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文檔簡(jiǎn)介
ICS07.080
CCS
□B
地方標(biāo)準(zhǔn)
DBXX/TXXXX-XXXX
醫(yī)用供體豬基因鑒定通則
GeneraIprinciplesofgeneticidentificationformedicaIdonorpigs
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發(fā)布
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,,4-X—
刖后
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本文件由四川省經(jīng)濟(jì)和信息化廳提出。
本文件由四川省經(jīng)濟(jì)和信息化廳歸口。
本文件起草單位:
本文件主要起草人:
I
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醫(yī)用供體豬基因鑒定通則
1范圍
本文件規(guī)定了醫(yī)用供體豬基因鑒定的總體原則及鑒定方法。
本文件適用于醫(yī)用供體豬的生產(chǎn)、引種、交付過(guò)程中基因鑒定。
基因修飾動(dòng)物的基因鑒定可?參考本文件.
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件:不注日期的引用文件,其最新成本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB/T19495.4-2004轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測(cè)核酸定性PCR檢測(cè)方法
GB/T19495.7轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測(cè)抽樣和制樣
GB/T30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程
GB/I33bbi.1高通量基因測(cè)序樣本預(yù)處理方法第1部分:動(dòng)物組織樣本預(yù)處理
GB/T35537高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
GB/T38477基因表達(dá)的測(cè)定蛋白印跡法
3術(shù)語(yǔ)和定義
下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。
3.1
醫(yī)用供體豬medicaIdonorpigs
通過(guò)生物工程技術(shù)獲得,用于提供醫(yī)療用途的活器官或生物材料制備的低免疫原性豬及其群體。
a5
基因修飾geneticmodification
利用生物化學(xué)方法修改生物遺傳物質(zhì),使生物產(chǎn)生新性狀,修飾方式主要包括轉(zhuǎn)基因、基因編輯介
導(dǎo)的基因定點(diǎn)插入和基因敲除3種。
注:醫(yī)用供體豬常見(jiàn)基因修飾名稱(chēng)及種類(lèi)見(jiàn)附錄
3.3
基因整合geneintegration
符特定基因片段導(dǎo)入宿主基因組內(nèi)的基因修飾方法,包括轉(zhuǎn)基因和基因定點(diǎn)插入。
34
基因敲除knockout
符特定基因片段從基因組中去除的基因修飾方式。
基因修飾穩(wěn)定性檢測(cè)genetcmodificationstabiIitytest
通過(guò)連續(xù)檢測(cè)不同代數(shù)基因修飾動(dòng)物基因型、基因表達(dá)情況來(lái)評(píng)估基因修飾在動(dòng)物群體中遺傳穩(wěn)
定、及表達(dá)穩(wěn)定的手段。
1
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預(yù)期。判定基因整合見(jiàn)5.1.1.2a)。判定目標(biāo)基因的是否敲除,應(yīng)將符合預(yù)期的條帶回收,進(jìn)行Sanger
測(cè)序(見(jiàn)5.1.1.2b))。
注:基因整合鑒定示例見(jiàn)附錄BLEX29丫基因有效性檢測(cè)方法基因型鑒定部分,基因被除鑒定示例見(jiàn)附錄CGGTAlIt
效性檢測(cè)基因型鑒定部分。
5.1.1.2結(jié)果判定
a)出現(xiàn)目標(biāo)條帶,則判定基因整合有效。
b)目標(biāo)片段測(cè)序結(jié)果和參考序列比對(duì),靶位產(chǎn)生不為3的倍數(shù)堿基的插入和缺失,則判定基因敲
除有效。
5.1.2基因表達(dá)
5.1.2.1檢測(cè)方法
選取與目標(biāo)蛋白相結(jié)合的特異抗體對(duì)醫(yī)用供體豬組織、細(xì)胞水平進(jìn)行蛋白檢測(cè)。可采用蛋白免疫印
跡法、免疫組化/免疫熒光、酣聯(lián)免疫吸附技術(shù)、流式細(xì)胞術(shù)等方法進(jìn)行檢測(cè)。建議根據(jù)不同生產(chǎn)工藝
選擇合適的檢測(cè)方法,蛋白免疫臼跡法可作為基礎(chǔ)方法選用,蛋白免疫印跡法檢測(cè)及判定方法可參考
GB/T38477o蛋白免疫印跡、免疫組化(熒光)、酶聯(lián)免疫吸附技術(shù)檢測(cè)示例見(jiàn)附錄BLEA29Y基因有效
性檢測(cè)方法基因表達(dá)鑒定部分。流式細(xì)胞術(shù)技術(shù)檢測(cè)示例見(jiàn)附錄CGGTA1有效性檢測(cè)基因表達(dá)鑒定
部分。
5.1.2.2蛋白免疫印跡法結(jié)果判定
a)成像圖片本底干凈,能觀察到轉(zhuǎn)印膜均勻的輕微背景輪廓,目標(biāo)條帶清晰且不過(guò)曝,即可判定
目標(biāo)蛋白表達(dá)。
b)基因整合類(lèi)應(yīng)有目標(biāo)基因蛋白表達(dá),敲除類(lèi)應(yīng)無(wú)目標(biāo)基因蛋白表達(dá)。
5.2遺傳穩(wěn)定性檢測(cè)
5.2.1通用要求
醫(yī)用供體豬自然繁育進(jìn)行擴(kuò)大化培養(yǎng)時(shí)應(yīng)符合封閉群或近交系的育種方式,同時(shí)應(yīng)檢測(cè)基因遺傳
穩(wěn)定性。
5.2.2檢測(cè)方法
醫(yī)用供體豬群體每代個(gè)體均應(yīng)進(jìn)行基因型鑒定和基因表達(dá)檢測(cè),方法見(jiàn)5.1,應(yīng)連續(xù)監(jiān)測(cè)3代以上。
5.2.3結(jié)果分析
醫(yī)用供體豬基因型鑒定及基因表達(dá)檢測(cè)結(jié)果符合基因分離定律和自由組合定律,則認(rèn)為具有遺傳
穩(wěn)定性。
5.3安全性評(píng)價(jià)
5.3.1染色體結(jié)構(gòu)變異和脫靶檢測(cè)
在基因修飾過(guò)程中,存在染色體結(jié)構(gòu)變異和基因修飾脫靶的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)對(duì)原代個(gè)體進(jìn)行染色體結(jié)構(gòu)變
異和脫靶檢測(cè),評(píng)價(jià)安全性。
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采集醫(yī)用供體豬基因修飾前后的血液或組織進(jìn)行高通量測(cè)序,獲取醫(yī)用供體豬基因組序列信息,進(jìn)
行生物信息學(xué)分析。樣本處理參照GB/T33681.1的要求執(zhí)行,測(cè)序方法參照GB/T30989進(jìn)行,測(cè)序項(xiàng)量
控制參照GB/T35537執(zhí)行。
5.3.2結(jié)果分析
a)染色體結(jié)構(gòu)變異
基因修飾前后,除基因修飾位點(diǎn)外,染色體其他區(qū)域基因序列無(wú)差異,醫(yī)用供體豬基因組未發(fā)生非
預(yù)期基因片段插入、序列缺失、倒置、異位,則認(rèn)為在醫(yī)用供體豬制備過(guò)程中未引入基因安全風(fēng)險(xiǎn)。
b)脫靶檢測(cè)
使用Cas-OFFinder(CRISPRRGENTools(rgenome.net))或類(lèi)似算法模型工具,在豬基因組參考
序列內(nèi)匹配脫靶風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),允許sgRNA的靶標(biāo)序列存在1個(gè)?4個(gè)錯(cuò)配,醫(yī)用供體豬脫靶各風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)序列
信息和基因組參考序列一致,則認(rèn)為沒(méi)有脫靶,反之則存在脫靶風(fēng)險(xiǎn)。
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附錄A
(資料性)
醫(yī)用供體豬常見(jiàn)基因名及修飾類(lèi)型
GGTA1
B4GALNT2/B4GAI.NT2I.
基因敲除QIAH
PERV
SLAclassIorB2M
humanmembranecofactorproteintransgenic(hCD46-tg)
humandecay-acceleralingfactortransgenic(hCD55-lg)
humanmembraneinhibitorofreactivelysistransgenic(hCD59-tg)
humancomplement-regulatoryproteinClinhibitortransgenic(hCl-INH-lg)
Hl.A-E/humanbeta2-microglobulintransgenic(HLA-E/B2M-tg)
humansignalregulatoryproteinalphatransgenic(hCD47-tg)
humanLEA29Ytransgenic(LEA29Y-tg)
humanCTLA4-Igtransgenic(hCTLA4-Ig-tg)
porcineCTLA4-Igtransgenic(pCTLA4-Ig-tg)
基因整合
humandominant-negativemutantclassIItransactivatortransgenic(CIITA-DN-tg)
humanthrombomodulintransgenic(hTBM-tg)
humanendothelialproteinCreceptortransgenic(hEFCR-tg)
humantissuefactorpathwayinhibitortransgenic(hTFPl-tg)
humanectonucleosidetriphosphatediphosphohydro1ase^1transgenic(hCD39-tg)
humanecto-5'-nucleotidasetransgenic(hCD73-tg)
humantumournecrosisfactora-inducedprotein3(TNEA1P3)transgenic(A20-tg)
humanhaemeoxygenase1transgenic(hHMOXl-tg)
solublehumanTNFRI-Fctransgenic(shTNFRI-Fc-tg)
[來(lái)源:ReichartB,CooperDKC,IJinginM,TonjesRR,PiersonRN,WolfE.Cardiac
xenotransplantation:fromconcepttoclinic.CardiovascRes.2023Feb3;118(18):3499-3516.
coi:10.1093/cvr/cvacl80.PMID:36461918;PMCID:PMC9897693.]
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附錄B
(資料性)
LEA29Y基因整合有效性檢測(cè)方法
E.1LEA29Y基因型鑒定
E.1.1原理
以LEA29Y基因?yàn)榘形稽c(diǎn),設(shè)計(jì)上下游引物,進(jìn)行PCR檢測(cè)。
E.1.2樣品準(zhǔn)備
E.1.2.1樣品種類(lèi)
豬耳組織、血液等
E.1,2.2樣品采集
耳樣采集:在豬出生后盡快采集豬只耳樣,以便及時(shí)獲得新生渚基因型信息。采集耳樣前,采樣工
具及采樣部位做好消毒,使用耳標(biāo)鉗在豬耳朵上剪下耳組織,將耳組織放入1.5mL離心管中用于下一步
基因組提取。
血液采集:使用紫色采血管,采集豬全血3-5mL,采樣前將豬只保定好,行豬頸靜脈采血術(shù)。
E.1,2.3樣品處理
使用基因組DNA提取試劑盒(簡(jiǎn)石生物,TD468),提取樣品總DNA。用于下一步的PCR實(shí)驗(yàn)。
對(duì)于耳組織樣品,提取總DNA而應(yīng)對(duì)其進(jìn)行研磨處理,已獲得更高的濃度的基因組DNA。對(duì)于全血樣
本,應(yīng)首先進(jìn)行破紅處理,去除全血中無(wú)核的紅細(xì)胞后,提取白細(xì)胞總DNA,以提高基因組DNA質(zhì)量。
E.1.3PCR反應(yīng)
E1.3.1引物設(shè)計(jì)
針對(duì)LEA29Y基因序列,使用引物設(shè)計(jì)軟件或者網(wǎng)站設(shè)計(jì)特異性引物。本實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)引物序列如下:
上游引物:5'-GTACCCACCGCCATACTACG-3,;下游引物:5'-GCGATGTCGCTGGGATAGAA-3,
上下游引物位置及擴(kuò)增片段序列如下:
C「八AGGGCATAGGCAACGGAACCCAGATTTATGTAATTGATCCAGAACCGTGCCC
AGATTCTGACCAGGAGCCCAAATCTTCTGACAAAACTCACACATGCCC^CCGTGCCCAGCACCTGAACTCCT
GGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGG
TCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGT
GGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTC
CTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCC
AGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCC
CATCCCGGGATGAGCTGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGC
ATCGC
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E.1.3.2PCR反應(yīng)體系和程序
表B.1PCR反應(yīng)體系
組分名稱(chēng)組分用量
酶緩沖液KODBuffer2x10|iL
上游引物0.5gL
下游引物0.5gL
酶KOD0.25jiL
模板100ng-500ng
ddH2O添加到20HL
表B.2PCR反應(yīng)程序
步驟溫度時(shí)間循環(huán)
194℃2min1
298℃10s;60c30s;68℃30s:32
312c81
按照表1配置PCR反應(yīng)體系,按照衣B.2進(jìn)行PCR反應(yīng)程序。
E.1.3.3PCR擴(kuò)增產(chǎn)物鑒定
使用現(xiàn)的瓊脂糖,電壓120V,電泳15-20分鐘,在凝膠成像系統(tǒng)中檢測(cè)。
E.1.4結(jié)果判定
如果泳道中出現(xiàn)573bp的條帶,則說(shuō)明PCR結(jié)果陽(yáng)性,LEA29丫基因整合到了改豬基因組上。如圖氏I
所示,LEA29Y實(shí)驗(yàn)組出現(xiàn)573bp的條帶,而野生型對(duì)照組沒(méi)有出現(xiàn)573bp的條帶,說(shuō)明LEA29丫在D\A水平
上整合成功。
LEA29YGAPDH
778183WT778183WT
573bpTSOtop
5OO6P
圖B.1LEA29YPCR鑒定結(jié)果
E.2LEA29Y基因型表達(dá)鑒定
E.2.1原理
使用WesternBlot.免疫組化和免疫熒光等免疫學(xué)方法,利用IEA29Y蛋白與LEA29Y抗體的特弁性結(jié)
合,檢測(cè)抗體酶標(biāo)物或標(biāo)記熒光來(lái)間接鑒定LEA29Y的表達(dá)。
E.2.2WesternBlot方法基因表達(dá)鑒定。
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B.2.2.1樣品準(zhǔn)備
取適量豬胰腺組織樣品,加入10()UlRIPA裂解液,冰上裂解30min。獲得胰腺組織蛋白液。用BCA
蛋白濃度測(cè)定試劑盒檢測(cè)胰腺蛋白濃度。
E.2.2.2WesternBlot實(shí)驗(yàn)
按照如下步驟進(jìn)行WesternBiol實(shí)驗(yàn):
<1)蛋白上樣量為30ug,5xSDSloadingbuffer蛋白變性上樣緩沖液為蛋白樣品體積的1/4,
100℃,lOmin使蛋白變性:
(2)制備SDS分離膠和濃縮膠;
<3)統(tǒng)一上樣30ug,將樣品加入SDS膠齒中。
(4)恒壓60V電泳45min,后120V電泳1.5h;
(5)PVDF膜用甲醇浸泡2min,ddH20浸泡3min,IxTransferBuffc浸泡30min,濾紙和海綿直接
置于lxTransferBuffe浸泡30min
(6)將海綿、濾紙、凝膠、PVDF膜按順序放好,恒流200A電泳1.5ho
(7)將膜取出于TBST緩沖液中清洗后,加入5%脫脂奶粉,室溫下?lián)u床上封閉2h;TBST緩沖液
漂洗三次,每次5min;于5%脫脂奶粉稀釋的一抗溶液(1:1000)中4。(:過(guò)夜;TBST緩沖液洗脫三次,每次
5min;加入TBST稀釋的二抗(11500)室溫?fù)u床孵育lh;TBST緩沖液漂洗一次,每次5min。
<8)辣根過(guò)氧化物顯色液2m:于膜L,Tanon5200全自動(dòng)化學(xué)發(fā)光儀顯影。
E.2.2.3結(jié)果判定
81胰腺WT優(yōu)腺
圖B.2WesternBlot檢測(cè)結(jié)果示例圖
如圖B.2所示,如果實(shí)驗(yàn)組在預(yù)期蛋白大小的位置出現(xiàn)了明顯條帶,而野生型對(duì)照組在該位置無(wú)條
帶,則說(shuō)明改豬LEA29Y基因成功表達(dá)。
E.2.3免疫組化和免疫熒光方法基因表達(dá)鑒定
B.2.3.1試劑
LEA29Y一抗,兔抗人IgG(Abeam,ab6759,USA);胰島素一抗,鼠抗豬胰島素抗體(Abeam,ab7760,
ISA);山羊抗兔鼠通用二抗(DA-KO,Denmark);羊抗兔IgG(FlTC)(Abeam,ab6717,USA);羊抗鼠IgG
(AlexaFluor?594)(Abeam,ab!50160?USA):OCT包埋劑(ElectronMicroscopySciences,USA);:
E.2.3.2樣品準(zhǔn)備
將采集的轉(zhuǎn)基因豬的胰腺組織在OCT(ElectronMicroscopySciences,Hatfield,PA,USA)中包
埋并冷凍,并儲(chǔ)存在-70C。用冰凍切片機(jī)作冷凍切片(6卬0用于免疫組化和免疫熒光染色。
E.2.3.3免疫組化實(shí)驗(yàn)
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(1)固定:取出切片,室溫放置5mins。用慨的多聚甲醛PBS溶液室溫固定15mins,PBS沖洗次(沖洗
可以采用側(cè)斜淋洗,也可至于平皿中搖晃)。打孔:如果是需要染細(xì)胞內(nèi)的蛋白,用曲拉通(TritonX-
100)打孔:組織樣品浸于含0.25%TritonXT00的PBS中l(wèi)Omins,之后用PBS洗3次,每次5mins。圻果
是染膜蛋白的,不需要曲拉通打孔。
(2)封閉:將組織置于含戰(zhàn)的PBST溶液中30mins,封閉非特異性粘合的抗體。對(duì)于多聚甲解固
定并進(jìn)行免疫熒光的樣本,在封閉緩沖液中加入03moi/L的甘氨酸。
(3)孵化:組織樣本浸于一抗(用含1%BSA的PBST稀釋),放于溫盒中,室溫lh或4c過(guò)夜用PBS洗3次
每次5mins。浸入二抗(1%BSA的PBST溶液),室溫lh。PBS洗3次,每次5mins.
(4)染色:漫入0.1-lug/mL的DAP1或Hoechst中,染色I(xiàn)min,BBS淋洗二次。
(5)封片:用蓋玻片封片,指甲油固定,保存與4或-20C。
E.2.3.4免疫熒光實(shí)驗(yàn)
(1)冰凍切片取出,室溫放置使其干燥后,用冷丙酮于4c固定10分鐘;
(2)切片用0.01MPBS清洗后加入1.2用雙氧水作用30分鐘,以除去非特異染色:
(3)0.01MPBS清洗,洗3次每次10分鐘;
(4)0.3%TritonXT00作用30分鐘;
(5)加入以抗體稀釋液(含稀BSA的0.01MPBS,pH7.4)稀釋至作濃度的一抗,4過(guò)夜:
(6)0.01MPBS清洗,洗3次,每次10分鐘:
<7)加入熒光抗體IgG(AlexaFluor?594)(1:100)或FITC-IgG(l:100),室溫育2小時(shí);
(8)0.01MPBS清洗,3次10分鐘;
(9)緩沖甘油封片,熒光顯微鏡下觀察
E.2.3.5結(jié)果判定
圖B.3免疫組化結(jié)果示例圖
如圖B.3所示,如果實(shí)驗(yàn)組視野中出現(xiàn)如圖所示結(jié)果,則判斷為L(zhǎng)EA29Y基因表達(dá)鑒定免疫組化陽(yáng)性。
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圖B.4免疫熒光結(jié)果示例圖
如圖B.4所示,如果實(shí)驗(yàn)組視野中出現(xiàn)如圖所示結(jié)果(LEA29Y標(biāo)記的是綠色熒光,胰島細(xì)胞標(biāo)記的
紅色熒光),則判斷為L(zhǎng)EA29Y基因表達(dá)鑒定免疫熒光陽(yáng)性。
E.2.4ELISA方法鑒定基因表達(dá)
E.2.4.1試劑耗材
10mL注射器,促凝采血管、1.5mL離心笛、人淋巴毒性相關(guān)抗原4(CTLA4)ELISA檢測(cè)試劑盒
E.2.4.2樣品準(zhǔn)備
隨機(jī)挑選4頭LEA29Y轉(zhuǎn)基因豬(編號(hào)77、221、266、269)和月齡相近的5頭野生型豬,禁食16h,清
醒狀態(tài)下用10mL注射器從巴馬豬的前腔靜脈采集8mL全血。取6nli保存在促凝采血管內(nèi),低速離心10
曲in后吸取上清分離血清,分裝到1.5ml離心管中,用于下一步ELISA實(shí)驗(yàn)
E.2.4.3ELISA實(shí)驗(yàn)步驟
檢測(cè)方法如下:
1)按說(shuō)明書(shū),倍比稀釋標(biāo)準(zhǔn)品,其稀釋后標(biāo)準(zhǔn)品終濃度依次為:lng/ml、0.5ng/ml、0.25ng/mk
C.125ng/ml>0.0625ng/ml、0ng/ml;
2)上樣:分設(shè)標(biāo)準(zhǔn)孔(依次加入稀釋后的標(biāo)準(zhǔn)品50口L,不加酶標(biāo)抗體、其余各環(huán)節(jié)同待測(cè)樣品
孔)、空白孔(不加樣品、酶標(biāo)抗體、酶標(biāo)試劑,其余各環(huán)節(jié)同待測(cè)樣品孔)、待測(cè)樣品孔。向待測(cè)樣
品孔內(nèi)加入待測(cè)血清(4頭轉(zhuǎn)基因豬血清及5頭野生型豬血清)樣品40uL,再加10uLCTLA4酶標(biāo)抗體。
上樣時(shí)避免觸及孔壁,輕搖混勻。
3)溫育:封板膜封好微孔板,在恒溫箱內(nèi)37c溫育0.5h。
4)洗滌:揭掉封板膜,棄掉液體,甩干,加入洗滌液,靜止30s棄掉液體,重復(fù)5次,拍干。
5)加的:每孔加入酶標(biāo)試劑50UL,空白孔除外。
6)溫育:操作同3)。
7)洗滌:操作同4)。
8)顯色:向孔內(nèi)先后加入顯色試劑A和B各50UL,輕輕震蕩混勻,37c避光15min。
9)終止:每孔加入50uL終止液,終止反應(yīng)。
10)測(cè)定:用空白孔校0,450nm波長(zhǎng)依次測(cè)量各孔的0D值
E.2.4.4檢測(cè)結(jié)果計(jì)算
1C
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根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)物的濃度為橫坐標(biāo),OD值為縱坐標(biāo),繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn),由樣品的0D值代入標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)查出柞應(yīng)
濃度。標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)及兩種豬檢測(cè)結(jié)果如圖B.5所示,結(jié)果顯示用ELISA對(duì)采集血樣檢測(cè),在胰島特異表達(dá)
LEA29Y轉(zhuǎn)基因豬和野生型豬血液內(nèi)均檢測(cè)到LEA29Y,但轉(zhuǎn)基因豬中檢測(cè)到的值高于野生型豬,差異顯著
圖B.5ELISA檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)及豬血清樣品檢測(cè)結(jié)果
11
DBXX/TXXXX—XXXX
附錄C
(資料性)
GGTA1基因敲除及表達(dá)有效性檢測(cè)方法
C.1GGTA1基因型鑒定
C.1.1原理
以GGTA1基因?yàn)榘行蛄校CR檢測(cè)方法,并結(jié)合PCR產(chǎn)物sangcr測(cè)序結(jié)果,判斷GGTA1基因敲除類(lèi)
型。
C.1.2樣品準(zhǔn)備
C.1.2.1樣品種類(lèi)
豬耳組織、血液等
C.1,2.2樣品采集
耳樣采集:在豬出生后盡快采集豬只耳樣,以便及時(shí)獲得新生渚基因型信息。采集耳樣前,采樣工
具及采樣部位做好消毒,使用耳標(biāo)鉗在豬耳朵上剪下耳組織,將耳組織放入1.5mL離心管中用于下一步
基因組提取。
血液采集:使用紫色采血管,采集豬全血3-5mL,采樣前將豬只保定好,行豬頸靜脈采血術(shù)。
C.1.2.3樣品處理
使用基因組DNA提取試劑盒(簡(jiǎn)石生物,TD468),提取樣品總DNA。用于下?步的PCR實(shí)驗(yàn)。
對(duì)于耳組織樣品,提取總DNA前應(yīng)對(duì)其進(jìn)行研磨處理,己獲得更高的濃度的基因組DNA。對(duì)于全血樣
本,應(yīng)首先進(jìn)行破紅處理,去除全血中無(wú)核的紅細(xì)胞后,提取白細(xì)胞總DNA,以提高基因組DNA質(zhì)量。
C.1.3PCR反應(yīng)
C.1.3.1引物設(shè)計(jì)
針對(duì)GGTA1基因編輯位點(diǎn)序列.使用引物設(shè)計(jì)軟件或者網(wǎng)站設(shè)計(jì)特異性引物。本實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)?引物序列
如下:
上游引物:5,-AGGGACAGTAGACCTAGGAMC-3,;下游引物:5,-GArCCTAATTGGGTTTGCTGCC-3,
引物在GGTA1基因所在的位置如圖B.6所示。
AGGGACAGTAGACCTAGG.AACGGATGCTTCCTCTAGTCTGTGATGCGAGGTGOSGCATCTGAGTTGGGGGCGGCTGGAGCCCTT
AGGGACCATTAACTAAACCCGTCACTCTCCCACATCTCGGTGGACCTTGGGATCAGTCAGGATGCTTCCCCTTTGAGCCTC.^AAATGGC
CTTAGTATCCTTCCCAACCCAGACGGCCCTGTCAGTTCATTGACTTGGCTAATTTGCCAGTGTAGGCCTATGCAAATTAAGGTAGAACG
CACTCCTTAGCGCTCGTTGACTATTCATCAACTTTTCCTTTTAG.^AGATATTGGTArAAGCACTTCTTAAA.A.4ACCATATTCCACTC
TGGGTGTATTT.A.ATCTAATTTTCCCTTCTCCTTTTCTTTTCCCAGGAGA.AA.ATAATG.^TGTC.A.AAGGAAGAGTGGTTCTGTCA.ATGCT
GCTTGTCTCAACTGT.^ATGGTTGTGTTTTGGG.AATACATCAACAGGT.AATTATG.^A.ACATGATG.^AATGATGTTGATG.AAAGTCTCCTC
TMTCTCCTAGTTATCAGCCAAGTCACCAGCTTGCATTAAAAGTAGGATTCACTGACACCGTAAAGAAAGCATTCCAGAGAGTTGCCGT
TGTGGCTCAGGGGCAGCAAACCCAATTAGGATJ
圖B.6GGTA1編輯位點(diǎn)處基因序列
12
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C.1.3.2PCR反應(yīng)體系和程序
表B.3PCR反應(yīng)體系
組分名稱(chēng)組分用量
酶緩沖液KODBuffer2x10pL
上游引物0.5pL
下游引物0.5pL
酶KOD0.25pL
模板100ng-500ng
ddHzO添加到20RL
表B.4PCR反應(yīng)程序
步驟溫度時(shí)間循環(huán)
194℃2min1
98r10s;
260c30s;32
684C303;
312*C81
按照表B.3配置PCR反應(yīng)體系,按照表B.4進(jìn)行PCR反應(yīng)程序。
C.1.3.3PCR擴(kuò)增產(chǎn)物鑒定
使用魏的瓊脂犍,電壓120V,電泳15-20分鐘,在凝膠成像系統(tǒng)中檢測(cè)。
C.1.3.4PCR產(chǎn)物sanger測(cè)
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