ICS65.020.01CCS

B05

SAASS團 體 標 準T/SAASS308—2025耐鹽馬鈴薯分子育種技術規(guī)程Technicalcodeofpracticeformolecularbreedingofpotatoinsalttolerance2025-12-22發(fā)布 2025-12-22實施山東農會 發(fā)布T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025II目 次前言 III112范引文件 13語定義 14略語 15本擇群構建 1輪親本 1供親本 1雜交 1實苗得 1組苗繁 26型定 2含培基備 2脅處理 2調與計 2耐性定 27基組測序 3基組DNA3全因測與數(shù)據(jù)控 4序比與異鑒定 48聯(lián)析 49記發(fā) 5遺區(qū)選擇 5引設與PCR5標有性證 510助擇用 5親選擇 5后選擇 5背選擇 511案數(shù)管理 5總原則 5材標與案 5數(shù)管理 6附錄A（料）MS養(yǎng)基方母配要求 7A.1MS養(yǎng)配方 72MS養(yǎng)母配制 7T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025IIII附錄B（料）PCR應體和增序 81PCR反體系 8B.2PCR擴程序 8T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025IIIIII前 言本文件按照GB/T1.1—2020《標準化工作導則第1部分：標準化文件的結構和起草規(guī)則》的規(guī)定起草。本文件由山東農學會歸口。T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025PAGEPAGE1耐鹽馬鈴薯分子育種技術規(guī)程范圍本文件適用于利用分子育種技術培育耐鹽馬鈴薯新品種。（GB18133馬鈴薯種薯GB/T30988-2014多酚類植物基因組DNA提取純化及測試方法GB/T40664用于高通量測序的核酸類樣本質量控制通用要求GB/T43584.2生物技術大規(guī)模并行測序第2部分：測序數(shù)據(jù)的質量評估/pubs/dm8本文件沒有需要界定的術語和定義?？s略語下列縮略語適用于本文件。DNA：脫氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAcid）BWA-MEM：Burrows-WheelerAligner軟件的MaximalExactMatches算法模塊BAM：SAM的二進制版本（BinarycompressedSAMFormat）GATK（GenomeAnalysisToolkit）SNP（SingleNucleotidePolymorphism）PCR（PolymeraseChainReaction）選擇農藝性狀優(yōu)良但鹽敏感材料作為輪回親本（P1）。種薯應符合GB18133的要求。選擇耐3‰～5‰中度及以上鹽脅迫的材料作為供體親本（P2）。種薯應符合GB18133的要求。雜交以P1為母本，以P2為父本，去雄授粉，獲得雜交F1實生種子，記為P3群體，群體大小一般為200個～500個單株（基因型）。2%M20～2℃、2300lx16h8組培苗擴繁11cm5.46～77cm～8cm25d3100mmol/L～120mmol/LMSMSA31cmMS5135.4NaClMS20d株高0.1cm總鮮重0.1mg0.1mg根鮮重0.1mg按公式（1）計算： ??=A/B (1)式中：X——耐鹽系數(shù)；A——脅迫下的指標值，B——對照下的指標值。按公式（2）計算： =????/??i (2)式中：CVi——變異系數(shù)；i——第1，2，3，…，n個指標；σi——為各指標耐鹽系數(shù)標準差；μi——為各指標耐鹽系數(shù)平均值。權重按照公式（3）計算： ??=????/∑

????···································································(3)??式中：i——第1，2，3，…，n個指標；

?? ??=1Wi——第i個綜合指標在所有綜合指標中的重要程度；CVi——主成分分析所得的各個綜合指標的貢獻率。按照公式（4）計算： ??(????)=?????????)/(?????????????????)·····················································(4)式中：i——第1，2，3，…，nXi——第Xmax——第i個指標中的最大值；Xmin——第i個指標中的最小值。按照公式（5）計算： ??(??)=∑

[??(??)×??]····························································(5)??式中：D(Xii——第1，2，3，…，n

??=1 ?? ??根據(jù)D值對馬鈴薯組培苗耐鹽性進行分級，分級標準見表1。表1 馬鈴組苗鹽分標準級別加權隸屬函數(shù)耐鹽性1D(x)≥0.7高耐(HT)20.5≤D(x)＜0.7耐(T)30.3≤D(x)＜0.5中等(MT)4D(x)＜0.3弱(S)基因組DNA提取親本和雜交后代群體的基因組DNA按照GB/T30988-2014中第8章的要求進行。所提取DNA樣本的質GB/T40664DNA全基因組測序與原始數(shù)據(jù)質控測序5150bp測序原始數(shù)據(jù)的質量評估按照GB/T43584.2的要求執(zhí)行，去除接頭污染和低質量的序列，Q30堿基比例不低于85%，得到過濾后的高質量序列，用于后續(xù)分析。序列比對與變異位點鑒定T2T載DM8.1_genome.fasta.gz。SNP使用軟件BWA-MEM將過濾后的序列與DM8.1基因組序列進行比對，使用Picard工具建立BAM文件，使用GATK檢測SNP位點，每個SNP位點在群體中的有效檢測率須達到85%以上。bin-markerSNP選擇親本間測序深度大于5以上的位點，去除親本間雙雜合位點，篩選親本間有多態(tài)性的SNP標記，僅保留位于染色體上的標記。SNPSNPBin-markerSNP10～20SNP111SNP1bin0kb的bb-mrkrP＜001Bin-marker（bin-map）母本bin-map：由所有在親本P1中雜合、在P2中純合的bin-marker構成，反映了母本染色體的重組情況。父本bin-map：由所有在親本P2中雜合、在親本P1中純合的bin-marker構成，反映了父本染色體的重組情況。采用混合線性模型對耐鹽性表型數(shù)據(jù)和親本bin-map進行全基因組關聯(lián)分析，模型包含bin-marker基因型作為固定效應，親緣關系矩陣作為隨機效應。以-log10（P）大于等于5（即P小于等于10-5）作為bin-marker遺傳區(qū)段選擇100kb200kb500kb7.3.2引物設計與PCR擴增使用Primer5SNP10018bp～25含量40%～60%，Tm5580bp～200bp根據(jù)6.4各性狀隸屬函數(shù)值挑選極端耐鹽和極端鹽敏感材料20個～25個，根據(jù)7.1獲得極端材料和親本的基因組DNA。PCRPCR反應體系、PCR擴增程序參見附錄B，使用8%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測。根據(jù)電泳膠圖記錄標記在親本與極端材料間的多態(tài)性，記錄標記在極端耐鹽與極端鹽敏感基因型5在雜交育種中，利用分子標記篩選具有優(yōu)良目標性狀基因的親本。（F2F3代SNP總體原則建立統(tǒng)一的檔案管理系統(tǒng)，對耐鹽馬鈴薯分子育種過程中涉及的育種材料及相關數(shù)據(jù)進行系統(tǒng)化、規(guī)范化的管理，確保材料的可追溯性和數(shù)據(jù)的安全性與完整性。材料標識與檔案數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)收集分子育種全流程數(shù)據(jù)，確保準確、及時、格式統(tǒng)一。數(shù)據(jù)范圍包括：：SNP、bin-markerDMSA.1

附錄A（資料性）MS培養(yǎng)基配方和母液配制要求表A.1MS母液成分化學試劑質量濃度（mg/L）大量元素硝酸鉀（KNO3）1900硝酸銨（NH4NO3）1650磷酸二氫鉀（KH2PO4）170硫酸鎂（MgSO4·7H2O）370氯化鈣（CaCl2·2H2O）440微量元素碘化鉀（KI）0.83硼酸（H3BO3）6.2硫酸錳（MnSO4·4H2O）22.3硫酸鋅（ZnSO4·7H2O）8.6鉬酸鈉（Na2MoO4·2H2O）0.25硫酸銅（CuSO4·5H2O）0.025氯化鈷（CoCl2·6H2O）0.025鐵鹽乙二胺四乙酸二鈉（Na2EDTA·2H2O）37.3硫酸亞鐵（FeSO4·7H2O）27.8有機成分肌醇100甘氨酸2.0鹽酸硫胺素（維生素B1）0.1鹽酸吡哆醇（維生素B6）0.5煙酸（維生素B3）0.5MSKNO3NH4NO37MSMS30g/L6.5g/L，pH為5.6～5.8PCR

附錄B（資料性）PCR反應體系和擴增程序PCR10μLB.1表B.1PC