血液腫瘤的分子檢測(cè)

中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院汝昆血液腫瘤的綜合診斷MIGM形態(tài)學(xué)免疫分型遺傳學(xué)分子生物學(xué)t(12:21)t(4:11)t(1;19)t(9;22)CD9-+++CD10+-++CD15-+--CD24+-++CD34++-+ALL中免疫分型和遺傳學(xué)的相關(guān)性免疫表型預(yù)測(cè)

生發(fā)中心與非生發(fā)中心亞型診斷DLBCLCD10,Bcl-6andMUM-1染色結(jié)果分析CD10+生發(fā)中心細(xì)胞（GC）表型CD10-BCL6+MUM-1-MUM-1+Non-GC表型特殊檢查蛋白水平:免疫組化流式細(xì)胞學(xué)免疫熒光/電鏡蛋白質(zhì)組學(xué)分子水平:染色體水平核酸水平基因組學(xué)、表觀遺傳學(xué)序列多態(tài)性每條染色體的兩個(gè)拷貝****長(zhǎng)度多態(tài)性1212AG遺傳變異的類型單核苷酸多態(tài)性(SNP)

串聯(lián)重復(fù)串聯(lián)重復(fù)的兩種類型微衛(wèi)星或短串聯(lián)重復(fù)序列

(STR)2–7bpRepeats小衛(wèi)星或數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列(VNTR)8–80bpRepeatsDNA水平上的改變–小的改變點(diǎn)突變重復(fù)改變?nèi)笔?插入CCTGAGGAGCCTGTGGAGTTCCAG…(CAG)5…CAGCAAGAATTAAGAGAAGCAGAAGCA例如:血紅蛋白,β–鐮刀形紅細(xì)胞貧血病例如:表皮生長(zhǎng)因子受體–肺癌TTCCAG…(CAG)60…CAGCAA例如:亨廷頓蛋白–亨廷頓病不同個(gè)體的基因組中大概0.4%的基因是CNV。Hg:alphaAmylase：6-15

copiesAlu序列Fragile

X

syndromeDNA水平上的改變–大的改變易位擴(kuò)增缺失/插入22q11.2region– DiGeorge綜合征17q21.1(ERBB2)–

乳腺癌t(9;22)(q34;q11)–CML922Der9Der22細(xì)胞遺傳學(xué)（篩選）:

大插入/缺失,擴(kuò)增,易位(5Mb)原位雜交（選擇）:

大插入/缺失,擴(kuò)增,易位乳腺癌細(xì)胞擴(kuò)增Her2基因一名習(xí)慣性流產(chǎn)婦女發(fā)生t(6;15)

染色體變異傳統(tǒng)的檢測(cè)DNA改變的策略基于PCR的方法:

PCR，Q-PCR，HRM基因測(cè)序的方法:

Sanger’s分子診斷：檢測(cè)DNA改變的策略Chromatogramfilefour-dyesystemsingle-dyesystem微陣列不能發(fā)現(xiàn)未知基因二代測(cè)序:

不適合發(fā)現(xiàn)大的插入/缺失,擴(kuò)增,易位分子診斷：新的檢測(cè)DNA改變的策略

鑒別診斷預(yù)后判斷不同的腫瘤形態(tài)相似同一腫瘤形態(tài)不同病理診斷：normallymphomaCLL/SLLMCLSMZLLPL小B細(xì)胞淋巴瘤之間的鑒別診斷

鑒別診斷預(yù)后判斷不同的腫瘤形態(tài)相似同一腫瘤形態(tài)不同病理診斷：M0

鑒別診斷預(yù)后判斷不同的腫瘤形態(tài)相似同一腫瘤形態(tài)不同病理診斷：同一腫瘤遺傳背景不同（腫瘤的異質(zhì)性）彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤

-Unsupervisedanalysis無(wú)法治愈率：60%57個(gè)基因分為3組:生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCLt(14;18)異位（bcl-2）染色體2p上的c-ref擴(kuò)增活化的B細(xì)胞樣DLBCLNF-

B的活化3型DLBCLNEJM2002.346:1937-47Blood2002.99:2285-90JExpMed2001.194:1861-74AML中影響治療和預(yù)后的突變風(fēng)險(xiǎn)級(jí)別遺傳學(xué)異常分子生物學(xué)異常預(yù)后良好t(8;21)t(15;17)inv(16)ort(16;16)正常核型伴：NMP1突變或CEBPA突變而且無(wú)FLT3-IDT預(yù)后中等正常核型+8t(9:11)其他未定義型t(8;21),t(15;17),inv(16)ort(16;16):伴c-KIT突變預(yù)后不良復(fù)雜核型-5,5q-,-7,7q-11q23:不包括t(9;11)inv(3),t(3;3)t(6;9)t(9;22)正常核型：伴FLT3-ITD突變伴c-kit突變AML中影響治療和預(yù)后的突變風(fēng)險(xiǎn)級(jí)別遺傳學(xué)異常分子生物學(xué)異常預(yù)后良好t(8;21)t(15;17)inv(16)ort(16;16)正常核型伴：NMP1突變或CEBPA突變而且無(wú)FLT3-IDT預(yù)后中等正常核型+8t(9:11)其他未定義型t(8;21),t(15;17),inv(16)ort(16;16):伴c-KIT突變預(yù)后不良復(fù)雜核型-5,5q-,-7,7q-11q23:不包括t(9;11)inv(3),t(3;3)t(6;9)t(9;22)正常核型：伴FLT3-ITD突變伴c-kit突變髓系白血病淋系白血病MPNMDS單基因單位點(diǎn)檢測(cè)單基因所有位點(diǎn)檢測(cè)所有疾病相關(guān)基因的所有位點(diǎn)檢測(cè)基因突變分布以及檢測(cè)層面的意義基因檢測(cè)，目前臨床主要采用

Sanger測(cè)序和/或者PCR檢測(cè)方法局限性：

費(fèi)用高通量低費(fèi)人力周期長(zhǎng)高通量基因測(cè)序時(shí)代到來(lái)-多基因檢測(cè)降低檢測(cè)成本通量大，靈活同時(shí)檢測(cè)多種基因基因的全部外顯子檢測(cè)深度測(cè)序–突變MRD的監(jiān)測(cè)檢測(cè)速度快

血液病的“基因掃描”

-外顯子捕獲測(cè)序

FLT3NPM1DNMT3AIDH1IDH2NRASKRASRUNX1TET2TP53CEBPAWT1KITMPLJAK2SH2B3ASXL1CBLEZH2SF3B1SRSF2PHF6JAK1PTPN11PTENAMLT-ALLNOTCH1FBXW7RUNX1DNMT3APHF6PTENFLT3WT1JAK1EZH2TEL/ETV6RASFLT3TP53JAK2ASXL1IKZF1JAK3PTPN11NF1PAX5B-ALLCRLF2CMLABL1SETBP1BRAFNF1PTPN11IDH1IDH2NRASKRASRUNX1TET2EZH2IKZF1PHF6CALRCBLCSF3RCLLCLLTP53ATMSAMHD1RUNX1TP53TET2KITIDH1IDH2CALRASXL1CBLEZH2SF3B1SRSF2NOTCH1FBXW7PHF6IKZF1JAK1FLT3NPM1DNMT3ANRASJAK2PAX5MPN淋巴瘤ARIDAATMBCL2BCL6BIRC3CCND1CDKN1ACREBBPCRLF2CXCR4EPHA7FAT1MLL2NOTCH2PDGFRBPIK3CATAL1TELWHSC1。。。FGFR3MAFBMUM1/IRF4PAX5PRDM1RB1TRAF3。。。骨髓瘤CCND1CCND3c-MAFc-MYCCYLDDIS3FAM46C。。。T-ALLNRASSH2B3GATA3KRASJAK1JAK3IL7RFLT3BRAFETV6RUNX1EZH2EP300IKZF1EEDSUZ12SETD2DNM2WT1PHF6NOTCH1RELNECT2LFAT1FAT3MLL2BMI1DNMT3AEP300造血過(guò)程相關(guān)組蛋白修飾相關(guān)Nature

481：157-163.2012新基因噬血細(xì)胞綜合癥(HPS)歷史1979年首先由Risdall等報(bào)告,是一種多器官、多系統(tǒng)受累，并進(jìn)行性加重伴免疫功能紊亂的巨噬細(xì)胞增生性疾病流行病流行病學(xué)以兒童多見(jiàn)，男性多于女性。兒童原發(fā)性HLH(FHL)的年發(fā)病率約為0.12/1O萬(wàn)。在日本和亞洲國(guó)家發(fā)病率較高。本病來(lái)勢(shì)兇險(xiǎn)，東方患者的死亡率約為45％。遺傳檢測(cè)相關(guān)基因RAB27A、XIAP、STXBP2、ITK、LYST、PRF1、SH2-D1A、UNC13D、STX11和WAS的點(diǎn)突變、插入和缺失，從來(lái)幫助臨床檢測(cè)范可尼貧血（FanconiAnemia，F(xiàn)A）定義分子檢測(cè)涉及范圍范可尼貧血（Fanconianemia，F(xiàn)A）是一種常染色體隱性遺傳病，為先天性再障中最為常見(jiàn)的一種分析FANCA，F(xiàn)ANCC，F(xiàn)ANCG外顯子范圍內(nèi)的點(diǎn)突變、短片段的插入和缺失型突變最常見(jiàn)的三種FA相關(guān)基因：FANCA、FANCC和FANCG，這三種基因突變約占全部FA患者的85%FANCAFANCCFANCG突變基因在血液疾病中的分布CLLALLCMLAMLMDSMPNMMLymphomaFAHLHTTP

我們通過(guò)外顯子捕獲測(cè)序?qū)ρ杭膊∵M(jìn)行“基因掃描”。檢測(cè)在血液疾病發(fā)生、發(fā)展過(guò)程中起關(guān)鍵及輔助作用的基因進(jìn)行全外顯子的一個(gè)捕獲和深度測(cè)序，發(fā)現(xiàn)這些“元兇”及“從犯”的一個(gè)本質(zhì)的特征（點(diǎn)突變、短的插入和缺失，以及重復(fù)序列），從而輕松的協(xié)助疾病的診斷，并對(duì)疾病進(jìn)行一個(gè)危險(xiǎn)度的分層、預(yù)后判斷以及用藥的指導(dǎo)等。高通量測(cè)序進(jìn)行“基因掃描”測(cè)序流程3.5小時(shí)3小時(shí)2小時(shí)0.5小時(shí)01構(gòu)建文庫(kù)02制備模板03運(yùn)行序列