《單基因遺傳病臨床全外顯子組測序性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程（征求意見稿）》編制說明文件一、工作簡況（一）任務(wù)來源2023年7月，由深圳市標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)批準(zhǔn)《單基因遺傳病臨床全外顯子組測序性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程》立項(xiàng)。本標(biāo)準(zhǔn)起草工作組由北京協(xié)和醫(yī)院、浙江省人民醫(yī)院、大連市婦女兒童醫(yī)療中心（集團(tuán)）、吉林大學(xué)第一醫(yī)院、中國醫(yī)科大學(xué)附屬盛京醫(yī)院、重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院、云南省第一人民醫(yī)院、深圳華大基因股份有限公司、深圳華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室、安諾優(yōu)達(dá)基因科技（北京）有限公司、北京貝瑞和康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司共同組成。臨床全外顯子組測序指的是利用序列捕獲技術(shù)將外顯子區(qū)域捕獲并富集后進(jìn)行高通量基因測序，針對公共數(shù)據(jù)庫（如OMIM數(shù)據(jù)庫）中明確致病的基因，對獲得的全外顯子組數(shù)據(jù)進(jìn)行單基因遺傳病相關(guān)的變異校正及解讀信息注釋，從而獲得與受檢者相關(guān)的遺傳病變異信息的檢測方法。與傳統(tǒng)測序相比，全外顯子組測序在迅速獲得所有外顯子區(qū)域的遺傳信息的同時(shí)，顯著減低了成本，而與全基因組測序相比，它能夠在縮短周期，減少數(shù)據(jù)分析量及實(shí)驗(yàn)投入的基礎(chǔ)上有針對性的獲得大部分通過全基因組測序所獲得的信息，是一種高性價(jià)比的遺傳病分子診斷工具，也是當(dāng)今揭示遺傳性疾病致病原因最常用的方法。cWES可用于精確尋找遺傳病疑似患者，尤其是懷疑具有遺傳原因，但臨床上無法明確診斷的疑難雜癥患者；也可用于尋找有遺傳病生育史的人群的致病原因，輔助臨床診斷；還可以全面、快速、準(zhǔn)確地幫助育齡夫婦了解自身致病突變的攜帶情況，提供生育指導(dǎo)，預(yù)防出生缺陷的發(fā)生。據(jù)調(diào)研，目前市面上的臨床全外顯子組測序的整個(gè)檢測環(huán)節(jié)沒有統(tǒng)一的質(zhì)量規(guī)范，且暫無整個(gè)檢測環(huán)節(jié)的國家標(biāo)準(zhǔn)及行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。僅有2020年發(fā)布的《T/GDPMAA0003—2020廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)產(chǎn)前外顯子組測序遺傳咨詢和報(bào)告規(guī)范》和2021年發(fā)布的《T/CHIA21.2—2021中國衛(wèi)生信息與健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)學(xué)會(huì)組學(xué)樣本處理與數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)第2部分：全外顯子組測序數(shù)據(jù)分析》對部分應(yīng)用場景下的部分檢測環(huán)節(jié)進(jìn)行了相關(guān)規(guī)范的撰寫。隨著專家共識及社會(huì)對單基因遺傳病的關(guān)注，臨床全外顯子組測序的應(yīng)用越來越廣泛，市場上臨床全外顯子組測序產(chǎn)品的檢測整體質(zhì)量良莠不齊，急需相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)對其進(jìn)行規(guī)范統(tǒng)一。本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范了臨床全外顯子組測序性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)量控制（室內(nèi)質(zhì)控）的過程，涵蓋檢測性能和室內(nèi)質(zhì)控的要求、性能確認(rèn)的過程、方法和評估要求等，旨在為檢測服務(wù)提供商及提供相關(guān)檢測的各類檢測機(jī)構(gòu)，在開展全外顯子組測序?qū)θ祟惢蚪M進(jìn)行單基因遺傳病變異檢測時(shí)的質(zhì)量控制程序提供規(guī)范性建議，包含但不局限于運(yùn)行前性能確認(rèn)及運(yùn)行中室內(nèi)質(zhì)控的流程及要求，覆蓋范圍包括但不限于實(shí)驗(yàn)操作、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果判讀以及報(bào)告出具過程。適用于以大規(guī)模并行測序技術(shù)為技術(shù)路線的單基因遺傳性疾病全外顯子組測序，適用于該類型檢測服務(wù)提供商及提供相關(guān)檢測的各類檢測機(jī)構(gòu)。（三）主要編制過程1.前期準(zhǔn)備2023年6月，深圳華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室開展標(biāo)準(zhǔn)編制啟動(dòng)會(huì)議，對標(biāo)準(zhǔn)編制的內(nèi)容范圍、分工以及整體計(jì)劃等進(jìn)行全面討論。對調(diào)研資料加以整理分析，開始著手進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)各部分的起草工作。2.標(biāo)準(zhǔn)立項(xiàng)2023年7月28日，深圳市標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)批準(zhǔn)《單基因遺傳病臨床全外顯子組測序性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程》的立3.編制標(biāo)準(zhǔn)草案2024年3月20日，北京協(xié)和醫(yī)院與深圳華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室開展會(huì)議，對標(biāo)準(zhǔn)的整體范圍與框架、性能確認(rèn)流程、預(yù)期臨床用途等進(jìn)行全面研討。對調(diào)研資料加以整理分析，由深圳華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室起草標(biāo)準(zhǔn)的初步框架。大連市婦女兒童醫(yī)療中心（集團(tuán)）、吉林大學(xué)第一醫(yī)院、中國醫(yī)科大學(xué)附屬盛京醫(yī)院、重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院、云南省第一人民醫(yī)院、深圳華大基因股份有限公司、深圳華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室、安諾優(yōu)達(dá)基因科技（北京）有限公司、北京貝瑞和康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司共同成立標(biāo)準(zhǔn)編制小組。標(biāo)準(zhǔn)編制小組成員對標(biāo)準(zhǔn)初稿進(jìn)行審閱，并針對整體框架、標(biāo)準(zhǔn)閾值劃定、規(guī)范用語、引用文件等方面提出具體修改建議。2024年7月10日，召開第一次cWES團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)修改意見會(huì)議，對前期收集的各標(biāo)準(zhǔn)編制小組成員的標(biāo)準(zhǔn)一稿修改意見進(jìn)行全面討論，形成標(biāo)準(zhǔn)二稿。2024年8月9日，召開第二次cWES會(huì)議，主要研討平臺間差異的兼容方式，并同步標(biāo)準(zhǔn)二稿的修改部分。經(jīng)該次討論，編制小組根據(jù)討論結(jié)果進(jìn)行修改，形成標(biāo)準(zhǔn)三稿，即標(biāo)準(zhǔn)終稿。4．公開征求意見2024年9月～2024年10月，標(biāo)準(zhǔn)編制小組將標(biāo)準(zhǔn)草案發(fā)送給各臨床醫(yī)學(xué)遺傳中心、三甲醫(yī)院及研究所等單位的專家，并就草案進(jìn)行討論，以征求意見和建議。同時(shí)，深圳市標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)將征求意見稿提交至全國標(biāo)準(zhǔn)信息平臺和深圳市標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)官方微信公眾號，廣泛征求建議。二、標(biāo)準(zhǔn)原則/依據(jù)和主要內(nèi)容（一）制標(biāo)原則/依據(jù)1.1協(xié)調(diào)一致、依法原則以現(xiàn)行法律法規(guī)的相關(guān)規(guī)定和標(biāo)準(zhǔn)為基礎(chǔ)。本標(biāo)準(zhǔn)中的約束性條款已和這些法律法規(guī)、強(qiáng)制性標(biāo)準(zhǔn)的要求保持一致，并予以細(xì)化和延伸，且總體上未有悖于法律法規(guī)和強(qiáng)制性標(biāo)準(zhǔn)的要求。本標(biāo)準(zhǔn)在編制過程中結(jié)合了臨床全外顯子組測序的應(yīng)用現(xiàn)狀、性能要求及性能確認(rèn)方法等方面的實(shí)際情況。標(biāo)準(zhǔn)化的臨床全外顯子組測序性能確認(rèn)及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程對檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性、穩(wěn)定性具有重要意義。以臨床全外顯子組測序?qū)嶒?yàn)室及臨床實(shí)踐專家共識作為參考，結(jié)合臨床全外顯子組測序的實(shí)際檢測及數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，對臨床全外顯子組測序的樣本要求、檢測流程質(zhì)控要求、性能確認(rèn)要求及室內(nèi)質(zhì)控要求作出了充實(shí)而詳細(xì)的論述，使得本標(biāo)準(zhǔn)得以可能準(zhǔn)確的指導(dǎo)建立臨床全外顯子組測序?qū)嶒?yàn)室或機(jī)構(gòu)的方法規(guī)程。同時(shí)，在標(biāo)準(zhǔn)的編制過程中，考慮了臨床全外顯子組測序流程及性能驗(yàn)證方法的基本原則和標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程，便于推廣應(yīng)用。（二）主要內(nèi)容2.1規(guī)范了臨床全外顯子組測序性能確認(rèn)及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程的相關(guān)術(shù)語和定義；2.2規(guī)范了臨床全外顯子組測序樣本質(zhì)量控制要求；2.3規(guī)范了臨床全外顯子組測序樣本檢測技術(shù)指標(biāo)；2.4規(guī)范了臨床全外顯子組測序的性能確認(rèn)要求；2.5規(guī)范了臨床全外顯子組測序的室內(nèi)質(zhì)控要求。三、產(chǎn)業(yè)化情況和預(yù)期的經(jīng)濟(jì)效果隨著測序技術(shù)的發(fā)展及測序成本的不斷降低，遺傳病相關(guān)基因輔助診斷及篩查都從針對特定疾病、包含個(gè)別基因的小范圍檢測產(chǎn)品，逐漸擴(kuò)展到使用特異性探針捕獲及高通量二代測序技術(shù)在單次檢測中囊括全外顯子組乃至于全基因組，針對數(shù)以萬計(jì)的基因進(jìn)行測序及分析。外顯子組是個(gè)體基因組中直接參與蛋白質(zhì)編碼的DNA區(qū)域的總和。相對于特定疾病的小范圍檢測產(chǎn)品，單基因遺傳病臨床全外顯子組測序產(chǎn)品（下簡稱臨床全外）檢測范圍更廣，對于臨床上無法確診的疑難雜癥患者，尤其具有高度遺傳異質(zhì)性的罕見遺傳性疾病患者來說，選擇臨床全外可在一定程度上提高致病變異的檢出比例，縮短診斷周期、避免冗余檢測及侵入式檢查，起到輔助臨床診斷以及提供生育指導(dǎo)的作用。而相對于全基因組檢測產(chǎn)品，臨床全外僅捕獲基因組中1-2%左右的蛋白編碼DNA序列，但可覆蓋約85%的致病突變，可以顯著降低檢測成本（時(shí)間、費(fèi)用及存儲(chǔ)）、增加測序深度，同時(shí)提高后續(xù)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)分析的針對性。這使得近年內(nèi)越來越多的第三方檢測機(jī)構(gòu)都推出了自己的臨床全外檢測產(chǎn)品。隨著臨床全外檢測產(chǎn)品的不斷普及，對于臨床全外檢測產(chǎn)品的質(zhì)量控制方面的空缺也逐漸暴露出來。市場上缺乏清晰明確的指導(dǎo)檢測機(jī)構(gòu)進(jìn)行性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)，大部分僅依賴檢測機(jī)構(gòu)自建的質(zhì)量管理標(biāo)準(zhǔn)，或通過參與國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心（NCCL）舉辦的一年一度的室間質(zhì)量評價(jià)活動(dòng)，來獲得關(guān)于本實(shí)驗(yàn)室的檢測性能評價(jià)。實(shí)際檢測中，缺乏清晰、可用且可普及的性能驗(yàn)證及室內(nèi)質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)，既使得檢測機(jī)構(gòu)無法對自己的臨床全外產(chǎn)品的檢測性能及局限性有明確認(rèn)知、無法排除實(shí)驗(yàn)流程中（人、機(jī)、料、法、環(huán)）各因素變動(dòng)時(shí)可能引入的異常多檢或漏檢的質(zhì)量事故，又使得患者在選擇該類型檢測產(chǎn)品時(shí)，從不同機(jī)構(gòu)取得的檢測結(jié)果良莠不齊，還會(huì)造成相關(guān)部門無法對市面上的臨床全外產(chǎn)品進(jìn)行有效的檢測質(zhì)量監(jiān)管的情況。因此，為填補(bǔ)質(zhì)量控制方面的空缺，需要有一份標(biāo)準(zhǔn)對其進(jìn)行規(guī)范統(tǒng)一。通過實(shí)施統(tǒng)一的性能確認(rèn)和室內(nèi)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，不僅可以顯著提高基因檢測的準(zhǔn)確性和可靠性，還能夠帶來顯著的社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益，包括提高診斷效率、降低醫(yī)療成本、推動(dòng)行業(yè)規(guī)范與技術(shù)創(chuàng)新、提升公眾健康意識、增強(qiáng)監(jiān)管有效性等，這些效益的實(shí)現(xiàn)將進(jìn)一步推動(dòng)基因檢測行業(yè)的發(fā)展，為公共健康提供強(qiáng)有力的支持。四、國內(nèi)外相關(guān)研究依據(jù)、技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)目前國內(nèi)和國際上無臨床全外顯子組測序性能確認(rèn)及室內(nèi)質(zhì)控規(guī)程的相關(guān)國家標(biāo)準(zhǔn)、地方標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)，只有少數(shù)的相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)，具體如下；T/GDPMAA0003—2020廣東省精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)應(yīng)用學(xué)會(huì)產(chǎn)前外顯子組測序遺傳咨詢和報(bào)告規(guī)范T/CHIA21.2—2021中國衛(wèi)生信息與健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)學(xué)會(huì)組學(xué)樣本處理與數(shù)據(jù)分析標(biāo)準(zhǔn)第2部分：全外顯子組測序數(shù)據(jù)分析GB/T20470-2006臨床實(shí)驗(yàn)室室間質(zhì)量評價(jià)要求GB/T20468-2006臨床實(shí)驗(yàn)室定量