ICS65.020.30CCSB4343TechnicalcodeofgenomicselectioninpigbreedingIDB43/T3044—2024前言 12規(guī)范性引用文件 13術(shù)語(yǔ)和定義 14操作步驟要求 2 24.2表型測(cè)定 24.3基因型檢測(cè) 24.4預(yù)測(cè)模型構(gòu)建 24.5候選個(gè)體遺傳評(píng)估及選留 25檔案管理 3DB43/T3044—2024本文件按照GB/T1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分：標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定起草。請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專(zhuān)利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專(zhuān)利的責(zé)任。本文件由湖南省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳提出。本文件由湖南省農(nóng)業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)歸口。本文件起草單位：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)、長(zhǎng)沙市農(nóng)業(yè)綜合行政執(zhí)法局、湖南新五豐股份有限公司。本文件主要起草人：何俊、張躍博、楊芳、高寧、楊彥達(dá)、李熙、汪加明、劉正祥。DB43/T3044—20241豬基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程本文件規(guī)定了豬基因組選擇育種技術(shù)的操作步驟要求和檔案管理。本文件適用于豬基因組選擇育種，其他畜禽品種也可參照使用。2規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T2773寧鄉(xiāng)豬GB/T22283長(zhǎng)白豬種豬GB/T22284大約克夏豬種豬GB/T22285杜洛克豬種豬GB23238種豬常溫精液GB/T24697湘西黑豬GB/T31016移動(dòng)實(shí)驗(yàn)室樣品采集與處理通用技術(shù)規(guī)范GB/T32759瘦肉型豬活體質(zhì)量評(píng)定GB/T40184畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T821豬肌肉品質(zhì)測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T822種豬生產(chǎn)性能測(cè)定規(guī)程N(yùn)Y/T825瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T2826沙子嶺豬NY/T2894豬活體背膘厚和眼肌面積的測(cè)定DB43/T526黔邵花豬DB43/T1193沙子嶺豬生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)程3術(shù)語(yǔ)和定義下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。3.1基因組選擇genomicselection利用覆蓋全基因組的高密度單核苷酸多態(tài)性遺傳標(biāo)記，結(jié)合表型記錄和系譜信息估計(jì)或預(yù)測(cè)豬個(gè)體基因組育種值，從而實(shí)現(xiàn)個(gè)體遺傳評(píng)估和選擇的方法。3.2參考群referencepopulation由遺傳背景相近、基因組信息和表型記錄完整的個(gè)體所組成的群體。2DB43/T3044—20243.3候選群candidatepopulation由具有基因組分型信息，沒(méi)有或僅有少量表型記錄，需利用參考群信息預(yù)測(cè)其基因組育種值、從中選出留種對(duì)象的個(gè)體構(gòu)成的群體。4操作步驟要求4.1參考群建立4.1.1群體規(guī)模根據(jù)待選豬種和目標(biāo)性狀，選擇不少于1000頭的核心群個(gè)體。4.1.2群體結(jié)構(gòu)選擇與候選群具有親緣關(guān)系且具有群體代表性的個(gè)體構(gòu)建參考群。4.2表型測(cè)定——瘦肉型豬活體質(zhì)量的測(cè)定按照GB/T32759的要求執(zhí)行；——豬活體背膘厚和眼肌面積的測(cè)定按照NY/T2894的規(guī)定進(jìn)行；——豬肌肉品質(zhì)測(cè)定的指標(biāo)、方法和條件按照NY/T821的規(guī)定執(zhí)行；——瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定的方法按照NY/T825的規(guī)定執(zhí)行；——湖南地方豬沙子嶺豬性能測(cè)定的方法按照DB43/T1193執(zhí)行；——種豬生產(chǎn)性能測(cè)定中心的基本測(cè)定條件，受測(cè)豬的選擇，測(cè)定項(xiàng)目、方法及結(jié)果的評(píng)定方法按照NY/T822的要求執(zhí)行。4.3基因型檢測(cè)4.3.1采樣采集血液、尾巴、耳朵、毛囊或精液等生物樣品；采集樣品時(shí)，應(yīng)避免個(gè)體間DNA交叉污染；相關(guān)操作應(yīng)符合GB/T31016規(guī)定。4.3.2DNA提取DNA的提取按照NY/T1673的規(guī)定執(zhí)行。所提取的DNA樣本應(yīng)符合基因芯片或測(cè)序?qū)悠焚|(zhì)量和數(shù)量的要求。4.3.3基因組分型采用基因芯片或DNA測(cè)序等方法進(jìn)行基因組分型。4.4預(yù)測(cè)模型構(gòu)建根據(jù)采集的表型和基因組分型信息，選取可最大化利用群體信息且育種值估計(jì)準(zhǔn)確性最高的BLUP、貝葉斯或機(jī)器學(xué)習(xí)等估測(cè)方法，建立基因組育種值預(yù)測(cè)模型。4.5候選個(gè)體遺傳評(píng)估及選留4.5.1候選個(gè)體確定DB43/T3044—20243選留種用性能和體型外貌符合品種特征和育種目標(biāo)的個(gè)體，且應(yīng)與參考群有較近的親緣關(guān)系。4.5.2基因型檢測(cè)按照本文件4.3的要求執(zhí)行。4.5.3個(gè)體基因組育種值估計(jì)使用本文件4.4建立的預(yù)測(cè)模型，通過(guò)R、python等編程語(yǔ)言，利用高性能運(yùn)算服務(wù)器估計(jì)個(gè)體基因組育種值。4.5.4基因組綜合選擇指數(shù)建立根據(jù)育種目標(biāo)，將主選性狀的基因組育種值進(jìn)行加權(quán)累加，建立基因組綜合選擇指數(shù)。4.5.5種用個(gè)體選留根據(jù)本文件4.5.4中所有個(gè)體的綜合選擇指數(shù)，選留綜合選擇指數(shù)高、體型和健康狀況好、近交系數(shù)小的種用個(gè)體。留種公豬綜合選擇指數(shù)排序應(yīng)在前5%～10%、母豬綜合選擇指數(shù)排序應(yīng)在前20%～30%。種豬性能要求按照GB/T2773、GB/T22283、GB/T22284、GB/T2