《呼吸系統(tǒng)感染病原微生物靶向二代測序

實(shí)驗(yàn)室檢測技術(shù)規(guī)范》編制說明

一、編制背景、目的和意義

1.1項(xiàng)目背景

1.1.1呼吸系統(tǒng)感染性疾病高發(fā)，且病原組成復(fù)雜，標(biāo)本類型多

樣，給診斷造成較大困難

感染性疾病一直備受臨床關(guān)注，隨著新發(fā)病原微生物的出現(xiàn)、耐

藥病原微生物的增多以及免疫抑制宿主的增加，感染的發(fā)病率和死亡

率仍居高不下。其中，呼吸系統(tǒng)感染是造成全球死亡人數(shù)最多的一類

感染。2019年世界疾病負(fù)擔(dān)研究學(xué)會(huì)的數(shù)據(jù)顯示，下呼吸道感染

（LRTIs）發(fā)病率和病死率在成人和兒童中位居第4位，2019年死亡

人數(shù)達(dá)260萬。此外，據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道，15%～25%的肺炎都無法明

確病原，醫(yī)療機(jī)構(gòu)只能憑經(jīng)驗(yàn)選擇抗生素，這也帶來了一個(gè)全球性難

題——抗生素濫用?？焖?、準(zhǔn)確的病原學(xué)診斷，能使臨床盡早選擇敏

感的抗感染藥物或采取有效、具有針對(duì)性的防控措施，是感染性疾病

精準(zhǔn)化防治的核心。然而，呼吸系統(tǒng)感染具有一定的特殊性：病原組

成復(fù)雜、標(biāo)本類型選擇多樣、存在感染與定植、不同標(biāo)本類型結(jié)果解

讀原則不盡相同等，這些特點(diǎn)導(dǎo)致病原診斷困難，只有通過快速精準(zhǔn)

的病原微生物判斷，并進(jìn)行針對(duì)性的抗感染治療，才能達(dá)到最佳的臨

床預(yù)后。

1.1.2有效響應(yīng)和落實(shí)《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃》中關(guān)于加

第1頁共32頁

快發(fā)展高通量基因測序技術(shù)的有關(guān)要求

在新冠肺炎疫情的沖擊和影響下，全球主要國家紛紛加大了對(duì)生

命科學(xué)和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域的支持力度，圍繞基因組學(xué)、精準(zhǔn)醫(yī)療、生

物醫(yī)藥、生物安全等領(lǐng)域的投入不斷加大。我國《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)

發(fā)展規(guī)劃》提出，“開展前沿生物技術(shù)創(chuàng)新。加快發(fā)展高通量基因測

序技術(shù)，推動(dòng)以單分子測序?yàn)闃?biāo)志的新一代測序技術(shù)創(chuàng)新，不斷提高

基因測序效率、降低測序成本。加強(qiáng)微流控、高靈敏等生物檢測技術(shù)

研發(fā)”。明確提出將不斷布局和優(yōu)化具有重大應(yīng)用前景的前沿生物技

術(shù)研究。目前我國在生物經(jīng)濟(jì)創(chuàng)新發(fā)展取得顯著成就，技術(shù)突破不斷

涌現(xiàn)，在基因檢測已經(jīng)有了一定優(yōu)勢，但仍然面臨不少挑戰(zhàn)。

1.1.3相比傳統(tǒng)檢測手段，NGS技術(shù)可實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)快速病原學(xué)診斷

傳統(tǒng)的病原診斷主要通過形態(tài)學(xué)、病原培養(yǎng)、血清學(xué)、核酸檢測

等方法，但傳統(tǒng)檢測方法靈敏性低、耗時(shí)長、覆蓋致病菌種類少，而

隨著分子診斷技術(shù)發(fā)展迅速，特別是二代測序（NGS）技術(shù)發(fā)展迅猛，

將有力推動(dòng)感染性疾病精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展。近年來，很多獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室已廣

泛開展NGS的病原學(xué)檢測實(shí)驗(yàn)，NGS技術(shù)應(yīng)用的成功案例，對(duì)部分

感染性疾病的診斷起到?jīng)Q定性作用。尤其對(duì)于一些危重癥患者、罕見

病原微生物感染的患者，NGS可以快速明確感染病原微生物，幫助

醫(yī)生做到精準(zhǔn)診斷，進(jìn)而精準(zhǔn)治療，減少抗生素的濫用。

1.1.4靶向二代測序（tNGS）發(fā)展較快，但缺乏統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)

二代測序在感染性疾病上的診斷應(yīng)用主要為病原宏基因組測序

（metagenomicsnextgenerationsequencing，mNGS）與靶向二代測序

第2頁共32頁

（targetednextgenerationsequencing，tNGS）。tNGS通過結(jié)合超多

重PCR擴(kuò)增與二代測序兩種技術(shù)，能夠?qū)Υ郎y樣本中幾十種至幾百

種已知病原微生物及其毒力和/或耐藥基因進(jìn)行檢測。采用超多重

PCR正向富集目標(biāo)病原，提升檢測靈敏度，同時(shí)可以排除宿主核酸干

擾，經(jīng)測序和生信分析可實(shí)現(xiàn)不同癥候群、感染臟器、患者類型等多

種臨床場景的核心病原鑒定。tNGS較mNGS極大提高了檢測敏感性，

且可以同時(shí)兼顧DNA和RNA流程，并極大縮短了檢測時(shí)間，具有

性價(jià)比高、可定制化的特點(diǎn)，是一個(gè)可應(yīng)用于多場景的技術(shù)平臺(tái)。

tNGS填補(bǔ)了傳統(tǒng)病原檢測方法和mNGS之間的斷層，提高感染病原

微生物NGS檢測的可及性和普適性，在臨床檢驗(yàn)領(lǐng)域正受到越來越

多的關(guān)注，為病原學(xué)診斷提供了一個(gè)符合臨床思維的新選擇方向。

1.2目的和意義

1.2.1為快速發(fā)展的市場制定統(tǒng)一的參考和指引

目前市場上已有超過10家獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室提供tNGS相關(guān)檢測服務(wù)，

市場前景廣闊，還有很多獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室正在研發(fā)計(jì)劃開展tNGS相關(guān)檢

測項(xiàng)目。不同檢測機(jī)構(gòu)的術(shù)語定義、檢測范圍、檢測流程、檢測性能、

報(bào)告解讀上存在較大差異。目前并沒有相關(guān)的政策與標(biāo)準(zhǔn)來規(guī)范檢測

流程，因此制訂標(biāo)準(zhǔn)具有迫切性與必要性。

1.2.2擬解決的問題

通過本項(xiàng)目的開展，通過聯(lián)合合作單位制訂宣貫tNGS的標(biāo)準(zhǔn)，

規(guī)范檢測流程與應(yīng)用，將有效貫徹落實(shí)相關(guān)政策規(guī)劃，有效推動(dòng)測序

技術(shù)廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，推動(dòng)生物經(jīng)濟(jì)高質(zhì)量發(fā)展，助力我國搶占

第3頁共32頁

戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)技術(shù)制高點(diǎn)。

二、任務(wù)來源

本標(biāo)準(zhǔn)制定項(xiàng)目由廣州金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)集團(tuán)股份有限公司牽頭，通

過中國醫(yī)藥衛(wèi)生文化協(xié)會(huì)實(shí)驗(yàn)診斷與社會(huì)化服務(wù)分會(huì)提出申請(qǐng)，在

2022年12月通過了協(xié)會(huì)組織的立項(xiàng)評(píng)審，于2023年2月正式立項(xiàng)，

項(xiàng)目制定周期18個(gè)月。

三、標(biāo)準(zhǔn)編制過程

3.1標(biāo)準(zhǔn)編制工作組的成立

標(biāo)準(zhǔn)立項(xiàng)后，金域醫(yī)學(xué)即聯(lián)合業(yè)內(nèi)上下游單位組建了標(biāo)準(zhǔn)編制工

作組，召集了內(nèi)外部多學(xué)科、專業(yè)的專家共同參與，包括但不限于測

序技術(shù)、檢驗(yàn)、臨床等多個(gè)方向，分別從技術(shù)角度、檢驗(yàn)角度、兒科

呼吸角度、成人呼吸角度、感染科角度等為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行指導(dǎo)。參與人員

均來自相關(guān)領(lǐng)域資深專家，深耕技術(shù)與臨床多年，有豐富的標(biāo)準(zhǔn)化工

作經(jīng)驗(yàn)或科研項(xiàng)目工作經(jīng)驗(yàn)，為該標(biāo)準(zhǔn)的普適性與科學(xué)性提供保障，

工作組成員及分工見表1。

表1標(biāo)準(zhǔn)項(xiàng)目編制組成員及分工

序號(hào)姓名性別職稱/職務(wù)工作單位工作分工

中級(jí)檢驗(yàn)師/宏

長沙金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)負(fù)責(zé)項(xiàng)目整體統(tǒng)籌

1余艷女基因技術(shù)組主

驗(yàn)室有限公司推進(jìn)

任

負(fù)責(zé)標(biāo)準(zhǔn)的方向與

副主任醫(yī)師/感廣州金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)集內(nèi)容規(guī)劃，指導(dǎo)標(biāo)準(zhǔn)

2李培女

染疾病線總監(jiān)團(tuán)股份有限公司的起草（臨床應(yīng)用角

度）

指導(dǎo)檢驗(yàn)過程標(biāo)準(zhǔn)

主任醫(yī)師、教授

3趙曉濤女北京大學(xué)人民醫(yī)院化與結(jié)果解讀等（檢

/檢驗(yàn)科副主任

驗(yàn)角度）

第4頁共32頁

序號(hào)姓名性別職稱/職務(wù)工作單位工作分工

指導(dǎo)檢驗(yàn)過程標(biāo)準(zhǔn)

主任技師/檢驗(yàn)

4胡敏女中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院化與結(jié)果解讀等（檢

科主任

驗(yàn)角度）

指導(dǎo)確認(rèn)病原微生

主任醫(yī)師/副院

5陸小霞女武漢兒童醫(yī)院物范圍與結(jié)果解讀

長

等（兒科呼吸角度）

教授、主任醫(yī)師指導(dǎo)確認(rèn)病原微生

6姚欣男/呼吸與危重癥江蘇省人民醫(yī)院物范圍與結(jié)果解讀

醫(yī)學(xué)科主任等（成人呼吸角度）

主任醫(yī)師/感染指導(dǎo)確認(rèn)病原微生

重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第

7胡鵬男科副主任/副院物范圍與結(jié)果解讀

二醫(yī)院

長等（感染科角度）

成果轉(zhuǎn)化部促進(jìn)標(biāo)準(zhǔn)在業(yè)內(nèi)實(shí)

8梁萍女廣州國家實(shí)驗(yàn)室

副部長際應(yīng)用（應(yīng)用角度）

廣東省呼吸與健康學(xué)推動(dòng)標(biāo)準(zhǔn)在業(yè)內(nèi)推

9馬常鈞男學(xué)會(huì)秘書長

會(huì)廣普及（宣傳角度）

指導(dǎo)確認(rèn)病原微生

10關(guān)文達(dá)男科管部主任廣州呼吸健康研究院物范圍與結(jié)果解讀

等（科研角度）

資源協(xié)調(diào)、標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)

副主任技師/集廣州金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)集

11李慧源男內(nèi)容審核等（行業(yè)角

團(tuán)副總裁團(tuán)股份有限公司

度）

主管檢驗(yàn)師/微標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)容起草、修改

廣州金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)集

12張磊女生物學(xué)科技術(shù)完善及審核（微生物

團(tuán)股份有限公司

負(fù)責(zé)人學(xué)角度）

3.2資料的搜集、整理和調(diào)研情況

一是搜集國內(nèi)現(xiàn)行有關(guān)基因測序方面的國家標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和有

關(guān)團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)，作為參考素材；二是整理了業(yè)內(nèi)的相關(guān)專家指南/共識(shí)。

三是以金域醫(yī)學(xué)內(nèi)部已形成的規(guī)范性文件（SOP）作為標(biāo)準(zhǔn)草案撰寫

依據(jù)。綜上所述，通過以上工作，完成了前期各項(xiàng)資料和信息的搜集

整理，為標(biāo)準(zhǔn)的起草奠定了基礎(chǔ)。

3.3標(biāo)準(zhǔn)草案的形成

2022年12月份，草案以金域醫(yī)學(xué)內(nèi)部已形成的《呼吸道多種病

第5頁共32頁

原微生物靶向測序標(biāo)準(zhǔn)操作流程》與《呼吸道病原微生物多重聯(lián)合檢

測數(shù)據(jù)解讀指引》為主要參考，確定了tNGS技術(shù)的全流程，包括樣

本核酸提取、建庫上機(jī)、生信分析、報(bào)告解讀等檢測所有流程步驟，

形成了標(biāo)準(zhǔn)草案。

在2022年12月22日、2023年6月8日、2023年8月6日，三

次共組織內(nèi)外部近20名技術(shù)專家進(jìn)行了討論，收集到相關(guān)意見33條

以上，其中采納33條、部分采納0條、不采納0條，持續(xù)優(yōu)化完善

了標(biāo)準(zhǔn)草案。

3.4標(biāo)準(zhǔn)討論稿

為進(jìn)一步優(yōu)化標(biāo)準(zhǔn)草案的科學(xué)性、嚴(yán)謹(jǐn)性，在2024年1月11日、

2024年5月21日，金域醫(yī)學(xué)組織標(biāo)準(zhǔn)編制工作組專家召開了研討會(huì)，

先后邀請(qǐng)了趙曉濤、胡敏、陸小霞、胡鵬、關(guān)文達(dá)、馮珍如、王雅杰、

王艷、趙秀英、胡云建等14名專家進(jìn)行了討論。通過本次研討會(huì)，

共收集到相關(guān)意見91條以上，其中采納82條、部分采納6條、不采

納4條，項(xiàng)目組將相關(guān)意見整理成《標(biāo)準(zhǔn)討論稿反饋意見匯總處理

表》，見附件1。并將標(biāo)準(zhǔn)討論稿修改完善后，形成了標(biāo)準(zhǔn)征求意見

稿，報(bào)中國醫(yī)藥衛(wèi)生文化協(xié)會(huì)進(jìn)行審查。

四、編制原則

本文件按GB/T20004.1-2016《團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)化第1部分：良好行為

指南》和GB/T1.1-2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分：標(biāo)準(zhǔn)化文件的

結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》給出的規(guī)則起草。并重點(diǎn)參考GB/T22576.1—2018

《醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量和能力的要求第1部分：通用要求》、WS/T640

第6頁共32頁

《臨床微生物學(xué)檢驗(yàn)樣本的采集和轉(zhuǎn)運(yùn)》、WS/T805《臨床微生物檢

驗(yàn)基本技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)》等現(xiàn)行國家標(biāo)準(zhǔn)和行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。

五、國內(nèi)外標(biāo)準(zhǔn)情況

國際標(biāo)準(zhǔn)化組織ISO對(duì)于核酸多重分子檢測有相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布，如

核酸質(zhì)量評(píng)價(jià)的術(shù)語和一般要求（ISO21474-1:2020）、驗(yàn)證與確認(rèn)

（ISO21474-2:2022），測序相關(guān)技術(shù)規(guī)范有核酸和文庫制備（ISO

20397-1:2022）、測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估（ISO20397-2:2021），基因組

信息學(xué)方面有DNA測序的質(zhì)量控制指標(biāo)（ISO/TS22692:2020）和二

代測序臨床基因組學(xué)數(shù)據(jù)共享規(guī)范（ISO/TS23357:2023）。

國內(nèi)高通量測序（也稱為二代測序）查詢到現(xiàn)行9項(xiàng)國標(biāo)，其中

樣本前處理有GB/T33681.1-2017《高通量基因測序樣本預(yù)處理方法

第1部分：動(dòng)物組織樣本預(yù)處理》，核酸提取技術(shù)規(guī)范有GB/T

40458-2021《用于病原微生物高通量檢測的核酸提取技術(shù)規(guī)范》，核

酸類樣本質(zhì)量控制通用要求有GB/T40664-2021《用于高通量測序的

核酸類樣本質(zhì)量控制通用要求》，測序技術(shù)規(guī)程有GB/T30989-2014

《高通量基因測序技術(shù)規(guī)程》，測序結(jié)果評(píng)價(jià)要求有GB/T35537-2017

《高通量基因測序結(jié)果評(píng)價(jià)要求》，數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范有GB/T

35890-2018《高通量測序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范》。與宏基因有關(guān)的有

GB/T40226-2021《環(huán)境微生物宏基因組檢測高通量測序法》。微生

物高通量方面深圳市生命科技產(chǎn)學(xué)研資聯(lián)盟基于高通量測序的環(huán)境

微生物檢測發(fā)布一系列標(biāo)準(zhǔn)。多重核酸檢測無醫(yī)學(xué)相關(guān)現(xiàn)行國標(biāo)，在

醫(yī)藥領(lǐng)域現(xiàn)行的行標(biāo)有YY/T1836-2021《呼吸道病毒多重核酸檢測試

第7頁共32頁

劑盒》和YY/T1725-2020《細(xì)菌和真菌感染多重核酸檢測試劑盒》。

總體來看，目前在高通量測序方面，國標(biāo)與團(tuán)標(biāo)集中在環(huán)境微生物以

及糞便微生物檢測上，暫未涉及呼吸系統(tǒng)感染樣本中檢測病原微生

物；且檢測方法多為宏基因組高通量測序，基于多重PCR的靶向二

代測序無相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)發(fā)布。

六、標(biāo)準(zhǔn)主要內(nèi)容

6.1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了采用基于多重PCR的靶向二代測序進(jìn)行呼吸系統(tǒng)

臨床樣本病原微生物檢測（包括檢驗(yàn)前、檢驗(yàn)中和檢驗(yàn)后）的方法和

程序，以及性能確認(rèn)和質(zhì)量控制等。適用于采用基于多重PCR的靶向

二代測序進(jìn)行呼吸系統(tǒng)臨床樣本病原微生物檢測的醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)。

6.2規(guī)范性引用文件

本標(biāo)準(zhǔn)的規(guī)范性引用文件有GB/T22576.1-2018《醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)

量和能力的要求第1部分：通用要求》、WS/T640《臨床微生物學(xué)檢

驗(yàn)樣本的采集和轉(zhuǎn)運(yùn)》、WS/T805《臨床微生物檢驗(yàn)基本技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)》

等。

6.3術(shù)語和定義

本章節(jié)對(duì)“呼吸系統(tǒng)感染”、“病原微生物”、“多重PCR”、“二代測

序”、“靶向二代測序”等12個(gè)術(shù)語進(jìn)行定義，其中靶向二代測序（tNGS）

為首次在標(biāo)準(zhǔn)中進(jìn)行定義的術(shù)語。

6.4縮略語

本章節(jié)對(duì)文中出現(xiàn)的縮略語進(jìn)行了介紹。

第8頁共32頁

6.5技術(shù)應(yīng)用

本章節(jié)對(duì)應(yīng)用場景、檢測范圍（分為上呼吸道和下呼吸道）、標(biāo)

本選擇進(jìn)行了介紹。產(chǎn)品的合理應(yīng)用有助于臨床的精準(zhǔn)診斷。

6.6實(shí)驗(yàn)原理

本章節(jié)對(duì)tNGS實(shí)驗(yàn)流程中的關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)技術(shù)進(jìn)行了原理介紹。

6.7實(shí)驗(yàn)室分區(qū)、儀器設(shè)備及試劑

本章節(jié)對(duì)實(shí)驗(yàn)室的分區(qū)原則，儀器設(shè)備、試劑進(jìn)行了規(guī)范。

6.8性能確認(rèn)

本章節(jié)對(duì)性能確認(rèn)時(shí)機(jī)、參數(shù)、生物信息分析流程的性能確認(rèn)、

參考品制備、全流程性能確認(rèn)等方面進(jìn)行了建議。

6.9檢驗(yàn)前過程

本章節(jié)對(duì)呼吸系統(tǒng)tNGS的標(biāo)本選擇、標(biāo)本采集、保存與轉(zhuǎn)運(yùn)、

檢驗(yàn)前過程室內(nèi)質(zhì)控進(jìn)行了規(guī)范。標(biāo)本類型合理的選擇和采集有助于

檢測和診斷的精準(zhǔn)性。

6.10檢驗(yàn)過程

本章節(jié)對(duì)標(biāo)本處理、核酸提取、文庫構(gòu)建、二代測序、生物信息

分析、檢驗(yàn)過程室內(nèi)質(zhì)控等檢驗(yàn)關(guān)鍵流程進(jìn)行了技術(shù)規(guī)范。

6.11檢驗(yàn)后

本章節(jié)對(duì)病原微生物報(bào)告流程、結(jié)果報(bào)告發(fā)布、假陰性與假陽性

結(jié)果處理、臨床樣本的儲(chǔ)存、保留和處置、檢驗(yàn)后過程室內(nèi)質(zhì)控等進(jìn)

行了規(guī)范。

6.12室間質(zhì)評(píng)

第9頁共32頁

本章節(jié)對(duì)室間質(zhì)量評(píng)價(jià)進(jìn)行了規(guī)范。

七、與有關(guān)的現(xiàn)行法律、法規(guī)和強(qiáng)制性國家標(biāo)準(zhǔn)的關(guān)系

本文件與相關(guān)法律、法規(guī)、規(guī)章及相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)協(xié)調(diào)一致，沒有沖突。

八、標(biāo)準(zhǔn)創(chuàng)新點(diǎn)

目前tNGS在臨床感染診斷中的應(yīng)用越來越廣泛，但并沒有針對(duì)

tNGS相關(guān)的共識(shí)、指南與標(biāo)準(zhǔn)，需要盡快規(guī)范該領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)要求，制

定出與市場需求相適應(yīng)的團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)，促進(jìn)技術(shù)革新、規(guī)范市場秩序、

引領(lǐng)行業(yè)發(fā)展。本標(biāo)準(zhǔn)參考和結(jié)合既往指南或?qū)＜夜沧R(shí)對(duì)tNGS進(jìn)行

技術(shù)規(guī)范，具體創(chuàng)新性表現(xiàn)在：

8.1首次規(guī)定了tNGS的定義

tNGS技術(shù)將多重PCR技術(shù)與NGS相結(jié)合，廣泛應(yīng)用于遺傳、

腫瘤、感染等領(lǐng)域。然而，目前對(duì)于tNGS技術(shù)尚缺乏統(tǒng)一的術(shù)語定

義，這對(duì)于該領(lǐng)域的發(fā)展和標(biāo)準(zhǔn)化構(gòu)成了一定的挑戰(zhàn)。因此，該標(biāo)準(zhǔn)

對(duì)tNGS技術(shù)進(jìn)行了詳盡的定義和規(guī)范，促進(jìn)該技術(shù)在臨床和研究領(lǐng)

域的準(zhǔn)確應(yīng)用。

8.2彌補(bǔ)tNGS在呼吸系統(tǒng)感染檢測中的標(biāo)準(zhǔn)空缺

tNGS技術(shù)在呼吸系統(tǒng)臨床樣本中病原微生物的檢測方面得到了

廣泛應(yīng)用，該技術(shù)可以顯著提高病原微生物檢測的敏感性，且檢測用

時(shí)短，有助于更快速、準(zhǔn)確地診斷呼吸系統(tǒng)感染。然而，雖然tNGS

技術(shù)在這一領(lǐng)域表現(xiàn)出巨大潛力，但目前缺乏相關(guān)的規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)、指南

和共識(shí)。因此，該標(biāo)準(zhǔn)填補(bǔ)了這一空白，為tNGS在呼吸系統(tǒng)感染領(lǐng)

域的應(yīng)用提供了必要的指導(dǎo)和規(guī)范。

第10頁共32頁

8.3覆蓋檢測全過程

該標(biāo)準(zhǔn)對(duì)tNGS檢驗(yàn)的全流程進(jìn)行了技術(shù)規(guī)范，包括檢驗(yàn)前、檢

驗(yàn)中和檢驗(yàn)后的各個(gè)環(huán)節(jié)。此外，標(biāo)準(zhǔn)還包括性能確認(rèn)和質(zhì)量控制的

步驟，確保呼吸系統(tǒng)病原微生物檢測的準(zhǔn)確性和可靠性。這一全面的

操作規(guī)程和質(zhì)量保障為tNGS技術(shù)在呼吸系統(tǒng)感染領(lǐng)域的應(yīng)用提供了

可靠的指導(dǎo)和保障，有助于提高檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。

8.4技術(shù)內(nèi)容適用性強(qiáng)

該標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)內(nèi)容具有廣泛的適用性，適用于所有使用基于多重

PCR技術(shù)的靶向二代測序進(jìn)行呼吸系統(tǒng)病原檢測的醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)。通

過標(biāo)準(zhǔn)化實(shí)驗(yàn)室操作，該標(biāo)準(zhǔn)有助于確保不同實(shí)驗(yàn)室之間檢測結(jié)果的

一致性和可靠性，促進(jìn)了呼吸系統(tǒng)病原微生物檢測的統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)和質(zhì)量

保障。這樣的標(biāo)準(zhǔn)化措施有助于提高醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)內(nèi)部以及不同機(jī)構(gòu)

之間的檢測結(jié)果的可比性和可靠性。

8.5對(duì)所納入的病原微生物檢測范圍有明確建議

目前各醫(yī)療機(jī)構(gòu)采用的tNGS檢測產(chǎn)品在病原微生物檢測范圍上

存在差異，尤其呼吸系統(tǒng)tNGS產(chǎn)品的應(yīng)用最為廣泛。該標(biāo)準(zhǔn)根據(jù)上、

下呼吸道對(duì)不同tNGS產(chǎn)品納入病原微生物的檢測范圍進(jìn)行了建議，

有助于不同醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立更科學(xué)的病原微生物檢測體系。這樣的建議

可以幫助醫(yī)療機(jī)構(gòu)選擇適合其實(shí)際需求的tNGS產(chǎn)品，從而更有效地

應(yīng)對(duì)呼吸系統(tǒng)疾病的檢測和治療。同時(shí)，通過該建議可以降低不同醫(yī)

療機(jī)構(gòu)使用不同tNGS產(chǎn)品所帶來的病原微生物檢測結(jié)果的差異性，

增強(qiáng)醫(yī)療機(jī)構(gòu)之間的協(xié)作和信息共享。

第11頁共32頁

九、重大分歧意見的處理和依據(jù)

在標(biāo)準(zhǔn)正文“5.2.1上呼吸道感染建議納入病原微生物”部分，

有專家認(rèn)為上呼吸道標(biāo)本無法獲得良好的細(xì)菌診斷證據(jù)，不建議上呼

吸道感染檢測范圍中納入細(xì)菌。制定工作小組根據(jù)參考相關(guān)文獻(xiàn)如

《兒童呼吸道感染微生物檢驗(yàn)標(biāo)本采集轉(zhuǎn)運(yùn)與檢測建議(細(xì)菌篇)》、

《兒童呼吸道感染病原體核酸檢測專家共識(shí)》、《TheroleofStrept

ococcuspneumoniaevirulencefactorsinhostrespiratorycolonizatio

nanddisease》和《Nasopharyngealpolymicrobialcolonizationdurin

ghealth,viralupperrespiratoryinfectionandupperrespiratorybact

erialinfection》，認(rèn)為上呼吸道標(biāo)本通常不推薦用于細(xì)菌核酸擴(kuò)增檢

測，但也有特別情況，如百日咳鮑特菌主要感染鼻咽部，因此鼻咽拭

子適宜用于百日咳核酸擴(kuò)增檢測；且tNGS檢測作為分子檢測，不作

為臨床診斷依據(jù)，檢測結(jié)果需要結(jié)合臨床癥狀、影像學(xué)等進(jìn)行綜合判

斷。制定工作小組綜合考慮后，還是將部分重要細(xì)菌納入到上呼吸道

感染建議納入病原微生物列表中。

在標(biāo)準(zhǔn)正文“8.1.3下呼吸道感染”部分，有專家認(rèn)為下呼吸道

感對(duì)于咳痰等應(yīng)該慎重選擇，以目前的研究積累，咳痰的細(xì)菌、真菌

難以獲得充分的病原證據(jù)。制定工作小組根據(jù)參考相關(guān)文獻(xiàn)如《呼吸

系統(tǒng)感染中宏基因組測序技術(shù)臨床應(yīng)用與結(jié)果解讀專家共識(shí)》、《中

國成人社區(qū)獲得性肺炎診斷和治療指南(2016年版)》等，認(rèn)為收集B

ALF需進(jìn)行有創(chuàng)的纖維支氣管鏡檢查，需考慮患者耐受情況，咳痰、

誘導(dǎo)痰或經(jīng)上呼吸道吸痰標(biāo)本可作為一種替代標(biāo)本。

十、涉及專利的有關(guān)說明

本標(biāo)準(zhǔn)未涉及有關(guān)專利。

十一、標(biāo)準(zhǔn)名稱變更

第12頁共32頁

本標(biāo)準(zhǔn)最初擬定的名稱為《呼吸系統(tǒng)感染常見病原體靶向二代測

序檢測方法》，于2023年2月立項(xiàng)，隨后制定組開展了一系列工作。

首先通過文獻(xiàn)研究、專家調(diào)研等共同擬定了《呼吸系統(tǒng)感染常見病原

體靶向二代測序檢測方法》標(biāo)準(zhǔn)草案，在開展專家研討會(huì)形成標(biāo)準(zhǔn)討

論稿的過程中，根據(jù)專家的意見，將本標(biāo)準(zhǔn)的名稱由原來的《呼吸系

統(tǒng)感染常見病原體靶向二代測序檢測方法》更正為《基于多重PCR

的靶向二代測序檢測技術(shù)：呼吸系統(tǒng)感染病原微生物檢測》來明確技

術(shù)方法，經(jīng)過相關(guān)專業(yè)專家及制定工作小組討論決定，采納該意見。

十二、其他需要說明的事項(xiàng)

編制過程中，制定工作小組利用廣州金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)集團(tuán)股份有限

公司、長沙金域醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司等單位的技術(shù)平臺(tái)，將現(xiàn)有

的tNGS實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行測試驗(yàn)證，與實(shí)驗(yàn)人員、生信團(tuán)隊(duì)以及報(bào)告解

讀人員不斷溝通磨合，檢驗(yàn)該團(tuán)標(biāo)的實(shí)用性與效果，促進(jìn)該技術(shù)在臨

床和研究領(lǐng)域的準(zhǔn)確應(yīng)用。

附件：

1.《標(biāo)準(zhǔn)討論稿反饋意見匯總處理表》

第13頁共32頁

附件1：《標(biāo)準(zhǔn)討論稿反饋意見匯總處理表》

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

標(biāo)準(zhǔn)名稱再確定一下范圍，是北京大學(xué)人已經(jīng)修改為“呼吸系統(tǒng)感染病原微生物靶向二代測

1標(biāo)準(zhǔn)名稱趙曉濤采納

檢測還是應(yīng)用。民醫(yī)院序?qū)嶒?yàn)室檢測技術(shù)規(guī)范”。

分區(qū)需要參考核酸擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)已經(jīng)添加相關(guān)描述基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室各工作區(qū)

分區(qū)原北京大學(xué)人“

5.1室的要求，寫原則就好，不用趙曉濤采納域的設(shè)置、進(jìn)入方向及氣流控制等要求見《醫(yī)療機(jī)

2則民醫(yī)院

具體展開。構(gòu)臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室管理辦法》。”

進(jìn)行分層:劃分一下哪些是必

須有，哪些是推薦有。

儀器設(shè)北京大學(xué)人

5.2調(diào)整順序如核酸純化儀要放趙曉濤采納已經(jīng)按照實(shí)驗(yàn)室分區(qū)進(jìn)行了劃分。

3備:民醫(yī)院

在前面(需要有一定邏輯，比

如按照實(shí)驗(yàn)室的分區(qū))。

）已經(jīng)按照實(shí)驗(yàn)流程的順序?qū)υ噭┻M(jìn)行了梳理。

寫的更加詳細(xì)一些，針對(duì)細(xì)1

）試劑部分未對(duì)細(xì)菌、真菌、病毒進(jìn)行區(qū)分，因?yàn)?/p>

菌、真菌、病毒進(jìn)行進(jìn)一步規(guī)2

北京大學(xué)人檢測前未知類型，的檢測范圍包括細(xì)菌、真菌、

試劑定，按照實(shí)驗(yàn)過程再明確一趙曉濤部分采納tNGS

45.3民醫(yī)院病毒（包括病毒和病毒），在提取時(shí)采

下。關(guān)于試劑的質(zhì)量要求，包DNARNA

取的是和共提取的方案，未對(duì)試劑進(jìn)行

括提取的質(zhì)量之類。DNARNA

DNA區(qū)分。

實(shí)驗(yàn)原理應(yīng)該寫在最前面。性

能驗(yàn)證、性能確認(rèn)，是實(shí)驗(yàn)室

已經(jīng)將實(shí)驗(yàn)原理部分調(diào)整至前面實(shí)驗(yàn)原理。添

建立的時(shí)候。邏輯關(guān)系，需要北京大學(xué)人“6”

框架結(jié)構(gòu)趙曉濤采納加了技術(shù)應(yīng)用。對(duì)全文的邏輯進(jìn)行了梳理和修

5盤點(diǎn)和梳理，實(shí)驗(yàn)室建立和臨民醫(yī)院“5”

改。

床應(yīng)用部分需要有區(qū)分。調(diào)整

邏輯關(guān)系。

第14頁共32頁

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

引物設(shè)計(jì)是試劑盒方面的寫

法，不是檢測方法，因?yàn)樵跈z

引物設(shè)北京大學(xué)人引物設(shè)計(jì)部分屬于試劑盒部分，該標(biāo)準(zhǔn)的側(cè)重點(diǎn)在

6.3測方法應(yīng)用時(shí)，實(shí)際上已經(jīng)有趙曉濤采納

6計(jì)民醫(yī)院檢測方面，所以刪除了引物設(shè)計(jì)這一部分。

試劑盒了。不可能在做實(shí)驗(yàn)的

時(shí)候，才去設(shè)計(jì)引物。

生信數(shù)據(jù)的管理是否可以統(tǒng)

生信分北京大學(xué)人已經(jīng)將生信數(shù)據(jù)管理部分進(jìn)行了合并在生物

7.5一寫在一起（后面檢驗(yàn)后也趙曉濤采納“10.6

7析8民醫(yī)院信息分析部分。

還有部分內(nèi)容）?！?/p>

陽性

8.1.3陽性病原微生物確認(rèn)再斟酌北京大學(xué)人

病原微生物趙曉濤采納已經(jīng)將這一段內(nèi)容整體進(jìn)行修改。

8下里面的描述。民醫(yī)院

確認(rèn)

8.1.5臨床

樣本的儲(chǔ)補(bǔ)充一下追加實(shí)驗(yàn)的期限和北京大學(xué)人

趙曉濤采納已經(jīng)添加相關(guān)描述。

9存、保留和實(shí)驗(yàn)后保存的期限。民醫(yī)院

處置

儀器的性能驗(yàn)證是廠家做的，

儀器的北京大學(xué)人

9.2實(shí)驗(yàn)室做的應(yīng)該是整個(gè)檢測趙曉濤采納已將儀器的性能驗(yàn)證部分刪除。

10性能確認(rèn)民醫(yī)院“”

系統(tǒng)的性能驗(yàn)證。

定原則，不要定量。數(shù)值一直

最低北京大學(xué)人

9.4.3會(huì)隨著技術(shù)發(fā)展變化，定數(shù)值趙曉濤采納未進(jìn)行定量。

11檢測限民醫(yī)院

通常是試劑盒標(biāo)準(zhǔn)的寫法。

第15頁共32頁

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

質(zhì)量控制還要補(bǔ)充，除了室間

質(zhì)評(píng)外室內(nèi)質(zhì)控也是很重要新增了“室內(nèi)質(zhì)控”相關(guān)內(nèi)容，樣本采集容器、采

質(zhì)量控北京大學(xué)人

10的，包括采樣管、保存液、提趙曉濤采納樣液、采樣拭子等要求添加到采樣耗材部

12制民醫(yī)院“5.3.4”

取等。陽性質(zhì)控和陰性質(zhì)控怎分。

么做、頻率、微生物等。

質(zhì)量控文中防污染還是不夠，需要重北京大學(xué)人

10趙曉濤采納新增了相關(guān)內(nèi)容。

13制點(diǎn)去寫。民醫(yī)院

已增加相關(guān)描述“第三方送檢機(jī)構(gòu)送檢標(biāo)本應(yīng)附有

申請(qǐng)單，改變表述方式和內(nèi)北京大學(xué)人填寫完整的檢測申請(qǐng)單，醫(yī)院檢驗(yàn)科等可以通過申

附錄趙曉濤采納

14A容。民醫(yī)院請(qǐng)單或院內(nèi)查詢等方式獲得下列信息（包括但不限

于以下信息）”。

重慶醫(yī)科大

應(yīng)用場應(yīng)用場景與檢測范圍保持一已經(jīng)將應(yīng)用場景分為上呼吸道和下呼吸道進(jìn)行展開

6.1胡鵬學(xué)附屬第二采納

15景致性，有連貫性。描述。

醫(yī)院

在原文中加入“參考國內(nèi)外專家共識(shí)及最新的流行

病學(xué)調(diào)查數(shù)據(jù)，上呼吸道感染檢測建議至少

表格中所納入的病原的納入tNSG

重慶醫(yī)科大納入的較常見病原微生物見表?！薄氨颈硭o出

檢測范原則要有明確的出處和依據(jù)。1

6.2胡鵬學(xué)附屬第二采納的病原微生物已結(jié)合文獻(xiàn)報(bào)道等進(jìn)行了嚴(yán)格篩選，

16圍加一句話解釋一下納入病原

醫(yī)院考慮到臨床醫(yī)學(xué)診斷技術(shù)的發(fā)展，疾病譜和病原譜

的依據(jù)。

可能發(fā)生變遷，本文件使用者宜根據(jù)實(shí)際情況進(jìn)行

調(diào)整?！?/p>

武漢兒童醫(yī)

文庫具體指什么？陸小霞采納已經(jīng)具體到測序文庫，對(duì)測序文庫進(jìn)行了定義。

173.6院“”“”

第16頁共32頁

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

應(yīng)用場缺少對(duì)于下呼吸道感染樣本武漢兒童醫(yī)

6.1陸小霞采納已經(jīng)添加下呼吸道感染樣本描述。

18景的描述。院

）文本規(guī)范性，抗生素濫用

下呼1“”）抗生素濫用已經(jīng)修改為抗菌藥物的不合理使

6.2.2建議改為抗菌藥物的不合理1“”“

吸道感染建“用。

使用。武漢兒童醫(yī)”

議納入病原”陸小霞采納）細(xì)菌性肺炎是最常見的肺炎引用自人衛(wèi)教科書

19）細(xì)菌性肺炎是最常見的肺院2“”

微生物和耐2“《內(nèi)科學(xué)（第九版）》，原文中未分人群。由于

炎，是否有出處，體現(xiàn)嚴(yán)謹(jǐn)。P41

藥基因”可能針對(duì)兒童并不適用，已將這句話刪除。

對(duì)于兒童是否合適？

已經(jīng)修改，下呼吸道感染可采集標(biāo)本包括支氣管肺

下呼吸道感染最常見送檢的"

“泡灌洗液（）、痰液、氣管吸取物等。相較于

標(biāo)本是和痰液、BALF

BALF”痰標(biāo)本黏稠、不均勻以及易被口咽部定植菌影響的

下呼直接取自下呼吸道，武漢兒童醫(yī)

6.4.3“BALF陸小霞采納短板，更推薦作為下呼吸道感染的檢測標(biāo)本。

20吸道感染為首選標(biāo)本，這些話措辭上院BALF

”然而，收集需進(jìn)行有創(chuàng)的纖維支氣管鏡檢查，

再推敲。通常臨床推薦BALF

tNGS需考慮患者耐受情況，咳痰、誘導(dǎo)痰或經(jīng)上呼吸道

是有具體情形下。

吸痰標(biāo)本可作為一種替代標(biāo)本。"

1）“擬診”改為“初步診斷/目

前診斷”。武漢兒童醫(yī)

21附錄A陸小霞采納已修改。

2）血常規(guī)加入淋巴細(xì)胞、單院

核細(xì)胞（絕對(duì)值和百分比）。

建議改為基于多重的靶

“PCR中南大學(xué)湘已修改為“呼吸系統(tǒng)感染病原微生物靶向二代測序

標(biāo)準(zhǔn)名稱向二代測序檢測技術(shù)：呼吸系胡敏采納

22雅二醫(yī)院實(shí)驗(yàn)室檢測技術(shù)規(guī)范”

統(tǒng)感染病原體檢測”

第17頁共32頁

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

改為測序文庫，對(duì)測序文庫進(jìn)

中南大學(xué)湘

文庫行術(shù)語界定。文庫是不合適胡敏采納已經(jīng)具體到測序文庫，對(duì)測序文庫進(jìn)行了定義。

233.6雅二醫(yī)院“”“”

的。

與備案的文件相對(duì)應(yīng)。目前寫

的比較寬泛，應(yīng)該對(duì)試劑的種

中南大學(xué)湘

試劑類和要求寫清楚。在質(zhì)量控制胡敏采納試劑部分已經(jīng)按照實(shí)驗(yàn)流程的順序進(jìn)行了梳理。

245.3雅二醫(yī)院

中，加入對(duì)試劑性能方面的要

求。

中南大學(xué)湘

檢驗(yàn)前采樣時(shí)機(jī)也很重要。胡敏采納已添加采樣時(shí)機(jī)。

256雅二醫(yī)院“9.1.2”

6.1應(yīng)用場場景分為不同患者、不同標(biāo)本中南大學(xué)湘場景分為“上、下呼吸道”感染不同患者類型展開，

26胡敏采納

景類型。雅二醫(yī)院標(biāo)本類型在“5.3標(biāo)本選擇”部分。

6.2.2下呼

吸道感染建耐藥基因可以放在建議列表

中南大學(xué)湘

議納入病原中，對(duì)于基因檢測耐藥基因的胡敏采納耐藥基因檢測的局限性已在表中注明。

27雅二醫(yī)院5.2.22

微生物和耐局限性可以注明一下。

藥基因

申請(qǐng)單，因?yàn)獒t(yī)院檢測和送檢

已增加相關(guān)描述第三方送檢機(jī)構(gòu)送檢標(biāo)本應(yīng)附有

第三方等情況不同，醫(yī)院可以“

標(biāo)本中南大學(xué)湘填寫完整的檢測申請(qǐng)單，醫(yī)院檢驗(yàn)科等可以通過申

6.5.2自己導(dǎo)出相關(guān)信息，可以在前胡敏采納

28信息雅二醫(yī)院請(qǐng)單或院內(nèi)查詢等方式獲得下列信息（包括但不限

面加上一句話：可以以不同方

于以下信息）。

式獲取下列信息?！?/p>

第18頁共32頁

序號(hào)章條號(hào)意見內(nèi)容提出人提出單位采納情況說明

三種不同的標(biāo)本類型（咽拭

子、、痰液）處理方式

標(biāo)本處BALF中南大學(xué)湘不同標(biāo)本類型的前處理已經(jīng)增加在標(biāo)本處理

7.1可能都需要明確。根據(jù)目前實(shí)胡敏采納“10.2

29理雅二醫(yī)院部分。

驗(yàn)流程進(jìn)行進(jìn)一步梳理和細(xì)"

化。

8.1.5臨床

樣本的儲(chǔ)不用規(guī)定具體保存時(shí)間、方式中南大學(xué)湘

胡敏采納已經(jīng)將具體保存時(shí)間刪掉，只寫了原則。

30存、保留和等，寫原則即可。雅二醫(yī)院

處置

準(zhǔn)確參考品寫原則性內(nèi)容，非常必中南大學(xué)湘

9.4.2胡敏采納已修改。

31度要的羅列出來。雅二醫(yī)院

質(zhì)量控制中加入耗材相關(guān)內(nèi)

10質(zhì)量控容，比如采血管等。關(guān)注相關(guān)中南大學(xué)湘樣本采集容器、采樣液、采樣拭子等要求添加到

32胡敏采納

制試劑耗材，比如參考哪些文件雅二醫(yī)院“5.3.4采樣耗材”部分。

等。

“tNGS的靈敏度不受宿主核

酸含量影響”，tNGS同樣會(huì)受

廣州呼吸健已修改為“tNGS的靈敏度受宿主核酸含量影響較

33引言宿主核酸與病原體核酸比例關(guān)文達(dá)采納

康研究院小”。

影響，只是影響沒有mNGS

大。

不應(yīng)該直接應(yīng)用于急性

應(yīng)用場tNGS廣州呼吸健根據(jù)《成人呼吸道感染病原診斷核酸檢測技術(shù)臨床

6.1呼吸道感染人群，場景過于寬關(guān)文達(dá)采納

34景康研究院應(yīng)用專家共識(shí)（）》進(jìn)行了修改。

大。2023