1、基因組測序流程介紹,中科院計算所生物信息學研究組 華大曙光生物信息學聯(lián)合實驗室 2001/10/07,第一部分：基礎(chǔ)知識,1。細胞的結(jié)構(gòu)（真核和原核）,2。細胞核中的染色體,3。染色體DNA相關(guān)蛋白質(zhì),4。DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu),5。堿基互補：A/T C/G,6。DNA復制,7。什么是基因組？,任何一條染色體上都帶有許多基因，一條高等生物的染色體上可能帶有成千上萬個基因，一個細胞中的全部基因序列及其間隔序列統(tǒng)稱為genomes（基因組）。,8。什么是基因？,DNA上具有特定功能的一個片斷，負責一種特定性狀的表達。一般來講，一個基因只編碼一個蛋白質(zhì)。,9。DNA RNA與蛋白質(zhì),DNA:兩條互補鏈。

2、由ATCG四個字母（堿基）形成的字符串。 RNA:單鏈結(jié)構(gòu)。由AUCG四個字母（堿基）形成的字符串。 蛋白質(zhì):一條或多條肽鏈。每個肽鏈是由20種氨基酸形成的長鏈，即20個字母（氨基酸）形成的字符串。 翻譯：每3個堿基翻譯成一個氨基酸。,10。DNA上的基因,11。什么是電泳？,在凝膠一端小槽中放入熒光標記的DNA片斷，兩端加電壓，短DNA片斷跑得快，長DNA片斷跑得慢。 測序時需要區(qū)分長度只差一個堿基的片斷,12。什么是PCR?,DNA體外擴增方法的一種，能夠?qū)⒑苌俚脑嚇樱ū热缰挥凶锓傅囊坏窝?，擴增成完全相同的無數(shù)拷貝。 每PCR一輪，擴增兩倍 1-2-4-8-16,第二部分：測序流程,1。

3、什么是測序？,確定一條染色體片斷上的堿基順序。 Sanger法： 在PCR時加入熒光標記的復制終止劑，比如ddA,ddT,ddC,ddG（相應(yīng)于4種堿基） ddX的兩個作用： 可以當作正常堿基參與復制 一旦鏈入DNA中，其后就不能再繼續(xù)連接 電泳 誰終止，堿基就是誰 此方法獲1974年的Nobel獎,Sanger第一步：加入復制終止劑,熒光檢測探頭,電泳，看誰跑得快,Sanger第二步：熒光檢測,Shotgun測序,DNA的提取和純化 載體預(yù)備：和DNA片斷結(jié)合，從而能夠在細菌中擴增。 DNA片段的制備：將DNA用超聲波切成能夠測序的小片斷 轉(zhuǎn)化培養(yǎng)：小片斷和載體結(jié)合，植入細菌中進行擴增。 提

4、質(zhì)粒：從細菌中提取出繁殖好的質(zhì)粒 電泳檢測：檢測質(zhì)量的好壞 測序：上測序儀測序,全自動的測序儀器：MegaBace,DNA整體,切成小段,小段和載體結(jié)合,結(jié)合后進行測序,Shotgun測序（2）,還沒有完！拼接！,因為整個基因組太長（上M),而每次只能測得一個500的小片斷(read) 問題：如何根據(jù)read恢復原始順序？ 類比：10本圣經(jīng)，都從隨機點起始剪成500個字母左右的小紙條，問：給你這么一堆小紙條，你能讀出圣經(jīng)來嗎？ 轉(zhuǎn)成圖論問題：Hamilton和Euler路徑 但是都會拼錯！,Shotgun法序列拼接,Consensus,Mis-Assembly (Inverted),拼接錯誤：Repeat的存在,我們能干什么？,測序之前全是生物學問題。 測序之后就全形式化是計算機問題。 天然的形式化：ATCG 核心問題： 字符串比對：兩個字符串的距離 拼接問題 蛋