1、精選Lammps初學(xué)者in文件中文解析（1）初始化Units：Units命令是用來(lái)設(shè)定模擬的原子類型。Units style（lammps現(xiàn)在供應(yīng)的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron）LJ是硬球模型Real是真實(shí)的原子模型Metal是金屬原子模型Si是硅（半導(dǎo)體）原子模型CgsElectron是電子模型Dimension：Dimension命令是用來(lái)定義模擬的維度，默認(rèn)狀況為三維。Dimension N （N=2，3）Boundary：Boundary命令是用來(lái)設(shè)定模擬的邊界條件。Boundary x y z （x，y，z=p，s，f，m四種類型中的一種或

2、者兩種）P是周期性邊界條件S是自由邊界條件（但是具有收縮性）F是固定邊界條件M是具有最小值的自由邊界條件（但是具有收縮性）Atom-style：Atom-style定義了模擬體系中的原子屬性。Delete-atoms：Pair-style：Pair-style定義了相互作用力場(chǎng)類型，即勢(shì)函數(shù)。（2）原子定義1、Read-data/read-restart：Read-data或read-restart為從data或restart文件中讀取內(nèi)容來(lái)定義原子。2、Lattice：lattice是用來(lái)原子類型構(gòu)建模型晶格結(jié)構(gòu)。Lattice style scale keyword values.Styl

3、e表示點(diǎn)陣類型，點(diǎn)陣類型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。Scale表示構(gòu)建的點(diǎn)陣類型的單位長(zhǎng)度Keyword表示后面可以追加0個(gè)或者多個(gè)關(guān)鍵字，關(guān)鍵字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。各關(guān)鍵字意思為：Region：Create-box：Create-box命令用于在region box命令指定的區(qū)域內(nèi)創(chuàng)建一個(gè)模擬的盒子。Create_box N region-IDN為使用該原子類型進(jìn)行模擬Region-ID為使用區(qū)域的ID使用模擬域Create-atoms：Create-atoms用于在所創(chuàng)

4、建的模擬的盒子中填充某種原子。Create_atoms type style args keyword values .（3）設(shè)定：力場(chǎng)系數(shù)Pair-coeff：模擬參數(shù)NeighborNeighbor是定義Neighbor skin styleSkin為Style可取bin、nsq、multiNeighbor-modify：Group：Timestep：Timestep是定義模擬的時(shí)間步長(zhǎng)。Timestep dtDt為時(shí)間步長(zhǎng)（時(shí)間單位），默認(rèn)為1psReset-timestep：FixFix為定義對(duì)部分原子或者對(duì)系綜的操作。/doc/fix.h

5、tmlFix ID group-ID style argsID=指定的操作名稱編號(hào)（如1、2、3.）Group-ID=制定操作范圍的原子（如all）Style=操作內(nèi)容，如何操作Args=相關(guān)操作內(nèi)容的相關(guān)操作參數(shù)Fix-nvt：恒定N（原子數(shù)量）、V（體積）、T（溫度）對(duì)時(shí)間積分Fix-npt：恒定N、P、T對(duì)時(shí)間積分Unfix：Compute/compute-modify：輸出選項(xiàng)Thermo：Thermo命令用于定義每隔肯定時(shí)間步長(zhǎng)輸出一次采樣內(nèi)容。Thermo N每隔N個(gè)時(shí)間步長(zhǎng)輸出一次采樣內(nèi)容至屏幕或者log文件Thermo_style：Thermo_style命令主要是用來(lái)說(shuō)明采樣

6、的內(nèi)容，即輸出到屏幕或者LOG文件中的內(nèi)容。（/doc/thermo_style.html）Thermo_style style argsStyle=one、multi、customArgs=特定的參數(shù)列表One args=noneMulti args=noneCustom args=list of attributesPossible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、Evdwl、ecoul、epai

7、r、ebond、eangle、edihed、eimp、Emol、elong、etail、Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、Fmax、fnorm、Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、c_ID、c_IDI、c_IDIJ、f_ID、f_IDI、f_IDIJ、V_nameDump：Dump命令主要是用來(lái)輸出計(jì)算后單個(gè)原子的相關(guān)信息的。Dump ID group-ID style N file argsID：自己

8、給這個(gè)dump命令定義的一個(gè)代號(hào)（自定義）group-ID：那些信息需要被輸出的原子群（預(yù)先定義好group）Style：類型N：每經(jīng)過(guò)多少時(shí)間步輸出信息File：輸出名稱Args：相關(guān)參數(shù)（每個(gè)類型不同）Restart：（4）運(yùn)行Run：Minimize：例一units metal # 單位為lammps 中的metel 類型boundary p p p # 周期性邊界條件atom_style atomic # 原子模式lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常數(shù)3.61region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重復(fù)單元數(shù)，也即區(qū)域大小

9、create_box 1 box # 將上述區(qū)域指定為模擬的盒子create_atoms 1 box # 將原子按晶格填滿盒子pair_style eam # 選取 Cu 的EAM 勢(shì)作為模型pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 勢(shì)文件名稱run 0 # 運(yùn)行0 步，僅為啟動(dòng)lammps 的熱力學(xué)數(shù)據(jù)計(jì)算variable E equal pe # 定義變量 E 為系統(tǒng)總勢(shì)能variable N equal atoms # 定義變量 N 為系統(tǒng)總原子數(shù)print the number of atoms & system energy now are $N $E # 打印信

10、息create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在該位置插入一個(gè)原子min_style sd # 能量最小化模式，sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化參數(shù)，指數(shù)越大最小化程度越深print interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $Efix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系綜，原子數(shù)、體積和溫度保持不變;T=100Ktimestep 0.005 # 步長(zhǎng) 0.005fsrun 1000 # 運(yùn)行

11、1000 步print nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $Efix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系綜，溫度由100K 到0.0001Krun 1000 # 運(yùn)行 1000 步print nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $Ecompute 3 all pe/atom # 計(jì)算每個(gè)原子的勢(shì)能compute 4 all ke/atom # 計(jì)算每個(gè)原子的動(dòng)能compute 5 all

12、 coord/atom 3.0 # 計(jì)算每個(gè)原子的近鄰原子數(shù)dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 將信息寫入dump.atommin_style sdminimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化print the final state: $N atoms, total energy is $E # 打印信息 例二boundary p s s # 邊界條件，拉伸方向是周期性，其余是自由邊界；假如是薄膜拉伸則是兩個(gè)周期性，塊體則是三個(gè)周期性u(píng)nits metal #單位制定義

13、為metalatom_style atomic #原子類型自動(dòng)neighbor 2.0 bin #截?cái)喟霃较嚓P(guān)的東西neigh_modifydelay 1 check yes # 鄰近原子列表更新速度#create geometrylattice fcc 3.61 # 定義晶胞為fcc，晶格常數(shù)3.61Aregion box block 0 30 0 3 0 3 #定義一個(gè)長(zhǎng)方體區(qū)域叫box，長(zhǎng)30，寬和高是3create_box 1 box #創(chuàng)建了這樣一個(gè)boxcreate_atoms 1 box #在box里創(chuàng)建了一種原子mass 1 63.546 #定義這種原子的質(zhì)量是63.546#

14、potentialspair_style eam # 定義勢(shì)函數(shù)是EAMpair_coef * * Cu_u3.eam #勢(shì)所需要的參數(shù)在此文件里#define groupsregion 1 block INF 1 INF INF INF INF # 定義了一個(gè)叫1的區(qū)域group left region 1 #定義此區(qū)域里的原子叫l(wèi)eftregion 2 block 29 INF INF INF INF INF #定義了一個(gè)叫2的區(qū)域group right region 2 #定義此區(qū)域里的原子叫rightgroup boundary union left right #定義left+ ri

15、ght = boundarygroup mobile subtract all left # 定義mobile= all - left# initialvelocitiesvelocity left set 0.0 0.0 0.0 # 設(shè)置原子初速度為0computep all pressure thermo_temp # 計(jì)算應(yīng)力，計(jì)算結(jié)果記為p variable pressx equal c_p1 #定義變量pressx=c_p1,c_p1的意思是p里第一個(gè)值variable pressy equal c_p2 #定義變量pressy=c_p2,c_p2的意思是p里其次個(gè)值variable

16、 pressz equal c_p3 #定義變量pressz=c_p3,c_p3的意思是p里第三個(gè)值thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 輸出結(jié)果到dump.tensile minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 # 馳豫fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL #固定左邊的原子fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NUL

17、L NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0thermo 1000 # 每1000步輸出一次結(jié)果timestep 0.002 #時(shí)間步長(zhǎng)0.002psrun 10000 #運(yùn)行10000步unfix2fix 3 all nvefix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #設(shè)置沿x方向拉伸，應(yīng)變率為0.002(1/ps)compute s all stress/atom #計(jì)算每個(gè)原子上的應(yīng)力，計(jì)算結(jié)果記為scompute strea all reduce sum c_s1 #將s里第一個(gè)值求和，計(jì)算結(jié)果記為streavariable stressa eq