1、1,Chem3D介紹,提供功能 制作結(jié)構(gòu)： 立體旋轉(zhuǎn)； 讀取chemDraw結(jié)構(gòu)； 進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算進(jìn)行量化結(jié)構(gòu)； 并和數(shù)種量子化學(xué)軟件結(jié)合在一起。,chem3D是一個(gè)三維分子結(jié)構(gòu)演示軟件,2,Chem3D起始界面,3,主界面,Chem3D起始界面,4,工具欄,模型窗口,模型類型,三維視圖,ChemDraw切換,圖標(biāo)工具欄,模型數(shù)據(jù)窗口,擴(kuò)大（縮小）窗口,消息窗口,狀態(tài)欄,5,選擇,軌跡球,單鍵,雙鍵,三鍵,虛鍵,文本,橡皮,大小調(diào)整,6,顯示設(shè)置,7,視頻設(shè)置,模型顯示設(shè)置,立體顯示,彈出信息,配體顯示,結(jié)構(gòu)顯示,原子標(biāo)記,原子顯示,色彩選項(xiàng),8,顯示設(shè)置屬性,Model Type,線狀模型

2、,棒狀模型,球棍模型,圓柱鍵模型,比例模型,9,帶狀模型,10,結(jié)構(gòu)不同顯示方式,View/Setting/Model Dispaly 菜單或F6鍵：五種,Wire Frame,Sticks,Ball-Sticks,Cylindrical Bonds,Space Filling,11,帶狀模型常用于生物分子,12,代表用紅藍(lán)兩種色彩的立體顯示,代表用深色顯示模型，就是對(duì)于模型的部分 按觀察者的角度不同著色,代表顯示兩個(gè)立體結(jié)構(gòu)完全相同的模型,代表模擬現(xiàn)實(shí)的角度觀察模型，使模型更 接近真實(shí),代表顯示模型的時(shí)候?qū)⒑竺娴牟糠忠躁幱?形式表示，這樣模型的立體感更強(qiáng)。,13,14,選擇【單鍵】工具，在模

3、型窗口向右按動(dòng),圓柱鍵模型,1. 利用鍵工具建立模型,建立3D模型,15,線狀模型,16,棒狀模型,17,球棍模型,18,比例模型,19,選擇【軌跡球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y軸旋轉(zhuǎn),X、Y軸旋轉(zhuǎn)指示,20,選擇【軌跡球】工具并按“Alt”鍵， 使分子模型在模型窗口沿Z軸旋轉(zhuǎn),Z軸旋轉(zhuǎn)指示,21,模型結(jié)構(gòu)信息,光標(biāo)位于原子上， 自動(dòng)顯示原子信息,22,工具欄顯示原子的符號(hào)和標(biāo)號(hào),23,光標(biāo)位于鍵上， 自動(dòng)顯示鍵信息,模型結(jié)構(gòu)信息,24,模型的進(jìn)一步信息,顯示鍵長變化,顯示鍵角變化,顯示二面角,顯示所有沒有相鄰的原子的距離,25,模型的鍵長數(shù)據(jù),26,模型的鍵長和鍵角數(shù)據(jù),27,乙烯

4、模型中的雙鍵信息,28,鍵級(jí)改動(dòng),29,顯示氫及孤對(duì)電子,30,不顯示氫及孤對(duì)電子的環(huán)己烷,原子名稱及序數(shù),31,選擇工具，雙擊原子，按順序改變?cè)有蛱?hào),32,隱藏或顯示其它原子,居中 移動(dòng)到 色彩調(diào)節(jié) 顯示元素符號(hào) 顯示元素編號(hào) 顯示實(shí)心球 顯示點(diǎn)陣表面,調(diào)整鍵長 破壞鍵 調(diào)整鍵級(jí) 就近結(jié)合 添加質(zhì)心 顛倒 調(diào)整矩陣,隱藏所選部分 隱藏非選部分 顯示所有原子 顯示鄰近原子 顯示背面 定義基團(tuán),33,利用【鍵】工具建立的結(jié)構(gòu)，鍵角及鍵長可能不正常，應(yīng)【整理結(jié)構(gòu)】,34,環(huán)己烷的椅式構(gòu)象,35,使用【文本】工具輸入結(jié)構(gòu)式,2. 利用文本工具建立模型,36,按【Enter】自動(dòng)轉(zhuǎn)化為模型,37,括

5、號(hào)表示支鏈,38,39,整理結(jié)構(gòu),40,簡單優(yōu)化 觀察分子變化,41,4-甲基-2-戊醇模型,42,建立1，2-雙甲基環(huán)戊烷模型,43,44,整理結(jié)構(gòu),45,建立Ibuprofen(布洛芬)模型,46,47,建立十肽菌素模型,48,49,建立十二丙氨酸醇分子模型,50,51,改變顯示方式,模型類型窗口：,52,設(shè)為線狀模型,53,54,設(shè)為帶狀模型,55,a-螺旋模型,56,使用子結(jié)構(gòu)建立模型,3. 利用子結(jié)構(gòu)建立模型,57,子結(jié)構(gòu)模型庫,58,選擇所需的子結(jié)構(gòu)，然后復(fù)制,59,粘貼復(fù)制結(jié)果,60,在子結(jié)構(gòu)上進(jìn)行編輯,61,4. 使用模板建立模型,62,63,ChemDraw中 畫出的分子結(jié)構(gòu)

6、,復(fù)制粘貼到Chem3D中,5. ChemDraw和Chem3D信息轉(zhuǎn)換,64,Chem3D中 畫出的分子模型,復(fù)制粘貼到 ChemDraw中,65,（1）查找原子的范德瓦爾斯半徑 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各種元素在不同環(huán)境的半徑,計(jì)算功能演示,66,67,68,（2）觀察分子的大小 建立苯模型。執(zhí)行【View】【Connolly Molecular】彈出Suface對(duì)話框；【solid】選項(xiàng)可以選擇分子表面的類型；【Resolution】滑動(dòng)到右邊，其值為100,69,70,71,72,73,View/Solvent Accessible 菜單 甲苯結(jié)構(gòu),74,

7、（3）計(jì)算分子體積 建立苯模型。執(zhí)行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】選框中雙擊【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】選項(xiàng)，使之加入到【Selected Properties】框中。單擊ok，,75,76,77,78,79,80,(4) 檢查結(jié)構(gòu)能量,81,模型旋轉(zhuǎn),對(duì)位交叉,82,總能量計(jì)算,83,空間位阻能：0.977kcal/mol,計(jì)算結(jié)果,84,模型的二面角數(shù)據(jù),85,數(shù)據(jù)與模型對(duì)應(yīng),86,顯示原子符號(hào)及序號(hào),87,按動(dòng)旋轉(zhuǎn),數(shù)據(jù)相應(yīng)改變,88,(5)

8、分子軌道(HOMO及LUMO),首先用雙鍵 畫出乙烯分子,89,顯示軌道時(shí)必須選擇,90,選擇分子軌道,91,選擇HOMO軌道,HOMO軌道顯示,軌道選項(xiàng) HOMO和LUMO各6個(gè),能量隨所選軌道不同而不同,實(shí)心顯示 （絲網(wǎng)顯示 圓點(diǎn)顯示 半透明顯示）,92,乙烯分子的HOMO軌道,93,選擇LUMO軌道,LUMO軌道顯示,94,乙烯分子的LUMO軌道,95,96,97,98,99,100,101,102,其他計(jì)算,從頭算程序：Gamess Gaussian 需另外安裝這兩個(gè)程序。 半經(jīng)驗(yàn)或分子力學(xué)計(jì)算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 計(jì)算方式：計(jì)算性質(zhì)，最小能，過渡態(tài)優(yōu)化，光譜分析,103,模型的輸入和輸出：以NaCl晶體為例： 【File】【Template】選擇【NaCl Crystal.C3T】選擇以【Space filling】顯示模型?？杀４娑喾N格式，默認(rèn)格式.c3t?？纱鏋閖pg等。 還有動(dòng)畫顯示功能，可讓其繞x軸、y軸、z軸轉(zhuǎn)動(dòng)，這樣可以