1、用ClustalX及PHYLIP軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)1進(jìn)化樹(shù)（Phylogenetic tree）分析對(duì)于一個(gè)完整的進(jìn)化樹(shù)分析需要以下幾個(gè)步驟1 To align sequences，要對(duì)所分析的多序列目標(biāo)進(jìn)行排列；常用的軟件有：CLUSTALX和CLUSTALW。2To reconstrut phyligenetic tree，構(gòu)建一個(gè)進(jìn)化樹(shù)；3對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行評(píng)估。主要采用Bootstraping法。21.要對(duì)所分析的多序列目標(biāo)進(jìn)行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的軟件很多，最經(jīng)常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DO

2、S下的。3PHYLIP軟件介紹主要包括五個(gè)方面的功能：DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變方面的功能軟件，對(duì)距離數(shù)據(jù)分析的軟件對(duì)基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件把序列的每個(gè)堿基/氨基酸獨(dú)立看待時(shí)，對(duì)序列進(jìn)行分析的軟件繪制和修改進(jìn)化樹(shù)的軟件4對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行評(píng)估：Bootstraping法所謂Bootstraping法就是從整個(gè)序列的堿基/氨基酸中任意選取一半，剩下的一半序列隨機(jī)補(bǔ)齊組成一個(gè)新的序列。這樣，一個(gè)序列就可以變成了許多序列。一個(gè)多序列組也就可以變成許多個(gè)多序列組。根據(jù)某種算法（最大簡(jiǎn)約性法、最大可能性法、除權(quán)配對(duì)法或鄰位相連法）每個(gè)多序列組都可以生成一個(gè)進(jìn)化樹(shù)。將生成的許多進(jìn)化樹(shù)進(jìn)

3、行比較，按照多數(shù)規(guī)則（majority-rule）我們就會(huì)得到一個(gè)最“逼真”的進(jìn)化樹(shù)。5具體操作流程一、用clustalX軟件對(duì)已知DNA序列（如下）做多序列比對(duì)。 gi|19528653; gi|114556512 gi|73976978; gi|114052578 gi|40789179; gi|18426825 gi|118094524; gi|47085714 gi|45552646; gi|1582959056操作步驟1.雙擊進(jìn)入ClustalX程序，點(diǎn)擊FILE進(jìn)入Load sequence，打開(kāi)DNA.seq文件。72.點(diǎn)擊Alignment，在默認(rèn)alignment param

4、eters下，點(diǎn)擊Do complete Alignment。83.點(diǎn)FILE進(jìn)入Save sequence as，在format框中選PHYLIP，文件在PHYLIP軟件目錄下以homol.phy存在，點(diǎn)擊OK。9104.將phylip軟件目錄下的homol.phy文件拷貝到exe文件夾中。11二、用PHYLIP軟件推導(dǎo)進(jìn)化樹(shù)1.進(jìn)入EXE文件夾，點(diǎn)擊Seqboot軟件輸入homol.phy文件名，回車(chē)后，輸入R更改參數(shù)，更改重復(fù)數(shù)字為100。12輸入奇異種子為3，程序開(kāi)始運(yùn)行，并在exe文件夾中產(chǎn)生outfile。132.把文件outfile改為infile，點(diǎn)擊dnadist程序，輸入M

5、更改參數(shù)，輸入D選擇data set。輸入100，輸入Y確認(rèn)參數(shù)，程序開(kāi)始運(yùn)行。14將outfile文件名改為infile，為避免與原先infile文件重復(fù)，將原先文件名改為infile1.153.在exe文件夾中選擇通過(guò)舉例矩陣推測(cè)進(jìn)化樹(shù)的算法，點(diǎn)擊neighbord程序。輸入M更改參數(shù)，輸入D選擇data set，輸入100,輸入奇異種子3,輸入Y確認(rèn)參數(shù)。16程序運(yùn)行結(jié)束后，在exe文件夾中產(chǎn)生outfile和outtree兩個(gè)結(jié)果輸出。Outtree文件是一個(gè)樹(shù)文件，可以用treeview等軟件打開(kāi)。Outfile是一個(gè)分析結(jié)果的輸出報(bào)告，包括了樹(shù)和其他一些分析報(bào)告，可以用記事本直接打

6、開(kāi)。部分結(jié)果如下：174.將outtree文件名改為intree，點(diǎn)擊drawtree程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)。輸Y確認(rèn)參數(shù)，程序開(kāi)始運(yùn)行，并出現(xiàn)tree preview圖。185.點(diǎn)擊drawgram 程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)。輸入Y確認(rèn)參數(shù)，程序開(kāi)始運(yùn)行，并出現(xiàn)tree preview圖。19206.將exe文件夾中的outfile文件名改為outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆蓋。點(diǎn)擊consense程序，輸入Y確認(rèn)設(shè)置。Exe文件夾中新生成outfile和outtree。217.將exe文件夾中的intree文件名改為intree1，將outtree改為intree。點(diǎn)擊drawtree程序，輸入font1文件名，作為參數(shù)，輸