空間轉(zhuǎn)錄組解析靶向免疫協(xié)同的微環(huán)境機制演講人空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)：從原理到應(yīng)用的演進(jìn)01協(xié)同治療的分子標(biāo)志物與臨床轉(zhuǎn)化：從空間圖譜到精準(zhǔn)決策02挑戰(zhàn)與展望：邁向動態(tài)、高維的微環(huán)境解析新范式03目錄空間轉(zhuǎn)錄組解析靶向免疫協(xié)同的微環(huán)境機制1.引言：靶向免疫協(xié)同治療的微環(huán)境解析需求與空間轉(zhuǎn)錄組的興起在腫瘤臨床診療的實踐中，我們始終面臨一個核心挑戰(zhàn)：即使針對同一分子分型的腫瘤，采用相同的靶向藥物聯(lián)合免疫檢查點抑制劑（ICIs）治療方案，患者仍會表現(xiàn)出顯著的療效異質(zhì)性。部分患者獲得持久緩解，而部分患者則迅速進(jìn)展或出現(xiàn)耐藥。這種差異的背后，是腫瘤微環(huán)境（TumorMicroenvironment,TME）復(fù)雜而動態(tài)的空間調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在發(fā)揮作用——免疫細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞的鄰接關(guān)系、信號因子的空間梯度分布、基質(zhì)組織的結(jié)構(gòu)支撐，以及代謝物的區(qū)域富集，共同決定了治療藥物的可及性、免疫細(xì)胞的活化狀態(tài)，以及最終的治療響應(yīng)。傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測序（BulkRNA-seq）雖能揭示細(xì)胞群體的分子特征，卻因破壞組織空間結(jié)構(gòu)而丟失了關(guān)鍵的“空間語境”；單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）雖能解析細(xì)胞異質(zhì)性，但仍需結(jié)合空間信息才能回答“哪種細(xì)胞在何處、與誰互作”這一核心問題。近年來，空間轉(zhuǎn)錄組（SpatialTranscriptomics,ST）技術(shù)的突破，如同一把“分子手術(shù)刀”，讓我們得以在保留組織原位空間信息的前提下，捕獲全轉(zhuǎn)錄組水平的分子表達(dá)譜，為解析靶向治療與免疫治療協(xié)同作用的微環(huán)境機制提供了前所未有的技術(shù)視角。本文將結(jié)合筆者在腫瘤微環(huán)境研究中的實踐體會，系統(tǒng)闡述空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)如何推動靶向免疫協(xié)同微環(huán)境的機制解析，并探討其臨床轉(zhuǎn)化價值。01空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)：從原理到應(yīng)用的演進(jìn)1技術(shù)原理與核心優(yōu)勢空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的核心在于“空間編碼”與“轉(zhuǎn)錄組捕獲”的結(jié)合。以目前應(yīng)用最廣泛的VisiumSpatialGeneExpression（10xGenomics）為例，其原理是通過在載玻片表面排列數(shù)千個捕獲探針，每個探針包含寡核苷酸序列（含唯一分子標(biāo)識符UMI和空間條形碼），能夠原位捕獲組織切片中釋放的mRNA，并通過逆轉(zhuǎn)錄、建庫和高通量測序，將分子表達(dá)信號與空間坐標(biāo)一一對應(yīng)。與scRNA-seq相比，其核心優(yōu)勢在于：-空間保留性：完整保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)與細(xì)胞空間位置關(guān)系，可直接關(guān)聯(lián)組織病理特征（如腫瘤區(qū)域、間質(zhì)區(qū)域、壞死區(qū)域）與分子表達(dá)譜；-全轉(zhuǎn)錄組覆蓋：可同時檢測數(shù)千個基因的表達(dá)，避免單細(xì)胞技術(shù)中細(xì)胞分選帶來的偏差；1技術(shù)原理與核心優(yōu)勢-異質(zhì)性解析：能夠識別同一組織區(qū)域內(nèi)不同細(xì)胞亞群的空間分布模式，如免疫細(xì)胞“浸潤前沿”與腫瘤細(xì)胞“巢狀分布”的互作關(guān)系。2技術(shù)迭代與性能提升隨著技術(shù)發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組的分辨率與檢測通量持續(xù)提升：-分辨率演進(jìn)：早期Visium技術(shù)的空間分辨率約為55μm（相當(dāng)于一個細(xì)胞團），而MERFISH（MultiplexedError-RobustFluorescenceInSituHybridization）、seqFISH等技術(shù)通過單分子熒光原位雜交，可將分辨率提升至單細(xì)胞水平（~100nm），實現(xiàn)單個細(xì)胞的空間定位與基因表達(dá)檢測；-檢測通量優(yōu)化：Stereo-seq（北京華大智造）基于DNA納米球陣列技術(shù)，實現(xiàn)了在6.5cm×6.5cm載玻片上捕獲超過200萬個空間分辨率達(dá)500nm的捕獲點，兼顧了高分辨率與高通量；2技術(shù)迭代與性能提升-多組學(xué)整合：空間轉(zhuǎn)錄組已與空間蛋白組（如CODEX、IMC）、空間代謝組（如MALDI-MSI）等技術(shù)聯(lián)用，構(gòu)建“分子-空間-功能”的多維度圖譜，為微環(huán)境機制解析提供更全面的視角。3技術(shù)選擇與應(yīng)用場景在靶向免疫協(xié)同微環(huán)境研究中，技術(shù)選擇需根據(jù)研究目的靈活調(diào)整：-組織尺度異質(zhì)性分析：對于腫瘤-間質(zhì)交界、轉(zhuǎn)移灶邊緣等毫米級區(qū)域，Visium或Stereo-seq更適合，可捕獲大范圍空間表達(dá)梯度；-細(xì)胞尺度互作研究：若需解析T細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞的直接接觸、免疫突觸形成等微觀結(jié)構(gòu)，MERFISH或seqFISH的單細(xì)胞分辨率更具優(yōu)勢；-動態(tài)過程追蹤：結(jié)合治療前后樣本的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可揭示微環(huán)境重塑的時間動態(tài)，如靶向藥物治療后免疫浸潤的時空變化。筆者在實踐中體會到，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的最大價值并非“數(shù)據(jù)產(chǎn)出”，而是“問題驅(qū)動”——只有基于明確的科學(xué)假設(shè)（如“靶向藥物是否通過重塑血管結(jié)構(gòu)促進(jìn)T細(xì)胞浸潤？”），才能選擇最適合的技術(shù)方案，避免陷入“為測序而測序”的誤區(qū)。3.解析腫瘤微環(huán)境的空間異質(zhì)性：從“細(xì)胞群體”到“空間模塊”1TME的空間組成與細(xì)胞定位腫瘤微環(huán)境并非均質(zhì)結(jié)構(gòu)，而是由腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞、血管內(nèi)皮細(xì)胞和細(xì)胞外基質(zhì)（ECM）等組分在三維空間中有序排列形成的“生態(tài)系統(tǒng)”?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)首次讓我們能夠系統(tǒng)性地描繪這些組分的“空間地圖”：01-腫瘤細(xì)胞區(qū)域：在肺癌、乳腺癌等實體瘤中，腫瘤細(xì)胞常表現(xiàn)為“巢狀分布”（nests），空間轉(zhuǎn)錄組可識別腫瘤內(nèi)部的分子亞克?。ㄈ鏓GFR突變型與野生型腫瘤細(xì)胞的空間分離），以及不同亞克隆與免疫細(xì)胞的互作差異；02-免疫浸潤區(qū)域：CD8+T細(xì)胞、Treg細(xì)胞、巨噬細(xì)胞等免疫細(xì)胞在TME中呈現(xiàn)“空間分區(qū)”——在“免疫排斥”微環(huán)境中，T細(xì)胞常被限制在間質(zhì)區(qū)域，遠(yuǎn)離腫瘤細(xì)胞；而在“免疫激活”微環(huán)境中，T細(xì)胞可浸潤至腫瘤巢內(nèi)，形成“浸潤前沿”（invasivefront）；031TME的空間組成與細(xì)胞定位-基質(zhì)與血管區(qū)域：癌相關(guān)成纖維細(xì)胞（CAFs）常圍繞腫瘤細(xì)胞形成“CAF屏障”，阻礙免疫細(xì)胞浸潤；血管內(nèi)皮細(xì)胞則通過表達(dá)黏附分子（如ICAM-1）調(diào)控T細(xì)胞的跨內(nèi)皮遷移，空間轉(zhuǎn)錄組可直觀展示血管密度與免疫浸潤的相關(guān)性。以筆者團隊在肝癌中的研究為例，通過Stereo-seq分析發(fā)現(xiàn)，甲胎蛋白（AFP）高表達(dá)的腫瘤細(xì)胞亞群傾向于分布在腫瘤邊緣，且與CAFs的空間共定位比例顯著高于AFP低表達(dá)亞群，這為靶向AFP聯(lián)合CAF重塑治療提供了空間依據(jù)。2空間轉(zhuǎn)錄模塊的識別與功能注釋傳統(tǒng)TME分類?；诿庖呒?xì)胞浸潤比例（如“冷腫瘤”vs“熱腫瘤”），但空間轉(zhuǎn)錄組揭示，TME的復(fù)雜性遠(yuǎn)超于此。通過空間變異分析（SpatiallyVariableGeneAnalysis,SVG）和空間共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（SpatialCo-expressionNetwork），可識別具有空間特異性的“轉(zhuǎn)錄模塊”，并關(guān)聯(lián)其生物學(xué)功能：-免疫激活模塊：以IFN-γ信號通路（如STAT1、CXCL9/10）、T細(xì)胞活化標(biāo)志物（如CD8A、GZMB）為核心，常定位于T細(xì)胞浸潤區(qū)域，其高表達(dá)與ICIs治療響應(yīng)正相關(guān)；-免疫抑制模塊：以Treg細(xì)胞標(biāo)志物（FOXP3）、巨噬細(xì)胞M2極化因子（CD163、IL10）為核心，常與CAFs共定位，形成“免疫抑制性微環(huán)境生態(tài)位”（immunosuppressiveniche）；2空間轉(zhuǎn)錄模塊的識別與功能注釋-血管生成模塊：以VEGF、ANGPT2等為核心，在血管內(nèi)皮細(xì)胞高表達(dá)，其空間活性與血管異常結(jié)構(gòu)（如血管扭曲、滲漏）相關(guān)，影響藥物遞送和免疫細(xì)胞浸潤。3空間異質(zhì)性與治療響應(yīng)的關(guān)聯(lián)空間異質(zhì)性是導(dǎo)致治療響應(yīng)異質(zhì)性的核心原因之一。例如，在EGFR突變型肺癌中，接受EGFR-TKI聯(lián)合ICIs治療的患者，其腫瘤內(nèi)部的“T細(xì)胞-腫瘤細(xì)胞空間接觸比例”顯著高于單純ICIs治療者；而對于“免疫排斥”型患者（T細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞空間隔離距離>50μm），即使聯(lián)合治療也難以獲得療效?？臻g轉(zhuǎn)錄組進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，這種排斥現(xiàn)象與腫瘤細(xì)胞高表達(dá)CXCL12（招募Treg細(xì)胞）和CAFs高表達(dá)ECM蛋白（如膠原纖維）形成物理屏障相關(guān)，為“打破空間屏障”的聯(lián)合策略（如聯(lián)合CXCR4抑制劑、膠原酶）提供了靶點。4.靶向治療與免疫微環(huán)境的互作機制：空間視角下的重塑動態(tài)1靶向藥物對TME的空間重塑作用靶向藥物通過特異性抑制腫瘤驅(qū)動信號，不僅直接殺傷腫瘤細(xì)胞，更通過“旁效應(yīng)”（bystandereffect）重塑TME的空間結(jié)構(gòu)與細(xì)胞功能，這一過程可通過空間轉(zhuǎn)錄組動態(tài)捕捉：-抗血管生成靶向治療：以貝伐珠單抗（抗VEGF）為例，空間轉(zhuǎn)錄組顯示，治療后腫瘤血管結(jié)構(gòu)從“扭曲、滲漏”變?yōu)椤皀ormalized、有序”，血管密度降低但管徑趨于正常，同時CD8+T細(xì)胞與血管內(nèi)皮細(xì)胞的“空間接觸頻率”顯著增加——這種“血管正?；毙?yīng)改善了T細(xì)胞的浸潤與功能，可能是抗血管生成聯(lián)合免疫治療協(xié)同作用的關(guān)鍵機制；1靶向藥物對TME的空間重塑作用-EGFR-TKI治療：在EGFR突變型肺癌中，奧希替尼治療后，腫瘤內(nèi)部的“免疫抑制模塊”（如M2巨噬細(xì)胞、Treg細(xì)胞）比例下降，而“免疫激活模塊”（CD8+T細(xì)胞、IFN-γ信號）比例上升，且CD8+T細(xì)胞從間質(zhì)區(qū)域向腫瘤巢內(nèi)遷移的空間距離縮短（從平均35μm縮短至12μm），提示TKI可通過逆轉(zhuǎn)免疫排斥狀態(tài)增強免疫治療敏感性；-PARP抑制劑治療：在BRCA突變型乳腺癌中，PARP抑制劑不僅誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡，還通過上調(diào)MHC-I分子表達(dá)和釋放腫瘤抗原，促進(jìn)DC細(xì)胞的抗原提呈功能，空間轉(zhuǎn)錄組顯示，治療后DC細(xì)胞與CD8+T細(xì)胞的“空間共定位熱點”數(shù)量增加2.3倍，提示PARP抑制劑可增強“抗原提呈-T細(xì)胞活化”的空間耦合效率。2免疫微環(huán)境對靶向藥物的響應(yīng)調(diào)控靶向藥物的療效不僅取決于腫瘤細(xì)胞本身的敏感性，更受TME中免疫微環(huán)境的調(diào)控?？臻g轉(zhuǎn)錄組揭示了“免疫介導(dǎo)的靶向藥物耐藥”與“免疫增強的靶向藥物療效”兩種相反的空間模式：-耐藥機制：在EGFR-TKI治療后進(jìn)展的肺癌患者中，空間轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)腫瘤邊緣出現(xiàn)“免疫抑制性生態(tài)位”——由CAFs、M2巨噬細(xì)胞和髓源抑制細(xì)胞（MDSCs）共定位形成，這些細(xì)胞高表達(dá)TGF-β和IL-10，通過旁分泌抑制CD8+T細(xì)胞的細(xì)胞毒性功能，導(dǎo)致TKI耐藥；-增效機制：在EGFR-TKI聯(lián)合ICIs治療有效的患者中，腫瘤內(nèi)部出現(xiàn)“三級淋巴結(jié)構(gòu)（TLSs）”的空間聚集——TLSs由B細(xì)胞濾泡、T細(xì)胞區(qū)域和濾泡樹突狀細(xì)胞（fDCs）組成，是局部抗免疫應(yīng)答的中心。空間轉(zhuǎn)錄組顯示，TLSs的形成與TKI誘導(dǎo)的腫瘤抗原釋放和DC細(xì)胞活化直接相關(guān)，且TLSs與腫瘤細(xì)胞的距離越近（<20μm），患者預(yù)后越好。3靶向-免疫協(xié)同的“空間開關(guān)”機制靶向治療與免疫治療的協(xié)同并非簡單的“1+1”，而是通過調(diào)控TME中的“空間開關(guān)”實現(xiàn)的分子-空間級聯(lián)反應(yīng)。以抗PD-1聯(lián)合抗CTLA-4治療為例，空間轉(zhuǎn)錄組揭示了三階段協(xié)同過程：-階段1（靶向預(yù)處理）：抗CTLA-4通過激活Treg細(xì)胞和耗竭CD8+T細(xì)胞，暫時“打開”免疫抑制屏障，但同時也促進(jìn)ICOS+T細(xì)胞的增殖——這些ICOS+T細(xì)胞定位于腫瘤邊緣，為后續(xù)免疫響應(yīng)奠定細(xì)胞基礎(chǔ)；-階段2（免疫激活）：抗PD-1阻斷后，ICOS+T細(xì)胞被重新激活，其分泌的IFN-γ不僅直接殺傷腫瘤細(xì)胞，還通過上調(diào)腫瘤細(xì)胞MHC-I分子表達(dá)和趨化因子（如CXCL9/10）分泌，形成“腫瘤細(xì)胞-免疫細(xì)胞”的正反饋循環(huán)；3靶向-免疫協(xié)同的“空間開關(guān)”機制-階段3（空間重塑）：在IFN-γ持續(xù)作用下，CAFs的ECM分泌功能受抑，物理屏障被打破，CD8+T細(xì)胞從間質(zhì)區(qū)域大量浸潤至腫瘤巢內(nèi)，形成“免疫浸潤-腫瘤殺傷”的空間耦合結(jié)構(gòu)。這一“空間開關(guān)”機制的發(fā)現(xiàn)，為優(yōu)化聯(lián)合治療序貫策略（如先CTLA-4后PD-1）提供了理論依據(jù)。02協(xié)同治療的分子標(biāo)志物與臨床轉(zhuǎn)化：從空間圖譜到精準(zhǔn)決策1空間轉(zhuǎn)錄標(biāo)志物的篩選與驗證基于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，我們能夠發(fā)現(xiàn)傳統(tǒng)BulkRNA-seq或scRNA-seq難以捕獲的“空間特異性標(biāo)志物”，這些標(biāo)志物具有更高的臨床預(yù)測價值：-空間浸潤標(biāo)志物：在黑色素瘤中，傳統(tǒng)“CD8+T細(xì)胞密度”標(biāo)志物無法區(qū)分“間質(zhì)浸潤”與“腫瘤巢內(nèi)浸潤”，而空間轉(zhuǎn)錄組定義的“腫瘤巢內(nèi)CD8+T細(xì)胞-腫瘤細(xì)胞空間接觸指數(shù)（TCI）”更能預(yù)測ICIs響應(yīng)（AUC=0.89vs傳統(tǒng)標(biāo)志物AUC=0.72）；-空間生態(tài)位標(biāo)志物：在肝癌中，CAFs與M2巨噬細(xì)胞的“空間共定位比例（CMP）”與TKI耐藥顯著相關(guān)（HR=3.2,P<0.001），且獨立于傳統(tǒng)臨床分期和分子分型，可作為聯(lián)合治療的分層標(biāo)志物；1空間轉(zhuǎn)錄標(biāo)志物的篩選與驗證-動態(tài)變化標(biāo)志物：通過治療前后空間轉(zhuǎn)錄組的配對分析，發(fā)現(xiàn)“血管正?；笖?shù)（VNI，即CD31+血管面積/周長）”可預(yù)測抗血管生成聯(lián)合免疫治療的療效——治療后VNI降低20%-40%的患者，中位PFS顯著延長（12.3個月vs5.6個月）。2多組學(xué)整合與空間模型構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組需與基因組、蛋白組、代謝組等多組學(xué)數(shù)據(jù)整合，才能構(gòu)建完整的“分子-空間-功能”模型，實現(xiàn)標(biāo)志物的精準(zhǔn)解讀：-基因組-空間轉(zhuǎn)錄組整合：在肺癌中，EGFR突變型腫瘤細(xì)胞的“空間分布模式”（如是否位于TLSs周邊）與PD-L1表達(dá)水平顯著相關(guān)，提示“突變狀態(tài)+空間位置+PD-L1”三重標(biāo)志物可更精準(zhǔn)預(yù)測ICIs響應(yīng)；-蛋白組-空間轉(zhuǎn)錄組整合：通過空間蛋白組（CODEX）驗證，發(fā)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組預(yù)測的“免疫激活模塊”蛋白表達(dá)（如GranzymeB、IFN-γ）與mRNA水平高度一致（r=0.78,P<0.001），證實了空間轉(zhuǎn)錄標(biāo)志物的可靠性；2多組學(xué)整合與空間模型構(gòu)建-代謝組-空間轉(zhuǎn)錄組整合：在胰腺導(dǎo)管腺癌中，空間轉(zhuǎn)錄組顯示CAFs高表達(dá)乳酸轉(zhuǎn)運體MCT4，與CD8+T細(xì)胞的乳酸代謝抑制相關(guān)，空間代謝組進(jìn)一步證實腫瘤內(nèi)部存在“乳酸濃度梯度”（腫瘤核心>間質(zhì)>邊緣），為“乳酸代謝靶向聯(lián)合免疫治療”提供了空間依據(jù)。3臨床轉(zhuǎn)化路徑與挑戰(zhàn)將空間轉(zhuǎn)錄標(biāo)志物轉(zhuǎn)化為臨床工具，需經(jīng)歷“發(fā)現(xiàn)-驗證-標(biāo)準(zhǔn)化”的漫長過程：-發(fā)現(xiàn)階段：通過回顧性空間轉(zhuǎn)錄組隊列（如TCGA-FFPE空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)）篩選候選標(biāo)志物；-驗證階段：在前瞻性臨床隊列（如IMvigor210、CheckMate057）中通過空間多重?zé)晒庠浑s交（mFISH）或數(shù)字病理技術(shù)驗證標(biāo)志物；-標(biāo)準(zhǔn)化階段：開發(fā)自動化空間分析算法（如AI驅(qū)動的“空間熱點”識別軟件），整合到病理診斷流程中，實現(xiàn)標(biāo)志物的臨床普及。筆者在與臨床合作中深刻體會到，空間轉(zhuǎn)錄組的臨床轉(zhuǎn)化最大的挑戰(zhàn)并非技術(shù)本身，而是“病理-臨床-科研”的深度協(xié)作——只有病理醫(yī)生提供高質(zhì)量的空間組織樣本，臨床醫(yī)生設(shè)計嚴(yán)謹(jǐn)?shù)尿炞C隊列，科研人員開發(fā)可解釋的分析模型，才能推動空間標(biāo)志物真正落地。03挑戰(zhàn)與展望：邁向動態(tài)、高維的微環(huán)境解析新范式1當(dāng)前面臨的技術(shù)與生物學(xué)挑戰(zhàn)盡管空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)取得了顯著進(jìn)展，但在靶向免疫協(xié)同微環(huán)境研究中仍面臨諸多挑戰(zhàn)：-技術(shù)瓶頸：現(xiàn)有技術(shù)的分辨率與檢測通量仍難以平衡——單細(xì)胞分辨率技術(shù)（如MERFISH）檢測通量低，難以覆蓋大組織區(qū)域；高通量技術(shù)（如Visium）分辨率不足，難以解析單個細(xì)胞的空間互作；-數(shù)據(jù)復(fù)雜性：空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)具有“高維度、高稀疏性、空間依賴性”特點，傳統(tǒng)生物信息學(xué)方法難以充分挖掘其空間模式，需開發(fā)更智能的空間算法（如圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、時空嵌入模型）；-動態(tài)過程解析：現(xiàn)有技術(shù)多為“時間點”采樣，難以捕捉TME重塑的動態(tài)過程（如治療后24小時、72小時的微環(huán)境變化），需結(jié)合空間單細(xì)胞測序（sci-Space）或活體成像技術(shù)；1當(dāng)前面臨的技術(shù)與生物學(xué)挑戰(zhàn)-個體差異與異質(zhì)性：不同患者、不同腫瘤部位（原發(fā)灶vs轉(zhuǎn)移灶）的TME空間模式差異顯著，需構(gòu)建大規(guī)模空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫（如HumanCellAtlas），實現(xiàn)群體數(shù)據(jù)的泛化分析。2未來發(fā)展方向面向未來，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)將向“動態(tài)、高維、臨床導(dǎo)向”的方向發(fā)展，推動靶向免疫協(xié)同微環(huán)境研究進(jìn)入新范式：-多模態(tài)空間組學(xué)整合：將空間轉(zhuǎn)錄組與空間基因組（如空間DNA-seq）、空間蛋白組、空間代謝組、空間表觀組結(jié)合，構(gòu)建“分子全景圖譜”，全面解析微環(huán)境的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；-人工智能驅(qū)動的空間解析：開發(fā)基于深度學(xué)習(xí)的“空間特征提取-功能預(yù)測-臨床決策”一體化模型，實現(xiàn)從原始圖像到治療建議的自動輸出；-類器官與空間模型：結(jié)合腫瘤類器官和芯片器官（Organ-on-a-chip）技術(shù)，構(gòu)建“體外-體內(nèi)”聯(lián)動的空間微環(huán)境模型，模擬靶向免疫協(xié)同作用的動態(tài)過程，加速藥物篩選；2未來發(fā)展方向-臨床精準(zhǔn)決策支持：開發(fā)空間轉(zhuǎn)錄組檢測的標(biāo)準(zhǔn)化試劑盒，整合到病理科常規(guī)診斷流程中，為臨床醫(yī)生提供“空間微環(huán)境分型”報告，指導(dǎo)個體化聯(lián)合治療方案制定。3對精準(zhǔn)腫瘤治療的深遠(yuǎn)影響空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不僅為靶向免疫協(xié)同微環(huán)境機制研究提供了新工具，更將推動腫瘤治療從“基于分子分型”向“基于空間微環(huán)境分型”的轉(zhuǎn)變。未來，我們或許能夠通過空間轉(zhuǎn)錄組檢測，將患者的TME分為“免疫激活型”“免疫排斥型”“血管異常型”“基質(zhì)屏障型”等亞型，并針對每種亞型設(shè)計最優(yōu)的靶向-免疫聯(lián)合策略—