肝臟蛋白質(zhì)組計劃的實施與毒理學發(fā)展的機遇第1頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二報告提要蛋白質(zhì)組學產(chǎn)生的時代背景“人類蛋白質(zhì)組計劃”的目標與意義蛋白質(zhì)組學與毒理學/環(huán)境醫(yī)學第2頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二曼哈頓原子彈研制計劃人類基因組計劃阿波羅登月計劃人類歷史上的三大科技工程1941.12.6—1945.7.16羅斯福批準,耗資20億美元原子半徑10-10m原子體積10-30m3人體半徑100m人體體積100m3太陽系半徑1012m太陽系體積1034m31990.10.1-2003.4.23克林頓、布萊爾批準，耗資30億美元1961.5.25—1969.7.20肯尼迪批準,耗資240億美元第3頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二人類基因組計劃開創(chuàng)了

“基因組時代”第4頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二基因組學向蛋白質(zhì)組學“求助”!

Nature409:747,15Feb.2001

Andnowforproteome

“現(xiàn)在輪到蛋白質(zhì)組”Science291:1221,16Feb.2001ProteomicsinGenomeland“基因組大地中的蛋白質(zhì)組學”第5頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二PROTEIN第6頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二轉(zhuǎn)錄組一種細胞、組織或生物體所對應的全套mRNARNA基因組生物體所擁有的全套染色體上的全部基因DNA蛋白質(zhì)組一種細胞、組織或生物體所對應的全套蛋白質(zhì)PROTEIN功能執(zhí)行體遺傳信息載體第7頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二

基因和蛋白質(zhì)并不存在嚴格的線性關系

ORF并不預示一定存在相對應的功能性基因

mRNA水平并非與蛋白質(zhì)的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質(zhì)(Isoforms)等現(xiàn)象在基因水平無從表現(xiàn)蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用難以在基因水平得以認識基因組與轉(zhuǎn)錄組不能取代蛋白質(zhì)組第8頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二翻譯后修飾相互作用構象變化翻譯后拼接移位胞質(zhì)胞核蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)的多樣性生命的“萬花筒”第9頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二蛋白質(zhì)功能的群體性第10頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二繩墻扇茅蛇樹蛋白質(zhì)作用的整體性第11頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二探索生命奧秘的直接對象蛋白質(zhì)組

生命體的統(tǒng)一性源于基因組生命體的多樣性、復雜性、功能性、表型源于蛋白質(zhì)組1463-4x1043x109103(1012)

第12頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二

Pteomicsismoreofaconceptthanadefinedtechnology,anditreferstoanyprotein-basedapproachthathasthecapacitytoprovidenewinformationaboutproteins

onagenomewidescale.“Proteomicsincludesnotonlytheidentificationand

quantificationofproteinsbutalsothedeterminationof

their:

localization

modifications

interactions

activities

function第13頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二報告提要蛋白質(zhì)組學產(chǎn)生的時代背景“國際人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃”的目標與意義蛋白質(zhì)組學與毒理學/環(huán)境醫(yī)學第14頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二DNA序列圖≠基因圖人類基因組中1/3以上基因未曾確認基因確認的基本層次--蛋白質(zhì)水平天書解讀天書Science291:1221,2001第15頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二全面揭示重大疾病發(fā)生發(fā)展機制的基礎蛋白質(zhì)組單基因病—遺傳病多基因病—腫瘤等

重大疾病發(fā)生發(fā)展機制單一基因單一蛋白基因群蛋白質(zhì)群轉(zhuǎn)錄組蛋白質(zhì)組????第16頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二發(fā)現(xiàn)大量新型藥靶與新藥的源泉蛋白質(zhì)組最重要的疾病100-150每種疾病相關的基因10每個基因相關的蛋白質(zhì)3–10藥靶蛋白總數(shù)

3000-15,000

現(xiàn)有藥物約2000種85％是針對目前已知的500種藥靶6-30倍藥靶有待發(fā)現(xiàn)第17頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二啟動人類蛋白質(zhì)組計劃勢在必行！探索人體生命奧秘的直接對象全面揭示重大疾病發(fā)生發(fā)展機制的基礎發(fā)現(xiàn)大量新型藥靶與新藥的源泉

人類基因組序列及基因注釋人類蛋白質(zhì)組VIP:VeryImportantProteome第18頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二人類蛋白質(zhì)組計劃的

主要科學目標驗證人類基因組計劃推測的基因，注釋基因組闡明蛋白質(zhì)組的調(diào)控模式并與轉(zhuǎn)錄組進行對比建立蛋白質(zhì)群/組裝體，蛋白質(zhì)復合物或蛋白質(zhì)機器,即連鎖圖建立人體生理學、病理學的蛋白質(zhì)組基礎第19頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二1463-4x1043x109103(1012)

基因組計劃蛋白質(zhì)組計劃第20頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二第21頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Bodyfluidmostaccessibleforbiomarkerdiscoveryinanimalandhumans.LiverKidneyOrganBodyFluidBrainImmuneOrgans/VesselsIntestineOtherTissuesCSFFecesEndocrine/ParacrineSecretionsBileUrineAir/BALFLymphLungsEyesSkinOralCavitySweatSalivaTearsVenousBloodArterialBloodSerum10%90%SerumProteinsNon-InformativeAbundantProteinsi.e.albumin,IgG,etc.InformativeLowAbundanceProteinsEnrichmentStrategiesforInformativeSerumProteins:SELDI

SerumImmunosubtraction

第22頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃里程碑蛋白表達譜蛋白連鎖圖亞細胞定位圖修飾譜人類基因組計劃

里程碑遺傳圖物理圖序列圖第23頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二InitiativesofHumanProteomeProject(HPP)HPPPHumanPlasmaProteomeProject,USAHLPPHumanLiverProteomeProject,ChinaPSIProteomicsStandardsInitiativeUKHBPPHumanBrainProteomeProject,GermanyHAIHumanAntibodyInitiativeSweden第24頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Whyisliver?wwwww.HLPP.HUPO為何研究肝臟?第25頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟功能的多樣性與重要性能量——能量轉(zhuǎn)換、儲存物質(zhì)——代謝（活性分子的合成、毒性分子的分解）信息——信息分子的合成與分泌第26頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟為其它組織提供能量—可氧化底物組織的活力依賴于高能鍵的連續(xù)生成。肝臟產(chǎn)生大部分脂肪酸，后者是禁食狀態(tài)下能量的基本來源。肝臟是給食狀態(tài)下由過剩糖合成脂肪酸的主要部位。第27頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二藥物毒物營養(yǎng)物生物異源物生物轉(zhuǎn)化第28頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二化學多樣性向體內(nèi)的生物轉(zhuǎn)化體系提出嚴峻挑戰(zhàn)1.2×107種以上的化學物(CAService’slist)以每周約8000種的速率增加常用化學物在63,000種以上大約11,500種，作為食物或藥物制劑添加物攝入其余的50,000種，為潛在的環(huán)境污染物第29頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二人類發(fā)育過程中造血組織的興替造血系統(tǒng)的發(fā)育必需肝臟的“培育”第30頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二合成大多數(shù)循環(huán)血漿蛋白合成和分泌血漿蛋白是肝臟實質(zhì)細胞——肝細胞的獨有功能（肝細胞占肝臟總細胞數(shù)的60%及肝臟質(zhì)量的約80%）最有特征的血漿蛋白是白蛋白，在大多數(shù)哺乳動物中占總血漿蛋白的55-60%凝血酶、抗凝因子、溶栓酶等第31頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟再生機體再生能力最強的器官終生保持旺盛的再生能力第32頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟中包含的“組”(-ome)Metabolicgenomics→Metabolome

(代謝組)Energygenomics→Energome

(能量組)Pharmacogenomics→Pharmacome

(藥理組)Toxicogenomics→Toxicome

(毒理組)Regeneratinggenomics

→Regenerome

(再生組)第33頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二全球及中國肝炎的流行病學統(tǒng)計

全球:3.5億攜帶者中國:1.8億攜帶者死亡:23萬人/年疾病負擔:500億元人民幣治療手段:抗病毒,保肝降 酶,抗纖維化,免疫治療等缺點:病毒易反彈,病 情易反復第34頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝炎向肝癌的惡性轉(zhuǎn)化

難以遏制全世界現(xiàn)有3.5億慢性乙肝病毒（HBV）攜帶者，占世界人口的5%，亞洲和非洲HBV攜帶率為8-15%

HBV攜帶者中50-70%病毒復制活躍，為慢性乙肝

慢性乙肝病人肝硬化發(fā)生率為2-20%，代償性肝硬化發(fā)展成失代償性肝硬化為20-23%，發(fā)展成肝癌的占6-15%中國的慢性乙肝病人中，約25-40%最終將死于肝硬化或合并肝癌HBV攜帶者最終死于相關肝病的危險性，男性為50%，女性為15%

第35頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二全球:100萬人/年中國:50萬人/年死亡:約45萬人/年疾病負擔:400億元人民幣治療手段:手術切除(只有 15%-20%)治療效果:術后易轉(zhuǎn)移,易復 發(fā),五年存活率 40-50%全球及中國肝癌的流行病學統(tǒng)計第36頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二原發(fā)性肝癌的治療水平亟待突破世界上每年有100萬新發(fā)原發(fā)性肝癌病人，其中40-50%在我國

我國原發(fā)性肝癌發(fā)病率和死亡率均位居第二位

近20年來我國肝癌的發(fā)病率上升近40%原發(fā)性肝癌一般起病較隱匿，早期缺乏典型臨床表現(xiàn)，初診大多已屬中晚期

初診肝癌病人中，只有15-20%的病人具備手術條件這些病人術后5年生存率僅為40-50%

肝癌是致死率最高的惡性腫瘤之一第37頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二重大肝病的發(fā)生發(fā)展無法歸咎于少數(shù)幾個基因或蛋白質(zhì)所呈現(xiàn)的功能狀態(tài)和信號通路從蛋白質(zhì)組層面上“全景式”揭示肝臟疾病的生理病理機制是解決重大肝病的根本出路肝炎病毒肝臟/肝細胞肝炎肝硬化/纖維化原發(fā)肝癌肝癌轉(zhuǎn)移多因素、多步驟的發(fā)病機制第38頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟是人類蛋白質(zhì)組計劃的首批目標！第39頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Prometheusstolefirefromthegodsandgaveittomortals.PrometheusBoundHeraclesLiberatePrometheusHLPP—ModernPrometheusMythPrometheus

LiverEagleLiverdiseases

HeraclesHLPP第40頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二人類肝臟蛋白質(zhì)組計劃

HumanLiverProteomeProject(HLPP)國際HLPP共同體第41頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Generateanintegrativeapproachleadingtoacomprehensivefunctionalmapoftheliver

Expandliverproteometoits“PHYSIOME”and“PATHOME”todramaticallyacceleratethedevelopmentofdiagnostics,preventionandtherapeuticstowardsitsdiseases

Developstandardoperatingprocedures(SOPs)forotherHUPOInitiativesVISION第42頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二HUPOWorkshop,Bethesda,April28-29,2002

BroadinterestsandsupportsforinitiatingHLPP

HUPOLiverProteomeWorkshop,Beijing,October22-24,2002

GettingconsensusviewforscientificobjectivesofHLPP

HUPO1stWorldCongress,Versailles,November21-24,2002

Co-chairsofHLPP:Drs.FuchuHe,JohnBergeronandChristianBréchot

HLPPPlanningCommittee:17members;May2003ProposalsaboutWorkingPlanofHLPP

Dr.JohnBergeron:Jan31,2003(Management);

Dr.FuchuHe:Feb17,2003(ScientificStrategy)Dr.FuchuHe:Mar22,2003(ActionPlan);

Dr.ChristianBrechot:Mar31,2003(Sampling)

HLPPOffice,March18,2003HUPOLPPWorkshop,Bethesda,July17-18,2003

NIHparticipatingHUPO2ndWorldCongress,Montreal,Oct.8-12,2003

Dr.FuchuHewasappointedastheexecutiveChairofHLPP(2003-2005)HUPOHLPPSatelliteMeeting,Montreal,Oct.12,2003SetupExecutiveCommittee&9Sub-committees,ActionPlanatPilotPhaseFrenchliversampleswerecollectedanddistributedamong8labs,May,2004HUPOHLPPSatelliteMeeting,Beijing,Oct.24,2004ChinesepartofHLPPwasofficiallylaunched,Nov.,2004Chineseliversampleswerecollectedanddistributedamong7labs,Feb.,2005MISION第43頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二表達譜修飾譜定位圖連鎖圖樣品庫抗體庫數(shù)據(jù)庫HLPP的科學目標---肝臟蛋白質(zhì)組的“太陽系”3-D圖ORF組第44頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝臟蛋白質(zhì)組與

肝臟生理、病理的銜接肝臟蛋白質(zhì)組代謝組毒理組藥理組再生組肝炎組肝癌組能量組第45頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二作為分泌器官，肝臟合成大多數(shù)的循環(huán)血漿蛋白

肝臟轉(zhuǎn)錄組“肝臟蛋白質(zhì)組計劃”和“血漿蛋白質(zhì)組計劃”的整合肝臟蛋白質(zhì)組血漿蛋白質(zhì)組?第46頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二基因組肝臟蛋白質(zhì)組肝臟轉(zhuǎn)錄組基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的集成證實推測基因?qū)Ρ日{(diào)控模式

第47頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二重要功能蛋白質(zhì)肝病藥物靶標肝病診斷標志物人類肝臟蛋白質(zhì)組第48頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二肝炎病毒肝臟/肝細胞感染肝炎肝硬化/纖維化原發(fā)肝癌肝癌轉(zhuǎn)移重大肝病預警、診斷、預防、治療的關鍵環(huán)節(jié)“東亞病夫”“肝病大國”1億多肝炎病毒攜帶者1000億多/年醫(yī)療費用第49頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二SOPsSpecimenBankingPlatformsWorkingteamGlobalCollaborationExpressionProfileORFeomeAntibodiesBioinformatics…

ModificationProfileSubcellularLocalizationProtein-ProteinInteractionAntibodiesBioinformaticsIntegrateproteomewithtranscriptomeCompareproteomeswithinhealthanddiseasedliverTimeLinesPilotPhase(2003-2005)PhaseII(2006-2010)第50頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二OutlineBackgroundProgressoftheHLPP-ProgressreportonexpressionprofilingInitiationoftheCNHLPPNextwork第51頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Progress-ExpressionprofilingEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandpreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第52頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgressEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandPreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第53頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Majorconclusionsfromthevaluationoftechnologies–16standardproteins/7labsHighmolecularweightandlowabundanceproteinsarelessdetectableby2DE.Proteinswithonlythreeorderofmagnitudecouldbeidentifiedin2DE,butproteinswithfourorderofmagnitudecouldbeidentifiedinshotguntechnology.Morepeptides(redundant)wereidentifiedforhighMWproteinsinshotguntechnology.Somesimilarproteinswereidentified(notproteingroup),suggestingthecriteriafordistinguishingsimilarproteinsshouldbemorestrict.第54頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgressEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandPreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第55頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二HLPPExperimentalDatabaseMWSDataClient…GUI，WebServices,APIFilesInterchange,DMBSDumpDatasynchronizeDatasubmissionExperimentreports,data,files…

HLPPDataMirrorMWSDataClientMWSDataClientMWSDataClientMWSDataClientMWSServerAdministratorHLPPDataMirrorSubmissionPackagesRepositoryHLPPProjectManagementDatabaseHLPPProjectManagementSystemHLPPParticipatingLaboratoriesHLPPDataCenterTheHLPPDataManagementSystem

ArchitectureBasedonMyWorkSpaceSystem(MWS)第56頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二CurrentStandarddraftofHLPPSampleInformationProteinextractionConcentrationMeasurementSeparationGel-based2DEGel1D-IEFGel1D-SDSLC-basedRPLCSCXLCSAXLCSECTrapDesaltingDigestionIonsourceMALDIAutoflexUltraflexABI4700ESIQstarQTofMicroLCQLTQMassspectrometryTOFTOFTOFUltraflexABI4700QTOFQstarQTofMicroITMSLCQLTQPeaklistgenerationABI4700QStarAutoflexTurboSequestMasslynxFlexAnalysisPeaklistpreprocessingGPSpeaklistpreprocessProtein/peptideidentificationMascotSequestProteinlistgenerationAutoflexGPSBiotoolsQstarBuildSummaryDTASelectBioworksAutoQuest第57頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Proteinidentificationisbasedontheanalysisofpeptidesgeneratedbyproteolyicdigestion.Whenthedetectedpeptidesmatchmanyproteinsandcannotidentifyauniqueprotein,theresultwillbepresentedintheformofagroupofpossibleproteins.

DefinitionofProteinGROUP

第58頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二CriteriaforproteinidentificationIontrapXCorr(highest)≥1.9(1),2.2(2),3.75(3);DeltaCn≥0.1;RSp≤4.ABI-TOF/TOFProteinscore≥59(Rank1forthespot)Q-TOForQ-STARProteinscore>thresholdPeptidescore>“thescoreforidentity”or29MALDI-TOFProteinscore>thresholdTheproteinsinfirstreport(multi-proteinforthemixture)第59頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgressEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandpreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第60頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二EvaluationoftheSOPsforthesubcellularfractionationObject:FindtheoptimummethodofpretreatmentSample:LivertissuesofC57miceSubcellular:Mitochondria,Golgi,PM,Nucleus,ER,CytoplasmSamplepretreatmentFreshtissuesFrozenhomogenisedtissuesFrozentissues第61頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Purity(Westernblotting):Freshtissues>frozenhomogenizedtissues>frozentissuesTheyieldofproteins:Freshtissues>frozenhomogenizedtissues>frozentissuesIntegrity(TEM):Freshtissues>frozenhomogenizedtissuesSummary第62頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgressEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandPreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第63頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ItisagiantambitiousobjectiveandgivesagreatchallengetoembryonicproteomicsItisnecessarytocarryoutapreviewbeforetheformallaunchingofthisprojectScience302:1316,Nov.21,2003Nature425:441,Oct.2,2003第64頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二AverageThroughputofthePlatform2DESystem

12Gel/3DaysAuto-SpotDigestSystem

1152spots/DayMSandMS/MSSystem

500-1000Spots/Day第65頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二TheflowchartofCCPITfortheproteinexpressionprofileofhumanfetalliver第66頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Theareascalesbeforeandafterisoformprocessingingroupandproteinlevelsrespectively.Inproteinlevel,theredcircularityareasrepresentthenumberofconfirmedproteinsandtheyellowannulusareasrepresentthenumberofpossibleproteins.Non-isogroups19%Extensivelyconfirmed81%Groups41%Confirmed59%Non-isoforms43%Isoforms57%contribute

545

additionalproteins

and

eliminate763

groupscontribute

545

additionalproteins

and

eliminate1335

possible

proteinsIn

Protein

LevelIn

Group

Levelconfirmed:1950possible:

2593extensivelyconfirmed:2495non-isoformpossible:

1258第67頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ACBChromosomaldistributionofHFLproteome-encodinggenes第68頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二FunctionalModulesinplasmamembrane第69頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgressEvaluationoftechnologiesBioinformaticsset-upSamplingandPreparationPreviewwithhumanfetalliverPrimaryanalysisofFrenchlivertissues第70頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二

ReferenceLabsforHLPPExpressionProfilingProject

FuchuHe&XiaohongQian(BeijingInstituteofRadiationMedicine)RongZeng(ShanghaiInstituteforBiologicalSciences)PengyuanYang(FudanUniversity)SiqiLiu(BeijingGenomicsInstitute,ChineseAcademyofSciences)第71頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二LauraBeretta(FHCRC,USA)RichardJ.Simpson(RoyalMelbourneHospital,Australia)

AngelikaGorg(TechnischeUniversitatMunchen,Germany)MarkBaker/JunhongSun(APAF,Australia)第72頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二OutlineBackgroundProgressoftheHLPPInitiationoftheCNHLPPNextwork第73頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二CNHLPPOverviewThefirstphase:2004-2005Fundingfromcentralgovernment:10millionUSdollars ChineseMOST:jointlyfundedbyNationalProgramon KeyBasicResearchProjects(973),NationalHigh-tech R&DProgram(863),andNationalKeyTechnologiesR&D Programmeininthefirstphase.LocalandInstitutionalfunding:3.5millionUSdollars8subprojects70institutes,universities,andcompaniesinvolvedLong-termsupportasanationalproject(2006~2020)第74頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二CelebrationofCNHLPPOfficialLaunching(BeijingInstituteofRadiationMedicine)第75頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二KeylabsBeijingInstituteofRadiationMedicine第76頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Consultingcommittee(5)ORFeome&PPISubproject,ZeguangHanChairFuchuHeHeadquartersBPRCModificationProfilesubproject,YunCaiExpressionProfileSubproject,XiaohongQianStructuralBiologySubproject,WeiminGongBioinformaticssubproject,YixueLiNewTechnologysubproject,YukuiZhangAntibodysubproject,Qi-HongSunLocalizationMappingSubproject,XueminZhang第77頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Morethan10workshopshavebeenheld第78頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Briefprogressofsomesubprojects

ProteinmodificationProteinlocalizationProteinstructureNewproteomicstechnologies第79頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二AnalysisofproteinphosphorylationbycombinationofIMAC,PhosphatasewithBiologicalMassSpectrometrym/zPeptidemixtureProteinsCandidatephosphopeptidesIdentificationofphosphorylatedsitesDIGESTIMACMALDI-TOFMSAnalysisPhosphatasedigestMS/MSAnalysisandDatabaseSearchingm/zPhosphopeptideConfirmationm/zMetastableionsofphosphopeptides第80頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二O60716

GSLApSLDpSLRKP15924GLPSPYNMSpSAPGpSRO75379NLLEDDpSDEEEDFFLRRApSpSKGGGGYTC*QSGSGWDEFTKO95210HSpSWGDVGVGGSLKP16157RDpSRDVDEEKELLDFVPKP02671ADpSGEGDFLAEGGGVRP35221TPEELDDpSDFETEDFDVRP02730

YQpSSPAKPDSSFYKQ13813WRpSLQQLAEERYQSSPAKPDSSFpYKQ15019IYHLPDAEpSDEDEDFKEQTRYQSSPAKPDSpSFYKQ16828SNIpSPNFNFMGQLLDFERRYQSSPAKPDpSSFYKQ99959RLEISPDpSpSPERAHYTHSDYQYSQRP04792GPpSWDPFRLPEEWSQWLGGSSWPGYVRPLPPAAIEpSPAVAAPAYSRQ9H3Z4SLpSTSGESLYHVLGLDKTr:O95810SLEETLHTVDLpSpSDDDLPHDEEALEDpSAEEKVEESRP05386KEEpSEEpSDDDM*GFGLFDKEEpSEEpSDDDMGFGLFDTr:Q8NEN5pSQpSLPTTLLSPVRP08559YHGHpSMSDPGVSYRTr:Q9HAP4ESEALPEKEGEELGEGERPEEDAAALELpSpSDEAVEVEEVIEESRP11277TpSPVSLWSRLpSpSSWESLQPEPSHPYTr:Q9NQA7WLDEpSDAEMELRIdentifiedphosphopeptidesequencesfromHFL第81頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Proteinisolationandpurificationbylectin(Glycosylation)第82頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Co-localizationandlocomotionoftheGFPfusionproteinandDsRedDsRed-MemGreenmergeGFPGFP-fusedPrTNF-treatedGFP-fusedmutantTNF-treatedGFP-fusedPr第83頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二StructuralproteomicsCloned900genesfromliverExpressedproductsofmorethan100genesDeterminedthestructuresof3proteinsbyX-rayDeterminedthestructuresof2proteinsbyNMR第84頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Diphosphoglyceratemutase(DPGM)X-rayProgrammedcelldeath5(PDCD5)NMR第85頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Beijing(National)ProteomeResearchCenterChineseProteomeDevelopmentCenter第86頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二TheAntibodyBankofHumanLiverProteomeProjectEstablishment,characterization,andapplicationofantibodiesagainsthumanliverproteins

Qi-HongSunBeijingInstituteofRadiationMedicine(BIRM)BeijingProteomeResearchCenter(BPRC)第87頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二AntigensMyelomacellsHybridomacellsmAbsDiagnosticsTherapeuticsProteomicsResearch

ProfilingIdentificationQuantificationLocalizationModificationInteractionFunctionLargeantibodycollectionforproteomics第88頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二AntibodyDatabaseAntibodyBankSamples5000liverproteinsHLPPAntibodyBankAntibodychips第89頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二10%ofHLPPAntibodyBankStandardsanddatabaseofHUPOHLPP/HAIMicroarrayandotherantibody-basedtechnology90%10%HLPPAntibodyBankatPilotPhase第90頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Antigenpreparation

Fractionatedliverproteins-Unknown/native/multi-antigensRecombinantproteinsSynthesizedpeptidesAntibodygenerationHybridomacelllines–mAbs(murine/rabbit)Polyclonalantibodies–IgG(Rabbit)/orIgY(chicken)AntibodycharacterizationandapplicationClassandsubclass,ELISA,IH,WB,andIPAntibodymicroarrayandotherantibody-basedtechnologyGeneralApproach第91頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二AdultFetalDiseasedIHcharacterizationofmAbsagainsthumanliverproteins第92頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ProgresssummaryofHLPPAntibodyBankingProject

AntigenpreparationforimmunizationFractionatedliverproteins–nucleus,membrane,microsome,mitochondrial,cytosolic,andplasmaproteinsPurifiedrecombinantproteinantigens–215Synthesizedpeptidesfromliver-specificproteins–44AntibodypreparationandcharacterizationEstablishedhybridomacelllines–1085CharacterizedmAbs–862formorethan100differentproteinsRabbitpAbs–50AntibodyApplication

Depletionofhigh-abundantproteinsImmunohistochemistryIsolationofproteincomplexes第93頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二LabsofHLPPAntibodyBankingProjectNational(China):Qi-HongSun/JianenGao,MingLi,MinZhao,DalingZhu,ChaonengJi,GangCheng,ZhinanChen,BoquanJing,JianWang/LinWu,XiaoningWang/YingLin,ZhengLi,JinliangYang,andJieTang.Internationalcollaboration:

HUPO-HAI(Dr.Uhlen)FHCRC/NCI-IBDC(Dr.Lee)GermanSystemsBiologyProject(Drs.Meyer,Ueffing)第94頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二Workingplan

Antibodydatasheet–ElectronicsubmissionformAntibodylist–Website/HLPPAntibodydatabaseAntibodydemands/applicationsAntibodyqualitycontrolAntibodyexchange,collection,anddistributionScaleofantibodybankAntibody-basedtechnologyInternationalcollaboration第95頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二第96頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二OutlineBackgroundProgressoftheHLPPInitiationoftheCNHLPPNextwork第97頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二ResearchprojectsDistributetheChinesespecimenstoreferencelabsoutsideChinaEstablishtheSOPsfortheblackracialpeople`sliversampleComprehensivelyanalyzethedataoftheproteinsexpressingprofileoftheFrenchspecimensEstablishtheSOPsfortheprotein-proteininteractionsandORFeomeInitiatevirtuallydiseasedliverproteomesubprojectInitiatevirtuallyproteomicmodificationandlocalizationsubprojects第98頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二CoordinationContinuetodiscussthecooperationwithotherinitiatives(e.g.MRPP,HPPP,PSI,HAI,etc.)orotherprogramme(e.g.SystemsBiologyProjectofGermany)EstablishtheheadquartersoftheHLPPContinuetopropagandizetheHLPPtothepublicandprivatedomainsStriveformorefinancialsupportsfrommoreresources第99頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二HLPPworkshopsJun.3,Washington Organizer:LauraBeretaJun.10,EBI/London Organizer:RolfApweilerAug.27,Munich Organizer:FuchuHe第100頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二報告提要蛋白質(zhì)組學產(chǎn)生的時代背景“人類蛋白質(zhì)組計劃”的目標與意義蛋白質(zhì)組學與毒理學/環(huán)境醫(yī)學第101頁，共115頁，2023年，2月20日，星期二主要作用揭示環(huán)境因素的致病機制了解化學毒物的代謝途徑解析微生物蛋白質(zhì)組組成增強疾病預防診斷與治療第1