第一關(guān):它的名字是“高達”·"G"ontheground

SEED第一話的劇情,ZAFT的庫魯澤(クルーゼ)隊襲擊了奧布的殖民衛(wèi)星海里奧波里斯欲奪取聯(lián)邦軍的新造兵器,大和吉良(キラ=ヤマト)在尋找避難所的途中無意間在工廠里發(fā)現(xiàn)了聯(lián)邦軍的新式機動兵器“G”，而且前來奪取它的ZAFT士兵居然是從前的好友阿斯蘭(アスラン=ザラ)，為了逃生，吉良只好乘上了強襲高達（ストライクガンダム）……

第一戰(zhàn)比較容易，一開始瑪琉(マリュ—=ラミアス)會詢問是否需要指導(dǎo)，選第一項的話可以在瑪琉的指導(dǎo)下輕松消滅敵人，選第二項的話就要靠自己努力了，建議第一次玩的人還是選第一項好。干掉三部敵機后被庫魯擇追擊的穆(ムゥ=フラガ)出現(xiàn)，可以讓吉良和他組成一隊再攻擊敵人，過了幾回合母鍵ＡＡ（アークエンジェル，簡稱AA）就會趕到支援。對付庫魯澤的時候只要多多利用ＩＤ就可以輕松解決。第二關(guān)：從宇宙落下之星·DescendtoearthＡＡ要突入大氣圈進入地球，聯(lián)邦軍的ＬＵＮＡ２的瓦肯艦隊來護衛(wèi)。庫魯澤隊和吉恩軍的“紅色閃電”喬尼·萊丁惡狠狠地……追殺過來，而吉良的好友－阿斯蘭也在其中……

本關(guān)任務(wù)是防衛(wèi)ＡＡ六回合，一開始友軍戰(zhàn)艦就會沖上去并放出多隊的核戰(zhàn)機來攻擊敵人，不過在敵人面前只有挨打的份，吉良和阿斯蘭交手后兩人可以交信。數(shù)回合后，高達Ｘ里的ＢＴ兄弟來襲，吉良看見ＡＡ被攻擊，當(dāng)即爆ＳＥＥＤ將兩人擊退。瓦肯司令在這場戰(zhàn)斗中也會被庫魯擇所擊敗。六回合后，ＡＡ突入大氣層，同時TURNA高達的主角羅蘭(ロラン=セアック）也做為月之民的“地球回歸計劃”的先遣部隊而降落地球，但是吉良在準(zhǔn)備歸艦的時候被突然出現(xiàn)的飛翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻擊，受重傷后掉落地球……第三話：戰(zhàn)場是荒野·Escapeinruines

本關(guān)是ＷＢ(ホワイトベース，簡稱WB)隊擊斃吉恩軍司令卡魯瑪·扎比(ガルマ=ザビ)的劇情，夏亞(シャア)的復(fù)仇計劃第一步。我方的目標(biāo)是將敵人引到ＷＢ的埋伏范圍內(nèi)，一開始布萊德會作出說明，紅色的區(qū)域即是。讓阿姆羅上前和夏亞交手會發(fā)生對話，阿姆羅和敵軍中的庫庫魯斯（ククルス·ドアン）交手后也會發(fā)生對話，然后可以交信（這是進入ＥＸ第一關(guān)的條件）。當(dāng)卡魯瑪所乘坐的母艦進入范圍后，會發(fā)生原著劇情，ＷＢ將卡魯瑪擊斃，同時敵軍的其他母艦也會撤退，但是ＭＳ部隊會留下來，所以這時候就可以放開了隨便打了，如果可以的話抓一部扎古回家收藏收藏。Ex第一關(guān)：庫庫魯斯的島·Desertsoldier

阿姆羅出艦偵察后被不明炮火擊中，醒來后發(fā)現(xiàn)自己身處一座小島中，原來擊落他的就是在上一戰(zhàn)中交手過的庫庫魯斯，這時卻有數(shù)部吉恩軍的扎古來襲，原來庫庫魯斯為了保護孩子們而當(dāng)了逃兵，而吉恩軍是來清理門戶的。

第二回合庫庫魯斯就會出來支援，兩人將扎古隊全滅后又出現(xiàn)了新的敵人，這時庫庫魯斯怒槽爆發(fā)，發(fā)動ＳＵＰＥＲ模式……將敵軍全滅……然后母艦來到，接走了阿姆羅，同時庫庫魯斯為了能保護更多在戰(zhàn)爭中受苦的孩子，也加入了ＷＢ隊。第四話：吉恩的威脅

WB隊在前往聯(lián)邦軍總基地加布羅的途中。在經(jīng)過沙漠的時候，和吉恩軍的王牌機師--“青色巨星”蘭巴·拉魯(ランバ=ラル)所帶的部隊遭遇。

本關(guān)敵人還是不太多，開戰(zhàn)后，塞拉（セイラ)會駕駛核戰(zhàn)機出擊挑戰(zhàn)蘭巴，但是卻被重創(chuàng)（HP減半）。這時可以讓W(xué)B和塞拉鄰接后交信，塞拉就會重新聽從指揮。數(shù)回合后，阿魯夫（アルフ）博士帶著勇(ユウ=カジマ)的BD小隊出現(xiàn)在左上方，同時在左下方也出現(xiàn)了乘坐著同樣擁有EXAM系統(tǒng)的依夫里特(イフリ—ト)的尼姆巴斯(ニムバス)。這時可以讓勇發(fā)動BD-1的EXAM系統(tǒng)（用ID）然后再和尼姆巴斯交戰(zhàn)，由勇打倒尼姆巴斯的話可以得到獎勵點數(shù)。

過關(guān)后，WB隊決定與同在沙漠中的AA隊會合。

第五話：沙塵的盡頭·Deserttiger,Bluegiant

在AA隊和WB隊會合的時候，ZAFT軍號稱沙漠之虎的安多留·巴魯特菲魯?shù)?アンドリュ=バルトフェルド)來襲，在沙漠之虎開始進攻后，蘭巴·拉魯所率領(lǐng)的吉恩軍也開始了進攻，我方呈被敵兩面夾擊之勢。

本關(guān)可令WB隊和AA隊分別迎擊上下兩方的敵人，WB隊方面，最好是讓塞拉和阿姆羅編在一隊，這樣和蘭巴交戰(zhàn)的時候就可以一次性對話完畢，多運用鋼加農(nóng)(ガンキャノン)和鋼坦克(ガンタンク)的遠程攻擊分散敵人然后再加以各個擊破。勇的隊伍最好是去支援WB隊。

在AA隊那邊，第一回合結(jié)束后卡嘉麗(カガリ)就會率領(lǐng)游擊隊乘扎古出擊，同時羅蘭也會乘座MSフラット在左方出現(xiàn)，不過這時候他們都是友軍，可以讓大天使號靠近卡嘉麗進行交信，然后他們就會加入我方。吉良也可以和卡嘉麗進行交信。敵軍的MA巴庫（バクゥ）實力較強且都帶有遠程武器，如果能讓AA受重傷的話，吉良就會發(fā)動SEED，這樣就容易多了。

戰(zhàn)斗結(jié)束后得到新的補給，強襲高達的空戰(zhàn)裝備也得手了，還有強化了的MC高達，馬上就要開始奧得塞攻略戰(zhàn)了。第六話：哀戰(zhàn)士·BattleinOdessa

本關(guān)是與“青色巨星”隊和“沙漠之虎”隊的決戰(zhàn)，我方的小隊配置最好是和上一關(guān)相同。

開戰(zhàn)后，建議先攻擊蘭巴隊，由阿姆羅擊倒蘭巴后會發(fā)生劇情，蘭巴自盡而亡（如果在擊倒蘭巴之前先擊到他的妻子哈蒙（敵母艦）的話，可以進入EX第二關(guān)）。沙漠之虎方面，由吉良將安多留擊倒后也會發(fā)生劇情。將敵人消滅到一定數(shù)量以下的時候，在地圖中央的湖下方，黑色三連星會帶著四隊扎古增援，讓阿姆羅攻擊黑色三連星小隊的話會發(fā)生劇情，瑪奇露達為了掩護阿姆羅而被黑色三連星殺死，而阿姆羅也在這個時候擊斃了三連星中的馬修。事件后，三連星的其余兩人撤退，可以放心打掃戰(zhàn)場了。

戰(zhàn)斗結(jié)束后收到消息，雷比爾將軍已經(jīng)成功拿下奧德塞，吉恩軍的瑪·庫貝司令（マ=クベ）逃往宇宙。同時，雷比爾將軍將AA隊和WB隊編成為第十三獨立艦隊，并任命AA為旗艦（終于，0079被SEED完全壓過了……），瑪琉為艦隊的總指揮。這時警報響起，原來吉恩軍已經(jīng)開始了加布羅攻略作戰(zhàn)，在空中更是出現(xiàn)了由愛娜（アイナ）駕駛的MA阿布薩拉斯(アブサラス)……

Ex第二關(guān)：戰(zhàn)斗只能加深仇恨·Asongofhatetheyhear……

安多留的情人愛沙為了給安多留報仇而帶隊來襲。在第二回合會有兩部敵機增援，讓吉良攻擊愛沙會有對話，第三回合結(jié)束時，哈蒙會駕駛著裝滿了炸藥的陸上戰(zhàn)艦出現(xiàn)欲撞擊WB，現(xiàn)在玩家的首要目標(biāo)就是要擊毀哈蒙的戰(zhàn)艦。將敵人全滅后，吉恩軍的殘黨也投降了，但是突然出現(xiàn)的聯(lián)邦軍的巴斯克卻讓強化人零將投降的吉恩軍消滅，瑪琉艦長看不過，決定讓吉恩軍的人先逃跑，而由我方艦隊來拖延時間。此時的任務(wù)目的是拖延時間到八回合以后，不過巴斯克的戰(zhàn)艦會一直沖向前來，玩家如果想快點解決的話直接將戰(zhàn)艦擊毀就可以了。第七話：突襲加布羅·Jabroraided

阿魯夫博士制造好了高達BD3，并將其交與勇。在地面上打得熱火朝天時，夏亞正率隊偷襲加布羅的地下港。

本關(guān)一開始敵人出現(xiàn)在地圖的右下角，在正式開始戰(zhàn)斗后，尼姆巴斯偷取了高達BD2在地圖的右方出現(xiàn)。而乘上了BD3的勇也已經(jīng)出擊，當(dāng)然對付尼姆巴斯的最好方法就是讓勇發(fā)動EXAM后用特技攻擊。第二回合開始后08小隊的西羅（シロ—)帶隊在地圖左方出現(xiàn)增援。將敵人消滅到一定數(shù)量的時候，愛娜乘坐著MA布薩拉斯出現(xiàn)在地圖左下方，同時黑色三連星的剩余兩位也駕駛著新型的MS加入戰(zhàn)斗。當(dāng)夏亞攻擊WB的時候會發(fā)生劇情，伍提為了掩護WB而被夏亞殺死，而塞拉和夏亞交戰(zhàn)后雙方可以交信。擊退愛娜后，西羅和原著劇情一樣追擊阿布薩拉斯而去，全滅敵人后，總部也傳來了撤退命令，原來加布羅已經(jīng)完全失守了，眾人正要離去時，那該874的福羅斯特兄弟又出現(xiàn)了，不但自身乘坐著高達，還帶來了一批阿布薩拉斯……

此時玩家的任務(wù)就是要讓AA逃離到地圖下方區(qū)域，瑪琉艦長會指示出來，接著就是……逃吧……

其實大家可以趁這個時候抓一兩部阿布薩拉斯回家的，這可是好東西啊~~~~只要小心歐魯巴（オルバ）的攻擊就行了，其他的敵人都是用遠程攻擊的，可以利用散開來回避。

一行逃出加布羅后，加布羅便被吉恩軍完全占領(lǐng)，地球聯(lián)邦陷入了非常不利的境地，雷比爾將軍只好率部撤離到澳洲繼續(xù)指揮反抗作戰(zhàn)。雖然這里有新型的戰(zhàn)艦和MS，但吉恩軍的魔爪也已經(jīng)伸到了這里……第八話：強奪高達·Encounterintwosoldiers

在聯(lián)邦軍新型戰(zhàn)艦阿魯比安(アルビオン，以后簡稱ARU)停靠在基地內(nèi)的時候，吉恩軍的王牌機師--有著“所羅門的惡夢之稱的阿納貝爾·卡特(アナベル=ガト—)潛入基地內(nèi)并成功奪取了搭載有核彈頭的最新試制MS-高達GP-02，在他奪得機體的同時，聯(lián)邦軍的士浦木宏(コウ=ウラキ)發(fā)現(xiàn)了此情況，便隨即搭乘上同樣是新型試制MS的高達GP-01欲阻止卡特。

本關(guān)開始便是宏和卡特的單挑，把宏的ID全用上吧，不出差錯的話兩次攻擊就能解決掉GP-02，不過在卡特強大的實力下（其實是像小強一樣復(fù)活了……），宏還是沒能阻止得了他。在卡特撤退后，吉恩軍的掩護部隊登場，巴尼(バ—ニイ)也在其中。這回的敵人數(shù)量比較多，而我們的獨立艦隊又不能馬上出擊，在基地中擔(dān)任試飛員的克麗絲(クリス）怕宏一個人應(yīng)付不過來，便乘上高達NT-1出擊。一開始先不要過去攻擊敵人，讓敵人先靠近，等第三回合開始主艦出擊后在讓大伙兒一起上，如果上關(guān)有捕捉到阿布薩拉斯并改造出阿布薩拉斯3的話，就能利用直線型的地圖武器攻擊將大部隊的敵人分散開來，這樣就比較容易擊倒敵人了，敵人中有幾部水戰(zhàn)MS，如(ズゴックE、ハイゴッグ),質(zhì)量還是不錯的，抓一兩部來吧。當(dāng)克麗絲和巴尼交戰(zhàn)的時候他們會有對話，然后用克麗絲擊倒巴尼就可以救得到他。全滅敵人后即可過關(guān)。

過關(guān)后會有數(shù)名新的機師補充，總算是陷入人多位子少的局面了……一名自稱卡繆(カミ—ユ)的年輕人出現(xiàn)，他就是將基地內(nèi)的情報出賣給吉恩軍的聯(lián)邦軍士官福蘭克林(フランクリン)的兒子。他要求加入我方但是卻遭到瑪琉艦長的拒絕。隨后，ARU艦長西拿普斯(エイパ—=シナプス)決定開始追擊卡特。第九話：熱砂的攻防戰(zhàn)·ForZeon,Forglory

ARU隊找到了吉恩軍的基地，此時卡特正準(zhǔn)備和GP-02一起上宇宙，于是西拿普斯艦長下令A(yù)RU隊先行開始進攻。

初期敵人不是很多，但是敵人在攻擊時大都會使用ID，且我方一開始的人數(shù)較少，最好不要馬上就沖上去。第二回合結(jié)束后，卡繆的父親會駕駛著紅色角馬來進攻我方，同時卡繆也從機庫里偷乘高達MK2出擊阻止父親。在第三回合，AA和WB趕到，同時敵人也會派出增援。這時可以放心進攻了。讓卡繆和他父親交戰(zhàn)會有對話，但是不要將其擊倒，下一回合開始后，東方不敗會出現(xiàn)，將卡繆父子好好教訓(xùn)了一頓后，出手將卡繆的父親打倒，并讓徒弟多蒙(ドモン=カッシュ)將其綁到AA上，隨后兩人即加入戰(zhàn)斗。在我方母艦接近吉恩軍基地（也有可能是第四回合開始后我方行動后）時，卡特終于不忍丟下同伴不顧而駕機出擊，而吉恩軍的基林(キリング）中佐卻不愿干這傻事而離去。擊倒卡特后就可以回收GP-02（但是用不到……）。

戰(zhàn)斗結(jié)束后，東方不敗師徒來到AA上，東方不敗想把弟子留在艦隊里“體驗生活”，西拿普斯艦長怕麻煩就把一切都推給瑪琉艦長自己卻跑了……盛情難卻，瑪琉艦長只好留下了多蒙，同時康復(fù)后的巴尼也加入隊伍中。

此時，在宇宙，基林中佐正為了將核彈頭帶了出來而暗暗高興，沒想到卻接到了有一部不明身份的MA接近的報告……而飛翼零已經(jīng)瞄準(zhǔn)了目標(biāo)……

后篇：穿過宇宙的流星·The3rd"GUNDAM"appears

此關(guān)乃希羅的個人秀，基林派出的MS根本就不能和零式相匹敵。解決了敵人后，希羅又收到的新的任務(wù)，向著目的地而去……（如果四回合內(nèi)能過關(guān)，就能進入Ex第三關(guān)）

為了奪回加布羅基地，第十三獨立艦隊被編入加米托夫準(zhǔn)將的心腹---巴斯克的部隊中，這時眾人才得知原來加米托夫已經(jīng)取代了雷比爾將軍的位置。西羅因為在撤出加布羅基地后和敵軍的愛娜在一起而被懷疑是間諜，為了洗清自己的嫌疑，他要求下一次戰(zhàn)斗時一定要讓他出擊，同時在吉恩那邊邊，愛娜也同樣因為曾和聯(lián)邦軍的西羅在一起而受到她的哥哥基尼阿斯（ギニアス）的責(zé)怪。這時在宇宙中，阿斯蘭也作為ZAFT的增援而被派遣到加布羅基地。Ex第三關(guān)：和高達相會的日子·Boysmeet"G"

OZ襲擊了西布克所在的城市，因為西布克的母親是高達F91者，所以聯(lián)邦士兵想讓他看看能不能啟動F91，沒想到真的成功了，于是西布克就駕駛著F91單槍匹馬出擊迎敵。在第二回合，伍索看見OZ在城市里引發(fā)戰(zhàn)斗后十分氣憤，居然爬上敵人的MS將機師打出來后乘上了敵方的MS，西布克感應(yīng)到那部MS并不是敵人后便讓伍索與其會合。第三回合我方艦隊登場，而剛才被伍索打落的敵BOSS也重新帶兵上場。將敵兩BOSS都消滅后，希羅和澤古斯兩人出現(xiàn)且澤古斯想要和希羅分個身負(fù)，不過在希羅強大的火力下……全滅敵人后就可過關(guān)。

西拿普斯艦長正在責(zé)怪聯(lián)邦士官隨隨便便讓外人接觸軍部機密，而瑪琉艦長卻說這事交由她處理就好了，而西布克也有加入我方的意思。伍索為了尋找自己的父親也加入了艦隊。第十話：震動的大地·Darknesscrawl

奪回加布羅的作戰(zhàn)已經(jīng)開始了，第十三獨立艦隊奉命在加布羅地下港吸引敵軍注意力好讓聯(lián)邦主力部隊能夠順利攻下加布羅。進入地下港后，吉恩軍已經(jīng)擺好了陣勢準(zhǔn)備歡迎我軍……

本關(guān)最好讓三個部隊都從左邊進攻，西羅已經(jīng)出擊。吉良可以在和敵軍中的阿斯蘭交手后與其交信，但是兩個人都說服不了對方，用吉良擊退阿斯蘭可以得到獎勵。敵軍中的諾里斯(ノリス)在被打倒后還會再復(fù)活一次，然后再用西羅擊倒他就會發(fā)生劇情，西羅在被諾里斯重創(chuàng)后仍不放棄，堅信自己一定要見到愛娜而拼死向諾里斯發(fā)起攻擊，在最后一刻，諾里斯終于知道眼前的對手就是愛娜所思念的人……

消滅全部敵人后，基尼阿斯和愛娜駕駛著完成了的阿布薩拉斯3出現(xiàn)，同時巴斯克也在加布羅地下設(shè)置好了獨眼巨人系統(tǒng)(サイクロブス)，想將吉恩軍和第十三獨立艦隊一網(wǎng)打盡。當(dāng)敵人開始行動后，阿魯夫博士發(fā)覺了這一情況，原來是加米托夫為了在奪回加布羅后順便削弱雷比爾將軍的力量而搞的鬼，這次參加進攻的也差不多都是原雷比爾將軍的部隊。知悉了這一情況后，西拿普斯艦長決定盡快消滅剩余的敵人后再逃走。

在引發(fā)這一劇情前玩家們最好將己方部隊往下放一點，因為阿布薩拉斯3的攻擊力和命中都很高，萬一被其擊中后果不堪設(shè)想……將阿布薩拉斯3的HP打到快完時會發(fā)生劇情，愛娜因不同意哥哥的做法而被基尼阿斯槍擊，隨后憤怒的基尼阿斯向我軍發(fā)起了猛攻（HP全回復(fù)）。再一次用西羅擊倒他后，西羅和愛娜便會兩人合力給予阿布薩拉斯3最后一擊，終于將其消滅，可同時兩人也卷入了爆炸中，幸好被桑達斯救回。

消滅了阿布薩拉斯3后戰(zhàn)斗就會結(jié)束，我軍正準(zhǔn)備逃離的時候，又一次，那BL兄弟帶兵擋在我軍面前。希羅在此時及時趕到，消滅了擋路的敵軍后帶領(lǐng)艦隊逃出了即將爆炸的加布羅……

逃出成功之后，眾人正為以后該怎么辦而著急，這時與希羅同來的J博士（ドクタ—J）出現(xiàn)在AA的艦橋通過J博士的話眾人才知道，原來加米托夫已經(jīng)和OZ勾結(jié)在一起了，吉良認(rèn)為現(xiàn)在的目應(yīng)該是致力于將戰(zhàn)爭本身消滅掉，于是瑪琉艦長決定全艦隊退出聯(lián)邦軍，以后的目標(biāo)就是要盡力阻止戰(zhàn)爭。

第十三獨立艦隊經(jīng)過數(shù)場惡戰(zhàn)，迫切需要進行修理和補給，于是J博士就將艦隊帶往中立國奧布接受整修，而奧布的領(lǐng)導(dǎo)人伍茲米（ウズミ=アスハ）也希望AA艦隊能將戰(zhàn)爭結(jié)束回復(fù)和平。獨立艦隊補給整修完后利用奧布的質(zhì)量加速器進入宇宙，而庫魯澤也在這個時候率艦隊來襲。

第十一話：必須要與其戰(zhàn)斗的東西·Theirgoalhasnotseen,yet

在上一關(guān)結(jié)束后是沒有進入編成畫面而直接進入本關(guān)的。開始戰(zhàn)斗后，我方只有AA一艘戰(zhàn)艦，敵方同樣

也只有一艘戰(zhàn)艦。當(dāng)勇開始行動后會發(fā)生劇情，BD3的系統(tǒng)似乎感應(yīng)到了什么東西，這時也會在地圖上用

紅色區(qū)域標(biāo)明，玩家所做的就是要讓勇進入這個區(qū)域，然后會發(fā)生BD3暴走事件，隨即BD3就消失了（進入EX第四關(guān)的條件）。將敵人消滅到只剩三四部機子的時候，亞贊（ヤザン）所帶領(lǐng)的聯(lián)邦軍就會出現(xiàn)，萬

萬沒料到的是他居然給庫魯澤帶來了自由高達(フリ—ダムガンダム)，隨后庫魯澤就換乘上了自由高達。

正當(dāng)庫魯澤的部下對自己上司的行為感到不解的時候，庫魯澤對著自己的戰(zhàn)艦開火了……

亞贊的機體是高達MK5，而且是可以捕捉的！只不過機率比較低，可能要多試幾次才能成功。用卡繆

攻擊亞贊、用吉良和穆攻擊庫魯澤都會發(fā)生對話。擊倒庫魯澤后他會離去，此時在地圖下方居然又出現(xiàn)了

阿布薩拉斯3，原來是在加布羅被福羅斯特兄弟撿了回來并改造成了MA。愛娜見到此景不禁傷心地回想起了自己的哥哥，而西羅為了親手結(jié)束阿布薩拉斯的惡夢而駕機出擊。

由于西羅的機體是陸戰(zhàn)型，所以在宇宙里是根本動彈不得，而且阿布薩拉斯3的護衛(wèi)MS也都較強，幸好西羅的ID可以大大加強回避率，此時應(yīng)該讓AA接近吸引火力（敵人會以攻擊AA為優(yōu)先），然后再慢慢料理阿布薩拉斯。

本關(guān)出現(xiàn)了許多新型的MS，玩家們應(yīng)該知道要干什么了吧？挑中意的帶回家去吧……

過關(guān)后西拿普斯艦長來到，要求AA隊回去聯(lián)邦軍，雖然西拿普斯艦長只是奉命行事，并且聲明如不遵從就要動用武力，瑪琉艦長還是在嚴(yán)詞拒絕后離開了。

由于勇駕駛著BD3失蹤了，所以要派人去搜索。西羅為EZ-8不能在宇宙中戰(zhàn)斗而苦惱不已，但是J博士卻信心滿滿地說有辦法可以將EZ-8改裝成宇宙戰(zhàn)模式。Ex第四關(guān)：被制裁的人·Agirlincage

勇在宇宙中找到了呼喚自己的東西，原來就是駕駛著BD2的尼姆巴斯，兩人間的決斗不可避免地開始了……

本關(guān)一對一的決斗，玩家可以讓勇發(fā)動EXAM后再攻擊尼姆巴斯，應(yīng)該很容易就能得勝。擊倒尼姆巴斯后，他仍然沒有放棄要打敗勇的信念，BD2也發(fā)動了EXAM模式。此時我方母艦到達，尼姆巴斯為了不讓自己的決斗被妨礙，派出四部MS來阻止我軍。再一次用勇?lián)舻笲D2后發(fā)生劇情，瘋狂的決斗以BD2被擊破而宣告結(jié)束，BD3也因為損壞嚴(yán)重而爆炸（就這么沒了……），所幸勇被救了出來。在最后一刻，尼姆巴斯仍然不明白為什么EXAM沒有選擇自己而是選擇了勇……

過關(guān)后回到艦上，阿魯夫博士對勇說出了一切，原來EXAM系統(tǒng)是原吉恩軍的庫魯斯特博士開發(fā)的用來對付新人類的人工NT系統(tǒng)，是將一名叫瑪麗安(マリオン)的NT少女的思維腦波植入MS的電腦系統(tǒng)而形成的。當(dāng)勇向瑪麗安問起她為什么會選擇自己時，瑪麗安的回答是：只有勇一個人沒有把她當(dāng)成是一個系統(tǒng)來看待……

ARU號馬上就要追上來了，難道非和自己人戰(zhàn)斗不可嗎……第十二關(guān)：螺旋的邂逅·Abattlenoonewish

戰(zhàn)斗還是不可避免地發(fā)生了，AA號被擊中，引擎出了問題而無法動彈，西拿普斯艦長和布萊德艦長又一次勸瑪琉艦長回心轉(zhuǎn)意，但瑪琉艦長還是拒絕了。身為軍人，服從命令是天職，無奈之下，ARU隊和WB隊只得開始攻擊AA隊……

本關(guān)敵人有強大的MA--GP-03S，但是不能捕捉……盡可能快的將敵人的數(shù)目減少吧，因為本關(guān)也有EX關(guān)，進入方法是四回合內(nèi)將敵人打至四部以下，可以利用飛翼零的全體攻擊來給敵人造成較大的損傷（配合希羅的ID敵全體能力下降效果非凡）。

將敵人打到四部以下的時候，瑪琉艦長下令停止戰(zhàn)斗全員歸艦，她認(rèn)為再這樣繼續(xù)和同伴戰(zhàn)斗是毫無意義的，西拿普斯艦長也決定不再追擊。在這時候，一艘和AA號非常相似的戰(zhàn)艦--主天使號(ドミニオン，以后簡稱DOMI)出現(xiàn)了，而艦長居然是娜塔魯(ナタル=バジルル)！在巴斯克的命令下，主天使號將ARU和WB打成重傷，ARU和WB不得已撤退，瑪琉艦長下令全軍開始迎擊新的敵人。

亞贊真的是一個很好的人啊，你看，他又帶了一部MK5來孝敬我們了……照上次那樣把他抓起來。將敵人打到只剩兩機的時候，巴斯可命令強化人零·村雨出擊迎敵，這時可以讓AA靠近他并交信，阿魯夫博士會說服零，零聽了阿魯夫博士的話后頓然醒悟，決定再不聽巴斯克的指使而加入我軍，全滅剩下的敵人后即可過關(guān)。

戰(zhàn)斗結(jié)束后ARU隊和WB隊（其實現(xiàn)在主艦已經(jīng)換成ア—ガマ了，所以以后改為AG隊）復(fù)歸，兩艦長都覺得已經(jīng)不能再繼續(xù)聽加米托夫一派的指使了，遂決定離開聯(lián)邦軍，并且還擁護瑪琉艦長為新艦隊的總指揮官。為了揭發(fā)OZ的罪行，J博士提議讓雷比爾將軍來發(fā)表演講，可是雷比爾將軍現(xiàn)在卻被OZ軟禁了，于是眾人決定要先救出雷比爾將軍，在那之前，要先到月面上的基地去進行修理和補給，所以艦隊開始向月球進發(fā)。但是在半途中AA的推進劑已經(jīng)見底了，所以就要到附近的殖民衛(wèi)星“香格里拉”進行補充。

在機庫中，羅蘭看見了新制的粉色強襲高達，他以為吉良什么時候喜歡上了這種惡趣味的顏色，沒想到卻激怒了旁邊的卡嘉麗，原來這部強襲是她的……Ex第五關(guān)：香格里拉的少年·YoungNewtypes

聽說有聯(lián)邦軍的戰(zhàn)艦要入港，捷多(ジュド—=アシタ—)就想和幾個朋友一起到戰(zhàn)艦上去偷一部MS來……潛入成功后，捷多在機庫內(nèi)發(fā)現(xiàn)了Z高達，正在歡喜的時候，高達X的主角-卡羅德(ガロ—ド=ラン)出現(xiàn)了，原來他也想來這里掙點外快，可惜卻被捷足先登。正當(dāng)兩人開始爭吵之時，阿魯夫博士發(fā)現(xiàn)了他們，情急之下捷多乘上Z高達就跑，而卡羅德也緊追其后，布萊德剛想叫住兩人，卻發(fā)現(xiàn)三艘戰(zhàn)艦都出了問題無法控制了，原來是捷多裝置好的陷阱，偏偏此時瑪·庫貝又出現(xiàn)在此地……捷多和卡羅德只得暫時休戰(zhàn)先對付共同的敵人……

一開始兩人先向下移動，第二回合開始后阿姆羅和勇會來增援，同時瑪·庫貝也親自駕機出擊，和他一起出擊的還有瑪麗安（這回是本尊了……）。用勇和瑪麗安交信后瑪麗安就會加入我方，她的坐機丘貝蕾（キュベレイ）帶有浮游炮（ファンネル）是非常強力的武器能遠程攻擊也能直接攻擊且對象是敵整個小隊。用阿姆羅擊倒瑪·庫貝可以得到特殊獎勵。敵軍中的那部扎古3(ザクIII）記得要抓到手。

幾個小偷被押到艦橋，捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威脅下只好乖乖道歉，接著莉娜又命令捷多他們幾個在艦上勞動以將功贖罪。穆對卡羅德的身手挺中意，遂邀請他留在艦上，卡羅德也爽快地答應(yīng)了。J博士又設(shè)計好了EZ-8兩種新的改造方案，玩家可以根據(jù)戰(zhàn)況或是自己的喜好來改裝。

補給完畢正要離去時，突然有求救信號傳來，原來是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部隊攻擊，多蒙一聽到馬上就駕駛閃光高達出擊，瑪琉艦長也下令全軍跟上。第十三關(guān)：月世界的門·AmbitionofOZ

太空梭情況緊急，哈里（ハリ—=オ—ド）為了保護玲和她的父親而單槍匹馬出擊，此時我軍即時趕到，多蒙更是發(fā)動了明鏡止水，誓不讓OZ碰玲一跟毫毛。

本關(guān)敵人有三位強手，分別是OZ的“閃光伯爵”澤古斯·馬其士（ゼクス=マ—キス）和那BT福羅斯特兄弟，不過在多蒙的閃光高達SUPER模式面前統(tǒng)統(tǒng)都不值得一提。一開始可以先讓多蒙和玲交信。如果羅蘭有上陣的話，讓他和敵軍中的ボゥ交戰(zhàn)會有對話，擊倒后她會再復(fù)活一次。哈里和澤古斯戰(zhàn)斗的話會有對話（一個面具男一個眼鏡男……），希羅和澤古斯可以交信，之后再用希羅擊倒他可以獲得獎勵點。將敵人全滅之后在左下方出現(xiàn)了吉恩軍，而領(lǐng)軍的居然是基尼阿斯，在加布羅之戰(zhàn)中他在阿布薩拉斯3爆炸之前成功逃了出來，而且之后又開發(fā)了新型的MAグロムリン，今天他就是來試驗的。隨后基尼阿斯就離去了。

敵人的增援中有兩部丘貝蕾，最好是將它們捕捉到，MAグロムリン在HP低下時會逃跑且不能捕捉，所以要用較強力的攻擊將其擊破。擊倒グロムリン后它就逃走了。

戰(zhàn)斗后哈里等人來到艦橋說明了被襲擊的經(jīng)過，原來是OZ襲擊了月之民的居住地馮市（フォン·シティ），并且囚禁了月之民的女王迪阿娜（ディアナ），哈里只能帶著玲和她的父親逃出來，而且多蒙的父親也被囚禁了。瑪琉艦長于是決定要去營救出女王，并決定用艦隊本隊來吸引敵人注意力而派遣別動隊前去救出女王。第十四關(guān)：月之民·Helpthequeen,Diana

本關(guān)的敵人都帶有I力場等護罩，對射擊武器的防御能力很強，所以要盡量挑選格斗能力較好的機體出擊。一開始的敵人并不是很強，用格斗攻擊或是浮游炮類的武器就可以解決。

外頭的戰(zhàn)斗開始后，希羅等人成功潛入了馮市。眾人正在通路前進時，諾因（ルクレイツィア=ノイン）出現(xiàn)并告知前方路上有守衛(wèi)，并將眾人帶往女王的所在地。哈里不明白她為什么要幫助我們，諾因說這都是澤古斯指示她做的。第二回合開始后眾人終于見到了迪阿娜女王。

第四回合開始后，羅蘭駕駛著迪阿娜女王授予他的TURNA高達登場，迪阿娜女王也會轉(zhuǎn)移到AA上，這時如果敵人中的フィル和ボゥ還存活的話，可以讓AA和他們交信說得他們。同時澤古斯因不滿OZ利用人質(zhì)這種卑鄙的行為而加入我方，而諾因則帶著迪阿娜女王先行歸艦。同時新的敵人在左方出現(xiàn)，要注意的是ビルゴI帶有可防御所有射擊武器的護罩，所以一定要用射擊以外的武器來攻擊才能奏效。

清光地圖后，敵人宣布投降。而福羅斯特兄弟早帶著多蒙的父親卡修博士到了宇宙，原來他們的目的是卡修博士正在研究中的ULTIMATE高達……

獨立艦隊的下一個目標(biāo)是OZ的宇宙要塞巴魯基（バルジ），雷比爾將軍正是被囚禁在那里，迪阿娜女王也會讓自己的艦隊加入戰(zhàn)斗。此時J博士又帶來一個好消息，現(xiàn)在機體可以進行二段改造了，只不過所耗費的金錢數(shù)目大得驚人，如果玩家金錢不夠充裕的話，還是多多去索敵捕捉敵機來賣錢吧。第十五關(guān)：巴魯基攻防戰(zhàn)·ChallengetoOZ

本關(guān)開始布萊德艦長換乘新戰(zhàn)艦ネェル·ア—ガマ。本關(guān)要讓卡羅德上場。

當(dāng)?shù)习⒛扰炾犚_大部分的敵人時，AA艦隊從另一面開始進攻巴魯基，OZ的狄魯邁由(デルマイユ)似乎不以為然，只派出少數(shù)部隊來迎擊。消滅掉兩隊敵人以后，又會有新的MD（機動木偶）增援，而其中一部MD的作戰(zhàn)方式引起了J博士等人的注意力，它的行動和希羅十分相似，J博士認(rèn)為一定是OZ把W高達的戰(zhàn)斗數(shù)據(jù)應(yīng)用到MD身上了。擊破這臺特別的MD（H·Y）后它自爆了（這點還真是像希羅……），狄魯邁由又派出了三部X高達，其中的隊長機更是立即用月光炮攻擊AA，幸好AA即時閃過，這時卡繆和阿姆羅都感應(yīng)到乘坐在X高達里的NT少女提法（ティファ），J博士認(rèn)為她是被OZ利用她的NT能力來通過FLASH系統(tǒng)控制X高達行動的，瑪琉艦長就下令想法令X高達無法行動（將其打到快死，可以利用手加減的ID）并救出提法?？_德有上場的話，讓卡羅德攻擊提法會有對話。用卡羅德將X高達的HP打到差不多時

卡羅德就會突入X高達救出提法并且直接換乘上X高達。成功救出提法后福羅斯特兩兄弟卻出現(xiàn)了，他們當(dāng)然不會讓卡羅德帶走X和提法，但是提法卻協(xié)助卡羅德使用月光炮攻擊兩兄弟，兩兄弟見勢不妙就馬上撤退了。這時雷比爾將軍也成功地從要塞內(nèi)逃了出來，不過狄魯邁由公爵還是執(zhí)迷不悟要頑抗到底。

將本關(guān)一開始的兩名BOSS其中一名擊倒后，兩兄弟又出現(xiàn)了，并且將他們認(rèn)為已經(jīng)沒有用處的狄魯邁由消滅?？妼尚值苓@種連自己的同伙也不放過的卑鄙行為感到十分憤怒，沖上前欲殺之而后快，此時多蒙卻叫住了他告訴他不能失去理性且教會了卡繆明鏡止水的奧義，隨后卡繆發(fā)動Z高達的HYPER模式用超大光劍將兩兄弟KO，從此卡繆就多了能使Z高達HYPER化的ID。

將剩余敵人全滅后OZ宣布投降。AA號收到訊號，有大量的艦隊正在前往吉恩軍的所羅門要塞，于是瑪琉艦長和雷比爾將軍決定到所羅門去看看加米托夫到底在玩什么花樣。阿納海姆公司又造好了新的MS，妮娜想叫阿姆羅去進行試飛。

第十六關(guān)：光之宇宙：Aswanwillpassaway……

0079中的悲劇重現(xiàn)，阿姆羅在試飛時夏亞和拉拉（ララァ）到來，和拉拉戰(zhàn)斗兩次后就會發(fā)生事件，拉拉替夏亞擋下了致命的一擊……拉拉死后，阿姆羅和夏亞都陷入無比的痛苦中，這時基西莉亞的部隊來到，夏亞歸隊重新開始攻擊，所幸我方艦隊即時趕到，瑪琉艦長下令以保護阿姆羅為最優(yōu)先全員出擊。

一開始不要讓阿姆羅走得太左邊，不然當(dāng)他是友軍狀態(tài)時可能會有危險。當(dāng)我方可以行動時，應(yīng)馬上讓吉良上前與阿姆羅交信，在吉良的鼓勵下阿姆羅振作起來復(fù)歸戰(zhàn)線。零如果有上場的話，讓他和敵人中的NT-001交火會發(fā)生對話，隨后就可以交信說得。再一次擊倒夏亞后他會離去。擊毀基西莉亞的戰(zhàn)艦后，基西莉亞剛想逃走，不料西瑪（シ—マ）艦隊卻出現(xiàn)，西瑪是奉吉恩軍總帥吉倫（キレン）的命令來除掉基西莉亞的。在基西莉亞化做宇宙中的塵埃之后，西瑪就準(zhǔn)備要清理現(xiàn)場了。

西瑪小隊的MSド—ベンウルフ不錯，最好是能讓其散開后抓一兩部回去，全滅敵人后即可過關(guān)。

AA艦隊繼續(xù)向所羅門而去，在另一邊，福羅斯特兄弟又和西瑪聯(lián)手了。在所羅門那邊，阿斯蘭也做為ZAFT的援軍參加所羅門防衛(wèi)戰(zhàn)。第十七關(guān)：所羅門攻略戰(zhàn)·PreparefortheBigDevil

在前線部隊?wèi)?zhàn)斗得水深火熱之時，加米托夫卻在后方下達了用太陽反射激光連同己方部隊一起消滅掉的命令，這樣一來他在聯(lián)邦軍之中就沒有敵手了。此時AA艦隊到達，我們的目標(biāo)就是一方面阻止反射激光照射，一方面保護友軍不被全滅。

一開始穆和吉良就出現(xiàn)在反射鏡下方，先讓他們上前去對付娜塔露的大天使級戰(zhàn)艦，這艘艦就是整個反射系統(tǒng)的控制艦(注意它和大天使號一樣有ラミネ—ト裝甲，一定要用實體武器攻擊，TURNA高達的最后一個武器就不錯），擊破它后，為了能徹底毀壞反射鏡，娜塔露愿意犧牲自己讓大天使號將自己的戰(zhàn)艦擊破來引發(fā)爆炸。情非得已，瑪琉只好下令主炮發(fā)射……將反射激光成功破壞后，惱羞成怒的加米托夫派出巴斯克的艦隊在地圖右方登場欲直接將我軍掃蕩干凈，而大好人亞贊又給我們帶來了一部MK5……擊破巴斯克的戰(zhàn)艦后加米托夫也與艦同亡了。在所羅門的另一面，讓宏和卡特交戰(zhàn)會有對話發(fā)生之后就可以交信，但是這次還是不能說得他的，所以還是擊落他吧。將吉恩軍消滅到只剩五機的時候，阿斯蘭作為敵增援在所羅門右邊登場，可是他卻不想在受庫魯澤的擺布，庫魯澤因此而要將其除掉。

阿斯蘭雖說發(fā)動了SEED，可是在強大的自由高達面前還是撐不了多久，所以玩家在引發(fā)這一事件之前一定要讓穆和吉良趕到所羅門附近（可以用母艦來載），當(dāng)然阿斯蘭出現(xiàn)后可以用吉良交信，然后再用吉良將其擊墜就可。穆和吉良同庫魯澤交戰(zhàn)時都有對話，擊破自由高達后，庫魯澤終于也“壯烈”了……全滅敵人后，守衛(wèi)所羅門的多茲魯(ドズル=ザビ)中將駕駛著グロムリン在所羅門中央出現(xiàn)，卡特也在所羅門右邊復(fù)出，不過現(xiàn)在已經(jīng)沒什么對話了，直接擊到他們就可以。所羅門陷落，多茲魯戰(zhàn)死，這下吉恩軍就實力大減，而ZAFT也失去了庫魯澤，這么說故事是不是就要結(jié)束了呢……

本以為事情已經(jīng)結(jié)束了，可沒想到突然收到了一個震驚的消息，夏亞恢復(fù)他原來的名字加斯巴魯·戴肯(キャスバル=ダイクン)并且成立新吉恩對地球聯(lián)邦宣戰(zhàn)，而且新吉恩艦隊已經(jīng)向LUNA2進軍欲奪取儲存在LUNA2的核兵器，瑪琉艦長向雷比爾將軍請求讓AA艦隊先行前往LUNA2。J博士回收了在戰(zhàn)斗中損壞的自由高達并加以修理，下一關(guān)開始就能讓吉良乘坐了，其阿斯蘭也會加入我方。與此同時，在宇宙中，福羅斯特兩兄弟不知又在計劃著什么……第十八關(guān)：從梅比烏斯之輪而來·Beyondthetime

新吉恩艦隊正要開始進攻LUNA2的時候我軍到來，瑪琉艦長向夏亞說明了一切，并希望停止無意義的戰(zhàn)斗，但夏亞還是堅持已念，所以這一戰(zhàn)是非打不可了。

開始戰(zhàn)斗后我軍不要急于接近敵人，因為敵人的前鋒有能使用浮游炮遠程攻擊的機體，應(yīng)該要將敵人引誘過來再加以消滅。第二回合原吉恩軍的王牌“白狼”松永真(シン·マツナガ)和“紅色閃電”喬尼在地圖左上以第三軍身份出現(xiàn)。當(dāng)阿姆羅和夏亞交戰(zhàn)時會有對話，隨后再用阿姆羅將夏亞擊倒就會發(fā)生兩人的決斗事件，不過在阿姆羅即將給夏亞致命一擊時，拉拉的靈魂之光卻出現(xiàn)了，夏亞感應(yīng)到了拉拉的心意，決定先暫時于AA艦隊共同戰(zhàn)斗，此時所有剩下的新吉恩軍都轉(zhuǎn)變?yōu)橛衍?。干掉白狼和紅色閃電后，基里乘坐著完成型的グロムリ