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文檔簡(jiǎn)介
第五講酶酶的概念酶的命名和分類酶的化學(xué)本質(zhì)及其組成酶的催化機(jī)理:分子活化能、中間產(chǎn)物學(xué)說、誘導(dǎo)契合學(xué)說影響酶促反應(yīng)速度的因素酶的研究簡(jiǎn)史公元前兩千多年,我國已有釀酒記載。1850年,Pasteur證明發(fā)酵是酵母細(xì)胞生命活動(dòng)的結(jié)果,一旦細(xì)胞死亡,發(fā)酵也將終止。1857年,Pasteur認(rèn)為發(fā)酵是酵母細(xì)胞中酵素催化作用的結(jié)果。1877年,Kühne首次提出enzyme一詞。1897年,Buchner兄弟用不含細(xì)胞的酵母提取液實(shí)現(xiàn)了發(fā)酵。1926年,Sumner首次從刀豆中提純出脲酶結(jié)晶→蛋白質(zhì)。1982年,Cech首先發(fā)現(xiàn)RNA也具有酶的催化活性,并提出核酶(ribozyme)的概念。1995年Cuenoud等發(fā)現(xiàn)DNA也有酶的活性。第一節(jié)酶的概況一、酶的概念酶是生物催化劑,是活細(xì)胞合成的具有高度催化效率和高度特異性的物質(zhì)。
蛋白質(zhì)類的酶:天然酶、抗體酶、人工合成酶生物催化劑:
核酸類的酶:核酶、脫氧核酶二、酶的命名1、習(xí)慣命名法絕大多數(shù)的酶是依據(jù)其所催化的底物命名,在底物的英文名詞上加尾綴ase作為酶的名稱,如水解脂肪的酶為脂肪酶(Lipase)。某些酶根據(jù)其所催化的反應(yīng)類型或方式命名,例如將氨基從一個(gè)化合物轉(zhuǎn)移到另一個(gè)化合物的轉(zhuǎn)氨酶,催化脫氫的稱為脫氫酶。③有的酶是綜合上述兩個(gè)原則命名,如乳酸脫氫酶,谷丙轉(zhuǎn)氨酶等。④在上述命名基礎(chǔ)上再加上酶的來源和酶的其它特點(diǎn),例如胃蛋白酶,堿性磷酸酶和酸性磷酸酶。2、系統(tǒng)命名法國際生物化學(xué)學(xué)會(huì)酶學(xué)委員會(huì)提出的系統(tǒng)命名法的原則是以酶催化的整體反應(yīng)為基礎(chǔ)的。命名時(shí)應(yīng)明確每種酶的底物、類型、及反應(yīng)的性質(zhì),若有多個(gè)底物都要寫明,其間用冒號(hào)(∶)隔開。如:D-葡萄糖酸-δ-內(nèi)酯水解酶乳酸脫氫酶的系統(tǒng)命名是L酸∶NAD氧化還原酶。
三、分類(根據(jù)酶催化的反應(yīng)類型)酶氧化還原酶類:脫氫酶、氧化酶轉(zhuǎn)移酶類:促進(jìn)底物的基團(tuán)轉(zhuǎn)移水解酶類:使底物加水分解裂合酶類:使底物加上或失去化學(xué)基團(tuán)異構(gòu)酶類:使底物分子內(nèi)部排列改變連接酶類:使底物之間結(jié)合在一起一、單純酶第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)酶蛋白輔助因子二、全酶第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)二、全酶第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)非蛋白部分與酶蛋白結(jié)合方式家族成員參與作用的形式代表酶
輔酶與酶蛋白結(jié)合的松散金屬離子:Mg2+,Zn2+,F(xiàn)e2+/Fe3+可直接參與發(fā)揮作用細(xì)胞色素氧化酶
輔基與酶蛋白結(jié)合的緊密維生素:Vb1(TPP)Vb3(NAD\NADP)必須與酶蛋白結(jié)合后才能發(fā)揮作用間接參與脫氫酶第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)三、酶的化學(xué)本質(zhì)單純酶:完全由蛋白質(zhì)組成蛋白質(zhì):決定催化反應(yīng)的特異性結(jié)合酶(全酶)金屬離子輔基決定催化反應(yīng)輔助因子的性質(zhì)和類型小分子化合物輔酶金屬離子:穩(wěn)定酶的構(gòu)象;參與催化反應(yīng),傳遞電子;在酶與底物間起橋梁作用;正電荷可中和底物的陰離子,降低反應(yīng)中的靜電斥力等。小分子有機(jī)化合物:參加催化過程,在反應(yīng)中起運(yùn)載體的作用,傳遞電子、質(zhì)子或其它基團(tuán)。第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)四、酶蛋白單體酶寡聚酶多酶復(fù)合物五、輔酶第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)NADNAD吡啶環(huán)NADH吡啶環(huán)
遞氫第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)五、輔酶FAD/FMNFAD/FMNFADH/FMNH第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)五、輔酶輔酶A脫羧變?yōu)橐阴]o酶A第二節(jié)酶的化學(xué)本質(zhì)和結(jié)構(gòu)五、輔酶ATP是磷酸化酶的輔酶第三節(jié)酶的特性一、酶的理化性質(zhì)二、酶的催化作用(活化能)
活化能:任何化學(xué)反應(yīng)中底物分子必需吸收能量成為活化分子才能生成產(chǎn)物,底物分子與活化分子的能量差值即為活化能。酶之所以能夠加快化學(xué)反應(yīng)速度,就是因?yàn)槊概c底物結(jié)合大大的降低了活化能,使之成為活化分子的幾率大大增加。三、酶的作用特點(diǎn)第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)(一)極高的催化效率:比非酶催化劑催化的反映速率高107-1013倍第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)(二)高度的專一性:一般一種酶只能催化一種底物第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)高溫、高壓強(qiáng)酸、強(qiáng)堿紫外線第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)(三)不穩(wěn)定性:酶易受各種理化因素的影響,發(fā)生失活第三節(jié)酶的特性磷酸果糖激酶抑制三、酶的作用特點(diǎn)第三節(jié)酶的特性三、酶的作用特點(diǎn)(四)可調(diào)控性:通過限速酶調(diào)節(jié)整個(gè)物質(zhì)代謝第三節(jié)酶的特性第四節(jié)酶的結(jié)構(gòu)和功能一、酶的結(jié)構(gòu)活性部位第四節(jié)酶的結(jié)構(gòu)和功能一、酶的結(jié)構(gòu)別構(gòu)部位二、酶的結(jié)構(gòu)1、酶的活性中心(activecenter):是酶蛋白分子中能與底物特異結(jié)合并發(fā)揮催化作用,將底物轉(zhuǎn)變?yōu)楫a(chǎn)物的部位,又稱為活性部位(activesite)。一個(gè)酶的活性中心是一個(gè)三維結(jié)構(gòu)?;钚圆课坏臏y(cè)定:切除法、化學(xué)修飾法、
X-射線法?;钚灾行慕Y(jié)合基團(tuán)催化基團(tuán)識(shí)別底物并與之特異結(jié)合,使底物與具有一定構(gòu)象的酶形成復(fù)合物影響底物中的某些化學(xué)鍵的穩(wěn)定性,催化底物發(fā)生化學(xué)反應(yīng),從而將其轉(zhuǎn)變成產(chǎn)物決定酶的專一性決定酶的催化性2、酶活性中心外的必需基團(tuán)(essentialgroup):常見的必需基團(tuán)有絲氨酸殘基的羥基、組氨酸殘基的咪唑基、半胱氨酸的巰基、酸性氨基酸殘基的羧基如谷氨酸的γ-羧基等。3、酶的別構(gòu)部位(allostericsite)酶與非底物的化學(xué)物質(zhì)結(jié)合的部位,與之結(jié)合的化學(xué)物質(zhì)對(duì)反應(yīng)速度有調(diào)節(jié)作用,所以稱為別構(gòu)部位。具有別構(gòu)部位的酶稱為別構(gòu)酶。與別構(gòu)部位結(jié)合的物質(zhì)稱為調(diào)節(jié)劑或別構(gòu)劑:激活劑、抑制劑。2、酶活性中心外的必需基團(tuán)(essentialgroup):常見的必需基團(tuán)有絲氨酸殘基的羥基、組氨酸殘基的咪唑基、半胱氨酸的巰基、酸性氨基酸殘基的羧基如谷氨酸的γ-羧基等。3、酶的別構(gòu)部位(allostericsite)酶與非底物的化學(xué)物質(zhì)結(jié)合的部位,與之結(jié)合的化學(xué)物質(zhì)對(duì)反應(yīng)速度有調(diào)節(jié)作用,所以稱為別構(gòu)部位。具有別構(gòu)部位的酶稱為別構(gòu)酶。與別構(gòu)部位結(jié)合的物質(zhì)稱為調(diào)節(jié)劑或別構(gòu)劑:激活劑、抑制劑。酶的一級(jí)結(jié)構(gòu)是決定其催化功能最重要的化學(xué)結(jié)構(gòu),是酶發(fā)揮催化功能的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。有相同催化功能的同一類酶,其活性中心的一些氨基酸序列有極大的同源性。
酶的特異的三維空間結(jié)構(gòu)是酶催化功能的基礎(chǔ)。酶的二、三級(jí)結(jié)構(gòu)是維持酶的活性中心空間構(gòu)象的必需結(jié)構(gòu)。中間產(chǎn)物學(xué)說:在酶促反應(yīng)中,底物(S)先與酶(E)結(jié)合成不穩(wěn)定的中間產(chǎn)物(EP),然后再分解成酶(E)與產(chǎn)物(P):E+SESE+P三、酶的作用特點(diǎn)一般催化劑的共同性質(zhì):在化學(xué)反應(yīng)前后都沒有質(zhì)和量的改變;只能促進(jìn)熱力學(xué)上允許進(jìn)行的反應(yīng);只能加速可逆反應(yīng)的速率,而不能改變反應(yīng)的平衡點(diǎn);通過降低反應(yīng)活化能而使反應(yīng)速率加快。酶不同于一般催化劑的特點(diǎn):高效性:
酶的催化效率通常比非催化反應(yīng)高108~1012倍,比一般催化劑高107~1013倍。
專一性:
絕對(duì)專一性:有的酶只能作用于特定結(jié)構(gòu)的底物,進(jìn)行一種專一的反應(yīng)生成特定結(jié)構(gòu)的產(chǎn)物。
相對(duì)專一性:大多數(shù)酶作用于一類化合物或一種化學(xué)鍵。
立體異構(gòu)專一性:一些酶僅能催化一種立體異構(gòu)體進(jìn)行反應(yīng),或其催化的結(jié)果只產(chǎn)生一種立體異構(gòu)體,酶對(duì)立體異構(gòu)物的選擇性稱為立體異構(gòu)特異性(stereospecificity)。不穩(wěn)定性:常溫、常壓、中性pH可調(diào)節(jié)性酶活性的調(diào)節(jié)關(guān)鍵酶別位調(diào)節(jié)共價(jià)調(diào)節(jié)同工酶多酶體系多功能酶酶原激活酶含量的調(diào)節(jié)酶蛋白合成的誘導(dǎo)酶蛋白合成的阻遏酶蛋白的降解三、酶的催化機(jī)制酶如何同底物結(jié)合?酶如何加速化學(xué)反應(yīng)?(一)酶與底物的結(jié)合1、鎖鑰結(jié)合學(xué)說
2、誘導(dǎo)契合學(xué)說酶在與底物結(jié)合前,酶的構(gòu)象并不適于與底物結(jié)合,當(dāng)?shù)孜锟拷笗r(shí),底物與酶的相互作用,從而使酶的構(gòu)象發(fā)生適應(yīng)性變化,從而使酶向適于與底物結(jié)合的改變。A.二氫葉酸還原酶(藍(lán)色)與NADP+(暗紅色)結(jié)合前無口袋狀結(jié)構(gòu)。B.在NADP+的誘導(dǎo)下,酶形成一個(gè)口袋狀結(jié)構(gòu)容納NADP+
,形成E-S復(fù)合物。(二)反應(yīng)的加速1、鄰近效應(yīng)和定向排列
在酶的作用下,底物可聚集到酶的活性中心部位,它們相互靠近形成利于反應(yīng)的正確定向關(guān)系,使底物有充足的時(shí)間進(jìn)行反應(yīng),同時(shí)底物與酶活性中心結(jié)合時(shí),也可誘導(dǎo)酶蛋白發(fā)生一定構(gòu)象變化使其催化基團(tuán)和結(jié)合基團(tuán)正確排列定位,利于底物和酶更好地互補(bǔ),這過程是鄰近效應(yīng)(proximityeffect)和定向排列(orientationarrange)2、多元催化酶活性中心上有些基團(tuán)是質(zhì)子供體(酸)有些是質(zhì)子受體(堿),也就是說即可起親核催化,又可起親電子催化作用,即酶具有多元催化(multielementcatalysis)作用。
胰蛋白酶中絲氨酸殘基-OH基團(tuán)中的O原子有非共用電子對(duì)發(fā)揮親核作用,攻擊底物肽鍵中羰基中的C(具有部分正電性)導(dǎo)致肽鍵的斷裂,形成一個(gè)不穩(wěn)定的中間產(chǎn)物-?;福笳咭讓Ⅴ;D(zhuǎn)移給水完成水解作用。
A-:B+親電基團(tuán)——Mg2+、Mn2+(有空軌道)親核基團(tuán)——
¨+
-OH(有孤對(duì)電子)親電催化2A-:B++
Mg2+A:Mg¨A+2B+親核催化¨-OH¨-SHA-+HO:B中間產(chǎn)物不穩(wěn)定,斷裂,相互結(jié)合形成產(chǎn)物,酶復(fù)原。(不同酶促反應(yīng)中的催化因素影響大小不同。)3、表面效應(yīng)(surfaceeffect)酶分子表面由親水基團(tuán)構(gòu)成,而內(nèi)部常為疏水性氨基酸組成,并常形成疏水性“口袋”樣結(jié)構(gòu),酶活性中心多位于此疏水“口袋”中,即底物與酶的反應(yīng)在酶分子內(nèi)部疏水環(huán)境中進(jìn)行。第四節(jié)酶促反應(yīng)動(dòng)力學(xué)酶促反應(yīng)動(dòng)力學(xué)(kineticsofenzyme-catalyzedreactions)是研究酶促反應(yīng)的速率以及影響反應(yīng)速率各種因素的科學(xué)。影響酶促反應(yīng)速率的因素有:酶濃度、底物濃度、pH、溫度、抑制劑及激活劑酶的反應(yīng)速率:即酶促反應(yīng)的速率,是單位時(shí)間內(nèi)底物分子消失的速率或單時(shí)間內(nèi)產(chǎn)物的生成速率。
E+S?ES?E+P反應(yīng)初速率:反應(yīng)開始時(shí)的速率,即反應(yīng)速率與反應(yīng)時(shí)間呈正比階段。采用初速率可避免反應(yīng)進(jìn)行過程中因底物濃度消耗而導(dǎo)致速率下降,或因反應(yīng)產(chǎn)物堆積、酶被飽和及部分酶失活而造成的反應(yīng)速率下降等。1、酶濃度的影響
當(dāng)?shù)孜餄舛瘸渥愕那绑w下,酶濃度與酶促反應(yīng)速度成正比。ν=k[E]ν:為反應(yīng)速度k:為速度常數(shù)[E]:為酶濃度2、底物濃度的影響底物濃度與反應(yīng)速率呈矩形雙曲線a段:在酶促反應(yīng)起始時(shí)階段反應(yīng)速率迅速增高呈直線上升,這時(shí)反應(yīng)速率與底物濃度呈正比,為一級(jí)反應(yīng)。V=K[S][S]初速度
v0VmaxKm1/2Vmax_
bcab段:當(dāng)反應(yīng)體系中酶分子大部分與底物結(jié)合時(shí),反應(yīng)速率的增高則漸漸變緩,即反應(yīng)的第二階段為混合級(jí)反應(yīng)。C段:底物濃度繼續(xù)增加,所有的酶分子均被底物飽和,反應(yīng)速率不再增加,此時(shí)反應(yīng)速率與底物濃度的增加無關(guān),反應(yīng)為零級(jí)反應(yīng),曲線出現(xiàn)平坦。
[S]初速度
v0VmaxKm1/2Vmax_
bca[S]初速度
v0VmaxKm1/2Vmax__
-bca米氏方程式(Michaelisequation):中間產(chǎn)物理論(E+S?ES?E+P)
Vmax為最大反應(yīng)速率(maximumvelocity
)
[S]為底物濃度
Km為米氏常數(shù)(Michaelisconstant)
v
為不同[S]時(shí)的反應(yīng)速率
米氏方程式的推導(dǎo)以兩個(gè)假設(shè)為前提:①穩(wěn)態(tài)觀念,當(dāng)酶促反應(yīng)趨于穩(wěn)態(tài)時(shí)ES的生成速率與分解速率相等。②酶促反應(yīng)中[S]大大高于[E],因此[S]的變化在反應(yīng)過程可忽略不計(jì)。Vmax[S]Km+
[S]V=Km=[S](Vmax/v-1)當(dāng)反應(yīng)速率為最大速率一半時(shí),米氏方程為:
Km=[S]米氏常數(shù):酶促反應(yīng)速率為最大速率一半時(shí)的底物濃度。Km值是酶的特征性常數(shù),它與酶結(jié)構(gòu),酶所催化的底物和反應(yīng)環(huán)境如溫度、pH、離子強(qiáng)度等有關(guān),而與酶濃度無關(guān)。3、pH與酶促反應(yīng)速度最適pH值是指酶達(dá)到最大活性時(shí)的環(huán)境pH值,一般生物體的最適pH≈7,只有胃中的酶的最適pH≈2。酶的活性中心是有具有一定的解離形式的基團(tuán)組成,pH的改變可以使酶的活性中心基團(tuán)的解離形式改變,從而影響酶活性。4、溫度對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響最適溫度:當(dāng)酶活性達(dá)到最大時(shí)的環(huán)境溫度。生物體內(nèi)酶的最適溫度為37~42度。溫度影響酶活性的原因:A.影響酶的穩(wěn)定性B.影響酶或底物分子反應(yīng)基團(tuán)的pK值C.影響ES的分解
反應(yīng)體系的溫度低于最適溫度時(shí),加熱可使反應(yīng)速率加快,每升高10℃反應(yīng)速率增加1~2倍。當(dāng)反應(yīng)溫度高于最適溫度時(shí),反應(yīng)速率則因酶受熱變性而降低。大多數(shù)酶在60℃時(shí)開始變性,
80℃時(shí)多數(shù)酶的變性已不可逆。5、激活劑(activator)對(duì)酶促反應(yīng)的影響使酶由無活性變?yōu)橛谢钚曰蚴姑富钚栽黾拥奈镔|(zhì)稱為酶的激活劑。激活劑大多數(shù)為金屬離子如Mg2+、K+、Mn2+等,少數(shù)陰離子也有激活作用。6、抑制劑(inhibitor)對(duì)酶促反應(yīng)速度的影響在酶促反應(yīng)中,凡能使酶催化活性下降但不能引起酶變性的物質(zhì)稱為酶的抑制劑。
不可逆抑制:酶與抑制劑結(jié)合,使酶活性受到抑制,此類抑制不能通過透析或稀釋方法來解除抑制劑對(duì)酶活性的抑制作用。如重金屬、氰化物等可逆抑制競(jìng)爭(zhēng)性抑制非競(jìng)爭(zhēng)性抑制反競(jìng)爭(zhēng)性抑制競(jìng)爭(zhēng)性抑制:有些物質(zhì)與酶的底物結(jié)構(gòu)相似,與底物競(jìng)爭(zhēng)酶的活性中心,阻礙酶與底物結(jié)合而使酶的活性降低。特點(diǎn):1.抑制劑與底物結(jié)構(gòu)相似
2.抑制劑與酶結(jié)合是可逆的
3.其抑制程度取決于底物及抑制劑的相對(duì)濃度非競(jìng)爭(zhēng)性抑制:有些抑制劑不影響底物和酶結(jié)合,即抑制劑與酶活性中心外的必需基團(tuán)結(jié)合,抑制劑與E結(jié)合,也與ES結(jié)合,但生成的ESI復(fù)合物是死端復(fù)合物,釋放出產(chǎn)物。特點(diǎn):1.抑制劑與酶活性中心外的必需基團(tuán)結(jié)合
2.抑制劑既與E結(jié)合,也與ES結(jié)合,但生成的ESI復(fù)合物是死端復(fù)合物,不能釋放出產(chǎn)物。反競(jìng)爭(zhēng)性抑制:此類抑制劑只與ES復(fù)合物結(jié)合生成ESI復(fù)合物,使中間產(chǎn)物ES量下降,而不與游離酶結(jié)合。特點(diǎn):1.抑制劑只與ES復(fù)合物結(jié)合生成ESI復(fù)合物,使中間產(chǎn)物ES量下降。
2.抑制劑不與游離酶結(jié)合。
第五節(jié)酶活性的測(cè)定及幾種特殊的酶一、酶活性的測(cè)定(自學(xué))
第五節(jié)酶活性的測(cè)定及幾種特殊的酶一、酶活性的測(cè)定測(cè)定酶活力的原則是在特定的最適條件下(PH、溫度、底物濃度等)測(cè)定酶反應(yīng)體系內(nèi)產(chǎn)物的生
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