1、實驗六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測,杜 娟 dujuannx,基因與蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析,實驗項目六：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析與預(yù)測 一、 實驗?zāi)康暮鸵螅?掌握蛋白質(zhì)二級、三維結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器的使用和結(jié)果分析； 掌握常用大分子空間結(jié)構(gòu)顯示軟件的使用方法；,2,3,實驗內(nèi)容1 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,以人基質(zhì)金屬蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase )序列為例，介紹SOPMA的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法。,人基質(zhì)金屬蛋白酶MMP14(Matrix metalloproteinase, MMP14)氨基酸序列的fasta形式可從NCBI的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫獲得(gi|4826834|ref|NP_0049

2、86.1|matrix metalloproteinase 14 preproprotein Homo sapiens)。,4,SOPMA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法,（1） 進入SOPMA主頁(http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html)；,（2） 在“Paste a protein sequence below”下的空白處提交蛋白序列（原始序列），可以在參數(shù)中進行符合我們要求的設(shè)置，然后點擊“SUBMIT”按鈕進行分析；,5,人民衛(wèi)生出版社8年制及7年制臨床醫(yī)學(xué)等專業(yè)用生物信息學(xué),（3） 查看結(jié)果

3、，主要含有alpha helix (Hh)-螺旋，Extended strand (Ee)延伸鏈，Beta turn (Tt)-轉(zhuǎn)角，Random coil(Cc)無規(guī)卷曲。其中Hh有150個氨基酸，占25.77%；Ee有110個氨基酸，占18.90%；Tt有52個氨基酸，占8.93%；Cc有270個氨基酸，占46.39%。Hh、Cc和Ee貫穿于整個氨基酸鏈，Tt主要分布在氨基酸鏈的第300個氨基酸之后。,6,SOMPA預(yù)測結(jié)果,7,第一步：進入SWISS-MODEL三級結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器主頁,實驗內(nèi)容2 以人MMP14序列為實例 應(yīng)用SWISS-MODEL服務(wù)器自動模式,第二步：選擇“Start

4、 Modeling” 粘入MMP14蛋白質(zhì)序列；在這里可以填寫E-mail地址，將結(jié)果發(fā)送至電子郵箱，也可以在新的網(wǎng)頁上直接展示；,8,MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPRCGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGND

5、IFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK,粘貼protein.txt中 一條蛋白質(zhì)序列,MMP,輸入用戶Email（選填）,dujuannx,9,10,選擇1slm作為模板,11,12,13,14,15,16,1. 對于以下蛋白質(zhì)序列，這是來自于什么物種的什么蛋白？用SOPMA方法預(yù)測這個蛋白的二級結(jié)構(gòu)，將預(yù)測結(jié)果第一部分整理到實驗報告里； 第36位是什么氨基酸？處于什么二級結(jié)構(gòu)？第186-192區(qū)間的氨基酸處于什么二級結(jié)構(gòu)？ 2. 用Swiss model 預(yù)測其三級結(jié)構(gòu)，利用Pymol觀察所得三級結(jié)構(gòu)，寫出所用

6、的模版蛋白PDB代碼，將二者雙序列比對的結(jié)果整理到實驗報告里。 MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTDQSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR 3. 利用pymol觀察并做出所得到三維結(jié)構(gòu)的圖，蛋白用cartoon顯示，這個蛋白包含多少個螺旋和折疊？圖片整理到實驗報告中。將SOPMA的預(yù)測的結(jié)果和Swiss model預(yù)測的結(jié)果進行對比，兩者結(jié)論是否相同？,作 業(yè),實驗報告,到網(wǎng)絡(luò)教學(xué)平臺-基因與