性標(biāo)記篩選，選出的多態(tài)性引物進(jìn)一步用于對F2群體的基因型分析。連鎖作圖：對獲得的標(biāo)記基因型資料進(jìn)行賦值，用卡平方法進(jìn)行分離比的適合性測驗(yàn)。用軟件對標(biāo)記資料進(jìn)行連鎖分析，LOD值設(shè)定為3.0。利用函數(shù)計(jì)算遺傳圖距(cM)。三研究材料和方法圖譜特征分析：比較基因組學(xué)分析：三研究材料和方法開發(fā)SSR引物1000對以上；構(gòu)建的xx分子標(biāo)記連鎖圖骨架圖和其他研究整合后，可構(gòu)建一張高密度的分子標(biāo)記連鎖圖；使用該高密度的分子標(biāo)記連鎖圖和已定位的模式基因組克隆比較分析，可繪制出比較基因組圖譜。四預(yù)期結(jié)果五研究進(jìn)展現(xiàn)階段，親本已確定，而F2群體也已構(gòu)建完成。SSR標(biāo)記開發(fā)已完成，共開發(fā)出SSR標(biāo)記1000對；親本SSR標(biāo)記篩選已完成，篩選出有多態(tài)的SSR標(biāo)記200對左右。五研究進(jìn)展六可行性和創(chuàng)新性分析可行性：創(chuàng)新性：

實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)的偏分離標(biāo)記的處理

共線性被打斷區(qū)域的比較基因組學(xué)分析

七可能出現(xiàn)的問題和解決方法起止日期主要研究內(nèi)容預(yù)期結(jié)果2011.05-2011.12多態(tài)引物的篩選得到多態(tài)性SSR標(biāo)記2012.01-2012.06F2群體基因型分析得到分離群體SSR標(biāo)記的基因型2012.07-2012.10帶型分析得到數(shù)據(jù)化基因型2012.11-2113.01連鎖作圖和比較基因組