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文檔簡介

1、MEGA常用工具及使用方法,超通俗版本,將拼好后的序列和下載的序列填在一個(gè)txt文檔中,保存后，將文件后綴由 .txt 改成 .fas,打開MEGA 5.05軟件，點(diǎn)擊菜單欄File，選擇open a file，打開剛才的.fas文件。彈出窗口后選擇Align。彈出副窗口。,在主窗口中，點(diǎn)擊上方工具欄W標(biāo)志，將序列比對對齊。,序列對齊，修飾后，點(diǎn)擊工具欄 保存圖標(biāo)，將文件進(jìn)行保存。格式為mas格式,保存后關(guān)閉上一個(gè)副窗口，回到主窗口，重新在File中打開剛保存的.mas格式的文件。彈出新的副窗口（序列已對齊）,在工具欄Data中打開剛才保存的.mas文件，Analysis分析，可在主窗口中出現(xiàn)

2、TA圖標(biāo)（如圖）。,點(diǎn)擊TA圖標(biāo)，可彈出小窗口，由次窗口可知簡約信息位點(diǎn)，不變位點(diǎn)等信息。點(diǎn)擊工具欄statistics，選擇第一項(xiàng)進(jìn)行核酸比較，可在excel表中導(dǎo)出堿基組成信息。,點(diǎn)擊主窗口中Distance中的第一項(xiàng)，可對物種之間遺傳距離進(jìn)行計(jì)算。注意Bootstrap參數(shù)設(shè)置（一般為1000）。模型選用Kimura雙參數(shù)模型進(jìn)行計(jì)算。點(diǎn)擊Computr進(jìn)行計(jì)算,關(guān)于遺傳距離,關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育樹,點(diǎn)擊主窗口中Phylogeny下選擇想用的算法（最大似然法ML或者是鄰接法NJ），一般選用ML。,各參數(shù)設(shè)置如圖，點(diǎn)擊Computr進(jìn)行計(jì)算，構(gòu)建出一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹。,左側(cè)工具欄可對樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整。點(diǎn)擊保存，將文件保存成mts格式（僅可以用MEGA打開）。也可以點(diǎn)擊上方工具欄中的Image，save as 為其他格式。若想更改字體，可將文件保存成PD

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