如何做序列的分析第1頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月內(nèi)容提要

Blast簡介

Blast相關(guān)問題

Blast的應用

示例2第2頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月Blast簡介BLAST是NCBI中用來將一個蛋白質(zhì)或DNA序列和各種數(shù)據(jù)庫中的其他序列進行比對的主要工具。BLAST搜索是研究一個蛋白質(zhì)和基因的最基本的方法之一。Blast具有非常廣泛的運用確定特定的蛋白質(zhì)或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列確定哪些蛋白質(zhì)和基因在特定的物種中出現(xiàn)確定一個DNA或蛋白質(zhì)序列身份發(fā)現(xiàn)新基因

確定一個特定基因或蛋白質(zhì)有哪些已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了的變種研究可能存在多種剪切方式的表達序列標簽尋找對于一個蛋白質(zhì)的功能和/或結(jié)構(gòu)起關(guān)鍵作用的氨基酸殘基

3第3頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月主要的blast程序4第4頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月主要的blast程序程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進行比對。5第5頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟1.登陸blast主頁

/Blast.cgi2.根據(jù)已有序列類型和搜索目標，選擇合適的blast程序Blastn，Blastp，Blastx等3.填寫表單信息選擇要搜索的數(shù)據(jù)庫，并修改一些可選參數(shù)等4.提交任務5.查看和分析結(jié)果6第6頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

輸入要分析的序列NP_006735三種主要的輸入方式

剪切然后粘貼DNA或蛋白質(zhì)序列使用FASTA格式的序列簡單地使用索引號碼(如一個RefSeq

或GenBank(GI)的序號)7第7頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

選擇要搜索的數(shù)據(jù)庫（blastp）去冗余GenBank編碼序列PDB+SwissProt+PIR+PRFNr數(shù)據(jù)庫合并了若干個主要的蛋白質(zhì)

或DNA數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫有相同的序列，但nr

數(shù)據(jù)庫只收錄一個典型和常用的數(shù)據(jù)庫8第8頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

選擇要搜索的數(shù)據(jù)庫（blastn）9第9頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)1.LimitbyEntrezQuery可以用任何一種范圍限定詞來限定NCBIBLAST搜索的范圍10第10頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)2.

Maxtargetsequences：比對之后顯示的最大的比對序列的數(shù)目11第11頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)3.

Expectthreshold：期望值E是得分大于或等于某個分值S的不同的比對的數(shù)目在隨機的數(shù)據(jù)庫搜索中發(fā)生的可能性。默認值是10，表示隨機出現(xiàn)得分等于或高于比對得分S的期望數(shù)為10個。

當將期望選項值調(diào)小時，返回的數(shù)據(jù)

庫搜索結(jié)果將變少，匹配被搜索到的

概率也會變小。

增大E值將返回更多的結(jié)果。12第12頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)4.

Wordsize（字段長度）蛋白質(zhì)搜索，默認值是3核酸序列搜索，默認值是11

改變字段長度可以影響搜索

精度和速度13第13頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)5.

Matrix（打分矩陣）在一次BLAST搜索中，可以嘗試使用幾種不同的打分矩陣高PAM值取代矩陣適合于差異較大的序列

低BLOSUM62值的取代矩陣適合于差異較大的序列14第14頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)6.Compositionaladjustments，默認選擇，一般來說可改善E值的統(tǒng)計計算和提高靈敏度(減少返回的假陽性結(jié)果的數(shù)目)15第15頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

調(diào)整可選參數(shù)7.Filter（選擇性過濾條件）,

過濾器將鎖定諸如組成低復雜序列區(qū)(如Alu序列)，用一系列N（任意堿基）替代這些程序過濾對絕大多數(shù)序列是有利的，

可以幫助避免那些假的數(shù)據(jù)庫匹配但某些情況下可信的匹配也會過濾掉16第16頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

Blast輸出結(jié)果上部BLAST搜索的類型、關(guān)于查詢內(nèi)容和所搜索的數(shù)據(jù)庫的描述以及一個分類連接可以將結(jié)果按照物種進行分類中部數(shù)據(jù)庫中序列與查詢序列相匹配的項的列表，分為圖像和列表兩種描述方式下部一系列的兩兩序列比對，4種衡量的分數(shù)：比特分數(shù)、期望分數(shù)、一致性百分比、正性(相似性百分比)17第17頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

Blast輸出結(jié)果databaseprogramquerytaxonomy18第18頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟

Blast輸出結(jié)果每一個條帶表示數(shù)據(jù)庫中的一個與查詢序列相匹配的蛋白質(zhì)或核酸序列，被標以不同顏色表示親緣關(guān)系的遠近(根據(jù)比對的分)，最接近匹配用紅色表示。Highscoreslowevalues19第19頁，課件共22頁，創(chuàng)作于2023年2月具體步驟Blast輸出結(jié)果Score使用打分矩陣對匹配的片段進行打分，這是對各對氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結(jié)果，一般來說，匹配片段越長、相似性越高則Score值越大。Evalue在相同長度的情況下，兩個氨基酸殘基（或堿基）隨機排列的序列進行打分，得到上述Score值的概率的大小