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文檔簡介
ICS65.020.20
CCSB05
4415
汕尾市地方標準
DB4415/T24—2023
甘薯病毒分子檢測技術規(guī)程
Technicalregulationsformoleculardetectionofsweetpotatovirus
2023-09-14發(fā)布2023-10-08實施
汕尾市市場監(jiān)督管理局發(fā)布
DB4415/T24-2023
前言
本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導則第1部分:標準化文件的結構和起草規(guī)則》的規(guī)
定編寫。
本文件由汕尾市市場監(jiān)督管理局提出并歸口。
本文件起草單位:汕尾市農(nóng)業(yè)科學院。
本文件主要起草人:柯杰、熊振乾、周國昌、王聰浩、方壯東、彭遠璇、范琴、葉建東、葉祥俊、
林少欽。
I
DB4415/T24-2023
甘薯病毒分子檢測技術規(guī)程
1范圍
本文件規(guī)定了甘薯病毒分子檢測技術規(guī)程的術語和定義、檢測對象、抽樣方法、檢測、結果判定以
及記錄和歸檔。
本文件適用于汕尾市區(qū)域內(nèi)甘薯脫毒組培苗、原原種、原種以及生產(chǎn)用種的病毒分子檢測。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對應的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB/T6682分析實驗室用水規(guī)格和試驗方法
NY/T402脫毒甘薯種薯(苗)病毒檢測技術規(guī)程
SN/T2122進出境植物及植物產(chǎn)品檢疫抽樣方法
SN/T2964植物病毒檢測規(guī)范
3術語和定義
下列術語和定義適用于本文件。
3.1
分子檢測moleculardetection
以功能基因、核糖體、ITS等區(qū)域為標靶,采用分子生物學的方法在基因水平上對物種進行鑒定。
3.2
引物primer
指一段短的核苷酸序列。其功能是作為核苷酸聚合作用的起點,在聚合反應時,引導合成一條與模
板DNA互補的序列。
3.3
聚合酶鏈式反應PCR;polymerasechainreaction
在DNA聚合酶的作用下,以母鏈DNA為模板,以特定引物為延伸起點,通過變性,退火,延伸等步驟,
體外復制出與母鏈DNA互補的子鏈DNA的過程,是一項能快速特異性的在體外擴增目的DNA片段的技術。
3.4
逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應RT-PCR;reversetranscriptionpolymerasechainreaction
以RNA為模板,通過反轉(zhuǎn)錄形成互補的DNA序列,再以此DNA為模板進行PCR擴增,是一項能快速特異
性的檢測目的RNA的技術。
1
DB4415/T24-2023
4檢測對象
4.1DNA病毒
a)甘薯類花椰菜花葉病毒(SPCV)
b)甘薯曲葉病(SPLCV)
4.2RNA病毒
a)甘薯褪綠矮化病毒(SPCSV)
b)甘薯羽狀斑駁病毒(SPFMV)
c)甘薯G病毒(SPVG)
d)甘薯潛隱病毒(SPLV)
e)甘薯褪綠斑病毒(SPCFV)
f)甘薯脈花葉病毒(SPVMV)
g)黃瓜花葉病毒(CMV)
5抽樣方法
抽樣方法應符合SN/T2122和SN/T2964中的規(guī)定,遵循隨機的原則,根據(jù)樣品的特性和樣品中可
能存在的病毒表現(xiàn)出的癥狀特點,確定取樣方法、取樣數(shù)量、取樣工具、保存方法等。
對實驗室檢測發(fā)現(xiàn)疑似病毒,但還不能做出準確判斷,需要更多樣品進行確認時,需重新制定更為
合適的取樣計劃,進行再次取樣。
6檢測
6.1聚合酶鏈式反應(PCR)檢測
用于檢測甘薯DNA病毒。
6.1.1試劑及緩沖液的配置
試劑及緩沖液用水應符合GB/T6682的規(guī)定,配置按NY/T402附錄C.1執(zhí)行。
6.1.2樣品DNA的提取
樣品DNA的提取按NY/T402附錄C.2執(zhí)行。
6.1.3對照組
以ddH2O作為檢測的陰性對照。
6.1.4引物
a)甘薯類花椰菜花葉病毒(SPCV):
F-AGGAAATCCCAGTATTATTCAAC,R-ATTTCTAATTTGGTTTACTAATCC,擴增產(chǎn)物922bp;
b)甘薯曲葉?。⊿PLCV):
F-CCYTAGGGTTCGAGCTVTGTTCGG,R-TTTATTAATTDTTRTGCGAATC,擴增產(chǎn)物823bp。
6.1.5PCR擴增
采用DNA病毒特異引物進行PCR擴增;反應體系(25μL):樣品總DNA(約100ng/μL)2μL,
2×TaqMasterMix12.5μL,上、下游引物(10μmol/L)各1μL,ddH2O補齊至25μL;擴增條件:
2
DB4415/T24-2023
94℃2min;94℃30s,退火45s,68℃1min,30次循環(huán);68℃10min;4℃保存;擴增產(chǎn)物用
于后續(xù)凝膠電泳檢測。
6.1.6PCR產(chǎn)物的電泳檢測
取10μLPCR擴增產(chǎn)物與1μL10×loadingBuffer混合后,1%瓊脂糖凝膠恒壓(120V~150V)
下電泳20min~30min,EB染色后,凝膠成像儀拍照觀察。
6.2反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(RT-PCR)檢測
用于檢測甘薯RNA病毒。
6.2.1試劑及緩沖液的配置
試劑及緩沖液用水應符合GB/T6682的規(guī)定,配置按NY/T402附錄D.1執(zhí)行。
6.2.2樣品RNA的提取
樣品RNA的提取按NY/T402附錄D.2執(zhí)行。
6.2.3對照組
以ddH2O作為檢測的陰性對照。
6.2.4引物
a)甘薯褪綠矮化病毒(SPCSV):
F-CGGTCARATTGGAAGGT,R-TTCGCTATCAAAGAAGTRTC,擴增產(chǎn)物304bp;
b)甘薯羽狀斑駁病毒(SPFMV):
F-GCATGGTATGARGGAGTYAA,R-TCTTCTTCTTGCGTGGAG,擴增產(chǎn)物589bp;
c)甘薯G病毒(SPVG):
F-GTATGAAGACTCTCTGACAAATTTTG,R-TCGGGACTGAARGAYACGAATTTAA,擴增產(chǎn)物1191bp;
d)甘薯潛隱病毒(SPLV):
F-GCCGAYGAAACCATCMTCGAT,R-GTCTCYGGTATAAGACAAAAAG,擴增產(chǎn)物1076bp;
e)甘薯褪綠斑病毒(SPCFV):
F-CTATGCTGCTCACTCAAGC,R-TTGATTGGCCACAAGCGAAG,擴增產(chǎn)物600bp;
f)甘薯脈花葉病毒(SPVMV):
F-GCGAATTCTCAAGCACTGAAGAAAC,R-CTCTCGAGTTACTGCACACCTCTCATT,擴增產(chǎn)物1015bp;
g)黃瓜花葉病毒(CMV):
F-ATGGACAAATCTRAATCAACCAG,R-TCARACTGGGAGCACYCCWGAYGT,擴增產(chǎn)物657bp;
6.2.5反轉(zhuǎn)錄
反轉(zhuǎn)錄過程按NY/T402附錄D.3.2執(zhí)行。
6.2.6PCR擴增
采用RNA病毒特異引物進行PCR擴增;反應體系(25μL):合成的cDNA2μL,2×TaqMasterMix
12.5μL,上、下游引物(10μmol/L)各1μL,ddH2O補齊至25μL;擴增條件:94℃2min;94℃30
s,退火45s,68℃1min,30次循環(huán);68℃10min;4℃保存;擴增產(chǎn)物用于后續(xù)凝膠電泳檢測。
6.2.7PCR產(chǎn)物的電泳檢測
取10μLPCR擴增產(chǎn)物與1μL10×loadingBuffer混合后,1%瓊脂糖凝膠恒壓(120V~150V)
下電泳20min~30min,EB染色后,凝膠成像儀拍照觀察。
3
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