講義數(shù)據(jù)庫(kù)檢索生物醫(yī)學(xué)知識(shí)第1頁(yè)/共54頁(yè)第四章數(shù)據(jù)庫(kù)檢索TheCUCKOOWorkgroup第2頁(yè)/共54頁(yè)NCBI數(shù)據(jù)資源第3頁(yè)/共54頁(yè)Nucleotide:核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)PubMed:生物醫(yī)學(xué)科學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫(kù)GEO：基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)。收集存儲(chǔ)微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)Protein:蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)SNP:單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)Taxonomy:物種分類(lèi)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)Gene:基因數(shù)據(jù)庫(kù)。提供序列及基因描述信息Structure:大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)3DDomains:特定功能域的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)UniGene:GenBank分離的非冗余基因簇。包含已確定基因和EST。每個(gè)簇包含唯一的非冗余的基因序列、表達(dá)的組織類(lèi)型和基因圖譜位點(diǎn)。UniSTS:序列標(biāo)簽位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，用于作圖位點(diǎn)PopSet:人口研究數(shù)據(jù)庫(kù)Books:在線(xiàn)生物醫(yī)學(xué)圖書(shū)數(shù)據(jù)庫(kù)OMIM:在線(xiàn)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳目錄數(shù)據(jù)庫(kù)ConservedDomains:保守結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)CancerChromosomes:癌癥染色體數(shù)據(jù)庫(kù)Homologene:基因同源物數(shù)據(jù)庫(kù)Journals:雜志及出版社信息數(shù)據(jù)庫(kù)Genome:基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，提供完成的基因組/染色體圖形GDS:GEO的基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù)庫(kù)第4頁(yè)/共54頁(yè)Entrez第5頁(yè)/共54頁(yè)第6頁(yè)/共54頁(yè)檢索規(guī)則邏輯運(yùn)算符（大寫(xiě)）：AND，OR，NOT運(yùn)算過(guò)程由左至右，（）部分優(yōu)先空格分隔默認(rèn)邏輯關(guān)系為AND多個(gè)單詞短語(yǔ)加雙引號(hào)模糊檢索使用*用[]限定字段，如限定基因名稱(chēng)為ATG1的檢索：ATG1[GENE]第7頁(yè)/共54頁(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)使用實(shí)例第8頁(yè)/共54頁(yè)序列數(shù)據(jù)查詢(xún)實(shí)例某天，Prof.Gene發(fā)現(xiàn)人的Hela細(xì)胞中，有絲分裂期間有異常情況：細(xì)胞不再分裂，而是開(kāi)始凋亡(表型，phenotype)，通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法(例如，酵母雙雜交)，發(fā)現(xiàn)了與有絲分裂期間某個(gè)蛋白可能相互作用的一個(gè)基因，測(cè)序結(jié)果如下(genotype)：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC第9頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題一：這是哪個(gè)基因？第10頁(yè)/共54頁(yè)NCBI:BLAST第11頁(yè)/共54頁(yè)nucleotideblast第12頁(yè)/共54頁(yè)Megablast:找基因序列輸入序列第13頁(yè)/共54頁(yè)提交序列第14頁(yè)/共54頁(yè)NM_001168.2Geneinfo：基因信息第15頁(yè)/共54頁(yè)BIRC5(survivin)第16頁(yè)/共54頁(yè)Geneinfo:17號(hào)染色體第17頁(yè)/共54頁(yè)功能注釋?zhuān)篏eneOntology第18頁(yè)/共54頁(yè)結(jié)論一1.該基因?yàn)槿说腂IRC5(survivin)基因，染色體定位：17號(hào)染色體，73721872-73733311；基因標(biāo)識(shí)符：NM_001168.2;2.初步的功能分析：細(xì)胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。第19頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題二：編碼的蛋白質(zhì)序列是怎樣的？第20頁(yè)/共54頁(yè)NM_001168.2第21頁(yè)/共54頁(yè)獲取蛋白質(zhì)的序列信息第22頁(yè)/共54頁(yè)NP_001159.2：142aa第23頁(yè)/共54頁(yè)結(jié)論二人的Survivin蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.2第24頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題三：

有沒(méi)有保守的功能結(jié)構(gòu)域(domain)？第25頁(yè)/共54頁(yè)獲取FASTA序列第26頁(yè)/共54頁(yè)FASTA格式的序列第27頁(yè)/共54頁(yè)findconserveddomains第28頁(yè)/共54頁(yè)填入蛋白質(zhì)的FASTA序列第29頁(yè)/共54頁(yè)BIRdomain第30頁(yè)/共54頁(yè)結(jié)論三Survivin具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIR第31頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題四：它的功能是怎樣的？第32頁(yè)/共54頁(yè)UniProt:蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)第33頁(yè)/共54頁(yè)在人中做BLAST搜索第34頁(yè)/共54頁(yè)O15392第35頁(yè)/共54頁(yè)BIRC5的蛋白質(zhì)信息第36頁(yè)/共54頁(yè)功能注釋第37頁(yè)/共54頁(yè)結(jié)論四：功能分析1.在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；2.阻礙G2/M期的細(xì)胞編程性凋亡；3.Chromosomalpassengercomplex(CPC)的成員之一。細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核?！?8頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題五：它在真核生物中保守嗎？第39頁(yè)/共54頁(yè)ExPASyBlast第40頁(yè)/共54頁(yè)在酵母中進(jìn)行序列比對(duì)第41頁(yè)/共54頁(yè)酵母BIR1:P47134第42頁(yè)/共54頁(yè)酵母BIR1的信息第43頁(yè)/共54頁(yè)結(jié)論五：人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。第44頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題六：有沒(méi)有三級(jí)結(jié)構(gòu)信息？第45頁(yè)/共54頁(yè)P(yáng)DB：三級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)第46頁(yè)/共54頁(yè)P(yáng)DB的三級(jí)結(jié)構(gòu)信息第47頁(yè)/共54頁(yè)用Jmol顯示三級(jí)結(jié)構(gòu)第48頁(yè)/共54頁(yè)P(yáng)DB的三級(jí)結(jié)構(gòu)信息第49頁(yè)/共54頁(yè)Raswin:三級(jí)結(jié)構(gòu)顯示第50頁(yè)/共54頁(yè)總結(jié)現(xiàn)在，Prof.Gene知道了：1.該基因?yàn)槿说腟urvivin基因，染色體定位：17號(hào)染色體，73721872-73733311；基因標(biāo)識(shí)符：NM_001168.2;2.人的Survivin蛋白質(zhì)包含142個(gè)氨基酸，序列標(biāo)識(shí)符為：NP_001159.23.Survivin具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIR4.Survivin的細(xì)胞亞定位：胞質(zhì)，核，其功能有：(1)在瘤形成過(guò)程中可能起一定作用；(2)阻礙G2/M期的細(xì)胞編程性凋亡；(3)Chromosomalpassengercomplex(CPC)的成員之一。等等。5.人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。6.Survivin的三級(jí)結(jié)構(gòu)已知，在PDB中的標(biāo)識(shí)符為1E31。第51頁(yè)/共54頁(yè)作業(yè)某天，Prof.Gene在小鼠(Musmusculus)中又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與有絲分裂相關(guān)的基因,通過(guò)DNA測(cè)序，得到部分序列：GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT

第52頁(yè)/共54頁(yè)問(wèn)題：1.這個(gè)基因在小鼠中是哪個(gè)基因？基因的標(biāo)識(shí)符是什么？這個(gè)基因的在基因組上的定位是怎樣的？2.這個(gè)基因在人中的