Doc.Huang生化案例討論目前一頁\總數(shù)四十頁\編于十三點問題討論？？？HIV基因組的復(fù)制過程？（參考章節(jié)：DNA的生物合成、RNA的生物合成）逆轉(zhuǎn)錄如何導(dǎo)致HIV基因突變？HIV基因突變的生物學(xué)意義？（參考章節(jié)：DNA的生物合成）目前二頁\總數(shù)四十頁\編于十三點首先了解下：

HIV的基因組結(jié)構(gòu)及功能目前三頁\總數(shù)四十頁\編于十三點目前四頁\總數(shù)四十頁\編于十三點

一、HIV的基因組結(jié)構(gòu)及功能

HIV基因組為單股正鏈RNA二倍體，每條RNA鏈長約9.8kb，兩條鏈的5’端借氫鍵形成二聚體。與其他逆轉(zhuǎn)錄病毒相同，HIV的基因結(jié)構(gòu)從5’端到3’端依次為5’LTR-gag-pol-env-3’LTR。5’端有帽狀結(jié)構(gòu)m7G5ppp5GmpNp，3’端有polyA序列。除三個編碼結(jié)構(gòu)蛋白的基因gag、pol、env外，HIV還有較其他逆轉(zhuǎn)錄病毒更多的調(diào)節(jié)基因（regulatorygene）和附加基因(accessorygene)，其編碼的的調(diào)節(jié)蛋白在病毒的整個感染及復(fù)制過程中具有非常重要的作用，目前已發(fā)現(xiàn)至少有7種：tat、rev、nef、vpr、vpu、vpx和vif。

目前五頁\總數(shù)四十頁\編于十三點1．長未端重復(fù)序列：

HIV基因組兩端的長未端重復(fù)序列（longterminalrepeat,LTR）不編碼病毒產(chǎn)物，對于病毒基因表達的起始和調(diào)節(jié)至關(guān)重要，其上有許多細胞轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，可分為調(diào)節(jié)單位、核心轉(zhuǎn)錄單位和反式激活效應(yīng)元件單位（TAR）三個不同的調(diào)控功能區(qū)。目前六頁\總數(shù)四十頁\編于十三點2．Gag基因：gag基因能編碼約500個氨基酸組成的聚合前體蛋白，經(jīng)蛋白酶水解形成P17，P24核蛋白，使RNA不受外界核酸酶破壞。

gag基因編碼幾種病毒核心蛋白（衣殼蛋白）

目前七頁\總數(shù)四十頁\編于十三點3．Pol基因：

Pol基因編碼聚合酶前體蛋白，經(jīng)切割形成蛋白酶、整合酶、逆轉(zhuǎn)錄酶、核糖核酸酶H，均為病毒增殖所必需。

pol基因編碼3種酶：反轉(zhuǎn)錄酶、蛋白酶和整合酶目前八頁\總數(shù)四十頁\編于十三點4．Env基因

env基因編碼約863個氨基酸的前體蛋白并糖基化成gp160，gp120和gp41。gp120含有中和抗原決定簇，已證明HIV中和抗原表位，在gp120V3環(huán)上，V3環(huán)區(qū)是囊膜蛋白的重要功能區(qū)，在病毒與細胞融合中起重要作用。gp120與跨膜蛋白gp41以非共價鍵相連。gp41與靶細胞融合，促使病毒進入細胞內(nèi)。實驗表明gp41亦有較強抗原性，能誘導(dǎo)產(chǎn)生抗體反應(yīng)。

env基因編碼插入病毒外膜磷脂雙層中的糖蛋白。目前九頁\總數(shù)四十頁\編于十三點其他調(diào)節(jié)基因和附加基因5．TaT基因編碼蛋白可與LTR結(jié)合，以增加病毒所有基因轉(zhuǎn)錄率，也能在轉(zhuǎn)錄后促進病毒mRNA的翻譯。6．Rev基因產(chǎn)物是一種順式激活因子，能對env和gag中順式作用抑制序去抑制作用，增強gag和env基因的表達，以合成相應(yīng)的病毒結(jié)構(gòu)蛋白。7．Nef基因編碼蛋白P27對HIV基因的表達有負調(diào)控作用，以推遲病毒復(fù)制。該蛋白作用于HIvcDNA的LTR，抑制整合的病毒轉(zhuǎn)錄?？赡苁荋IV在體內(nèi)維持持續(xù)感集體所必需。目前十頁\總數(shù)四十頁\編于十三點其他調(diào)節(jié)基因和附加基因8．Vif基因?qū)IV并非必不可少，但可能影響游離HIV感染性、病毒體的產(chǎn)生和體內(nèi)傳播。9．VPU基因為HIV-1所特有，對HIV的有效復(fù)制及病毒體的裝配與成熟不可少。10．Vpr基因編碼蛋白是一種弱的轉(zhuǎn)錄激活物，在體內(nèi)繁殖周期中起一定作用。目前十一頁\總數(shù)四十頁\編于十三點二、DNA的反轉(zhuǎn)錄合成（Reversetranscription）目前十二頁\總數(shù)四十頁\編于十三點中心法則：目前十三頁\總數(shù)四十頁\編于十三點RNADNA

逆轉(zhuǎn)錄酶逆轉(zhuǎn)錄病毒和逆轉(zhuǎn)錄酶

目前十四頁\總數(shù)四十頁\編于十三點逆轉(zhuǎn)錄病毒細胞內(nèi)的逆轉(zhuǎn)錄現(xiàn)象RNA模板逆轉(zhuǎn)錄酶DNA-RNA雜化雙鏈RNA酶單鏈DNA逆轉(zhuǎn)錄酶雙鏈DNA目前十五頁\總數(shù)四十頁\編于十三點反轉(zhuǎn)錄病毒：

RNA病毒，含有反轉(zhuǎn)錄酶反轉(zhuǎn)錄：在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下以RNA為模板合成DNA的過程。反轉(zhuǎn)錄酶：以RNA為模板指導(dǎo)三磷酸脫氧核苷酸合成互補DNA（cDNA）的酶目前十六頁\總數(shù)四十頁\編于十三點1、反轉(zhuǎn)錄酶以tRNA為引物合成雙鏈cDNARNA指導(dǎo)的DNA聚合酶活性；DNA指導(dǎo)的DNA聚合酶活性；RNAseH的活性（是指它能夠從53和35兩個方向水解DNA-RNA雜合分子中的RNA）。然而：反轉(zhuǎn)錄酶中不具有3′→5′外切酶活性，因此沒有校正功能反轉(zhuǎn)錄酶有3種酶的活性：目前十七頁\總數(shù)四十頁\編于十三點反轉(zhuǎn)錄酶的結(jié)構(gòu)目前十八頁\總數(shù)四十頁\編于十三點2、反轉(zhuǎn)錄病毒在宿主細胞內(nèi)的主要活動（一）反轉(zhuǎn)錄合成雙鏈cDNA（二）雙鏈cDNA插入宿主染色體形成原病毒原病毒或前病毒：存在于真核染色體中和反轉(zhuǎn)錄病毒RNA基因組相對應(yīng)的雙鏈DNA序列。目前十九頁\總數(shù)四十頁\編于十三點反轉(zhuǎn)錄病毒RNA基因組和原病毒目前二十頁\總數(shù)四十頁\編于十三點反轉(zhuǎn)錄病毒RNA基因組轉(zhuǎn)變?yōu)殡p鏈cDNA的途徑目前二十一頁\總數(shù)四十頁\編于十三點問題4：HIV基因組的復(fù)制過程？HIV的復(fù)制.swf目前二十二頁\總數(shù)四十頁\編于十三點gag基因編碼幾種病毒核心蛋白（衣殼蛋白）;pol基因編碼3種酶：反轉(zhuǎn)錄酶、蛋白酶和整合酶;env基因編碼插入病毒外膜磷脂雙層中的糖蛋白。3、原病毒DNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生病毒RNA具有自我復(fù)制能力的反轉(zhuǎn)錄病毒基因組含有3個基因：目前二十三頁\總數(shù)四十頁\編于十三點①直接翻譯產(chǎn)生多蛋白Gag和Gag-Pol。②含有包裝信號，因此構(gòu)成完整的病毒基因組。③大約一半初級轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物經(jīng)過剪接加工形成gag-polmRNA和envmRNA。原病毒初級轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物有3種重要功能：目前二十四頁\總數(shù)四十頁\編于十三點初級轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物多蛋白Gag-Pol，經(jīng)過蛋白酶水解，可產(chǎn)生反轉(zhuǎn)錄酶、蛋白酶和整合酶。多蛋白Gag經(jīng)過加工，生成4種病毒衣殼蛋白。env基因編碼的Env蛋白，經(jīng)過加工以后插入病毒外膜磷脂雙層。這些病毒蛋白和病毒RNA基因組可以迅速組裝成許多新的反轉(zhuǎn)錄病毒顆粒。4、病毒RNA經(jīng)翻譯和包裝形成反轉(zhuǎn)錄病毒顆粒目前二十五頁\總數(shù)四十頁\編于十三點簡單地重溫下HIV感染的過程目前二十六頁\總數(shù)四十頁\編于十三點1、吸附及穿入HIV-1感染人體后，病毒選擇性的吸附于靶細胞的CD4受體上，病毒包膜發(fā)生構(gòu)象改變，外膜糖蛋白gp120的V3區(qū)與宿主細胞的CCR5或CXCR4結(jié)合，引起跨膜糖蛋白gp41區(qū)段HIV-1感染人體后，病毒選擇性的吸附于靶細胞的CD4受體上，病毒包膜發(fā)生構(gòu)象改變，外膜糖蛋白gp120的V3區(qū)與宿主細胞的CCR5或CXCR4結(jié)合，引起跨膜糖蛋白gp41區(qū)段與靶細胞膜上的融合結(jié)構(gòu)域發(fā)生融合，使病毒核衣殼穿入宿主細胞。與靶細胞膜上的融合結(jié)構(gòu)域發(fā)生融合，使病毒核衣殼穿入宿主細胞。目前二十七頁\總數(shù)四十頁\編于十三點2、脫衣殼和逆轉(zhuǎn)錄病毒進入細胞后包裹在病毒衣殼內(nèi)的病毒RNA，在與親環(huán)素結(jié)合的衣殼蛋白p24的輔助下出胞。這一過程對環(huán)孢菌素A敏感。緊接著病毒RNA利用自身逆轉(zhuǎn)酶的RNA依賴的DNA聚合酶和RNA酶活性進行逆轉(zhuǎn)錄，最后合成病毒基因組的雙鏈DNA分子(cDNA)。目前二十八頁\總數(shù)四十頁\編于十三點3、cDNA變?yōu)镈NA

環(huán)化cDNA在環(huán)化酶的作用下形成以共價或非共價結(jié)合的雙鏈環(huán)狀DNA分子。其中非共價結(jié)合的環(huán)狀DNA是整合到宿主染色體上的形式，抗病毒藥對此無效。大多數(shù)新合成的病毒DNA以游離、非整合的共價結(jié)合的環(huán)狀DNA形式保留在細胞漿內(nèi)，它沒有轉(zhuǎn)錄作用，但有致病理變化作用，抗病毒藥對以這種形式存在的病毒有效，可使病毒載量下降。目前二十九頁\總數(shù)四十頁\編于十三點4、轉(zhuǎn)錄出正鏈RNAcDNA插入細胞基因組成為前病毒，然后以前病毒為模板，轉(zhuǎn)錄出正鏈RNA，即為病毒基因組。目前三十頁\總數(shù)四十頁\編于十三點問題5：逆轉(zhuǎn)錄如何導(dǎo)致HIV基因突變？HIV基因突變的生物學(xué)意義？目前三十一頁\總數(shù)四十頁\編于十三點一、多種因素通過不同形式可引起DNA損傷堿基開環(huán)和糖苷鍵斷裂引起堿基丟失

輻射或氧化損傷等引起堿基改變

化學(xué)因素可引起核苷酸插入或缺失

輻射和化學(xué)損傷可引起DNA鏈斷裂物理和化學(xué)因素可引起DNA鏈間或鏈內(nèi)交聯(lián)目前三十二頁\總數(shù)四十頁\編于十三點二、DNA損傷的結(jié)果:其一，導(dǎo)致復(fù)制或轉(zhuǎn)錄障礙其二，導(dǎo)致復(fù)制后產(chǎn)生基因突變目前三十三頁\總數(shù)四十頁\編于十三點遺傳物質(zhì)的結(jié)構(gòu)改變而引起的遺傳信息改變，均可稱為突變。在復(fù)制過程中發(fā)生的DNA突變稱為DNA損傷(DNAdamage)。從分子水平來看，突變就是DNA分子上堿基的改變。

三、突變：目前三十四頁\總數(shù)四十頁\編于十三點四、突變的意義（一）突變是進化、分化的分子基礎(chǔ)（二）突變導(dǎo)致基因型改變（三）突變導(dǎo)致死亡（四）突變是某些疾病的發(fā)病基礎(chǔ)目前三十五頁\總數(shù)四十頁\編于十三點五、HIV的高突變率：HIV的突變率極高，基因組的點突變每天都可發(fā)生，導(dǎo)致HIV頻發(fā)表位突變。HIV為逆轉(zhuǎn)錄病毒，反轉(zhuǎn)錄酶中不具有3′→5′外切酶活性，因此沒有校正功能，DNA損傷修復(fù)能力較差，所以由反轉(zhuǎn)錄酶催化合成的DNA出錯率比較高，因而HIV的變異頻率非常高，每一輪復(fù)制都會引入約10個堿基的錯誤。目前三十六頁\總數(shù)四十頁\編于十三點六、HIV基因突變的生物學(xué)意義高的變異頻率使世界不同地區(qū)甚至同一感染個體不同時期HIV的基因組都有較大差異，即產(chǎn)生許多HIV的亞型

。目前三十七頁\總數(shù)四十頁\編于十三點HIV的亞型及分布

根據(jù)HIVgag和env區(qū)的基因序列，目前HIV-1可分為M、N和O三個進化組，兩個進化組之間序列的異質(zhì)性超過45%。依據(jù)env區(qū)序列，M組又可分為A-J10個亞型，亞型之間序列的異質(zhì)性為30%。A和D亞型主要見于中非；B亞型見于北美、歐洲、澳