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LAMMPS1

LAMMPSC++MPIBeowulfLAMMPS改擴(kuò)展程序加新診等通意義講對(duì)作對(duì)通過相清跟們鄰近清根據(jù)間短互拆進(jìn)優(yōu)過目密度過空空間每空間配之間相互通信存儲(chǔ)每空ghost”信息情況)3維矩盒均2總：MPI策制開性C++語言MPI串FFT）可以方便的為之?dāng)U展上新特征和功能只需一個(gè)輸入腳本就可運(yùn)行有定義和使用變量和方程完備語法規(guī)則在運(yùn)行過程中循環(huán)的控制都有嚴(yán)格的規(guī)則只要一個(gè)輸入腳本試就可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)一個(gè)或多個(gè)模擬任務(wù)粒模類（atomstyle命令）原粗全，DNA聯(lián)金粒粗延點(diǎn)剛所面雜力（pairstyle,bondstyle,anglestyle,dihedralstyle,improperstyle,style）對(duì)Yukawa,class2(COMPASS),tabulated.帶點(diǎn)對(duì)相互用勢(shì)：Coulombic,point-dipole.Finnis/SinclairEAM(MEAM),Stillinger-Weber,粗?；饔脛?shì)：DPD,GayBerne,介觀作用勢(shì)：granular,Peridynamics鍵勢(shì)能：harmonic,FENE,Morse,nonlinear,class2,quartic鍵角勢(shì)能：harmonic,CHARMM,cosine,cosine/squared,class2(COMPASS)二面角勢(shì)能：harmonic,CHARMM,multi-harmonic,helix,OPLS,class2(COMPASS)不合理勢(shì)能：harmonic,CVFF,class2(COMPASS)聚合物勢(shì)能：all-atom,united-atom,bead-spring,breakable水勢(shì)能：TIP3P，TIP4P，SPC隱式溶劑勢(shì)能：hydrodynamiclubrication,Debye長(zhǎng)程庫倫與分散：Ewald,PPPM,Ewald/N(針對(duì)長(zhǎng)程作用)可以有與普適化力場(chǎng)如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力場(chǎng)可以采用加速的成對(duì)類型雜化勢(shì)能函數(shù)：multiplepair,bond,angle,dihedral,improperpotentials(多對(duì)勢(shì)能處更高的先級(jí))：（命令：replicate）從文件讀入各原子的坐標(biāo)在一個(gè)或個(gè)晶格創(chuàng)建原子刪除幾何邏輯子基團(tuán)復(fù)制已存的原子多次替換原子系約邊：fix）維正或模常NVE，NVT，NPT，NPH積分器原子基團(tuán)與幾何區(qū)域可選擇不同的溫度控制器有Nose/Hoover和Berendsen壓力控制器來控制體系的壓力（任一維度上）模擬合子的變形（扭曲與剪切）簡(jiǎn)諧（unbrella）束縛力剛體約束搖擺鍵與鍵角約束各種邊界環(huán)境非平行太分子動(dòng)力學(xué)NEMD各種附加邊條件和約束積：Velocity-verlet積器Brown積分器rRESPA繼承時(shí)分器剛積器共或法能器輸命：dump,restart）熱力學(xué)坐度其原子量的文本文二制重各原量壓力，，CAN等用系統(tǒng)度或計(jì)每原時(shí)與空均統(tǒng)的時(shí)圖，，XTC，DCD，CFG格：具組,它行LAMMPS模擬的置，分析作圖和可視化工作。特：實(shí)交式MD擬有原子-連續(xù)擬在POEMS庫剛具并裉并復(fù)對(duì)用模擬Peridynamic介模目無子雙型LAMMPS具備功：由于對(duì)牛運(yùn)動(dòng)積工具，所很多必?cái)?shù)據(jù)理與處理功LAMMPS核備的。其原因：保證LAMMPS的小巧前處后處不進(jìn)行并運(yùn)算這些功有其工具來原代碼局限性特別地，LAMMPS不能：通過形戶面來作創(chuàng)建子系自動(dòng)加力場(chǎng)數(shù)為MD模擬提供智的數(shù)分析MD的可視化為輸出數(shù)據(jù)作圖我們需要為輸一系列的原子類型，原子坐標(biāo)，分子拓樸信息和所有原子與鍵的力場(chǎng)參數(shù)。LAMMPS不會(huì)自動(dòng)的為我們創(chuàng)建分子體系與力場(chǎng)參數(shù)。對(duì)與原子體系，LAMMPS供了命令來為固態(tài)晶格加上原子?？梢阅苓^paircoeff,bondcoeff,anglecoeff等命來加上小數(shù)的力場(chǎng)參數(shù)對(duì)于分子體或更復(fù)雜的模擬體系，我們通常會(huì)用其它工具來創(chuàng)建或者轉(zhuǎn)換LAMMPS輸出文件來到這些事情有的還會(huì)寫一些自已的代碼來成這項(xiàng)任務(wù)。對(duì)于一個(gè)復(fù)雜的分子體如白質(zhì)需要為之提供上面?zhèn)€樸信息與力參數(shù)。所以我們建議用其它的分子建模器來完這些任務(wù)，并把輸?shù)揭粋€(gè)文件中去。然后，改變其格以達(dá)到所允許的輸入格式。同樣，文種文也以工些以工：AtomEyeRaster3dRasMol最說下是以下這也是自分子動(dòng)學(xué)包，們大多是并行，可能適合來完成的研究作，當(dāng)也可以與聯(lián)起來使以完成擬工作。CHARMMAMBERNAMDNWCHEMDL_POLYTinkerCHARMMAMBER，NAMD，NWCHEM，Tinker是專們用模擬生分子的。二、開本部分主要描述如何創(chuàng)建和運(yùn)行LAMMPS。1．LAMMPS行包理含有：READMELICENSEBench測(cè)式任oc：文本xamples：?jiǎn)蔚臏y(cè)試務(wù)Potentials嵌入原子方法與力場(chǎng)文件rc：源代碼前理與后理工具假你下載的可執(zhí)行文件的話，你里面只有一個(gè)文件（并行與非并行兩種）2.編譯LAMMPS之的工：編LAMMPS是一個(gè)繁瑣的工作先你能要一個(gè)makefile文件里要選擇編譯器，附加的一些將要用到的庫等。事先裝上MPI或FFT等庫。編出一個(gè)可行LAMMPS：在錄里頭含有源文件和頭文件然也包括一高水平的在MAKE目錄里頭有幾個(gè)低水平的分別適不同的平臺(tái)進(jìn)入錄輸入make或你將會(huì)看到一列的可選項(xiàng)假如其有一種符你的機(jī)器可以輸入像下面樣的命：MakelinuxGmakemac注意，在個(gè)多處理或多核處器的平臺(tái)你可以行平行譯，在命中使用“-j”選項(xiàng)就可以，這樣編譯起來會(huì)更快一些。在此過程中發(fā)生錯(cuò)誤的，你可以得到一個(gè)類似于lmp-linux的可執(zhí)行文件。在編譯過程當(dāng)中將會(huì)發(fā)生的常見錯(cuò)誤：（）果編譯過程當(dāng)中發(fā)生錯(cuò)誤提不能找到一個(gè)含有通配符*為名的文件的話，明你器上的許通配符。式使用gmake。如還不行的話，就試項(xiàng)，用作為像。如：MakemakelistMake–f–fmac(2)你使用低水平的makefile時(shí)，能由于對(duì)機(jī)器的設(shè)置不正確，會(huì)導(dǎo)致一些錯(cuò)誤。假如你的臺(tái)叫foo”,話，你將要在目錄中創(chuàng)建一。使用任何一個(gè)與你機(jī)相的文件作為開始總是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。3packagelibaray..:#foomakecomplier/linkersettingsUNIXG++MPICCLIBDEPFLAGSC++度些選項(xiàng)—實(shí)-D那它規(guī)劃相對(duì)應(yīng)3settings四小ALMPINC些相條選B3指如你要進(jìn)行并行計(jì)算的話，那么你必須在你的平臺(tái)上安上庫。用內(nèi)置C++編譯器話，你可讓這三個(gè)變量空著，如你不用的話，那么，你要指(MPI_INC)文件哪，MPI(MPI_PATH)在哪，還有庫名如果你想自已裝MPI的話我們建議用或。MPI也可以。如果我的是平始的話，你供商已經(jīng)為裝了MPI，其可能比或LAM更快，你可以把找出并與之鏈。如你用或，你必需設(shè)置他編譯他使之適合你的平臺(tái)。如果你想在單處理器的機(jī)器上運(yùn)行的話，你可以用STIBS庫，這樣你就可以用在你的系統(tǒng)中安裝MPI防照看如果設(shè)置這三個(gè)變量的。當(dāng)然你在編譯LAMMPS之你必需創(chuàng)建STUBS在目錄中輸入不錯(cuò)的話你將會(huì)得到一個(gè)件可供鏈到LAMMPS。當(dāng)出錯(cuò)，你則修改下的。STUBS/有一個(gè)CPU計(jì)時(shí)MPI_Wtime()可以調(diào)用gettimeofday().如你的系統(tǒng)不支持gettimeofday()，則你就要插入一句代碼來調(diào)用另一個(gè)計(jì)時(shí)器注意是，clock()函數(shù)一小時(shí)之后會(huì)歸所以對(duì)于一個(gè)長(zhǎng)時(shí)間的LAMMPS模來這不用。C變用指庫，當(dāng)要用到kspace-style令來計(jì)算長(zhǎng)程庫倫作用時(shí)使用PPPM選項(xiàng)時(shí)要用到。當(dāng)，你果用PPPM的話，你將沒有必要安裝FFT庫。這種情況下，你可以把FFT_INC設(shè)成-DFFT-NONE并讓幾個(gè)量空。也以編時(shí)把KSPACE包剔除。D幾個(gè)SYSLIB和變量你可以，除你編譯LAMMPS時(shí)其中有一個(gè)或幾個(gè)包要用到附加系統(tǒng)庫。所有這些包都的是SYSLIB和變的前SYSLIB變量將列系統(tǒng)庫。SYSPATH則是路徑，只有當(dāng)這些為默認(rèn)徑時(shí)才有設(shè)定。最，當(dāng)你正確寫了和編譯了所的其庫(MPI,FFT,包庫等)之，只在SRC錄下輸入下其中一個(gè)命令就可以了MakefooGmakefoo不出意，你將會(huì)得到的可執(zhí)行文件。附加建義（1）為平臺(tái)譯你以在同一個(gè)錄下為平臺(tái)編一個(gè)目都有他自已的目標(biāo)路徑Obj_name用于存貯指定系統(tǒng)的目標(biāo)文件。（2）清理輸入clear-all或clean-foo將會(huì)清理LAMMPS在編譯時(shí)創(chuàng)建的目標(biāo)文件。（3）為windows譯在LAMMPS下載頁面上可以下載已經(jīng)編譯好了的可執(zhí)行文件。如經(jīng)編譯好的可執(zhí)行文件能滿足你的要的時(shí)候以在windows平上從源文件編譯。但不建義這么做。見./src/MAKE/Windows.3如何有擇性的編譯LAMMPS加入剔除包在編譯之前可以加入或剔除所有或部分包。只有兩種況下列外，GPU和包。此包中互關(guān)聯(lián)包必須包括在一起。如果是這樣，么在GPU和目錄下的所有包都不能安裝。要安裝包里的全部文asp