(19)國家知識產(chǎn)權(quán)局(12)發(fā)明專利62/799,6372019.01.31USPCT/US2020/0161202020WO2020/160414EN2020.08.06地址美國加利福尼亞州有限公司11262分區(qū)102分區(qū)102分區(qū)2加標簽104匯集106對來自分區(qū)的數(shù)據(jù)的計算機模擬分析分區(qū)1分區(qū)1本文公開了用于分離DNA諸如無細胞DNA方案中，通過該方法分離的DNA使用序列可變靶set)和表觀遺傳靶區(qū)組(anepigenetictargetregionset)捕獲，其中序列可變靶區(qū)組以比表序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA更深的測21.一種非暫時性計算機可讀介質(zhì)，所述非暫時性計算機可讀介質(zhì)包括計算機可執(zhí)行的指令，所述計算機可執(zhí)行的指令在由至少一個電子處理器執(zhí)行時進行一種鑒定由腫瘤產(chǎn)生從測試受試者收集cfDNA,使用甲基結(jié)合結(jié)構(gòu)域，將從所述測試受試者獲得的cfDNA基于甲基化水平分區(qū)為2個或更多個級分，并且對每個級分進行方法的隨后步驟；使用靶特異性探針，從所述cfDNA中捕獲多于一個其中(i)所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)生捕獲的cfDNA分子組，(ii)在捕獲的cfDNA分子組中，對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子以比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子高的捕獲產(chǎn)量被捕獲；以及(iii)所述表觀遺傳靶區(qū)組選自以下中的一種或更多種：(a)超甲基化可變靶區(qū)組；(b)低甲基化可變靶區(qū)組；(d)片段化可變靶區(qū)組，其中所述片段化可變靶區(qū)組包括轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)和/或CTCF結(jié)合區(qū)；對所述捕獲的cfDNA分子進行測序，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深至少2倍的測序深度；將所述多于一個序列讀段映射至一個或更多個參考序列以產(chǎn)生映射的序列讀段；和處理對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組和所述表觀遺傳靶區(qū)組的映射的序列讀段，以確定所述受試者具有癌癥的可能性。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中在測序之前，將所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子與所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子匯集。3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中在同一測序池中對所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子和所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子進行測序。5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中cfDNA擴增包括將包含條形碼的銜接子與所述cfDNA連接的步驟。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述捕獲所述cfDNA的多于一個靶區(qū)組包括使所述cfDNA與對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針接觸。7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針以比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針高至少4倍或5倍的濃度存在。8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡3比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少2倍。9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少10倍。10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述2個或更多個級分包括超甲基化級分和低甲基化級分，并且所述方法還包括將所述超甲基化級分和所述低甲基化級分差異加標簽或者對所述超甲基化級分和所述低甲基化級分單獨地測序。11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述超甲基化級分和所述低甲基化級分被差異加標簽，并且所述方法還包括在測序步驟之前匯集差異加標簽的超甲基化級分和低甲基化級分。12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，所述方法還包括確定對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子是否包含或指示癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾。13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括一個或更多個超甲基化可變靶區(qū)中的超甲基化。14.根據(jù)權(quán)利要求12所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括CTCF結(jié)合的一個或更多個擾動。15.根據(jù)權(quán)利要求12所述的非暫時性計算機可讀介質(zhì)，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括轉(zhuǎn)錄起始位點的一個或更多個擾動。4[0001]相關(guān)申請的交叉引用[0002]本申請要求2019年1月31日提交的美國臨時專利申請第62/799,637號的優(yōu)先權(quán)的權(quán)益，該申請出于所有目的通過引用并入本文。背景技術(shù)[0003]癌癥每年導(dǎo)致全世界數(shù)百萬人死亡。癌癥的早期檢測可能導(dǎo)致改進的結(jié)果，因為早期癌癥傾向于對治療更敏感。[0004]不當控制的細胞生長是癌癥的標志(hallmark),癌癥通常由遺傳改變和表觀遺傳改變諸如拷貝數(shù)變異(CNV)、單核苷酸變異(SNV)、基因融合體、插入和/或缺失(插入缺失(indels))的積累引起，表觀遺傳變異包括胞嘧啶的5-甲基化(5-甲基胞嘧啶)以及DNA與染色質(zhì)蛋白和轉(zhuǎn)錄因子的締合。[0005]活檢代表了用于檢測或診斷癌癥的傳統(tǒng)方法，其中從可能的癌癥部位提取細胞或組織，并分析相關(guān)的表型和/或基因型特征?；顧z具有侵入性的缺點。[0006]基于體液諸如血液分析的癌癥檢測(“液體活檢”)是基于對來自癌細胞的DNA被釋放到體液中的觀察結(jié)果的有趣的替代方法。液體活檢是非侵入性的(可能僅需要抽血)。然而，考慮到無細胞DNA的低濃度和異質(zhì)性，開發(fā)用于分析液體活檢材料的準確且靈敏的方法是有挑戰(zhàn)的。分離可用于液體活檢程序中進一步分析的無細胞DNA級分是該過程的重要部分。因此，對于用于分離無細胞DNA(例如用于液體活檢)發(fā)明內(nèi)容[0007]本公開內(nèi)容提供了用于分離DNA,諸如無細胞DNA的組合物和方法。本公開內(nèi)容部分地基于以下認識。分離無細胞的DNA以便捕獲兩個靶區(qū)組——序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組(其中序列可變靶區(qū)組的捕獲產(chǎn)量大于表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲產(chǎn)量)可能是有益的。在本文描述的涉及序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組的所有實施方案中，序列可變靶區(qū)組包括表觀遺傳靶區(qū)組中不存在的區(qū)域，并且反之亦然，盡管在一些情況下，區(qū)域的級分可以重疊(例如，基因組位置的級分可以在兩個靶區(qū)組中呈現(xiàn))。捕獲產(chǎn)量的差異可以允許例如在同時測序期間諸如在同一測序池(sequencingcell)中或在同一待測序材料池中在序列可變靶區(qū)組中進行深度且因此更準確的序列確定，以及在表觀遺傳靶區(qū)組中進行淺且更廣泛的覆蓋。[0008]表觀遺傳靶區(qū)組可以以各種方式進行分析，包括不依賴于靶內(nèi)特定核苷酸序列確定中的高度準確度的方法。實例包括確定甲基化和/或片段的分布和尺寸，這可以指示獲得片段的細胞中正?；虍惓５娜旧|(zhì)結(jié)構(gòu)。這樣的分析可以通過測序來執(zhí)行，并且與確定序列突變(諸如堿基取代、插入或缺失)的存在或不存在相比，需要更少的數(shù)據(jù)(例如，序列讀段的數(shù)量或測序覆蓋的深度)。[0009]與本文描述的方法相比，以相同的捕獲產(chǎn)量分離表觀遺傳靶區(qū)組和序列可變靶區(qū)組將導(dǎo)致表觀遺傳靶區(qū)組不必要的冗余數(shù)據(jù)的產(chǎn)生和/或提供比確定序列可變靶區(qū)組成員5的基因型所期望的更低的準確度。[0010]本公開內(nèi)容旨在滿足對于改進無細胞DNA分離的需求和/或提供其他益處。因此，提供了以下示例性實施方案。獲從測試受試者獲得的cfDNA的多于一個靶區(qū)組，其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子更高的捕獲產(chǎn)量被捕獲。[0012]在另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種分離無細胞DNA(cfDNA)的方法，使從測試受試者獲得的cfDNA與靶特異性探針組接觸，其中靶特異性探針組包括對序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針，并且靶特異性探針組被配置為以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA更高的捕獲產(chǎn)量捕獲對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的cfDNA,從而形成靶特異性探針和cfDNA的復(fù)合物；并且將復(fù)合物與未與靶特異性探獲的cfDNA分子組進行測序。在一些實施方案中，該方法還包括將對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子測序至比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子更深的測序深度。[0013]在另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種鑒定由腫瘤產(chǎn)生的DNA的存在的方法，該方法包括：從測試受試者收集cfDNA,從cfDNA中捕獲多于一個靶區(qū)組，其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)生捕獲的cfDNA分子組，對捕獲的cfDNA分子進行測序，其中序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的[0014]在另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種確定受試者具有癌癥的可能性的方法，包括：a)從測試受試者收集cfDNA;b)從cfDNA中捕獲多于一個靶區(qū)組，其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)生捕獲的cfDNA分子組；c)對捕獲的cfDNA分子進行測序，其中序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子更深的測序深度；d)獲得由核酸測序儀通過對捕獲的cfDNA分子進行測序而產(chǎn)生的多于一個序列讀段；e)將多于一個序列讀段映射至一個或更多個參考序列以產(chǎn)生映射的序列讀段；以及f)處理對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組的映射的序列讀段，以確定受試者具有癌癥的可能性。[0015]在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深至少2倍的測序深度。在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深至少3倍的測序深度。在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深4-10倍的測序深度。在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深4-100倍的測序深度。[0016]在一些實施方案中，cfDNA擴增包括將包含條形碼的銜接子與cfDNA連接的步驟。在一些實施方案中，cfDNA擴增包括將包含條形碼的銜接子與cfDNA連接的步驟。[0017]在一些實施方案中，捕獲cfDNA的多于一個靶區(qū)組包括使cfDNA與對序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針接觸。在一些實施方案6組特異性的靶結(jié)合探針以比對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針高至少4倍或5倍的濃[0019]在一些實施方案中，分組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量比對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，其中對應(yīng)于序列可變靶區(qū)的捕獲的產(chǎn)生映射的序列讀段；(iii)處理對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組的映射的序列區(qū)組的測序深度比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的7中，表觀遺傳靶區(qū)組包括低甲基化可變靶區(qū)組。在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組包括甲基化對照靶區(qū)組。[0027]在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組包括片段化可變靶區(qū)組。在一些實施方案中，片段化可變靶區(qū)組包括轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)。在一些實施方案中，片段化可變靶區(qū)組包括CTCF結(jié)合區(qū)。[0028]在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少2倍。在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少10倍。[0029]在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)組的足跡是至少25kB或50kB。[0030]在又另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種組合物，所述組合物包含捕獲的cfDNA,其中捕獲的cfDNA包括捕獲的序列可變靶區(qū)和捕獲的表觀遺傳靶區(qū)，并且序列可變靶區(qū)的濃度大于表觀遺傳靶區(qū)的濃度，其中濃度針對序列可變靶區(qū)和表觀遺傳靶區(qū)的足跡尺寸進行歸一化。[0031]在一些實施方案中，捕獲的cfDNA包含序列標簽。在一些實施方案中，序列標簽包括條形碼。在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)的濃度比表觀遺傳靶區(qū)的濃度大至少2倍。在一些實施方案中，序列可變靶區(qū)的濃度比表觀遺傳靶區(qū)的濃度大至少4倍或5倍。在一些實施方案中，濃度是針對靶區(qū)的足跡尺寸歸一化的質(zhì)量/體積濃度。[0032]在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)包括超甲基化可變靶區(qū)；低甲基化可變靶區(qū)；轉(zhuǎn)括甲基化對照靶區(qū)。[0033]在一些實施方案中，組合物根據(jù)本文別處公開的方法產(chǎn)生。在一些實施方案中，捕獲在單個容器中進行。[0034]在一些實施方案中，本文公開的系統(tǒng)和方法的結(jié)果被用作輸入以生成報告。報告可以是紙質(zhì)格式或電子格式。例如，如由本文公開的方法或系統(tǒng)確定的關(guān)于序列信息的信息和/或從序列信息導(dǎo)出的信息可以展示在這樣的報告中。在一些實施方案中，該信息是如由本文公開的方法或系統(tǒng)確定的受試者的癌癥狀態(tài)。本文公開的方法或系統(tǒng)還可以包括將報告?zhèn)魉椭恋谌降牟襟E，第三方諸如是樣品來源的受試者或健康護理從業(yè)者。[0035]在另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種確定測試受試者中癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險的方法，該方法包括：在對測試受試者進行一次或更多次先前的癌癥治療之后的一個或更多個預(yù)選時間點，從被診斷為患有癌癥的測試受試者收集起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA;從DNA中捕獲多于一個靶區(qū)組，其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的DNA分子更深的測序深度，從而產(chǎn)生序列信息組；使用序列信息組檢測起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA在預(yù)選時間點的存在或不存在；并且確定癌癥復(fù)發(fā)評分，所述癌癥復(fù)發(fā)評分指示起源于或衍生自測試受試者的腫瘤細胞的DNA的存在或不存在，其中在癌癥復(fù)發(fā)評分被確定為處于或高于預(yù)定閾值時，測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險，或者在癌癥復(fù)發(fā)評分低于預(yù)定閾值時，測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于較低的癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險。[0036]在另一方面，本公開內(nèi)容提供了一種將測試受試者分類為隨后癌癥治療候選者的方法，該方法包括：在對測試受試者進行一次或更多次先前的癌癥治療之后的一個或更多8個預(yù)選時間點，從被診斷為患有癌癥的測試受試者收集起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA;從DNA中捕獲多于一個靶區(qū)組，其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，列可變靶區(qū)組的捕獲的DNA分子被測序至比表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的DNA分子更深的測序深度，從而產(chǎn)生序列信息組；使用序列信息組檢測起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA在一個或更多個預(yù)選時間點的存在或不存在；確定癌癥復(fù)發(fā)評分，所述癌癥復(fù)發(fā)評分指示起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA的存在或不存在；并且將測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)評分與預(yù)定的癌癥復(fù)發(fā)閾值進行比較，從而在癌癥復(fù)發(fā)評分高于癌癥復(fù)發(fā)閾值時，將測試受試者分類為隨后癌癥治療的候選者，或者在癌癥復(fù)發(fā)評分低于癌癥復(fù)發(fā)閾值時，不將測試受試者分類為療法的候選者。[0037]以下是根據(jù)本公開內(nèi)容的實施方案的示例性列表。[0038]實施方案1是一種分離無細胞DNA(cfDNA)的方[0039]捕獲從測試受試者獲得的cfDNA的多于一個靶區(qū)組，[0040]其中多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，[0042]其中在所述捕獲的cfDNA分子組中，對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子以比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子更高的捕獲產(chǎn)量被捕獲。[0043]實施方案2是一種分離無細胞DNA(cfDNA)的方法，所述方法包括：[0044]使從測試受試者獲得的cfDNA與靶特異性探針組接觸，[0045]其中所述靶特異性探針組包括對序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針，并且所述靶特異性探針組被配置為以比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA更高的捕獲產(chǎn)量捕獲對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的cfDNA,[0046]從而形成靶特異性探針和cfDNA的復(fù)合物；并且[0047]將所述復(fù)合物與未與靶特異性探針結(jié)合的cfDNA分開，從而提供捕獲的cfDNA分子[0048]實施方案3是實施方案1或2所述的方法，所述方法還包括對所述捕獲的cfDNA分子組進行測序。[0049]實施方案4是實施方案3所述的方法，所述方法包括將對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子測序至比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子更深的測序深度。[0050]實施方案5是一種鑒定由腫瘤產(chǎn)生的DNA的存在的方法，所述方法包括：[0051]從測試受試者收集cfDNA,[0052]從所述cfDNA中捕獲多于一個靶區(qū)組，[0053]其中所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)生捕獲[0054]對所述捕獲的cfDNA分子進行測序，[0055]其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子更深的測序深度。[0056]實施方案6是實施方案3-5中任一項所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深至少2倍的測序深度。9[0057]實施方案7是實施方案3-5中任一項所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深至少3倍的測序深度。[0058]實施方案8是實施方案3-5中任一項所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深4-10倍的測序深度。[0059]實施方案9是實施方案3-5中任一項所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子深4-100倍的測序深度。[0060]實施方案10是實施方案3-9中任一項所述的方法，其中在測序之前，將所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子與所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子匯集。[0061]實施方案11是實施方案3-10中任一項所述的方法，其中在同一測序池中對所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子和所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子進行測序。[0062]實施方案12是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述cfDNA在捕獲之前被擴增。[0063]實施方案13是實施方案12所述的方法，其中所述cfDNA擴增包括將包含條形碼的銜接子與所述cfDNA連接的步驟。[0064]實施方案14是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括超甲基化可變靶區(qū)組。[0065]實施方案15是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括低甲基化可變靶區(qū)組。[0066]實施方案16是實施方案14或15所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括甲基化對照靶區(qū)組。[0067]實施方案17是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括片段化可變靶區(qū)組。[0068]實施方案18是實施方案17所述的方法，其中所述片段化可變靶區(qū)組包括轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)。[0069]實施方案19是實施方案17或18所述的方法，其中所述片段化可變靶區(qū)組包括CTCF結(jié)合區(qū)。[0070]實施方案20是前述實施方案中任一項所述的方法，其中捕獲所述cfDNA的多于一個靶區(qū)組包括使所述cfDNA與對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針接觸。[0071]實施方案21是實施方案20所述的方法，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針以比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針更高的濃度存在。[0072]實施方案22是實施方案20所述的方法，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針以比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針高至少2倍的濃度存在。[0073]實施方案23是實施方案20所述的方法，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針以比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針高至少4倍或5倍的濃度存在。[0074]實施方案24是實施方案20-23中任一項所述的方法，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針具有比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針更高的靶結(jié)合親和力。[0075]實施方案25是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少2倍。[0076]實施方案26是實施方案25所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少10倍。[0077]實施方案27是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的足跡是至少25kB或50kB。[0078]實施方案28是前述實施方案中任一項所述的方法，其中從所述測試受試者獲得的cfDNA基于甲基化水平被分區(qū)為至少2個級分，并且對每個級分進行所述方法的隨后步驟。[0079]實施方案29是實施方案28所述的方法，其中分區(qū)步驟包括使收集的cfDNA與固定在固體支持物上的甲基結(jié)合試劑接觸。[0080]實施方案30是實施方案28或29所述的方法，其中所述至少2個級分包括超甲基化級分和低甲基化級分，并且所述方法還包括將所述超甲基化級分和所述低甲基化級分差異加標簽或者對所述超甲基化級分和所述低甲基化級分單獨地測序。[0081]實施方案31是實施方案30所述的方法，其中所述超甲基化級分和所述低甲基化級分被差異加標簽，并且所述方法還包括在測序步驟之前匯集差異加標簽的超甲基化級分和低甲基化級分。[0082]實施方案32是前述實施方案中任一項所述的方法，所述方法還包括確定對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子是否包含癌癥相關(guān)突變。[0083]實施方案33是前述實施方案中任一項所述的方法，所述方法還包括確定對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子是否包含或指示癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾或拷貝數(shù)變異(例如，聚焦擴增(focalamplification)),任選地，其中所述方法包括確定對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子是否包含或指示癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾和拷貝數(shù)變異(例如，聚焦擴增)。[0084]實施方案34是實施方案33所述的方法，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括一個或更多個超甲基化可變靶區(qū)中的超甲基化。[0085]實施方案35是實施方案33或34所述的方法，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括[0086]實施方案36是實施方案33-35中任一項所述的方法，其中所述癌癥相關(guān)表觀遺傳修飾包括轉(zhuǎn)錄起始位點的一個或更多個擾動。[0087]實施方案37是前述實施方案中任一項所述的方法，其中所述捕獲的cfDNA分子組因表達(Helicos)、下一代測序(NGS)、單分子合成測序(SMSS)(Helicos)、大規(guī)模并行測序、的測序。[0088]實施方案38是一種用于捕獲由腫瘤細胞產(chǎn)生的cfDNA的靶特異性探針的集合，所述集合包含對序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量高至少2倍。11[0089]實施方案39是實施方案38所述的靶特異性探針的集合，其中對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量比對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針的捕獲產(chǎn)量高至少4倍或5倍。[0090]實施方案40是實施方案38或39所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括超甲基化可變靶區(qū)探針組。[0091]實施方案41是實施方案38-40中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括低甲基化可變靶區(qū)探針組。[0092]實施方案42是實施方案40或41所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)探針組包括甲基化對照靶區(qū)探針組。[0093]實施方案43是實施方案38-42中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)探針組包括片段化可變靶區(qū)探針組。[0094]實施方案44是實施方案43所述的靶特異性探針的集合，其中所述片段化可變靶區(qū)探針組包括轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)探針。[0095]實施方案45是實施方案43或44所述的靶特異性探針的集合，其中所述片段化可變[0096]實施方案46是實施方案38-45中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中在所述序列可變靶區(qū)組中存在至少10個區(qū)域，并且在所述表觀遺傳靶區(qū)組中存在至少100個區(qū)域。[0097]實施方案47是實施方案38-46中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少2倍。[0098]實施方案48是實施方案47所述的靶特異性探針的集合，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少10倍。[0099]實施方案49是實施方案38-48中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述序列可變靶區(qū)組的足跡是至少25kB或50kB。[0100]實施方案50是實施方案38-49中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述探針存在于單一溶液中。[0101]實施方案51是實施方案38-50中任一項所述的靶特異性探針的集合，其中所述探針包括捕獲部分。[0102]實施方案52是一種組合物，所述組合物包含捕獲的cfDNA,其中所述捕獲的cfDNA包括捕獲的序列可變靶區(qū)和捕獲的表觀遺傳靶區(qū)，并且所述序列可變靶區(qū)的濃度大于所述表觀遺傳靶區(qū)的濃度，其中所述濃度針對所述序列可變靶區(qū)和所述表觀遺傳靶區(qū)的足跡尺寸進行歸一化。[0103]實施方案53是實施方案52所述的組合物，其中所述捕獲的cfDNA包含序列標簽。[0104]實施方案54是實施方案53所述的組合物，其中所述序列標簽包括條形碼。[0105]實施方案55是實施方案52-54中任一項所述的組合物，其中所述序列可變靶區(qū)的濃度比所述表觀遺傳靶區(qū)的濃度大至少2倍。[0106]實施方案56是實施方案52-54中任一項所述的組合物，其中所述序列可變靶區(qū)的濃度比所述表觀遺傳靶區(qū)的濃度大至少4倍或5倍。[0107]實施方案57是實施方案52-56中任一項所述的組合物，其中所述濃度是針對所述靶區(qū)的足跡尺寸歸一化的質(zhì)量/體積濃度。[0108]實施方案58是實施方案52-57中任一項所述的組合物，其中所述表觀遺傳靶區(qū)包三種或四種；任選地，其中所述表觀遺傳靶區(qū)還包括甲基化對照靶區(qū)。[0109]實施方案59是實施方案52-58中任一項所述的組合物，所述組合物根據(jù)實施方案1-37中任一項所述的方法產(chǎn)生。[0110]實施方案60是一種確定受試者具有癌癥的可能性的方法，所述方法包括：[0111]從測試受試者收集cfDNA;[0112]從所述cfDNA中捕獲多于一個靶區(qū)組；[0113]其中所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，從而產(chǎn)生捕獲[0114]對所述捕獲的cfDNA分子進行測序，[0115]其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子更深的測序深度；[0116]獲得由核酸測序儀通過對所述捕獲的cfDNA分子進行測序而產(chǎn)生的多于一個序列[0117]將所述多于一個序列讀段映射至一個或更多個參考序列以產(chǎn)生映射的序列讀段；[0118]處理對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組和所述表觀遺傳靶區(qū)組的映射的序列讀段，以確定所述受試者具有癌癥的可能性。[0119]實施方案61是實施方案60所述的方法，具有實施方案21-38中任一項所述的特征。[0120]實施方案62是實施方案60或61所述的方法，其中在獲得所述多于一個序列讀段和/或在同一測序池中測序之前，將所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子與所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子匯集。[0121]實施方案63是實施方案60-62中任一項所述的方法，其中所述cfDNA在捕獲之前被擴增，任選地，其中所述cfDNA擴增包括將包含條形碼的銜接子與所述cfDNA連接的步驟。[0122]實施方案64是實施方案60-63中任一項所述的方法，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組如實施方案15-19中任一項所述。[0123]實施方案65是實施方案60-64中任一項所述的方法，其中捕獲所述cfDNA的多于一個靶區(qū)組包括使所述cfDNA與對所述序列可變靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針和對所述表觀遺傳靶區(qū)組特異性的靶結(jié)合探針接觸。[0125]通信接口，所述通信接口通過通信網(wǎng)絡(luò)接收由核酸測序儀通過對捕獲的cfDNA分子組進行測序而產(chǎn)生的多于一個序列讀段，其中所述捕獲的cfDNA分子組通過從cfDNA樣品中捕獲多于一個靶區(qū)組來獲得，其中所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組，其中對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)的捕獲的cfDNA分子被測序至比對應(yīng)于所述表觀遺[0126]控制器，所述控制器包括或能夠訪問包括非暫時性計算機可執(zhí)行指令的計算機可讀介質(zhì)，所述指令在由至少一個電子處理器執(zhí)行時進行一種方法，所述方法包括：[0127](i)通過所述通信網(wǎng)絡(luò)接收由所述核酸測序儀產(chǎn)生的序列讀段；[0128](ii)將所述多于一個序列讀段映射至一個或更多個參考序列以產(chǎn)生映射的序列[0129](iii)處理對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組和所述表觀遺傳靶區(qū)組的映射的序列讀段，以確定受試者具有癌癥的可能性。[0130]實施方案67是實施方案66所述的系統(tǒng)，其中對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的測序深度比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的測序深度深至少2倍。[0131]實施方案68是實施方案66所述的系統(tǒng)，其中對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的測序深度比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的測序深度深至少3倍。[0132]實施方案69是實施方案66所述的系統(tǒng)，其中對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的測序深度比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的測序深度深4-10倍。[0133]實施方案70是實施方案66中任一項所述的系統(tǒng)，其中對應(yīng)于所述序列可變靶區(qū)組的測序深度比對應(yīng)于所述表觀遺傳靶區(qū)組的測序深度深4-100倍。[0134]實施方案71是實施方案66-70中任一項所述的系統(tǒng)，其中在測序之前，將所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子與所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子匯集。[0135]實施方案72是實施方案66-71中任一項所述的系統(tǒng)，其中在同一測序池中對所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子和所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的cfDNA分子進行測序。[0136]實施方案73是實施方案66-72中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括超甲基化可變靶區(qū)組。[0137]實施方案74是實施方案66-73中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括低甲基化可變靶區(qū)組。[0138]實施方案75是實施方案72或73所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括甲基化對照靶區(qū)組。[0139]實施方案76是實施方案66-75中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組包括片段化可變靶區(qū)組。[0140]實施方案77是實施方案66-76中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述片段化可變靶區(qū)組包括轉(zhuǎn)錄起始位點區(qū)。[0141]實施方案78是實施方案76或77所述的系統(tǒng)，其中所述片段化可變靶區(qū)組包括CTCF結(jié)合區(qū)。[0142]實施方案79是實施方案66-78中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少2倍。[0143]實施方案80是實施方案79所述的系統(tǒng)，其中所述表觀遺傳靶區(qū)組的足跡比所述序列可變靶區(qū)組的尺寸大至少10倍。[0144]實施方案81是實施方案66-80中任一項所述的系統(tǒng)，其中所述序列可變靶區(qū)組的足跡是至少25kB或50kB。[0145]實施方案82是以上實施方案中任一項所述的方法或系統(tǒng)，其中捕獲在單個容器中[0146]實施方案83是實施方案1-37中任一項所述的方法，其中所述測試受試者先前被診斷為患有癌癥并接受了一種或更多種先前的癌癥治療，任選地，其中所述cfDNA在所述一種或更多種先前的癌癥治療之后的一個或更多個預(yù)選時間點獲得。[0147]實施方案84是前一項實施方案所述的方法，所述方法還包括對所述捕獲的cfDNA分子組進行測序，從而產(chǎn)生序列信息組。[0148]實施方案85是前一項實施方案所述的方法，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的DNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的DNA分子更深的測序深度。[0149]實施方案86是實施方案84或85所述的方法，所述方法還包括使用所述序列信息組檢測起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA在預(yù)選時間點的存在或不存在。[0150]實施方案87是前一項實施方案所述的方法，所述方法還包括確定癌癥復(fù)發(fā)評分，所述癌癥復(fù)發(fā)評分指示起源于或衍生自所述測試受試者的腫瘤細胞的DNA的存在或不存在。[0151]實施方案88是前一項實施方案所述的方法，所述方法還包括基于所述癌癥復(fù)發(fā)評分確定癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)，其中在癌癥復(fù)發(fā)評分被確定為處于或高于預(yù)定閾值時，所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險，或者在所述癌癥復(fù)發(fā)評分低于所述預(yù)定閾值時，所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于較低的癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險。[0152]實施方案89是實施方案87或88所述的方法，所述方法還包括將所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)評分與預(yù)定的癌癥復(fù)發(fā)閾值進行比較，并且在所述癌癥復(fù)發(fā)評分高于所述癌癥復(fù)發(fā)閾值時，所述測試受試者被分類為隨后癌癥治療的候選者，或者在所述癌癥復(fù)發(fā)評分低于所述癌癥復(fù)發(fā)閾值時，所述測試受試者不被分類為隨后癌癥治療的候選者。[0153]實施方案90是一種確定測試受試者中癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險的方法，所述方法包括：[0154](a)在對所述測試受試者進行一次或更多次先前的癌癥治療之后的一個或更多個預(yù)選時間點，從被診斷為患有癌癥的測試受試者收集起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA;[0155](b)從所述DNA捕獲多于一個靶區(qū)組，其中所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)[0156](c)對捕獲的DNA分子進行測序，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的DNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的DNA分子更深的測序深度，從而產(chǎn)生序列信息組；[0157](d)使用所述序列信息組檢測起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA在預(yù)選時間點的存[0158](e)確定癌癥復(fù)發(fā)評分，所述癌癥復(fù)發(fā)評分指示起源于或衍生自所述測試受試者的腫瘤細胞的DNA的存在或不存在，其中在所述癌癥復(fù)發(fā)評分被確定為處于或高于預(yù)定閾值時，所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于癌癥復(fù)發(fā)風(fēng)險，或者在所述癌癥復(fù)發(fā)評分低于所述預(yù)定閾值時，所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)狀態(tài)被確定為處于較低的癌癥復(fù)發(fā)[0159]實施方案91是一種將測試受試者分類為隨后癌癥治療候選者的方法，所述方法包[0160](a)在對所述測試受試者進行一次或更多次先前的癌癥治療之后的一個或更多個預(yù)選時間點，從被診斷為患有癌癥的測試受試者收集起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA;[0161](b)從所述DNA捕獲多于一個靶區(qū)組，其中所述多于一個靶區(qū)組包括序列可變靶區(qū)[0162](c)對來自所述DNA分子組的多于一個捕獲的DNA分子進行測序，其中所述序列可變靶區(qū)組的捕獲的DNA分子被測序至比所述表觀遺傳靶區(qū)組的捕獲的DNA分子更深的測序[0163](d)使用所述序列信息組檢測起源于或衍生自腫瘤細胞的DNA在一個或更多個預(yù)選時間點的存在或不存在，[0164](e)確定癌癥復(fù)發(fā)評分，所述癌癥復(fù)發(fā)評分指示起源于或衍生自所述腫瘤細胞的[0165](f)將所述測試受試者的癌癥復(fù)發(fā)評分與預(yù)定的癌癥復(fù)發(fā)閾值進行比較，從而在所述癌癥復(fù)發(fā)評分高于所述癌癥復(fù)發(fā)閾值時，將所述測試受試者分類為隨后癌癥治療的候選者，或者在所述癌癥復(fù)發(fā)評分低于所述癌癥復(fù)發(fā)閾值時，不將所述測試受試者分類為療法的候選者。[0166]實施方案92是實施方案88-90所述的方法，其中所述測試受試者處于癌癥復(fù)發(fā)的風(fēng)險，并且被分類為隨后癌癥治療的候選者。[0167]實施方案93是實施方案89、91或92中任一項所述的方法，其中所述隨后癌癥治療包括化學(xué)療法或施用治療性組合物。[0168]實施方案94是實施方案90-93中任一項所述的方法，其中起源于或衍生自腫瘤細[0169]實施方案95是實施方案90-93中任一項所述的方法，其中起源于或衍生自腫瘤細[0170]實施方案96是實施方案87-95中任一項所述的方法，所述方法還包括基于所述癌癥復(fù)發(fā)評分確定所述測試受試者的無病生存期(DFS)時間段。年或10年。[0172]實施方案98是實施方案84-97中任一項所述的方法，其中所述序列信息組包括序列可變靶區(qū)序列，并且確定所述癌癥復(fù)發(fā)評分包括確定指示序列可變靶區(qū)序列中存在的突變數(shù)量足以使第一分項評分產(chǎn)生分類為癌癥復(fù)發(fā)陽性的癌癥復(fù)發(fā)評分，任選地其中所述[0174]實施方案100是實施方案84-99中任一項所述的方法，其中所述序列信息組包括表觀遺傳靶區(qū)序列，并且確定所述癌癥復(fù)發(fā)評分包括確定指示所述表觀遺傳靶區(qū)序列中異常序列讀段的量的第二分項評分。[0175]實施方案101是實施方案100所述的方法，其中異常序列讀段包括指示超甲基化可變靶序列的甲基化的讀段和/或指示片段化可變靶區(qū)中異常片段化的讀段。[0176]實施方案102是實施方案101所述的方法，其中大于或等于0.001%-10%范圍內(nèi)的值的指示超甲基化可變靶區(qū)組中的超甲基化和/或片段化可變靶區(qū)組中的異常片段化的對應(yīng)于超甲基化可變靶區(qū)組和/或片段化可變靶區(qū)組的讀段的比例足以將第二分項評分分類為癌癥復(fù)發(fā)陽性。[0177]實施方案103是實施方案102所述的方法，其中所[0178]實施方案104是實施方案102所述的方法，其中所述范圍是0.01%-5%或0.01%-[0179]實施方案105是實施方案102所述的方法，其中所述范圍是0.01%-1%。[0180]實施方案106是實施方案84-105中任一項所述的方法，所述方法還包括從所述序列信息組中指示一個或更多個指示起源于腫瘤細胞的特征的讀段分數(shù)(fraction)中確定腫瘤DNA的分數(shù)。[0181]實施方案107是實施方案106所述的方法，其中指示起源于腫瘤細胞的一個或更多個特征包括序列可變靶區(qū)的改變、超甲基化可變靶區(qū)的超甲基化和片段化可變靶區(qū)的異常片段化中的一個或更多個。[0182]實施方案108是實施方案106或107所述的方法，所述方法還包括至少部分地基于腫瘤DNA的分數(shù)來確定癌癥復(fù)發(fā)評分，其中大于或等于10?11至1或10?1?至1范圍內(nèi)的預(yù)定值的腫瘤DNA的分數(shù)足以將所述癌癥復(fù)發(fā)評分分類為癌癥復(fù)發(fā)陽性。[0183]實施方案109是實施方案108所述的方法，其中大于或等10??至10??、10??至10??、10??至10??、10?至10?4、10??至10?3、10?3至10?2或10?2至10?1范圍內(nèi)的預(yù)定值的腫瘤DNA的分數(shù)足以將所述癌癥復(fù)發(fā)評分分類為癌癥復(fù)發(fā)陽性。[0184]實施方案110是實施方案108或109所述的方法，其中所述預(yù)定值在10?至10?的范圍內(nèi)或者是10??。[0185]實施方案111是實施方案107-110中任一項所述的方法，其中如果所述腫瘤DNA的則所述腫瘤DNA的分數(shù)被確定為大于或等于預(yù)定值。[0186]實施方案112是實施方案111所述的方法，其中所述累積概率是至少0.95。[0187]實施方案113是實施方案111所述的方法，其中所述累積概率在0.98-0.995的范圍內(nèi)或者是0.99。[0188]實施方案114是實施方案84-113中任一項所述的方法，其中所述序列信息組包括序列可變靶區(qū)序列和表觀遺傳靶區(qū)序列，并且確定所述癌癥復(fù)發(fā)評分包括確定指示序列可變靶區(qū)序列中存在的SNV、插入/缺失、CNV和/或融合體的量的第一分項評分和確定指示表觀遺傳靶區(qū)序列中異常序列讀段的量的第二分項評分，并且將所述第一分項評分和所述第二分項評分組合以提供所述癌癥復(fù)發(fā)評分。[0189]實施方案115是實施方案114所述的方法，其中將所述第一分項評分和所述第二分項評分組合包括對每個分項評分獨立地應(yīng)用閾值(例如，在序列可變靶區(qū)中大于預(yù)定數(shù)量的突變(例如，>1),并且在表觀遺傳靶區(qū)中大于預(yù)定分數(shù)的異常(例如，腫瘤)讀段),或者訓(xùn)練機器學(xué)習(xí)分類器以基于多于一個陽性和陰性訓(xùn)練樣品來確定狀態(tài)。[0190]實施方案116是實施方案115所述的方法，其中-4至2或-3至1范圍內(nèi)的組合評分的值足以將癌癥復(fù)發(fā)評分分類為癌癥復(fù)發(fā)陽性。[0191]實施方案117是實施方案83-116中任一項所述的方法，其中一個或更多個預(yù)選時間點選自由以下組成的組：施用一種或更多種先前的癌癥治療之后的1個月、2個月、3個月、[0192]實施方案118是實施方案83-117中任一項所述的方法，其中所述癌癥是結(jié)腸直腸癌。[0193]實施方案119是實施方案83-118中任一項所述的方法，其中一種或更多種先前的癌癥治療包括手術(shù)。[0194]實施方案120是實施方案83-119中任一項所述的方法，其中一種或更多種先前的癌癥治療包括施用治療性組合物。[0195]實施方案121是實施方案83-120中任一項所述的方法，其中一種或更多種先前的癌癥治療包括化學(xué)療法。[0196]本文公開的方法的各步驟，或由本文公開的系統(tǒng)進行的步驟，可以在相同時間或不同的時間和/或在同一地理位置或不同的地理位置例如國家進行。本文公開的方法的各步驟可以由同一人員或不同的人員進行。附圖說明[0197]并入本說明書并構(gòu)成其一部分的附圖示出了某些實施方案，并與書面描述一起用于解釋本文公開的方法、計算機可讀介質(zhì)和系統(tǒng)的某些原理。當結(jié)合附圖閱讀時，本文提供的描述被更好地理解，附圖以實例的方式而非限制的方式被包括在內(nèi)。應(yīng)當理解，除非上下文另有說明，否則在所有附圖中，相同的附圖標記表有附圖可以是出于說明目的的示意圖，并不一定描繪所示元件的實際相對尺寸或位置。[0198]圖1示出了分區(qū)方法的概述。[0199]圖2是適用于本公開內(nèi)容的一些實施方案的系統(tǒng)實例的示意圖。[0200]圖3示出了在如實施例ii中描述的液體活檢測試中使用表觀遺傳靶區(qū)和序列可變靶區(qū)中的一個或兩個來檢測不同階段的癌癥的靈敏度。[0201]圖4示出了如實施例iii中描述被檢測到或未被檢測到ctDNA的受試者隨時間的無復(fù)發(fā)生存期。具體實施方式[0202]現(xiàn)在將詳細述及本發(fā)明的某些實施方案。雖然將結(jié)合這些實施方案描述本發(fā)明，但是應(yīng)當理解，它們并不意圖使本發(fā)明受限于這些實施方案。相反，意圖本發(fā)明覆蓋所有替代、修改和等同方案，它們可以被包括在如由所附權(quán)利要求書定義的本發(fā)明內(nèi)。[0203]在詳細描述本教導(dǎo)之前，應(yīng)當理解，本公開內(nèi)容不限于特定的組合物或工藝步驟，因為這些可以變化。應(yīng)該注意的是，除非上下文另外明確規(guī)定，否則如本說明書和所附的權(quán)及“核酸(anucleicacid)”包括多于一個核酸，提及“細胞(acell)”包括多于一個細胞，[0204]數(shù)值范圍包括限定該范圍的數(shù)字?？紤]到有效數(shù)字和與測量相關(guān)聯(lián)的誤差，測量般描述和詳細描述二者僅是示例性的和說明性的，而不是限制本教導(dǎo)。[0205]除非在以上說明書中特別指出，否則說明書中敘述“包含(comprising)”各種組分利要求中這些術(shù)語的使用)。[0206]本文使用的章節(jié)標題用于組織目的，并且不被解釋為以任何方式限制所公開的主題。如果通過引用并入的任何文件或其他材料與本說明書的任何明確內(nèi)容(包括定義)相矛[0208]“無細胞DNA(Cell-freeDNA)”、“cfDNA分子”或簡稱為“cfDNA”包括以細胞外形式(例如，在血液、血清、血漿或其他體液諸如淋巴、腦脊液、尿液或痰中)存在于受試者中的DNA分子，并且包括不包含在細胞內(nèi)或不以其他方式與細胞結(jié)合的DNA。雖然DNA最初存在于大型復(fù)雜生物的生物體(例如，哺乳動物)的一個或更多個細胞中，但DNA已經(jīng)經(jīng)歷從一個或更多個細胞釋放到存在于生物體中的流體中。通常，可以通過獲得流體樣品獲得cfDNA,而無需進行體外細胞裂解步驟，并且還包括去除流體中存在的細胞(例如，離心血液以去除細胞)。[0209]探針集合對于給定靶區(qū)組的“捕獲產(chǎn)量”是指在典型條件下集合捕獲的對應(yīng)于靶區(qū)組的核酸的量(例如，相對于另一靶區(qū)組的量或絕對量)。示例性典型捕獲條件是樣品核酸和探針在包含嚴格雜交緩沖液的小反應(yīng)體積(約20μL)中于65℃孵育10-18小時。捕獲產(chǎn)量可以以絕對性術(shù)語表示，或者對于多于一個探針集合，可以以相對性術(shù)語表示。在比較對于多于一個靶區(qū)組的捕獲產(chǎn)量時，將它們針對靶區(qū)組的足跡尺寸(例如，基于每千堿基)進行歸一化。因此，例如，如果第一靶區(qū)和第二靶區(qū)的足跡尺寸分別是50kb和500kb(給出0.1的歸一化因子),則在對應(yīng)于第一靶區(qū)組的捕獲的DNA的質(zhì)量/體積濃度多于對應(yīng)于第二靶區(qū)組的捕獲的DNA的質(zhì)量/體積濃度的0.1倍時，對應(yīng)于第一靶區(qū)組的DNA以比對應(yīng)于第二靶區(qū)組的DNA高的產(chǎn)量被捕獲。作為另外的實例，使用相同的足跡尺寸，如果對應(yīng)于第一靶區(qū)組的捕獲的DNA具有的質(zhì)量/體積濃度為對應(yīng)于第二靶區(qū)組的捕獲的DNA的質(zhì)量/體積濃度的0.2倍，則對應(yīng)于第一靶區(qū)組的DNA以比對應(yīng)于第二靶區(qū)組的DNA高兩倍的捕獲產(chǎn)量被捕獲。[0210]“捕獲”或“富集”一種或更多種靶核酸是指優(yōu)先將一種或更多種靶核酸與非靶核酸分離(isolating)或分開(separating)。[0212]“靶區(qū)組(target-regionset)”或“靶區(qū)組(setoftargetregions)”或“靶區(qū)”是指被靶向用于捕獲和/或被探針組靶向(例如，通過序列互補性)的多于一個基因組基因座或多于一個基因組區(qū)。[0213]“對應(yīng)于靶區(qū)組”意指核酸，諸如cfDNA,起源于靶區(qū)組中的基因座或一種或更多種探針特異性結(jié)合靶區(qū)組。[0214]在探針或其他寡核苷酸和靶序列的上下文中，“特異性結(jié)合”意指在適當?shù)碾s交條件下，寡核苷酸或探針與其靶序列或其復(fù)制品雜交，以形成穩(wěn)定的探針：靶雜交體，同時穩(wěn)定的探針：非靶雜交體的形成被最小化。因此，探針與靶序列或其復(fù)制品以比與非靶序列大得多的程度雜交，從而能夠捕獲或檢測靶序列。適當?shù)碾s交條件是本領(lǐng)域熟知的，可以基于序列組成進行預(yù)測，或者可以通過使用常規(guī)測試方法來確定(參見，例如，Sambrook等人，MolecularCloning,ALaboratoryManual,第2版(ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,1989)在SS1.90-1.91、7.37-7.57、9.47-9.51和11.47-11.57,特別是SS9.50-9.51、11.12-11.13、11.45-11.47和11.55-11.57,通過引用并入本[0215]“序列可變靶區(qū)組”是指在贅生性細胞(例如，腫瘤細胞和癌細胞)中可能表現(xiàn)出序[0216]“表觀遺傳靶區(qū)組”是指在贅生性細胞(例如，腫瘤細胞和癌細胞)和非腫瘤細胞(例如，免疫細胞、來自腫瘤微環(huán)境的細胞)中可能表現(xiàn)出非序列修飾的靶區(qū)組。這些修飾不轉(zhuǎn)錄起始位點、調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合區(qū)和任何其他可能與DNA結(jié)合的蛋白的改變(增加或減少)。出于本發(fā)明的目的，對贅生物、腫瘤或癌癥相關(guān)的聚焦擴增和/或基因融合敏感的基因座也可以被包括在表觀遺傳靶區(qū)組中，因為通過測序或映射至參考基因組中多于一個基因座的融合序列對拷貝數(shù)改變的檢測傾向于更類似于對以上討論的示例性表觀遺傳改變的檢測，而不是對核苷酸取代、插入或缺失的檢測，例如，因為聚焦擴增和/或基因融合可以在相對淺的測序深度處被檢測到，這是因為它們的檢測不依賴于一個或若干單獨位置處堿基調(diào)用的準確度。例如，表觀遺傳靶區(qū)組可以包括用于分析片段長度或片段終點位置分布的靶區(qū)組。[0217]循環(huán)腫瘤DNA或ctDNA是起源于腫瘤細胞或癌細胞的cfDNA組分。在一些實施方案于腫瘤的贅生性細胞，不管它們是保持在腫瘤中還是變成與腫瘤分開(如，例如在轉(zhuǎn)移性癌細胞和循環(huán)腫瘤細胞的情況下)。[0218]術(shù)語“超甲基化”是指核酸分子群體(例如樣品)內(nèi)一種或更多種核酸分子相對于其他核酸分子的甲基化水平或程度增加。在一些實施方案中，超甲基化DNA可以包括包含至少1個甲基化殘基、至少2個甲基化殘基、至少3個甲基化殘基、至少5個甲基化殘基、至少10個甲基化殘基、至少20個甲基化殘基、至少25個甲基化殘基或至少30個甲基化殘基的DNA分[0219]術(shù)語“低甲基化”是指核酸分子群體(例如樣品)內(nèi)一種或更多種核酸分子相對于其他核酸分子的甲基化水平或程度減少。在一些實施方案中，低甲基化DNA包括非甲基化基、至多2個甲基化殘基、至多3個甲基化殘基、至多4個甲基化殘基或至多5個甲基化殘基的[0220]如本文使用的術(shù)語“或其組合(acombinationthereof)”和“或其組合從上下文另外顯然，否則本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，通常不存在對任何組合中的項目或術(shù)語的數(shù)目限制。[0222]II.示例性方法[0223]本文提供了分離無細胞DNA(cfDNA)和/或鑒定由腫瘤(或贅生性細胞或癌細胞)產(chǎn)[0224]在一些實施方案中，該方法包括針對多于一個靶區(qū)組捕獲從測試受試者獲得的cfDNA。靶區(qū)包括表觀遺傳靶區(qū)，根據(jù)表觀遺傳靶區(qū)是起源于腫瘤還是來自健康細胞，它們可以顯示甲基化水平和/或片段化模式的差異。靶區(qū)還包括序列可變靶區(qū)，根據(jù)序列可變靶區(qū)是起源于腫瘤還是來自健康細胞，它們可以顯示出序列上的差異。捕獲步驟產(chǎn)生捕獲的cfDNA分子組，并且在捕獲的cfDNA分子組中對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的cfDNA分子以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子更高的捕獲產(chǎn)量被捕獲。[0225]在一些實施方案中，該方法包括使從測試受試者獲得的cfDNA與靶特異性探針組接觸，其中靶特異性探針組被配置為以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA更高的捕獲產(chǎn)量捕獲對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的cfDNA。[0226]以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA更高的捕獲產(chǎn)量捕獲對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的cfDNA可以是有益的，因為以足夠的置信度或準確度分析序列可變靶區(qū)可能需要比分析表觀遺傳靶區(qū)更深的測序深度。測序的更深的深度可以導(dǎo)致每個DNA分子更多的讀段，并且可以通過每個區(qū)域捕獲更多獨特的分子來促進測序。確定片段化模式(例如，測試轉(zhuǎn)錄起始位點或CTCF結(jié)合位點的擾動)或片段豐度(例如，在高甲基化和低甲基化分區(qū)中)所需的數(shù)據(jù)量通常少于確定癌癥相關(guān)序列突變的存在或不存在所需的數(shù)據(jù)量。以不同的產(chǎn)量捕獲靶區(qū)組可以促進在同一測序運行中(例如，使用匯集的混合物和/或在同一測序池中)將靶區(qū)測序至不同的測序深度。[0227]在多種實施方案中，該方法還包括，例如，對于表觀遺傳靶區(qū)組和序列可變靶區(qū)[0229]在一些實施方案中，本文公開的方法包括捕獲DNA諸如cfDNA的一個或更多個靶區(qū)組的步驟?？梢允褂帽绢I(lǐng)域已知的任何合適的方法來進行捕獲。[0230]在一些實施方案中，捕獲包括使待捕獲的DNA與靶特異性探針組接觸。靶特異性探針組可以具有本文針對靶特異性探針組(setsoftarget-specificprobes)描述的任何特征，包括但不限于以上闡釋的實施方案和下文與探針相關(guān)聯(lián)的部分。[0231]捕獲步驟可以使用適于特異性核酸雜交的條件進行，這通常在某種程度上取決于探針的特征，諸如長度、堿基組成等。本領(lǐng)域技術(shù)人員將熟悉本領(lǐng)域已知的關(guān)于核酸雜交的[0232]在一些實施方案中，將靶特異性探針和DNA的復(fù)合物與未與靶特異性探針結(jié)合的DNA分開。例如，在靶特異性探針與固體支持物共價或非共價結(jié)合的情況下，可以使用洗滌或抽吸步驟來分開未結(jié)合的物質(zhì)。可選地，在復(fù)合物具有不同于未結(jié)合材料的層析特性的情況下(例如，在探針包含結(jié)合層析樹脂的配體的情況下),可以使用層析。[0233]如本文別處詳細討論的，靶特異性探針組可以包括多于一組，諸如用于序列可變靶區(qū)組的探針和用于表觀遺傳靶區(qū)組的探針。在一些這樣的實施方案中，捕獲步驟用用于序列可變靶區(qū)組的探針和用于表觀遺傳靶區(qū)組的探針同時在同一容器中進行，例如，用于序列可變靶區(qū)組的探針和用于表觀遺傳靶區(qū)組的探針處于同一組合物中。這種方法提供了相對簡化的工作流程。在一些實施方案中，用于序列可變靶區(qū)組的探針濃度大于用于表觀遺傳靶區(qū)組的探針濃度。[0234]可選地，捕獲步驟用第一容器中的序列可變靶區(qū)探針組和用第二容器中的表觀遺傳靶區(qū)探針組進行，或者接觸步驟用在第一時間和第一容器的序列可變靶區(qū)探針組和在第一時間之前或之后的第二時間的表觀遺傳靶區(qū)探針組進行。這種方法允許制備單獨的第一組合物和第二組合物，所述第一組合物和第二組合物包含對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的捕獲的別處描述基于甲基化進行分級分離)并以適當?shù)谋壤亟M，以提供用于進一步處理和分析諸如測序的材料。接子序列而在3‘末端具有隨機堿基的隨機引物。通常存在6個隨機堿基，但長度可以在4個與9個堿基之間。這種方法適用于低輸入/單細胞擴增和/或亞硫酸氫鹽測序。過在引物的5‘部分提供銜接子與擴增程序同時進行?？蛇x地，可以通過其他方法諸如連接添加銜接子。[0237]在一些實施方案中，標簽(其可以是或包括條形碼)被包括在DNA中。標簽可以促進鑒定核酸的來源。例如，條形碼可以用于允許在匯集多于一個樣品進行并行測序之后，鑒定分提供條形碼與擴增程序同時進行。在一些實施方案中，銜接子和標簽/條形碼由相同的引物或引物組提供。例如，條形碼可以位于銜接子的3‘側(cè)和引物的靶雜交部分的5‘側(cè)。可選地，條形碼可以通過其他方法，諸如連接，任選地與銜接子一起在同一連接底物中添加。[0238]關(guān)于擴增、標簽和條形碼的另外的細節(jié)在下文的“方法的一般特征”部分中討論，其可以在可行的程度上與任何前述實施方案和在簡介和概述部分中闡述的實施方案組合。在如本文描述的捕獲和/或分離步驟之后，可以提供捕獲的DNA組。捕獲的組可以包括對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組的DNA。在一些實施方案中，在針對靶向區(qū)域的尺寸(足跡尺寸)的差異進行歸一化時，捕獲的序列可變靶區(qū)DNA的量大于捕獲的表觀遺傳靶區(qū)[0241]可選地，可以提供分別包括對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的DNA和對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的DNA的第一捕獲的組和第二捕獲的組。第一捕獲的組和第二捕獲的組可以被組合以提供組合的捕獲的組。[0242]在包括對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組和表觀遺傳靶區(qū)組的DNA的捕獲的組(包括如以上討論的組合的捕獲的組)中，對應(yīng)于序列可變靶區(qū)組的DNA可以以比對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組1.6倍的濃度、高1.6倍至1.8倍的濃度、高12.2倍至2.4倍的濃度、高2.4倍至2.6倍的濃度、高2.6倍至2.8倍的濃度、高2.8倍至3.0倍的濃度、高3.0倍至3.5倍的濃度、高3.5倍至4.0的濃度、高4.0倍至4.5倍的濃度、高4.5倍至5.0倍的濃度、高5.0倍至5.5倍的濃度、高5.5倍至6.0倍的濃度、6.5倍至7.0倍的濃度、高7.0倍至7.5倍的濃度、高7.5倍至8.0倍的濃度、8.0倍至8.5倍的濃度、8.5倍至9.0倍的濃度、高9.0倍至9.5倍的濃度、高9.5倍至10.0倍的濃的濃度、高11倍至12倍的濃度、高12倍至13倍的濃度、高13倍至14倍的濃度、高14倍至15倍的濃度、高15倍至16倍的濃度、高16倍至17倍的濃度、高17倍至18倍的濃度、18倍至19倍的濃度或高19倍至20倍的濃度。濃度的差異程度說明了針對靶區(qū)足跡尺寸的歸一化，如定義部分討論的。[0243]a.表觀遺傳靶區(qū)組[0244]表觀遺傳靶區(qū)組可以包括一種或更多種類型的靶區(qū)，這些靶區(qū)可能將來自贅生性(例如，腫瘤或癌癥)細胞的DNA與來自健康細胞(例如，非贅生性循環(huán)細胞)的DNA區(qū)分開。這里詳細討論了這樣的區(qū)域的示例性類型。在一些實施方案中，根據(jù)本公開內(nèi)容的方法包括確定對應(yīng)于表觀遺傳靶區(qū)組的cfDNA分子是否包含或指示癌癥相關(guān)的表觀遺傳修飾(例如，在一個或更多個超甲基化可變靶區(qū)中的超甲基化；CTCF結(jié)合的一個或更多個擾動；和/或轉(zhuǎn)錄起始位點的一個或更多個擾動)和/或拷貝數(shù)變化(例如，聚焦擴增)。表觀遺傳靶區(qū)組也可以包括例如，如本文描述的一個或更多個對照區(qū)。[0245]在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組具有至少100kb,例如，至少200kb、至少300kb或至少400kb的足跡。在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組具有在以下范圍內(nèi)的足跡：100-800kb、800-900kb和900-1,000kb。[0246]i.超甲基化可變靶區(qū)[0247]在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組包括一個或更多個超甲基化可變靶區(qū)。通常，超甲基化可變靶區(qū)是指觀察到的甲基化水平的增加指示樣品(例如，cfDNA樣品)包含由贅生性細胞(諸如，腫瘤或癌細胞)產(chǎn)生的DNA的可能性增加的區(qū)域。例如，已經(jīng)重復(fù)觀察到腫中引用的參考文獻。[0248]對結(jié)腸直腸癌中甲基化可變靶區(qū)的廣泛討論提供于以下中：Lam等人，Biochim基于結(jié)腸直腸癌(CRC)研究的基因或其部分的示例性超甲基化可變靶區(qū)組提供于表1中。這些基因中的許多可能與結(jié)腸直腸癌以外的癌癥相關(guān)聯(lián)；例如，TP53被廣泛認為是至關(guān)重要的腫瘤抑制因子，并且這種基因基于超甲基化的失活可能是常見的致癌機制。[0249]表1.基于CRC研究的示例性超甲基化靶區(qū)(基因或其部分)。另外的基因[0251]在一些實施方案中，超甲基化可變靶區(qū)包含表1中列出的多于一個基因或其部分，例如表1中列出的基因或其部分的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。例如，對于作為靶區(qū)包括的每個基因座，可能存在一種或更多種探針，該一種或更多種探針具有在基因的轉(zhuǎn)錄起始位點與終止密碼子(選擇性剪接的基因的最后終止密碼子)之間結(jié)合的雜交位點。在一些實施方案中，一種或更多種探針在表1中列出的基因或其部分的上游和/或下游300bp內(nèi)，例如，在200bp或100bp內(nèi)結(jié)合。[0252]在各種類型的肺癌中的甲基化可變靶區(qū)被詳細討論于以下中：例如，Ooki等人，Clin.CancerRes.23:7141-52(2017);Belinksy,Annu.Rev.Physiol.77:453-74(2015);5(5):492-504(2016);SkvortClin.CancerRes.11:[0253]包含基于肺癌研究的基因或其部分的示例性超甲基化可變靶區(qū)組提供于表2中。這些基因中的許多可能與肺癌以外的癌癥相關(guān)聯(lián)；例如，Casp8(胱天蛋白酶8)是程序性細胞死亡的關(guān)鍵酶，并且這種基因基于超甲基化的失活可能是不限于肺癌的常見的致癌機[0254]表2.基于肺癌研究的示例性超甲基化靶區(qū)(基因或其部分)基因名稱染色體E-鈣粘蛋白H-鈣粘蛋白以上描述實施方案組合。在一些實施方案中，超甲基化可變靶區(qū)包含表1或表2中列出的多于一個基因或其部分，例如表1或表2中列出的基因或其部分的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。[0257]另外的超甲基化靶區(qū)可以從例如癌癥基因組圖譜中獲得。Kang等人，Genome定位器(CancerLocator)的概率方法的構(gòu)建。在一些實施方案中，超甲基化靶區(qū)可以對一種或更多種類型的癌癥是特異性的。因此，在一些實施方案中，超甲基化靶區(qū)包括一個、兩[0258]ii.低甲基化可變靶區(qū)[0259]整體低甲基化是各種癌癥中通常觀察到的現(xiàn)象。參見，例如，Hon等人，GenomeRes.22:246-258(2012年)(乳腺癌);Ehrlich,Epigenomics1:239-259(2009)(綜述文章注在健康細胞中通常甲基化的區(qū)域，諸如重復(fù)元件，例如LINE1元件、Alu元件、著絲粒串聯(lián)重復(fù)序列、著絲粒周圍串聯(lián)重復(fù)序列和衛(wèi)星DNA以及基因間區(qū)域，可能在腫瘤細胞中顯示甲基化降低。因此，在一些實施方案中，表觀遺傳靶區(qū)組包括低甲基化可變靶區(qū)，其中觀察到的甲基化水平的減少指示樣品(例如，cfDNA樣品)包含由贅生性細胞(例如，腫瘤或癌細胞)產(chǎn)[0260]在一些實施方案中，低甲基化可變靶區(qū)包括重復(fù)元件和/或基因間區(qū)域。在一些實施方案中，重復(fù)元件包括LINE1元件、Alu元件、著絲粒串聯(lián)重復(fù)序列、著絲粒周圍串聯(lián)重復(fù)[0261]例如，根據(jù)hg19或hg38人類基因組構(gòu)建體，顯示癌癥相關(guān)低甲基化的示例性特定基因組區(qū)域包括人類染色體1的核苷酸8403565-8953708和151104701-151106035。在一些實施方案中，低甲基化可變靶區(qū)與這些區(qū)域中的一個或兩個重疊或包含這些區(qū)域中的一個或兩個。[0263]CTCF是對染色質(zhì)組織有貢獻的DNA結(jié)合蛋白，并且通常與黏連蛋白共定位。CTCF結(jié)合位點的擾動已經(jīng)在多種不同的癌癥中被報道。參見，例如，2015年6月8日在線發(fā)布的(2018)CTCF結(jié)合在cfDNA中產(chǎn)生可以通過測序，例如通過片段長度分析檢測的可識別的模式。例如，關(guān)于基于測序的片段長度分析的細節(jié)提