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文檔簡(jiǎn)介
ICS11.220
CCSB41
35
福建省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB35/T1958—2021
鴨巴泰病毒RT-PCR檢測(cè)方法
DetectionmethodofRT-PCRforduckBataivirus
2021-02-09發(fā)布2021-05-09實(shí)施
福建省市場(chǎng)監(jiān)督管理局發(fā)布
DB35/T1958—2021
目次
前言..............................................................................II
1范圍.................................................................................1
2規(guī)范性引用文件.......................................................................1
3術(shù)語(yǔ)和定義...........................................................................1
4設(shè)備、材料和試劑.....................................................................1
5樣品采集、前處理和保存...............................................................2
6RT-PCR操作步驟.......................................................................2
7結(jié)果判定.............................................................................3
附錄A(規(guī)范性)試劑的配制及引物參考序列...........................................4
附錄B(資料性)RT-PCR檢測(cè)結(jié)果電泳圖...............................................6
I
DB35/T1958—2021
前言
本文件按照GB/T1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定
起草。
本文件由福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院提出
本文件由福建省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳歸口。
本文件起草單位:福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所、福州海關(guān)技術(shù)中心、福建省動(dòng)物疫病預(yù)防控
制中心、寧德海關(guān)檢驗(yàn)檢疫技術(shù)中心。
本文件主要起草人:傅秋玲、傅光華、鄭騰、李中華、葉洪、黃瑜、萬(wàn)春和、程龍飛、施少華、張
體銀、劉榮昌、陳翠騰、彭春香、陳紅梅、陳珍、朱春華。
II
DB35/T1958—2021
鴨巴泰病毒RT-PCR檢測(cè)方法
1范圍
本文件規(guī)定了鴨巴泰病毒核酸診斷的反轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)的檢測(cè)方法。
本文件適用于鴨巴泰病毒感染的流行病學(xué)監(jiān)測(cè)和診斷。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文
件,僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用
于本文件。
GB/T6682—2008分析實(shí)驗(yàn)室用水規(guī)格和試驗(yàn)方法。
GB19489—2008實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
3術(shù)語(yǔ)和定義
下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。
3.1
鴨巴泰病毒Bataivirus;BATV
該病毒屬于布尼亞病毒科(Bunyaviridae)正布尼亞病毒屬(Orthobunyavirus)的成員,為有囊
膜病毒,其基因組為單股負(fù)鏈分節(jié)段RNA,大小約12kb,包含S、M和L等3個(gè)基因片段,分別編碼病毒的
核衣殼蛋白,囊膜蛋白和聚合酶蛋白。
3.2
鴨巴泰病毒病Bataivirusdisease
鴨巴泰病毒病在我國(guó)養(yǎng)禽業(yè)中,尤其是種番鴨、麻鴨中流行,其臨床表現(xiàn)以種(蛋)鴨產(chǎn)蛋下降、
卵巢出血和脾臟輕度出血為特征,與禽坦布蘇病毒病相似,易引起臨床混淆甚至誤診。此外,該病還危
害肉鴨,臨床上以生長(zhǎng)不良為特征。
4設(shè)備、材料和試劑
4.1設(shè)備
4.1.1PCR擴(kuò)增儀。
4.1.2微量可調(diào)移液器(100μL~1000μL、20μL~200μL、2μL~20μL、0.5μL~10μL)。
4.1.3冰箱(2℃~8℃、-20℃)。
4.1.4高速冷凍離心機(jī)(其最高轉(zhuǎn)速應(yīng)大于12000r/min)。
4.1.5組織勻漿器。
4.1.6手術(shù)剪。
4.1.7手術(shù)鑷。
1
DB35/T1958—2021
4.1.8電泳儀。
4.1.9電泳槽。
4.1.10凝膠成像系統(tǒng)。
4.1.11旋渦振蕩器。
4.1.12超凈工作臺(tái)。
4.2材料和試劑
4.2.1試驗(yàn)用水應(yīng)符合GB/T6682—2008中一級(jí)水的規(guī)格要求。
4.2.2磷酸鹽緩沖液(PBS)配制方法見(jiàn)附錄A的A.1。
4.2.3焦炭酸二乙酯處理水(DiethyPyrocarbonate,DEPC水)配制方法見(jiàn)附錄A的A.2。
4.2.4Trizol。
4.2.5三氯甲烷。
4.2.6異丙醇。
4.2.7無(wú)水乙醇。
4.2.875%乙醇:配制方法見(jiàn)附錄A的A.3。
4.2.9溴化乙錠溶液:配制方法見(jiàn)附錄A的A.4。
4.2.101×TAE緩沖液:配制方法見(jiàn)附錄A的A.5。
4.2.111.0%瓊脂糖凝膠:配制方法見(jiàn)附錄A的A.6。
4.2.12DNA相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)物:DL2000。
4.2.1310×加樣緩沖液:配制方法見(jiàn)附錄A的A.7。
4.2.14RT-PCR檢測(cè)用引物和使用方法見(jiàn)附錄A的A.8。
4.2.15對(duì)照樣品:以提取的鴨巴泰病毒提取的核糖核酸(Ribonucleicacid,RNA)作為陽(yáng)性對(duì)照,
以其他禽源RNA病毒(如禽坦布蘇病毒)RNA樣品作為陰性對(duì)照,以滅菌去離子水作為空白對(duì)照。
5樣品采集、前處理和保存
5.1樣品采集和運(yùn)輸
采樣所用器具(手術(shù)剪、手術(shù)鑷和容器等)應(yīng)預(yù)先滅菌處理,在采樣過(guò)程中應(yīng)戴一次性手套和口罩,
以免樣品間交叉污染。采集產(chǎn)蛋下降疑似病鴨的卵巢或(和)脾臟裝入滅菌過(guò)的容器中,編號(hào)后置于冷
藏箱內(nèi)在24h內(nèi)送至實(shí)驗(yàn)室。
5.2樣品處理
在超凈工作臺(tái)中取出采集的待檢樣品置于滅菌平皿內(nèi),充分剪碎后與磷酸鹽緩沖液按體積比1:3的
比例制成組織勻漿液,反復(fù)凍融3次后于4℃~10℃條件下8000r/min離心30min,取上清用于核酸
(RNA)的抽提,或置-20℃條件下凍存?zhèn)溆谩?/p>
5.3樣品保存
采集或處理的樣品,在2℃~8℃條件下保存應(yīng)不超過(guò)24h。否則,需保存在-20℃條件下,但時(shí)
間不超過(guò)7d;若需較長(zhǎng)時(shí)間待處理,應(yīng)保存在-70℃條件下,且應(yīng)避免反復(fù)凍融。
6RT-PCR操作步驟
2
DB35/T1958—2021
6.1病毒RNA提取
病毒RNA提取應(yīng)采用以下步驟或等效的商品化RNA提取試劑盒進(jìn)行,且在實(shí)驗(yàn)操作過(guò)程中應(yīng)遵守GB
19489—2008的要求。
取200μL待檢樣品,加入1mLTrizol試劑,用移液器充分混勻,室溫放置5min;加入200μL
三氯甲烷,旋渦振蕩30s混勻,室溫放置15min;4℃下12000r/min離心15min;取上層水相加入等
體積異丙醇,上下顛倒數(shù)次混勻,-20℃放置20min;4℃下12000r/min離心15min;棄上清液,沉
淀用1mL75%乙醇清洗;10000r/min離心10min,棄上清液,沉淀室溫干燥5min;加20μLDEPC
水溶解RNA沉淀。-20℃冰箱保存?zhèn)溆?,RNA溶液應(yīng)避免反復(fù)凍融,并盡快用于檢測(cè)??瞻讓?duì)照、陰性對(duì)
照和陽(yáng)性對(duì)照進(jìn)行同步操作。
6.2RT-PCR反應(yīng)
RT-PCR反應(yīng)體系為25μL,每個(gè)反應(yīng)管的反應(yīng)體系為:依次加入14μL焦炭酸二乙酯(DEPC)處
理水,2.5μL反轉(zhuǎn)錄酶緩沖液,2.5μLTaq聚合酶緩沖液,0.5μLdNTP,0.5μLTaq聚合酶,0.5
μL反轉(zhuǎn)錄酶,0.5μLRNA酶抑制劑,上下游引物各0.5μL(10μmol/L),樣品的RNA各3μL?;?/p>
勻后2000r/min離心15s,使反應(yīng)混合液都沉降到PCR管底。將上述混合物按照以下步驟進(jìn)行RT-PCR:
第一步是反轉(zhuǎn)錄,42℃,30min;第二步是PCR循環(huán),94℃預(yù)變性3min;循環(huán)參數(shù)為94℃變性30s,
52.4℃退火30s,72℃延伸1min,循環(huán)35次;最后,72℃延伸7min。反應(yīng)結(jié)束后,可將產(chǎn)物保存
于4℃。
6.3RT-PCR產(chǎn)物電泳
反應(yīng)結(jié)束后,分別取待檢樣品、陰性對(duì)照樣品、陽(yáng)性對(duì)照樣品和空白對(duì)照樣品各5μLRT-PCR產(chǎn)物
與0.5μL加樣緩沖液混合均勻,加入到1.0%瓊脂糖凝膠板的樣孔中;同時(shí),在另一樣孔中加5μLDL2
000標(biāo)準(zhǔn)分子量對(duì)照;以5V/cm的電壓電泳30min后,經(jīng)凝膠成像系統(tǒng)觀(guān)察結(jié)果。
7結(jié)果判定
7.1結(jié)果判定標(biāo)準(zhǔn)
當(dāng)陽(yáng)性對(duì)照出現(xiàn)480bp特異性條帶(見(jiàn)附錄B電泳圖2號(hào)泳道)、陰性對(duì)照(見(jiàn)附錄B電泳圖3號(hào)泳道)
和空白對(duì)照均無(wú)擴(kuò)增條帶(見(jiàn)附錄B電泳圖4號(hào)泳道)時(shí),表明本次實(shí)驗(yàn)成立。
7.2結(jié)果判定
當(dāng)待檢樣品出現(xiàn)480bp特異性條帶(見(jiàn)附錄B電泳圖5號(hào)泳道),結(jié)果判為陽(yáng)性,若無(wú)特異性擴(kuò)增條
帶(見(jiàn)附錄B電泳圖6號(hào)泳道),結(jié)果判為陰性。
3
DB35/T1958—2021
附錄A
(規(guī)范性)
試劑的配制及引物參考序列
A.10.01mol/L磷酸鹽緩沖液(PBS)
NaCl8.0g
KCl0.2g
Na2HPO41.15g
KH2PO40.2g
將上述試劑溶于800mL滅菌雙蒸水中,定容至1000mL,1.034×105Pa高壓滅菌30min,4℃保
存?zhèn)溆谩?/p>
A.2焦炭酸二乙酯(DEPC)處理水
于三蒸水按0.1%加入DEPC,磁力攪拌過(guò)夜,1.034×105Pa高壓滅菌20min,冷卻備用。
A.375%乙醇
取無(wú)水乙醇750mL加入滅菌雙蒸水250mL,定容至1000mL,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
A.4溴化乙錠(EB)溶液
溴化乙錠20mg
滅菌雙蒸水至20mL
說(shuō)明:也可采用市售商品化的更環(huán)保、更安全的熒光染料,比如Goldviewer等。
A.51×TAE電泳緩沖液
A.5.1配制0.5mol/L乙二銨四乙酸二鈉(EDTA)溶液(pH8.0)
二水乙二銨四乙酸二鈉18.61g
氫氧化鈉(10%)調(diào)pH至8.0
滅菌雙蒸水至100mL
A.5.2配制50×TAE電泳緩沖液
三羥基甲基氨基甲烷(Tris)242g
冰乙酸57.1mL
0.5mol/L乙二銨四乙酸二鈉溶液(pH8.0)100mL
滅菌雙蒸水至1000mL
用時(shí)用滅菌雙蒸水稀釋50倍使用。
A.5.3配制1×TAE電泳緩沖液
50×TAE電泳緩沖液20mL
滅菌雙蒸水至1000mL
A.61.0%瓊脂糖凝膠
瓊脂糖1.0g
4
DB35/T1958—2021
1×TAE電泳緩沖液至100mL
置微波爐中加熱至完全融化,待冷至50℃~60℃時(shí),加熒光染料溶液5μL,搖勻后倒入制膠板中,
待完全凝固后取下加樣梳,備用。
A.710×加樣緩沖液
聚蔗糖25g
溴酚藍(lán)0.1g
二甲苯青0.1g
滅菌雙蒸水至100mL
A.8RT-PCR檢測(cè)用引物序列為
BATV-F5’-CTGCAGTTTTMAGATTGTTTC-3’
BATV-R5’-TGTTTTATTTCCTGTAGGTAC-3’
注1:M(A/C)。
注2:此對(duì)引物針對(duì)BATV囊膜蛋白M基因設(shè)計(jì)而成,擴(kuò)增片段約480bp,用無(wú)菌雙
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