第1題基因樹(shù)能反映物種真實(shí)的進(jìn)化關(guān)系第2題針對(duì)復(fù)雜的中藥資源，系統(tǒng)基因組學(xué)的方法可以解決前期不能解決的分類(lèi)鑒定問(wèn)題，特別是那些存在廣泛種間基因流的類(lèi)群可以更好的明確物種類(lèi)群的進(jìn)化起源機(jī)制，為中藥材源頭產(chǎn)業(yè)發(fā)展提供支撐。第3題自然雜交是驅(qū)動(dòng)生物多樣性形成的原動(dòng)力之一第4題自然界的物種關(guān)系都是類(lèi)似一分為二的譜系關(guān)系第5題相比居群基因組學(xué)，系統(tǒng)基因組學(xué)則更多的是聚焦物種間的進(jìn)化遺傳關(guān)系，為資源的分類(lèi)鑒定提供依據(jù)。第6題GWAS關(guān)聯(lián)分析可以解析表型相關(guān)的基因第7題基因流不能造成居群遺傳分化第8題居群基因組學(xué)研究是在傳統(tǒng)的居群遺傳學(xué)的基礎(chǔ)上發(fā)展而來(lái)，其主要變化是相關(guān)的分子多樣性評(píng)價(jià)工具從傳統(tǒng)的分子標(biāo)記變化成整基因組水平的SNP標(biāo)記或者插入缺失位點(diǎn)，相比其分辨率得到了明顯的提升，一些相關(guān)居群遺傳變異和基因流的精細(xì)分析也得以開(kāi)展。第9題自然界的生物在種內(nèi)水平，往往存在大量的表型形態(tài)變異和多樣性。以人類(lèi)為例，可以從圖片中直接發(fā)現(xiàn)，雖然同屬一個(gè)物種類(lèi)群，但不同地區(qū)的人群其膚色、面相、發(fā)質(zhì)等都存在明顯的區(qū)別。遺傳多樣性是生物表型和適應(yīng)性變異的內(nèi)在遺傳基礎(chǔ)。第10題葉綠體基因組比線粒體基因組更加保守性第11題生物基因組中緊密相連，成簇存在，在功能上相互協(xié)同，形成合成次級(jí)代謝產(chǎn)物完整途徑的一系列基因生物合成基因簇。在植物次生代謝產(chǎn)物生物合成的研究中經(jīng)常被發(fā)現(xiàn)，發(fā)揮著重要的代謝和調(diào)控作用。通過(guò)基因組研究，生物合成基因簇中某個(gè)關(guān)鍵基因的解析可能帶動(dòng)其他通路基因的解析，促進(jìn)整個(gè)通路的獲得。第12題基因組復(fù)制事件與次生代謝產(chǎn)物的產(chǎn)生有一定關(guān)系第13題包括中藥資源在內(nèi)的生物物種結(jié)構(gòu)基因組研究，其研究的廣度和深度與基因組測(cè)序和組裝技術(shù)的發(fā)展密不可分。在結(jié)構(gòu)基因組研究的早期，受限于測(cè)序能力、生物信息學(xué)組裝水平以及物種本身不同的基因組復(fù)雜程度，大量發(fā)布的基因組參考序列實(shí)際為草圖水平，一些基因組的高重復(fù)區(qū)域或者結(jié)構(gòu)復(fù)雜區(qū)域等不能完成測(cè)序組裝，導(dǎo)致所獲得的基因組并不完整，預(yù)測(cè)注釋的基因也不完全。第14題垃圾DNA序列無(wú)功能作用第15題基因相關(guān)序列包括哪些A蛋白編碼基因B內(nèi)含子序列C基因片段D假基因正確答案：ABCD第16題如果以每個(gè)單倍體細(xì)胞的DNA總含量，通常以皮克為單位計(jì)算生物物種的基因組大小C值，研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)，C值的大小并不能完全說(shuō)明生物的進(jìn)化程度和遺傳復(fù)雜性的高低。這種生物學(xué)上的DNA總量與復(fù)雜性的比較性矛盾稱(chēng)為C值悖論。第17題基因組大小與生物體所呈現(xiàn)的進(jìn)化程度和遺傳復(fù)雜性存在線性關(guān)系第18題由ATCG等堿基組成的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)并不是生物細(xì)胞DNA遺傳物質(zhì)呈現(xiàn)的最終形態(tài)。DNA的雙鏈結(jié)構(gòu)包裝成染色體需要經(jīng)過(guò)多級(jí)壓縮，包括DNA雙鏈與組蛋白首先形成核小體，然后核小體串珠結(jié)構(gòu)進(jìn)一步折疊形成螺線管結(jié)構(gòu)，與染色體骨架相連進(jìn)一步形成環(huán)狀螺線管，最終形成具有更高級(jí)折疊結(jié)構(gòu)的染色質(zhì)。第19題中藥作用于人體時(shí)產(chǎn)生多維的非線性復(fù)雜效應(yīng)，發(fā)揮藥效的化學(xué)成分及體內(nèi)過(guò)程也不完全清楚?；诒静莼蚪M學(xué)相關(guān)的宏基因組學(xué)、靶向代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等技術(shù)可以極大的促進(jìn)中藥體內(nèi)過(guò)程的作用機(jī)制研究。第20題在中藥新藥研發(fā)過(guò)程中，本草基因組學(xué)發(fā)展相關(guān)的方法與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)可以形成有機(jī)結(jié)合，提升藥物篩選的通量和精準(zhǔn)性，實(shí)現(xiàn)“多成分-多靶點(diǎn)-多通路”的同時(shí)篩選，并利用多組學(xué)進(jìn)行驗(yàn)證，是當(dāng)前中藥新藥研發(fā)的新方向。第21題面對(duì)多樣化的中藥種質(zhì)資源，結(jié)合遺傳多樣性和代謝物質(zhì)成分多樣性分析的本草基因組多組學(xué)整合分析，可以對(duì)資源形成綜合評(píng)價(jià)，促進(jìn)初級(jí)核心種質(zhì)的篩選，并根據(jù)多樣性的保留情況進(jìn)一步評(píng)價(jià)形成核心種質(zhì)資源庫(kù)，推動(dòng)育種庫(kù)的構(gòu)建和多樣化中藥材新品種的高效產(chǎn)出。第22題諸藥所生，皆有境界。道地藥材的產(chǎn)生通常相關(guān)于特定的地理?xiàng)l件和生態(tài)環(huán)境，是基因組內(nèi)在遺傳和外在環(huán)境交互作用的綜合結(jié)果。在理解生物和非生物環(huán)境脅迫壓力的基礎(chǔ)上，通過(guò)本草基因組學(xué)的研究，可以全面了解中藥材在不同生態(tài)環(huán)境中形成差異化表型形態(tài)的分子遺傳機(jī)制，弄清不同的次生代謝產(chǎn)物面對(duì)環(huán)境壓力的生物合成代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為藥效物質(zhì)成分的產(chǎn)生和品質(zhì)中藥材的生成提供理論依據(jù)第23題針對(duì)復(fù)雜的中藥資源類(lèi)群，基于全葉綠體基因組變異形成的超級(jí)條形碼序列進(jìn)一步增加了資源鑒定的精準(zhǔn)性。而利用核基因組參考序列，通過(guò)簡(jiǎn)化基因組測(cè)序、全基因組沖測(cè)序等形成的樣本間的高密度SNP位點(diǎn)變異信息，則形成了資源鑒定的終極標(biāo)記版本，在資源鑒定的精準(zhǔn)性和種內(nèi)種間應(yīng)用的層級(jí)上最全面。第24題對(duì)于藥用模式類(lèi)群的研究，除了具有模式類(lèi)群的共性之外，還應(yīng)該具有完整的基因組遺傳信息，具有完善的遺傳轉(zhuǎn)化體系，同時(shí)擁有較為豐富的突變體庫(kù)。通過(guò)這些條件的具備，才能從整體上促進(jìn)不同次生代謝化合物生物合成通路的深入研究，推動(dòng)資源的生物育種和栽培種植技術(shù)的研究與應(yīng)用。第25題作為模式類(lèi)群，通常需要具有個(gè)體較小容易培養(yǎng)、生長(zhǎng)繁殖和繼代較快、易于遺傳操作等特點(diǎn)。第26題模式類(lèi)群的基因組學(xué)研究是開(kāi)展基因功能和轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究的基石。在植物中，典型的模式類(lèi)群包括雙子葉植物擬南芥和單子葉植物水稻等，而動(dòng)物中線蟲(chóng)、果蠅、斑馬魚(yú)、小鼠等都是典型的模式類(lèi)群。第27題從大的方面，本草基因組學(xué)研究可以應(yīng)用到6個(gè)方面，包括對(duì)藥用模式生物的深入研究、中藥資源鑒定和質(zhì)量品質(zhì)的評(píng)價(jià)分析、對(duì)道地藥材形成相關(guān)的生態(tài)遺傳機(jī)制研究、中藥核心種質(zhì)資源的篩選與生物育種研究、中藥合成生物學(xué)與新藥研發(fā)、中藥的體內(nèi)過(guò)程組學(xué)研究等。第28題舉例說(shuō)明本草基因組學(xué)研究還可以與哪些學(xué)科形成交叉A保育遺傳性B群體遺傳學(xué)C植物育種學(xué)D分子生物學(xué)正確答案：ABCD第29題T2T基因組是指現(xiàn)代基因組學(xué)研究通常將納米孔超長(zhǎng)測(cè)序和HiFI高保真測(cè)序結(jié)合起來(lái)，共同構(gòu)建從染色體端粒到端粒的相對(duì)完整的無(wú)缺口參考基因組，促進(jìn)基因的全面挖掘和功能研究。相關(guān)的無(wú)缺口基因組也簡(jiǎn)稱(chēng)“T2T”基因組第30題三代測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的序列長(zhǎng)度要小于二代測(cè)序技術(shù)第31題現(xiàn)代單分子測(cè)序技術(shù)有哪些AONTBPacBioCIlluminaDSanger正確答案：AB第32題2009年，國(guó)內(nèi)學(xué)者陳士林研究員團(tuán)隊(duì)提出了本草基因組學(xué)計(jì)劃，旨在對(duì)具有重大經(jīng)濟(jì)價(jià)值和典型此生代謝途徑的藥用植物、動(dòng)物和菌類(lèi)資源進(jìn)行全基因組測(cè)序和后基因組學(xué)研究。第33題現(xiàn)代基因組學(xué)研究的基本內(nèi)容是：現(xiàn)代基因組學(xué)研究的基本內(nèi)容包括對(duì)生物基因組大小、結(jié)構(gòu)和功能的解析，涉及結(jié)構(gòu)基因組學(xué)和功能基因?qū)W等不同層面。第34題人類(lèi)基因組研究計(jì)劃參與國(guó)家有：人類(lèi)基因組研究計(jì)劃開(kāi)始籌劃，其早期由美國(guó)主導(dǎo)，包括英、法、德、日和中國(guó)的部分科學(xué)家參與。2000年6月，美、英兩國(guó)領(lǐng)導(dǎo)人聯(lián)合宣布人類(lèi)基因組草圖繪制完成，這份草圖覆蓋了人類(lèi)基因組90%的區(qū)域，準(zhǔn)確度在99%以上。人類(lèi)基因組研究計(jì)劃的實(shí)施真正拉開(kāi)了現(xiàn)代基因組學(xué)研究的序幕，促進(jìn)學(xué)科的交叉融合發(fā)展。第35題基因組學(xué)研究的源頭是：基因組學(xué)是一門(mén)現(xiàn)代學(xué)科，其起源可以追溯到1950年代以沃森、克里克、威爾金斯、富蘭克林等科學(xué)家為代表的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)，以及后來(lái)對(duì)DNA轉(zhuǎn)錄和翻譯的三聯(lián)體密碼機(jī)制的識(shí)別和中心法則的建立。第36題本草基因組學(xué)是：從字面意思上看，本草基因組學(xué)是“本草”和“基因組學(xué)”的合成詞；從研究領(lǐng)域上看，本草基因組學(xué)是傳統(tǒng)中醫(yī)藥研究與現(xiàn)代基因組學(xué)研究的交叉融合。是通過(guò)現(xiàn)代基因組學(xué)研究的方法對(duì)中藥物種的基因組大小、結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行解析，涉及基因組結(jié)構(gòu)變異、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、蛋白翻譯和代謝等不同層面。第1題細(xì)胞群體水平和單細(xì)胞水平上的3D基因組學(xué)研究、轉(zhuǎn)錄調(diào)控的染色質(zhì)交互組構(gòu)建、探究植物發(fā)育過(guò)程中3D染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化、植物中TE活性與3D基因組組織之間關(guān)系等。第2題三維基因組的層級(jí)結(jié)構(gòu)包括___、___、___和___。A染色質(zhì)疆域（CTB染色質(zhì)區(qū)室（chromatincompartment）C拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域（TAD）D染色質(zhì)環(huán)（chromatinloop）正確答案：ABC第3題Hi-C可以在全基因組水平上識(shí)別任何DNA片段的空間接近度，以解析基因組的3D空間結(jié)構(gòu)。ChIA-PET方法能夠捕獲涉及整個(gè)基因組中特定蛋白質(zhì)的DNA片段之間的所有遠(yuǎn)端相互作用。第4題三維基因組學(xué)的研究技術(shù)包括___和___。A細(xì)胞學(xué)和顯微鏡技術(shù)B基于染色質(zhì)構(gòu)象捕獲（3C）及其衍生技術(shù)C長(zhǎng)鏈非編碼RNAD短鏈非編碼RNA正確答案：AB第5題三維基因組學(xué)主要是研究細(xì)胞核中染色質(zhì)的相互作用和3D空間結(jié)構(gòu)以及與線性基因組序列信息結(jié)合來(lái)研究其對(duì)基因轉(zhuǎn)錄、DNA復(fù)制、修復(fù)和其他生物學(xué)功能的影響。第6題siRNA通過(guò)被稱(chēng)為RNA干擾(RNAi)的過(guò)程介導(dǎo)轉(zhuǎn)錄后沉默，在該過(guò)程中，小分子干擾RNA(siRNA)完全互補(bǔ)切割mRNA。第7題miRNA將通過(guò)3’UTR與靶mRNA轉(zhuǎn)錄本上的互補(bǔ)序列配對(duì)，高度互補(bǔ)時(shí)降解mRNA，部分互補(bǔ)時(shí)阻止mRNA的翻譯。第8題長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)有多重作用：定位在細(xì)胞核的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)可與DNA、RNA、蛋白質(zhì)等多種分子相互作用，調(diào)控染色體的結(jié)構(gòu)和功能；或順式或反式調(diào)節(jié)基因的轉(zhuǎn)錄影響mRNA的剪接、穩(wěn)定和翻譯等。一些長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)定位在細(xì)胞核內(nèi)的無(wú)膜亞結(jié)構(gòu)內(nèi)，如核斑、核旁斑、核內(nèi)應(yīng)激小體等，參與調(diào)控其組裝和功能。剪接加工完全的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)通過(guò)與mRNA類(lèi)似的機(jī)制轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)中或其它細(xì)胞器內(nèi)。一旦定位在細(xì)胞質(zhì)，長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)多在轉(zhuǎn)錄后水平反式調(diào)控基因表達(dá)，如調(diào)節(jié)mRNA翻譯和降解等，或者參與細(xì)胞內(nèi)信號(hào)通路的調(diào)控。特殊細(xì)胞器定位的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)可參與細(xì)胞器的功能和代謝調(diào)控，如線粒體的氧化反應(yīng)和穩(wěn)態(tài)平衡等。第9題調(diào)控型非編碼RNA分為_(kāi)__和___。A長(zhǎng)鏈非編碼RNAB短鏈非編碼RNAC核糖體RNA(rRNA)D轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)正確答案：AB第10題基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)型非編碼RNA的包括___、___和___等。A核糖體RNA(rRNA)B轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)C核內(nèi)小分子RNA（snRNA）D調(diào)控型非編碼RNA正確答案：ABC第11題非編碼RNA的分為_(kāi)__和___。A基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)型非編碼RNAB調(diào)控型非編碼RNAC5-甲基胞嘧啶DCHG正確答案：AB第12題染色質(zhì)重塑就是指染色質(zhì)結(jié)構(gòu)在濃縮狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄可及狀態(tài)之間發(fā)生的動(dòng)態(tài)變化過(guò)程。第13題各種轉(zhuǎn)錄因子等相關(guān)的調(diào)控蛋白能夠結(jié)合到開(kāi)放染色質(zhì)的這種特性叫做染色質(zhì)的可及性。第14題CUT&Tag通過(guò)融合Tn5轉(zhuǎn)位酶的抗體靶向標(biāo)記捕獲DNA-蛋白質(zhì)的相互作用，在這個(gè)過(guò)程中把測(cè)序接頭添加到靶序列上，后通過(guò)純化DNA片段并進(jìn)行測(cè)序來(lái)開(kāi)展各種分析。第15題ChIP-Seq通過(guò)抗體免疫沉淀，來(lái)分離蛋白的目標(biāo)修飾及其結(jié)合的基因組DNA，并將相關(guān)DNA進(jìn)行片段化及測(cè)序，以此來(lái)確定組蛋白修飾在基因組上的位置及豐度。該技術(shù)是研究組蛋白修飾在整個(gè)基因組中定位的金標(biāo)準(zhǔn)。第16題一般情況下，組蛋白去乙?；瘯?huì)激活基因的表達(dá)。第17題主要以組蛋白結(jié)構(gòu)+氨基酸名稱(chēng)+氨基酸位置+修飾類(lèi)型的形式是組蛋白修飾的描述規(guī)則。第18題組蛋白發(fā)生修飾后會(huì)使染色質(zhì)的構(gòu)象等發(fā)生變化，從而影響了DNA與組蛋白之間的相互作用，進(jìn)而調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。第19題請(qǐng)列出普遍發(fā)生的5種組蛋白修飾：___、___、___、___和類(lèi)泛素化。A甲基化B磷酸化C乙?；疍泛素化正確答案：ABCD第20題組蛋白修飾的是一種非共價(jià)修飾。第21題全基因組DNA甲基化測(cè)序使用的最為廣泛，其原理是用重亞硫酸鹽處理DNA序列，首先將基因組中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U（T）堿基，從而與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開(kāi)來(lái)，然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，適用于全基因組范圍內(nèi)繪制單堿基分辨率的DNA甲基化圖譜。第22題植物中DNA甲基化的存在形式包括___、___和___。ACGBCHHCCHGD5-甲基胞嘧啶正確答案：ABC第23題DNA甲基化是可逆的。第24題通過(guò)轉(zhuǎn)座子的高甲基化，DNA甲基化能保持基因組遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性；通過(guò)順式作用元件，如啟動(dòng)子或者增強(qiáng)子的動(dòng)態(tài)甲基化，DNA甲基化能夠調(diào)控基因的表達(dá)。第25題“第五堿基”指的是___。A5-甲基胞嘧啶B中草藥內(nèi)生菌C核心基因D非必需基因第26題DNA甲基化是DNA化學(xué)修飾的一種形式，是指DNA分子在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下將甲基選擇性地添加到特定堿基上的過(guò)程。第27題一種是對(duì)基因選擇性轉(zhuǎn)錄表達(dá)的調(diào)控，包括DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質(zhì)重塑等；一種是轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控，即非編碼RNA的調(diào)控作用等。第28題表觀基因組學(xué)也就是在DNA序列不發(fā)生改變的情況下，研究基因組上的化學(xué)修飾和空間結(jié)構(gòu)變化如何影響基因功能和表達(dá)調(diào)控的一門(mén)學(xué)科。第29題第30題植物內(nèi)生菌可通過(guò)產(chǎn)生植物生長(zhǎng)激素、促進(jìn)植物對(duì)N、P、K的吸收以及改善植物生長(zhǎng)的土壤微環(huán)境等方式刺激植物生長(zhǎng)。植物內(nèi)生菌還是一大類(lèi)產(chǎn)生抗菌物質(zhì)的微生物，能產(chǎn)生多種具有不同抗菌活性的抗生素物質(zhì)，對(duì)植物的病原菌產(chǎn)生抑制活性。內(nèi)生菌可通過(guò)其在植物體內(nèi)存在形式、功能，以及誘導(dǎo)宿主植物產(chǎn)生系統(tǒng)抗性等方式來(lái)提高植物對(duì)不利自然條件的抗性。植物內(nèi)生菌還可作為天然活性物質(zhì)的重要來(lái)源。第31題連作障礙是指同一種植物在同一土壤中連續(xù)種植而產(chǎn)生的病蟲(chóng)害多發(fā)、品質(zhì)變差、產(chǎn)量降低等不良影響的現(xiàn)象，我們也稱(chēng)之為“重茬問(wèn)題”或“化感自毒作用”，一般與植物自身分泌釋放的化學(xué)物質(zhì)、土壤微生物失衡等有關(guān)。第32題中藥材宏基因組的應(yīng)用方向包括___和___。A中草藥根際微生物B中草藥內(nèi)生菌C核心基因D非必需基因正確答案：AB第33題確定群落中物種組成及其相對(duì)豐度、確定微生物群落結(jié)構(gòu)和功能、闡釋物種間的代謝網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)具有應(yīng)用價(jià)值的代謝產(chǎn)物、檢出對(duì)特定生境中起關(guān)鍵作用的菌種和功能基因、研究微生物菌群對(duì)宿主的影響等是宏基因組的研究方向。第34題α多樣性用來(lái)評(píng)估樣本間微生物群的差異。第35題宏基因組測(cè)序則是將微生物基因組DNA隨機(jī)打斷成500bp的小片段，然后在片段兩端加入通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增測(cè)序，再通過(guò)組裝的方式，將小片段拼接成較長(zhǎng)的序列。第36題擴(kuò)增子測(cè)序主要針對(duì)核糖體RNA基因上的標(biāo)記進(jìn)行擴(kuò)增。第37題宏基因組學(xué)研究的測(cè)序方法主要包括___和___。A擴(kuò)增子測(cè)序B宏基因組測(cè)序C從頭組裝D迭代組裝正確答案：AB第38題中草藥宏基因組是以多物種微生物基因組為研究對(duì)象，利用分子生物學(xué)研究手段，對(duì)中草藥生長(zhǎng)環(huán)境中微生物的多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性以及微生物與中草藥相互作用進(jìn)行研究的一門(mén)學(xué)科。第39題在宏基因組的概念上發(fā)展而來(lái)，通過(guò)直接提取環(huán)境中微生物的DNA，從整體上對(duì)遺傳序列進(jìn)行拼接、分析、篩選出功能基因，來(lái)獲知微生物群落的遺傳、功能與生態(tài)特性是宏基因組的定義。第40題環(huán)境中所有微生物基因組的總和是宏基因組。第41題關(guān)聯(lián)分析、群體基因組分析、種群表觀遺傳學(xué)研究、基因組選擇育種和基因聚合與分子育種等是泛基因組的應(yīng)用方向。第42題也采用了從頭組裝的策略，但是通過(guò)多個(gè)高質(zhì)量基因組的精細(xì)比較獲得變異圖譜，實(shí)現(xiàn)基于圖形結(jié)構(gòu)的泛基因組構(gòu)建，能夠充分的考慮各種形式的遺傳變異，完整描述和存儲(chǔ)群體的基因組多樣性是基于變異圖的泛基因組的組裝過(guò)程。第43題基于物種的參考基因組，將所有個(gè)體的基因組，分別與參考基因組比對(duì)，鑒定非參考序列；再把所有的非參考序列合并，剔除冗余，得到無(wú)冗余的非參考基因組；把參考基因組和無(wú)冗余的非參考基因組合并，得到泛基因組是Map-to-Pan的過(guò)程。第44題基于物種的參考基因組，將其他個(gè)體的基因組逐個(gè)與參考基因組比對(duì)，找出非參考序列，添加到參考基因組上，得到一個(gè)新的參考基因組，再進(jìn)行下一輪比對(duì)和添加。通過(guò)不斷的迭代，形成該物種的泛基因組是迭代組裝泛基因組的過(guò)程。第45題對(duì)每一個(gè)體單獨(dú)測(cè)序并從頭組裝，再通過(guò)多基因組比對(duì)分析，鑒定核心基因、非必需基因和基因組結(jié)構(gòu)變異是從頭組裝泛基因組的過(guò)程。第46題泛基因組構(gòu)建的策略包括：___、___、___和___。A從頭組裝B迭代組裝Cmap?to?panD基于變異圖組裝正確答案：ABCD第47題通常具有特定環(huán)境適應(yīng)性，與個(gè)體的特性和防御反應(yīng)相關(guān)是非必要基因的特點(diǎn)。第48題在1個(gè)以及1個(gè)以上的動(dòng)植物品系或者菌株中存在的基因是非必要基因第49題通常比較保守，多為管家基因，能夠反映該物種的穩(wěn)定性是核心基因的特點(diǎn)。第50題在所有動(dòng)植物品系或者菌株中都存在的基因是核心基因。第51題泛基因組由___和___組成。A核心基因B非必需基因C細(xì)胞器基因D轉(zhuǎn)錄本正確答案：AB第52題真核生物和原核生物泛基因組不一樣。第53題基因組包含了生物體的全套遺傳信息，研究中通常會(huì)將一個(gè)物種中重要的品系或者最先測(cè)出的基因組作為參考基因組；然而，在漫長(zhǎng)的物種進(jìn)化過(guò)程中，由于自然選擇和人為選擇等的影響，每個(gè)個(gè)體都形成了極其獨(dú)特的遺傳性狀，單一個(gè)體的參考基因組已不能涵蓋該物種的所有遺傳信息，泛基因組即某一物種全部基因組信息的總和。第三章課后習(xí)題第1題中草藥合成生物學(xué)存在的瓶頸問(wèn)題有：1.中草藥活性成分復(fù)雜及解析方法技術(shù)不完備限制了代謝途徑的解析效率；2.基因元件數(shù)量少，異源表達(dá)效率低且模塊化與標(biāo)準(zhǔn)化不完善阻礙重構(gòu)代謝途徑；3.營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)在底盤(pán)細(xì)胞中更多地流向了初級(jí)代謝流，只有很少一部分才流向目的代謝流。第2題中草藥代謝組學(xué)研究存在瓶頸問(wèn)題有：1.不能將生物體所有的代謝物全面涵蓋，活的生物體的內(nèi)在生物學(xué)變化，大多實(shí)驗(yàn)儀器存在動(dòng)力學(xué)局限性，導(dǎo)致代謝物的化學(xué)復(fù)雜性2.代謝組學(xué)中的主要技術(shù)難點(diǎn)在于分析物濃度的動(dòng)態(tài)范圍？第3題中草藥代謝組學(xué)研究檢測(cè)儀器包括：核磁共振(NMR)，質(zhì)譜（MS）:GC/MS/MS,LC/MS/MS,CE/MS等，LC/NMR/MS。第4題中草藥蛋白組學(xué)研究包括：（1）：比較不同中草藥或同一中草藥不同組織器官中蛋白質(zhì)組的差異，用以評(píng)價(jià)中草藥活性成分于蛋白質(zhì)組變化的相關(guān)性，揭示中草藥活性物質(zhì)形成的分子機(jī)制。（2）：比較動(dòng)物細(xì)胞或組織在給予中草藥前后蛋白質(zhì)表達(dá)譜差異，尋找中草藥靶點(diǎn)相關(guān)蛋白質(zhì)。第5題合成生物學(xué)研究的工作流程是：設(shè)計(jì)（design）——構(gòu)建（build）——測(cè)試（test）——學(xué)習(xí)（learn）或者產(chǎn)出（output）第6題合成生物學(xué)是生物科學(xué)在二十一世紀(jì)剛剛出現(xiàn)的一個(gè)分支學(xué)科，近年來(lái)合成生物物質(zhì)的研究進(jìn)展很快。合成生物學(xué)與傳統(tǒng)生物學(xué)通過(guò)解剖生命體以研究其內(nèi)在構(gòu)造的辦法不同，合成生物學(xué)的研究方向完全是相反的，它是從最基本的要素開(kāi)始一步步建立零部件。合成生物學(xué)與基因工程把一個(gè)物種的基因延續(xù)、改變并轉(zhuǎn)移至另一物種的作法不同，合成生物學(xué)的目的在于建立人工生物系統(tǒng)（artificialbiosystem），讓它們像電路一樣運(yùn)行。合成生物學(xué)成為繼“DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)”“基因組技術(shù)”之后的第三次生物科技革命。第7題代謝組學(xué)(metabonomics/metabolomics)是效仿基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的研究思想，對(duì)生物體內(nèi)所有代謝物進(jìn)行定量分析，并尋找代謝物與生理病理變化的相對(duì)關(guān)系的研究方式，是系統(tǒng)生物學(xué)的組成部分。其研究對(duì)象大都是相對(duì)分子質(zhì)量1000以?xún)?nèi)的小分子物質(zhì)。先進(jìn)分析檢測(cè)技術(shù)結(jié)合模式識(shí)別和專(zhuān)家系統(tǒng)等計(jì)算分析方法是代謝組學(xué)研究的基本方法。第8題蛋白質(zhì)組學(xué)（英語(yǔ)：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)），是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個(gè)概念最早是在1994年，由MarcWilkins首先提出的新名詞。蛋白質(zhì)組（Proteome）一詞，源于蛋白質(zhì)（protein）與基因組（genome）兩個(gè)詞的組合，意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征，包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生，細(xì)胞代謝等過(guò)程的整體而全面的認(rèn)識(shí)。第9題作為植物細(xì)胞底盤(pán)的必要條件有：轉(zhuǎn)化體系成熟，易成活，生長(zhǎng)周期短，基因組相對(duì)簡(jiǎn)單，遺傳背景清晰等。第10題藥用植物次生代謝物細(xì)胞工廠生產(chǎn)技術(shù)路線包括：目的藥用植物——基因組測(cè)序——功能基因挖掘及合成途徑解析——合成途徑組裝入細(xì)胞工廠——細(xì)胞工廠生產(chǎn)植物功效成分——藥用植物功效成分第11題中草藥蛋白組學(xué)研究存在瓶頸問(wèn)題包括：1.中草藥植物蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)非常少，目前大多數(shù)研究都是結(jié)合擬南芥的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行搜庫(kù)比對(duì)，由于植物種類(lèi)的自身差異，鑒定的蛋白質(zhì)非常少；2.針對(duì)中草藥植物蛋白質(zhì)的抗體非常稀少，蛋白后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證受限。第12題樣品采集——樣品預(yù)處理——代謝物分析和數(shù)據(jù)采集（質(zhì)譜和核磁技術(shù)）——數(shù)據(jù)分析（圖像分析軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)）——生命現(xiàn)象的解釋第13題蛋白質(zhì)樣品制備——蛋白質(zhì)的分離（凝膠二維電泳、HPLC）——蛋白質(zhì)的鑒定（Edman測(cè)序、質(zhì)譜技術(shù)）——生物信息學(xué)研究（圖像分析軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)）——相互作用研究（酵母雙雜交技術(shù)、免疫共沉淀、蛋白質(zhì)芯片等）第四章課后習(xí)題第1題對(duì)于具有成熟遺傳轉(zhuǎn)化體系的植物，可以通過(guò)基因敲除或基因表達(dá)抑制來(lái)干擾全部或部分酶的功能，然后檢測(cè)植物體內(nèi)各種次數(shù)代謝產(chǎn)物含量的變化，進(jìn)一步驗(yàn)證酶在原植物體內(nèi)的生物活性。第2題由于具有成熟高效的遺傳轉(zhuǎn)化體系，一些模式植物如擬南芥、煙草等也常被用于途徑基因的異源表達(dá)和鑒定。第3題用于誘導(dǎo)基因功能缺失的方法較多，目前最常用的是RNA干擾（RNAi)和病毒誘導(dǎo)的基因沉默技術(shù)（VIGS）。第4題RNAi和VIGS均屬于轉(zhuǎn)錄后基因沉默（PTGS）。第5題用于誘導(dǎo)基因功能缺失的方法較多，目前最常用的是_____和______。ARNA干擾（RNAi)B病毒誘導(dǎo)的基因沉默技術(shù)（VIGS）C基因敲除D基因表達(dá)抑制正確答案：AB第6題對(duì)于具有成熟遺傳轉(zhuǎn)化體系的植物，可以通過(guò)_____或______來(lái)干擾全部或部分酶的功能，然后檢測(cè)植物體內(nèi)各種次數(shù)代謝產(chǎn)物含量的變化，進(jìn)一步驗(yàn)證酶在原植物體內(nèi)的生物活性。A基因敲除B基因表達(dá)抑制CRNA干擾（RNAi)D病毒誘導(dǎo)的基因沉默技術(shù)（VIGS）正確答案：AB第7題由于具有成熟高效的遺傳轉(zhuǎn)化體系，一些模式植物如_____,______等也常被用于途徑基因的異源表達(dá)和鑒定。A擬南芥B煙草C酵母D大腸桿菌正確答案：AB第8題酵母是目前應(yīng)用最廣泛的真核表達(dá)系統(tǒng)。第9題大腸桿菌是目前應(yīng)用最廣泛的原核表達(dá)系統(tǒng)。第10題_____是目前應(yīng)用最廣泛的真核表達(dá)系統(tǒng)。A酵母B大腸桿菌C擬南芥D煙草第11題_____是目前應(yīng)用最廣泛的原核表達(dá)系統(tǒng)。A大腸桿菌第12題常用于候選基因功能驗(yàn)證的異源表達(dá)系統(tǒng)包括_____,______、______、______。A大腸桿菌B酵母C擬南芥D煙草正確答案：ABCD第13題基于基因組測(cè)序的基因簇挖掘不可以篩選候選基因。第14題基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的共表達(dá)分析不可以篩選候選基因。第15題同位素標(biāo)記的前體化合物與非標(biāo)記化合物可以通過(guò)質(zhì)譜儀和核磁共振儀等質(zhì)量分析儀器來(lái)區(qū)分。第16題同位素示蹤法常用于合成途徑推測(cè)及校正。第17題根據(jù)已有的知識(shí)推測(cè)出一個(gè)可能的代謝途徑是天然產(chǎn)物生物合成途徑解析的第一步。第18題MVA和MEP途徑中的異戊烯焦磷酸（IPP）可以在____和____間轉(zhuǎn)運(yùn)，參與不同的代謝途徑。A胞質(zhì)B質(zhì)體C轉(zhuǎn)換D顛換正確答案：AB第19題MVA和MEP途徑都可以生成萜類(lèi)的結(jié)構(gòu)單元異戊二烯，前者發(fā)生在_____中，后者發(fā)生在_____中。A胞質(zhì)B質(zhì)體C轉(zhuǎn)換D顛換正確答案：AB第20題天然產(chǎn)物次生代謝途徑主要有_____,______、______、______。A甲羥戊酸途徑（MVA）B磷酸甲基赤蘚糖醇途徑（MEP）C莽草酸途徑D丙二酸途徑正確答案：ABCD第21題利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)不可以構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。第22題利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以發(fā)掘和鑒定分子標(biāo)記。第23題利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以研究藥用生物基因異構(gòu)體和轉(zhuǎn)錄本可變剪接。第24題利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以研究藥用生物生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制。第25題利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以研究藥用生物脅迫響應(yīng)機(jī)制。第26題利用藥用生物轉(zhuǎn)錄組可以研究次生代謝途徑。第27題藥用生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以發(fā)掘與鑒定藥用生物抗病、抗逆等優(yōu)良性狀相關(guān)功能基因。第28題藥用生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以發(fā)掘與鑒定藥用生物生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)功能基因。第29題藥用生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以發(fā)掘與鑒定中藥藥效活性成分合成途徑關(guān)鍵基因。第30題第二代測(cè)序平臺(tái)主要有454GSFLX、Illumina公司的SolexaHiseq、ABI公司的SOLiD測(cè)序平臺(tái)。第31題第二代測(cè)序平臺(tái)主要有_____,______、______。A454GSFLXBIllumina公司的SolexaHiseqCABI公司的SOLiD測(cè)序平臺(tái)DSanger測(cè)序儀正確答案：ABC第32題第三代測(cè)序平臺(tái)主要有PacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序儀、Heliscope單分子測(cè)序儀、OxfordNanopore測(cè)序儀。第33題第三代測(cè)序平臺(tái)主要有_____,______、______。APacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序儀BHeliscope單分子測(cè)序儀COxfordNanopore測(cè)序儀DSanger測(cè)序儀正確答案：ABC第34題SNP是指在基因組上單個(gè)核苷酸由于轉(zhuǎn)換、顛換、缺失、插入等導(dǎo)致變形而形成的遺傳標(biāo)記。第35題SNP是指在基因組上單個(gè)核苷酸由于______,______、______,______等導(dǎo)致變形而形成的遺傳標(biāo)記。A轉(zhuǎn)換B顛換C缺失D插入正確答案：ABCD第36題EST序列長(zhǎng)度一般為300~500bp。第37題EST是由mRNA逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的cDNA序列。第38題EST是由______逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的______序列。AmRNABcDNACrRNADDNA正確答案：AB第39題轉(zhuǎn)錄組序列組裝的方法主要有______,______。A從頭組裝B參照基因組組裝C細(xì)胞器組裝D核基因組裝正確答案：AB第40題序列組裝是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的第一步。第41題藥用生物轉(zhuǎn)錄組研究具有依賴(lài)藥用部位與采收時(shí)間和采收方法的特點(diǎn)。第42題比較轉(zhuǎn)錄組可預(yù)測(cè)未知基因功能。第43題轉(zhuǎn)錄組信息具有時(shí)空特異性。第44題轉(zhuǎn)錄組測(cè)序不可檢測(cè)基因?qū)?yīng)轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)變異。第45題它是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科，從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用來(lái)研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。A代謝組學(xué)B轉(zhuǎn)錄組學(xué)C基因組學(xué)D細(xì)胞器基因組學(xué)第46題它指特定生長(zhǎng)階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA，狹義上指所有mRNA的集合。它是A代謝組B轉(zhuǎn)錄組C基因組D線粒體DNA第47題轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可定量檢測(cè)轉(zhuǎn)錄本豐度。第48題mRNA是轉(zhuǎn)錄組的核心組分。第49題轉(zhuǎn)錄組的核心組分是______。AmRNABtRNACrRNADDNA第50題RNA的轉(zhuǎn)錄過(guò)程分為_(kāi)_____,______,______三個(gè)階段。A起始B延長(zhǎng)C終止D復(fù)制正確答案：ABC第51題轉(zhuǎn)錄主要生產(chǎn)3種RNA，即______,______,______。AmRNABtRNACrRNADDNA正確答案：ABC第52題物種沒(méi)有參考基因組，可以做原核轉(zhuǎn)錄組或者無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析。第53題在做真核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)，會(huì)測(cè)到線粒體、葉綠體RNA。第五章課后習(xí)題第1題三倍體，遺傳學(xué)名詞，是指含有三組染色體的細(xì)胞或生物。三倍體生物因難以進(jìn)行減數(shù)分裂形成配子，故常不育。第2題它是指由受精卵發(fā)育而來(lái)，且體細(xì)胞中含有兩個(gè)染色體組的生物個(gè)體。它是A多倍體B單倍體C二倍體D變異體第3題染色體倍性是指細(xì)胞內(nèi)同源染色體的數(shù)目，其中只有一組的稱(chēng)為“單套”或“單倍體”。需要注意的是，單倍體與一倍體（體細(xì)胞含一個(gè)染色體組的個(gè)體）有區(qū)別。有的單倍體生物的體細(xì)胞中不只含有一個(gè)染色體組。絕大多數(shù)生物為二倍體生物，其單倍體的體細(xì)胞中含一個(gè)染色體組，如果原物種本身為多倍體，那么它的單倍體的體細(xì)胞中含有的染色體組數(shù)一定多于一個(gè)。如四倍體水稻的單倍體含兩個(gè)染色體組，六倍體小麥的單倍體含三個(gè)染色體組，而不是三倍體。第4題它英文名稱(chēng)：polyploid

體細(xì)胞中含有三個(gè)或三個(gè)以上染色體組的個(gè)體．它在生物界廣泛存在，常見(jiàn)于高等植物中，由于染色體組來(lái)源不同，可分為同源多倍體和異源多倍體。它是A多倍體B單倍體C基因型D變異體第5題細(xì)胞質(zhì)遺傳（cytoplasmicinheritance）是指子代的性狀由細(xì)胞質(zhì)內(nèi)的基因所控制的遺傳現(xiàn)象和遺傳規(guī)律。細(xì)胞質(zhì)基因：線粒體、葉綠體中的DNA上和細(xì)胞質(zhì)粒上的基因。細(xì)胞質(zhì)遺傳現(xiàn)象表明，細(xì)胞質(zhì)內(nèi)具有控制某些性狀的遺傳物質(zhì)——細(xì)胞質(zhì)基因（簡(jiǎn)稱(chēng)質(zhì)基因）。但是，科學(xué)家用電子顯微鏡觀察，在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)并沒(méi)有找到像染色體一樣的結(jié)構(gòu)。1962年，科學(xué)家里斯（Ris）和普蘭特（Plant）等用電子顯微鏡觀察衣藻、玉米等植物的超薄切片，發(fā)現(xiàn)在葉綠體的基質(zhì)中有長(zhǎng)度為20.5nm左右的細(xì)纖維存在。用DNA酶處理，這種細(xì)纖維就消失。由此證明，這種細(xì)纖維結(jié)構(gòu)就是葉綠體DNA。第6題細(xì)胞質(zhì)雄性不育(cytoplasmicmalesterility，CMS)是廣泛存在于高等植物中的一種自然現(xiàn)象，表現(xiàn)為母體遺傳、花粉敗育和雌蕊正常。可被顯性核恢復(fù)基因恢復(fù)育性。迄今已在150多種植物中發(fā)現(xiàn)了CMS。利用CMS培育不育系進(jìn)行雜交制種，已成為國(guó)際制種業(yè)的主要趨勢(shì)，其可免去人工去雄，節(jié)省大量的人力物力，并可提高雜交種子的純度，增加農(nóng)作物的產(chǎn)量。但在實(shí)際的選育過(guò)程中經(jīng)常會(huì)遇到所選的不育系胞質(zhì)單一、配合力低及不育性不穩(wěn)等諸多問(wèn)題，而這些問(wèn)題的解決又缺少足夠的理論依據(jù)。同時(shí)它又是研究核質(zhì)互作的理想材料。因此，長(zhǎng)期以來(lái)人們對(duì)不育機(jī)制的探討從未終止過(guò)。對(duì)CMS從形態(tài)學(xué)、細(xì)胞學(xué)、生理生化學(xué)及分子生物學(xué)方面進(jìn)行了大量的研究。第7題RFLP標(biāo)記是發(fā)展最早的DNA標(biāo)記技術(shù)。RFLP是指基因型之間限制性片段長(zhǎng)度的差異，這種差異是由限制性酶切位點(diǎn)上堿基的插入、缺失、重排或點(diǎn)突變所引起的。第8題RAPD技術(shù)是1990年發(fā)明并發(fā)展起來(lái)的，RAPD是建立在PCR(PolymeraseChainReaction)基礎(chǔ)之上的一種可對(duì)整個(gè)序列的基因組進(jìn)行分析的分子技術(shù)。其以DNA為模板，以單個(gè)人工合成的隨機(jī)核苷酸序列(通常為10個(gè)堿基對(duì))為引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖或聚丙烯酰胺電泳分離、溴化乙錠染色后，在紫外透視儀上檢測(cè)多態(tài)性。擴(kuò)增產(chǎn)物的多態(tài)性反映了基因組的多態(tài)性。RAPD技術(shù)現(xiàn)已廣泛的應(yīng)用于生物的品種鑒定、系譜分析及進(jìn)化關(guān)系的研究上。第9題ISSR(inter-simplesequencerepeat)是Zietkiewicz等于1994年發(fā)展起來(lái)的一種微衛(wèi)星基礎(chǔ)上的分子標(biāo)記。其基本原理是:用錨定的微衛(wèi)星DNA為引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4個(gè)隨機(jī)核苷酸，在PCR反應(yīng)中，錨定引物可引起特定位點(diǎn)退火，導(dǎo)致與錨定引物互補(bǔ)的間隔不太大的重復(fù)序列間DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增。所擴(kuò)增的interSSR區(qū)域的多個(gè)條帶通過(guò)聚丙烯酞胺凝膠電泳得以分辨，擴(kuò)增譜帶多為顯性表現(xiàn)。ISSR引物的開(kāi)發(fā)不像SSR引物那樣需測(cè)序獲得SSR兩側(cè)的單拷貝序列，開(kāi)發(fā)費(fèi)用降低。與SSR標(biāo)記相比，ISSR引物可以在不同的物種間通用，不像SSR標(biāo)記一樣具有較強(qiáng)的種特異性;與RAPD和RFLP相比，ISSR揭示的多態(tài)性較高，可獲得幾倍于RAPD的信息量，精確度幾乎可與RFLP相媲美，檢測(cè)非常方便，因而是一種非常有發(fā)展前途的分子標(biāo)記。ISSR標(biāo)記已廣泛應(yīng)用于植物品種鑒定、遺傳作圖、基因定位、遺傳多樣性、進(jìn)化及分子生態(tài)學(xué)研究中。第10題MNP是一組長(zhǎng)度小于300bp的基因組片段內(nèi)的多個(gè)分散的SNP。MNPs標(biāo)記的開(kāi)發(fā)目的是針對(duì)目標(biāo)物種進(jìn)行品種鑒別，鑒別力的大小取決于標(biāo)記的多態(tài)性、標(biāo)記的數(shù)量和基因分型的準(zhǔn)確性?；蚪M內(nèi)存在許多的SNP位點(diǎn)，將這些不同SNP位點(diǎn)的等位基因型組合起來(lái)，用于區(qū)分不同的個(gè)體DNA，當(dāng)用多個(gè)個(gè)體的MNP位點(diǎn)構(gòu)成具體物種的MNP標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)后，鑒定新材料時(shí)只需要將待測(cè)樣品DNA和混合MNP標(biāo)記引物在一次PCR體系中擴(kuò)增，并利用二代測(cè)序檢測(cè)擴(kuò)增出的這些位點(diǎn)的序列即可，所以檢測(cè)的實(shí)際操作非常便捷。第11題snp分子標(biāo)記是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異，形成的遺傳標(biāo)記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富。第12題SSR是SimpleSequenceRepeat的縮寫(xiě)，意思是簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記，SSR)是以PCR技術(shù)為核心的DNA分子標(biāo)記技術(shù)，或稱(chēng)微衛(wèi)星序列標(biāo)記(Microsatellitesequence，MS)，或短串聯(lián)重復(fù)標(biāo)記(ShortTandemRepeat，STR)。第13題為了從各種測(cè)序數(shù)據(jù)中高效準(zhǔn)確的獲取以AGS為代表的低拷貝基因，四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院余巖副教授團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了Easy353工具包，能夠直接從包括淺層基因組測(cè)序的各類(lèi)高通量測(cè)序中獲取AGS等低拷貝基因。該研究成果以Easy353:AtooltogetAngiosperms353genesforphylogenomicresearch為題，2022年12月在進(jìn)化生物學(xué)國(guó)際頂級(jí)刊物MolecularBiologyandEvolution(5-yearImpactFactor:20.074，中科院大類(lèi)1區(qū))在線發(fā)表(AdvanceAccess)。Easy353是基于reference-guided策略的拼接工具，使用deBruijngraph的算法進(jìn)行有權(quán)重的從頭拼接，具有極高的準(zhǔn)確性和敏感度。該工具使用流程比較簡(jiǎn)單，研究者無(wú)需進(jìn)行任何前置實(shí)驗(yàn)，僅僅提供同科/屬的參考序列和測(cè)序的原始數(shù)據(jù)就可以直接獲取各類(lèi)低拷貝/單拷貝基因。第14題空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA?？臻g條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。第15題千種植物轉(zhuǎn)錄組研究計(jì)劃旨在利用第二代測(cè)序技術(shù)完成約1000種植物轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序和組裝。第16題2010年，陳士林研究團(tuán)隊(duì)提出本草基因組計(jì)劃，針對(duì)具有重大經(jīng)濟(jì)價(jià)值和典型次生代謝途徑的藥用植物進(jìn)行了全基因組測(cè)序和后基因組學(xué)研究，取得了包含人參、靈芝、黃花蒿、紫蘇、菊花、黃連、丹參、卷柏、紅豆杉等一批高質(zhì)量藥用植物基因組序列。第17題人類(lèi)基因組計(jì)劃（英語(yǔ)：HumanGenomeProject,HGP）是一項(xiàng)規(guī)模宏大，跨國(guó)跨學(xué)科的科學(xué)探索工程。其宗旨在于測(cè)定組成人類(lèi)染色體（指單倍體）中所包含的30億個(gè)堿基對(duì)組成的核苷酸序列，從而繪制人類(lèi)基因組圖譜，并且辨識(shí)其載有的基因及其序列，達(dá)到破譯人類(lèi)遺傳信息的最終目的?！叭祟?lèi)基因組計(jì)劃”在研究人類(lèi)過(guò)程中建立起來(lái)的策略、思想與技術(shù)，構(gòu)成了生命科學(xué)領(lǐng)域新的學(xué)科——基因組學(xué)，可以用于研究微生物、植物及其他動(dòng)物。人類(lèi)基因組計(jì)劃與曼哈頓原子彈計(jì)劃和阿波羅計(jì)劃并稱(chēng)為三大科學(xué)計(jì)劃，是人類(lèi)科學(xué)史上的又一個(gè)偉大工程，被譽(yù)為生命科學(xué)的“登月計(jì)劃”。人類(lèi)基因組計(jì)劃由美國(guó)科學(xué)家于1985年率先提出，于1990年正式啟動(dòng)的。美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、日本和中國(guó)科學(xué)家共同參與了這一預(yù)算達(dá)30億美元的人類(lèi)基因組計(jì)劃。按照這個(gè)計(jì)劃的設(shè)想，在2005年，要把人體內(nèi)約2.5萬(wàn)個(gè)基因的密碼全部解開(kāi)，同時(shí)繪制出人類(lèi)基因的圖譜。換句話(huà)說(shuō)，就是要揭開(kāi)組成人體2.5萬(wàn)個(gè)基因的30億個(gè)堿基對(duì)的秘密。截止到2003年4月14日，人類(lèi)基因組計(jì)劃的測(cè)序工作已經(jīng)完成。其中，2001年人類(lèi)基因組工作草圖的發(fā)表（由公共基金資助的國(guó)際人類(lèi)基因組計(jì)劃和私人企業(yè)塞雷拉基因組公司各自獨(dú)立完成，并分別公開(kāi)發(fā)表）被認(rèn)為是人類(lèi)基因組計(jì)劃成功的里程碑。第18題某種DNA是種植物體內(nèi)的遺傳物質(zhì)，它能為細(xì)胞產(chǎn)生能量（ATP），是一種脫氧核糖核酸特殊形態(tài)。它是為細(xì)胞提供能量（ATP）的細(xì)胞器。植物中它所在的基因組是一個(gè)大小變化很大的松散環(huán)狀結(jié)構(gòu)。請(qǐng)問(wèn)這種DNA是A線粒體DNAB葉綠體DNAC核基因組DNAD核糖體DNA第19題納米孔測(cè)序技術(shù)（又稱(chēng)第四代測(cè)序技術(shù)）是最近幾年興起的新一代測(cè)序技術(shù)。目前測(cè)序長(zhǎng)度可以達(dá)到150kb。這項(xiàng)技術(shù)開(kāi)始于90年代，經(jīng)歷了三個(gè)主要的技術(shù)革新：一、單分子DNA從納米孔通過(guò)；二、納米孔上的酶對(duì)于測(cè)序分子在單核苷酸精度的控制；三、單核苷酸的測(cè)序精度控制。目前市場(chǎng)上廣泛接受的納米孔測(cè)序平臺(tái)是OxfordNanoporeTechnologies（ONT）公司的MinION納米孔測(cè)序儀。它的特點(diǎn)是單分子測(cè)序，測(cè)序讀長(zhǎng)長(zhǎng)（超過(guò)150kb），測(cè)序速度快，測(cè)序數(shù)據(jù)實(shí)時(shí)監(jiān)控，機(jī)器方便攜帶等。第20題第三代測(cè)序技術(shù)是指單分子測(cè)序技術(shù)。DNA測(cè)序時(shí)，不需要經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增，實(shí)現(xiàn)了對(duì)每一條DNA分子的單獨(dú)測(cè)序。第三代測(cè)序技術(shù)也叫從頭測(cè)序技術(shù)，即單分子實(shí)時(shí)DNA測(cè)序。第三代測(cè)序技術(shù)發(fā)明人：StephenWTurner1&JonasKorlach博士?；驕y(cè)序技術(shù)逐漸成為臨床分子診斷中重要技術(shù)手段，三代測(cè)序技術(shù)是未來(lái)主要發(fā)展方向，第三代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用在基因組測(cè)序、甲基化研究、突變鑒定（SNP檢測(cè)）這三個(gè)方面上。第21題葉綠體基因組分子標(biāo)記可以來(lái)源于—————，————————。A基因編碼區(qū)B基因間區(qū)C轉(zhuǎn)錄組D代謝組正確答案：AB第22題能夠用于植物藥的分子標(biāo)記可以來(lái)源于——，———，———。A核基因組B線粒體基因組C葉綠體基因組D表型組正確答案：ABC第23題能夠用于動(dòng)物藥的分子標(biāo)記可以來(lái)源于——，———。A核基因組B線粒體基因組C葉綠體基因組D表型組正確答案：AB第24題下列屬于基因間區(qū)分子標(biāo)記的一項(xiàng)是ArbcLBmttBCcox1DpsbA-trnH第25題下列屬于葉綠體基因組分子標(biāo)記的一項(xiàng)是AITSBITS2Ccox1DpsbA-trnH第26題下列屬于葉綠體基因組分子標(biāo)記的一項(xiàng)是AITSBITS2Ccox1DmatK第27題下列屬于葉綠體基因組分子標(biāo)記的一項(xiàng)是ArbcLBITS2CITSDcox1第28題下列屬于核基因組分子標(biāo)記位點(diǎn)的是AITSBITS2CpsbA-trnHDmatK正確答案：AB第29題下列屬于核基因組分子標(biāo)記位點(diǎn)的是AITSBrbcLCpsbA-trnHDmttB第30題下列屬于核基因組分子標(biāo)記位點(diǎn)的是AITS2BrbcLCmatKDcox1第31題chloroplastDNA（cpDNA），存在于葉綠體內(nèi)的DNA。高等植物葉綠體的DNA為雙鏈共價(jià)閉合環(huán)狀分子，其長(zhǎng)度隨生物種類(lèi)而不同，其大小在120kb到217kb之間，相當(dāng)于噬菌體基因組的大小，例如，T4噬菌體的基因組約165kb。葉綠體DNA不含5-甲基胞嘧啶，這是鑒定cpDNA及其純度的特定指標(biāo)。通常一個(gè)葉綠體含有10~50個(gè)DNA分子。葉綠體內(nèi)有少量的核糖體，而葉綠體本身也是半自主性細(xì)胞器，具有遺傳信息的表達(dá)系統(tǒng)，可以轉(zhuǎn)錄、翻譯生成蛋白質(zhì)，但是葉綠體中絕大多數(shù)蛋白質(zhì)都是由核DNA編碼并在細(xì)胞質(zhì)核糖體上合成后再運(yùn)送到葉綠體各自的功能位點(diǎn)上。第32題第二代DNA測(cè)序技術(shù)又稱(chēng)下一代測(cè)序技術(shù)，是對(duì)第一代測(cè)序技術(shù)的劃時(shí)代變革的核心。現(xiàn)有的技術(shù)平臺(tái)主要包括Roche/454GSFLX、Illumina/Sol-exaGenomeAnalyzer、HelicosBioSciences公司的HeliScope?SingleMoleculeSequencer、美國(guó)Dana-herMotion公司推出的Polonator；以及連接法測(cè)序(sequencingbyligation)，即通過(guò)引物來(lái)定位核酸信息，技術(shù)平臺(tái)有AppliedBiosystems/SOLiD?system。以上技術(shù)平臺(tái)所運(yùn)用的測(cè)序原理均為循環(huán)微陣列法第33題環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)，英文名稱(chēng)為loop-mediatedisothermalamplification，能在等溫（60-65℃）條件下，短時(shí)間（通常是一小時(shí)內(nèi)）內(nèi)進(jìn)行核酸擴(kuò)增，是一種“簡(jiǎn)便、快速、精確、低價(jià)”的基因擴(kuò)增方法。第34題高分辨率熔解曲線(high-resolutionmelting，HRM)是一種基于單核苷酸熔解溫度不同而形成不同形態(tài)熔解曲線的基因分析新技術(shù)，具有極高的敏感性，可以檢測(cè)出單個(gè)堿基的差異，并且成本低、通量高、速度快、結(jié)果準(zhǔn)確、不受檢測(cè)位點(diǎn)的局限，實(shí)現(xiàn)了真正的閉管操作。在突變掃描、單核苷酸多態(tài)性分析、甲基化研究、基因分型、序列匹配等方面HRM分析技術(shù)發(fā)揮著重要作用。第35題TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針，其5’末端攜帶熒光基團(tuán)，如FAM、TET、VIC、HEX等，3’端攜帶淬滅基團(tuán)，如TAMRA、BHQ等。PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針，探針完整時(shí)，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收；PCR擴(kuò)增時(shí)，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解，使報(bào)告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離，從而熒光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到熒光信號(hào)，即每擴(kuò)增一條DNA鏈，就有一個(gè)熒光分子形成，實(shí)現(xiàn)了熒光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。第36題目前成功率最高的DNA條形碼序列是AITS2BrbcLCmatKDpsbA-trnH第37題中草藥DNA條形碼鑒定技術(shù)設(shè)想包括哪些？A以常用中草藥為研究對(duì)象B篩選獲得通用DNA條形碼C確定標(biāo)準(zhǔn)化操作流程D轉(zhuǎn)化為二維碼，便攜移動(dòng)終端方便使用正確答案：ABCD第38題DNA條形碼的應(yīng)用領(lǐng)域有如下這些：1.藥用動(dòng)植物和藥材鑒定；2.檢驗(yàn)檢疫；3.發(fā)現(xiàn)新種；4.生物多樣性；5.遺傳進(jìn)化分析第39題下列選項(xiàng)屬于DNA條形碼優(yōu)勢(shì)的內(nèi)容是A通用性好B不受形態(tài)特征限制C鑒定準(zhǔn)確高效D價(jià)格昂貴正確答案：ABC第40題請(qǐng)描述DNA條形碼的六大優(yōu)勢(shì)有哪些：1.只需選用一個(gè)或少數(shù)幾個(gè)基因片段即可對(duì)絕大部分物種進(jìn)行準(zhǔn)確鑒定；2.鑒定過(guò)程快速，可在短時(shí)間內(nèi)鑒定大量樣本；3.重復(fù)性和穩(wěn)定性高；4.實(shí)驗(yàn)過(guò)程標(biāo)準(zhǔn)，操作簡(jiǎn)單，容易實(shí)現(xiàn)物種鑒定自動(dòng)化；5.可有效緩解分類(lèi)鑒定人才短缺的現(xiàn)狀；6.可通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)和信息平臺(tái)對(duì)現(xiàn)有物種序列等信息進(jìn)行集中統(tǒng)一管理，并可實(shí)現(xiàn)共享。第41題它是指生物體內(nèi)能夠代表該物種的、標(biāo)準(zhǔn)的、有足夠變異的、易擴(kuò)增且相對(duì)較短的DNA片段。它是利用生物體DNA中一段保守片段對(duì)物種進(jìn)行快速準(zhǔn)確鑒定的新興技術(shù)。它叫做ADNA條形碼BNCBI數(shù)據(jù)庫(kù)CPython語(yǔ)言DR語(yǔ)言第42題請(qǐng)解釋蛋白質(zhì)組學(xué)的概念是：蛋白質(zhì)組學(xué)（英語(yǔ)：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)），是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個(gè)概念最早是在1994年，由MarcWilkins首先提出的新名詞。蛋白質(zhì)組（Proteome）一詞，源于蛋白質(zhì)（protein）與基因組（genome）兩個(gè)詞的組合，意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征，包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生，細(xì)胞代謝等過(guò)程的整體而全面的認(rèn)識(shí)。第六章課后習(xí)題第1題基因組變異類(lèi)型中的結(jié)構(gòu)變異，通常認(rèn)為變化的片段至少大于（）A10bpB25bpC50bpD100bp第2題下列關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析的說(shuō)法，不正確的是（）A可利用自然群體作為關(guān)聯(lián)群體B為了保證檢測(cè)效力，目前全基因組關(guān)聯(lián)分析研究普遍樣本量大于200份C必須要構(gòu)建遺傳群體D結(jié)合基因組高密度的單核苷酸多態(tài)性分子標(biāo)記，檢測(cè)與目標(biāo)性狀表型相關(guān)基因處于連鎖不平衡狀態(tài)的標(biāo)記，從而發(fā)掘功能性標(biāo)記位點(diǎn)第3題下列遺傳群體中，屬于永久性分離群體的是（）AF1群體BF2群體CBC群體DRIL群體第4題丹參是我國(guó)的常用大宗中藥材之一,始載于《神農(nóng)本草經(jīng)》，為（）鼠尾草屬植物丹參的干燥根和根莖。A菊科B十字花科C唇形科D毛茛科第5題（）是丹參中萜類(lèi)骨架物質(zhì)氧化修飾的主要酶類(lèi)，通過(guò)氧化、脫羧、脫氫和還原作用將碳骨架逐步轉(zhuǎn)化為隱丹參酮、丹參酮IIA等活性成分。AUGTsBCYP450sCPKSDTPS第6題下列關(guān)于藥用植物育種研究現(xiàn)狀的說(shuō)法，不正確的是（）A藥用植物栽培歷史長(zhǎng)，育種研究起步早B藥用植物種類(lèi)多、生長(zhǎng)周期長(zhǎng)、育種目標(biāo)特殊C用于育種的種質(zhì)缺乏且雜合度高，對(duì)性狀遺傳規(guī)律認(rèn)識(shí)還非常不足D當(dāng)前主要采用系統(tǒng)選育和雜交選育方法進(jìn)行良種選育第7題與農(nóng)作物相比，藥用植物的育種有諸多不同的特征，下列描述不正確的是（）A藥用植物栽培馴化程度低B人工創(chuàng)制的藥用植物種質(zhì)資源少，野生資源雜合度高C在藥用植物育種中人工雜交的推廣和應(yīng)用相對(duì)滯后D藥用植物育種目標(biāo)主要是穩(wěn)定的為人類(lèi)提供包括淀粉、蛋白質(zhì)和油脂等生命活動(dòng)所需的物質(zhì)第8題藥用植物育種主要目標(biāo)是提高_(dá)__的產(chǎn)量。A有效成分B單株重量C單株高度D居群數(shù)目第9題GenomicSelection(GS)指___。A基因組選擇B全基因組關(guān)聯(lián)分析C模式生物實(shí)驗(yàn)D小鼠實(shí)驗(yàn)第10題GWAS指____。A全基因組關(guān)聯(lián)分析B細(xì)胞器總DNAC模式生物實(shí)驗(yàn)D小鼠實(shí)驗(yàn)第11題DH群體指___。A近等基因系群體B重組自交系群體C雙單倍體群體D居群第12題RIL群體指___。A近等基因系群體B重組自交系群體C雙單倍體群體D居群第13題NIL群體指___。A近等基因系群體B重組自交系群體C雙單倍體群體D居群第14題作圖群體可以根據(jù)親本數(shù)量分為_(kāi)__、____和____等。A雙親群體B多親群體C自然群體D雙單倍體群體正確答案：ABC第15題個(gè)體之間的基因組結(jié)構(gòu)變異包括____、____、____、倒位、易位和拷貝數(shù)變異。A缺失B插入C重復(fù)D結(jié)構(gòu)變異正確答案：ABC第16題高通量測(cè)序在檢測(cè)遺傳變異方面的廣泛應(yīng)用表明，個(gè)體之間的基因組差異通常表現(xiàn)為_(kāi)____、_____和_____。A單核苷酸多態(tài)性B插入或缺失C結(jié)構(gòu)變異D雙單倍體群體正確答案：ABC第17題近年三代測(cè)序技術(shù)廣泛普及，利用二代Illumina、三代Pacbio或Nanopore以及Hi-C掛載技術(shù)，已有上百種藥用植物獲得了全基因組序列，其中大量藥用植物獲得了染色體水平的基因組測(cè)序和組裝，為中藥材的基因組輔助育種研究提供了生物信息基礎(chǔ)。第18題丹參生長(zhǎng)世代周期短、基因組小、染色體數(shù)目少、繁殖方式多樣，是理想的藥用研究模式生物。第19題基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的主要功能已經(jīng)從數(shù)據(jù)存儲(chǔ)發(fā)展成為整合各種基因組信息的基因組門(mén)戶(hù)或中心，以及提供在線基因組學(xué)分析的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，引領(lǐng)基因組測(cè)序和重測(cè)序項(xiàng)目的開(kāi)展。第20題藥用植物的馴化程度高，栽培穩(wěn)定，易于獲取穩(wěn)定的品系。第21題藥用植物與作物在育種基礎(chǔ)材料、育種目標(biāo)和必需遵循的法律規(guī)范等方面都有一些明顯的區(qū)別，這決定了實(shí)現(xiàn)藥用植物育種不能完全照搬作物育種的模式，還需要探索適合藥用植物的育種模式。第22題雙親群體主要包括雜交F2群體、回交群體、重組自交系RIL群體、近等基因系NIL群體、雙單倍體DH群體以及巢式關(guān)聯(lián)作圖NAM群體等。第23題F2群體是最常用的作圖群體，配置簡(jiǎn)單，不需要很長(zhǎng)時(shí)間就可完成，屬于永久群體。第24題SNP只存在于基因序列內(nèi)，不可能在基因以外的非編碼序列上。第25題SNP由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起，也可由堿基的插入或缺失所致。第26題InDel變異，即小片段插入或缺失，指基因組中小片段的插入或缺失序列，其長(zhǎng)度在50-100bp之間。第27題模式生物需具備的條件應(yīng)該有：（1）模式生物必須是世代周期短、子代多、遺傳背景清楚；（2）表型要穩(wěn)定，并且有具體可行的表型分析方法；（3）模式生物必須容易進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作，特別是具有遺傳操作的手段，便于進(jìn)行遺傳改造；（4）模式生物的基因組大小要相對(duì)較小，便于開(kāi)展基因組學(xué)研究，容易獲取基因組信息；（5）對(duì)人體和環(huán)境無(wú)害；（6）模式生物要具備良好的前期研究基礎(chǔ)，如能夠開(kāi)展有效活性成分分析與制備，能易于在室內(nèi)栽培（養(yǎng)殖）或繁殖，已建立穩(wěn)定的遺傳轉(zhuǎn)化體系，具有可參考的遺傳信息（如遺傳背景、分子標(biāo)記、遺傳圖譜等）。第28題生物學(xué)家通過(guò)對(duì)選定的生物物種進(jìn)行科學(xué)研究，用于揭示某種具有普遍規(guī)律的生命現(xiàn)象。此時(shí)，這種被選定的生物物種就是什么？A模式生物B表型生物C細(xì)胞生物D植物第29題基因組選擇育種流程的主要步驟有：（1）創(chuàng)建訓(xùn)練群體，并對(duì)訓(xùn)練群體進(jìn)行表型和基因型鑒定，結(jié)合相應(yīng)的統(tǒng)計(jì)模型分析表型和基因型數(shù)據(jù)；（2）構(gòu)建基因組預(yù)測(cè)模型，該模型可估算所有標(biāo)記位點(diǎn)的等位基因的標(biāo)記效應(yīng)并能從基因型預(yù)測(cè)表型；（3）預(yù)測(cè)模型的驗(yàn)證，即使用測(cè)試群體，篩選最優(yōu)的模型參數(shù)，對(duì)模型的實(shí)際預(yù)測(cè)能力進(jìn)行評(píng)估；（4）應(yīng)用構(gòu)建的模型預(yù)測(cè)非表型個(gè)體的基因組估計(jì)育種值，并根據(jù)育種值對(duì)育種群體中各個(gè)體進(jìn)行選擇，從而選育出綜合性狀優(yōu)良的育種材料。第30題全基因組關(guān)聯(lián)分析主要步驟有：（1）多樣性遺傳材料的選擇。（2）群體內(nèi)每份遺傳材料基因型和表型數(shù)據(jù)的測(cè)定與收集。（3）進(jìn)行基因型分型。（4）分析群體結(jié)構(gòu)及親緣關(guān)系。（5）關(guān)聯(lián)分析及基因挖掘。第31題它可視為系統(tǒng)的研究某一生物或細(xì)胞在不同環(huán)境條件下所有表型(從基因、蛋白質(zhì)到代謝各尺度)的學(xué)科,其主要研究的是某一生物的物理和化學(xué)性狀隨著基因突變及環(huán)境改變而變化的規(guī)律。A轉(zhuǎn)錄組學(xué)B表型組學(xué)C基因組學(xué)D細(xì)胞器組學(xué)第32題它是以一種變異，即單核苷酸多態(tài)性，指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是ASNPBSSRCISSRDRAPD第33題重測(cè)序的概念是：對(duì)基因組序列已知物種的個(gè)體進(jìn)行基因組測(cè)序，并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。第七章課后習(xí)題第1題Orthologous指直系同源。與其對(duì)應(yīng)的一個(gè)概念是旁系同源paralogous。只要記住Ortholog基因是由Speciesdifferentiation形成的，而paralog基因是由geneduplication形成的就可以區(qū)分清楚。第2題一種軟件是由theBroadInstitute開(kāi)發(fā)的轉(zhuǎn)錄組denovo組裝軟件，由三個(gè)獨(dú)立的軟件模塊組成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三個(gè)軟件依次來(lái)處理大規(guī)模的RNA-seq的reads數(shù)據(jù)。它是APAML軟件BMEGA軟件CUnicycler軟件DTrinity軟件第3題一種軟件主要用于基因組拼接，也可用于一、二、三代測(cè)序的混合組裝；還可用于轉(zhuǎn)錄組從頭組裝（rnaSPAdes）和宏基因組拼接（metaSPAdes）。它是APAML軟件BMEGA軟件CUnicycler軟件DSPAdes軟件第4題一種軟件是組裝細(xì)菌基因組的軟件套裝。它既可以使用SPAdes組裝純Illumina短讀長(zhǎng)的二代數(shù)據(jù)，也可以使用miniasm+Racon管道組裝三代長(zhǎng)讀長(zhǎng)數(shù)據(jù)（PacBio或Nanopore）。進(jìn)一步，可以同時(shí)給它二代和三代數(shù)據(jù)，它將進(jìn)行短讀長(zhǎng)優(yōu)先的混合組裝，以獲得最好的的組裝結(jié)果。它是APAML軟件BMEGA軟件CUnicycler軟件DSPAdes軟件第5題一種軟件的全稱(chēng)是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis分子進(jìn)化遺傳分析。它可用于序列比對(duì)、進(jìn)化樹(shù)的推斷、估計(jì)分子進(jìn)化速度、驗(yàn)證進(jìn)化假說(shuō)等。它還可以通過(guò)網(wǎng)絡(luò)（NCBI）進(jìn)行序列的比對(duì)和數(shù)據(jù)的搜索。是一款免費(fèi)軟件。它是APAML軟件BMEGA軟件CUnicycler軟件DSPAdes軟件第6題一種軟件是一款利用最大似然法對(duì)DNA或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析的軟件包，該軟件包由著名華裔科學(xué)家、英國(guó)皇家科學(xué)學(xué)院士、倫敦大學(xué)統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)教授楊子恒開(kāi)發(fā)并免費(fèi)提供給學(xué)術(shù)研究使用。它是APAML軟件BMEGA軟件CUnicycler軟件DSPAdes軟件第7題一種子系統(tǒng)是與Docker類(lèi)似的容器工具。所謂容器指的是一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的軟件單元，它打包代碼及其所有依賴(lài)項(xiàng)，以便應(yīng)用程序從一個(gè)計(jì)算環(huán)境快速可靠地運(yùn)行到另一個(gè)計(jì)算環(huán)境。它的優(yōu)點(diǎn)包括：不需要sudo權(quán)限即可運(yùn)行（與Docker不同）；在多節(jié)點(diǎn)環(huán)境中與HPC資源管理器很好地互操作；默認(rèn)情況下，輕松利用集群或服務(wù)器上的GPU、高速網(wǎng)絡(luò)、并行文件系統(tǒng)。它是AConda子系統(tǒng)BDocker子系統(tǒng)CPBS子系統(tǒng)DSingularity子系統(tǒng)第8題一個(gè)子系統(tǒng)是為Python程序創(chuàng)建的，是一個(gè)開(kāi)源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴(lài)關(guān)系，并在它們之間輕松切換。它的適用系統(tǒng)包括Linux，OSX和Windows，是最流行的Python環(huán)境管理工具。這個(gè)子系統(tǒng)是AConda子系統(tǒng)BDocker子系統(tǒng)CPBS子系統(tǒng)DSingularity子系統(tǒng)第9題它是一個(gè)有來(lái)自于70,000多種生物的核苷酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)。每條紀(jì)錄都有編碼區(qū)（CDS）特征的注釋?zhuān)€包括氨基酸的翻譯。它屬于一個(gè)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的國(guó)際合作組織，包括EMBL和DDBJ。它是ANCBI數(shù)據(jù)庫(kù)BGenBank數(shù)據(jù)庫(kù)CCNKI數(shù)據(jù)庫(kù)DPubMed數(shù)據(jù)庫(kù)第10題它的基因數(shù)據(jù)庫(kù)是一種將基因相關(guān)信息集中到單個(gè)記錄中的資源。許多不同類(lèi)型的基因特異性數(shù)據(jù)與記錄相關(guān)聯(lián)，包括序列登記、命名法、基因組位置和組織、出版物、基因產(chǎn)物及其屬性、表達(dá)、相互作用、途徑、同源性、變異及其表型后果以及與數(shù)據(jù)庫(kù)的有用鏈接它的內(nèi)部和外部。其中Gene的內(nèi)容來(lái)自自動(dòng)數(shù)據(jù)流和它的工作人員的管理。起點(diǎn)通常是從公開(kāi)的、帶注釋的基因組序列中提取基因特異性信息。根據(jù)每個(gè)合作數(shù)據(jù)庫(kù)提供的信息，該基因被分配一個(gè)類(lèi)別，例如蛋白質(zhì)編碼RNA、非編碼RNA、假基因、核糖體RNA或未知。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是ANCBI數(shù)據(jù)庫(kù)BGenBank數(shù)據(jù)庫(kù)CCNKI數(shù)據(jù)庫(kù)DPubMed數(shù)據(jù)庫(kù)第11題它由荷蘭國(guó)家數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)研究中心的吉多·范羅蘇姆于1990年代初設(shè)計(jì)，作為一門(mén)叫做ABC語(yǔ)言的替代品。它提供了高效的高級(jí)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，還能簡(jiǎn)單有效地面向?qū)ο缶幊獭ＫZ(yǔ)法和動(dòng)態(tài)類(lèi)型，以及解釋型語(yǔ)言的本質(zhì)，使它成為多數(shù)平臺(tái)上寫(xiě)腳本和快速開(kāi)發(fā)應(yīng)用的編程語(yǔ)言，隨著版本的不斷更新和語(yǔ)言新功能的添加，逐漸被用于獨(dú)立的、大型項(xiàng)目的開(kāi)發(fā)。它在各個(gè)編程語(yǔ)言中比較適合新手學(xué)習(xí)，它的解釋器易于擴(kuò)展，可以使用C、C++或其他可以通過(guò)C調(diào)用的語(yǔ)言擴(kuò)展新的功能和數(shù)據(jù)類(lèi)型。它也可用于可定制化軟件中的擴(kuò)展程序語(yǔ)言。它豐富的標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)，提供了適用于各個(gè)主要系統(tǒng)平臺(tái)的源碼或機(jī)器碼。它是APerl語(yǔ)言BR語(yǔ)言CPython語(yǔ)言DC語(yǔ)言第12題一種語(yǔ)言是用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語(yǔ)言和操作環(huán)境。它是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由、免費(fèi)、源代碼開(kāi)放的軟件，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具。它是APerl語(yǔ)言BR語(yǔ)言CPython語(yǔ)言DC語(yǔ)言第13題一種功能豐富的計(jì)算機(jī)程序語(yǔ)言，運(yùn)行在超過(guò)100種計(jì)算機(jī)平臺(tái)上，適用廣泛，從最初是為文本處理而開(kāi)發(fā)的，現(xiàn)在用于各種任務(wù)，包括系統(tǒng)管理，Web開(kāi)發(fā)，網(wǎng)絡(luò)編程，GUI開(kāi)發(fā)等。它易于使用、高效、完整，而不失美觀（小巧，優(yōu)雅，簡(jiǎn)約）。同時(shí)支持過(guò)程和面向?qū)ο缶幊?，?duì)文本處理具有強(qiáng)大的內(nèi)置支持，并且擁有第三方模塊集合之一。它借取了C、sed、awk、shell腳本語(yǔ)言以及很多其他程序語(yǔ)言的特性，其中最重要的特性是它內(nèi)部集成了正則表達(dá)式的功能，以及巨大的第三方代碼庫(kù)CPAN。這種語(yǔ)言是APerl語(yǔ)言BR語(yǔ)言CPython語(yǔ)言DC語(yǔ)言第14題以下軟件屬于開(kāi)源統(tǒng)計(jì)繪圖語(yǔ)言的是AR語(yǔ)言BSSPSCSASDS-PLUS軟件第15題以下操作系統(tǒng)基于linux架構(gòu)的系