1、1生物信息學(xué)Bioinformatics234UniGene is an experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters. Each UniGene cluster contains sequences that represent a unique gene, as well as related information such as the tissue types in which the gen

2、e has been expressed and map location. UniGene 是非冗余的某個(gè)基因的集合是非冗余的某個(gè)基因的集合,包含了該基因所有的包含了該基因所有的經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)證明的轉(zhuǎn)錄本及其表達(dá)信息經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)證明的轉(zhuǎn)錄本及其表達(dá)信息.56789練習(xí)練習(xí):1.查找查找Huang從從1999年以后發(fā)表在年以后發(fā)表在cell 或或nature或或Science上關(guān)于上關(guān)于human的所有文章的所有文章. （寫(xiě)出檢索內(nèi)（寫(xiě)出檢索內(nèi)容并列出篇數(shù)）容并列出篇數(shù)） 2. 列出南京農(nóng)業(yè)大學(xué)列出南京農(nóng)業(yè)大學(xué)Huang J發(fā)布的所有水稻發(fā)布的所有水稻zinc finger數(shù)目數(shù)目;3. 查找水稻查找水

3、稻ZFP182基因的基因的Unigene信息信息(包括包括Unigene號(hào)號(hào), mRNA和和EST數(shù)目數(shù)目,表達(dá)信息表達(dá)信息)4. 查找水稻查找水稻ZFP182基因的序列基因的序列, 說(shuō)明序列的大小說(shuō)明序列的大小, 組組織來(lái)源織來(lái)源, 已有的參考文獻(xiàn)已有的參考文獻(xiàn).101112Question1:1. 我剛剛分離一個(gè)水稻基因片段序列，大概我剛剛分離一個(gè)水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以及是否已經(jīng)被別人克隆，應(yīng)該采用什么工具和數(shù)據(jù)及是否已經(jīng)被別人克隆，應(yīng)該采用什么工具和數(shù)據(jù)庫(kù)？庫(kù)？A. Blastn B.Bl

4、astp C.tblastn, D.tblastx, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt13第第2節(jié)節(jié) Blast的應(yīng)用的應(yīng)用14主要的blast程序程序名程序名查詢(xún)序列查詢(xún)序列數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索方法搜索方法Blastn核酸核酸核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列庫(kù)中的序列Blastx核酸核酸蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后和核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列逐一搜蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列逐一搜索。索。Tblas

5、tn蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)核酸核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐酸序列翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對(duì)。一比對(duì)。TBlastx核酸核酸核酸核酸核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列翻和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對(duì)。對(duì)。15具體步驟具體步驟1.登陸登陸blast主頁(yè)主頁(yè) /BLAST/2.根據(jù)數(shù)據(jù)類(lèi)型，選擇合適的程序根據(jù)數(shù)據(jù)類(lèi)型，選擇合適的程序3.填寫(xiě)表單信息填寫(xiě)表單信息4.提交任務(wù)提交任務(wù)5.查看和分析結(jié)果查看和分析

6、結(jié)果1617rice18192021222324序列組成分析序列組成分析25序列組成分析序列組成分析26序列組成分析序列組成分析27A/G/C/T的組成，尤其是的組成，尤其是G+C含量的預(yù)測(cè)（進(jìn)化？探針設(shè)計(jì)？）含量的預(yù)測(cè)（進(jìn)化？探針設(shè)計(jì)？）28蛋白分子量和等電點(diǎn)蛋白分子量和等電點(diǎn)29蛋白分子量和等電點(diǎn)蛋白分子量和等電點(diǎn)30蛋白分子量和等電點(diǎn)蛋白分子量和等電點(diǎn)31 只要進(jìn)行基因工程利用必須用到各種限制性?xún)?nèi)切酶如 GGATCC BamHI323334亞細(xì)胞定位亞細(xì)胞定位http:/35亞細(xì)胞定位亞細(xì)胞定位36信號(hào)肽預(yù)測(cè)信號(hào)肽預(yù)測(cè)http:/genome.cbs.dtu.dk/services/Si

7、gnalP/3738功能域domain: http:/smart.embl-heidelberg.de/3940練習(xí)練習(xí): :最近我從水稻分離了一下最近我從水稻分離了一下cDNA序列：序列： TTAAGATAGTTGTGATCATCTCCAAGCTTAGCTAATTAAGCTACTAGTGGCCATGGCGGTGGAGGCGGTTCTTGAGGCGTCGAGAAGTAGTAGTGAGGAGGAGGCGGAGGTGATCGTCACGCACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGAGGACAGGTGGAGGGGTGGGGGAAGCGGAAGCGGTCGCGGCGGCGGCGACCGCAGCTGCCGCCCTCCGAGGAGGAGTACCTCGCGCTCTGCCTCCTCATGCTGGCGCGCGGGCGACGCGACGGCGACGACGTGGCGGCGTCGGCGTCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGAGCACCGGTGCTCCGTCTGCGGCAAGGCGTTCGCGTCCTACCAGGCTCTCGGCGGCCACAAGGCCAGCCACCGGAAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCCATGGTCGACGACGACGAGGTGGTGGTGGAGACGAAACCGGCGGCTATCGCGACGCCGTC (1) 上述序列長(zhǎng)度多少? GC含