分子模擬與計算化學(xué)計算化學(xué)的軟硬件HardwareandSoftwareforComputation計算化學(xué)的工具計算化學(xué)的基本工具是計算機計算機包括兩方面:硬件和軟件計算機硬件的特點CPU個數(shù):快,多,內(nèi)存:大,快主板:穩(wěn)定,

顯示器,顯卡:通用,常見其它:一般主頻高(2.0-3.0GHz),雙CPU,多核CPU(雙核,四核)1G,2G,4G,8G網(wǎng)絡(luò):千兆網(wǎng)局域網(wǎng)華碩等大品牌常見網(wǎng)卡Nvidia顯卡,InsightIILinux簡介常用系列:Redhat7.2→8.0→9.0企業(yè)版系列2.1→3.8→4.4→5.0支持的硬件越來越多,但跟不上硬件的發(fā)展其它系列:SuSE系列,FedoraCore系列,Debian系列,Ubuntu系列,BSD系列版權(quán):GNU(通用公共授權(quán))Linux的架構(gòu)多用戶系統(tǒng):root為管理員,最高權(quán)限,管理系統(tǒng)和用戶文件系統(tǒng)以”/”為最高的根目錄,所有文件,目錄,硬件設(shè)備(硬盤,光驅(qū))都是一個文件或目錄其文件格式是ext3,不是FAT32或NTFS,但是它可以讀寫FAT32文件,無法讀寫NTFS文件Linux的啟動選項Linux可啟動為字符界面和視窗界面文件/etc/inittabid:3:initdefault:字符界面id:5:initdefault:視窗界面字符轉(zhuǎn)視窗界面:startx字符界面可以少使用內(nèi)存100-400MBGaussian計算采用字符界面InsightII計算使用視窗界面搭建模型,字符界面計算Linux文件的屬性Linux用戶分為不同的組對于每個文件有三類用戶:文件所有者與文件所有者同組的其它組的用戶文件的屬性:可讀(r),可寫(w),可執(zhí)行性(x)文件的目錄屬性(d)文件屬性表示–rwxrwxrwxdrwxr-xr-x

drwx------Linux基本命令:ShellLinux下人與機器的交流是通過shell進行的Shell是一系列Linux命令以及類似c語言的控制結(jié)構(gòu)組成可以用一個命令完成一件事情也可以把命令用控制結(jié)構(gòu)組合起來完成復(fù)雜的重復(fù)勞動的事情,shell編程用戶登錄login:用戶名password:密碼登錄進去exit(退出)Linux文件名的通配符*:任意個字符,*.log所有的log文件?:單個字符,CH?.log:CH1.logCH2.log,…,Cha.log,…Linux的簡單命令cat:在屏幕上顯示文件的內(nèi)容cat文件1文件2…cat文件1文件2…>文件a把文件串起來放在另一個文件中head–n顯示文件的前n行tail–n顯示文件的最后n行tail–f文件名:監(jiān)測文件的輸出情況Linux的簡單命令grepgrep字符串文件名grep“SCFDone”CH3COOH.loggrep–i“SCFDone”CH3COOH.logcpcpfileafileb文件拷貝cp–rdirAdirB目錄拷貝Linux的簡單命令ps進程ps–e查看所有進程top動態(tài)查看系統(tǒng)運行情況q退出top狀態(tài)kill-9進程號:結(jié)束此進程Linux的簡單命令dos2unix文件名:把DOS/windows格式的文件轉(zhuǎn)換為Unix/Linux文件格式df:查看磁盤剩余空間cd:改變目錄~:用戶主目錄..:上一級目錄chmod:改變文件屬性chmod755文件名:–rwxr-xr-xchmod+x文件名:此文件變得可以直接執(zhí)行Linux的簡單命令/sbin/ifconfig:查看本機的IP地址多機并行計算必須使用靜態(tài)IP地址env:查看現(xiàn)在的環(huán)境變量gzip,gunzip:壓縮的解壓縮后綴為.gz的文件tar:打包文件tarcvfaa.tar目錄A:把目錄A打包成文件tarrvfaa.tar目錄B:把目錄B添加到文件中tarxvfaa.tar:把文件報解開在本目錄下Gaussian在Linux下的使用首先在Windows下的GaussView上建立模型,保存g03的輸入文件:CH4.gjf用ftp軟件把輸入文件都傳到gau的某個目錄下面:work用SecureCRT軟件登錄Linux系統(tǒng),cdworkdos2unixCH4.gjfg03CH4.gjf&Gaussian在Linux下的使用計算完畢或需要檢查結(jié)構(gòu)時,下傳輸出文件:CH4.log,繪圖則下傳check文件或fromcheck文件內(nèi)存設(shè)置:系統(tǒng)內(nèi)存-200MB處理器個數(shù):nproc=2(雙核)nproc=4(四核或雙核雙CPU)shell編程(一)Head.txt:包含欲計算的性質(zhì),甚至電荷和多重度Tail.txt:包含分子說明部分后的內(nèi)容CH4.xyz:分子幾何結(jié)構(gòu)catHead.txtCH4.xyzTail.txt>tmp.gjfg03tmp.gjfmvtmp.logCH4.logmv???.chkCH4.chk優(yōu)點:可以保證使用同樣的條件進行計算執(zhí)行方法:chmod+xrun.sh./run.sh網(wǎng)絡(luò)知識硬件:網(wǎng)卡,網(wǎng)線,交換機軟件:操作系統(tǒng)(Windows,Linux)協(xié)議:TCP/IP,服務(wù):telnet,ssh,ftp,httpTCP/IP協(xié)議四段地址:xxx.xxx.xxx.xxx掩碼:自己的地址:局域網(wǎng)地址:192.168.xxx.xxx實驗室地址:192.168.127.xxx實驗室網(wǎng)關(guān)地址:負(fù)責(zé)自動指定IP地址Gaussian03網(wǎng)絡(luò)并行實現(xiàn)(二)設(shè)置各個用戶在不同節(jié)點之間的互信rsh(MPI協(xié)議使用,保密性不好)/etc/hosts.equivNode1Node2……設(shè)置各個用戶下的.rhosts文件與/etc/hosts.equiv相同Gaussian03網(wǎng)絡(luò)并行實現(xiàn)(三)sshssh-keygen–trsa生成公鑰id_rsa.pub和私鑰id_rsa把本節(jié)點的公鑰放在對方節(jié)點的.ssh/authorized_keys文件中,并chmod600.ssh/authorized_keys即可無密碼直接ssh到此節(jié)點上Gaussian03網(wǎng)絡(luò)并行實現(xiàn)(四)用戶的環(huán)境設(shè)置echo“Tsnet.Node.lindarsharg:ssh”>~/.tsnet.