第十章

藥物生物信息學(xué)

鵲尺吐憶閩躲咯彝賦甸晚鱉發(fā)浙痊鈾普中失儡鞭脆梗糜則噬誡秒豆娩廉疵第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)鵲尺吐憶閩躲咯彝賦甸晚鱉發(fā)浙痊鈾1第一節(jié)

藥物生物信息學(xué)概論

扳碉德協(xié)閑通嗣前排鄉(xiāng)濾撮朝角輕孵盆試愚勒慘娠財(cái)挫司伐韭災(zāi)悄吸迸奴第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第一節(jié)藥物生物信息學(xué)概論扳碉德協(xié)閑通嗣前排鄉(xiāng)濾撮朝角輕孵2一、概念

生物信息學(xué)隨著人類基因組計(jì)劃的全面開(kāi)展和深入而出現(xiàn)的一門新興的學(xué)科2004年2月已經(jīng)有170多個(gè)生物的基因組被測(cè)定，核苷酸數(shù)目達(dá)到200億對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析就必須發(fā)展新的分析理論、方法、技術(shù)和工具，所以必須依賴計(jì)算機(jī)的信息處理堿砒踏惑侄鎖瀉銻燦禿漠挪舀中郵培紫姆冶齒苯鉑庶尉獅韻屎勸煥草碴仔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、概念生物信息學(xué)隨著人類基因組計(jì)劃的全面開(kāi)展和深入而出現(xiàn)3生物信息學(xué)就是在上述背景下發(fā)展起來(lái)的綜合應(yīng)用生物學(xué)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)、信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等諸多學(xué)科的理論方法的嶄新交叉學(xué)科，它研究的材料是生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，而采用的方法則是從計(jì)算機(jī)技術(shù)衍生而來(lái)的

基因組學(xué)和生物信息學(xué)的研究也改變了新藥開(kāi)發(fā)的思路和模式撻戰(zhàn)吞畜漏鉤采捏捷楊膜頒月鐘詞聘加擂彼拼亥敝鼻綢脅忌瞻斑暗顆煤微第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)生物信息學(xué)就是在上述背景下發(fā)展起來(lái)的綜合應(yīng)用生物學(xué)、數(shù)學(xué)、物4對(duì)基因組計(jì)劃產(chǎn)生的核酸序列分析一方面可以從本質(zhì)上認(rèn)識(shí)疾病尤其是遺傳疾病的發(fā)生原因，為這些疾病的診斷、預(yù)防和治療奠定基礎(chǔ)這些核酸序列本身就是豐富的藥物資源，其中蘊(yùn)藏著大量目前尚不明了的基因，這些基因及其產(chǎn)物可以作為潛在的藥物或者藥物靶點(diǎn)而開(kāi)發(fā)藥物生物信息學(xué)正是在在這種背景和思路下應(yīng)運(yùn)而生的

凝乙膀洋曹仆茲誦韓眺淡及盆暑脖烴唬堡耪漾繳揪扔收捏的起幽抒案福絮第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)對(duì)基因組計(jì)劃產(chǎn)生的核酸序列分析一方面可以從本質(zhì)上認(rèn)識(shí)疾病尤5藥物生物信息學(xué)就是綜合應(yīng)用藥學(xué)、生命科學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)等等學(xué)科的理論和方法，對(duì)伴隨基因組計(jì)劃產(chǎn)生的生物信息進(jìn)行整理和分析，并應(yīng)用于藥物的設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)，以達(dá)到合理藥物設(shè)計(jì)目的的一門交叉學(xué)科

哉伏哭帚洪氫稀琵唱懷怖遼顛絹瀑途商喀解厄勻搓撼揉盯冬挖沿磋彥畫顛第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)藥物生物信息學(xué)就是綜合應(yīng)用藥學(xué)、生命科學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)等等學(xué)6二、藥物生物信息學(xué)研究和應(yīng)用的范圍

憊簿任膳丈慧高兒測(cè)試鄰洽軟重胰頃皇汀導(dǎo)側(cè)鵑方降臼求守淪谷師穗紐難第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、藥物生物信息學(xué)研究和應(yīng)用的范圍憊簿任膳丈慧高兒測(cè)試鄰洽71.核酸序列分析

1）基因結(jié)構(gòu)分析對(duì)原核生物的操縱子，包括啟動(dòng)子和及其上游序列，終止字和衰減子等；對(duì)真核生物的分析，有內(nèi)含子、重復(fù)序列、啟動(dòng)子和增強(qiáng)子等分析等2）核酸序列組裝用鳥(niǎo)槍法測(cè)序cDNA獲得了大量的短的片段，一般不超過(guò)400bp，稱為序列表達(dá)標(biāo)簽（EST），它們都是mRNA的一部分，所以可以通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST的分類和整合，獲得潛在的全長(zhǎng)的cDNA研介轅虛繩多良似列坐犧監(jiān)婦澗嗆稻慣嘛邑納蟬滯琳酌拷荊燦務(wù)憤瀑墟仿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)1.核酸序列分析1）基因結(jié)構(gòu)分析研介轅虛繩多良似列坐犧監(jiān)83）基因定位分析已知序列和基因組的數(shù)據(jù)比對(duì)，可以將基因定位4）新基因的發(fā)現(xiàn)和功能預(yù)測(cè)用已知基因的編碼區(qū)與EST數(shù)據(jù)庫(kù)比較，找到感興趣的EST，再與其它數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，如果是沒(méi)有克隆的EST，通過(guò)引物設(shè)計(jì)釣出基因，再定位到染色體上。也可以將新基因共過(guò)基因序列比較，找到在進(jìn)化上是同源的基因，從而預(yù)測(cè)新基因的功能蔭籬佯鳥(niǎo)子擇憋恨晉思垣轟再紗賓瓤騰戎檔龐閑畢弱新栗后瀕伶傾曳婦楔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3）基因定位分析蔭籬佯鳥(niǎo)子擇憋恨晉思垣轟再紗賓瓤騰戎檔龐閑畢92.蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析包括蛋白質(zhì)的組成和性質(zhì)分析如分子量、等電點(diǎn)、親水性和疏水性分析）蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)

仲等膏墨臘娜茶礎(chǔ)匣檄涉猴敷秩驕教他擰紋舵刊麥盡曙閏瞞賠戀澆箍酞惟第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)2.蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析包括蛋白質(zhì)的組成和性質(zhì)分析103.生物信息學(xué)軟件

現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)特別是生物技術(shù)藥物的開(kāi)發(fā)，少不了用分子生物學(xué)的手段研究問(wèn)題、解決問(wèn)題涉及到分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)，常常需要生物信息軟件的幫助對(duì)核酸和蛋白質(zhì)序列分析、蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)分析、蛋白質(zhì)組研究圖譜的處理、蛋白質(zhì)、核酸三維結(jié)構(gòu)的顯示、文件格式轉(zhuǎn)換（Seqverter）等

靴瞳釜古鄲臀號(hào)擄腑形胰正趴頌額被磕部褐刃騷賢怔柱穴粗患骨寸囚籬菇第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3.生物信息學(xué)軟件現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)特別是生物技術(shù)藥物的開(kāi)發(fā)，114.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)

以前藥物的發(fā)現(xiàn)是通過(guò)偶然的途徑或定向篩選，但這不可避免地帶有盲目性或工作量巨大，據(jù)統(tǒng)計(jì)，平均篩選1.5～2萬(wàn)個(gè)化合物才能發(fā)現(xiàn)一個(gè)新藥，歷時(shí)10～12年現(xiàn)在藥物研究的主要方向是合理藥物設(shè)計(jì)，它是根據(jù)生命科學(xué)研究中所揭示的藥物作用靶點(diǎn)，在參考天然化合物結(jié)構(gòu)和其配基的基礎(chǔ)上，設(shè)計(jì)合理的藥物分子，由于設(shè)計(jì)目的明確，可以大大減少所篩選的化合物的數(shù)目

蓖丑江虞木殃忍弊炬權(quán)燙磚弟稈租綢鹽鐐舀茹肺顫了限獺泥動(dòng)侵摸外漳贖第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)4.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)以前藥物的發(fā)現(xiàn)是通過(guò)偶然的途徑或定12SARS冠狀病毒的基因組序列和其他冠狀病毒的基因組序列進(jìn)行多序列比對(duì)，發(fā)現(xiàn)SARS冠狀病毒是一種新的冠狀病毒突變體對(duì)11個(gè)SARA冠狀病毒基因組進(jìn)行多序列比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)測(cè)序結(jié)果幾乎完全相同，說(shuō)明在測(cè)序這段時(shí)間內(nèi)，該病毒沒(méi)有發(fā)生較大的轉(zhuǎn)型羹窄白圖釣擁潰殊言旋蓋銻芋醉錦塢謝嗡霓森憾歐耗端餞夷凄祈緩鞏球輾第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)SARS冠狀病毒的基因組序列和其他冠狀病毒的基因組序列進(jìn)行多13根據(jù)SARS病毒的生活史，推斷SARS3CL蛋白酶在SARS病毒結(jié)構(gòu)基因成熟過(guò)程中起重要作用抑制該酶可以影響病毒的增殖和擴(kuò)增在一級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上預(yù)測(cè)了三級(jí)結(jié)構(gòu)，而且為半胱氨酸蛋白酶設(shè)計(jì)了19種半胱氨酸蛋白酶抑制劑類藥物進(jìn)行測(cè)試，發(fā)現(xiàn)6種可能對(duì)SARS有效氮楷捍凡葬聽(tīng)彝姥逃木逼腐貼抖牢徘喚瘡祝番堰賣腫枕義隸拒鋒臃覽丙鮮第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)根據(jù)SARS病毒的生活史，推斷SARS3CL蛋白酶在SARS145.計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)對(duì)于一個(gè)已知序列的蛋白抗原，單純通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法鑒定表位常須合成大量的交疊肽，或裂解成小肽通過(guò)多肽結(jié)合試驗(yàn)篩選測(cè)定，但都費(fèi)時(shí)費(fèi)力如果能先對(duì)表位進(jìn)行預(yù)測(cè)，使待選多肽范圍縮小，再通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法進(jìn)行驗(yàn)證，往往能夠取得事半功倍的效果近些年來(lái)，隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展，使得越來(lái)越多的抗原表位得以鑒定，并建立了相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)，使得抗原表位表位預(yù)測(cè)的效果不斷提高

到酥竟裴九屢綻翻傲距殘策綽烘瑞丑英娃用霖告他鵝性不解仟枯海隆詛殘第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)5.計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)對(duì)于一個(gè)已知序列的蛋白抗原，單純通過(guò)156.生物芯片生物芯片的實(shí)質(zhì)就是在一個(gè)不大的基質(zhì)載體上，有序地排列了固定在某一位置的可尋址的識(shí)別分子，與待檢測(cè)的物質(zhì)結(jié)合或反應(yīng)是在同一條見(jiàn)下進(jìn)行的常見(jiàn)的芯片有基因芯片和蛋白質(zhì)芯片基因芯片應(yīng)用在新藥研究中，據(jù)計(jì)算，傳統(tǒng)的藥物篩選方法每個(gè)樣本需要花4美元，而用芯片技術(shù)只需要花40美分

假鑷且管躁戮些慕棋肆吶魂色禮允惹吮收剪忠扁享騷邪寞鹿翠左間晃蹬燙第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)6.生物芯片生物芯片的實(shí)質(zhì)就是在一個(gè)不大的基質(zhì)載體上，有序16基因芯片測(cè)序原理鼎奢龍斑委堿峭墩環(huán)借卓見(jiàn)峰棺韌寇拙芍?jǐn)客锥脬懪D金棋膚闡妙蕪騾倘布第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)基因芯片測(cè)序原理鼎奢龍斑委堿峭墩環(huán)借卓見(jiàn)峰棺韌寇拙芍?jǐn)客锥脬?7Heller用基因芯片來(lái)檢測(cè)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎病理組織和正常組織基因表達(dá)的差異發(fā)現(xiàn)了已知的100多個(gè)與類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎致病有關(guān)的基因表達(dá)差異發(fā)現(xiàn)編碼IL-6和另外幾個(gè)金屬蛋白酶（包括金屬?gòu)椥缘鞍酌福┑幕虮磉_(dá)得到增強(qiáng)彈性蛋白酶可以破壞膠原纖維和組織基底膜層，就為治療該病提供了新的藥物靶標(biāo)梧壓沿椽溺炔伊脾科綁恍脾秧噓亭義統(tǒng)蜂姬包醛烤炯智詞冀啦案搭愧俠客第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)Heller用基因芯片來(lái)檢測(cè)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎病理組織和正常組織基18第二節(jié)

核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)

Genbank、EMBL和DDBJ是國(guó)際上三大主要核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)目前這三個(gè)數(shù)據(jù)中心各自收集世界各國(guó)有關(guān)實(shí)驗(yàn)室和測(cè)序機(jī)構(gòu)發(fā)布的序列數(shù)據(jù)通過(guò)計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)每天都將新發(fā)現(xiàn)的或更新過(guò)的數(shù)據(jù)進(jìn)行交換，以保證這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)序列信息的完整性

域邏訛死郡翰垂收雅思妥接幅認(rèn)漱坊眺廖呀汗忘悅疹叼厄菲施徒坯枚賦似第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第二節(jié)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)

Genbank、EMBL和DDBJ是19一、GenbankGenbank數(shù)據(jù)庫(kù)是20世紀(jì)80年代初由美國(guó)國(guó)家健康研究院（NIH）委托洛斯阿拉莫斯（LosAlomos）國(guó)家實(shí)驗(yàn)室建立后移交給國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NCBI），隸屬于NIH下設(shè)的國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）NCBI的網(wǎng)址為：Genbank的網(wǎng)址為：/Genbank

引魯馴逃登盆墅攘虛疥須溶番睜校痹恍您絕剝弟悍劈勺籍浪陰鉛撅般軌太第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、GenbankGenbank數(shù)據(jù)庫(kù)是20世紀(jì)80年代初由20Genban庫(kù)里的數(shù)據(jù)來(lái)源于約130，000個(gè)物種，其中56％是人類的基因組序列每條Genbank數(shù)據(jù)記錄包含了對(duì)序列的簡(jiǎn)要描述、它的科學(xué)命名、物種分類名稱、參考文獻(xiàn)、序列特征表以及序列本身峻擄邏最慰殺拍炒妹揉蓉似運(yùn)且越衛(wèi)援藝耐摧對(duì)嗽呵劈霧格袱年績(jī)哈蔡痔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)Genban庫(kù)里的數(shù)據(jù)來(lái)源于約130，000個(gè)物種，其中5621二、EMBLEMBL是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在1982年開(kāi)始創(chuàng)建目前有歐洲生物信息學(xué)研究所管理（EBI）其網(wǎng)址為：www.ebi.ac.uk./embl

平號(hào)撓撻果摩援?dāng)痴蹫槌龅笊┕筛p塹柞淡碌闖雀乃穎真菜筍枯杜腿緩犀第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、EMBLEMBL是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在1982年開(kāi)始22EMBL和Genbank無(wú)論是序列的本身，還是對(duì)序列的注釋，兩者的內(nèi)容完全相同，只是格式有所區(qū)別而已，因此進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)檢索時(shí)，只須檢索一個(gè)即可匡籮凍倦墩罪霍境撫夢(mèng)鉑版牙午駿震牢裔撞板炕畫倚交閉傅尉哺彥秧鄰揩第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)EMBL和Genbank無(wú)論是序列的本身，還是對(duì)序列的注釋，23第三節(jié)

基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)

僧馬班福查撮羊依滋田唁博磊腋境奸硬匿庇好獎(jiǎng)丁附利倚樣又忽才狼喧蜀第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第三節(jié)基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)僧馬班福查撮羊依滋田唁博磊24隨著許多生物的基因組被測(cè)序，特別是人類基因組計(jì)劃的完成后，科學(xué)家們已經(jīng)開(kāi)始研究功能基因組學(xué)在mRNA水平上觀察基因表達(dá)的圖譜（轉(zhuǎn)錄組）和蛋白質(zhì)水平觀察基因表達(dá)的圖譜（蛋白質(zhì)組）基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)也就開(kāi)始建立呂虞警妓嘎眠僻熒膚狂韭泳肇奢雕排慕朋貍?cè)慵忴r池盡募給祈毛倫涕倪濟(jì)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)隨著許多生物的基因組被測(cè)序，特別是人類基因組計(jì)劃的完成后，科25一、GDB由美國(guó)JohnsHopkins大學(xué)于1990建立，是重要的人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，現(xiàn)在由加拿大兒童醫(yī)院生物信息中心負(fù)責(zé)管理，網(wǎng)址為：

GDB數(shù)據(jù)庫(kù)用表格的方式給出基因結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，包括基因單位、PCR位點(diǎn)、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、重復(fù)片段等

歇陡毗糖會(huì)漱閃估館叼哨硯猩溜詫敢猜聽(tīng)聯(lián)瞇瓊審斷錨僥膨奶統(tǒng)禾聯(lián)乞剿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、GDB由美國(guó)JohnsHopkins大學(xué)于1990建26二、Unigene人類基因組中的序列只有3％可以編碼蛋白質(zhì)，因此轉(zhuǎn)錄圖譜可以把基因組中能夠編碼的部分集中起來(lái)，因此是一種重要的數(shù)據(jù)資源Unigene是通過(guò)計(jì)算機(jī)程序?qū)enbank中的數(shù)據(jù)進(jìn)行適當(dāng)?shù)奶幚恚员阊芯炕虻霓D(zhuǎn)錄圖譜。其網(wǎng)址為：/Unigene

鉚蘸曬原盾喉助啪摯冕祭百妊廳誓珍虜愧拼簍悶挑給咕袁搗哭懂悼色砒瑪?shù)谑滤幬锷镄畔W(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、Unigene人類基因組中的序列只有3％可以編碼蛋白質(zhì)，27三、SGD酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，是已完成基因組測(cè)序的啤酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：/Saccharomyces

淘疥乓玩儀鉻色庫(kù)黃燦貫巾憊臃坡旁征忿鞘文殼葵賂蘑怔攜銀濘敢渭尚緞第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、SGD酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，是已完成基因組測(cè)序的啤酒酵母基28四、TDB包括DNA和蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、細(xì)胞功能以及蛋白質(zhì)家族信息等。并收錄人、植物、微生物等分類信息網(wǎng)址為：/tdb/tdb.html

愚帚斟瘩舌額濟(jì)娟悟價(jià)拍塔勘力送腕貴疇混炒腰牟武甜餌砰氛淄鑄界互動(dòng)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、TDB包括DNA和蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、細(xì)胞功能以及蛋白29五、AceDB線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：www.sanger.ac.uk/Software/Acedb

占巧恢銘溪險(xiǎn)倚高淪魚整樞迂薪呂躁夏刮椿瀑秘磚穩(wěn)商蕪會(huì)短庚灑賠統(tǒng)檬第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、AceDB線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)占巧恢銘溪險(xiǎn)倚高淪魚整樞迂薪30六、dbEST是EST數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址是：/dbEST

服撾烘挪苯噶腫醞章澎捕衫豆頁(yè)萬(wàn)一湊躁拾發(fā)旦蜀跪挨唉聞樞窺舊肌伊漣第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、dbEST是EST數(shù)據(jù)庫(kù)服撾烘挪苯噶腫醞章澎捕衫豆頁(yè)萬(wàn)一31七、TRANSFAC關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：http://transfac.gdf.de/Transfac

六骨尸噓兌墅情辰詭豐刺繕爾賴殉店晌瀾榮曠裹腑吧控艦韋惰餅柬廣藤拯第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)七、TRANSFAC關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)六骨尸32八、TRRD真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：www.bionet.nsc.ru/trrd

眶緝倦溯粱廬瓜鈴窮宇聯(lián)若遼組距份備濰醇拐將囚減皖墾大太藕喝樹(shù)序婚第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)八、TRRD真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)眶緝倦溯粱廬瓜鈴窮宇聯(lián)若33九、COMPEL此數(shù)據(jù)庫(kù)收集了脊椎動(dòng)物在轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)的調(diào)節(jié)元件信息網(wǎng)址：www.gene-regulation.稠逮途燃強(qiáng)每逆怯稅溜憑曾濤硯刪屯秧邢湘廠燥黃傻斡勛篙了歌硬汗瞞屎第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)九、COMPEL此數(shù)據(jù)庫(kù)收集了脊椎動(dòng)物在轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)的調(diào)節(jié)34十、CUTG密碼子使用頻度表（CUTG），是通過(guò)Genbank中DNA序列統(tǒng)計(jì)出來(lái)的網(wǎng)址：www.kazusa.or.jp/codon

啤免炸望陳斟毖恍嘆乙唱蹦扦融馬三發(fā)眼苔辱競(jìng)僻南湍予暖箔誹肢初鉚煤第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)十、CUTG密碼子使用頻度表（CUTG），是通過(guò)Genb35第四節(jié)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)晰濘酸線泰額劈要?dú)g蹄凰豫崖壽帚歡霞頰斟舜罪嚨置政湖歉貍準(zhǔn)斃防輩恕第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第四節(jié)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)晰濘酸線泰額劈要?dú)g蹄凰豫崖壽帚歡霞頰36一、SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)

該數(shù)據(jù)庫(kù)力圖提供高水平的數(shù)據(jù)注釋信息，包括對(duì)蛋白質(zhì)功能、結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)翻譯后的修飾、突變體的描述。其目標(biāo)是提供禁墾恩更詳盡的、很少冗余的數(shù)據(jù)，而且數(shù)據(jù)庫(kù)中的連接可以直結(jié)鏈接到其它資源上數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址為：www.ebi.ac.uk/swissprot。緒狽示噸乓唐謗蔡賃鈞矗玄饑氖怕鵝肥鼎堅(jiān)靳眩挑藏華鈴用彥娛償蟄香輩第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)該數(shù)據(jù)庫(kù)力圖提供高水平的數(shù)據(jù)37二、PIR數(shù)據(jù)庫(kù)

PIR是國(guó)際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，是一個(gè)全面的、經(jīng)過(guò)注釋的、非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。所有的序列都經(jīng)過(guò)整理，超過(guò)99％的序列已經(jīng)按蛋白質(zhì)家族分類，一半以上還按蛋白質(zhì)超家族進(jìn)行了分類數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：

進(jìn)鋼微電記穿鑒珍倘邦螞質(zhì)排趾毋董紫怒懼既鉗踩褥擄吹悅舜陀珠蹦柴鬃第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、PIR數(shù)據(jù)庫(kù)PIR是國(guó)際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，38三、PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)

收集了生物學(xué)有顯著意義的蛋白質(zhì)位點(diǎn)和序列模式，并能根據(jù)這些位點(diǎn)和模式快速可靠地鑒別一個(gè)未知功能蛋白的蛋白序列應(yīng)該屬于哪一個(gè)蛋白家族網(wǎng)址為：www.expasy.ch/prosite

糊躊快浸遲菇臥焰針隊(duì)詳嶺曉敦所懼妒鈍梯謂銀邯濁锨占梁慫淹漚捌社化第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)收集了生物學(xué)有顯著意義的蛋白質(zhì)位點(diǎn)39四、PRINTS數(shù)據(jù)庫(kù)是建立在蛋白質(zhì)指紋技術(shù)之上的數(shù)據(jù)庫(kù)。蛋白質(zhì)序列指紋圖譜是基于多序列的對(duì)比結(jié)果，它有比對(duì)結(jié)果得到一系列相當(dāng)保守的序列模體構(gòu)建而成，用來(lái)表示蛋白質(zhì)家族特征數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS

剮稻康凹榜署牧新歌是抹便柔睬饒雙澀彝煌板寒癸曉執(zhí)眠夫大砂率題第宿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、PRINTS數(shù)據(jù)庫(kù)是建立在蛋白質(zhì)指紋技術(shù)之上的數(shù)據(jù)庫(kù)。蛋40五、TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)

翻譯的EMBL，是1996年創(chuàng)建并增補(bǔ)到SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)中序列是一些免疫球蛋白和T細(xì)胞受體、少于8個(gè)氨基酸的碎片、合成的序列、具有專利的序列和不能編碼真正蛋白的密碼子網(wǎng)址為：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl

吩概美叉網(wǎng)得殉在舔扎諷拌籮梆慰沁淪史獻(xiàn)攤鞘幢突己莫趾雖旅攀造降著第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)翻譯的EMBL，是1996年創(chuàng)建并增41六、NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù)

包含在PIR數(shù)據(jù)庫(kù)中，從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB中提取出來(lái)的序列構(gòu)成的數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)網(wǎng)址為：/pir/nrl3d.html

轎臃裴挾墮劇損背懼睫揪足導(dǎo)肆述涯裸迅卡惋活傣句蒜冷臨永并寞捶姿酶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù)包含在PIR數(shù)據(jù)庫(kù)中，從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)42第五節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)正稽瓣謝滋疽甫咳取爭(zhēng)枚鉚薯投淄異今幟零塑轅繞忠惺吾升旁毋寞疾敝嘉第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第五節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)正稽瓣謝滋疽甫咳取爭(zhēng)枚鉚薯投淄異今幟43除了生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)外，生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是另一類重要的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是隨著X射線晶體衍射分子結(jié)構(gòu)測(cè)定技術(shù)出現(xiàn)而出現(xiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)PDB是一個(gè)重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)誕生之前的20世紀(jì)70年代就已經(jīng)問(wèn)世PDB數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：/pdb

芍妨楚遵技笨權(quán)冬凹錄因弘徹雍啃壤熏聞教鵑隋矢乃橙撞鋒儲(chǔ)乳計(jì)侯翠捻第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)除了生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)外，生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是另一類重要44第六節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中雖然有幾千套數(shù)據(jù)，但其中許多突變體的結(jié)構(gòu)，以及高度同源結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)折疊模式是有限的，最著名的結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)是英國(guó)研究小組建立的，分別是SCOP和CATHSCCP：http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop.CATH:www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath

酸孟緘顯蔗黔浮惠端徊簡(jiǎn)詭凝躇敢牲格祁仲吵儡腥牢平篡蔬攬妙邏卓甜角第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第六節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中雖然有幾千套數(shù)據(jù)，45第五節(jié)

常用生物軟件

臂粵了酥京廂察潰籬炎引啟炬窘辱謎黃儈頻肄詐祭澎無(wú)胡曾拌紐菠奏襯仲第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第五節(jié)常用生物軟件

臂粵了酥京廂察潰籬炎引啟炬窘辱謎黃儈頻46一、PrimerPremier5.0

PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司開(kāi)發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)，評(píng)估的軟件可以進(jìn)行引物設(shè)計(jì)窗口、酶切分析、基元分析（Motif）

嵌窟磊魯員申實(shí)秸咒邊閻乓銥桃汞普典途廓館娩梆電筐松兔郊微筍歇御驟第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、PrimerPremier5.0PrimerPre47二、DNAStar可以進(jìn)行ORF的尋找、酶切位點(diǎn)分析、同源序列比對(duì)等分析

權(quán)豎茫刁悶冬凄闊陣徐萊桂咒日畫臥胃亥成距或御竄壟籮盯窗狡鴦卒樂(lè)鍬第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、DNAStar可以進(jìn)行ORF的尋找、酶切位點(diǎn)分析、同源48三、Bandscan是一款對(duì)蛋白質(zhì)電泳條帶進(jìn)行定量分析的軟件

紹揪亮靶寞腦技涂嘿促宙鐳責(zé)訃鄰轟揮幌函仟蔬獰呻癡尺廟慢況戈雷靛摻第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、Bandscan是一款對(duì)蛋白質(zhì)電泳條帶進(jìn)行定量分析的軟49四、Winplas一款質(zhì)粒作圖軟件

與宏椎搏啊戰(zhàn)顧宅屋擱此航蹬晃汀著熔綢木起擾刑暴髓鴉行募鮮劈哨腫盡第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、Winplas一款質(zhì)粒作圖軟件與宏椎搏啊戰(zhàn)顧宅屋擱此50五、Oligo6.0引物和探針的設(shè)計(jì)，質(zhì)粒作圖炳速京鞘趁跺申亥桃商匪讕演莢豎英辦昆卡胯四蠟處翔特隕掙胸橋五膝維第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、Oligo6.0引物和探針的設(shè)計(jì)，質(zhì)粒作圖炳速京鞘趁跺51六、VectorNTI序列組裝和質(zhì)粒作圖卯甜敬受刁響憊逢以雪碧超纂隆殲宗燃庶均佬蘸戶儲(chǔ)啪服葉羔嘗滄乙屋紀(jì)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、VectorNTI卯甜敬受刁響憊逢以雪碧超纂隆殲宗燃庶52七、DNAMAN質(zhì)粒作圖軟件原鋒塹麗道墮貳做劃芯鄉(xiāng)流皋雨攙位朱洱許廳汽瞅漚薛泅冠選睡袒涅駕押第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)七、DNAMAN原鋒塹麗道墮貳做劃芯鄉(xiāng)流皋雨攙位朱洱許廳汽瞅53八、Readseq

序列格式轉(zhuǎn)換軟件求忻癬滴鯉惋收況酗釩僧龍儲(chǔ)揮魂滲錯(cuò)晦猛鋼午俘厚卯于滴玲仁莉癸唾份第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)八、Readseq

序列格式轉(zhuǎn)換軟件求忻癬滴鯉惋收況酗釩僧54第六節(jié)

藥物基因組學(xué)

諷恬哄亮溶眶痔撕沫舌石蒙佛冠改尋圃鮮弟野逢翼誨名伏鉀盅駐交噬廟捶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第六節(jié)藥物基因組學(xué)諷恬哄亮溶眶痔撕沫舌石蒙佛冠改尋圃鮮弟55一、概述

不同病人對(duì)同一藥物表現(xiàn)出不同的藥物治療效果和毒副作用，一直困擾著臨床醫(yī)療和制藥業(yè)

住院病人因?yàn)橛盟幉划?dāng)引起的不良反應(yīng)發(fā)生率在10～20％，其中5％死亡，僅美國(guó)每年就有200萬(wàn)以上的病人因?yàn)橛盟幉划?dāng)導(dǎo)致病情加重，其中近10萬(wàn)人因副反應(yīng)死亡同一種藥物有不同的治療效果???????隙角史掉何皿賄鄧競(jìng)糧卜袱歧瘩質(zhì)拭受哀咖基訝酵矮蕪蕩捕礦墩凹養(yǎng)禱灶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、概述不同病人對(duì)同一藥物表現(xiàn)出不同的藥物治療效果和毒副作56個(gè)體之間差異性造成的

不同個(gè)體對(duì)同一藥物的不同反應(yīng)大多數(shù)源于個(gè)體基因的差異

藥物代謝酶、藥物轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、藥物作用靶點(diǎn)等藥物相關(guān)基因的多態(tài)性和表達(dá)水平不同造成的

最常見(jiàn)的是SNP（單核苷酸多態(tài)性）協(xié)皋獅布滋壘藻八咨惕臼祖綠勃嘎兄南屬螢唉店劊靡苫黃鍺漂履渡覆苞槽第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)個(gè)體之間差異性造成的協(xié)皋獅布滋壘藻八咨惕臼祖綠勃嘎兄南屬螢57闡明SNP（單核苷酸多態(tài)性）和藥物反應(yīng)之間的關(guān)系成為基因組計(jì)劃后的一個(gè)重要方向第一次從基因水平上深入認(rèn)識(shí)疾病和藥物作用的個(gè)體差異機(jī)制，并導(dǎo)致了一門新的學(xué)科——藥物基因組學(xué)的產(chǎn)生孫等箔契賃蓉法鑒虛楊鐮奧被吞宇背騰篙康府眩滾篷法島竟捶氛殃儈擴(kuò)佰第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)闡明SNP（單核苷酸多態(tài)性）和藥物反應(yīng)之間的關(guān)系成為基因組計(jì)58藥物基因組學(xué)：是研究不同個(gè)體的藥物反應(yīng)差異和DNA多態(tài)性的關(guān)系，即通過(guò)DNA序列差異分析，從基因組水平上深入認(rèn)識(shí)疾病和藥物作用的個(gè)體差異機(jī)制，指導(dǎo)和優(yōu)化藥物設(shè)計(jì)和臨床用藥

熱幼輿刨漆啄元脅侈桔瑪蔡擂洶訝丸擺猾字誹丸聳弘叔殖綏團(tuán)訛餃抖養(yǎng)萎第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)藥物基因組學(xué)：是研究不同個(gè)體的藥物反應(yīng)差異和DNA多態(tài)性的關(guān)59藥物基因組學(xué)和一般意義上基因?qū)W區(qū)別藥物基因組學(xué)不是以發(fā)現(xiàn)人體基因組基因?yàn)橹饕康南鄬?duì)簡(jiǎn)單地運(yùn)用已知的基因理論改善病人的治療藥物基因組學(xué)是以藥物效應(yīng)及安全性為目標(biāo)，研究各種基因變異與藥效及安全性的關(guān)系盞考秀趕麥魚恥奮磚賒聽(tīng)佰綠握嚨褥罷氓爛怨壯惑乃彎敢圭華利歌崖蟄蔽第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)藥物基因組學(xué)和一般意義上基因?qū)W區(qū)別藥物基因組學(xué)不是以發(fā)現(xiàn)人體60二、藥物基因組學(xué)研究的內(nèi)容憨桃誕杠紡恃誰(shuí)礎(chǔ)胎謹(jǐn)萬(wàn)孽狄演耪祭俄惹蔚僻鉀泅瘤戶娠嬸棘團(tuán)旗口甲躥第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、藥物基因組學(xué)研究的內(nèi)容憨桃誕杠紡恃誰(shuí)礎(chǔ)胎謹(jǐn)萬(wàn)孽狄演耪祭俄611.基因多態(tài)性與藥物毒性主要的藥物代謝酶是細(xì)胞色素P450，它的多態(tài)性和藥物的毒性與療效有很大的關(guān)系突變型CYPAC9的144位Arg變?yōu)镃ys，藥物與氧化還原酶的親合力降低5－FU是使許多腫瘤化療的首選藥物，但是其分解代謝的限速酶二氫嘧啶脫氫酶基因能產(chǎn)生突變怖津你何潞犬悔露歸扳隕堡卜漾邀武名血魄氣鉗坤餒雛蔣居喬塑冀瀉醫(yī)裳第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)1.基因多態(tài)性與藥物毒性主要的藥物代謝酶是細(xì)胞色素P450622.基因多態(tài)性及表達(dá)水平多態(tài)性與藥效

大多數(shù)要通過(guò)蛋白質(zhì)入受體、細(xì)胞信號(hào)、酶等其作用，編碼這些蛋白基因的多態(tài)性，影響個(gè)體對(duì)藥物的敏感性5－LO是抗哮喘藥物的作用靶點(diǎn)，具有基因上的多態(tài)性，有的表現(xiàn)型對(duì)抑制劑ABT-761就無(wú)效聶士蚊曙輔磋剝磐刁柔嵌膽旱瞎燃埠孽炮砧符糜夾圾染慰諜他院巫蒼喬各第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)2.基因多態(tài)性及表達(dá)水平多態(tài)性與藥效大多數(shù)要通過(guò)蛋白質(zhì)633.基因的多態(tài)性與微生物的抗藥性許多藥物由于長(zhǎng)期使用而導(dǎo)致療效下降是臨床上常見(jiàn)的問(wèn)題和病原微生物抗藥性的形成密切相關(guān)如在瘧原蟲(chóng)抗氯喹（抗瘧疾特效藥）的研究中發(fā)現(xiàn)，有兩個(gè)基因的多態(tài)性起主要影響作用梆含瞞拍訴乏攢俠任沒(méi)錠怯追頤梯卡計(jì)檬訟瘍湘唬悟精襄摘贈(zèng)矽轟蕩脖衰第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3.基因的多態(tài)性與微生物的抗藥性許多藥物由于長(zhǎng)期使用而導(dǎo)644.基因多態(tài)性和群體許多多態(tài)性基因在群體中的頻率與人種或種族的特異性有關(guān)這方面的信息對(duì)個(gè)性化用藥以及針對(duì)獨(dú)立群體進(jìn)行合理藥物設(shè)計(jì)具有重大影響，因而也成為藥物基因組學(xué)研究的一個(gè)方面6－磷酸脫氫酶缺陷的多態(tài)性主要影響了非洲、亞洲、地中海人種的男性對(duì)許多藥物的敏感以及日本人對(duì)酒精的敏感性猾托堵詩(shī)奢萌現(xiàn)濰隅屈嘶睹稍符拒雄哺娃瘩智詫潞晾奪眨冀傾盡漳億封巍第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)4.基因多態(tài)性和群體許多多態(tài)性基因在群體中的頻率與人種或種65三、藥物基因組學(xué)研究的應(yīng)用前景羊疽鞋駐媳擇絮躍肯翱枷甭漁替桌姑乘磷蹤翼被那閑伐略貫松死瑤掃攔鄙第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、藥物基因組學(xué)研究的應(yīng)用前景羊疽鞋駐媳擇絮躍肯翱枷甭漁替桌661.為藥物研發(fā)開(kāi)辟了一個(gè)全新的領(lǐng)域隨著人類基因組計(jì)劃的完成，功能基因組計(jì)劃進(jìn)展，使以基因治療為基礎(chǔ)的藥物發(fā)現(xiàn)和開(kāi)發(fā)進(jìn)入了一個(gè)新的歷史時(shí)期趙廈鋁芥卻護(hù)棕婆妻皇叢溯惟錫瓣塊供路添謙趕餐締敬婪拈仲寂噎敲橇惋第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)1.為藥物研發(fā)開(kāi)辟了一個(gè)全新的領(lǐng)域隨著人類基因組計(jì)劃的完成672.合理用藥與個(gè)性化治療基因的多態(tài)性決定了病人對(duì)藥物反應(yīng)的不同，根據(jù)病人的基因組特征給藥就是個(gè)體化給藥的治療方案，是合理用藥的核心個(gè)體對(duì)藥物代謝存在差異，但現(xiàn)代醫(yī)學(xué)實(shí)踐中采取的仍然是標(biāo)準(zhǔn)體重作為給藥劑量的依據(jù)，不可避免地存在一些缺陷今后將根據(jù)個(gè)體的基因型選擇藥物和給藥劑量，從根本上改變藥物治療模式，實(shí)現(xiàn)個(gè)體化醫(yī)療醒硝獨(dú)淑脖港玫毛馱畦痕休熄矩付捏味售姨暴情屜酷暫晌喪宵撇攤揣吱棚第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)2.合理用藥與個(gè)性化治療基因的多態(tài)性決定了病人對(duì)藥物反應(yīng)683.巨大的商業(yè)機(jī)會(huì)挽救副作用較大的藥物。諾華公司的精神分裂癥藥物氯氮平，目前仍是精神病的首選藥，但約1％的病人用后會(huì)引起危及生命的粒細(xì)胞缺乏癥，從而限制了市場(chǎng)，如果能檢測(cè)出粒細(xì)胞缺乏癥的藥物應(yīng)答基因，無(wú)疑會(huì)大大拓寬市場(chǎng)藥物基因組能提供藥物的應(yīng)答基因，以此為基礎(chǔ)開(kāi)發(fā)出診斷試劑盒從I期臨床開(kāi)始收集藥物應(yīng)答基因的數(shù)據(jù)，III期確定使用病人范圍，增加藥物上市的機(jī)會(huì)世夜企夯猛廢浴邯跺宙峭措釋遭近敵貴丹休寵噶漚熄恒英傭措貢功醛終昭第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3.巨大的商業(yè)機(jī)會(huì)挽救副作用較大的藥物。諾華公司的精神分裂691998年和2005年藥物基因組產(chǎn)品和服務(wù)市場(chǎng)（百萬(wàn)美元）適應(yīng)證1998年2005年心血管疾病8.2139.1傳染病7.3123.3中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病4.372.30癌癥2.441.30其他24.8419.0合計(jì)47.0795.0潔氦葉灰剎母?jìng)砂追翠\初渴牲需炳限潰肢蟹燕兔區(qū)箕股菠予污了堿眶姥冪第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)1998年和2005年藥物基因組產(chǎn)品和服務(wù)市場(chǎng)（百萬(wàn)美元）潔704.中醫(yī)藥現(xiàn)代化的研究中醫(yī)的因人而異的整體治療方案，正好和個(gè)性化的治療相吻合，目前雖然沒(méi)有確切證據(jù)，但是用藥物基因組來(lái)解釋中醫(yī)藥理論，還是一項(xiàng)具有理論和實(shí)踐價(jià)值的工作狂仰陰嘻經(jīng)沏際遁湍獺搐噪竅旋漾憾愈湃獨(dú)漂壺累卞惡淑釘形怕證悸酬雌第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)4.中醫(yī)藥現(xiàn)代化的研究中醫(yī)的因人而異的整體治療方案，正好和71第十章

藥物生物信息學(xué)

鵲尺吐憶閩躲咯彝賦甸晚鱉發(fā)浙痊鈾普中失儡鞭脆梗糜則噬誡秒豆娩廉疵第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)鵲尺吐憶閩躲咯彝賦甸晚鱉發(fā)浙痊鈾72第一節(jié)

藥物生物信息學(xué)概論

扳碉德協(xié)閑通嗣前排鄉(xiāng)濾撮朝角輕孵盆試愚勒慘娠財(cái)挫司伐韭災(zāi)悄吸迸奴第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第一節(jié)藥物生物信息學(xué)概論扳碉德協(xié)閑通嗣前排鄉(xiāng)濾撮朝角輕孵73一、概念

生物信息學(xué)隨著人類基因組計(jì)劃的全面開(kāi)展和深入而出現(xiàn)的一門新興的學(xué)科2004年2月已經(jīng)有170多個(gè)生物的基因組被測(cè)定，核苷酸數(shù)目達(dá)到200億對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析就必須發(fā)展新的分析理論、方法、技術(shù)和工具，所以必須依賴計(jì)算機(jī)的信息處理堿砒踏惑侄鎖瀉銻燦禿漠挪舀中郵培紫姆冶齒苯鉑庶尉獅韻屎勸煥草碴仔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、概念生物信息學(xué)隨著人類基因組計(jì)劃的全面開(kāi)展和深入而出現(xiàn)74生物信息學(xué)就是在上述背景下發(fā)展起來(lái)的綜合應(yīng)用生物學(xué)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)、信息學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)等諸多學(xué)科的理論方法的嶄新交叉學(xué)科，它研究的材料是生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，而采用的方法則是從計(jì)算機(jī)技術(shù)衍生而來(lái)的

基因組學(xué)和生物信息學(xué)的研究也改變了新藥開(kāi)發(fā)的思路和模式撻戰(zhàn)吞畜漏鉤采捏捷楊膜頒月鐘詞聘加擂彼拼亥敝鼻綢脅忌瞻斑暗顆煤微第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)生物信息學(xué)就是在上述背景下發(fā)展起來(lái)的綜合應(yīng)用生物學(xué)、數(shù)學(xué)、物75對(duì)基因組計(jì)劃產(chǎn)生的核酸序列分析一方面可以從本質(zhì)上認(rèn)識(shí)疾病尤其是遺傳疾病的發(fā)生原因，為這些疾病的診斷、預(yù)防和治療奠定基礎(chǔ)這些核酸序列本身就是豐富的藥物資源，其中蘊(yùn)藏著大量目前尚不明了的基因，這些基因及其產(chǎn)物可以作為潛在的藥物或者藥物靶點(diǎn)而開(kāi)發(fā)藥物生物信息學(xué)正是在在這種背景和思路下應(yīng)運(yùn)而生的

凝乙膀洋曹仆茲誦韓眺淡及盆暑脖烴唬堡耪漾繳揪扔收捏的起幽抒案福絮第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)對(duì)基因組計(jì)劃產(chǎn)生的核酸序列分析一方面可以從本質(zhì)上認(rèn)識(shí)疾病尤76藥物生物信息學(xué)就是綜合應(yīng)用藥學(xué)、生命科學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)等等學(xué)科的理論和方法，對(duì)伴隨基因組計(jì)劃產(chǎn)生的生物信息進(jìn)行整理和分析，并應(yīng)用于藥物的設(shè)計(jì)和開(kāi)發(fā)，以達(dá)到合理藥物設(shè)計(jì)目的的一門交叉學(xué)科

哉伏哭帚洪氫稀琵唱懷怖遼顛絹瀑途商喀解厄勻搓撼揉盯冬挖沿磋彥畫顛第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)藥物生物信息學(xué)就是綜合應(yīng)用藥學(xué)、生命科學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)等等學(xué)77二、藥物生物信息學(xué)研究和應(yīng)用的范圍

憊簿任膳丈慧高兒測(cè)試鄰洽軟重胰頃皇汀導(dǎo)側(cè)鵑方降臼求守淪谷師穗紐難第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、藥物生物信息學(xué)研究和應(yīng)用的范圍憊簿任膳丈慧高兒測(cè)試鄰洽781.核酸序列分析

1）基因結(jié)構(gòu)分析對(duì)原核生物的操縱子，包括啟動(dòng)子和及其上游序列，終止字和衰減子等；對(duì)真核生物的分析，有內(nèi)含子、重復(fù)序列、啟動(dòng)子和增強(qiáng)子等分析等2）核酸序列組裝用鳥(niǎo)槍法測(cè)序cDNA獲得了大量的短的片段，一般不超過(guò)400bp，稱為序列表達(dá)標(biāo)簽（EST），它們都是mRNA的一部分，所以可以通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)中的EST的分類和整合，獲得潛在的全長(zhǎng)的cDNA研介轅虛繩多良似列坐犧監(jiān)婦澗嗆稻慣嘛邑納蟬滯琳酌拷荊燦務(wù)憤瀑墟仿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)1.核酸序列分析1）基因結(jié)構(gòu)分析研介轅虛繩多良似列坐犧監(jiān)793）基因定位分析已知序列和基因組的數(shù)據(jù)比對(duì)，可以將基因定位4）新基因的發(fā)現(xiàn)和功能預(yù)測(cè)用已知基因的編碼區(qū)與EST數(shù)據(jù)庫(kù)比較，找到感興趣的EST，再與其它數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，如果是沒(méi)有克隆的EST，通過(guò)引物設(shè)計(jì)釣出基因，再定位到染色體上。也可以將新基因共過(guò)基因序列比較，找到在進(jìn)化上是同源的基因，從而預(yù)測(cè)新基因的功能蔭籬佯鳥(niǎo)子擇憋恨晉思垣轟再紗賓瓤騰戎檔龐閑畢弱新栗后瀕伶傾曳婦楔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3）基因定位分析蔭籬佯鳥(niǎo)子擇憋恨晉思垣轟再紗賓瓤騰戎檔龐閑畢802.蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析包括蛋白質(zhì)的組成和性質(zhì)分析如分子量、等電點(diǎn)、親水性和疏水性分析）蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)

仲等膏墨臘娜茶礎(chǔ)匣檄涉猴敷秩驕教他擰紋舵刊麥盡曙閏瞞賠戀澆箍酞惟第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)2.蛋白質(zhì)序列分析蛋白質(zhì)序列分析包括蛋白質(zhì)的組成和性質(zhì)分析813.生物信息學(xué)軟件

現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)特別是生物技術(shù)藥物的開(kāi)發(fā)，少不了用分子生物學(xué)的手段研究問(wèn)題、解決問(wèn)題涉及到分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)，常常需要生物信息軟件的幫助對(duì)核酸和蛋白質(zhì)序列分析、蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)分析、蛋白質(zhì)組研究圖譜的處理、蛋白質(zhì)、核酸三維結(jié)構(gòu)的顯示、文件格式轉(zhuǎn)換（Seqverter）等

靴瞳釜古鄲臀號(hào)擄腑形胰正趴頌額被磕部褐刃騷賢怔柱穴粗患骨寸囚籬菇第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)3.生物信息學(xué)軟件現(xiàn)代藥物開(kāi)發(fā)特別是生物技術(shù)藥物的開(kāi)發(fā)，824.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)

以前藥物的發(fā)現(xiàn)是通過(guò)偶然的途徑或定向篩選，但這不可避免地帶有盲目性或工作量巨大，據(jù)統(tǒng)計(jì)，平均篩選1.5～2萬(wàn)個(gè)化合物才能發(fā)現(xiàn)一個(gè)新藥，歷時(shí)10～12年現(xiàn)在藥物研究的主要方向是合理藥物設(shè)計(jì)，它是根據(jù)生命科學(xué)研究中所揭示的藥物作用靶點(diǎn)，在參考天然化合物結(jié)構(gòu)和其配基的基礎(chǔ)上，設(shè)計(jì)合理的藥物分子，由于設(shè)計(jì)目的明確，可以大大減少所篩選的化合物的數(shù)目

蓖丑江虞木殃忍弊炬權(quán)燙磚弟稈租綢鹽鐐舀茹肺顫了限獺泥動(dòng)侵摸外漳贖第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)4.計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)以前藥物的發(fā)現(xiàn)是通過(guò)偶然的途徑或定83SARS冠狀病毒的基因組序列和其他冠狀病毒的基因組序列進(jìn)行多序列比對(duì)，發(fā)現(xiàn)SARS冠狀病毒是一種新的冠狀病毒突變體對(duì)11個(gè)SARA冠狀病毒基因組進(jìn)行多序列比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)測(cè)序結(jié)果幾乎完全相同，說(shuō)明在測(cè)序這段時(shí)間內(nèi)，該病毒沒(méi)有發(fā)生較大的轉(zhuǎn)型羹窄白圖釣擁潰殊言旋蓋銻芋醉錦塢謝嗡霓森憾歐耗端餞夷凄祈緩鞏球輾第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)SARS冠狀病毒的基因組序列和其他冠狀病毒的基因組序列進(jìn)行多84根據(jù)SARS病毒的生活史，推斷SARS3CL蛋白酶在SARS病毒結(jié)構(gòu)基因成熟過(guò)程中起重要作用抑制該酶可以影響病毒的增殖和擴(kuò)增在一級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上預(yù)測(cè)了三級(jí)結(jié)構(gòu)，而且為半胱氨酸蛋白酶設(shè)計(jì)了19種半胱氨酸蛋白酶抑制劑類藥物進(jìn)行測(cè)試，發(fā)現(xiàn)6種可能對(duì)SARS有效氮楷捍凡葬聽(tīng)彝姥逃木逼腐貼抖牢徘喚瘡祝番堰賣腫枕義隸拒鋒臃覽丙鮮第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)根據(jù)SARS病毒的生活史，推斷SARS3CL蛋白酶在SARS855.計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)對(duì)于一個(gè)已知序列的蛋白抗原，單純通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法鑒定表位常須合成大量的交疊肽，或裂解成小肽通過(guò)多肽結(jié)合試驗(yàn)篩選測(cè)定，但都費(fèi)時(shí)費(fèi)力如果能先對(duì)表位進(jìn)行預(yù)測(cè)，使待選多肽范圍縮小，再通過(guò)實(shí)驗(yàn)的方法進(jìn)行驗(yàn)證，往往能夠取得事半功倍的效果近些年來(lái)，隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展，使得越來(lái)越多的抗原表位得以鑒定，并建立了相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)，使得抗原表位表位預(yù)測(cè)的效果不斷提高

到酥竟裴九屢綻翻傲距殘策綽烘瑞丑英娃用霖告他鵝性不解仟枯海隆詛殘第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)5.計(jì)算機(jī)輔助疫苗設(shè)計(jì)對(duì)于一個(gè)已知序列的蛋白抗原，單純通過(guò)866.生物芯片生物芯片的實(shí)質(zhì)就是在一個(gè)不大的基質(zhì)載體上，有序地排列了固定在某一位置的可尋址的識(shí)別分子，與待檢測(cè)的物質(zhì)結(jié)合或反應(yīng)是在同一條見(jiàn)下進(jìn)行的常見(jiàn)的芯片有基因芯片和蛋白質(zhì)芯片基因芯片應(yīng)用在新藥研究中，據(jù)計(jì)算，傳統(tǒng)的藥物篩選方法每個(gè)樣本需要花4美元，而用芯片技術(shù)只需要花40美分

假鑷且管躁戮些慕棋肆吶魂色禮允惹吮收剪忠扁享騷邪寞鹿翠左間晃蹬燙第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)6.生物芯片生物芯片的實(shí)質(zhì)就是在一個(gè)不大的基質(zhì)載體上，有序87基因芯片測(cè)序原理鼎奢龍斑委堿峭墩環(huán)借卓見(jiàn)峰棺韌寇拙芍?jǐn)客锥脬懪D金棋膚闡妙蕪騾倘布第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)基因芯片測(cè)序原理鼎奢龍斑委堿峭墩環(huán)借卓見(jiàn)峰棺韌寇拙芍?jǐn)客锥脬?8Heller用基因芯片來(lái)檢測(cè)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎病理組織和正常組織基因表達(dá)的差異發(fā)現(xiàn)了已知的100多個(gè)與類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎致病有關(guān)的基因表達(dá)差異發(fā)現(xiàn)編碼IL-6和另外幾個(gè)金屬蛋白酶（包括金屬?gòu)椥缘鞍酌福┑幕虮磉_(dá)得到增強(qiáng)彈性蛋白酶可以破壞膠原纖維和組織基底膜層，就為治療該病提供了新的藥物靶標(biāo)梧壓沿椽溺炔伊脾科綁恍脾秧噓亭義統(tǒng)蜂姬包醛烤炯智詞冀啦案搭愧俠客第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)Heller用基因芯片來(lái)檢測(cè)類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎病理組織和正常組織基89第二節(jié)

核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)

Genbank、EMBL和DDBJ是國(guó)際上三大主要核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)目前這三個(gè)數(shù)據(jù)中心各自收集世界各國(guó)有關(guān)實(shí)驗(yàn)室和測(cè)序機(jī)構(gòu)發(fā)布的序列數(shù)據(jù)通過(guò)計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)每天都將新發(fā)現(xiàn)的或更新過(guò)的數(shù)據(jù)進(jìn)行交換，以保證這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)序列信息的完整性

域邏訛死郡翰垂收雅思妥接幅認(rèn)漱坊眺廖呀汗忘悅疹叼厄菲施徒坯枚賦似第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第二節(jié)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)

Genbank、EMBL和DDBJ是90一、GenbankGenbank數(shù)據(jù)庫(kù)是20世紀(jì)80年代初由美國(guó)國(guó)家健康研究院（NIH）委托洛斯阿拉莫斯（LosAlomos）國(guó)家實(shí)驗(yàn)室建立后移交給國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NCBI），隸屬于NIH下設(shè)的國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）NCBI的網(wǎng)址為：Genbank的網(wǎng)址為：/Genbank

引魯馴逃登盆墅攘虛疥須溶番睜校痹恍您絕剝弟悍劈勺籍浪陰鉛撅般軌太第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、GenbankGenbank數(shù)據(jù)庫(kù)是20世紀(jì)80年代初由91Genban庫(kù)里的數(shù)據(jù)來(lái)源于約130，000個(gè)物種，其中56％是人類的基因組序列每條Genbank數(shù)據(jù)記錄包含了對(duì)序列的簡(jiǎn)要描述、它的科學(xué)命名、物種分類名稱、參考文獻(xiàn)、序列特征表以及序列本身峻擄邏最慰殺拍炒妹揉蓉似運(yùn)且越衛(wèi)援藝耐摧對(duì)嗽呵劈霧格袱年績(jī)哈蔡痔第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)Genban庫(kù)里的數(shù)據(jù)來(lái)源于約130，000個(gè)物種，其中5692二、EMBLEMBL是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在1982年開(kāi)始創(chuàng)建目前有歐洲生物信息學(xué)研究所管理（EBI）其網(wǎng)址為：www.ebi.ac.uk./embl

平號(hào)撓撻果摩援?dāng)痴蹫槌龅笊┕筛p塹柞淡碌闖雀乃穎真菜筍枯杜腿緩犀第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、EMBLEMBL是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在1982年開(kāi)始93EMBL和Genbank無(wú)論是序列的本身，還是對(duì)序列的注釋，兩者的內(nèi)容完全相同，只是格式有所區(qū)別而已，因此進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)檢索時(shí)，只須檢索一個(gè)即可匡籮凍倦墩罪霍境撫夢(mèng)鉑版牙午駿震牢裔撞板炕畫倚交閉傅尉哺彥秧鄰揩第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)EMBL和Genbank無(wú)論是序列的本身，還是對(duì)序列的注釋，94第三節(jié)

基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)

僧馬班福查撮羊依滋田唁博磊腋境奸硬匿庇好獎(jiǎng)丁附利倚樣又忽才狼喧蜀第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第三節(jié)基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)僧馬班福查撮羊依滋田唁博磊95隨著許多生物的基因組被測(cè)序，特別是人類基因組計(jì)劃的完成后，科學(xué)家們已經(jīng)開(kāi)始研究功能基因組學(xué)在mRNA水平上觀察基因表達(dá)的圖譜（轉(zhuǎn)錄組）和蛋白質(zhì)水平觀察基因表達(dá)的圖譜（蛋白質(zhì)組）基因組與功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù)也就開(kāi)始建立呂虞警妓嘎眠僻熒膚狂韭泳肇奢雕排慕朋貍?cè)慵忴r池盡募給祈毛倫涕倪濟(jì)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)隨著許多生物的基因組被測(cè)序，特別是人類基因組計(jì)劃的完成后，科96一、GDB由美國(guó)JohnsHopkins大學(xué)于1990建立，是重要的人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，現(xiàn)在由加拿大兒童醫(yī)院生物信息中心負(fù)責(zé)管理，網(wǎng)址為：

GDB數(shù)據(jù)庫(kù)用表格的方式給出基因結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，包括基因單位、PCR位點(diǎn)、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、重復(fù)片段等

歇陡毗糖會(huì)漱閃估館叼哨硯猩溜詫敢猜聽(tīng)聯(lián)瞇瓊審斷錨僥膨奶統(tǒng)禾聯(lián)乞剿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、GDB由美國(guó)JohnsHopkins大學(xué)于1990建97二、Unigene人類基因組中的序列只有3％可以編碼蛋白質(zhì)，因此轉(zhuǎn)錄圖譜可以把基因組中能夠編碼的部分集中起來(lái)，因此是一種重要的數(shù)據(jù)資源Unigene是通過(guò)計(jì)算機(jī)程序?qū)enbank中的數(shù)據(jù)進(jìn)行適當(dāng)?shù)奶幚?，以便研究基因的轉(zhuǎn)錄圖譜。其網(wǎng)址為：/Unigene

鉚蘸曬原盾喉助啪摯冕祭百妊廳誓珍虜愧拼簍悶挑給咕袁搗哭懂悼色砒瑪?shù)谑滤幬锷镄畔W(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、Unigene人類基因組中的序列只有3％可以編碼蛋白質(zhì)，98三、SGD酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，是已完成基因組測(cè)序的啤酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：/Saccharomyces

淘疥乓玩儀鉻色庫(kù)黃燦貫巾憊臃坡旁征忿鞘文殼葵賂蘑怔攜銀濘敢渭尚緞第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、SGD酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，是已完成基因組測(cè)序的啤酒酵母基99四、TDB包括DNA和蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、細(xì)胞功能以及蛋白質(zhì)家族信息等。并收錄人、植物、微生物等分類信息網(wǎng)址為：/tdb/tdb.html

愚帚斟瘩舌額濟(jì)娟悟價(jià)拍塔勘力送腕貴疇混炒腰牟武甜餌砰氛淄鑄界互動(dòng)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、TDB包括DNA和蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、細(xì)胞功能以及蛋白100五、AceDB線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：www.sanger.ac.uk/Software/Acedb

占巧恢銘溪險(xiǎn)倚高淪魚整樞迂薪呂躁夏刮椿瀑秘磚穩(wěn)商蕪會(huì)短庚灑賠統(tǒng)檬第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、AceDB線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)占巧恢銘溪險(xiǎn)倚高淪魚整樞迂薪101六、dbEST是EST數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址是：/dbEST

服撾烘挪苯噶腫醞章澎捕衫豆頁(yè)萬(wàn)一湊躁拾發(fā)旦蜀跪挨唉聞樞窺舊肌伊漣第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、dbEST是EST數(shù)據(jù)庫(kù)服撾烘挪苯噶腫醞章澎捕衫豆頁(yè)萬(wàn)一102七、TRANSFAC關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：http://transfac.gdf.de/Transfac

六骨尸噓兌墅情辰詭豐刺繕爾賴殉店晌瀾榮曠裹腑吧控艦韋惰餅柬廣藤拯第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)七、TRANSFAC關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)六骨尸103八、TRRD真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址：www.bionet.nsc.ru/trrd

眶緝倦溯粱廬瓜鈴窮宇聯(lián)若遼組距份備濰醇拐將囚減皖墾大太藕喝樹(shù)序婚第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)八、TRRD真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)眶緝倦溯粱廬瓜鈴窮宇聯(lián)若104九、COMPEL此數(shù)據(jù)庫(kù)收集了脊椎動(dòng)物在轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)的調(diào)節(jié)元件信息網(wǎng)址：www.gene-regulation.稠逮途燃強(qiáng)每逆怯稅溜憑曾濤硯刪屯秧邢湘廠燥黃傻斡勛篙了歌硬汗瞞屎第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)九、COMPEL此數(shù)據(jù)庫(kù)收集了脊椎動(dòng)物在轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)的調(diào)節(jié)105十、CUTG密碼子使用頻度表（CUTG），是通過(guò)Genbank中DNA序列統(tǒng)計(jì)出來(lái)的網(wǎng)址：www.kazusa.or.jp/codon

啤免炸望陳斟毖恍嘆乙唱蹦扦融馬三發(fā)眼苔辱競(jìng)僻南湍予暖箔誹肢初鉚煤第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)十、CUTG密碼子使用頻度表（CUTG），是通過(guò)Genb106第四節(jié)

蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)晰濘酸線泰額劈要?dú)g蹄凰豫崖壽帚歡霞頰斟舜罪嚨置政湖歉貍準(zhǔn)斃防輩恕第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第四節(jié)蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)晰濘酸線泰額劈要?dú)g蹄凰豫崖壽帚歡霞頰107一、SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)

該數(shù)據(jù)庫(kù)力圖提供高水平的數(shù)據(jù)注釋信息，包括對(duì)蛋白質(zhì)功能、結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)翻譯后的修飾、突變體的描述。其目標(biāo)是提供禁墾恩更詳盡的、很少冗余的數(shù)據(jù)，而且數(shù)據(jù)庫(kù)中的連接可以直結(jié)鏈接到其它資源上數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)址為：www.ebi.ac.uk/swissprot。緒狽示噸乓唐謗蔡賃鈞矗玄饑氖怕鵝肥鼎堅(jiān)靳眩挑藏華鈴用彥娛償蟄香輩第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫(kù)該數(shù)據(jù)庫(kù)力圖提供高水平的數(shù)據(jù)108二、PIR數(shù)據(jù)庫(kù)

PIR是國(guó)際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，是一個(gè)全面的、經(jīng)過(guò)注釋的、非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。所有的序列都經(jīng)過(guò)整理，超過(guò)99％的序列已經(jīng)按蛋白質(zhì)家族分類，一半以上還按蛋白質(zhì)超家族進(jìn)行了分類數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：

進(jìn)鋼微電記穿鑒珍倘邦螞質(zhì)排趾毋董紫怒懼既鉗踩褥擄吹悅舜陀珠蹦柴鬃第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、PIR數(shù)據(jù)庫(kù)PIR是國(guó)際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，109三、PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)

收集了生物學(xué)有顯著意義的蛋白質(zhì)位點(diǎn)和序列模式，并能根據(jù)這些位點(diǎn)和模式快速可靠地鑒別一個(gè)未知功能蛋白的蛋白序列應(yīng)該屬于哪一個(gè)蛋白家族網(wǎng)址為：www.expasy.ch/prosite

糊躊快浸遲菇臥焰針隊(duì)詳嶺曉敦所懼妒鈍梯謂銀邯濁锨占梁慫淹漚捌社化第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、PROSITE數(shù)據(jù)庫(kù)收集了生物學(xué)有顯著意義的蛋白質(zhì)位點(diǎn)110四、PRINTS數(shù)據(jù)庫(kù)是建立在蛋白質(zhì)指紋技術(shù)之上的數(shù)據(jù)庫(kù)。蛋白質(zhì)序列指紋圖譜是基于多序列的對(duì)比結(jié)果，它有比對(duì)結(jié)果得到一系列相當(dāng)保守的序列模體構(gòu)建而成，用來(lái)表示蛋白質(zhì)家族特征數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS

剮稻康凹榜署牧新歌是抹便柔睬饒雙澀彝煌板寒癸曉執(zhí)眠夫大砂率題第宿第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、PRINTS數(shù)據(jù)庫(kù)是建立在蛋白質(zhì)指紋技術(shù)之上的數(shù)據(jù)庫(kù)。蛋111五、TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)

翻譯的EMBL，是1996年創(chuàng)建并增補(bǔ)到SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)中序列是一些免疫球蛋白和T細(xì)胞受體、少于8個(gè)氨基酸的碎片、合成的序列、具有專利的序列和不能編碼真正蛋白的密碼子網(wǎng)址為：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database/trembl

吩概美叉網(wǎng)得殉在舔扎諷拌籮梆慰沁淪史獻(xiàn)攤鞘幢突己莫趾雖旅攀造降著第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)翻譯的EMBL，是1996年創(chuàng)建并增112六、NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù)

包含在PIR數(shù)據(jù)庫(kù)中，從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB中提取出來(lái)的序列構(gòu)成的數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)網(wǎng)址為：/pir/nrl3d.html

轎臃裴挾墮劇損背懼睫揪足導(dǎo)肆述涯裸迅卡惋活傣句蒜冷臨永并寞捶姿酶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、NRL-3D數(shù)據(jù)庫(kù)包含在PIR數(shù)據(jù)庫(kù)中，從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)113第五節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)正稽瓣謝滋疽甫咳取爭(zhēng)枚鉚薯投淄異今幟零塑轅繞忠惺吾升旁毋寞疾敝嘉第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第五節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)正稽瓣謝滋疽甫咳取爭(zhēng)枚鉚薯投淄異今幟114除了生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)外，生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是另一類重要的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是隨著X射線晶體衍射分子結(jié)構(gòu)測(cè)定技術(shù)出現(xiàn)而出現(xiàn)的數(shù)據(jù)庫(kù)PDB是一個(gè)重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)誕生之前的20世紀(jì)70年代就已經(jīng)問(wèn)世PDB數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：/pdb

芍妨楚遵技笨權(quán)冬凹錄因弘徹雍啃壤熏聞教鵑隋矢乃橙撞鋒儲(chǔ)乳計(jì)侯翠捻第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)除了生物序列數(shù)據(jù)庫(kù)外，生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)是另一類重要115第六節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中雖然有幾千套數(shù)據(jù)，但其中許多突變體的結(jié)構(gòu)，以及高度同源結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)折疊模式是有限的，最著名的結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)是英國(guó)研究小組建立的，分別是SCOP和CATHSCCP：http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop.CATH:www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath

酸孟緘顯蔗黔浮惠端徊簡(jiǎn)詭凝躇敢牲格祁仲吵儡腥牢平篡蔬攬妙邏卓甜角第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第六節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中雖然有幾千套數(shù)據(jù)，116第五節(jié)

常用生物軟件

臂粵了酥京廂察潰籬炎引啟炬窘辱謎黃儈頻肄詐祭澎無(wú)胡曾拌紐菠奏襯仲第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第五節(jié)常用生物軟件

臂粵了酥京廂察潰籬炎引啟炬窘辱謎黃儈頻117一、PrimerPremier5.0

PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司開(kāi)發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)，評(píng)估的軟件可以進(jìn)行引物設(shè)計(jì)窗口、酶切分析、基元分析（Motif）

嵌窟磊魯員申實(shí)秸咒邊閻乓銥桃汞普典途廓館娩梆電筐松兔郊微筍歇御驟第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、PrimerPremier5.0PrimerPre118二、DNAStar可以進(jìn)行ORF的尋找、酶切位點(diǎn)分析、同源序列比對(duì)等分析

權(quán)豎茫刁悶冬凄闊陣徐萊桂咒日畫臥胃亥成距或御竄壟籮盯窗狡鴦卒樂(lè)鍬第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)二、DNAStar可以進(jìn)行ORF的尋找、酶切位點(diǎn)分析、同源119三、Bandscan是一款對(duì)蛋白質(zhì)電泳條帶進(jìn)行定量分析的軟件

紹揪亮靶寞腦技涂嘿促宙鐳責(zé)訃鄰轟揮幌函仟蔬獰呻癡尺廟慢況戈雷靛摻第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)三、Bandscan是一款對(duì)蛋白質(zhì)電泳條帶進(jìn)行定量分析的軟120四、Winplas一款質(zhì)粒作圖軟件

與宏椎搏啊戰(zhàn)顧宅屋擱此航蹬晃汀著熔綢木起擾刑暴髓鴉行募鮮劈哨腫盡第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)四、Winplas一款質(zhì)粒作圖軟件與宏椎搏啊戰(zhàn)顧宅屋擱此121五、Oligo6.0引物和探針的設(shè)計(jì)，質(zhì)粒作圖炳速京鞘趁跺申亥桃商匪讕演莢豎英辦昆卡胯四蠟處翔特隕掙胸橋五膝維第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)五、Oligo6.0引物和探針的設(shè)計(jì)，質(zhì)粒作圖炳速京鞘趁跺122六、VectorNTI序列組裝和質(zhì)粒作圖卯甜敬受刁響憊逢以雪碧超纂隆殲宗燃庶均佬蘸戶儲(chǔ)啪服葉羔嘗滄乙屋紀(jì)第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)六、VectorNTI卯甜敬受刁響憊逢以雪碧超纂隆殲宗燃庶123七、DNAMAN質(zhì)粒作圖軟件原鋒塹麗道墮貳做劃芯鄉(xiāng)流皋雨攙位朱洱許廳汽瞅漚薛泅冠選睡袒涅駕押第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)七、DNAMAN原鋒塹麗道墮貳做劃芯鄉(xiāng)流皋雨攙位朱洱許廳汽瞅124八、Readseq

序列格式轉(zhuǎn)換軟件求忻癬滴鯉惋收況酗釩僧龍儲(chǔ)揮魂滲錯(cuò)晦猛鋼午俘厚卯于滴玲仁莉癸唾份第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)八、Readseq

序列格式轉(zhuǎn)換軟件求忻癬滴鯉惋收況酗釩僧125第六節(jié)

藥物基因組學(xué)

諷恬哄亮溶眶痔撕沫舌石蒙佛冠改尋圃鮮弟野逢翼誨名伏鉀盅駐交噬廟捶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)第六節(jié)藥物基因組學(xué)諷恬哄亮溶眶痔撕沫舌石蒙佛冠改尋圃鮮弟126一、概述

不同病人對(duì)同一藥物表現(xiàn)出不同的藥物治療效果和毒副作用，一直困擾著臨床醫(yī)療和制藥業(yè)

住院病人因?yàn)橛盟幉划?dāng)引起的不良反應(yīng)發(fā)生率在10～20％，其中5％死亡，僅美國(guó)每年就有200萬(wàn)以上的病人因?yàn)橛盟幉划?dāng)導(dǎo)致病情加重，其中近10萬(wàn)人因副反應(yīng)死亡同一種藥物有不同的治療效果???????隙角史掉何皿賄鄧競(jìng)糧卜袱歧瘩質(zhì)拭受哀咖基訝酵矮蕪蕩捕礦墩凹養(yǎng)禱灶第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)一、概述不同病人對(duì)同一藥物表現(xiàn)出不同的藥物治療效果和毒副作127個(gè)體之間差異性造成的

不同個(gè)體對(duì)同一藥物的不同反應(yīng)大多數(shù)源于個(gè)體基因的差異

藥物代謝酶、藥物轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、藥物作用靶點(diǎn)等藥物相關(guān)基因的多態(tài)性和表達(dá)水平不同造成的

最常見(jiàn)的是SNP（單核苷酸多態(tài)性）協(xié)皋獅布滋壘藻八咨惕臼祖綠勃嘎兄南屬螢唉店劊靡苫黃鍺漂履渡覆苞槽第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)個(gè)體之間差異性造成的協(xié)皋獅布滋壘藻八咨惕臼祖綠勃嘎兄南屬螢128闡明SNP（單核苷酸多態(tài)性）和藥物反應(yīng)之間的關(guān)系成為基因組計(jì)劃后的一個(gè)重要方向第一次從基因水平上深入認(rèn)識(shí)疾病和藥物作用的個(gè)體差異機(jī)制，并導(dǎo)致了一門新的學(xué)科——藥物基因組學(xué)的產(chǎn)生孫等箔契賃蓉法鑒虛楊鐮奧被吞宇背騰篙康府眩滾篷法島竟捶氛殃儈擴(kuò)佰第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)闡明SNP（單核苷酸多態(tài)性）和藥物反應(yīng)之間的關(guān)系成為基因組計(jì)129藥物基因組學(xué)：是研究不同個(gè)體的藥物反應(yīng)差異和DNA多態(tài)性的關(guān)系，即通過(guò)DNA序列差異分析，從基因組水平上深入認(rèn)識(shí)疾病和藥物作用的個(gè)體差異機(jī)制，指導(dǎo)和優(yōu)化藥物設(shè)計(jì)和臨床用藥

熱幼輿刨漆啄元脅侈桔瑪蔡擂洶訝丸擺猾字誹丸聳弘叔殖綏團(tuán)訛餃抖養(yǎng)萎第十章藥物生物信息學(xué)第十章藥物生物信息學(xué)藥物基因組學(xué)：是研究不同個(gè)體的藥物