ICS65.020.30CCSB40NXSLX寧夏飼料工業(yè)協(xié)會團體標準T/NXSLX0606—2025荷斯坦牛分子育種低密度10K功能芯片設計規(guī)范NingxiaHolsteinCattleMolecularBreeding-SpecificationforDesignofLow-Density10KFunctionalChip2025-11-13發(fā)布 2025-12-13實施寧夏飼料工業(yè)協(xié)會??發(fā)布T/NXSLX0606T/NXSLX0606—2025前 言本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導則 第1部分：標準化文件的結構和起草規(guī)則》的規(guī)定起草。本文件的發(fā)布機構對文件內容涉及的技術方法不承擔商業(yè)應用的專利擔保責任。本文件由寧夏大學提出。本文件由寧夏飼料工業(yè)協(xié)會歸口。本文件起草單位：寧夏大學、寧夏回族自治區(qū)畜牧工作站、中國農(nóng)業(yè)大學、揚州大學。IT/NXSLX0606T/NXSLX0606—2025PAGEPAGE1荷斯坦牛分子育種低密度10K功能芯片設計規(guī)范范圍本標準規(guī)定了荷斯坦牛分子育種低密度10K功能芯片（以下簡稱“10K功能芯片”）的術語和定義、設計流程、質量要求與檢驗及應用要求。本標準適用于荷斯坦牛分子育種領域中，低密度10K功能芯片的設計、開發(fā)及相關質量控制過程；畜禽分子育種低密度功能芯片設計可參照本標準執(zhí)行。規(guī)范性引用文件（包括所有的修改單適用于本文件。GB/T40184畜禽基因組選擇育種技術規(guī)程術語和定義下列術語和定義適用于本文件。10K（Low-density10Kfunctionalchip）10000（以SNPINDEL和目標區(qū)段是基于液相探針捕獲技術開發(fā)的低成本、高準確性分子育種檢測芯片。SNP：指在基因組水平上由單個核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性。INDEL：指在DNA序列中，相對于一個參考序列，發(fā)生的小片段的插入或缺失變異。設計流程目標位點初步篩選基礎數(shù)據(jù)來源GB/T40184中基因型測定環(huán)節(jié)的DNA質量及數(shù)據(jù)完整性要求，即基因型數(shù)據(jù)完整率≥98%。SNP9000個核心SNP重要遺傳功能位點補充在核心SNP位點基礎上，需補充收集約1000個與產(chǎn)奶、抗病、繁殖等關鍵經(jīng)濟性狀及品種鑒別、適應性、遺傳健康等品種特異性相關的已知功能位點，共同構成約為10000個位點的初步目標位點集。探針設計及合成位點核對將初步目標位點集提交至專業(yè)機構，核對位點的基因組位置準確性及序列唯一性，剔除無效位點。探針設計基于GenoBaits液相探針捕獲技術的探針設計，需滿足以下三項核心質控要求：110bp100bp120bpGC～70之間。5探針設計必須排除基因組中的未測準或未組裝區(qū)域，包括高度重復序列區(qū)及組裝缺口區(qū)。檢測面板（Panel）合成探針測試及優(yōu)化測試樣本選取一定數(shù)量具有代表性的群體樣本，提取符合質量要求的基因組DNA。位點選擇測試應基于涵蓋SNP、INDEL及目標區(qū)段的基準位點集進行探針捕獲與檢測，以全面評估探針性能。探針優(yōu)化基于大規(guī)模樣本測試結果，通過多維度分層優(yōu)化實現(xiàn)探針庫性能提升，具體優(yōu)化規(guī)則如下：剔除檢測失敗率高于設定閾值1的探針，減少無效探針對整體檢測效率的影響。針對GC含量異常的探針實施序列調整，異常判定標準為GC含量＜30，或＞70，通過序列重構改善探針結合穩(wěn)定性。優(yōu)化后需滿足核心性能指標，探針組捕獲效率保持穩(wěn)定，其變異系數(shù)控制在5以內。位點集的篩選與驗證位點集篩選選取經(jīng)優(yōu)化后滿足性能要求的位點形成最終位點集。位點檢出率驗證基于足夠數(shù)量的代表性樣本的檢測數(shù)據(jù)完成位點檢出率驗證，最終10K功能芯片的平均位點檢出率需≥99%，單一樣本位點檢出率≥98.5%，可確認位點集與探針設計合格。質量要求與檢驗探針質量準確性探針與設計目標序列的一致性應≥99.9。采用Sanger測序法，隨機抽取探針總數(shù)≥1的探針進行測序，與設計序列進行比對。純度經(jīng)高效液相色譜法純化后，探針純度應≥95。GB/T40184穩(wěn)定性在-20℃±5（123。取儲存至有效期的探針與同批次新鮮探針，在相同條件下檢測同一組標準樣本，比較其捕獲效率。位點質量特異性目標位點與非目標位點的交叉反應率應≤0.1。PCR重復性對同一樣本進行重復檢測，位點檢出率的變異系數(shù)應≤1。33檢測性能位點檢出率芯片平均位點檢出率應≥99，單一樣本的位點檢出率應≥98.5。DNA（10樣本適應性DNA20ng/μL~50ng/μLOD260/2801.8~2.0DNA檢測周期從接收合格樣本至出具檢測結果的總周期應不超過7個工作日。應用要求試劑盒開發(fā)10K功能芯片設計合格后，應由專業(yè)機構，依據(jù)本標準要求開發(fā)配套檢測試劑盒，試劑盒需包含探針、反應緩沖液、對照品及詳細操作說明書。應用場景GB/T40184中畜禽基因組選擇育種技術要求，應用場景包括群體遺傳多樣性評估、關鍵經(jīng)濟性狀的遺傳標記輔助選擇、品種純度鑒定等。數(shù)據(jù)管理參 考 文 獻[1]中華人民共和國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部2021年發(fā)布《全國奶牛遺傳改良計劃（2021—2035年）》[2]中華人民共和國農(nóng)