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1、1.將clustal排好的序列轉(zhuǎn)成 MEGA格式MEGA4.0,1| o ire"1MEGA 4.0.1rnranrn11rA4%VFile Data Distances Phylogeny Pattern Selection Alignment Windows Help剛M4 :Alignment EditoSelect an Option' Create a new alignment1iX.E叩邑Tutorial on How to 匚詐 MIfl忙k hie to Mika住 a： dam fiCictnF MEGA tn oubltcatiorGo to the I

2、EGA 窩曲 pa賽Data FileTitle廣 Open a aved alignment( Retrieve sequences from a filey ok20:45:422打開MEGA格式的文件，點(diǎn) PHYLOGENY要建BOOTSTRA臉驗(yàn)的樹，如下圖。有四種 建樹方法，NJ, MP，ME，and UPGMA。后面以NJ為例。MEGA 4X)1百11 回 II3。點(diǎn)擊NJ后如下圖。點(diǎn)擊綠色方格可以改變BOOTSTRAP中重復(fù)的次數(shù)（100）,GAP是pairwise還是complete deletion（一般選PAIRWISE）,適合你數(shù)據(jù)的替換模型（有M ODELTEST可以檢驗(yàn)）。（一定要根據(jù)自己的數(shù)據(jù)來(lái)設(shè)這些值）4。一切就緒后，點(diǎn)擊 COMPUTE結(jié)果如下，紅圈中的數(shù)字就是bootstrap值，一般大于70%的枝認(rèn)為比較有意義.5。如果有外類群，你可以直接點(diǎn)擊你的外類群，得到有根樹0 M4： TreeExploner (C:UseFile Image Subtree Vie日昌電融莎£Original tree Ic9fpilace Root o

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