生物信息學(xué) Bioinformatics,電子克隆 in silico cloning,第八章,電子克?。╥n silico cloning）是近年來(lái)伴隨著基因組和EST計(jì)劃發(fā)展起來(lái)的基因克隆新方法，它的主要原理是利用日益發(fā)展的生物信息學(xué)技術(shù)，借助電子計(jì)算機(jī)的巨大運(yùn)算能力，通過(guò)EST或基因組的序列組裝和拼接，利用RT-PCR的方法快速獲得功能基因。 基于原理：物種同源蛋白氨基酸序列相似性（保守性）,1.什么是電子克??？,2.電子克隆的條件和特點(diǎn)：,前提條件；研究物種:豐富的核酸序列信息； 比較物種:較多的基因研究； 強(qiáng)大的計(jì)算機(jī)分析軟硬件的支持。,種子氨基酸序列,tBLASTn,水稻基因組contig或BAC/PAC,外顯子預(yù)測(cè),RT-PCR，克隆，測(cè)序,人工,計(jì)算機(jī),3.電子克隆的基本思路：,EST拼接,利用基因組資料,種子核苷酸序列,BLASTn,水稻EST數(shù)據(jù)庫(kù),序列拼接,RT-PCR，克隆，測(cè)序,人工,計(jì)算機(jī),直到無(wú)法繼續(xù)延伸或已經(jīng)具備完整的ORF,利用EST資料,OsG6PDH 的克隆,以小麥G6PDH蛋白（BAA97662 ）搜索水稻nr數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果,OsG6PDH 的克隆,以小麥G6PDH蛋白（BAA97662 ）搜索水稻nr數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果,OsG6PDH 的克隆,以小麥G6PDH蛋白（BAA97662 ）搜索水稻nr數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果,OsG6PDH 的克隆,上機(jī)操作1：利用基因組資料和NR數(shù)據(jù)庫(kù),步驟 1：利用小麥G6PDH序列(BAA97662)檢索NR數(shù)據(jù)庫(kù),OsG6PDH 的克隆,步驟 2：找到并打開(kāi)包含OsG6PDH基因的水稻基因組序列 注意OsG6PDH基因在水稻該基因組序列中的大概位置,步驟 3：選擇拷貝合適大小的包含G6PDH基因的水稻基因組序列,步驟4：去除序列中的數(shù)字（可以粘貼進(jìn)入bioxm中，再?gòu)?fù)制出來(lái)),步驟5：將復(fù)制的序列輸入Softberry（）網(wǎng)站的FGENESH程序進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)（外顯子大小和位置）的預(yù)測(cè),種子核苷酸序列,BLASTn,水稻EST數(shù)據(jù)庫(kù),序列拼接,RT-PCR，克隆，測(cè)序,人工,計(jì)算機(jī),上機(jī)操作2：利用EST數(shù)據(jù): Os6PGDH 的克隆,直到無(wú)法繼續(xù)延伸或已經(jīng)具備完整的ORF,Os6PGDH 的克?。?步驟1：用玉米6PGDH序列AF061837搜索水稻EST數(shù)據(jù)庫(kù),Os6PGDH 的克?。?步驟2：選擇能夠盡可能覆蓋玉米序列的水稻EST序列進(jìn)行拼接,Os6PGDH 的克?。?步驟3：利用BioXM或者DNAssist程序進(jìn)行EST序列拼接,Os6PGDH 的克隆：,步驟3：利用BioXM或者DNAssist程序進(jìn)行EST序列拼接,選擇部