1、Good is good, but better carries it.精益求精，善益求善。Materials-Studio論壇問答全集-【轉(zhuǎn)帖】Materials-Studio論壇問答全集（精選眾多論壇討論貼）wuli8(金幣+2):感謝分享2010-03-0515:24Materials-Studio論壇問答全集（精選眾多論壇討論貼）轉(zhuǎn)載其它論壇的貼子，希望對于新手有所幫助！不會找我要版權(quán)吧，怕怕！字體:小中大|打印發(fā)表于:2008-1-0515:03作者:matsim來源:材料計算模擬社區(qū)1、問：用MS構(gòu)造晶體時要先確立空間群,可是那些空間群的代碼是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的

2、晶體,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空間群答：A、要做晶體，首先要查詢晶體數(shù)據(jù)，然后利用晶體數(shù)據(jù)再建立模型。晶體數(shù)據(jù)來源主要是文獻(xiàn)，或者一些數(shù)據(jù)庫，比如CCDC。你都不知道這個晶體是怎么樣的，怎么指定空間群呢？要反過來做事情哦：）B、我不知道你指示的代碼是數(shù)字代碼還是字母代碼,數(shù)字代碼它對應(yīng)了字母的代碼，而字母的代碼它含蓋了一些群論的知識(晶系,對稱操作等),如果要具體了解你的物質(zhì)或者材料屬于那一個群，你可以查閱一下相關(guān)的手冊,當(dāng)然你要了解一些基本的群論知識.MS自帶了一些材料的晶體結(jié)構(gòu),你可以查詢一下.2、問：各位高手，我用ms中的castep進(jìn)行運(yùn)算。無論cpu是幾個核心，它只有一個核心在

3、工作。這個怎么解決呢？答：請先確認(rèn)以下幾個問題：1，在什么系統(tǒng)下裝，是否裝了并行版本。2，計算時設(shè)置參數(shù)的地方是否選擇了并行。3，程序運(yùn)算時，并不是時時刻刻都要用到多個CPU3、問：我已經(jīng)成功地安裝了MS3.1的Linux版本，串行的DMol3可以成功運(yùn)行。但是運(yùn)行并行的時候出錯。機(jī)器是雙Xeon5320(四核)服務(wù)器，rsh和rlogin均開啟，RHEL4.6系統(tǒng)。其中hosts.equiv的內(nèi)容如下：localhostibm-consolemachines.LINUX的內(nèi)容如下：localhost:8現(xiàn)在運(yùn)行RunDMol3.sh時，腳本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/b

4、in/mpirun$nolocal-np$nproc$MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe$rootname$DMOL3_DATA這一處，沒法執(zhí)行這一命令并行運(yùn)算時，出現(xiàn)以下PIxxxx(x為數(shù)字)輸出ibm-console0/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exelocalhost3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe請問這是什么原因？謝謝！答：主要是rsh中到ibm-console的沒有設(shè)置把/etc/hosts改為localhost.localdoma

5、inlocalhostibm-console在后面加個ibm-console也希望對大家有幫助!4、問：在最后結(jié)果的dos圖中,會顯示不同電子spd的貢獻(xiàn),我想問的是,假設(shè)MS考慮的原子Mg的電子組態(tài)為2p63s2,那么最后的dos結(jié)果中的s,p是不是就是2p,跟3s的貢獻(xiàn).比如更高能量的3p是否可能出現(xiàn)在dos中?如果可能的話，在這種情況下,如何區(qū)分2p和3p的貢獻(xiàn),謝謝.答：A、取決于你的饜勢勢里面沒有3p電子，DOS怎么會有呢？自然，你的1p1s也不會出現(xiàn)在你的DOS中。B、我覺得原子沒有d軌道但是計算出來的DOS圖上有d軌道的貢獻(xiàn)，這可能是電子躍遷所引起的，雖然按照教科書上的d軌道上沒

6、有電子，但是不排除有電子躍遷過去，但及時躍遷也應(yīng)該只是很少的而且一般也都是這樣。C、我考慮的是dos并非指電子出現(xiàn)的幾率,而是能級的密度.3p構(gòu)成導(dǎo)帶能級不可能嗎?沒有d電子出現(xiàn)d的貢獻(xiàn)可以理解是躍遷過去,那是不是也不否認(rèn)3p的可能?既然不可能有3p,怎么會有1s1p?畢竟一開始計算中已經(jīng)做了近似?D、第一性原理計算高于費(fèi)米面的能帶本來就不怎么可靠的?，F(xiàn)在，計算的帶隙小于實(shí)驗(yàn)值，很大的原因就來源于價帶計算不準(zhǔn)。p能量高于s不太好理解這里有成鍵反鍵的因素p的反鍵是有可能小于s的成鍵的另外有時候原子電子組態(tài)沒有d電子的時候計算結(jié)果也出現(xiàn)了d軌道估計是做軌道投影的問題。vasp就有這個問題，但是可以

7、消除這個錯誤的。5、問：那位高手能夠介紹一下MS中CASTEP的勢能模型的適用范圍？比如說LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能夠簡述一下其大致差別更好答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一階梯。它僅僅采用空間點(diǎn)r處的電子密度n（r）來決定那點(diǎn)交換-相關(guān)能密度的形式。交換-相關(guān)能密度由密度相同的均勻電子氣完全確定。泛函的交換部分就準(zhǔn)確的用均勻電子氣的微分表達(dá)。各種不同的局域密度近似（LDA）僅僅是相關(guān)部分表示方法不同，所有現(xiàn)代應(yīng)用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alders在年代對均勻電

8、子氣總能量的MonteCarlo模擬。廣義梯度近似（）：是Jacob階梯的第二個臺階，將電子密度的梯度也作為一個獨(dú)立的變量（|n(r)|），在描述交換相關(guān)能方面，梯度引入了非定域性。泛函包含了兩個主要的方向：一個稱為“無參數(shù)”，泛函中新的參數(shù)通過已知形式中參數(shù)或在其它準(zhǔn)確理論幫助下得到。另外一個就是經(jīng)驗(yàn)方法，未知參數(shù)來自于對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的擬和或通過對原子和分子性質(zhì)準(zhǔn)確的計算。Perdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及Perdew-Wangfrom1991(PW91)是無參數(shù)的，在量子化學(xué)中廣泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是經(jīng)驗(yàn)性。LYP

9、校正采用了密度的二階Laplace算符，因此嚴(yán)格上講屬于Jacob階梯的第三階，但通常仍然歸類為GGA.6、求助Linux上MS的安裝問題我在RHES4.6上安裝MS3.0但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小為零，沒有東西，同時在share下也沒有bin目錄，也找不到ms_setuo.sh腳本請問是什么原因？相應(yīng)的出現(xiàn)這樣的錯誤信息：/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileo

10、rdirectory答：假如你有MaterialsStudio3.1的ISO版本以及l(fā)icene.dat。在linux機(jī)器上的用戶名為firefox。下面是安裝MaterialsStudio3.1linux版本的步驟1、假定把MaterialsStudio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目錄，切換到root帳號下，然后用下面的命令如下：mount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso/home/firefox/ms2、文件mount上去后，退出root帳號，回到firefox帳號。然后到/home/firefox/ms/UNIX目錄

11、，運(yùn)行下面的：./Install3、開始按提示安裝了1）、指定你要MaterialsStudio安裝到的目錄，比如/home/firefox/MaterialsStudio2）、下面就是指定你所需要安裝的模塊了，根據(jù)自己的需要選擇，當(dāng)然也可以全部選上3）、然后指定你License_Pack所在的目錄，我們假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目錄中，那么先建立這樣的目錄：mkdir/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack接著按提示Enter。開始安裝Licens_Pack了。4）、下面把你所得

12、到的licene文件msilic.lic拷貝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目錄中，并改名為msilicense.dat。5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示輸入。這些完成后。就基本安裝好了。下面就是把gateway運(yùn)行起來。4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目錄，運(yùn)行下面的命令：./msgateway_control_18888start提示說Gatewa

13、ystartsucceeded-runningasprocessxxxx。后，就啟動成功了。5、在ie的地址欄輸入，HYPERLINK:18888/t_blank:18888/;則頁面會顯示該機(jī)器上已經(jīng)安裝好的計算模塊基本就安裝成功了。(注意之處：不要用root安裝它)。7、問：我想對NaYF4的電子云分布進(jìn)行模擬計算,請各位高手指點(diǎn)怎么計算?如果有NaYF4的結(jié)構(gòu)的話,請分享一下.答：如果是晶體的話，可以找相關(guān)的文獻(xiàn)看晶格常數(shù)和原子坐標(biāo)，自己構(gòu)建模型后計算如果沒有文獻(xiàn)，可以上無機(jī)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫ICSD查詢，如果查到，直接導(dǎo)出來就可以用ms算了電子云分布算一下電子密度就可以了可以用dmol和c

14、astep如果要某個軌道的電子云，dmol算homolumo上下若干個軌道castep算能帶最后那visulizer看電子云密度圖就ok了8、問：各位高手請教一下用demolJ計算分子軌道怎么看HUMO,LUMO圖，其中的黃色藍(lán)色代表什么啊，謝謝了答：dmol計算的時候選擇properties里面的orbitals把homo和lumo選上然后計算，算完以后打開analysis對話框選擇orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看見homo和lumo了9、求助有MS并行計算經(jīng)驗(yàn)的朋友解答一下我雖然在LINUXCLUSTER并行成功了，但是并行的時候CPU計

15、算利用率很不均衡也不穩(wěn)定有時候100%有時候0%而且計算到一定程度的時候會變換運(yùn)行程序在LINUX中的進(jìn)程名換了一次之后CPU使用就開始出現(xiàn)不均衡的情況，有一個CPU90%+，別的都是2-5%的樣子進(jìn)程處與sleeping狀態(tài)只有那一個CPU在RUN另外說一下我每個節(jié)點(diǎn)的硬件配置相同，用的是CASTEP模塊，K點(diǎn)數(shù)是CPU數(shù)的整數(shù)倍，但是算能帶的時候不知道如何調(diào)節(jié)K點(diǎn)數(shù)目，不均衡不知道是不是算能帶的時候?qū)е翶點(diǎn)在每個CPU上分布不均造成的還想問一下我各個節(jié)點(diǎn)都是同一個交換機(jī)下的機(jī)器，NFS的效率如何評估答：A、你應(yīng)該看看內(nèi)存的使用率,一般如果內(nèi)存不足,會造成你說的現(xiàn)象B、所有節(jié)點(diǎn)空閑內(nèi)存都在5

16、0%以上啊，發(fā)現(xiàn)只有一個節(jié)點(diǎn)的CPU占用的厲害別的不超過10%C、你選用的幾個cpu進(jìn)行計算,如果是一個,那就是你發(fā)生的問題原因,如果不是一個,而是選擇幾個cpu進(jìn)行計算,那么應(yīng)該是節(jié)點(diǎn)之間的通訊問題了,這需要進(jìn)行機(jī)群的的調(diào)節(jié)了10、問：CASTEP能算pdos的自旋情況嗎答：可以計算體系的自旋態(tài)密度alpha和beta分別為自旋向上和自旋向下totalspin是總自旋計算的時候必須把自旋極化spinpolarized選上才能畫自旋態(tài)密度11、問：大家?guī)兔纯催@是什么問題我再用demol計算動力學(xué)的時候,不管怎么設(shè)置參數(shù)它老出現(xiàn)這個提示Error:SCFiterationsnotconverg

17、edin50iterationsMessage:SCFnotconverging.ChooseUseSmearingonDMol3SCFpanelorsetOccupationThermalintheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting請教高手這是什么原因啊?答：SCFnotconverging.ChooseUseSmearingonDMol3SCFpanelorsetOccupationThermalintheinputfile

18、無法收斂，加大計算步數(shù)。你錯誤的原因是體系在50步內(nèi)不能收斂,你可以增加收斂計算步數(shù),比如增加到100系統(tǒng)提示你改變UseSmearing和OccupationThermal的設(shè)置參數(shù)(這兩個參數(shù)在設(shè)置對話框中),還提出建議讓你改變自旋和對稱設(shè)置來試一試。不收斂，解決方法一加大圈數(shù)，DMol3calculationselectronic標(biāo)簽下More選項SCF選項，中Max.SCFCycles加大，最多1000圈，如果1000圈收斂不了就用方法二，加大smearing在SCF標(biāo)簽下把orbitaloccypancy下面的勾打上，然后設(shè)置smearing設(shè)置重小到大逐漸增大，smearing如果

19、很大，雖然能收斂但是最后的構(gòu)型有問題。做MS計算，我的感覺是沒有必要一步算到位，就是說你的計算精度（能量，力等等）可以一步一步來，或者是smearing慢慢變小，這樣容易收斂些。12、新手請教幾個不專業(yè)的問題1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？2.態(tài)密度、能態(tài)密度和電子態(tài)密度的區(qū)別？3.K-resolved是什么意思？4.如何在半導(dǎo)體上建金屬表面？5.如何翻譯？supercellgeometrytheViennaab-initiosimulationpackage(VASP)thegeneralizedgradientapproximationtheplanewaveexpansions

20、tructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheprincipal-layerGreensfunctiontechniquetheK-resolvedtransmission6K-resolvedDOSattheFermienergy這句話怎么理解??？7用MS能不能計算一個體系的電導(dǎo)？如何去算？答：1.(11)表示的是表面的構(gòu)型，22是(11)的四倍，也就是x和y上分別用兩倍單位平移定義表面的晶格常數(shù)a和b，c軸與表面方向平行，c的大小取決于原子層和真空層厚度2.

21、應(yīng)該是沒有區(qū)別，可能是稱呼不同而已。3.不清楚什么意思4.用ms里面的layerbuilder構(gòu)建界面，基底為半導(dǎo)體，半導(dǎo)體上長金屬層是通過layerbuilder構(gòu)建的5.supercellgeometry超胞結(jié)構(gòu)theViennaab-initiosimulationpackage(VASP)維也納從頭算模擬軟件包thegeneralizedgradientapproximation廣義梯度近似theplanewaveexpansion平面波展開structuralrelaxations結(jié)構(gòu)弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)met

22、hod緊束縛線性丸盒軌道theTB-LMTOmethod緊束縛線性丸盒軌道方法theprincipal-layerGreensfunctiontechnique？theK-resolvedtransmission？6.不是很清楚，沒有上下文7先計算出態(tài)密度。然后通過由玻爾茲曼方程推導(dǎo)出的電導(dǎo)率公式來算,見固體物理。提供兩篇參考文獻(xiàn)是做輸運(yùn)系數(shù)的計算的：GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(20066771.PhilipB.Aleen,WarrenE.Pickett,HenryKarkauer.Physcica

23、lReviewB37(1988)27212726.13、請問：在用CASTEP計算材料空位缺陷時，如何才能實(shí)現(xiàn)只取一個空位呢？答：降低對稱性，再DELETE一個原子就可以了在build下的symtrey有makeP1不是降低對稱性，是構(gòu)建超胞makesuppercell然后就可以刪去一個原子了正常的話如果晶體是原胞，直接刪除一個原子可能造成很大影響可以建大一點(diǎn)的超晶胞(比如222超晶胞)然后刪掉一個原子，這樣比較合理，畢竟缺陷濃度是很低的。14、求助MS是否可以做原子數(shù)在10-20個左右的簇合物的結(jié)構(gòu)模擬我想得到一些原子數(shù)在10-20個左右的一元或二元原子簇合物的低能構(gòu)型。MS里的分子模擬功能

24、是否可以模擬出一些能量局部最小化的構(gòu)型？如果不行的話，麻煩熟悉這方面的蟲子給推薦個軟件，最好是免費(fèi)的。我的要求很簡單，就只要找到低能量構(gòu)型即可。手動直接構(gòu)建實(shí)在是太麻煩了，而且說服力很低。謝謝指教！答：A、可以，dmol模塊可以達(dá)到你的要求B、感謝樓上各位。不過我琢磨了半天，好像無論是Gaussian還是MS,都是要給定基本定型的構(gòu)型，然后進(jìn)行優(yōu)化后獲得更精煉一些的構(gòu)型。我想做這樣一件事：已知原子數(shù)為10的構(gòu)型，第11個原子任意放置，然后程序自動變化第11個原子的位置，甚至變化11個原子的位置（既第11個原子對其他10原子的構(gòu)型進(jìn)行微擾）得到不同能量的局部的低能構(gòu)型。自己琢磨的，肯定很多不足，

25、不是否有相關(guān)的參考資料。還請賜教，15、msdiscover停電后如何處理msdiscover算了一個星期，還有三天就算完了，結(jié)果停電全沒了重開機(jī)，啟動ms，提示有任務(wù)非正常關(guān)掉，載入autorecover，jobexplorer里面還顯示未算完的任務(wù)，serverconsole打不開，無法查看是否正在算查任務(wù)管理器，沒有找到discover.exe進(jìn)程，只有msstudio的進(jìn)程，而且cpu占用高手動停止job，然后從discover的dynamics模塊下選中userestartresult，但是結(jié)果顯示完全從頭開始算沒錢買ups，很不走運(yùn)，兩個星期內(nèi)，這種停電出現(xiàn)兩次了請教大家有什么好的

26、方法，從斷電時的數(shù)據(jù)開始接著算謝謝答：如果你在dynamic中trajectory的選項里save選擇了full，那么在重啟動時，在restart選項里，選中userestartdate選項，就可以了。16、求助：黃色和藍(lán)色的電子云代表什么問題請教各位一個問題，在MS的Dmol3下計算能量，在分析里查看HOMO和LUMO軌道的電子云的計算結(jié)果時，有兩種顏色，默認(rèn)的是黃色和藍(lán)色。這種顏色的不同代表什么意思？還有一般用HOMO和LUMO軌道的電子云說明什么問題??？我看很多文獻(xiàn)說什么(-)派-派躍遷就是3.1415926所代表的那個希臘字母，這里不知道怎么輸入。還有（-)西格瑪-西格瑪?shù)鹊?，學(xué)習(xí)化學(xué)

27、的人應(yīng)該能夠了解，可以從這上面看出來嗎？答：A、其實(shí)兩種顏色的電子云不是代表homo和lumo的，只是說這個地方波函數(shù)是正號還是負(fù)號。因?yàn)閷τ陔娮釉苼碚f，其實(shí)是波函數(shù)的平方，這個地方為了區(qū)別波函數(shù)的正負(fù)號，所以引進(jìn)了兩種顏色的電子云B、在分子進(jìn)行反應(yīng)時，最高占據(jù)軌道（HOMO）和最低空軌道（LUMO）其有特別重要的作用。分子軌道對稱性守恒原理認(rèn)為：在反應(yīng)過程中，當(dāng)有反應(yīng)物分子軌道轉(zhuǎn)變成產(chǎn)物的分子軌道時，其對稱性始終保持不變，即始終都屬于同一個不可約表示。如果反應(yīng)物基態(tài)的分子軌道變成的是產(chǎn)物的基態(tài)的分子軌道，那么反應(yīng)就是熱允許的。（意即溫和加熱就可進(jìn)行）如果變成的是激發(fā)態(tài)的分子軌道，就是熱禁阻的

28、（意即不可能用溫和加熱的方法促其進(jìn)行）。如果反應(yīng)物受光激發(fā)后由電子占據(jù)的分子軌道（激發(fā)態(tài)軌道）轉(zhuǎn)變成產(chǎn)物的基態(tài)分子軌道，這一過程就是光允許的（意即用適當(dāng)?shù)墓庹站涂墒蛊溥M(jìn)行）。若轉(zhuǎn)變成產(chǎn)物的更高激發(fā)態(tài)分子軌道，就是光禁阻的（意即無法用光照促其進(jìn)行）。17、請問MS計算能帶的問題由CASTEP或DMol計算得到的能帶，要看能帶的帶系寬度，是怎樣看？是默認(rèn)費(fèi)米能級為0嗎？那就是只看0附近的寬度嗎？答：A、0兩邊的寬度，最高占據(jù)和最低未占據(jù)之間的寬度就是帶隙B、我沒有仔細(xì)的看過castep的能帶，但是看過課題組的人做過報告。我印象中，對于非金屬，castep的費(fèi)米能級是在價帶頂，找出價帶頂最大的那個能

29、量和導(dǎo)帶底對應(yīng)的最小的能量之差，就是帶隙吧。至于有的說dos看帶隙，這個不大可靠，要看你取了多大的展寬因子，展寬因子大，非金屬也變成金屬了，沒帶隙。另外對于dmol來說，何來什么能帶全部分子能級，不過可能有g(shù)ap，要從homo-lumo的差值去算gapC、橫軸是布里淵區(qū)的高對稱點(diǎn)，與晶體的對稱性有關(guān)縱軸表示能帶的能量。帶隙可以分成直接帶隙和間接帶隙直接帶隙就是0eV上下最高和最低兩個能帶在某個高對稱點(diǎn)(如G，X、R點(diǎn)等)之間的能量差。間接帶隙就是0eV上能量最低的能帶上的最低點(diǎn)的能量值減去0eV下能量最高的能帶的最高點(diǎn)的能量值。18、什么是Overlappopulations？在一篇文章上看見

30、Table2Bonddistances(A)andOverlappopulations(/E/inbrackets)TiO2TiO2/Sn6cTiO2/Sn5cTiO2/Sn6-inTiO2/Sn5-inObMe6c1.831(172)1.963(220)1.83(165)1.831(172)1.832(171)OpMe6c2.066(86)2.107(32)1.989(64)2.070(84)2.069(83)OpMe5c1.938(122)1.912(114)1.995(139)1.988(123)1.933(120)O1Me6c2.065(86)2.165(86)2.097(117)2.

31、072(115)2.086(119)O2Me5c1.853(130)1.854(119)2.006(122)1.865(134)1.890(112)O1Me6-in1.936(160)1.950(142)1.983(163)2.056(177)1.968(161)O2Me5-in1.968(83)1.961(84)1.950(96)1.976(86)2.047(90)請問Overlappopulations是什么？如何得到的？答：A、Overlappopulations重疊布居CASTEP計算性質(zhì)時的population選項可以算B、重疊布居相當(dāng)于鍵級的概念一般來說，正值表示成共價鍵，正值越大

32、，共價性越強(qiáng)0表示純離子鍵。負(fù)值表示反鍵。主要用于定性分析。不同的贗勢、泛函計算的結(jié)果可能有差別19、請教一下這些數(shù)據(jù)在那？您能把您算過的這部分給貼上來嗎？CASTEP計算性質(zhì)時的population選項這個我已經(jīng)算了但是我找不到它在那謝謝答：CASTEP中計算的時候選擇properties里面的populationanalysis下面的bondpopulation計算得到的結(jié)果除了有atomicpopulation以外還有就是bondpopulation也可以叫overlappopulation在.CST或者.CASTEP文件最后部分。20、用MS需要什么樣的配置？謝謝！老師打算買一臺新的電

33、腦做計算，我不知道一般需要什么樣的配置就可以了！希望大家多提供點(diǎn)信息！謝謝了！答：A、雙核至少奔D2.8GHz1G內(nèi)存高分子結(jié)構(gòu)最好準(zhǔn)備買服務(wù)器！B、樓上的，沒那么夸張吧？CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有個普通雙核也夠用了吧？我沒感覺出來雙核比P2.8快多少??？你非要算蛋白質(zhì)的話，那服務(wù)器也肯定不夠。內(nèi)存大些倒是真是，應(yīng)該需要2G也不嫌多的！C、我覺得看你做什么體系你如果做簡單的分子體系用demol可以解決的譜圖電腦夜可以的如果算晶體那必須是搞配置的機(jī)子D、關(guān)鍵是cpu，內(nèi)存，和硬盤ms計算的結(jié)果還是蠻大的，我的硬盤都滿了要速度的話cpu雙核可能沒有單核快，因?yàn)椴⑿行试趙indo

34、ws下好像不是很高內(nèi)存大是必須的，2G基本上可以，如果4G更好，反正現(xiàn)在內(nèi)存也不是太貴盡量多加點(diǎn)內(nèi)存把，否則你想算一個稍大的體系，往往發(fā)現(xiàn)內(nèi)存不夠，確實(shí)夠郁悶的。_21、問：模擬晶體表面吸附時，怎么樣才能做到只允許垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允許呢？是用“Modify-Constraints”實(shí)現(xiàn)的嗎？如何實(shí)現(xiàn)？答：就是用“Modify-Constraints”步驟：第一：選擇要加限制的原子第二：打開constrain對話框第三：設(shè)置固定XY方向不考慮弛豫，實(shí)際上就是在x和y方向的笛卡兒或者分?jǐn)?shù)坐標(biāo)前打勾即可22、問：與計算速度有關(guān)的都有什么因素，我計算的時候，CPU利用率約為百分之

35、五十，剛開始出了幾個點(diǎn)，可是后來好幾天也沒出一個點(diǎn)，而且jobexplorer顯示是running,不知道怎么回事？答：與計算速度有關(guān)的因素：cpu速度，內(nèi)存大小，緩存多少，硬盤和主板接口速度等。不知道你是用winxp版本還是linux/unix版本如果是winxp版本，可能cpu是雙核/雙線程的，你交作業(yè)的時候選擇單cpu沒有選擇用2個cpu，所以cpu利用率大概在5023、請問我在CASTEP中計算摻雜后的模型，能用Reflex模塊中XRD在計算嗎？我直接將CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex結(jié)果感覺很不對。向各位請教！謝謝我就是建立了一個結(jié)構(gòu).xsd，然后選了那個模塊計算

36、，出來的結(jié)果感覺是非常不合理的。你能給我舉個例子嗎？答：新建一個文件，導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫中的FeS2（pyrite）在reflex里面選powerdiffraction設(shè)置xrd譜圖的范圍，靶的種類等等點(diǎn)caculate就ok了24、問：如何將MS的car文件裝換為xyz文件，坐標(biāo)比較多。答：利用MS的Export輸出為mol格式的文件然后利用Hyperchem打開上面的輸出文件另存為xyz文件即可25、Dmol計算的頻率如何看明白??？偶用Dmol3算體系的能量，算了其頻率，輸出文件中一大堆數(shù)據(jù)看不懂都是什么啊？哪里有詳細(xì)說明嗎？help里好象沒有啊。不知道有這方面的文獻(xiàn)嗎（中文最好）？請高手們指教啊

37、！答：性質(zhì)中頻率是算聲子的。最后給出的振動模式vibrationalmode輸出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振動頻率的數(shù)據(jù)如果不是周期體系，且假設(shè)體系有N個原子，則給出3N6個振動頻率其中正值表示穩(wěn)定振動，負(fù)值（虛頻）表示不穩(wěn)定振動，即振動將導(dǎo)致體系能量下降如果是晶體則有3N個振動頻率，其中有3個為剛性振動，頻率接近0，表示所有原子沿著相同方向振動。除了振動頻率的數(shù)值（振模頻率），還有振動的本征矢，每一個頻率對應(yīng)一組本征矢，本征矢表示原子的振動方向（x，y，Z）和幅度。當(dāng)發(fā)現(xiàn)晶體具有虛頻的時候，那么原子按照本征矢方向振動，體系能量下降，會導(dǎo)致結(jié)構(gòu)相變發(fā)生。注意，dmol振動性質(zhì)的

38、計算并沒有考慮電場和原子位移的耦合作用，沒有考慮LO和TO分裂，而且對于晶體而言只能算布里淵區(qū)G點(diǎn)的振動頻率，而不能計算其他點(diǎn)的振動頻率。完畢26、問：在計算的過程中CPU利用率變?yōu)?，重啟以后任務(wù)還顯示再計算，單CPU利用就是0，再開始新的任務(wù)利用率就不是0了，這是為什么？怎么解決阿？謝謝了！答：雖然軟件界面顯示在run，但此乃假象也！cpu為0肯定是沒算了。之所以還顯示在算，主要原因是你的內(nèi)存可能不夠用了，電腦不能正確反應(yīng)實(shí)際情況而已。正常現(xiàn)象，如果交個作業(yè)，然后把進(jìn)程殺了，還顯示正常運(yùn)行，但是運(yùn)行無法結(jié)束也沒有結(jié)果。所以看作業(yè)是否運(yùn)行，不單單得看網(wǎng)關(guān)的運(yùn)行狀態(tài)，還得看cpu的利用率還有兩

39、種可能第一：就是算完了，網(wǎng)關(guān)的內(nèi)容卻沒有下載到本地目錄。比如，交一個作業(yè)到服務(wù)器，算完以后，服務(wù)器的cpu利用率變?yōu)?，然后由于網(wǎng)絡(luò)原因，服務(wù)器數(shù)據(jù)往回傳輸?shù)臅r候突然斷網(wǎng)，這樣可能數(shù)據(jù)就無法傳回來了由于傳送指令發(fā)過一次以后，服務(wù)器相關(guān)的數(shù)據(jù)目錄就發(fā)生變化，因此，在網(wǎng)絡(luò)好的時候選擇achieve，可能數(shù)據(jù)仍是不完整的。第二：交完作業(yè)以后，網(wǎng)絡(luò)就斷了，在這個過程中作業(yè)因很多原因死了，cpu利用率為0，此時如果網(wǎng)絡(luò)好了，在連接服務(wù)器，狀態(tài)不是完成狀態(tài)，所以可能一直是runing狀態(tài)，因此不會有結(jié)果。如果服務(wù)器和客戶端是一個機(jī)器，也可以發(fā)生第二種情況。27、請問：在CASTEP計算中，kpoint設(shè)置

40、不同，對計算結(jié)果有什么影響？kpoint設(shè)置表示什么？如設(shè)置為4乘4乘4，和設(shè)置成9乘9乘6有什么不同，區(qū)別在哪？答：很難一般地回答，只能給出一般建議。注意：一定要檢查k網(wǎng)格，首先用較粗糙的網(wǎng)格計算，接下來用精細(xì)的網(wǎng)格計算。通過比較兩次的結(jié)果，決定選用較粗糙的網(wǎng)格，或是繼續(xù)進(jìn)行更精細(xì)網(wǎng)格的計算，直到達(dá)到收斂。金屬體系需要精細(xì)的網(wǎng)格，絕緣體使用很少的k點(diǎn)通常就可以。小單胞需要精細(xì)格點(diǎn)，大單胞很可能不需要。因此：單位晶胞內(nèi)原子數(shù)很多（比如40-60個）的絕緣體，可能僅需要一個（移動后的）k點(diǎn)。另一方面，面心立方的鋁可能需要上萬個k點(diǎn)以獲得好的DOS。對于孤立原子或分子的超晶胞，僅需要在Gamma點(diǎn)

41、計算。對于表面（層面）的超晶胞計算，僅需要（垂直于表面）z方向上有1個k點(diǎn)。甚至可以增加晶格參數(shù)c，這樣即使對精細(xì)格點(diǎn)，沿z方向上也只產(chǎn)生一個k點(diǎn)（產(chǎn)生k點(diǎn)后，不要忘記再把c改回）。k點(diǎn)主要是用來積分計算用的例如對于連續(xù)的波函數(shù)，實(shí)際的計算是無法采用基于函數(shù)的表達(dá)式進(jìn)行計算，而是基于離散數(shù)據(jù)進(jìn)行計算，所以需要將空間進(jìn)行劃分，如果空間中的離散點(diǎn)劃分得越細(xì)，那么最后通過數(shù)值積分得到的結(jié)果就越接近體系的真實(shí)情況，如果空間的劃分越粗糙，計算的結(jié)果越不準(zhǔn)確。k點(diǎn)面實(shí)際上就是在倒易空間按照a，b，c三個方向進(jìn)行劃分因此用三個數(shù)值表示k點(diǎn)面，第一個數(shù)值越大，說明沿著a方向的數(shù)值積分點(diǎn)數(shù)越多，計算精度越高。在

42、實(shí)際計算中，需要進(jìn)行測試，一般是逐漸增加k點(diǎn)數(shù)，計算能量收斂曲線。對于表面相關(guān)計算，k點(diǎn)面中第三各數(shù)值往往取較小，一般為1或2，就是不考慮z軸方向上的周期性。28、請教：運(yùn)行DPD模塊，如果運(yùn)行了1000步，結(jié)束后，想繼續(xù)運(yùn)行下1000步，怎么辦？是要重新setup中，設(shè)定2000嘛？有辦法讓他在1000步基礎(chǔ)上繼續(xù)運(yùn)算嘛？答：RestartingaDPDrunAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartdatafile,.Dpd_rst.Thisfileisdownloadedattheendoft

43、herunandcontainsthepositionsandvelocitiesofallthebeads.ItenablesyoutorestartthesimulationfrompartwaythroughorattheendofthepreviousDPDrun.Torestartasimulation1.Selectthemesoscaletrajectorydocumentfromtherunyouwishtorestart.2.ChooseModules|DPD|Calculationfromthemenubar.3.Loadtheparametersfromtherunyou

44、wishtorestart,bydouble-clickingontheassociatedSettingsfileintheProjectExplorer.4.CheckRestart.5.OntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeaverages.6.Changethelengthoftherun.Note.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedDPDsimulationwillrunfortheNumberofstepsspecifiedontheS

45、etuptablessthenumberofstepsalreadycompleted.7.Ifdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinteractionparameters.8.PressRun.Note.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotbeseenintheProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowsExplorertoverifythatthefileexi

46、sts.Note.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,interactionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestarti

47、schecked.勾選restart在點(diǎn)中最后那個.xtd圖形文件的條件下,run你舉的例子應(yīng)該把步數(shù)改為200029、求教CASTEP中幾何優(yōu)化問題1.幾何優(yōu)化可以在多大范圍內(nèi)改變原子的位置?。扛杏X每次優(yōu)化后的位置調(diào)整不是很多??？2.大家在算能帶和態(tài)密度的時候的時候是用單點(diǎn)能計算給出能帶還是幾何優(yōu)化給出能帶??？另請問WINDOWS版的KEY和LINUX版的KEY能不能混用求一個MATERIALSTUDIO4.0的LINUX版本的KEY一個QQ29988789十分感謝答：問題1幾何優(yōu)化的目的是尋找壓力最小的幾何結(jié)構(gòu)，原子位置改變不多是因?yàn)槟憬ǖ臉?gòu)形比較合理，比如直接從軟件數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)入的結(jié)構(gòu)在0

48、壓力下改變很小，如果加個壓力就會變化大一些。問題2一般都是優(yōu)化的時候算，如果你想算特定構(gòu)形的能帶或其它性質(zhì)，就可以用單點(diǎn)能；30、請問CASTEP計算氧化物磁性,例如CuO的,Modify-Spin里怎么設(shè)置?Dmol計算自旋設(shè)置時,Multiplicity設(shè)置為Auto是系統(tǒng)自動尋找自旋多重度嗎?Multiplicity是設(shè)置Auto好,還是設(shè)置具體的值好?答：Multiplicity設(shè)置為Auto是系統(tǒng)自動尋找能量最低、最穩(wěn)定的自旋多重度31、請教關(guān)于MScastep的幾個問題希望各位大俠幫忙，1計算表面過程中，計算成功，但是castep結(jié)果中提示-SCFSCFloopEnergyFerm

49、iEnergygainTimer-SCFenergyperatom(sec)-SCF-SCFInitial-1.24983546E+0045.76278315E+00155.44-SCF1-1.59703259E+004-1.69750335E+0002.89330938E+002197.97-SCFWarning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsider