MagicHand云平臺(tái)|物種與功能網(wǎng)絡(luò)與模型預(yù)測(cè)分析今天給大家介紹云平臺(tái)宏基因組個(gè)性化分析之一：物種與功能網(wǎng)絡(luò)與模型預(yù)測(cè)分析。物種與功能網(wǎng)絡(luò)與模型預(yù)測(cè)分析物種與功能網(wǎng)絡(luò)與模型預(yù)測(cè)分析是針對(duì)特定的研究對(duì)象和目的，對(duì)特定的樣品及其數(shù)據(jù)集進(jìn)行關(guān)聯(lián)與模型預(yù)測(cè)分析，進(jìn)一步挖掘數(shù)據(jù)中的有效信息。此項(xiàng)屬于個(gè)性化分析，通常需要雙方溝通評(píng)估。Network分析1、共線性網(wǎng)絡(luò)共現(xiàn)性網(wǎng)絡(luò)分析可以用來(lái)展示樣本與物種/功能之間的分布情況，通過(guò)對(duì)不同樣本間的物種/功能豐度信息進(jìn)行相關(guān)性分析，可以獲得物種/功能在環(huán)境樣本中的共存在關(guān)系，能夠凸顯出樣本之間的相似性和差異性，針對(duì)大型復(fù)雜的數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō)是一種非常有效的方式。該分析步驟根據(jù)樣本之間共有的物種生成聚類，也即共有的物種越多，樣本之間的關(guān)系越接近。共線性網(wǎng)絡(luò)圖示例：在網(wǎng)絡(luò)圖中有兩類節(jié)點(diǎn)(node)，一類是species-node，一類是sample-node，如果有一個(gè)物種在一個(gè)樣本中出現(xiàn)的話，那么該物/功能種與樣本之間就有一條連線(edge)。2、相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)基于物種/功能樣本間的相對(duì)豐度，使用R軟件計(jì)算pearson或spearman相關(guān)系數(shù)，獲得樣本內(nèi)或樣本組內(nèi)的物種/功能之間的相互關(guān)系，然后用展示物種間/功能相互關(guān)系的可視化軟件進(jìn)行物種相互作用network構(gòu)建及展示。1、【相關(guān)性計(jì)算方法】選擇合適的相關(guān)性計(jì)算方式2、【相關(guān)系數(shù)閾值】設(shè)定合適的相關(guān)性系數(shù)的閾值3、【環(huán)境因子表格】可以選擇是否上傳并使用環(huán)境因子表格4、【網(wǎng)絡(luò)圖相關(guān)數(shù)據(jù)】可以下載網(wǎng)絡(luò)圖相關(guān)數(shù)據(jù)，利用Cytoscape對(duì)網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行重新繪制。相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖示例：圓圈代表一個(gè)物種，大小代表其相對(duì)豐度，不同的顏色代表不同的物種/功能分類，圓圈之間的線條代表這兩個(gè)物種/功能間的相關(guān)性，線條的粗細(xì)代表相關(guān)系數(shù)的大小。Random_Forest分析隨機(jī)森林算法(RandomForest，RF)是一種新興起的高度靈活的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，它是由LeoBreiman和CutlerAdele在2001年開(kāi)發(fā)完成的一種數(shù)據(jù)挖掘方法，常用于建立預(yù)測(cè)模型。此分析點(diǎn)非常全面且操作性很大，可自行選擇是否結(jié)合兩組/多組差異分析(多種檢定方法)挑出的顯著物種/功能，再搭配自行設(shè)定隨機(jī)比例/自行選取訓(xùn)練集及驗(yàn)證集，進(jìn)行隨機(jī)森林分析。1、【分析類型選項(xiàng)】選擇分析類型的選項(xiàng)2、【驗(yàn)證方