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文檔簡介
常用的分子生物學(xué)基本技術(shù)
核酸分子雜交技術(shù)
由于核酸分子雜交口勺高度特異性及檢測措施的敏捷性,它已成為分子生物學(xué)中最常用的基本
技術(shù),被廣泛應(yīng)用于基因克隆H勺篩選,酶切圖譜的制作,基因序列H勺定量和定性分析及基因
突變的檢測等。其基本原理是具有一定同源性的原條核酸單鏈在一定H勺條件下(合適的溫室
度及離子強度等)可按堿基互補原成雙鏈。雜交的雙方是待測核酸序列及探針(probe),
待測核酸序列可以是克隆的基因征段,也可以是未克隆化的基因組DNA和細(xì)胞總RNA。核
酸探針是指用放射性核素、生物素或其他活性物質(zhì)標(biāo)識的,能與特定日勺核酸序列發(fā)生特異性
互補的已知DNA或RNA片段。根據(jù)其來源和性質(zhì)可分為CDNA探針、基因組探針、寡核首
酸探針、RNA探針等。
周相雜交
固相雜交(solid-phasehybridization)是將變性口勺DNA固定于固體基質(zhì)(硝酸纖維素膜或
尼龍濾膜)上,再與探針進(jìn)行雜交,故也稱為膜上印跡雜交。
斑步雜交(dothybridization)
是道先將被測日勺DNA或RNA變性后固定在濾膜上然后加入過量的J標(biāo)識好日勺DNA或RNA探
針進(jìn)行雜交。該法H勺特點是操作簡樸,事先不用限制性內(nèi)切酶消化或凝膠電永分離核酸樣品,
可在同一張膜上同步進(jìn)行多種樣品口勺檢測;根據(jù)斑點雜并的成果,可以推算出雜交陽性日勺拷
貝數(shù)。該法日勺缺陷是不能鑒定所測基因的相對分子質(zhì)量,并且特異性較差,有一定比例口勺假
陽性。
印跡雜交(blottinghybridization)
Southern印跡雜交:凝膠電離經(jīng)限制性內(nèi)切酶消化的DNA片段,將凝膠上的DNA變性并
在原位將單鏈DNA片段轉(zhuǎn)移至硝基纖維素膜或其他固相支持物上,經(jīng)干烤固定,再與相對
應(yīng)構(gòu)造的已標(biāo)識日勺探針進(jìn)行那時交反應(yīng),用放射性自顯影或酶反應(yīng)顯色,檢測特定大小分子
的含量??蛇M(jìn)行克隆基因的酸切圖譜分析、基因組基因的定性及定量分析、基因突變分析及
限制性長度多態(tài)性分析(RELP)等。
Northern印跡雜交:由Southerm印雜交法演變而來,其被測樣品是RNA。經(jīng)甲醛或聚乙二
醛變性及電泳分離后,轉(zhuǎn)移到固相支持物上,進(jìn)行雜交反應(yīng),以鑒定基中特定mRNA分子
的量與大小。該法是研究基因體現(xiàn)常用的措施,可推臬出癌基因的體現(xiàn)程度。
差異雜交(differentialhyoridization)
是將基因組文庫口勺重組噬菌體DNA轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜上,用兩種混合日勺不一樣cDNA探
針(如:轉(zhuǎn)移性和非轉(zhuǎn)移性癌組織的jmRNA逆轉(zhuǎn)錄后的cDNA)分別與濾膜上的DNA雜交,
分析兩張濾膜上對應(yīng)位置雜交信息以分離差異體現(xiàn)日勺基因。合用于基因組不太復(fù)雜的)真核生
物(如酵母)體現(xiàn)基因的比較,假陽性率較低。但對基因組非常復(fù)雜的鹽酸核生物(如人),
則因工作量太大,體現(xiàn)的序列所占比例較低(僅5%左右),價值不大。
cDNA微點隈雜交(cDNAmicroarrayhybridization)
是指將CDNA克隆或CDNA的PCR產(chǎn)物以高度的列陣形式排布并結(jié)合于固相支持物上(如:
尼龍膜或活化日勺載玻片)以微點陣,然后用混合日勺不?柱DNA探針與微點陣上的JDNA進(jìn)行
雜交。再運用熒光、化學(xué)發(fā)光、共聚焦顯微鏡等技術(shù)掃描微點陣上H勺雜交信息。它比差異雜
交技術(shù)的效率高、速度快、成本低,合用于大規(guī)模的分析。已成商品問世。其缺陷是無法克
服保守的同源序列及重序?qū)?雜交信息日勺干擾。
寡核甘酸微點隈雜交(oligonucleotidemicroarrayhybridization)
是在特殊的固相支持物上原位合成寡核甘酸,使它共價結(jié)合于支持物表面,與平均長度為
20-50nt的混合RNA或cDNA探針進(jìn)行雜交,以提高雜交的特異性和敏捷度。應(yīng)用共聚焦顯
微鏡可檢測跨越三個數(shù)量級的雜交信息。合用于低豐度mRNA11勺檢測,以辨別基因家族不
一樣組員的差異體現(xiàn)特性,或鑒定同一轉(zhuǎn)錄在不一樣組織和細(xì)胞中的選擇性剪接。但有工作
量較大、成本較高、速度較慢等弱點。
液相雜交(solutionhbridization)
指使變性的待測核酸單鏈與放射笥核素標(biāo)識的已知的酸單鏈(探針)在溶液中保溫,使之形
成雜交復(fù)合物。反應(yīng)結(jié)束后,用羥磷灰石法或酶解法將未被雜交的單鏈和雜交雙鏈分開,然
后結(jié)膈后在雜妝分子中的探針量,就可推算出被測H勺核酸量。
遞減雜交(subtractivehybridizatio)
是運用兩種來源一致而功能不一樣日勺組織細(xì)胞提取mRNA(或逆轉(zhuǎn)錄成時CDNA),在一定日勺
條件卜.以過量H勺驅(qū)動mRNA或CDNA與測試日勺單鏈cDNA或mRNA進(jìn)行液相雜交,通過羥
基磷灰石柱層析篩選除去兩者間同源口勺雜交體。經(jīng)多輪雜交策選、除去兩者之間相似的基因
成分,保留特異體現(xiàn)的目的基因或工基因片段。后來者篩選cDNA文庫,可獲得特異體現(xiàn)日勺
目依J基因cDNA全長序列,
核酸原位雜交
用特定標(biāo)識的已知次序核酸作為探針與細(xì)胞級或組織切片中核酸進(jìn)行復(fù)性雜交并對其實行
檢測的措施,稱為核酸原位雜交(nucleicacidhybridizationinsitu)。用來檢測DNA在細(xì)胞
核或染色休上口勺分布,與細(xì)胞內(nèi)RNA進(jìn)行雜交以研究該組織細(xì)胞中特定基因體現(xiàn)水閏:還
用于細(xì)胞、組織中有無特異性菌、病毒檢測的研究。
該法的長處是特異性高,可精確定位;能在成分復(fù)雜的組織中進(jìn)行單一細(xì)胞的研究而不受同
一組織中其他成分口勺影響;不需要從組織中提取核酸,對于組織中含量極低的靶序列有極高
的敏感性;并可完整地保持組織與細(xì)胞的形態(tài)。因此被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)生物學(xué)H勺研究,如基
因定位、基因制失,基因易位、特異基因整合部物色檢測等研究。近年來由定性發(fā)展到定量,
措施更為完善。
DNA分子克隆技術(shù)(也稱基因克隆技術(shù))
在體外將DNA分子片段與載體DNA片段連接,轉(zhuǎn)入細(xì)胞獲得大量拷貝的過程中DNA分子
克隆(或基因克隆)。其基本環(huán)節(jié)包括:制備目口勺基因一將目的基因與載體用限制性內(nèi)切能切
割和連接,制成DNA重組一導(dǎo)入宿主細(xì)胞一篩選、鑒定一擴增和體現(xiàn)。載體(vecors)在
細(xì)胞內(nèi)自我復(fù)制,并帶動重組的I分子片段共同增殖,從而產(chǎn)生大量的DNA分子片段。重要
目的是獲得某一基因或NDA片段的大量拷貝,有了這些與親本分子完全相似的分子克隆,
就可以深入分析基因的構(gòu)造與功能,伴隨引入的DNA片段不一樣,有兩種DNA庫,一種是
基因組文庫(genomiclibrary),另一種是cDNA庫。
載體所謂載體是指攜帶靶DNA片段進(jìn)入宿主細(xì)胞進(jìn)行擴增和體現(xiàn)的工具。
細(xì)菌質(zhì)粒是一種細(xì)菌染色體外小型雙鏈環(huán)狀構(gòu)造的DNA,分子大小為l-20kb,對細(xì)菌日勺某
些代謝活動和抗藥性表型具有一定口勺作用。質(zhì)粒載體是在天然質(zhì)粒H勺基礎(chǔ)上人工改造拼接而
成。最常用日勺質(zhì)粒是PBR322,
噬菌體(phaeg)噬菌體是感染細(xì)菌H勺病毒,按其生活周期分為溶菌型及溶原型兩型。用
野生型人噬菌體改造和構(gòu)建的噬菌體載體是線性雙鏈DNA,基因組約為50kb,最常用R勺曉
菌體為入DNA及其衍生系列。
黏性質(zhì)粒(cosmid)是力質(zhì)粒與噬菌體XDNA構(gòu)成日勺?種4-6kb的環(huán)狀雜種DNA。
體現(xiàn)型載體將上述細(xì)菌質(zhì)粒載體或噬菌體載體接上啟動基因及多聚核糖體口勺基因序列構(gòu)成
了體現(xiàn)型載體。
基因庫的建造
具有某種生物體所有基歷時隨機片段的重組DNA克隆群體,其具有感光趣的基因片段口勺重
組子,可以通過標(biāo)識探針與基因庫中的重組子雜交等措施而篩選出來,所得到的克隆通過純
化和擴增,可用于進(jìn)一步的研。其主環(huán)節(jié)包括:(1)構(gòu)建基因庫迅速的載體;(2)DNA片
段的制備;(3)DNA片段與載體DNAU勺連接;(4)包裝和接種。
cDNA庫日勺建造
是指克隆的DNA片段,是由逆轉(zhuǎn)錄酹自mRNA制備的cDNA。cDNA庫包括某特定細(xì)胞口勺所
有CDNA克隆的文庫,不含內(nèi)含子。
特異基因的篩選
常用的措施有:(1)克隆篩選即探針篩選法;(2)抗體檢測法,檢測其分泌蛋白質(zhì)來篩選
目的基因;(3)放射免疫篩選法,查出分泌特異抗原的基因;(4)免疫沉淀法,進(jìn)行特異
基因的篩選。
核酸序列測定
DNA的堿基序列決定著基因日勺特性,DNA序列分析(測序,sequencing)是分子生物學(xué)重
要的基本技術(shù)。無論從基因庫中篩選H勺癌基因或經(jīng)PCR法擴增H勺基因,最終均需進(jìn)行核酸
序列分析,可藉以理解基因H勺精細(xì)構(gòu)造,獲得其限制性內(nèi)切酶圖譜,分析基因的突變及對功
能的影響,協(xié)助人工俁成基因、設(shè)計引物,以及研究腫揄的分子發(fā)病機制等。測序是在高辨
別率變性聚丙烯酰胺凝膠電泳技術(shù)口勺基礎(chǔ)上建立起來的。目前最常用的措施有
Maxam-Gilbert的化學(xué)降解少和Sanger的雙脫氧法等,近年來已經(jīng)有DNA序列自動測定儀
問世。化學(xué)降解法是在DNA的片段的)5'端標(biāo)識核素,然后用專一性化學(xué)試劑將DNA特異
地降解,在電泳和自顯影后,可得到從標(biāo)識端延伸口勺片段供測讀序列和進(jìn)行比較。一般能讀
出200-250個核苜酸序列。雙脫氧法是采用核甘酸鏈終止劑,如:2',3'一雙脫氧核昔三磷
酸ddNTP(如ddTTP、ddTTP.ddGTP和ddCTP中的一種)摻入到DNA鏈中以終止鏈依J延長,
與摻入4種正常R<JdNTPrJ混合物提成四組進(jìn)行反應(yīng),這樣可得到一組結(jié)尾長衙不一、不一
樣專一性核甘酸鏈終止劑結(jié)尾的DNA片段,經(jīng)凝膠電泳分離和放射自顯影,可讀出合成H勺
DNA核甘酸序列,根據(jù)堿基q補原則,可推算出模板DNA分子的序列。
化學(xué)降解法只需一化學(xué)試劑,反復(fù)性好,輕易掌握;而雙脫氧法需單鏈模板、特異的寡核昔
酸引物及高質(zhì)量日勺DNA聚合酶,便伴隨M13噬菌體載體的發(fā)明和運用,合成的引物輕易獲
得,測序技術(shù)不停改善,故此法已被廣泛應(yīng)用。基脫氧法的自動激光熒光測序儀,使測工作
更迅速和簡便,并且保證高度反復(fù)性。至于RNA測序現(xiàn)大多采用將mRNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA
后同測序,然后反推RNA序列
聚合陋鏈反應(yīng)技術(shù)
聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)簡稱PCR技術(shù),是一種運用DNA變性和復(fù)性原理在體外進(jìn)行特定的DNA
片斷高效擴增的技術(shù),可檢出微量靶序列(甚至少到1個拷貝)。在模板DNA、引物和四種
脫氧核糠核甘酸存在的條件下依賴于DNA聚合酶的酶促合成反應(yīng)。僅需用很少許模板,在
一對引物介導(dǎo)下,在數(shù)小時內(nèi)可擴增至100萬-200萬份拷貝。PCR反應(yīng)分三步:變性、退
火及延伸。以上三步為一循環(huán),每一循環(huán)的產(chǎn)物作為下一種的模板,這樣通過九小時的循環(huán),
每一循環(huán)B勺產(chǎn)物作為種循環(huán)日勺模板,這樣通過數(shù)上時的循環(huán)后,可得到大量復(fù)制的特異
性DNA片段。反應(yīng)條件一般為94c變性30秒,55c退火30秒,70-72C延伸30-60秒,
共進(jìn)行30次循環(huán)左右,最終再延伸72c5分鐘,4c冷卻終止反應(yīng)。
1.逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)用來擴增RNA的措施。
2.競爭逆轉(zhuǎn)錄PCR(competitivereversetranscription-pclymerasechainrectionC-RT-PCR)
低豐度RNA定量的好措施。
3.多重PCR(multiplesPCR)在同一PCR體系中加入多對引物可用于基天長度很長,發(fā)生
多處缺失的般狡@丁?嬖荒0宓募父鑾頡?br>
4.多種PCR可同步加入多套以生物素標(biāo)識的引物起進(jìn)手PCR反應(yīng)。
5.反向PCR(iversepolymerasechainreaction)對一種己知日勺DNA片段兩側(cè)W、J未知序列進(jìn)
行擴增和研究。
6.不對稱PCR在擴增循環(huán)中引入不一樣引物濃度,以得到單鏈DNA并進(jìn)行列測定,以理解
目的基因的序列。
7.錨定PCR(anchoredpolymerasechainreaction)協(xié)助克服序列未知或序列未全知帶來H勺
障礙。在未知序列未端添加同聚物尾序,將互補H勺引物連接于一?段帶限制性內(nèi)切酶位點H勺錨
上,在錨引物和基因另一側(cè)特異性引物的作用卜,將未知序列擴增出來。
8.著色互補試驗或熒光PCR(colorcomplementationassayorfluorescentPCR)原理是用
不一樣熒光染粒,分別標(biāo)識于不一樣寡核甘酸引物上,同步擴增多種DNA片段,反應(yīng)完畢
后,運用分子篩選去多出的引物。用紫外線照射擴增產(chǎn)物,就能顯示某一DNA區(qū)帶熒光染
料顏色的組合,假如某一DNA區(qū)帶熒光染色料顏色的組合,假如某一DNA區(qū)帶缺失,則會
缺乏對應(yīng)的顏色。
9.雙溫PCR(two-temperaturePCR)僅僅執(zhí)行兩步溫度程序。合并退火與延伸溫度。一般
常用溫度是94-95C和4M7C??梢蕴岣叻磻?yīng)的速度和特異性。
上述這些PCR技術(shù)日勺應(yīng)用:(1)PCR技術(shù)擴增特定序列為基礎(chǔ),采用多種措施進(jìn)行檢測,
如PCR-RFLP、PCR-SSCP從已克隆的雙鏈DNA中產(chǎn)生特異性序列作為分子探針;(2)通過
選擇性擴增CDNA中產(chǎn)生特異性序列作為分子探針;(2)通過選擇性擴增CDNA中的特殊片
段,產(chǎn)生針對尚未克隆的基因的探針;(3)從微量mRNA中產(chǎn)生CDNA文庫;(4)產(chǎn)生大
量用于序列分析的DNA;(5)分析基因突變;(6)做染色體步移。
10.原位PCR技術(shù):PCR雖然能擴增包括福爾馬林固定、石蠟包埋組織的多種標(biāo)本的DNA,
但擴增的DNA或RNA產(chǎn)物不能在組織細(xì)胞中定位,因而不能直接與特定的組織細(xì)胞特性相
聯(lián)絡(luò),這是該技術(shù)一種局限性。原位雜交雖具有良好H勺定位能力,但由于其敏感性問題,尤
其是在石蠟切片中,尚不能檢測出低含量的DNA或RNA序列。而原位PCR(InsituPCR,
簡稱ISPCR),它可使擴增的特定DNA片段在分離細(xì)胞和組織切片中定位,從而彌補了PCR
和原位雜交的局限性,具有良好H勺應(yīng)用前景。目前,己經(jīng)有多種設(shè)計日勺原位PCR擴增儀系
統(tǒng)問世,使操作簡便,軟件靈活,已成為拉增固定細(xì)胞那石蠟包埋組織中特定DNA和RNA
序列的有用工具。
ISPCR的技術(shù)特點
(1)既具有PCR的特異性與高敏捷性,又具有原位雜交日勺定位精確性;(2)測到低于2個
拷貝量的細(xì)胞內(nèi)特定DNA序列,甚至可檢測出單一細(xì)胞中的僅含一種拷貝的原病毒DNA:
(3)有助于細(xì)胞內(nèi)特定核酸序列定位與其形態(tài)學(xué)變化的結(jié)合分析;(4)可用于正常或惡性
細(xì)胞,感染或非感染細(xì)胞的鑒定與區(qū)別。
ISPCR日勺基本措施
IS-PCR是PCR和原位雜交兩種技術(shù)H勺綾事,實質(zhì)是一種將靶DNA或RNA在原位擴增后再
進(jìn)行原位雜交的技術(shù),操作程序基本兼有兩種技術(shù)的所有過程,首先在合適處理的細(xì)胞和組
織切片上滴加PCR反應(yīng)液,然后把載玻片放入熱循環(huán)儀中進(jìn)行擴增,最終通過標(biāo)識的探針
進(jìn)行原位雜交檢測擴增產(chǎn)物。
初步應(yīng)用
有關(guān)原位PCR技術(shù)應(yīng)用成功日勺第一篇報道是對感染綿羊中樞神經(jīng)系統(tǒng)visna病毒在綿羊脈絡(luò)
從一細(xì)胞中檢查,通過PCR擴增,僅用150堿基對H勺短探針就可通過ISH檢查到了細(xì)胞內(nèi)
的visna病毒。從開始在試管內(nèi)細(xì)胞行PCR擴增后再涂片做ISH(原位雜交)檢查,已發(fā)展到
用福爾馬林固定、石蠟切片的常規(guī)病理組織措施做原位PCR檢查。有老式的標(biāo)識探針R勺原
位PCR法(間接法),也有將標(biāo)識物先標(biāo)識PCRII勺引物,讓標(biāo)識物擴增后再行ISH檢查的
直接法。因此,目前就原位PCR措施而言,尚未能獲得統(tǒng)一,也即未能比較出哪一種措施
最可靠簡便,各家報道的原位PCR技術(shù)中,在標(biāo)本處理和種類上尚不?樣(細(xì)胞懸液、涂
片、組織切片等),想檢測日勺靶核酸也不一樣(病毒或體細(xì)胞口勺DNA或mRNA),擴增日勺措
施上有不一樣(單引物、多引物),最終顯示的措施也不一樣(直接法、間接法)。這些還均
有待在此后口勺工作中積累經(jīng)驗,以求一致。
原位PCR應(yīng)用的課題,目前正片于開始階段,還很局限,對人體B細(xì)胞淋巴瘤中Ig單拷貝
基因重組的檢查以及對人體外周血中單核細(xì)胞HLA-DQ不一樣亞型的測定,歸納起來,重要
應(yīng)用于兩方面;(1)檢測外源懷基因片段,集中在病毒感染的檢查上,如HIV、HPV、HBV、
CMV等;(2)內(nèi)源性基因片段,如人體的單基因病、重組基因、易位的染色體、Igl向mRNA
片段、癌基因片段等。
基因轉(zhuǎn)染技術(shù)
將特定的遺傳信息傳遞到真核細(xì)胞中,這種能力不僅革新了生物學(xué)和醫(yī)學(xué)中許多基本問題的
研究,也推進(jìn)了診斷和治療方面的分子技術(shù)發(fā)展,并使基因治療成為也許。目前基因轉(zhuǎn)移技
術(shù)已廣泛用于基因口勺構(gòu)造和功能分析、基因體現(xiàn)與調(diào)控、基因治療與轉(zhuǎn)基因動物等研究。本
部分將簡介目前基因轉(zhuǎn)移的重要措施;重點簡介基因轉(zhuǎn)移的病毒措施的基因轉(zhuǎn)染
(transfection)技術(shù)。
基因運載系統(tǒng)
將某一特定日勺靶基因傳遞到靶細(xì)胞,需要應(yīng)用某一基因運載系統(tǒng),目前將這一系統(tǒng)概括為兩
大類:非病毒辣措施和病毒措施。
1.基因轉(zhuǎn)移的非病毒措施
直接注射法將具有DNA的溶液直接注射到肌肉,以引起鄰近的細(xì)胞攝入DNA燕進(jìn)行體現(xiàn),
在肌細(xì)胞中,基因體現(xiàn)可持續(xù)數(shù)月。
磷酸鈣共沉淀法將氯化鈣、DNA和磷酸鹽緩沖液混合,形成磷酸鈣微沉淀,附著于細(xì)胞
膜并通過細(xì)胞內(nèi)存作用耐是入細(xì)胞質(zhì)。該措施的轉(zhuǎn)化效率一般很低。
脂質(zhì)體乘法指質(zhì)體能在體內(nèi)或體外提供運載外源性遺傳物質(zhì)進(jìn)入細(xì)胞日勺載體。脂質(zhì)體介導(dǎo)
的基因轉(zhuǎn)移日勺最大優(yōu)勢在于能在活體內(nèi)應(yīng)用。
受體介導(dǎo)的基因轉(zhuǎn)移依托受體介導(dǎo)的細(xì)胞內(nèi)吞途徑以轉(zhuǎn)移外源基因。受體介導(dǎo)的基因轉(zhuǎn)移
措施是在質(zhì)粒DNA和某種特異的多肽(配體)之間形成復(fù)合體,而這種多肽能為細(xì)胞表面
的肥體所識別。如若將DNA在體內(nèi)運送至肝內(nèi),可以選將DNA和能與肝細(xì)胞受體特異結(jié)合
的去唾液酸糖蛋白質(zhì)偶聯(lián),以便通過細(xì)胞內(nèi)吞過程而被攝入,這種DNA大部分被肝臟所攝
取。應(yīng)用該措施轉(zhuǎn)移的外源基因在活體內(nèi)的體現(xiàn)持續(xù)時間較短,在評估實際應(yīng)用前影上還在
某些問題。
顯微注射法在顯微鏡下,將DNA經(jīng)同細(xì)胞玻璃針地接注入細(xì)胞,該法適合于多種培養(yǎng)生長
的細(xì)胞,但需要一定的設(shè)備和操作用支巧。
電穿孔法運用脈沖場將DNA導(dǎo)入培養(yǎng)細(xì)胞。
微粒子轟擊法(基因槍)近幾年發(fā)展較快的轉(zhuǎn)移措施。使用高能微粒子轟擊將DNA導(dǎo)入培
胞或活的哺乳動物組織內(nèi)。亞微粒的鈣和金能自發(fā)地吸附DNA,將這些微彈加強速到很的
速度轟擊細(xì)胞。試驗成果表明,用這種措施靶基因可在皮膚、肌肉、肝、胰、胃和乳腺等細(xì)
胞中體現(xiàn)。
胚胎干細(xì)胞法胚胎干細(xì)胞是從受精卵開始分裂至4個國胞階段未分化和具有多種潛能H勺生
殖細(xì)胞,能在體外培養(yǎng),可作為正面細(xì)胞,制備轉(zhuǎn)基因動物,以研究基因定向整合或基因剔
險及基因及能。
精子載體法近來發(fā)現(xiàn)用精子和NDA一劑孵育,可捕捉得DNA。通過受精過程,將外源性基
因?qū)胧芫?,可捕捉得物物,大大間化了轉(zhuǎn)基因動物H勺制備過程。
2.基因轉(zhuǎn)移的病毒的措施
病毒作為基因轉(zhuǎn)移時是基為遞送有有并工具,病毒載體時長處有:(1)在轉(zhuǎn)化的細(xì)胞中傳播
重組的DNA分子作為穩(wěn)定的遺傳成分:(2)在也許將有有制陷日勺或突變的基因置于病毒調(diào)
整信號的控制下以進(jìn)行研究;(3)能將克隆的基因作為病毒微染色體的一部分,并能進(jìn)分
離;(4)轉(zhuǎn)移效率較高。其重要缺陷是病毒載體對外源基因的最大容納最只有2500bp。目
前常用的病毒載體有下列幾種。
逆轉(zhuǎn)錄病毒載體逆轉(zhuǎn)錄病毒辣為RNA病毒,它們的基因組編碼在一條單鏈RNA他婦上,
病毒進(jìn)入細(xì)胞通過逆轉(zhuǎn)錄作用,病毒RNA即轉(zhuǎn)變?yōu)殡p鏈DNA分子,DNA進(jìn)入細(xì)胞核并整合
在細(xì)胞染色體中,這種整合的病毒稱為原病毒。在原病毒的兩端各有一長末端反復(fù)序列
(LTR),LTR內(nèi)側(cè)尚有為復(fù)制所必需的其他次序,包括包裝信號。目前常用的逆轉(zhuǎn)病毒載體
有CMV和SVo
DNA病毒載體重要有腺病毒有關(guān)病毒載體,腺端正毒我體,皰疹病毒載體。對DNA病毒
載體的研究是目前基因基因治療研究中的重點領(lǐng)域o
常用的基因轉(zhuǎn)染技術(shù)
將外源基因?qū)氚屑?xì)胞需要一定H勺載體和導(dǎo)入措施,基因轉(zhuǎn)技術(shù)則是將純化的具有靶基因H勺
質(zhì)粒DNA送入細(xì)胞內(nèi),并在細(xì)胞內(nèi)體現(xiàn)。轉(zhuǎn)染措施有多種,根據(jù)不一樣的細(xì)胞,貼壁或懸
浮細(xì)所可選用不一樣的措施,其目的是要到達(dá)設(shè)置轉(zhuǎn)染效率,影響轉(zhuǎn)染產(chǎn)率的原因有多種,
包括轉(zhuǎn)染措施、操作技術(shù)、質(zhì)粒DNA的純度、靶細(xì)胞的生長狀態(tài)等,下面重點簡介向幾種
常用的轉(zhuǎn)染技術(shù):
靶細(xì)胞的)準(zhǔn)備被用于作靶基因轉(zhuǎn)染的細(xì)胞,其生長狀態(tài)怎樣,將直接決定了基因轉(zhuǎn)染效率。
如為貼壁生長H勺細(xì)胞,一股規(guī)定在轉(zhuǎn)染前一日,必需應(yīng)用胰酶處理成單細(xì)胞懸液,重新接種
于培養(yǎng)皿或瓶,細(xì)胞密度以鋪滿培養(yǎng)器皿依J60%為宜,轉(zhuǎn)染當(dāng)日,在轉(zhuǎn)染前4小時換一將
近新鮮培養(yǎng)液。對于懸浮細(xì)胞,也需在轉(zhuǎn)染前4小時換一次新鮮培養(yǎng)液。
靶基因質(zhì)粒DNA的準(zhǔn)備汨于轉(zhuǎn)染的質(zhì)粒DNA必須無蛋白質(zhì),無RNA和其了化學(xué)物質(zhì)的污
染,OD260/280比值應(yīng)在1.8以上。應(yīng)用酚一氯仿抽提法制備的質(zhì)粒DNA一般難以到達(dá)此原
則,F(xiàn)I前大多采用進(jìn)口的術(shù)提取純化試劑盒。
詳細(xì)的基因轉(zhuǎn)染技術(shù)有鱗酸鈣介導(dǎo)H勺轉(zhuǎn)染法、DEAE葡聚糖介導(dǎo)轉(zhuǎn)染法、脂質(zhì)體介導(dǎo)轉(zhuǎn)染法
及電擊基因轉(zhuǎn)導(dǎo)塵等。靶基因被導(dǎo)入細(xì)胞后,一般在轉(zhuǎn)染后48小時,靶基因即在細(xì)胞內(nèi)體
現(xiàn)。根據(jù)不一樣H勺試驗?zāi)康模?8小時后即可進(jìn)行靶基因體現(xiàn)日勺檢測等試驗。如若建立穩(wěn)定
日勺細(xì)胞系,則可對■靶細(xì)胞進(jìn)行篩選,根據(jù)不一樣基因載體中所具有的抗性標(biāo)志選用對應(yīng)口勺藥
物,最常用的直核體現(xiàn)基因載體H勺標(biāo)志物有潮霉素(hygromycin)和新霉素(neomycin)。
轉(zhuǎn)基因動物H勺建立和應(yīng)用
轉(zhuǎn)基因動物是以試驗措施交源基因?qū)胨拗魇芫鸦虺跗谂咛ゼ?xì)胞染色體基因組內(nèi),使其穩(wěn)
定整合和遺傳給后裔動物,它重要采用顯微注射法、逆轉(zhuǎn)錄病毒載體感染法、精子載體法、
電轉(zhuǎn)移法與胚胎干細(xì)胞法,
轉(zhuǎn)基因動物模型打勺建立,推進(jìn)了腫瘤在分子水平上口勺研究,它使人們認(rèn)識到激活的原痛基因
日勺異常體現(xiàn)及功能失常,是腫瘤發(fā)生日勺初階段。將癌基因與特定細(xì)胞的調(diào)控序列連在一起,
可使癌基因在特定細(xì)胞中體現(xiàn),研究靶細(xì)胞對不一樣癌基因的易感性,闡明某一癌基因?qū)μ?/p>
定細(xì)胞生長、分化及功能II勺影響;它還可以研究多種基因H勺協(xié)同作用,有助于對多環(huán)節(jié)致癌
機進(jìn)行深和H勺探討。
轉(zhuǎn)基因小鼠不僅用以研究癌基因的功能,還可以通過使某一基因功能丟失(如用基因剔除技
術(shù))研究抑癌基因在腫瘤發(fā)一中的作用。此外,轉(zhuǎn)基因小鼠對致癌原的測試,為腫瘤的防止,
治療及發(fā)現(xiàn)新口勺致癌物質(zhì)都提供了有價值研究工具。
基因突變的檢測措施
基因突變的研已成為當(dāng)今生命科學(xué)研究口勺熱點之一,檢測措施也隨之迅速發(fā)展。人類細(xì)胞癌
基因的突變類型已如上所述,對于基因突變H勺檢測,1985此前,運用Southern印跡法,可
以篩選出基因H勺缺失、插入和移碼重組等突變形式。對于用該法法不能檢測H勺突變,只能應(yīng)
用復(fù)雜費時的DNA序列測定分析法。多聚酶鏈反應(yīng)(polymerasechainreaction,PCR)技術(shù)
是突變研究中的最重大進(jìn)展,使基因突變檢測技術(shù)有了長足的發(fā)展,目前幾乎所有的基因突
變檢測的分子診斷技術(shù)都是建立于PCR日勺基礎(chǔ)之上,并且由PCR衍生出日勺新措施不停出現(xiàn),
目前已達(dá)二十余種,自動化程度也愈來愈高,分析時間大大縮短,分析成果的精確性也有很
大很提高。其中包括單鏈構(gòu)象多態(tài)性(single-strandcomformationalpolymorphism,SSCP)
和異源雙性分析法(heteroduplexanalysis,HA)。下面分別簡介幾種PCR衍生技術(shù)及經(jīng)典突
變檢測措施,可根據(jù)檢測目的和試驗室條件選擇時參照.
PCR-SSCP法PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯酰胺凝膠上,短H勺單鏈DNA和RNA分子依其
大街基序列不一樣而形成不一樣構(gòu)象,一種堿基H勺變化將影響其構(gòu)象而導(dǎo)致其在凝膠上H勺移
動速度變化。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會形成二級構(gòu)造,這種二級構(gòu)造依賴于
其堿基構(gòu)成,雖然一種堿基U勺不一樣,也會形成不一樣的二級構(gòu)造而出刺同U勺遷移率。由于
該法簡樸迅速,因而被廣泛用于未知基因突變的檢測。用PCR-SSCP法檢測不不小于200bp
的PCR產(chǎn)物時,突變檢出率可達(dá)70%-95%,片段不小于400bp時,檢出率僅為50%左右,
該法也許會存在1%日勺假陽性率。應(yīng)用PCR-SSCP法應(yīng)注意電泳的最佳條件,一般突變類型
對檢測的敏捷度無大的影響,同步該法不能測定突變?nèi)丈拙_位點,還需通過序列分析來確定。
Sarkar等認(rèn)為對于不小于200bp/J片段,用其RNA分子來做SSCP會提高其錄敏度。應(yīng)用
PCR-SSCP檢測點突變已見報道于人類大部分的腫瘤組織或細(xì)胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、
胃癌、肝癌、胰腺癌等。檢測的基因包括多種癌基因及抑癌基因,也是檢測抑癌基因p53
突變最常用的措施,僅檢刻第5-8外顯子即可發(fā)現(xiàn)85%以上的p53基因突變。由于該法簡
便迅速,尤其適合大樣本基因突變研究的篩選工作。
異源雙鏈分析法(HA)HA法直接在變性凝膠上分離雜交時突變型-野生型DNA雙鏈。由
于突變和野生型DNA形成日勺異源雜合雙鏈DNA在其錯配處會形成一突起,在非變性徽膠中
電泳時,會產(chǎn)生與對應(yīng)的同源雙DNA不一樣口勺遷移率。該法與SSCP相似,所不一樣的是
SSCP分離的是單鏈DNA,HA法分離口勺是雙鏈DNA,也只適合于小片段的I分析。但HA對
某些不能用SSCP檢出的突變有互補作用,兩者結(jié)合使相,可使突變檢出率提高到近100%。
突變體富集PCR法(mutant-enrichedPCR)本法的基本原理是運用ras基因家族某個密碼
子部位存在已知的限制性內(nèi)切酶位點,如K-ras基因第12密碼子的BstNI位點,第13密古
巴子有BgIII位點。用鏈續(xù)二次的巢式PCR來擴增包括K-ras第12、13密碼子的DNA片
段,在兩次擴增反應(yīng)之間用對應(yīng)的內(nèi)切酶消化擴增II勺DNA片段,野生型因被酶切而不能進(jìn)
入第二次PCR擴增,而突變型則能完整進(jìn)入第二次PCR擴增并得到產(chǎn)物的富集。
變性梯度凝膠電泳法(denaturinggradinentelectrophoresis,DGGE)DGGE法分析PCR產(chǎn)
物,假如突變發(fā)生在最先解鏈日勺DNA區(qū)域,檢出率可達(dá)100%,檢測片段可達(dá)lkb,最適
圍為100bp-500bp,基本原理基于當(dāng)雙鏈DNA在變性梯度凝膠中進(jìn)行到與DNA變性濕度一
致的凝膠位置時,DNA發(fā)生部分解鏈,電泳適移率下降,當(dāng)解鏈依JDNA鏈中有一種堿基變
化時,會在不一樣R勺時間發(fā)生解鏈,因影響電泳速度變化日勺程
而被分離。由于本法是運用溫度和梯度凝膠遷移率來檢測,需要一套專用H勺電泳裝置,合成
的PCR引物最佳在5'末端加一段40bh50bp的GC夾,以利于檢測發(fā)生于高熔點區(qū)的突變。
在DGGEI向基礎(chǔ)上,又發(fā)展了用濕度梯度替代化學(xué)變性劑的TGGE法(溫度梯度凝膠電泳
temperaturegradientgelelectrophoresiszTGGE)oDGGE和TGGE均有商品化的J電泳裝置,
該法一經(jīng)建立,操作也較簡便,適合于大樣本的檢測篩選。
化學(xué)切割錯配法(chemicalcleavageofmismatch,CCM)CCM為在Maxam-Gilbert測序法
日勺基礎(chǔ)上發(fā)展H勺一項檢測突變口勺技術(shù),其檢測突變口勺精確性可與DNA測序相仿。其基本原
理為將待測含DNA片段與對應(yīng)的J野生型DNA片段或DNA和RNA片段混俁變性雜交,在異
源雜合的雙鏈核酸分子中,錯配H勺C能被羥胺或哌咤切割,錯配的T能被四氧化餓切割,
經(jīng)變性凝膠電泳即可確定與否存在突變。該法檢出率很高,也是檢片段最長的措施,已經(jīng)有
報功檢測了L7kb片段,板如同步對正、反義鏈進(jìn)行分析,檢出率可達(dá)100%。應(yīng)用熒光檢
測系統(tǒng)可增強敏感度,可檢測到10個細(xì)胞中的1個突變細(xì)胞。該法中II勺化學(xué)試劑有毒,又
發(fā)展了碳二亞胺檢測法(catodiimide,CDI),CDI為無毒物質(zhì),也可檢測大片段DNA的點突
變。
等位基因特異性寡核苜酸分析法(allele-specificoligonucleotide,ASO)ASO為一種以雜交
為基礎(chǔ)對已知突變口勺檢測技術(shù)。以PCR和ASO相結(jié)合,設(shè)計一段20bp左右的寡核甘酸片
段,其中包括了發(fā)生突變的部位,以此為探針,與固定在膜上的經(jīng)PCR拉增H勺樣品DNA雜
交??梢杂枚喾N突變類型的寡核甘酸探針,同步以野生型探針為對照,如出現(xiàn)陽性雜交帶,
則表運河樣品中存在與該ASO探針對應(yīng)時點突變,ASO需嚴(yán)格控制雜交條件和設(shè)置原則對
照防止假陽性和假陰性。目前已經(jīng)有商品化的檢測盒檢測部分癌基因ASO突變。
DNA芯片技術(shù)(DNAchip)DNA芯片技術(shù)是90年代后發(fā)展的一項DNA分析新技術(shù),它集
合了集成電路計算機、激光共聚焦掃描、熒光標(biāo)識探針和DNA合成等先進(jìn)技術(shù)??捎糜诨?/p>
因定位、DNA測序、物理圖譜和遺傳圖譜的構(gòu)建等。在基因突變檢測方面DNA芯片也有廣
闊的前景,其基本原理為將許多已知序列的寡核昔酸DNA排列在1塊集成電路板上,彼此
之間重疊1個堿基,并覆蓋所有所需檢測口勺基因,將熒光標(biāo)識的正常DNA和突變DNA發(fā)別
與2塊DNA芯片雜交,由于至少存在1個堿基口勺差異,正常和突變的DNA將會得到不一樣
的雜交圖譜,通過共匯集顯微鏡分別檢測兩種DNA分子產(chǎn)生的熒光信號,即可確定與否存
在突變,該措施迅速簡樸、片動化程度高,具有很大的發(fā)展?jié)摿?,將在基因突變檢測中心發(fā)
揮非常重要的作用。
連接酶鏈反應(yīng)(ligasechainreactionzLCR)與其他核酸擴增技術(shù)比較,其最大特點為可精
確辨別基因序列中單個基因突變,由Landegree于1988年初次應(yīng)用于鐮刀獎細(xì)胞貧血H勺分
子診斷。LCR是以DNA連接酶將某一DNA鏈的5'-磷酸與另一相鄰鏈3'-羥基連接為基礎(chǔ),
應(yīng)用兩對互補口勺引物,雙鏈DNA經(jīng)加熱變性后,兩對引物分別與模板復(fù)性,若完全互補,
則在連接酹的作用下,使相處兩引物日勺5'■磷酸與3'■羥基形成磷酸二酯二酯鍵而連接,前
一次H勺連接產(chǎn)物又作為下一次循環(huán)反應(yīng)口勺模板,假如配對H勺堿基存在突變則不能連接和擴
增。LCR產(chǎn)物檢測最初是通過這32P標(biāo)識上游引物3'末端,經(jīng)變性凝膠電泳分離后放射自
顯影加以鑒定,其檢測敏感性到達(dá)200個靶分子。也可設(shè)計1個橫跨兩引物的檢測探針,
用它與LCR產(chǎn)物進(jìn)行雜交檢測。近年有應(yīng)用熒光素、地高辛等非核素標(biāo)識措施。Batt在1994
年發(fā)展了一種更為簡的措施,好微孔板夾心雜交法。由于LCRI內(nèi)迅速、特蛋和敏感的特性,
以及能檢測單個堿基突變的能力,因此被應(yīng)用于腫瘤基因突變的分子診斷,并與PCR結(jié)合
用以提高其敏感性。
等位基因特異性擴增法(Allele-specificamplification,ASA)ASA于1989年建立,是PCR技
術(shù)應(yīng)用『、J發(fā)展,也稱擴增近礙突變系統(tǒng)(amplificationrefractorymutationsystem,ARMS)、
等位基因特性PCR(allele-specificPCRZASPCR)等,用于對已知突變基因進(jìn)行檢測。該法
通過設(shè)計兩個5'端引物,一種與正常DNA互補,一種與突變DNA互補,對于純合性突變,
分別加入這兩種引物及3、端引物進(jìn)行兩個平行PCR,吸有與突變DNA完互補的引物才可延
伸并得到PCR擴增產(chǎn)物。假如錯配位于引物的3'端則導(dǎo)致PCR不能延伸,則稱為ARMS。
ARMS和ASPCR借鑒多重PCR原理,可在同一系統(tǒng)中同步檢測兩種或多種等位基因突變位
點。ASA法的檢出率依賴于反應(yīng)條件的優(yōu)化和也許發(fā)生的引物與靶DNA有氏配時錯配延伸,
尤其是當(dāng)錯配堿基為G:T時,這時可通過調(diào)整試驗條件如引物靶DNA,TaqDNA聚合前日勺
濃度等來得高瓜在特異性,在反應(yīng)體系中加入甲酰胺也可減少非特異性擴增。還可通過在引
物3'端的第二個堿基引入一種錯配堿基,使之與模板之間形成雙重錯配以制止錯誤延伸。
RNA隨A切害ij法(RNaseAcleavage)在一定條件下,氨基源雙鏈核酸分子RNA:RNA或
RNA:DNA中的錯配堿基可被RNaseA切割,切割產(chǎn)物可通過變性凝膠電泳分離。當(dāng)RNA
探針上錯配H勺堿基為喋吟時,RNaseA在錯配處H勺切割效率很低,甚至不切割,而當(dāng)錯配堿
基為喀咤時,則其切割效率較高。故假如僅分析被檢DNAH勺一種條鏈,突變檢出率只有30%,
如同步分析正義和反義二條鏈,檢出率可達(dá)70%。該法需要制備RNA探針,增長了操作時
復(fù)雜性,但可用于l-2kbR勺大片段進(jìn)行檢測,并能確定突變位點。于這些優(yōu)越性,它仍被作
為一種經(jīng)典措施用于對未知突變進(jìn)行分析。
染色體原位雜交(Insituhybridizationofchromosome)染色體發(fā)現(xiàn)距今已經(jīng)有150數(shù)年『寸
歷史,染色體檢測被廣泛用于動、植物及人類的細(xì)胞遺傳學(xué)研究,伴隨染色體分技術(shù)和分子
生物學(xué)技術(shù)及I發(fā)展。染色體研究范圍也不停擴大,尤其是用于腫瘤分子診斷。腫瘤細(xì)胞的染
色體變化是一非常普遍的現(xiàn)象,可分為原發(fā)和繼發(fā)兩類。在腫瘤形成的生物學(xué)基礎(chǔ)方面,原
發(fā)性的染色體變化與引起腫瘤的直接原因有關(guān),腫瘤細(xì)胞中可以發(fā)現(xiàn)多種形式的染色體畸
變,如缺失、反復(fù)、易位、重排、單體斷裂及核內(nèi)復(fù)制等;繼發(fā)性變化重要是腫瘤細(xì)胞核型
的變化。染色體口勺檢測對于腫瘤的診斷、鑒別診斷、生物學(xué)行為鑒別等方面都重要意義。染
色體的檢測措施進(jìn)展很快,檢測的精確率也不停提高,這里重要簡介熒光原位雜交和PRINS
法。
熒光原位雜交技術(shù)(fluorescentinsituhybridisation,FISH)創(chuàng)立于1986年。1969年Gall
和Pardue首先應(yīng)用核素標(biāo)識核甘酸制備探針,通過放射自顯影檢測雜交信號。應(yīng)用核素標(biāo)
識的探針其敏感性可以檢測到中期染色體上兒百
堿基的單拷貝靶核甘酸序列,敏感性雖高,但定位不夠精確。FISH具有探針穩(wěn)定、操作安
全,可迅速、多色顯示多種不一樣探針的雜交信號等長處。FISHH勺敏捷感與探針標(biāo)識措施
和檢測儀器性能有關(guān),探針標(biāo)識時摻入的修飾核昔酸比例直接影響雜交信號強度。FISH探
針一般采用隨機引物法或切口翻譯法,如將PCR技術(shù)引入FISH探針標(biāo)識,可使其敏捷度提
高到0.25kb。應(yīng)用慢掃描CCD配合影像處理理軟件,增強信噪比,有助于檢測微弱信號,
如應(yīng)用TSA系統(tǒng)(tyramidesignalamplification)能將雜交信號再放大1000倍,可用于單
拷貝基因的定位。FISH辨別率大概為l-3Mb,假如應(yīng)用強變性劑處理染色體,讓DNA分子
從蛋白質(zhì)中分離出來,使雙DNA完全伸展并粘附在玻片上,經(jīng)引處理后,辨別率可達(dá)l-2kb
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