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1、DNA修復(fù)(DNA repairing)是細(xì)胞對(duì)DNA受損傷后的一種反應(yīng),這種反應(yīng)可能使DNA結(jié)構(gòu)恢復(fù)原樣,重新能執(zhí)行它原來的功能;但有時(shí)并非能完全消除DNA的損傷,只是使細(xì)胞能夠耐受這DNA的損傷而能繼續(xù)生存。也許這未能完全修復(fù)而存留下來的損傷會(huì)在適合的條件下顯示出來(如細(xì)胞的癌變等),但如果細(xì)胞不具備這修復(fù)功能,就無法對(duì)付經(jīng)常在發(fā)生的DNA損傷事件,就不能生存。所以研究DNA修復(fù)也是探索生命的一個(gè)重要方面,而且與軍事醫(yī)學(xué)、腫瘤學(xué)等密切相關(guān)。對(duì)不同的DNA損傷,細(xì)胞可以有不同的修復(fù)反應(yīng)。DNA修復(fù) - 概述 DNA修復(fù) DNA修復(fù)1 圖冊(cè)DNA修復(fù)是細(xì)胞中經(jīng)常運(yùn)行的一種進(jìn)程。它使基因組免受損
2、傷和突變,因此對(duì)細(xì)胞的生存是很重要的。在人的細(xì)胞中,一般的代謝活動(dòng)和環(huán)境因素(如紫外線)都能造成DNA損傷,導(dǎo)致每個(gè)細(xì)胞每天多達(dá)500,000處的分子損害。這些損害給DNA分子造成結(jié)構(gòu)上的破壞,由此可大大的改變細(xì)胞閱讀信息和基因編碼的方式。因此,DNA修復(fù)必須經(jīng)常運(yùn)行,以快速地改正DNA結(jié)構(gòu)上的任何錯(cuò)誤之處。 然而,當(dāng)細(xì)胞老化的時(shí)候,DNA修復(fù)的速度下降,直至趕不上正在進(jìn)行的DNA損傷的速度。這時(shí),細(xì)胞可能遭受以下三種命運(yùn)之一: 1、不可逆的冬眠,即所謂的衰老 2、細(xì)胞自殺,即細(xì)胞凋亡或程序性細(xì)胞死亡3、癌發(fā)生,或形成腫瘤 人體中的大多數(shù)細(xì)胞先是衰老,經(jīng)歷不可挽回的DNA損傷之后,走向凋亡。在
3、這種情況下,凋亡作為“最后一招”起著防止細(xì)胞致癌而危害機(jī)體的作用。 衰老時(shí),生物合成和物質(zhì)周轉(zhuǎn)的變更使細(xì)胞的生命活動(dòng)效率降低,這不可避免地導(dǎo)致疾病發(fā)生。一個(gè)細(xì)胞的DNA修復(fù)的能力對(duì)其基因組的完整性和此細(xì)胞甚至機(jī)體的正常功能來說是極其重要的。許多原來對(duì)預(yù)期壽命顯示出影響的基因被證實(shí)跟DNA損傷修復(fù)和保護(hù)有關(guān)。 形成接合子的細(xì)胞中的分子傷害若未能修復(fù)改正,將產(chǎn)生變異的子代,從而影響到進(jìn)化的速率。DNA修復(fù) - DNA損傷 DNA修復(fù)2 圖冊(cè)細(xì)胞內(nèi)正常的代謝活動(dòng)引起的DNA損傷的發(fā)生速率約為每個(gè)細(xì)胞每天50,000至500,000處分子損害。但是許多別的因素能使之達(dá)到更高的速率。一個(gè)關(guān)鍵的癌相關(guān)基因
4、(如腫瘤抑制基因)的一處未修復(fù)的損害就能對(duì)個(gè)體產(chǎn)生災(zāi)難性的后果,而這類基因只占人類基因組的3,000,000,000(30億)個(gè)堿基的0.0002原因DNA損傷可分為兩大類型:1.內(nèi)源性損傷,如被正常代謝的副產(chǎn)物活性氧分子(自由基)攻擊導(dǎo)致的損傷(自發(fā)突變);2.外源性損傷,由外部因素引起,例如: 1、來自太陽的紫外射線UV200300nm 2、其他頻率的輻射,包括X射線和射線3、水解和熱解 4、某些植物毒素5、人造的突變物質(zhì),如吸煙產(chǎn)生的某些烴 6、腫瘤的化學(xué)療法和放射線療法在細(xì)胞分裂之前,損傷DNA的復(fù)制會(huì)引起錯(cuò)誤堿基與損傷堿基相對(duì)立地結(jié)合。子代細(xì)胞由遺傳而繼承了錯(cuò)誤的堿基之后,也就成了變
5、異細(xì)胞(帶了突變的細(xì)胞),從此再無退路(除非通過很少有的回復(fù)突變和基因轉(zhuǎn)換)。類型DNA修復(fù)3 圖冊(cè)DNA初級(jí)結(jié)構(gòu)的損害形式主要可以分為四種: 1、苷酸堿基氧化(oxidation):例如:8-oxo-7,8-dihydroguanine(8-oxoG),Thymineglycol等,這些主要是細(xì)胞內(nèi)的活性含氧物種(ROS)對(duì)DNA的攻擊所造成。另外,環(huán)境中的游離輻射也常會(huì)對(duì)造成堿基的氧化作用。 2、核苷酸堿基烷化(alkylation):或常稱作甲基化,methylation),例如O6-methylguanine,N7-methylguanine,N3-methyladenine等。 3、
6、核苷酸堿基去氨化(deamination):例如:尿嘧啶,就是由于甲基化的胞嘧啶經(jīng)過去氨化所形成的。 4、核苷酸堿基水解(hydrolysis):例如去嘌呤或去嘧啶作用。 5、核苷酸堿基錯(cuò)誤配對(duì)(mismatch):這常常是導(dǎo)因于DNA復(fù)制過程當(dāng)中新合成的DNA單股置入錯(cuò)誤的核苷酸所導(dǎo)致。 而外生性的DNA損害,隨著暴露在外生性因子的時(shí)間、劑量的差異,其導(dǎo)致的DNA損害形式也有很大的差異。目前的研究發(fā)現(xiàn)細(xì)胞在紫外線得照射下對(duì)使得DNA會(huì)形成雙嘧啶鍵結(jié)(purimidinedimer),是一種外生性DNA損害的明確類型。DNA修復(fù) - 機(jī)制 既然內(nèi)生性(endogenous)與外生性(exoge
7、nous)的DNA損害來源均無法避免,細(xì)胞就必須面對(duì)這些DNA損害的形式采取適當(dāng)?shù)拇胧?。?duì)一個(gè)細(xì)胞來說,消極的做法是暫時(shí)容忍損害的存在,等到細(xì)胞的基因體遭受損害到一定程度,細(xì)胞自然無法再持續(xù)進(jìn)行運(yùn)作;而積極的做法則是針對(duì)所有可能的DNA損害發(fā)展出相對(duì)應(yīng)的修復(fù)補(bǔ)救措施,以確?;蝮w內(nèi)遺傳訊息的正確性。根據(jù)分子生物學(xué)近幾年來的研究發(fā)展,科學(xué)家已經(jīng)發(fā)現(xiàn)無論是以單細(xì)胞形式存活的酵母菌到我們?nèi)祟惖募?xì)胞,都可以找到相對(duì)應(yīng)的DNA修復(fù)機(jī)制,這說明DNA修復(fù)機(jī)制在各物種間的高度保守性(highlyconservative),更充分顯示了DNA損害所造成的危害,在生物演化初期就無可避免。在現(xiàn)存細(xì)胞內(nèi)的DNA修復(fù)
8、機(jī)制中,由DNA損害斷裂的程度可以分為兩種類型,一種是單股損害,另一種則是DNA雙股斷裂。前者修復(fù)機(jī)制通常需要借助其對(duì)應(yīng)的另一股當(dāng)模版(template),而后者在缺乏另一股序列當(dāng)模版的情況下,則是轉(zhuǎn)而透過同源的染色體(homologouschromosome)序列或姊妹染色分體(sisterchromatid)來尋求支援。(在高等生物中,有時(shí)候DNA雙股斷裂的修復(fù)有時(shí)候有可能無須任何序列當(dāng)模版,而逕行將斷裂部分直接接合,然而這種DNA修復(fù)方式可能隱含錯(cuò)誤的機(jī)率(error-prone)。單股DNA修復(fù)DNA修復(fù)4 圖冊(cè)單股DNA損害修復(fù)機(jī)制的特色是,當(dāng)只要DNA兩股的其中一股發(fā)生損害,另一股
9、在這時(shí)候就可以當(dāng)作模版,以作為修正的依據(jù)。細(xì)胞為了對(duì)抗各種形式的DNA損害,發(fā)展了數(shù)種DNA單股損害的修復(fù)機(jī)制,包括: 1、單一蛋白所參與的直接修復(fù)機(jī)制 MGMT(methylguaninemethyltransferase)具有甲基轉(zhuǎn)移酶的活性,因此可以直接將6號(hào)位置鳥嘌呤的甲基(CH3)(O6-methylguanine)直接移除。而在細(xì)菌內(nèi)也有一個(gè)修復(fù)蛋白,光分解酵素(photolyase),可以修復(fù)紫外線所造成的雙嘧啶鍵結(jié)(purimidinedimer)。由于這一類的蛋白可以直接將遭受破壞的DNA或核苷酸還原,因此不需要另一股當(dāng)作修復(fù)的模版。 2、堿基切除修復(fù)(Baseexcisio
10、nrepair,BER) BER用來清除并修復(fù)異常的、不該出現(xiàn)的堿基。這些非A、T、G、C堿基的出現(xiàn)若無適時(shí)修復(fù),則DNA聚合酶在復(fù)制的過程就很容易在碰到這些堿基時(shí)置入錯(cuò)誤的配對(duì),即點(diǎn)突變發(fā)生。 3、核苷酸切除修復(fù)(Nucleotideexcisionrepair,NER) NER主要修復(fù)那些影響區(qū)域性的染色體結(jié)構(gòu)的DNA損害,包括由紫外線所導(dǎo)致的雙嘧啶鍵結(jié)(pyrimidinedimer),化學(xué)分子或蛋白質(zhì)與DNA間的鍵結(jié)DNA附加物(DNAadduct),或者DNA與DNA的鍵結(jié)DNA交互連結(jié)(cross-link)等。這些損害的形式若沒有適時(shí)的排除,DNA聚合酶將無法辨識(shí)而滯留在損害的位
11、置,這時(shí)細(xì)胞就會(huì)活化細(xì)胞周期檢查點(diǎn)(cellcyclecheckpoint)以全面停止細(xì)胞周期的進(jìn)行。 (1)全基因體的核苷酸切除修復(fù)(Global-GenomeNucleotideexcisionrepair,GG-NER)。 為典型的NER修復(fù)機(jī)制,透過對(duì)于DNA損害具有特殊親合辨識(shí)能力的XPC-HR23B蛋白質(zhì)雙合體(dimer)來啟動(dòng)NER的修復(fù)路徑。 (2)轉(zhuǎn)錄合并修復(fù)(Transcription-coupledrepair,TCR) 為針對(duì)RNA轉(zhuǎn)錄過程所伴隨啟動(dòng)的NER修復(fù)機(jī)制,所以又稱轉(zhuǎn)錄合并核苷酸切除修復(fù)(Transcription-coupledNER,TC-NER)。TC
12、-NER是由RNA聚合酶在轉(zhuǎn)錄過程遇到核苷酸損害無法辨識(shí)而停滯時(shí)所活化的修復(fù)機(jī)制,借由RNA聚合酶停滯的動(dòng)作可以立即招來NER相關(guān)的修復(fù)蛋白前來,這樣就能加速DNA損害的復(fù)原,而無須漫長(zhǎng)地等待GG-NER的反應(yīng)。但也如此,TC-NER所負(fù)責(zé)修復(fù)的范圍只局限于能夠轉(zhuǎn)錄RNA的DNA序列。 4、錯(cuò)誤配對(duì)修復(fù)(Mismatchrepair,MMR)MMR主要是負(fù)責(zé)DNA在復(fù)制過程發(fā)生嘌呤嘧啶錯(cuò)誤配對(duì)的校對(duì)工作。 5、單股DNA斷裂修復(fù)(Singlestrandbreakrepair,SSBR)細(xì)胞內(nèi)參與修復(fù)單股DNA斷裂的機(jī)制與堿基切除修復(fù)的蛋白質(zhì)種類有很高的重復(fù),因此有些人把單股DNA斷裂的機(jī)制也
13、歸入堿基切除修復(fù)的路徑內(nèi)。 雙股DNA修復(fù)DNA雙股斷裂對(duì)細(xì)胞來說是最嚴(yán)重也是最致命的DNA損害類型。不若DNA單股的損害在組蛋白的保護(hù)下,或許可以逃過更進(jìn)一步的損害與化學(xué)物質(zhì)的攻擊,而DNA雙股斷裂的結(jié)果使得DNA的末端直接裸露,在這種情況的發(fā)生若沒有及時(shí)的處理,細(xì)胞內(nèi)DNA損害反應(yīng)(DNAdamageresponse)機(jī)制就會(huì)活化,其后果之一是停止細(xì)胞的生長(zhǎng)與分裂,或者是啟動(dòng)細(xì)胞凋亡,無論如何都是驅(qū)使細(xì)胞走向毀滅一途。幸好從真核生物階段細(xì)胞就已發(fā)展出數(shù)套機(jī)制用來防范DNA雙股斷裂的產(chǎn)生,分別是: 1、同源性重組(Homologousrecombination,HR) 同源性重組修復(fù)是利用細(xì)
14、胞內(nèi)的染色體兩兩對(duì)應(yīng)的特性,若其中一條染色體上的DNA發(fā)生雙股斷裂,則另一條染色體上對(duì)應(yīng)的DNA序列即可當(dāng)作修復(fù)的模版來回復(fù)斷裂前的序列,因此在某些條件下,同源性重組又稱作基因轉(zhuǎn)換(geneconversion)。 同源性重組HR修復(fù)路徑與細(xì)胞周期的進(jìn)行有很高的依賴性。在G1期,染色體套數(shù)為2n的情況下,同源染色體是HR唯一可使用的模版。等到在S期G2期有了姊妹染色分體(sisterchromatid)的加入,染色體套數(shù)倍增為4n,這時(shí)候HR機(jī)制就有更多的修復(fù)模版可供選擇,因此一般認(rèn)為HR修復(fù)的運(yùn)作在S期G2期比較活躍。 2、非同源性末端接合(Non-homologousendjoining,
15、NHEJ) NHEJ修復(fù)機(jī)制與前面的HR最大的差異,就在于完全不需要任何模版的幫助,此一機(jī)制的修復(fù)蛋白可以直接將雙股裂斷的末端彼此拉近,再借由DNA黏合酶(ligase)的幫助下,將斷裂的兩股重新接合。相較于HR,NHEJ的機(jī)制既簡(jiǎn)單又不依靠模版的方式,在基因體越復(fù)雜、包含越多無用DNA(junkDNA)的生物體,NHEJ的活性相對(duì)于HR是非?;钴S的,可是在基因體越簡(jiǎn)單,尤其是單細(xì)胞型態(tài)的生物,NHEJ很有可能破壞原本序列完整性,反而不受青睞。 值得一提的是,NHEJ除了負(fù)責(zé)DNA損害的修復(fù),高等生物所特有的免疫系統(tǒng)在進(jìn)行V(D)J重組以產(chǎn)生具多樣性的抗體時(shí),由RAG蛋白作用所造成的DNA斷裂
16、,也是需要NHEJ來進(jìn)行善后工作的。 細(xì)胞周期檢查點(diǎn)與DNA修復(fù)的相關(guān)性除了既有的DNA修復(fù)機(jī)制,細(xì)胞還有一項(xiàng)用來對(duì)抗DNA損害生成的武器,那就是細(xì)胞周期檢查點(diǎn)(cellcyclecheckpoint)。對(duì)于一個(gè)持續(xù)進(jìn)行周期的細(xì)胞,若DNA遭受損害,除了既有的DNA修復(fù)機(jī)制可以偵測(cè)損害的地點(diǎn),檢查點(diǎn)機(jī)制相關(guān)的蛋白也被認(rèn)為具有類似的能力,只是檢查點(diǎn)偵測(cè)到損害形成時(shí)所做的反應(yīng)是停滯細(xì)胞周期的進(jìn)行。不過有越來越多的科學(xué)研究發(fā)現(xiàn)DNA修復(fù)機(jī)制與檢查點(diǎn)的活化有相輔相成的效果,例如;游離輻射造成DNA雙股斷裂,除了前面提到同源重組以及非同源性末端接合修復(fù)機(jī)制可以逕行修復(fù)斷裂的DNA,在檢查點(diǎn)扮演關(guān)鍵角色的
17、ATM(Ataxia-Telangiectasia)蛋白質(zhì)除了啟動(dòng)檢查點(diǎn)機(jī)制以停滯細(xì)胞周期,科學(xué)家也發(fā)現(xiàn)ATM會(huì)透過直接磷酸化或透過更復(fù)雜的機(jī)制來啟動(dòng)上述的修復(fù)機(jī)制。而有些蛋白質(zhì)被認(rèn)為同時(shí)具有檢查點(diǎn)活化以及DNA修復(fù)的功能,例如:p53與BRCA1,這更加說明兩種機(jī)制相互依存以降低DNA損害對(duì)細(xì)胞本身所造成的傷害。 DNA修復(fù) - DNA損害、修復(fù)與生物個(gè)體的關(guān)連 DNA損害可能造成細(xì)胞停止生長(zhǎng)(senescence)、細(xì)胞凋亡或轉(zhuǎn)型成癌細(xì)胞,而對(duì)于生物個(gè)體當(dāng)然不可避免的會(huì)導(dǎo)致對(duì)應(yīng)的癥狀,即老化、死亡,或者腫瘤的形成,這些現(xiàn)象與源自細(xì)胞內(nèi)產(chǎn)生的DNA損害無法順利透過DNA修復(fù)機(jī)制進(jìn)行處理有很大
18、的關(guān)連。拜分子生物學(xué)快速進(jìn)展之賜,這十幾年來許多未知病因的癥狀陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)原來是DNA修復(fù)機(jī)制相關(guān)基因的突變或異常所造成的結(jié)果,間接證實(shí)了DNA損害對(duì)于生物個(gè)體所造成的危害。 DNA修復(fù)機(jī)制與遺傳性疾病并非所有的DNA修復(fù)機(jī)制異常會(huì)導(dǎo)致遺傳性疾病發(fā)生,事實(shí)上,根據(jù)科學(xué)家的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,有更多的例子顯示缺少DNA修復(fù)機(jī)制中某些參與的基因反而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)老鼠在胚胎時(shí)期突然停止發(fā)育,英文稱呼為胚胎致死(embrYoniclethality),唯有少數(shù)幸運(yùn)胚胎存活而得以出生,不過可預(yù)期的這些剛出生的小生命不久將慢慢出現(xiàn)基因缺陷伴隨而來得遺傳病征。DNA修復(fù)機(jī)制異常對(duì)生物個(gè)體最普遍的遺傳病征,大多是發(fā)育遲緩(有些也包含喪失生殖能力)、神經(jīng)退化、智能不足等,也有些是免疫功能缺乏,如果缺乏事先的疾病診斷與照護(hù),通常很容易死亡。若是年齡稍長(zhǎng),癌癥罹患的機(jī)率
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