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文檔簡介
生物化學(xué)基礎(chǔ)知識整理總結(jié)
第一章蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能
第一節(jié)蛋白質(zhì)的分子組成
一、蛋白質(zhì)的元素組成
碳50?55%、氫6%?7%、氧19%?24%、氮13%?19%,硫0?4%。有的蛋白質(zhì)含有磷、碘。
少數(shù)含鐵、銅、鋅、鋅、鉆、銅等金屬元素。
蛋白質(zhì)的含氮量平均為16%,
每克樣品中含氮克數(shù)x6.25xl00=l(X)克樣品中蛋白質(zhì)含量(克%)
二、蛋白質(zhì)的基本組成單位---氨基酸(aminoacid)
1、氨基酸的結(jié)構(gòu)通式
天然蛋白質(zhì)的基本氨基酸共20種。為L-a-氨基酸(甘氨酸除外)生物界中也發(fā)現(xiàn)一些D系
氨基酸,主要存在于某些抗菌素以及個別植物的生物堿中。
2、氨基酸的分類
按其a-碳原子上側(cè)鏈R的結(jié)構(gòu)和理化特性的不同可分為:
1)非極性疏水性氨基酸:
氨基酸的R基團不帶電荷或極性極微弱的,如:甘氨酸、丙氨酸、綴氨酸、亮氨酸、異亮
氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸。R基團具有疏水性。
2)極性中性氨基酸:
R基團有極性,但不解離,或僅極弱地解離,它們的R基團有親水性。如:絲氨酸、蘇氨
酸、半胱氨酸、酪氨酸、谷氨酰胺、天門冬酰胺。
3)酸性氨基酸:
R基團有極性,且解離,在中性溶液中顯酸性,親水性強。如天門冬氨酸、谷氨酸。
4)堿性氨基酸:
R基團有極性,且解離,在中性溶液中顯堿性,親水性強。如組氨酸、賴氨酸、精氨酸。
3、氨基酸的理化性質(zhì)
1)兩性解離及等電點
氨基酸分子都含有堿性的a-氨基和酸性的a-竣基,因而是一種兩性電解質(zhì)。在溶液中其所
帶電荷取決于溶液的pH值,當氨基酸分子帶有相等正、負電荷,即所帶凈電荷為零時,溶
液的pH值稱為該氨基酸的等電點(pl)。
2)紫外吸收性質(zhì)
色氨酸、酪氨酸吸收峰在280nm左右,苯丙氨酸吸收峰在254nm。可利用此性質(zhì)采用紫外
分分光度法測定溶液中蛋白質(zhì)的含量,該法簡便快捷。
3)荀三酮反應(yīng)
氨基酸可與苛三酮縮合產(chǎn)生藍紫色化合物,其最大吸收峰在570nm??衫么诵再|(zhì)測定氨基
酸的含量。
四、蛋白質(zhì)的分類
(-)組成:單純蛋白質(zhì)及結(jié)合蛋白質(zhì)
(-)蛋白質(zhì)分子形狀:球狀蛋白質(zhì)及纖維狀蛋白質(zhì)
(三)蛋白質(zhì)的功能:
活性蛋白質(zhì):酶、激素蛋白質(zhì)、運輸和貯存蛋白質(zhì)等
非活性蛋白質(zhì):膠原、角蛋白等
第二節(jié)蛋白質(zhì)的分子結(jié)構(gòu)
蛋白質(zhì)為生物高分子物質(zhì),具有三維空間結(jié)構(gòu),執(zhí)行復(fù)雜的生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能
之間的關(guān)系密切。將蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)分為一級、二級、三級、四級結(jié)構(gòu)四個層次,后三者統(tǒng)
稱為高級結(jié)構(gòu)或空間構(gòu)象(conformation)。
一、蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)
1、概念:
蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)就是蛋白質(zhì)多肽鏈中氨基酸殘基的排列順序(sequence)。
由基因上遺傳密碼的排列順序所決定。氨基酸按遺傳密碼的順序,通過肽鍵連接起來,成為
多肽鏈,肽鍵是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的主鍵。
蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)決定了蛋白質(zhì)的二級、三級等高級結(jié)構(gòu)。
二、蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)
蛋白質(zhì)分子的多肽鏈并非呈線形伸展,而是折疊和盤曲構(gòu)成特有的比較穩(wěn)定的空間結(jié)構(gòu)。蛋
白質(zhì)的生物學(xué)活性和理化性質(zhì)主要決定于空間結(jié)構(gòu)的完整,蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)就是指蛋白質(zhì)
的二級、三級和四級結(jié)構(gòu)。
(-)蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)
1、概念:
蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)(secondarystructure)多肽鏈中主鏈原子的局部空間排布即構(gòu)象,不涉及
側(cè)鏈部分的構(gòu)象。維系蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的主要化學(xué)鍵是氫鍵。
2、肽鍵平面(或稱肽單位,peptideunit)
(1)中的C-N鍵長0.132nm,比相鄰的N-C單鍵(0.147nm)短,而較一般C=N雙鍵(0.128nm)
長,肽鍵中-C-N-鍵的性質(zhì)介于單、雙鍵之間,具有部分雙鍵的性質(zhì),因而不能旋轉(zhuǎn),這就
將固定在一個平面之內(nèi)
(2)肽鍵的C及N周圍三個鍵角之和均為360。,六個原子基本同處一個平面,肽鏈中能夠
旋轉(zhuǎn)的只有a碳原子所形成的單鍵,此單鍵的旋轉(zhuǎn)決定兩個肽鍵平面的位置關(guān)系,肽鍵平面
成為肽鏈盤曲折疊的基本單位。
3、蛋白質(zhì)主鏈構(gòu)象的結(jié)構(gòu)單元
蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)主要包括a-螺旋,供折迭,供轉(zhuǎn)角及無規(guī)卷曲
?a一一螺旋
(1)多個肽鍵平面通過a—碳原子緊密盤曲成穩(wěn)固的右手螺旋。
(2)主鏈呈螺旋上升,每3.6個氨基酸殘基上升一圈,螺距0.54nm。
(3)相鄰兩圈螺旋之間借肽鍵中C=0和N-H之間形成許多鏈內(nèi)氫健,每一個氨基酸殘基
中的NH和前面相隔三個殘基的C=0之間形成氫鍵。
(4)肽鏈中氨基酸側(cè)鏈R,分布在螺旋外側(cè)。
①極大的側(cè)鏈基團(存在空間位阻);
②連續(xù)存在的側(cè)鏈帶有相同電荷的氨基酸殘基;
③有Pro等亞氨基酸存在(不能形成氫鍵)。
?P--片層結(jié)構(gòu)
隹折疊是由若干肽段或肽鏈排列起來所形成的扇面狀片層構(gòu)象。
①是肽鏈相當伸展的結(jié)構(gòu),肽鏈平面之間折疊成鋸齒狀,相鄰肽鍵平面間呈110°角。氨基酸
殘基的R側(cè)鏈伸出在鋸齒的上方或下方。
②兩條肽鏈或一條肽鏈內(nèi)的兩段肽鏈間的C=0與NH之間形成氫鍵。
③兩段肽鏈可以是平行的,也可以是反平行的。
④平行的。一片層結(jié)構(gòu)中,兩個殘基的間距為0.65nm;反平行的。一片層結(jié)構(gòu),則間距為
0.7nm。
?P----轉(zhuǎn)角
蛋白質(zhì)分子中,肽鏈經(jīng)常會出現(xiàn)180。的回折,在這種回折角處的構(gòu)象就是。一轉(zhuǎn)角(0—turn
或p-bend)。0—轉(zhuǎn)角通常有4個氨基酸組成,靠第一個氨基酸殘基的C=O與第四個殘基
的NH之間形成氫鍵,而使結(jié)構(gòu)穩(wěn)定。
?無規(guī)卷曲
多肽主鏈中除可形成前述a—螺旋、B—片層、。一轉(zhuǎn)角等有規(guī)律的構(gòu)象外,其他部分沒有確
定規(guī)律性的肽鏈構(gòu)象,肽鏈中肽鍵平面不規(guī)則排列,稱無規(guī)卷曲(randomcoil)?
(-)模序
模序是指在多肽鏈內(nèi)順序上相互鄰近的二級結(jié)構(gòu)肽段常常在空間折疊中靠近,彼此相互作
用,形成一個具有特殊功能的空間結(jié)構(gòu)。如鈣結(jié)合蛋白中的結(jié)合鈣離子模序,鋅指結(jié)構(gòu)等。
三、蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)
1、概念:
一條多肽鏈在各種二級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上再進一步盤曲或折迭形成具有一定規(guī)律的三維空間結(jié)
構(gòu),稱為蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)(tertiarystructure),即整條多肽鏈中所有原子在三維空間的排
布位置。
2、維系力:
維系三級結(jié)構(gòu)的化學(xué)鍵主要是非共價鍵(次級鍵),如疏水鍵、氫鍵、鹽鍵、范氏引力等,
但也有共價鍵,如二硫鍵等。
3、結(jié)構(gòu)域(domain)
結(jié)構(gòu)域也是蛋白質(zhì)構(gòu)象中二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)之間的一個層次。在較大的蛋白質(zhì)分子中,蛋
白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)常可分割成一個或數(shù)個球狀或纖維狀的區(qū)域,每個區(qū)域折疊得較為緊密,有獨
特的空間構(gòu)象,各行其功能,稱為結(jié)構(gòu)域。
四蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)
1、概念:
是指亞基的立體排布、相互作用及接觸部位的布局。(quarternarystructure)每個具有獨立三
級結(jié)構(gòu)的多肽鏈單位稱為亞基(subunit),
2、維系力:
維持蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的有氫鍵、疏水鍵、鹽鍵以及范德華力等次級鍵。
一種蛋白質(zhì)中,亞基結(jié)構(gòu)可以相同,也可不同。
第三節(jié)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系
一、蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)與其構(gòu)象及功能的關(guān)系
(-)一級結(jié)構(gòu)是空間結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)
特定的空間構(gòu)象主要是由蛋白質(zhì)分子中肽鏈和側(cè)鏈R基團形成的次級鍵來維持,蛋白質(zhì)的
多肽鏈一旦被合成后,即可根據(jù)一級結(jié)構(gòu)的特點自然折疊和盤曲,形成一定的空間構(gòu)象。
變性與復(fù)性的研究也說明了蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)決定了它的二級、三級結(jié)構(gòu),即由一級結(jié)構(gòu)可
以自動地發(fā)展到二、三級結(jié)構(gòu)。
(-)一級結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系
一級結(jié)構(gòu)相似的蛋白質(zhì),其基本構(gòu)象及功能也相似,不同種屬的生物體的同一功能的蛋白質(zhì),
其一級結(jié)構(gòu)只有極少的差別,而且在系統(tǒng)發(fā)生上進化位置相距愈近的差異愈小。
二、蛋白質(zhì)空間橡象與功能活性的關(guān)系
蛋白質(zhì)多種多樣的功能與各種蛋白質(zhì)特定的空間構(gòu)象密切相關(guān),蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象是其功能
活性的基礎(chǔ),構(gòu)象發(fā)生變化,其功能活性也隨之改變。
(―)血紅蛋白和肌紅蛋白的結(jié)構(gòu)
Mb的功能主要是在肌肉中儲存。2,Hb在體內(nèi)的主要功能為運輸氧氣,是含有血紅素輔基
的蛋白質(zhì),血紅素的鐵原子共有6個配位鍵,其中4個與血紅素的毗咯環(huán)的N結(jié)合,一個與
珠蛋白亞基F螺旋區(qū)的第8位組氨酸(F8)殘基的咪喋基的N相連接,空著的一個配位鍵可
與02可逆地結(jié)合。
血紅蛋白的蛋白質(zhì)部分稱為珠蛋白(globin),非蛋白質(zhì)部分(輔基)稱為血紅素。Hb分子
由四個亞基構(gòu)成,結(jié)合一分子血紅素。正常成人Hb分子的四個亞基為兩條a鏈,兩條8
鏈。
a鏈由141個氨基酸殘基組成,有7個a—螺旋區(qū),在E和F螺旋段間的20多個疏水氨基酸側(cè)
鏈構(gòu)成口袋形的疏水區(qū),血紅素就嵌接在其中。
0鏈由146個氨基酸殘基組成,有8個a—螺旋區(qū)。
a亞基中a亞基和p亞基構(gòu)象相似。四亞基間有8對鹽鍵,它們的形成和斷裂將使整個分子
的空間構(gòu)象發(fā)生變化。
(二)血紅蛋白的構(gòu)象變化和結(jié)合氧
在血紅素中,四個n比咯環(huán)形成一個平面:
1、未與氧結(jié)合時Hb的a/0和a/。呈對角排列,結(jié)構(gòu)較為緊密,稱為緊張態(tài)(tensestate,T
態(tài))Fe++的位置高于平面0.075nm。
2、當O2進入某一個a亞基的疏水"口袋"時,與Fe++的結(jié)合會使Fe++嵌入四毗咯平面中,也
即向該平面內(nèi)移動約0.075nm,鐵的位置的這一微小移動,牽動F8組氨酸殘基連同F(xiàn)螺旋段
的位移,再波及附近肽段構(gòu)象,造成兩個a亞基間鹽鍵斷裂,使亞基間結(jié)合變松,使a/。和
a/0的長軸形成15。的夾角,結(jié)構(gòu)較為松弛,稱為松弛態(tài)(relaxedstate,R態(tài))并促進第二亞
基的變構(gòu)并氧合,后者又促進第三亞基的氧合,進而使Hb分子中第四亞基的氧合速度為第
一亞基開始氧合時速度的數(shù)百倍。
協(xié)同效應(yīng)(cooperativity)的定義是指一個亞基與其配體結(jié)合后,能影響寡聚體中另一亞基
與配體的結(jié)合能力。如果是促進作用則稱為正協(xié)同效應(yīng),反之稱為負協(xié)同效應(yīng)。
第四節(jié)蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)及其分離純化
蛋白質(zhì)是由氨基酸組成的大分子化合物,其理化性質(zhì)一部分與氨基酸相似,如兩性電離、等
電點、呈色反應(yīng)、成鹽反應(yīng)等,也有一部分又不同于氨基酸,如高分子量、膠體性、變性等。
根據(jù)蛋白質(zhì)的理化特性,常采用鹽析、透析、電泳、層析及超速離心等方法來分離純化蛋白
質(zhì)。
一、蛋白質(zhì)的理化特性
(-)蛋白質(zhì)的兩性電離
蛋白質(zhì)是由氨基酸組成的,其分子中除兩端的游離氨基和竣基外,側(cè)鏈中尚有一些解離基,
如谷氨酸、天門冬氨酸殘基中的丫和侯段基,賴氨酸殘基中的。氨基,精氨酸殘基的股基和
組氨酸的咪唾基當?shù)鞍踪|(zhì)溶液處于某一pH時,蛋臼質(zhì)游離成正、負離子的趨勢相等,即成
為兼性離子,此時溶液的pH值稱為蛋白質(zhì)的等電點(isoelectricpoint,簡寫pl)。
一處于等電點的蛋白質(zhì)顆粒,在電場中并不移動。蛋白質(zhì)溶液的pH大于等電點,該蛋白質(zhì)
顆粒帶負電荷,反之則帶正電荷。
一堿性氨基酸含量較多的蛋白質(zhì),等電點就偏堿性,如組蛋白、精蛋白等。反之,凡酸性氨
基酸含量較多的蛋白質(zhì),等電點就偏酸性,人體體液中許多蛋白質(zhì)的等電點在pH5.0左右,
所以在體液中以負離子形式存在。
(二)蛋白質(zhì)的膠體性質(zhì)
蛋白質(zhì)分子量頗大,介于一萬到百萬之間,故其分子的大小已達到膠粒1?100nm范圍之內(nèi)。
球狀蛋白質(zhì)的表面多親水基團,具有強烈地吸引水分子作用,使蛋白質(zhì)分子表面常為多層水
分子所包圍,稱水化膜,從而阻止蛋白質(zhì)顆粒的相互聚集。
(三)蛋白質(zhì)的變性、沉淀和凝固
天然蛋白質(zhì)的嚴密結(jié)構(gòu)在某些物理或化學(xué)因素作用下,其特定的空間結(jié)構(gòu)被破壞,從而導(dǎo)致
理化性質(zhì)改變和生物學(xué)活性的喪失,稱之為蛋白質(zhì)的變性作用(denaturation)。變性蛋白質(zhì)
只有空間構(gòu)象的破壞,蛋白質(zhì)變性本質(zhì)是次級鍵,二硫鍵的破壞,并不涉及一級結(jié)構(gòu)的變化。
變性蛋白質(zhì)和天然蛋白質(zhì)最明顯的區(qū)別是溶解度降低,同時蛋白質(zhì)的粘度增加,結(jié)晶性破壞,
生物學(xué)活性喪失,易被蛋白酶分解。
蛋白質(zhì)變性的原因:
物理因素:加熱、加壓、脫水、攪拌、振蕩、紫外線照射、超聲波等;
化學(xué)因素:強酸、強堿、乙醇、尿素、重金屬鹽、十二烷基磺酸鈉(SDS)等。
在臨床醫(yī)學(xué)上,變性因素常被應(yīng)用于消毒及滅菌。反之,注意防止蛋白質(zhì)變性就能有效
地保存蛋白質(zhì)制劑。
蛋白質(zhì)變性后,疏水基團外露,肽鏈融合相互纏繞繼而聚集,因而從溶液中沉淀析出,
此稱蛋白質(zhì)的沉淀。引起蛋白質(zhì)沉淀的方法主要有:鹽析、有機溶劑沉淀,重金屬鹽沉淀,
生物堿試劑沉淀等。
將接近于等電點附近的蛋白質(zhì)溶液加熱,可使蛋白質(zhì)可形成比較堅固的凝塊,稱蛋白質(zhì)
凝固。加熱首先是加熱使蛋白質(zhì)變性,有規(guī)則的肽鏈結(jié)構(gòu)被打開呈松散狀不規(guī)則的結(jié)構(gòu),分
子的不對稱性增加,疏水基團暴露,進而凝聚成凝膠狀的蛋白塊。如煮熟的雞蛋,蛋黃和蛋
清都凝固。
蛋白質(zhì)的變性、沉淀,凝固相互之間有很密切的關(guān)系。但蛋白質(zhì)變性后并不一定沉淀,
變性蛋白質(zhì)只在等電點附近才沉淀,沉淀的變性蛋白質(zhì)也不一定凝固。例如,蛋白質(zhì)被強酸、
強堿變性后由于蛋白質(zhì)顆粒帶著大量電荷,故仍溶于強酸或強堿之中。但若將強堿和強酸溶
液的pH調(diào)節(jié)到等電點,則變性蛋白質(zhì)凝集成絮狀沉淀物,若將此絮狀物加熱,則分子間相
互盤纏而變成較為堅固的凝塊。
(四)蛋白質(zhì)的紫外吸收
蛋白質(zhì)中含有Tyr和Trp,因此在280nm處有特征性紫外吸收峰,且在一定濃度范圍內(nèi),其
A280nm與蛋白濃度呈正比,可用于蛋白質(zhì)定量。
(五)蛋白質(zhì)的呈色反應(yīng)
1、瑋三酮反應(yīng)
a一氨基酸與水化瑋三酮(苯丙環(huán)三酮戊燒)作用時,產(chǎn)生藍色反應(yīng),由于蛋白質(zhì)是由許多
a一氨基酸組成的,所以也呈此顏色反應(yīng)。
2、雙縮版反應(yīng)
蛋白質(zhì)在堿性溶液中與硫酸銅作用呈現(xiàn)紫紅色,稱雙縮胭反應(yīng)。凡分子中含有兩個以上一
CO-NH—鍵的化合物都呈此反應(yīng)。
二、蛋白質(zhì)的分離純化
(-)丙酮沉淀及鹽析
用丙酮沉淀時,必須在0-4C的低溫條件下進行,丙酮用量一般10倍于蛋白體積。
在蛋白質(zhì)溶液中加入大量的中性鹽以破壞蛋白質(zhì)的膠體穩(wěn)定性而使其析出,這種方法稱為鹽
析。常用的中性鹽有硫酸錢、硫酸鈉、氯化鈉等。調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)溶液的pH至等電點后,再用
鹽析法則蛋白質(zhì)沉淀的效果更好。
(―)電泳
帶電粒子在電場中移動的現(xiàn)象稱為電泳。蛋白質(zhì)分子在溶液中可帶凈的負電荷或帶凈的正電
荷,故可在電場中發(fā)生移動。不同的蛋白質(zhì)分子所帶電荷量不同,且分子大小也不同,故在
電場中的移動速度也不同,據(jù)此可互相分離。
(三)透析與超濾
與低分子物質(zhì)比較,蛋白質(zhì)分子擴散速度慢,不易透過半透膜,粘度大,在分離提純蛋白質(zhì)
過程中,可利用透析袋將生物大分子物質(zhì)與小分子物質(zhì)分開的方法稱為透析(dialysis)o利
用正壓或離心力使蛋白質(zhì)溶液透過有一定截留分子量的超濾膜,達到濃縮蛋白質(zhì)的目的稱超
濾?
(四)層析
層析(chromatography)是一種利用混合物中各組分理化性質(zhì)的差異,在相互接觸的兩相(固
定相與流動相)之間的分布不同而進行分離分析的技術(shù)方法。主要的層析技術(shù)有離子交換層
析,凝膠層析,吸附層析及親和層析等。圖1-26
(五)超速離心
超速離心可用來分離純化蛋白質(zhì),也可用來測定蛋白質(zhì)的分子量。蛋白質(zhì)分子在強大的離心
力作用下,在溶液中回發(fā)生沉降,直至其所受的浮力與離心力相等,此時沉降停止。此時,
不同的蛋白質(zhì)分子分布于不同的液層而分離。
(六)分子篩
又稱凝膠過濾,是層析的一種,利用多孔狀的凝膠顆粒根據(jù)蛋白質(zhì)的分子大小進行分離的一
種層析技術(shù)。
第二章核酸的結(jié)構(gòu)與功能
第一節(jié)核酸的化學(xué)組成
核酸包括DNA和RNA兩大類。
組成核酸的元素有C、H、0、N、P等,P含量恒定,約占9?10%。測定P含量來代表核
酸量。
核酸經(jīng)水解可得到核甘酸,核甘酸水解產(chǎn)生核甘和磷酸,核甘水解,產(chǎn)生戊糖和含氮堿基。
一、核甘酸中的堿基成分
核甘酸中的堿基均為含氮雜環(huán)化合物,它們分別屬于喋吟衍生物和喀喔衍生物。核甘酸中的
0票吟堿(purine)主要是鳥11票嶺(guanine,G)和腺嚓吟(adenine,A),喀咤堿(pyrimidine)
主要是胞喀呢(cytosine,C)、尿喘陡(uracil,U)和胸腺喀嚏(thymine,T)?DNA和RNA
都含有鳥噪吟(G)、腺喋吟(A)和胞喀咤(C);胸腺嘴咤(T)只存在于DNA,而尿唏
咤(U)只存在于RNA。
噂吟和喀咤環(huán)中含有共輾雙鍵,對260nm左右波長的紫外光有較強的吸收。堿基的這一特性
常被用來對堿基、核甘、核甘酸和核酸進行定性和定量分析。
二、戊糖與核營
核酸中的戊糖有核糖(ribose)和脫氧核糖(deoxyribose)兩種,分別存在于核糖核甘酸和
脫氧核糖核甘酸中。戊糖與啥呢或喋吟堿以糖甘鍵連接就稱為核甘,通常是戊糖的c-r與喀
味堿的N-1或喋吟堿的N-9相連接。
第二節(jié)核酸的一級結(jié)構(gòu)
核酸(DNA和RNA)的一級結(jié)構(gòu)是指其中的核甘酸的排列順序。核甘酸之間的連接方式是:
一個核甘酸的3,-0H與下一位核甘酸的夕位磷酸形成3,,5,磷酸二酯鍵,構(gòu)成不分支的線性大
分子,核酸具有方向性,末端分別稱為5,末端和3,末端。DNA的書寫應(yīng)從5,到3、
?RNA與DNA的差別主要有:
1)DNA中核甘酸的戊糖是脫氧核糖;
2)RNA中的喘咤堿基不含胸腺唏咤。
表示一個核酸分子結(jié)構(gòu)的方法有多種。堿基序列的書寫是由左向右書寫,左側(cè)是夕末端,右
側(cè)為3,末端。
寡核甘酸(oligonucleotide)是指二至十個甚至更多個核甘酸殘基以磷酸二酯鍵連接而成的
線性多核甘酸片段。目前多由儀器自動合成而用作DNA合成的引物(Primer)、基因探針
(probe)等,在現(xiàn)代分子生物學(xué)研究中具有廣泛的用途。
第三節(jié)DNA的空間結(jié)構(gòu)與功能
一、DNA的二級結(jié)構(gòu)雙螺旋結(jié)構(gòu)模型(doublehelixmodel)
(-)DNA的堿基組成
Chargaff規(guī)則:
(1)幾乎所有的DNA,無論種屬來源如何,A=T,G=C,A+G=C+T;
(2)不同生物來源的DNA堿基組成不同,即A+T/G+C比值不同;
(3)同一生物的不同組織的DNA堿基組成相同;
(4)一種生物DNA堿基組成不隨年齡、營養(yǎng)狀態(tài)、環(huán)境變化而改變、
(二)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型的要點
1953年,Watson和Crick以立體化學(xué)原理為準則,對Wilkins和Franklin的DNA的X-射線
衍射分析結(jié)果加以研究,提出了DNA結(jié)構(gòu)的雙螺旋模式,其主要內(nèi)容如下:
⑴反平行的右手雙螺旋結(jié)構(gòu),螺距為3、4nm,直徑為2、Onm。每圈10對堿基,存在大溝、
小溝
⑵主鏈位于螺旋外側(cè),堿基位于內(nèi)側(cè)
⑶兩鏈間A與T互補形成兩個氫鍵,G與C三個氫鍵
⑷螺旋的穩(wěn)定因素為氫鍵和堿基堆砌力
DNA雙螺旋是核酸二級結(jié)構(gòu)的重要形式。雙螺旋結(jié)構(gòu)理論支配了近代核酸結(jié)構(gòu)功能的研究
和發(fā)展,是生命科學(xué)發(fā)展史上的杰出貢獻。
二、DNA的超螺旋結(jié)構(gòu)
(-)DNA超螺旋-原核生物DNA的高級結(jié)構(gòu)
環(huán)狀和超螺旋示意圖雙螺旋DNA進一步扭曲盤繞則形成其三級結(jié)構(gòu),超螺旋是DNA三
級結(jié)構(gòu)的主要形式?,F(xiàn)已知道絕大多數(shù)原核生物都是共價封閉環(huán)(covalentlyclosedcircle,
CCC)分子,這種雙螺旋環(huán)狀分子再度螺旋化成為超螺旋結(jié)構(gòu)(superhelix或supercoil),研
究發(fā)現(xiàn),所有的DNA超螺旋都是由DNA拓撲異構(gòu)酶產(chǎn)生的。
(二)DNA在真核細胞內(nèi)的組裝
1>染色質(zhì)(chromatin)
染色質(zhì)的基本單位是核小體(nucleosome)<,由DNA和組蛋白組成。
組蛋白(histones)分為五種類型,即孫、H2A,H2B>H3和H—H2A,H2B,H3和H4各兩
分子構(gòu)成的致密八聚體,以及纏繞其長度為146bp的DNA鏈;核心顆粒間約60bp的連接
DNA和組蛋白H有構(gòu)成的連接區(qū)連接起來形成串珠樣結(jié)構(gòu)(圖2-8)。
三、DNA的功能
DNA是遺傳信息的載體,基因就是DNA分子中的某一區(qū)段。DNA的基本功能就是作為生
物遺傳信息復(fù)制的模板和基因轉(zhuǎn)錄的模板,它是生命遺傳繁殖的物質(zhì)基礎(chǔ),也是個體生命活
動的基礎(chǔ)。
第四節(jié)RNA的空間結(jié)構(gòu)與功能
DNA是遺傳信息的載體,遺傳信息的作用通常由蛋白質(zhì)的功能來實現(xiàn),但DNA并非蛋白
質(zhì)合成的直接模板,合成蛋白質(zhì)的模板是RNA。正常細胞遺傳信息的流向是:DNATRNA—
蛋白質(zhì)。
與DNA相比,RNA種類繁多,分子量相對較小,一般以單股鏈存在,但可以有局部二級結(jié)
構(gòu),其堿基組成特點是含有尿喀咤(uridin,U)而不含胸腺喀咤,堿基配對發(fā)生于C和G
與U和A之間,RNA堿基組成之間無一定的比例關(guān)系,且稀有堿基較多。此外,tRNA還
具有明確的三級結(jié)構(gòu)。
一、信使RNA(mRNA)的結(jié)構(gòu)與功能
1)mRNA可形成局部雙螺旋結(jié)構(gòu)的二級結(jié)構(gòu)。
2)mRNA在真核生物中的初級產(chǎn)物稱為HnRNA
3)5、端的7-甲基鳥昔三磷酸(m7GTP)帽子
4)3一端的多聚腺甘酸(polyA)尾
5)mRNA分子中帶有遺傳密碼
二、轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)
1)分子最小,含有稀有堿基最多(10%?20%)
2)二級結(jié)構(gòu):局部雙螺旋的形成“三葉草”結(jié)構(gòu)。包括:氨基酸臂(3,末端CCA-OH)、DHU
環(huán)、反密碼環(huán)、丁中環(huán)等。
功能:轉(zhuǎn)運氨基酸IRNA(transferRNA)在假尿唏咤核昔中,不是通常喘咤環(huán)中1位氮原子,
而是喀咤環(huán)中的5位碳原子與戊糖的位碳原子之間形成糖昔鍵。
tRNA的共同三級結(jié)構(gòu)均呈倒L形,其中3,末端含CCA-OH的氨基酸臂位于一端,反密碼子
環(huán)位于另一端,DHU環(huán)和T中環(huán)雖在二級結(jié)構(gòu)上各處一方,但在三級結(jié)構(gòu)上卻相互鄰近。
三、核蛋白體RNA(rRNA)
?核蛋白體RNA(ribosomalRNA):是細胞內(nèi)含量最多的RNA,約占RNA總量的80%以上,
核蛋白體(ribosome)是蛋白質(zhì)生物合成的場所。
?大腸桿菌核蛋白體:小亞基由16SrRNA和21種蛋白質(zhì)構(gòu)成,大亞基由5S、23SrRNA和31
種蛋白質(zhì)構(gòu)成。
?真核生物核蛋白體:小亞基含18SrRNA和30多種蛋白質(zhì),大亞基含28S、5.8S、5s三種
rRNA,近50種蛋白質(zhì)。
四、其它RNA分子
?小核RNA(snRNA,smallnuclearRNA)存在于真核細胞的細胞核內(nèi),其功能是在hnRNA
成熟轉(zhuǎn)變?yōu)閙RNA的過程中,參與RNA的剪接,在將mRNA從細胞核運到細胞漿的過程
中起著十分重要的作用。
?小胞漿RNA(scRNA,smallcytosolRNA):存在于細胞漿中,是蛋白質(zhì)定位合成于粗面
內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上所需的信號識別體的組成成分。
?核仁小RNA(snoRNA,smallnucleolarRNA):催化性小RNA(smallcatalyticRNA)
?小片段干擾RNA(siRNA,smallinterferingRNA):與外源基因表達的相mRNA結(jié)合,并
誘發(fā)其mRNA降解。
五、核酶
某些RNA分子本身具有自我催化能力,可以完成rRNA的剪接.這種具有催化作用的RNA
被稱為核酶。
第五節(jié)核酸的理化性質(zhì)及其應(yīng)用
一、核酸的一般理化性質(zhì)
核酸為多元酸,具有較強的酸性。DNA是線狀高分子,粘度很大,RNA分子較小,因此粘
度也小得多。DNA分子在機械力的作用下易發(fā)生斷裂。DNA和RNA都具有紫外吸收特性,
最大吸收峰在260nm。
二、DNA的變性、復(fù)性與分子雜交
1>DNA變性(denaturation)
在理化因素作用下,DNA雙螺旋的兩條互補鏈松散而分開成為單鏈,從而導(dǎo)致DNA的理
化性質(zhì)及生物學(xué)性質(zhì)發(fā)生改變。
?變性的因素:
①高溫
②強酸強堿
③有機溶劑等
?變性后的性質(zhì)改變:
①增色效應(yīng):指DNA變性后對260nm紫外光的光吸收度增加的現(xiàn)象、
②旋光性下降
③粘度降低
④生物學(xué)功能喪失或改變
?DNA解鏈溫度:
加熱DNA溶液,使其對260nm紫外光的吸收度突然增加,達到其最大值一半時的溫度(融
解溫度,Tm),G+C的含量越高,則Tm越高。
2、DNA復(fù)性(renaturation)
指變性DNA在適當條件下,二條互補鏈全部或部分恢復(fù)到天然雙螺旋結(jié)構(gòu)的現(xiàn)象,它是變
性的一種逆轉(zhuǎn)過程。熱變性DNA一般經(jīng)緩慢冷卻后即可復(fù)性,此過程稱之為退火
(annealing)。
3、分子雜交:(hybridization)
兩條來源不同的單鏈核酸(DNA或RNA),只要它們有大致相同的互補堿基順序,經(jīng)退火
處理即可復(fù)性,形成新的雜種雙螺旋,這一現(xiàn)象稱為核酸的分子雜交。
DNA變性、復(fù)性與分子雜交——核酸雜交可以是DNA-DNA,也可以是DNA-RNA雜交。
在核酸雜交分析過程中,常將已知順序的核酸片段用放射性同位素或生物素進行標記。這種
帶有一定標記的已知順序的核酸片段稱為探針。不同來源的核酸變性后,合并在一處進行復(fù)
性,這時,只要這些核酸分子的核甘酸序列含有可以形成堿基互補配對的片段,復(fù)性也會發(fā)
生于不同來源的核酸鏈之間,形成所謂的雜化雙鏈這個過程稱為雜交。
第三章酶
第一節(jié)酶的分子結(jié)構(gòu)與功能
一、酶的分子組成
根據(jù)酶的組成成份,可分單純酶和結(jié)合酶兩類。
?單純酶(simpleenzyme)是基本組成單位僅為氨基酸的一類酶。它的催化活性僅僅決定于
它的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
?結(jié)合酶(conjugatedenzyme)的催化活性,除蛋白質(zhì)部分(酶蛋白)外,還需要非蛋白質(zhì)
的物質(zhì),即酶的輔助因子(cofactors)。
■全酶(結(jié)合蛋白質(zhì))=酶蛋白(蛋白質(zhì)部分)+輔助因子(非蛋白質(zhì)部分)
酶的輔助因子:金屬離子,小分子有機化合物。與酶蛋白疏松結(jié)合并與酶的催化活性有關(guān)的
耐熱低分子有機化合物稱為輔酶。與酶蛋白牢固結(jié)合并與酶的催化活性有關(guān)的耐熱低分子有
機化合物稱為輔基。酶蛋白決定反應(yīng)的特異性,輔酶與輔基運載氫原子、電子、基團。金屬
離子穩(wěn)定構(gòu)象、構(gòu)成酶的活性中心、連接作用。
現(xiàn)知大多數(shù)維生素(特別是B族維生素)是組成許多酶的輔酶或輔基的成分,體內(nèi)酶的種
類很多,而輔酶(基)的種類卻較少,通常一種酶蛋白只能與一種輔酶結(jié)合。
二、酶的活性中心
酶的分子中存在有許多功能基團例如,-NW、-COOH、-SH、-0H等,但并不是這些基團都
與酶活性有關(guān)。一般將與酶活性有關(guān)的基團稱為酶的必需基團(essentialgroup)。有些必需
基團雖然在一級結(jié)構(gòu)上可能相距很遠,但在空間結(jié)構(gòu)上彼此靠近,集中在一起形成具有一定
空間結(jié)構(gòu)的區(qū)域,該區(qū)域與底物相結(jié)合并將底物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物,這一區(qū)域稱為酶的活性中心
(activecenter),對于結(jié)合酶來說,輔酶或輔基上的一部分結(jié)構(gòu)往往是活性中心的組成成分。
構(gòu)成酶活性中心的必需基團可分為兩種,與底物結(jié)合的必需基團稱為結(jié)合基團,促進底物發(fā)
生化學(xué)變化的基團稱為催化基團。還有些必需基團雖然不參加酶的活性中心的組成,但為
維持酶活性中心應(yīng)有的空間構(gòu)象所必需,這些基團是酶的活性中心以外的必需基團。
不同的酶有不同的活性中心,故對底物有嚴格的特異性。
第二節(jié)酶促反應(yīng)的特點與機制
酶是生物催化劑(biologicalcatalyst),具有兩方面的特性,既有與一般催化劑相同的催化性
質(zhì),又具有一般催化劑所沒有的生物大分子的特征。
酶與一般催化劑的共同點包括:
①能催化熱力學(xué)上允許進行的化學(xué)反應(yīng),而不能實現(xiàn)那些熱力學(xué)上不能進行的反應(yīng);
②能縮短反應(yīng)達到平衡所需的時間,而不能改變平衡點;
③一般情況下,對可逆反應(yīng)的正反兩個方向的催化作用相同。
酶和一般催化劑的作用機理都是降低反應(yīng)的活化能,因為酶是蛋白質(zhì),所以酶促反應(yīng)又固有
其特點:
一、酶促反應(yīng)的特點
1、高度的催化效率
酶能顯著地降低活化能,故能表現(xiàn)為高度的催化效率。
酶促反應(yīng)速度比非催化反應(yīng)高1。713倍,例如,反應(yīng)
2H2O2T2H2。+。2
在無催化劑時,需活化能18,000卡/克分子;膠體鈿存在時,需活化能H,700卡/克分子;
有過氧化氫酶存在時,僅需活化能2,000卡/克分子以下。
2、高度的專一性
一種酶只作用于一類化合物或一定的化學(xué)鍵,以促進一定的化學(xué)變化,并生成一定的產(chǎn)物,
這種現(xiàn)象稱為酶的特異性或?qū)R恍浴?/p>
(1)絕對特異性(absolutespecifictity):有的酶只作用于一種底物產(chǎn)生一定的反應(yīng),稱為絕
對專一性,如胭酶,只能催化尿素水解成NH3和C02,而不能催化甲基尿素水解。
(2)相對特異性(relativespecificity):一種酶可作用于一類化合物或一種化學(xué)鍵,這種不
太嚴格的專一性稱為相對專一性。如脂肪酶不僅水解脂肪,也能水解簡單的酯類。
(3)立體異構(gòu)特異性(stereopecificity):酶對底物的立體構(gòu)型的特異要求,稱為立體異構(gòu)
專一性或特異性。如a-淀粉酶只能水解淀粉中a-l,4-糖昔鍵,不能水解纖維素中的供1,
4-糖昔健。
3、酶活性的可調(diào)節(jié)性
酶是生物體的組成成份,和體內(nèi)其他物質(zhì)一樣,不斷在體內(nèi)新陳代謝,酶的催化活性也受多
方面的調(diào)控。
4、酶活性的不穩(wěn)定性
酶是蛋白質(zhì),酶促反應(yīng)要求一定的pH、溫度等溫和的條件,強酸、強堿、有機溶劑、重金
屬鹽、高溫、紫外線、劇烈震蕩等任何使蛋白質(zhì)變性的理化因素都可能使酶變性而失去其催
化活性。
二、酶促反應(yīng)的機制
(-)酶-底物復(fù)合物的形成與誘導(dǎo)契合學(xué)說
當?shù)孜锱c酶接近時,底物分子可以誘導(dǎo)酶活性中心的構(gòu)象發(fā)生改變,使之成為能與底物分子
密切結(jié)合的構(gòu)象。
酶催化某一反應(yīng)時,首先在酶的活性中心與底物結(jié)合生成酶一底物復(fù)合物,此復(fù)合物再進行
分解而釋放出酶,同時生成一種或數(shù)種產(chǎn)物,此過程可用下式表示:
Kik3
E+S.二ES------------>E+P
酣底物工2中間產(chǎn)物醐產(chǎn)物
E代表酶,S代表底物,ES代表酶底物復(fù)合物(中間產(chǎn)物)
(-)酶促反應(yīng)的機制
I、臨近效應(yīng)
酶在反應(yīng)中將底物結(jié)合到它的活性中心使他們相互接近并形成有利于反應(yīng)的正確定向關(guān)系,
酶與底物間的靠近具有一定的取向,這樣反應(yīng)物分子才被作用,大大增加了ES復(fù)合物進入
活化狀態(tài)的機率。
2、張力作用
底物的結(jié)合可誘導(dǎo)酶分子構(gòu)象發(fā)生變化,比底物大得多的酶分子的三、四級結(jié)構(gòu)的變化,也
可對底物產(chǎn)生張力作用,使底物扭曲,促進ES進入活性狀態(tài)。
3、酸堿催化作用
酶的活性中心具有某些氨基酸殘基的R基團,這些基團往往是良好的質(zhì)子供體或受體,在
水溶液中這些廣義的酸性基團或廣義的堿性基團對許多化學(xué)反應(yīng)是有力的催化劑。
4、共價催化作用
某些酶能與底物形成極不穩(wěn)定的、共價結(jié)合的ES復(fù)合物,這些復(fù)合物比無酶存在時更容易
進行化學(xué)反應(yīng)。
第三節(jié)酶促反應(yīng)的動力學(xué)
酶促反應(yīng)動力學(xué)(kineticsofenzyme-catalyzedreactions)主要研究酶催化的反應(yīng)速度以及影
響反應(yīng)速度的各種因素。包括酶的濃度、底物的濃度、pH、溫度、抑制劑和激活劑等。
一、底物濃度對反應(yīng)速度的影響
在酶的濃度不變的情況下,底物濃度對反應(yīng)速度影響的作用呈現(xiàn)矩形雙曲線(rectangular
hyperbola)。
在底物濃度很低時,反應(yīng)速度隨底物濃度的增加而急驟加快,兩者呈正比關(guān)系,表現(xiàn)為一級
反應(yīng)。隨著底物濃度的升高,反應(yīng)速度不再呈正比例加快,反應(yīng)速度增加的幅度不斷下降。
如果繼續(xù)加大底物濃度,反應(yīng)速度不再增加,表現(xiàn)為0級反應(yīng)。
(-)米曼氏方程式
解釋酶促反應(yīng)中底物濃度和反應(yīng)速度關(guān)系的最合理學(xué)說是中間產(chǎn)物學(xué)說。酶首先與底物結(jié)合
生成酶底物復(fù)合物(中間產(chǎn)物),此復(fù)合物再分解為產(chǎn)物和游離的酶。
Michaelis和Menten,1913年提出了反應(yīng)速度和底物濃度關(guān)系的數(shù)學(xué)方程式,即著名的米-
曼氏方程。
Vmax[S]
V=-----------
Km+[S]
Vmax指酶促反應(yīng)的最大速度,[S]為底物濃度,Km是米氏常數(shù),V是在某一底物濃度時相
應(yīng)的反應(yīng)速度。當?shù)孜餄舛群艿蜁r,則V絲Vmax/Km[S],反應(yīng)速度與底物濃度
呈正比。當?shù)孜餄舛群芨邥r,此時VgVmax,反應(yīng)速度達最大速度,底物濃度
再增高也不影響反應(yīng)速度。
Kik3
E+S。=ES------------>E+P
的底物K2中間產(chǎn)物醐產(chǎn)物
米-曼氏方程的推導(dǎo)基與兩個假設(shè):
①測定的確反應(yīng)速度為初速度
②[S]超過[E]
ES的生成速度:d[ES}dt=Ki([E]-[ES])[S]
ES的分解速度:-d[ES]/dt=K2[ES]+K3[ES]
當反應(yīng)處與穩(wěn)態(tài)時:ES的生成速度=ES的分解速度:即
K)([E]-[ES])[S]=K2[ES]+K3[ES]
經(jīng)整理:
-([-E-]--[-ES-]-)-[-S]___際__%_
[ES]'Ki
令:
K2+K3
--------=Km
Ki
Km為米氏常數(shù),則[E][SHES][S]=Km[ES]
[E][S]
[ES]=
Km+[S]
由于反應(yīng)速度取決于單位時間內(nèi)P產(chǎn)物的生成量,所以V=K3[ES]
代入上式得:
.[E][S]
V=---------
Km+[S]
當?shù)孜餄舛群芨?,所有的酶都與底物生成中間產(chǎn)物(即[E]=[ES])時,反應(yīng)達到最大速度、
即:
Vmax=K3[ES]=K3[E]
Vmax[S]
V=-----------
代入上式得:米式方程:Km+[S]
(二)Km及Vm的意義
1.當反應(yīng)速度為最大速度一半時,米氏方程可以變換如下:
VmaxVmax[S]
~2~Km+[S]
進一步整理可得到:Km=[S]
可知,Km值等于酶反應(yīng)速度為最大速度一半時的底物濃度。
2.因為Km=K2+K3/K|,當K2?K3,即ES解離成E和S的速度大大超過分離成E和P
的速度時,上可以忽略不計,此時Km值近似于ES解離常數(shù)KS,此時Km值可用來表示
酶對底物的親和力。
K2二[E]⑻
Km==KS
K1―[ES]
Km值愈大,酶與底物的親和力愈?。籏m值愈小,酶與底物親和力愈大。酶與底物親和力
大,表示不需要很高的底物濃度,便可容易地達到最大反應(yīng)速度。
3.Km值是酶的特征性常數(shù),只與酶的性質(zhì),酶所催化的底物和酶促反應(yīng)條件(如溫度、
pH、有無抑制劑等)有關(guān),與酶的濃度無關(guān).酶的種類不同,Km值不同,同一種酶與不同
底物作用時,Km值也不同。各種酶的Km值范圍很廣,大致在10“?104M之間。
4.如果Km值已知,任何底物濃度時酶的飽和度(形成中間產(chǎn)物的酶占總酶的比例,saturation
fractionfEs)fEs便可計算出來。
[ES]=K3[ES]=V=⑸
[Et]K3|EtJVmaxKnt+[S]
5.Vm是酶完全被底物飽和時的反應(yīng)速度,與酶濃度成正比。
如果酶的總濃度已知,便可從Vmax計算酶的轉(zhuǎn)換數(shù)、例如,lO^moi/L的碳酸酢酶溶液
在一秒鐘內(nèi)可催化生成0、6moi/L的碳酸,則每秒鐘可催化生成6*105個分子的碳酸。
Vmax0.6mol/L/s
心=^^—=------------=6x105s-1
[E]10-6mol/L
K3又稱為酶的轉(zhuǎn)換數(shù),其定義是:當酶被底物充分飽和時,單位時間內(nèi)每個酶分子催化底
物轉(zhuǎn)變?yōu)楫a(chǎn)物的分子數(shù)、
(三)Km和Vmax的求法
底物濃度曲線是矩形雙曲線。從圖中很難精確地測出Km和Vmax。為此人們將米氏方程進
行種種變換,將曲線作圖轉(zhuǎn)變成直線作圖。
1、雙倒數(shù)作圖
將米氏方程兩邊取倒數(shù),可轉(zhuǎn)化為下列形式:
1Km11
-----------二----------------------?--------------------+----------------
VVmax[S]Vmax
1/V對1/[S]的作圖得一直線,其斜率是Km/V,在縱軸上的截距為1/Vmax,橫軸上的截距為
-l/Km,(圖3-4)
圖3-4雙倒數(shù)作圖法
2、Hanes作圖法
將米氏方程經(jīng)移項整理后可寫成:
[S]Km1
+[S]
VmVm
以[S]/V為縱坐標對[S]橫坐標作圖,所得直線,其縱軸的截距為Km/Vm,斜率為1/Vm。(圖
3-5)
圖3-5Hanes作圖法
二、酶濃度對反應(yīng)速度的影響
在一定的溫度和pH條件下,當?shù)孜餄舛却蟠蟪^酶的濃度時,酶的濃度與反應(yīng)速度呈正比
關(guān)系。
三、溫度對反應(yīng)速度的影響
化學(xué)反應(yīng)的速度隨溫度增高而加快。但酶是蛋白質(zhì),可隨溫度的升高而變性。一般地說,溫
度每升高10。。,反應(yīng)速度大約增加一倍。但溫度超過一定數(shù)值后,酶受熱變性的因素占優(yōu)勢,
反應(yīng)速度反而隨溫度上升而減緩,形成倒V形或倒U形曲線。在此曲線頂點所代表的溫度,
反應(yīng)速度最大,稱為酶的最適溫度(oplimumtemperature)(,
從動物組織提取的酶,最適溫度多在35c?40℃之間,酶的活性雖然隨溫度的下降而降低,
但低溫一般不破壞酶。溫度回升后,酶又恢復(fù)活性。臨床上低溫麻醉就是利用酶的這一性質(zhì)
以減慢組織細胞代謝速度,提高機體對氧和營養(yǎng)物質(zhì)缺乏的耐受體,有利于進行手術(shù)治療。
四、pH對反應(yīng)速度的影響
反應(yīng)介質(zhì)的pH可影響酶分子,特別是活性中心上必需基團的解離程度和催化基團中質(zhì)子供
體或質(zhì)子受體所需的離子化狀態(tài),也可影響底物和輔酶的解離程度,從而影響酶與底物的結(jié)
合。只有在特定的pH條件下,酶、底物和輔酶的解離情況,最適宜于它們互相結(jié)合,并發(fā)
生催化作用,使酶促反應(yīng)速度達最大值,這種pH值稱為酶的最適pH。
動物體內(nèi)多數(shù)酶的最適pH值接近中性,但也有例外,如胃蛋白酶的最適pH約1、8,肝精
氨酸酶最適pH約為9、8。
最適pH不是酶的特征性常數(shù),它受底物濃度、緩沖液的種類和濃度以及酶的純度等因素的
影響。
五、抑制劑對反應(yīng)速度的影響
凡能使酶的活性下降而不引起酶蛋白變性的物質(zhì)稱做酶的抑制劑。分為可逆性抑制和不可逆
性抑制兩類。
(一)不可逆性抑制作用(irreversibleinhibition)
抑制劑通常以共價鍵方式與酶的必需基團進行不可逆結(jié)合而使酶喪失活性,按其作用特點,
又有專一性及非專一性之分。
1、非專一性不可逆抑制
抑制劑與酶分子中一類或幾類基團作用,不論是必需基團與否,皆可共價結(jié)合,由于其中必
需基團也被抑制劑結(jié)合,從而導(dǎo)致酶的失活。某些重金屬(Pb++、Cu++、Hg++)及對氯汞苯
甲酸等,能與酶分子的疏基進行不可逆適合,許多以疏基作為必需基團的酶(通稱毓基酶),
會因此而遭受抑制,屬于此種類型。(圖3-T15)用二筑基丙醇(Britishanti-Lewisite,BAL)
或二毓基丁二酸鈉等含疏基的化合物可使酶復(fù)活。(圖3-T16)
Cl/SH人
/As-CH=CHCI+E--------?EAs-CH=CHCI+2HCI
ClSH、S
路易士氣疏基酶失活的酶酸
圖3-T15路易士氣對酶的影響
/S、(JH2-SHSHCH2-S\
/I:As-CH=CHCI
EAs-CH=CHCI+CH-SH■E+CH-S/
(JH2-0H
\HCH2OH
失活的酶BAL磕基酶BAL與碑劑結(jié)合物
圖3-T16二筑基丙醇的解毒作用
2、專一性不可逆抑制
抑制劑專一地作用于酶的活性中心或其必需基團,進行共價結(jié)合,從而抑制酶的活性。有機
磷殺蟲劑能專一作用于膽堿酯酶活性中心的絲氨酸殘基,使其磷?;豢赡嬉种泼傅幕?/p>
性。(圖3-T17)當膽堿酯酶被有機磷殺蟲劑抑制后,膽堿能神經(jīng)末稍分泌的乙酰膽堿不能
及時分解,過多的乙酰膽堿會導(dǎo)致膽堿能神經(jīng)過度興奮的癥狀。解磷定等藥物可與有機磷殺
蟲劑結(jié)合,使酶和有機磷殺蟲劑分離而復(fù)活。
/\+HU-t——>/\+MA
R-0Z、xR-0Z\-E
有機磷化合物羥基酶失活的酶酸
圖3-T17有機磷殺蟲劑對酶的作用
(二)可逆性抑制(reversibleinhibition)
抑制劑與酶以非共價鍵結(jié)合,在用透析等物理方法除去抑制劑后,酶的活性能恢復(fù),即抑制
劑與酶的結(jié)合是可逆的。這類抑制劑大致可分為以下三類。
1、競爭性抑制(competitiveinhibition)
(1)含義和反應(yīng)式
抑制劑I在化學(xué)結(jié)構(gòu)上與底物S個相似,能與底物S競爭酶E分子活性中心的結(jié)合基團,
因此,抑制作用大小取決于抑制劑與底物的濃度比,加大底物濃度,可使抑制作用減弱。例
如,丙二酸是琥珀酸脫氫酶的競爭性抑制劑。
圖丙二酸、蘋果酸及草酰乙酸和琥珀酸的結(jié)構(gòu)式
(2)反應(yīng)速度公式及作圖
¥黑⑴號)卷+高
抑制劑、底物和反應(yīng)速度之間的動力學(xué)關(guān)系及其雙倒數(shù)方程式為:
以1/V、1/6]分別為橫坐標和縱坐標作圖,繪成競爭性抑制作用的特性曲線。
磺胺藥與對氨基苯甲酸具有類似的結(jié)構(gòu),而對氨基苯甲酸、二氫喋吟及谷氨酸是某些細菌合
成二氫葉酸的原料,后者能轉(zhuǎn)變?yōu)樗臍淙~酸,它是細菌合成核酸不可缺少的輔酶。由于磺胺
藥是二氫葉酸合成酶的競爭性抑制劑,進而減少菌體內(nèi)四氫葉酸的合成,使核酸合成障礙,
導(dǎo)致細菌死亡??咕鲂?甲氧節(jié)氨嗡唾(TMP)能特異地抑制細菌的二氫葉酸還原為四
氫葉酸,故能增強磺胺藥的作用。
圖磺胺藥物與對氨基苯甲酸的結(jié)構(gòu)
特點:
⑴競爭性抑制劑往往是酶的底物類似物或反應(yīng)產(chǎn)物;
⑵抑制劑與酶的結(jié)合部位與底物與酶的結(jié)合部位相同;
⑶抑制劑濃度越大,抑制作用越大;增加底物濃度使抑制程度減小;
(4)動力學(xué)參數(shù):Km值增大,Vm值不變。
2、非競爭性抑制(non-competitiveinhibition)
(1)含義和反應(yīng)式
I和S在結(jié)構(gòu)上一般無相似之處,I常與酶分子上結(jié)合基團以外的化學(xué)基團結(jié)合,這種結(jié)合
并不影響底物和酶的結(jié)合,增加底物濃度并不能減少I對酶的抑制程度。
(2)反應(yīng)速度公式及作圖
抑制劑、底物濃度和反應(yīng)速度之間動力學(xué)關(guān)系:
以1/V、1/[S]為橫坐標和縱坐標作圖,繪成非競爭性抑制作用的特性曲線。
中性氨基酸(如丙氨酸)則是非競爭性抑制劑。
特點:
⑴非競爭性抑制劑的化學(xué)結(jié)構(gòu)不一定與底物的分子結(jié)構(gòu)類似;
⑵底物和抑制劑分別獨立地與酶的不同部位相結(jié)合;
⑶抑制劑對酶與底物的結(jié)合無影響,故底物濃度的改變對抑制程度無影響;
(4)動力學(xué)參數(shù):Km值不變,Vm值降低。
3、反競爭性抑制
僅與酶和底物形成的中間產(chǎn)物(ES)結(jié)合,使中間產(chǎn)物ES的量下降。這樣,既減少從中間
產(chǎn)物轉(zhuǎn)化為產(chǎn)物的量,也同時減少從中間產(chǎn)物解離出游離酶和底物的量。這種抑制作用稱為
反競爭性抑制作用。
E+S『2ES.E+S
1
ESI
特點:
⑴反競爭性抑制劑的化學(xué)結(jié)構(gòu)不一定與底物的分子結(jié)構(gòu)類似;
⑵抑制劑與底物可同時與酶的不同部位結(jié)合;
⑶必須有底物存在,抑制劑才能對酶產(chǎn)生抑制作用;抑制程度隨底物濃度的增加而增加;
(4)動力學(xué)參數(shù):Km減小,Vm降低。(表3-3)
表3-3各種可逆性抑制作用的比較
作用錯『無抑制劑競爭性抑制行競爭性抑制反競爭性抑制
EE
與I結(jié)合的組分
動力學(xué)參數(shù)
大
變
小
增
不
跑
表現(xiàn)KmKm
不
低
闡低
變
降
最大速度Vmax
標-貝氏作圖
增
增大
變
大
不
斜率Km/Vmax
不
增
大
大
變
增
1/Vmax
縱軸截距增
不
大
變
小
減
橫軸截距-1/Km
可逆性抑制
六、激活劑對酶促反應(yīng)速度的影響
能使酶活性提高的物質(zhì),都稱為激活劑(activator),可分為必須激活劑和非必須激活劑兩類。
其中大部分是離子或簡單的有機化合物。如Mg++是多種激酶和合成酶的激活劑,動物唾液
中的a-淀粉酶則受cr的激活。
第四節(jié)酶的調(diào)節(jié)
一、酶活性的調(diào)節(jié)
(-)酶原與酶原的激活
有些酶在細胞內(nèi)合成時,或初分泌時,沒有催化活性,這種無活性狀態(tài)的酶的前身物稱為酶
原(zymogen).酶原向活性的酶轉(zhuǎn)化的過程稱為酶原的激活。酶原激活實際上是酶的活性
中心形成或暴露的過程。
例如,胰蛋白酶原進入小腸后,受腸激酶或胰蛋白酶本身的激活,第6位賴氨酸與第7位異亮
氨酸殘基之間的肽鍵被切斷,水解掉一個六肽,酶分子空間構(gòu)象發(fā)生改變,產(chǎn)生酶的活性中
心,于是胰蛋白酶原變成了有活性的胰蛋白酶。
酶原激活的生理意義在于避免細胞內(nèi)產(chǎn)生的蛋白酶對細胞進行自身消化,并可使酶在特定的
部位和環(huán)境中發(fā)揮作用,保證體內(nèi)代謝的正常進行。
(-)變構(gòu)酶
有些酶除了活性中心外,還有一個或幾個部位,當特異性分子非共價地結(jié)合到這些部位時,
可改變酶的構(gòu)象,進而改變酶的活性,酶的這種調(diào)節(jié)作用稱為變構(gòu)調(diào)節(jié)(allostericregulation),
受變構(gòu)調(diào)節(jié)的酶稱變構(gòu)酶(allostericenzyme),這些特異性分子稱為效應(yīng)劑。變構(gòu)酶分子組
成,一般是多亞基的,分子中凡與底物分子相結(jié)合的部位稱為催化部位,凡與效應(yīng)劑相結(jié)
合的部位稱為調(diào)節(jié)部位,這二部位可以在不同的亞基上,或者位于同一亞基。
(三)前的共價修飾調(diào)節(jié)
酶蛋白肽鏈上的一些基團可與某種化學(xué)基團發(fā)生可逆的共價結(jié)合,從而改變酶的活性,這一
過程稱酶的共價修飾調(diào)節(jié)。包括磷酸化和去磷酸化、乙酰化和去乙?;⒓谆腿ゼ谆?/p>
以及腺首化和去腺昔化等,其中以磷酸化和去磷酸化最為常見。酶的共價修飾是體內(nèi)快速調(diào)
節(jié)酶活性的有一種重要方式。
二、酶含量的調(diào)節(jié)
除通過別構(gòu)調(diào)節(jié)和共價修飾調(diào)節(jié)來改變體內(nèi)現(xiàn)有酶的活性外,機體還可以通過誘導(dǎo)與阻遏酶
的合成或改變酶的降解速度來調(diào)節(jié)體內(nèi)酶的含量。
三、同工酶
同工
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