醫(yī)學(xué)期刊常用名詞的編排

隨著生物技術(shù)在各研究領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用，基因、蛋白質(zhì)、工具酶和病毒符號的使用頻率越來越高。該符號的使用規(guī)范直接關(guān)系到手稿內(nèi)容的正確表達。但是,目前國內(nèi)對上述名詞的編排尚無統(tǒng)一的規(guī)則標準,各家編輯出版單位在處理方式上自成一體,表達形式多樣,隨意性很強。實際上,分子生物學(xué)領(lǐng)域中常用名詞字符的用法有其特定的含義,其表述和編排方式也是有據(jù)可依的。筆者結(jié)合有關(guān)文獻,在調(diào)查了15種醫(yī)學(xué)期刊(2009年至2010年間出版的共計52期)分子生物學(xué)名詞編排情況的基礎(chǔ)上,探討規(guī)范的編排形式?；蛟S,所述內(nèi)容未必完全正確,旨在引起廣大同行的關(guān)注和進行有益的切磋、交流。見表1。1基因和蛋白質(zhì)1.1基因符號的書寫基因為貢獻于表型或功能的DNA片段;蛋白質(zhì)是基因表達的產(chǎn)物,通常指基因編碼蛋白質(zhì)。基因的命名在不同物種間存在差異。按照《TIG遺傳命名指南》,人類基因的全稱不用斜體;基因符號,即基因名稱的縮寫,由斜體大寫的拉丁字母(一般不超過6個)與正體的阿拉伯數(shù)字組成,之間不含標點,也不用上下角標。如肌肉調(diào)節(jié)因子基因4,全名muscleregulatoryfactor4gene,其基因符號為MRF4。等位基因的命名與此相似,最好以3個字符以內(nèi)的大寫字母或阿拉伯數(shù)字表示,并與基因符號同行書寫,中間以“*”號將基因符號與特異的等位基因符號分開,如PGM1*1,D3S22*AI。若僅列等位基因符號,“*”號應(yīng)寫在前面。蛋白質(zhì)的名稱用相同基因符號的大寫正體表示,如MRF4。人類基因符號的書寫應(yīng)注意以下幾點:(1)羅馬數(shù)字宜改為對等的阿拉伯數(shù)字;(2)避免使用希臘字母作為基因符號,前綴為希臘字母的基因名稱應(yīng)轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的拉丁字母放在基因符號的末端,如GLA(半乳糖苷酶,α);(3)不使用標點符號;(4)避免表示組織特異性或分子量。實驗用細菌及鼠類基因和蛋白質(zhì)的命名規(guī)則與人類略有不同。細菌的基因符號由3個小寫斜體字母組成,如藻紅蛋白基因mpe;表型相同基因座(位點)的不同突變型,在3個字母后加1個大寫字母以斜體表示,如mpeA,mpeB;同一基因的不同突變位點以基因符號后特定的數(shù)字表示,如trpA23,若發(fā)生突變的具體基因位點無法確定,且等位基因的名稱僅為3個字母,則表示基因位點的大寫字母以連字符代替,如trp-23。蛋白質(zhì)產(chǎn)物的名稱以相對應(yīng)的基因或等位基因符號的正體表示,且首字母大寫,如MpeA,MpeB。鼠類的基因符號由斜體字母和正體阿拉伯數(shù)字組成,首字母大寫,字符總數(shù)2～6個,如Tyr基因,Raf-1癌基因;等位基因的命名是在基因符號后加小寫的上標,如Gpila。蛋白質(zhì)用相同基因符號的大寫正體表示,如RAF-1蛋白。基因符號的命名與書寫規(guī)則并非一成不變,隨著科技的發(fā)展以及新技術(shù)的不斷應(yīng)用,為基因的命名提供了更多的條件和使用機會,使之得到進一步的改進和完善。除本文提及的TIG命名規(guī)則外,還有一些其他的命名系統(tǒng)。DemerercM等提出的基因命名規(guī)則包括:每個基因座以說明基因特性單詞的前3個字母或詞組的前3個首字母的小寫斜體表示,如組氨酸合成酶基因his(histidine的前3個字母),Rpl基因表明與核糖體的小亞基有關(guān)(由ribsomalproteinlarge3個單詞的首字母組成)。此外,也有學(xué)者曾先后提出了曲霉、釀酒酵母等基因符號的建議命名系統(tǒng),雖非正式標準,但使用者不在少數(shù)。在筆者調(diào)查的47篇涉及基因和蛋白質(zhì)名稱的文章中,基因符號采用斜體字符或正體加下劃線、蛋白質(zhì)字符以大寫正體表達方式的占46.8%(22/47),說明此種編排方法已得到部分學(xué)者和編輯同行的認可。筆者認為,《TIG遺傳命名指南》詳細地規(guī)定了各種基因和蛋白質(zhì)的表示方法,在國際上已被各研究領(lǐng)域的專業(yè)人士所接受,采用該命名系統(tǒng)較為規(guī)范、科學(xué)。1.2基因符號表達不規(guī)范在查閱的期刊中,基因和蛋白質(zhì)符號使用的不規(guī)范形式見表2,具體體現(xiàn)在以下幾個方面。1.2.1基因和蛋白質(zhì)的符號都采用大寫或小寫正體字母,如HSP70基因、HSP70蛋白,p24基因、p24蛋白,這種做法雖省事但不科學(xué),一旦符號后無基因或蛋白質(zhì)字樣,讀者很難區(qū)分所表達的確切含義。須指出的是,這種表述方式非常普遍。1.2.2符號的使用不分受試物種。如表示人類與鼠類的基因符號相同,均采用大寫或小寫字母的斜體表示。人類基因符號應(yīng)具有唯一性,不同于其他種屬,故某一基因在人類和其他動物中都存在時,其表述方式應(yīng)有所區(qū)別。1.2.3同種期刊或同一篇文章中基因、蛋白質(zhì)符號大小寫、正斜體混淆,甚至對同一符號的表述前后也不一致,以下列舉幾種現(xiàn)象。(1)一篇文章中同一符號的表示前后不一。如某期刊《野薔薇果提取物對不同腫瘤細胞抑制作用》中(受試物為小鼠)在方法部分提及的bcl-2基因、bax基因,在討論中又變成Bcl2基因和Bax基因;再如,《生長期缺鋅對大鼠海馬Egr家族基因表達影響》一文中對Egr(鋅指蛋白)基因的表述在前言和討論部分出現(xiàn)了3種形式:即“海馬Egr家族基因包括Egr1、Egr2、Egr3、Egr4”,“Egr基因家庭4種成員Egr-1、Egr-2、Egr-3、Egr-4”,“缺鋅使海馬鋅指蛋白Egr1,3,4基因表達下調(diào)”,讀后使人感覺全文對基因的表述很不嚴謹。(2)相同或不同刊期的文章對同一符號的表達不一致。如某刊同一期《鉛對大鼠星型膠質(zhì)細胞蛋白表達形式的影響》和《持續(xù)低氧對大鼠海馬神經(jīng)元凋亡及蛋白表達影響》文章中先后出現(xiàn)“c-Fos蛋白、c-Jun蛋白”和“c-fos蛋白、c-jun蛋白”2種形式;再如,某雜志在前后2期有關(guān)GSTP1基因多態(tài)性檢測的文章中,分別表述為“GSTP1基因”和“GSTP1基因”。同種期刊尚且如此不一,那么,不同期刊對某一基因和蛋白符號的編排就更為多樣化,因篇幅所限,不再例舉。(3)同一本期刊有些文章采用TIG命名方法,如XRCC1基因,P16蛋白,通篇一致;但在其他的文章中基因又以正體、或者蛋白質(zhì)以小寫形式出現(xiàn),如VDR基因、p21基因、rb蛋白等。這種情況也較為常見,提示期刊應(yīng)注重對TIG命名規(guī)則的宣傳和推廣使用。值得注意的是,上述不規(guī)范問題40%出自省部級科研課題及國家自然科學(xué)基金資助項目、能夠反映學(xué)科發(fā)展趨勢和某專業(yè)領(lǐng)域研究熱點的基金論文。由于文稿具有的特殊意義,往往被視為每期刊載內(nèi)容中的“重頭戲”和“招牌論文”?？紤]到文章的學(xué)術(shù)價值和影響力,期刊編輯一般僅著重于對論文學(xué)術(shù)內(nèi)容的審核,而疏于對基因、蛋白質(zhì)等外文字符的細致甄別、復(fù)核,作者怎么寫,編者就怎么發(fā)排,致使出現(xiàn)前后不一致的情況。為避免出現(xiàn)類似問題,期刊編輯在日常工作中應(yīng)樹立牢固的責任意識和標準規(guī)范意識,以求真務(wù)實的科學(xué)態(tài)度把好質(zhì)量關(guān),力求每一篇文章、每一本期刊的字母符號規(guī)范、統(tǒng)一,符合科技期刊一致性原則的要求。2模式1:具有一般性的敘述形式國際病毒分類委員會(ICTV)對病毒名稱的編排有明確的規(guī)定:病毒目、科、亞科、屬的名稱采用斜體,首字母大寫;正式定名病毒的種名用斜體,第1個單詞的首字母大寫,除專有名詞外,其他單詞首字母為小寫,如番茄花葉病毒(Tomatomasaicvirus)。也有文獻指出:“在一般性的敘述中,病毒種名不必采用斜體,僅在指代分類系統(tǒng)中表述正式種名時使用”。但作者并未對如何界定“一般性的敘述”作深入分析,使人難以把握概念的確切含義。在筆者調(diào)查的29篇涉及病毒名稱(均為正式系統(tǒng)分類)的文章中,只有1篇病毒名稱用斜體表示,其余均以正體編排,且病毒種名中每個單詞的首字母大小寫形式不一(見表2)。建議病毒名稱即使全部采用正體編排,也應(yīng)求得單詞首字母書寫的規(guī)范和統(tǒng)一。3編碼和表述方式限制性內(nèi)切酶和DNA聚合酶是基因重組技術(shù)中非常重要的工具酶,是DNA分子克隆和序列分析中必不可少的研究酶系。限制性內(nèi)切酶是指只能在一定的DNA序列上進行切割的酶。其命名是依據(jù)內(nèi)切酶來源微生物的名稱而定,而微生物的學(xué)名又是根據(jù)拉丁語學(xué)名的“雙名法”(即由屬名和種名組成)來進行?？偟囊?guī)則是:一般采用3個斜體字母,即用微生物屬名的第1個字母大寫和種名的前2個字母小寫,組成的縮略語表示寄主菌的物種名稱。若微生物有不同的變種或菌株,再加上該變種或菌株名稱的第1個字母,以大寫正體表示;從一種微生物中發(fā)現(xiàn)多種不同的限制或修飾酶,則依發(fā)現(xiàn)和分離的先后次序用羅馬數(shù)字表示。如從大腸埃希桿菌(Escherichiacoli)RT菌株分離的第1種限制性內(nèi)切酶表示為EcoRⅠ,字母E為大腸埃希桿菌屬名的首字母,co為種名的前2個字母,R為菌株編號,Ⅰ為分離出酶的次序。與限制性內(nèi)切酶表達方式類似,耐熱DNA聚合酶也與來源細菌名稱相關(guān),如TaqDNA聚合酶、TthDNA聚合酶等前3個字母均來源于微生物的屬名和種名。在調(diào)查的期刊中對限制性內(nèi)切酶不規(guī)范的表述方式主要體現(xiàn)在所有字符均采用正體,這種方式既掩蓋了限制性內(nèi)切酶與其來源微生物的關(guān)系,也不符合“生物學(xué)中拉丁語學(xué)名的屬名及種名應(yīng)采用斜體字母表示”的編排規(guī)范。其他不規(guī)范形式見表2。4規(guī)范專利編碼規(guī)范對基因、蛋白質(zhì)、病毒、限制性內(nèi)切酶的表述和編排是一項比較復(fù)雜、煩瑣的工作,也是一直困擾編輯人員的技術(shù)問題。為保證分子生物學(xué)名詞的規(guī)范表達,建議國內(nèi)編輯出版部門根據(jù)國際上各專業(yè)委員會制定的命名規(guī)則和各行業(yè)標準,盡快制訂這些名詞統(tǒng)一的編排規(guī)范,使編輯在加工文稿時有章可循。醫(yī)學(xué)期刊要充