1、毛嶺峰毛嶺峰2011.11.112011.11.11中國科學(xué)院植物研究所中國科學(xué)院植物研究所 有些例子的東西好像和我沒有關(guān)系，我不需要學(xué)。 語言是系統(tǒng)性的，等你學(xué)會后，會發(fā)現(xiàn)，原來這些都是有用的撇棄一個初學(xué)者的誤區(qū)撇棄一個初學(xué)者的誤區(qū)一、何為R語言二、能干什么 ？三、 函數(shù)與對象 四、 基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)與數(shù)學(xué)模型 五、腳本編寫 六、 R繪圖與輸出 七、函數(shù)包使用OutlineR語言是由S語言演變而來，S語言是最初由貝爾實(shí)驗(yàn)室完成，經(jīng)歷了70年代開始的S-plus語言過程1995年由Robert Gentleman和Ross Ihaka，編寫了一種能執(zhí)行S語言的軟件，這就是R軟件，其命令統(tǒng)稱為R語言。R

2、語言是個免費(fèi)開源的編程軟件環(huán)境。具有網(wǎng)絡(luò)資源開放，隨時通過網(wǎng)頁幫助功能目前R語言已經(jīng)在遺傳、進(jìn)化、生態(tài)等領(lǐng)域風(fēng)靡全球，其統(tǒng)計(jì)與作圖功能已經(jīng)被全世界科學(xué)家和高水平雜志接受和認(rèn)可。1.1 R語言簡介語言簡介下載R程序軟件：/ 1.2 R語言安裝語言安裝 下載完畢后直接點(diǎn)下載完畢后直接點(diǎn) R-2.14.0-win.exe安裝安裝，一直默認(rèn)到，一直默認(rèn)到最后成功，初學(xué)者可選擇中文版本，便于后面出錯提示最后成功，初學(xué)者可選擇中文版本，便于后面出錯提示七、注意事項(xiàng)與R深度游1.3 R語言的界面語言的界面請打開剛才安裝的請打開剛才安裝的R軟件界面軟件界面對于一個

3、計(jì)算機(jī)語言，我們最關(guān)心的是：1）需要輸入什么數(shù)據(jù)？格式與規(guī)范2）能輸出什么數(shù)據(jù)？數(shù)據(jù)計(jì)算結(jié)果與圖件3）要實(shí)現(xiàn)，怎么辦？怎么去編程二、二、R語言能干什么語言能干什么 ？計(jì)算機(jī)處理計(jì)算機(jī)處理輸入輸入結(jié)果結(jié)果Exp.1 數(shù)據(jù)運(yùn)算與篩選Exp.2 繪圖與圖形輸出模型構(gòu)建、數(shù)理統(tǒng)計(jì)等等等等例子：例子：R語言能干什么語言能干什么 ？ 三、三、 對象與函數(shù)對象與函數(shù)對象：顧名思義，是R中針對處理的實(shí)體，包括輸入和輸出的變量、向量、矩陣、列表、函數(shù)等。3.1 對對 象象1)變量(可以賦值的對象,包括因子，向量等)：girl -“shopping”money - TRUEboy mode(girl); mode

4、(money); mode(boy) 1 character 1 logical 1 “numeric”2）向量(vector,一維)： a- c(1:10) a- c(A,T,C,G,A)12345678910ATCGA3) 數(shù)據(jù)框：Data frame 二維,數(shù)據(jù)框里面的向量是等長的，如果沒有的數(shù)據(jù)，則會自動用NA來替代，這是數(shù)據(jù)運(yùn)算的核心班級性別身高體重腿長手長class_1男1705610070class_1男1726810289class_1女156458788class_1男1766510592class_1女165509078class_1女168548776class_2女17

5、0579579class_2男1807211097class_2男1786410895class_2女1665110275class_3男1766610577colnamesrownames4) 矩陣 Matrix：是一個維度為2 的向量，一個矩陣可以用matrix()函數(shù)來創(chuàng)建分別用分別用matrix創(chuàng)建兩個矩陣創(chuàng)建兩個矩陣x1- matrix(1:6, 2, 3) x2- matrix5) 列表 List：可以將向量，矩陣等一系列的對象存儲其中，就像個大倉庫，沒有限制，什么都可以放。用list()函數(shù)來創(chuàng)建，引用其中的元素用$符號，如針對我們剛才創(chuàng)建的兩個matrix，可以放到一個list

6、中：一般在二維矩陣循環(huán)不夠用的時候，三重循環(huán)，會使用。輸入命令：輸入命令： L1- list (A= x1,B= x2)對象類型的對象類型的判別判別mode()class()is.numeric() #返回值為TRUE或FALSEis.logical()is.character()is.data.frame()對象類型的對象類型的轉(zhuǎn)化轉(zhuǎn)化-規(guī)則規(guī)則很多數(shù)據(jù)運(yùn)算錯誤是由于讀進(jìn)去的數(shù)據(jù)沒有轉(zhuǎn)換成很多數(shù)據(jù)運(yùn)算錯誤是由于讀進(jìn)去的數(shù)據(jù)沒有轉(zhuǎn)換成數(shù)值數(shù)值導(dǎo)致的！導(dǎo)致的！3.2賦值、外部數(shù)據(jù)讀取與運(yùn)算賦值、外部數(shù)據(jù)讀取與運(yùn)算1）賦值：）賦值： a- 3 a= 3 b- c(1,2,3,4,6,7,8)2）注

7、釋）注釋#：為注釋符號，其后面跟隨的語句和字符將不作為命令運(yùn)行，只：為注釋符號，其后面跟隨的語句和字符將不作為命令運(yùn)行，只作為注釋文本，便于程序認(rèn)讀。作為注釋文本，便于程序認(rèn)讀。3）給對象取名字）給對象取名字 原則上除了原則上除了保留名保留名是隨便取，但要逐步形成自己的風(fēng)格和照顧是隨便取，但要逐步形成自己的風(fēng)格和照顧到其他閱讀程序人員的情緒。以簡單方便為標(biāo)準(zhǔn)，注意到其他閱讀程序人員的情緒。以簡單方便為標(biāo)準(zhǔn)，注意R對大小寫對大小寫敏感，即敏感，即Ast- 3和和ast- 3是不一樣的，是兩次賦值。是不一樣的，是兩次賦值。比如基因名可以取名，比如基因名可以取名，,物種數(shù)為物種數(shù)為

8、sp.num保留名：保留名： NA, NaN, pi, LETTERS, letters4）外部數(shù)據(jù)讀取與運(yùn)算）外部數(shù)據(jù)讀取與運(yùn)算 R語言可以識別多種外部導(dǎo)入數(shù)據(jù)，包括數(shù)語言可以識別多種外部導(dǎo)入數(shù)據(jù)，包括數(shù)值類的，圖形類的，其中最為常用的是值類的，圖形類的，其中最為常用的是csv和和txt格式。格式。 例如例如剛才的那個剛才的那個excel表格，要將其數(shù)據(jù)讀表格，要將其數(shù)據(jù)讀取進(jìn)來，并將其值賦予一個變量取進(jìn)來，并將其值賦予一個變量dat,步驟如下：步驟如下：4）外部數(shù)據(jù)讀?。┩獠繑?shù)據(jù)讀取第一步：將第一步：將excel表格轉(zhuǎn)換為表格轉(zhuǎn)換為CSV或者或者txt格式的文件（請看操作）格式的文件（請看

9、操作）4 4）外部數(shù)據(jù)讀?。┩獠繑?shù)據(jù)讀取第二步：設(shè)定工作路徑第二步：設(shè)定工作路徑setwd( “E:/R講解基本講解基本/2-練習(xí)數(shù)據(jù)練習(xí)數(shù)據(jù)”) #R就知道了從這個文件夾讀取你要的文件就知道了從這個文件夾讀取你要的文件查看路徑為函數(shù)查看路徑為函數(shù)getwd()第三步：讀取文件并賦予第三步：讀取文件并賦予dat這個變量，當(dāng)然，這個變量，當(dāng)然，dat 也可以自己取名也可以自己取名成想要的名字成想要的名字.命令為：命令為：dat - read.csv(class_exp1.csv,header= T, = 1)讓第一行作為列名讓第一行作為列名要讀取的文件名要讀取的文件名自己給的賦值

10、對象自己給的賦值對象至此，讀取完成至此，讀取完成第一列作為行名第一列作為行名或者是：或者是：read.table(“E:/R講解基本講解基本/2-練習(xí)數(shù)據(jù)練習(xí)數(shù)據(jù)/原始個人身高體重原始個人身高體重?cái)?shù)據(jù)數(shù)據(jù),header=T, =1) 對于已經(jīng)讀取到R中的這個data frame，我們有兩種引用形式:一種是利用下角標(biāo)，即行列名來獲取，另外一種是通過列名來引用.學(xué)號班級性別身高體重腿長手長1class_1lass_1lass_1女1564587884class_1lass_1女1655090786clas

11、s_1女1685487767class_2女1705795798class_2lass_2男178641089510class_2女166511027511class_3男1766610577colnamesrownames5）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用5）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用 (1)用下標(biāo)來引用用下標(biāo)來引用 exp1- dat3,4 exp2- dat4,5 exp3- dat4, exp4- dat,3 (2)通過列名來引用通過列名來引用 exp5- dat$身高身高其他標(biāo)識：其他標(biāo)識：行名和列名分別作為一個行名和列名

12、分別作為一個向量向量存儲，提取或者賦予存儲，提取或者賦予行列名函數(shù)為行列名函數(shù)為colnames(dat)rownames(dat)5）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用）已讀取數(shù)據(jù)的定位與引用 對于向量的定位：對于向量的定位： 對于身高這個向量，其名字賦為學(xué)生的學(xué)號，看例子。對于身高這個向量，其名字賦為學(xué)生的學(xué)號，看例子。vec1- dat,3names(vec1)- rownames(dat)vec1 3注意：相比對矩陣的注意：相比對矩陣的colnames 和和rownames,向量的名字函數(shù)為向量的名字函數(shù)為names()，也同時作為一個向量保存，也同時作為一個向量保存7）數(shù)據(jù)操作與運(yùn)算）數(shù)據(jù)操作與

13、運(yùn)算運(yùn)算符的主意事項(xiàng)運(yùn)算符的主意事項(xiàng)1）運(yùn)算符號的優(yōu)先級）運(yùn)算符號的優(yōu)先級 (條件條件A) & (條件條件B) | (條件條件C)2）& 和和| 只作用于對象的第一個元素，而只作用于對象的第一個元素，而& 和和 | 作用于每一個函數(shù)值作用于每一個函數(shù)值 3）0 x1這種表達(dá)，就需要改成邏輯與結(jié)構(gòu)，如這種表達(dá)，就需要改成邏輯與結(jié)構(gòu)，如 0 x & x 16）數(shù)據(jù)操作與運(yùn)算）數(shù)據(jù)操作與運(yùn)算eg.1輸入輸入:x1- 10X2-5y- x1+x2y 回車回車結(jié)果顯示：結(jié)果顯示： eg. 2 針對剛才學(xué)生的數(shù)據(jù)，我們來計(jì)算，針對針對剛才學(xué)生的數(shù)據(jù)，我們來計(jì)算，針對2號學(xué)生，其升高和體重的比值是多少呢？號

14、學(xué)生，其升高和體重的比值是多少呢？輸入：輸入：height2- dat 2,3weight2- dat 2,4ratio 170輸出結(jié)果輸出結(jié)果1 FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE我們就可以以這個作為條件對矩陣進(jìn)行篩選我們就可以以這個作為條件對矩陣進(jìn)行篩選Eg2. 求：大于求：大于170的學(xué)生信息的學(xué)生信息dat dat,3 170, Eg3. 求：求： 一班大于一班大于170的學(xué)生信息的學(xué)生信息cla1170) & dat,1=class_1, Eg

15、.4 求一班大于身高大于求一班大于身高大于170以上的學(xué)生身高的平均值以上的學(xué)生身高的平均值（2）排序）排序 將向量中的元素按照一定順序排列。 sort() 按數(shù)值大小排序eg： sort(dat,3) order() 給出從小到大的出現(xiàn)序號。 ord.dat- order(dat,3)3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（3）矩陣的轉(zhuǎn)置）矩陣的轉(zhuǎn)置 將矩陣行列進(jìn)行轉(zhuǎn)置. 看例子 命令： dat.t- t( dat ) 注意：注意： 如果不賦值予如果不賦值予dat.t，那么將直接覆蓋原來的，那么將直接覆蓋原來的dat數(shù)據(jù)，使用會很不方便，建議重新賦值。數(shù)據(jù)，使用

16、會很不方便，建議重新賦值。3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（4）矩陣合并）矩陣合并 rbind(a,b) #按照行來合并cbind(a,b) #按照列來合并 data.frame(x1,x2) #兩個等長3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（5）對字符串利用特征值進(jìn)行拆分）對字符串利用特征值進(jìn)行拆分 Eg. 分離出中國保護(hù)物種中的屬名position - regexpr(pattern = , text = species) 獲取特征字符，這里是空格獲取特征字符，這里是空格要處理的字符串部分要處理的字符串部分genera -

17、substr(species, start = rep(1, length(species), stop = position-1)3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（6）取唯一）取唯一 unique()Eg. 剛才的數(shù)據(jù)總共有幾種性別呢？剛才的數(shù)據(jù)總共有幾種性別呢？unique(dat,2)3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（7）工作空間）工作空間 image R的所有對象都在計(jì)算機(jī)內(nèi)存的工作空間中。ls() 列出工作空間中的對象rm() 刪除工作空間中的對象rm(list=ls() 刪除空間中所有對象save.image(

18、) 保存工作鏡像history() 查看R的輸入歷史history(Inf) 查看所有的R 的輸入歷史3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）（8）apply() 函數(shù)的運(yùn)用函數(shù)的運(yùn)用 apply( dat,3:6 , 2, mean) #mean可以是可以是sum,sd,等等輸入需要計(jì)算的數(shù)值輸入需要計(jì)算的數(shù)值按列計(jì)算，如換成按列計(jì)算，如換成1，則按行計(jì)算，則按行計(jì)算計(jì)算方案計(jì)算方案3.4 常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）常規(guī)操作集合（非常重要和實(shí)用）四、基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)與數(shù)學(xué)模型（1）求一組數(shù)據(jù)的）求一組數(shù)據(jù)的95%置信區(qū)間置信區(qū)間 xbar- mean( x ) #一組

19、數(shù)的平均值一組數(shù)的平均值sigma- sd(x ) #標(biāo)準(zhǔn)差標(biāo)準(zhǔn)差sem- sigma/sqrt( length(x) ) #平均標(biāo)準(zhǔn)誤平均標(biāo)準(zhǔn)誤 low- xbar + sem*qnorm(0.025) #置信區(qū)間下限置信區(qū)間下限 high- xbar + sem*qnorm(0.975) #置信區(qū)間上限置信區(qū)間上限4.1基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)4.1基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)2）t檢驗(yàn)檢驗(yàn)Eg. 1班的身高和班的身高和2班的身高哪個更高點(diǎn)，比較兩組數(shù)據(jù)的差異班的身高哪個更高點(diǎn)，比較兩組數(shù)據(jù)的差異 t.test(a,b) 兩組表達(dá)量是否有區(qū)別不能靠你肉眼去判別，而兩組表達(dá)量是否有區(qū)別不能靠你肉眼去判別，而是通

20、過數(shù)學(xué)方法來判斷！是通過數(shù)學(xué)方法來判斷！4.1基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)3）分位數(shù)的獲得分位數(shù)的獲得 quantilequantile( (x)x) #缺省設(shè)置為四分點(diǎn)的邊界值缺省設(shè)置為四分點(diǎn)的邊界值 也可自己設(shè)置等分點(diǎn)，如也可自己設(shè)置等分點(diǎn)，如 quantilequantile(x,seq(0,1,0.1)(x,seq(0,1,0.1) # #為十分位為十分位4.1基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)4）相關(guān)性分析相關(guān)性分析 corcor( (x,y) x,y) ，查看你需要的，查看你需要的corcor原理原理 eg.eg.身高和體重相關(guān)性有多大。身高和體重相關(guān)性有多大。4.2簡單數(shù)學(xué)模型簡單數(shù)學(xué)模型1）線性回歸線性回歸

21、 lm(yx) Eg. 求學(xué)體重能不能預(yù)測身高求學(xué)體重能不能預(yù)測身高命令：命令：obj- lm(yx)summary(obj) Summary可以給出很多模型參數(shù)，包括可以給出很多模型參數(shù)，包括p值，值，R平方，平方，adjusted R平方，可以調(diào)用，而不用手寫出來。平方，可以調(diào)用，而不用手寫出來。比如比如p值的獲?。褐档墨@?。篴$coefficients84.2簡單數(shù)學(xué)模型簡單數(shù)學(xué)模型2）多元）多元線性回歸線性回歸 lm(yx1+x2+x3) Eg. 求學(xué)手長和腳長和起來能否預(yù)測身高求學(xué)手長和腳長和起來能否預(yù)測身高命令：命令：obj- lm(yx1+x2)summary(obj)4.2簡單

22、數(shù)學(xué)模型簡單數(shù)學(xué)模型3）GLM 廣義線性模型廣義線性模型 glm(yx, family=poisson (link=log) 4.2簡單數(shù)學(xué)模型簡單數(shù)學(xué)模型4）多元逐步回歸與）多元逐步回歸與AIC選擇選擇 step(yx1 + x2 + x3 + x4) AIC準(zhǔn)則是在因子個數(shù)與模型解釋率之間找一個平準(zhǔn)則是在因子個數(shù)與模型解釋率之間找一個平衡的參數(shù)，來確定和選擇一個最優(yōu)模型。去掉具有相衡的參數(shù)，來確定和選擇一個最優(yōu)模型。去掉具有相同解釋能力的因子。同解釋能力的因子。 五、腳本編寫與自編函數(shù)五、腳本編寫與自編函數(shù)五、腳本編寫五、腳本編寫 腳本其實(shí)就是你編寫的文本文件，可以在腳本其實(shí)就是你編寫的文

23、本文件，可以在txttxt中編寫，也可以在一些特殊的編輯器中使用，中編寫，也可以在一些特殊的編輯器中使用，等命令編輯完后，復(fù)制粘貼到等命令編輯完后，復(fù)制粘貼到R R的控制臺，就可的控制臺，就可以運(yùn)算。以運(yùn)算。 推薦使用推薦使用notepad+編輯器，具有編輯器，具有函數(shù)高亮顯示功能函數(shù)高亮顯示功能5.2、自編函數(shù)、自編函數(shù) 自己編寫函數(shù)不僅使得你的程序的可讀性加自己編寫函數(shù)不僅使得你的程序的可讀性加強(qiáng)，語句減少，并且也會節(jié)省一定的時間，對以強(qiáng)，語句減少，并且也會節(jié)省一定的時間，對以后變成實(shí)現(xiàn)相似功能，無需重新編寫。后變成實(shí)現(xiàn)相似功能，無需重新編寫。 R可以靈活的編寫程序，用戶自己編寫的程序可以

24、直接調(diào)用。編程時無需聲明變量的類型，這與C,C+等語言不同?；靖袷?函數(shù)名函數(shù)名 - function(數(shù)據(jù)數(shù)據(jù),參數(shù)參數(shù)1= 默認(rèn)值默認(rèn)值,) 異常處理; 表達(dá)式(循環(huán)/判別); return(返回值); 函數(shù)內(nèi)部也可用#添加注釋if(條件) 表達(dá)式 if(條件) 表達(dá)式1 else 表達(dá)式2 舉例p = 0.03if(p=0.05) print(p 0.05!)for(變量 in 向量) 表達(dá)式用法： for(i in 1:10) print(i)while(條件) 表達(dá)式 用法:i - 1while(i10) print(i) i - i + 1返回值表示函數(shù)輸出的結(jié)果。返回值必須是一

25、個對象。R默認(rèn)將最后一行作為返回值。如果函數(shù)的結(jié)果需要有多個返回值，可以創(chuàng)建一個list()，并返回該對象。也可以用return()函數(shù)，設(shè)定返回值。但是一個函數(shù)的返回的對象只有一個。如數(shù)據(jù)輸入不能滿足要求，或者參數(shù)設(shè)定錯誤等等，可能造成函數(shù)給出錯誤的結(jié)果，則需要對函數(shù)的運(yùn)行過程發(fā)出警告或終止，以提高程序的穩(wěn)健性。警告的寫法if(any(is.na(inputdata)inputdata - na.omit(inputdata)cat(“NAs are found in the input data, and has been removed.n)終止的寫法if(any(is.na(xx)st

26、op(NAs are not allowed!n)問題:輸入直角三角形的兩個邊長，求其斜邊長。定義函數(shù)：rcal - function(x,y) z - x2 + y2 result - sqrt(z) return(result)調(diào)用函數(shù)：rcal(3,4)六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出布爾邏輯關(guān)系布爾邏輯關(guān)系某種聚類某種聚類六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出Breast cancer gene expression + DNA copy Breast cancer gene

27、expression + DNA copy number data set from Chin et al (2006), number data set from Chin et al (2006), Cancer CellCancer Cell六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出Archea virus genome data. Plot of the genome with probabilities of alteration 六、繪圖與圖形輸出六、繪圖與圖形輸出heatmap High-resolution model-based deconvolution of normalize

28、d ChIP-chip data derived from tiling arrays 6.1基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖1）繪圖基礎(chǔ)函數(shù)）繪圖基礎(chǔ)函數(shù) plot() plot(plot(x, y, x, y, mainmain=Main title, =Main title, subsub=subtitle,=subtitle,xlabxlab=x-label, =x-label, ylabylab=y-label”,=y-label”,xlimxlim= , = , ylimylim= , = , typetype = “p, = “p, colcol = red, = red, ) )輸入的兩個向量

29、數(shù)據(jù)輸入的兩個向量數(shù)據(jù)標(biāo)題標(biāo)題副標(biāo)題副標(biāo)題X軸名稱軸名稱y軸名稱軸名稱X軸坐標(biāo)軸坐標(biāo)y軸坐標(biāo)軸坐標(biāo)類型為點(diǎn)類型為點(diǎn)顏色顏色6.2基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖points(x,y) #添加點(diǎn)添加點(diǎn)lines(x,y) #添加線添加線text(x,y,labels,) #在（在（x,y）處添加用）處添加用labels指定的文字指定的文字abline(h=y) #在縱坐標(biāo)在縱坐標(biāo)y處化直線處化直線abline(v=x) #在橫坐標(biāo)在橫坐標(biāo)x處畫直線處畫直線,很有用的函數(shù)很有用的函數(shù)abline(lm.obj) #畫由畫由lm.obj確定的回歸線；如確定的回歸線；如lm.obj-lm(xy),執(zhí)行執(zhí)行abline

30、(lm.obj)既添加上了回歸線既添加上了回歸線axis() #畫坐標(biāo)軸坐標(biāo)軸畫坐標(biāo)軸坐標(biāo)軸box() #外框外框2）部分低級繪圖命令）部分低級繪圖命令6.2基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖hist(x, breaks=10,xlim=c(5,13),ylim=c(0,4),col=“blue)3）頻率分布圖的繪制）頻率分布圖的繪制分組分組坐標(biāo)坐標(biāo)6.2基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖boxplot(xy, =, xlim= ,ylim= ,col=“blue)4）箱式圖的繪制箱式圖的繪制boxplot()數(shù)值數(shù)值 類型類型6.2基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖eg. eg. x - x - rnormrnorm(100)(100)hist

31、hist(x,(x,freqfreq=F)=F)curvecurve( (dnormdnorm(x),(x),addadd=T)=T)5）聯(lián)合不同圖形）聯(lián)合不同圖形6.2基礎(chǔ)繪圖基礎(chǔ)繪圖par(mfrow=c(3, 4)6）一頁多圖設(shè)置）一頁多圖設(shè)置 par還有很多功還有很多功能，可以有很多參數(shù)能，可以有很多參數(shù)設(shè)置，設(shè)置，可以嘗試奧可以嘗試奧!6.3 圖形輸出圖形輸出1 1）利用）利用R R本身圖像存儲功能本身圖像存儲功能- - -低分辨率低分辨率6.3 圖形輸出圖形輸出2 2） 利用利用bitmap()bitmap()函數(shù)輸出高分辨率圖形函數(shù)輸出高分辨率圖形大于大于300dpi300dpi

32、才能被雜志接受才能被雜志接受 在這之前需要先進(jìn)行在這之前需要先進(jìn)行g(shù)hostscriptghostscript軟件軟件bitmap(file= test.jpg, type=jpeg, res= 600)plot()dev.off文件名文件名類類 型型分別率分別率輸出夾在輸出夾在bitmap和和dev.off中的圖，中的圖，就不在就不在R的畫圖界面顯示了的畫圖界面顯示了七、函數(shù)包的使用七、函數(shù)包的使用沒有函數(shù)包就不成沒有函數(shù)包就不成R！七、函數(shù)包的使用七、函數(shù)包的使用1）什么叫函數(shù)包？）什么叫函數(shù)包？ 完成某項(xiàng)工作的函數(shù)集合，比如進(jìn)化分析這種完成某項(xiàng)工作的函數(shù)集合，比如進(jìn)化分析這種主題的函數(shù)可

33、能會被放到一起打個包文件格式主題的函數(shù)可能會被放到一起打個包文件格式為為.zip.zip，這就是，這就是R R包。里面包含了函數(shù)、數(shù)據(jù)、幫助包。里面包含了函數(shù)、數(shù)據(jù)、幫助文件、描述文件。他里面的函數(shù)是獨(dú)立使用的，你文件、描述文件。他里面的函數(shù)是獨(dú)立使用的，你的工作可能并不需要里面所有的函數(shù)，但是需要在的工作可能并不需要里面所有的函數(shù)，但是需要在用這個包里面函數(shù)的時候，安裝這個用這個包里面函數(shù)的時候，安裝這個R R包。包。主要的一些主要的一些R包舉例包舉例七、函數(shù)包的使用七、函數(shù)包的使用ape 系統(tǒng)發(fā)育與進(jìn)化分析apTreeshape 進(jìn)化樹分析ouch 系統(tǒng)發(fā)育比較phangorn 系統(tǒng)發(fā)育分析seqinr DNA序列分析clusterCons /下載下載R包包 下載和安裝包下載和安裝包 安裝安裝packages方法方法1 1）通過已經(jīng)下載到你電腦的包，通過已經(jīng)下載到你電腦的包，本地安裝這個壓縮包，不需要解壓。本地安裝這個壓縮包，不需要解壓