DeNovoSequencingMethodsinProteomics蛋白質(zhì)組學(xué)中的從頭測(cè)序方法ChristopherHughes,BinMa,andGillesA.Lajoie摘要本綜述描述了通過(guò)質(zhì)譜進(jìn)行多肽從頭測(cè)序的方法。從頭測(cè)序方法利用計(jì)算的方式，直接從MS/MS譜實(shí)驗(yàn)來(lái)推斷多肽序列或部分序列。討論了很多從頭測(cè)序方法背后的概念。通過(guò)串聯(lián)質(zhì)譜來(lái)識(shí)別多肽的其他方法是匹配碎片離子和來(lái)自一個(gè)基因組或蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的有效肽離子。當(dāng)基因組未知時(shí)，從頭測(cè)序方法對(duì)識(shí)別蛋白質(zhì)是必不可少的，但甚至當(dāng)基因組已知時(shí)，它們也是非常有用的，因?yàn)樗鼈儾皇茉谝粋€(gè)搜索數(shù)據(jù)庫(kù)中的錯(cuò)誤的影響。從頭測(cè)序方法的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是，部分序列能夠被用來(lái)搜索翻譯后修飾，或進(jìn)行由基于同源的軟件的突變的識(shí)別。引言

質(zhì)譜分析法（MS）在生物科學(xué)中扮演了一個(gè)越來(lái)越重要的角色。MS一直被用于分析小分子但是最近已經(jīng)成為了一種可選擇的檢測(cè)蛋白質(zhì)特性的工具。現(xiàn)代質(zhì)譜儀能夠在一個(gè)相對(duì)較短的時(shí)間里分析一個(gè)成千上萬(wàn)條肽的混合物并獲得序列信息。因?yàn)樗撵`敏度、準(zhǔn)確性和穩(wěn)健性，MS已經(jīng)取代早期化學(xué)和酶的方法進(jìn)行蛋白質(zhì)測(cè)序。MS的最新進(jìn)展，分離科學(xué)和生物信息學(xué)，都有助于蛋白質(zhì)組學(xué)的快速出現(xiàn)。事實(shí)上，蛋白質(zhì)組學(xué)，或全球研究的整個(gè)蛋白質(zhì)的細(xì)胞或組織，已經(jīng)形成了一個(gè)自己的領(lǐng)域。由于這些技術(shù)的進(jìn)步，在一個(gè)高吞吐量的程度下，使完成分析一個(gè)非常復(fù)雜的蛋白質(zhì)混合物成為可能。蛋白質(zhì)組學(xué)可以提供基因組分析中特別是蛋白質(zhì)的修飾、定位和量化中不能探究的問(wèn)題的答案。引言各種質(zhì)譜分析儀和儀器設(shè)計(jì)目前可用于蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)。絕大多數(shù)儀器設(shè)計(jì)在現(xiàn)在的研究實(shí)驗(yàn)室發(fā)現(xiàn)的均是混合工具，結(jié)合兩個(gè)或更多的質(zhì)譜分析儀（Fig.1）。Database-DependentMethods從MS/MS譜鑒別肽的主要的方法可以被劃分為兩大類：databasedependentanddatabaseindependent（fig.3）。Database-DependentMethods的鑒別策略企圖匹配從MS譜中獲得的實(shí)驗(yàn)光譜與表現(xiàn)出從一個(gè)蛋白質(zhì)或從基因組數(shù)據(jù)庫(kù)生成的已經(jīng)被翻譯的假設(shè)肽的理論光譜。顯然，這些