1、系統(tǒng)發(fā)育樹的編輯與圖形輸出* 可用于系統(tǒng)發(fā)育樹編輯與圖形輸出的軟件很多，可根據(jù)研究目的和使用習(xí)慣選擇其中的一種或幾種使用。與系統(tǒng)發(fā)育分析軟件一樣，各種編輯系統(tǒng)發(fā)育樹的軟件也可在一下網(wǎng)址下載：/phylip/software.html#Plotting http:/bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html Dendroscope的使用* 該軟件可免費(fèi)下載，地址是：rmatik.uni-tuebingen.de/software/dendrosc

2、ope * 該軟件安裝后必須注冊(cè)，否則部分功能無法解鎖，注冊(cè)密碼可在下載軟件的網(wǎng)頁(yè)內(nèi)的“Dowload”條目下點(diǎn)擊“Obtain a license key online”Use of the program requires a license. Academic licenses are freely available to all academic users. Usage in non-academic settings requires a free commerical license.All uses of the program must be acknowledged by

3、citing our paperon Dendroscope.Obtain a license key online.Your personal licence-key is: fuice GUANGXI NORMAL 一、樹的導(dǎo)入和選擇運(yùn)行“Dendroscope”，點(diǎn)擊“FileOpen”，在彈出的“打開”對(duì)話框中指定要打開的樹文件，點(diǎn)擊“確定”按鈕即可導(dǎo)入樹文件。如果一個(gè)文件中包含多棵樹，可用“TreeNext Tree”和“TreePrevious Tree”菜單命令選擇。用“FileRecent Files”可直接打開最近編輯過的樹文件。用“W

4、indowsEnter Tree”菜單命令可以在彈出的“Input”小窗口中直接用鍵盤輸入一棵Newick格式的樹。二、樹的編輯1. 分支的選擇：用“Select”菜單命令可根據(jù)需要選擇部分或全部分支?！癝electSelect All”：選擇全部分支和節(jié)點(diǎn)。用“SelectDeselect All”或?qū)⑹髽?biāo)移到非樹區(qū)域點(diǎn)擊左鍵可取消全部選擇?！癝electSelect Nodes”：選擇全部分支節(jié)點(diǎn)，包括末端分類單元；按住“Shift”鍵點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的分支節(jié)點(diǎn)。用“SelectDeselect Nodes”可取消對(duì)節(jié)點(diǎn)的選擇?！癝electSelect Edges”：選擇全部分

5、支；按住“Shift”鍵點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的分支。用“SelectDeselect Edges”可取消對(duì)分支的選擇。“SelectSelect Labeled Nodes”：選擇有標(biāo)簽的節(jié)點(diǎn)；按住“Shift”鍵點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的分支節(jié)點(diǎn)。用“SelectDeselect Nodes”可取消對(duì)這些節(jié)點(diǎn)的選擇?！癝electSelect Labeled Leaves”：選擇樹的分支末端（即樹葉leaves），按住“Shift”鍵點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的分支末端。用“SelectDeselect Nodes”可取消對(duì)這些分支末端的選擇。“SelectSelect Root”：

6、選擇樹根節(jié)點(diǎn)，用“SelectDeselect Nodes”可取消對(duì)樹根節(jié)點(diǎn)的選擇?！癝electSelect Non-terminal”：選擇不與分支末端相連的分支，按住“Shift”鍵點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的非末端分支。用“SelectDeselect Edges”可取消對(duì)這些分支的選擇?！癝electInvert Selection”：可選定與剛才的選定的對(duì)象相反的對(duì)象。例如，先用“SelectSelect Nodes”命令選定分支節(jié)點(diǎn)，則用“SelectInvert Selection”命令可轉(zhuǎn)而選定所有分支；先用“SelectSelect Non-terminal”命令選定了不與

7、分支末端相連的分支，則用“SelectInvert Selection”命令可轉(zhuǎn)而選定所有的與分支末端相連的分支；先用“SelectSelect Root”選定了樹根節(jié)點(diǎn)，則用“SelectInvert Selection”命令可轉(zhuǎn)而選定所有的非根節(jié)點(diǎn)和分支；其余類推。2. 分支塌陷、提取子樹及導(dǎo)入分類單元圖像“OptionCollapse”：Collapse selected nodes可以使選定節(jié)點(diǎn)以后的分支塌陷，合并為一個(gè)關(guān)系不確定的分支群。用“OptionUncollapse”命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用“OptionUncollapse Subtree”命令可以恢復(fù)選定節(jié)點(diǎn)以下的所

8、有塌陷的子樹。“OptionCollapse Complement”：Collapse the complement of currently selected nodes使當(dāng)前選定節(jié)點(diǎn)的互補(bǔ)分支（即與選定節(jié)點(diǎn)構(gòu)成單系的分支？）塌陷。用“OptionUncollapse”命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用“OptionUncollapse Subtree”命令可以恢復(fù)選定節(jié)點(diǎn)以下的所有塌陷的子樹。“OptionCollapse At Level”：Collapse all nodes at given depth in tree在指定的分支水平上使分支塌陷；分支水平的計(jì)算方法是從樹根算起，第1個(gè)不

9、與末端分支直接連接的分支為1級(jí)分支，1級(jí)分支之后的不與末端分支直接連接的分支為2級(jí)分支，其余類推。用“OptionUncollapse”命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用“OptionUncollapse Subtree”命令可以恢復(fù)選定節(jié)點(diǎn)以下的所有塌陷的子樹?！癘ptionExtract Subtree”：Extracts the subtree induced by the set of selected nodes提取由選定的節(jié)點(diǎn)集形成的子樹?！癘ptionLoad Taxon Images”：Load taxon images from a directory，從指定路徑導(dǎo)入分類單元圖像

10、（導(dǎo)入后若想刪除，應(yīng)該如何操作？）?！癘ptionSet Image Size”：可設(shè)置導(dǎo)入的分類單元圖像的高度?！癘ptionImage Position”：Set layout of images to the given position of label調(diào)節(jié)分類單元圖像在與分支末端標(biāo)簽（分類單元名稱）的相對(duì)位置。* 在“Option”菜單命令下還可生成不同要求的合一樹，但一般用戶不會(huì)使用該功能。3. 線條及分支末端標(biāo)簽（分類單元名稱）的編輯（1）一般特性的編輯選定分支或分支末端標(biāo)簽，點(diǎn)擊“EditFormat”菜單命令（或?qū)⑹髽?biāo)移到選定的對(duì)象上單擊右鍵，在彈出菜單中選擇“Edit Ed

11、ge Label”選項(xiàng)），在彈出來的“Format”對(duì)話框中可編輯線條粗細(xì)（Edge width）、線條形狀（Edge style）、節(jié)點(diǎn)大?。∟ode size）、節(jié)點(diǎn)形狀（Node shape）、線條和末端標(biāo)簽的顏色（在調(diào)色板Swatches中調(diào)節(jié)，要選中“Line color”和“Label color”才能調(diào)節(jié)，“Recent”小調(diào)色板記錄了最近使用過的顏色，因此，只要小調(diào)色板中有需要的顏色，也可以從小調(diào)色板中選擇調(diào)整）、標(biāo)簽的字體（Font）/字號(hào)（Size）/粗體（Bold）/斜體（Italic）甚至旋轉(zhuǎn)標(biāo)簽（“rotate labe left”和“rotate label rig

12、ht”圖標(biāo)，要使標(biāo)簽恢復(fù)原來的位置，點(diǎn)擊“ViewReposition labels”菜單命令）。（2）末端分支標(biāo)簽的查找與替換用“EditFind/Replace”菜單命令可以查找指定的末端分支標(biāo)簽并用新的標(biāo)簽替換。選定末端分支標(biāo)簽后單擊右鍵，在彈出菜單中點(diǎn)擊“Edit Node Label”選項(xiàng)將彈出“Input”對(duì)話框，在“Edit Node Label”欄內(nèi)輸入新的標(biāo)簽名稱，點(diǎn)擊“OK”按鈕即可替換原來的標(biāo)簽。4. 系統(tǒng)發(fā)育樹的圖形布局編輯使用“Tree”菜單命令可以選擇自己喜歡的或符合需要的圖形布局。5. 圖形的縮放與節(jié)點(diǎn)/線條標(biāo)簽的顯示及隱藏。（1）圖形的放大與縮?。狐c(diǎn)擊“View

13、Fully Contract ”或“ViewZoom to Fit”菜單命令可以使樹緊縮而在屏幕上顯示整棵樹的輪廓；點(diǎn)擊“ViewFully Expand ”菜單命令可以使樹的分類單元緊密排列但又可以清楚瀏覽（程序默認(rèn)的最佳顯示比例）；將鼠標(biāo)移到樹的區(qū)域內(nèi)的任何位置，滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪可調(diào)節(jié)樹的分類單元之間的間隔（即緊縮或擴(kuò)展程度），以便瀏覽；點(diǎn)擊“ViewUse Magnifier”菜單命令可以顯示放大鏡用于放大和縮小圖的顯示比例（放大鏡以魚眼方式顯示樹的分類單元之間的間隔，即屏幕中間的分類單元之間間隔最寬，兩側(cè)依次緊縮，一般情況下不必使用），再次點(diǎn)擊該命令可以隱藏放大鏡。將鼠標(biāo)移到窗口右側(cè)的滾動(dòng)

14、條區(qū)域，滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪可以上下滾動(dòng)瀏覽樹的分支，也可直接用鼠標(biāo)拖動(dòng)滾動(dòng)條或點(diǎn)擊滾動(dòng)條上下兩端的“”和“”圖標(biāo)來滾動(dòng)瀏覽。（2）節(jié)點(diǎn)/線條標(biāo)簽的顯示、隱藏及查找/替換用“ViewShow Node Labels”菜單命令可以顯示節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽，用“ViewHide Node Labels”可以隱藏節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽。用“ViewShow Edge Weights”或“ViewShow Edge Labels”菜單命令可以顯示線條標(biāo)簽，“ViewHide Edge Labels”可以隱藏線條標(biāo)簽?！癡iewSparse Labels”：Show sparse non-overlapping subset of al

15、l labels. “ViewRadial Labels”：Rotate labels to match directions of edges.“ViewReposition Labels”：Reset the positions of all labels.三、樹的輸出1. 以文本形式保存樹文件經(jīng)過編輯后的樹文件若想以文本形式保存，最好使用“FileSave As”另存，以便保留系統(tǒng)發(fā)育分析時(shí)生成的原始樹文件供不同分析時(shí)使用。保存時(shí)要注意選用合適的文件格式，可選“*.den”/“*.dendro”格式或其它格式“All Files”。若用“FileExport”菜單命令，則可選擇“Dend

16、ro”、“Newick”或“Nexus”格式。2. 以圖形形式輸出樹文件發(fā)表論文時(shí)需要使用圖形系統(tǒng)發(fā)育樹，經(jīng)過編輯后的樹可通過“FileExport image”菜單命令輸出為圖形文件。輸出圖形前可將鼠標(biāo)移到系統(tǒng)發(fā)育樹的區(qū)域內(nèi)（見圖形的縮放），通過滾動(dòng)鼠標(biāo)轉(zhuǎn)輪將分支之間的間距調(diào)整到最佳狀態(tài)，必須以矢量圖格式（*.eps）輸出圖形，以便保證圖形放大縮小時(shí)分辨率不發(fā)生改變。FigTree v1.1.2.exe使用說明* 該軟件必須在Java環(huán)境下才能運(yùn)行。FigTree requires a Java Virtual Machine to run. Many systems will alread

17、y have this installed. It requires at least version 1.5 of Java to run. The latest versions of Java can be downloaded from: / .* 該軟件可很方便地選擇樹的分支并根據(jù)需要設(shè)置不同的顏色，選擇合適的圖形布局，對(duì)樹重新賦根，調(diào)節(jié)樹的分支線的粗細(xì)，顯示或隱藏節(jié)點(diǎn)和分支標(biāo)簽及調(diào)整比例尺等，但尚不知道如何編輯分類單元名稱。一、導(dǎo)入樹文件該軟件是一個(gè)免安裝可執(zhí)行文件，可與樹文件一起拷貝到一個(gè)獨(dú)立的文件夾下使用。雙擊該程序文件，用彈出來的“打開”對(duì)

18、話框指定并打開需要編輯的樹文件。與其它許多軟件不同，該軟件必須在導(dǎo)入樹文件時(shí)才能運(yùn)行，無法空載運(yùn)行；程序啟動(dòng)后若要打開另外一個(gè)樹文件，則可點(diǎn)擊“FileOpen”菜單命令，程序?qū)⒃谝粋€(gè)新窗口中打開樹文件。二、編輯樹文件1. 查找FigTree v1.1提供了多種類型的查找功能，可用工具欄圖標(biāo)或菜單命令“EditFind Ctrl+F”打開查找功能，最常用的應(yīng)該是根據(jù)分類單元名稱查找。2. 樹的分支選擇及相關(guān)編輯：窗口上方的工具欄中有分支選擇模式圖標(biāo)，用于設(shè)置分支選擇模式（Selection Mode）。（1）節(jié)點(diǎn)選擇模式（Node）：在該選擇模式下，用鼠標(biāo)左鍵單擊分支可以選定單一分支，按住“S

19、hift”鍵用鼠標(biāo)左鍵單擊可選定多個(gè)分支，用“EditSelect all Ctrl+A”可以選定全部分支。（2）分支選擇模式（Clade）：在該模式下，用鼠標(biāo)左鍵單擊某一分支可選定組成該單系分支的所有子分支（subclade），即選定一個(gè)單系群（Monophyly）。（3）分類單元選擇模式（Taxa）：該模式用于選擇和編輯？分類單元標(biāo)簽。一旦選定全部或部分分支，窗口上方工具欄中分支選擇模式圖標(biāo)左邊的圖標(biāo)將被激活，由灰色顯示變?yōu)樯钌@示，可用于對(duì)樹進(jìn)行編輯，與這些圖標(biāo)功能對(duì)應(yīng)的菜單命令均在“Tree”菜單命令下。最常用的功能選項(xiàng)有：（1）用“Colour”圖標(biāo)設(shè)置選定分支的顏色；（2）用“Ro

20、tate”圖標(biāo)調(diào)換選定分支下的兩個(gè)二歧子分支的位置；（3）用“Reroot”圖標(biāo)以選定分支為參照重新對(duì)樹賦根。若要取消重新賦根的操作，則在窗口左邊工具欄的“Tree”選項(xiàng)下取消“Root tree”選項(xiàng)，或用“TreeClear rooting”菜單命令即可）。3. 編輯樹的圖形布局在FigTree窗口的左邊有一列工具欄（如左下圖），第一項(xiàng)即為“Layout”功能。點(diǎn)擊靠左邊的“”按鈕，可顯示該功能選項(xiàng)的下拉菜單選項(xiàng)（如右下圖）。其它功能選項(xiàng)的選擇操作與“Layout”相同。 ：這三個(gè)按鈕用于選擇樹的不同布局形狀；表示“rectangular layout”，即直角分支形狀，表示“Polar

21、layout”，表示“Radial layout”。“Zoom”：放大或縮小樹的顯示比例?！癊xpansion”：調(diào)整分支之間的距離?！癋ish Eye”：調(diào)整樹的廣角效果，即中間分支間隔較寬，上下兩邊分支間隔較窄?！癛oot Length”：調(diào)整根的長(zhǎng)度?！癈urvature”：調(diào)整分支的曲度“Align Tip Label”：選擇物種名稱（或標(biāo)識(shí)符）是否右對(duì)齊。選擇“Polar layout”形狀時(shí)，將出現(xiàn)以下幾個(gè)選項(xiàng)：“Root angle”、“Aangle range”、“Root length”可供調(diào)節(jié)。若需對(duì)樹的形狀作更多的調(diào)整，需要使用窗口左邊工具欄中“Tree”選項(xiàng)下的“Ord

22、er nodes”和“transform branches”選項(xiàng)，前者可以按節(jié)點(diǎn)順序（升序increasing或降序decreasing）排列樹的分支，后者可按“等長(zhǎng)”（equal）、“進(jìn)化分支圖”（cladogram）和“根據(jù)比例顯示”（proportional）等顯示樹的形狀。4. 選擇樹：用“Current tree”選項(xiàng)可以選擇需要顯示和編輯的樹（如果樹文件中保存有多棵樹），也可以通過“TreeNext tree/Previous tree”來選擇。5. 調(diào)整分支線條粗細(xì)：用“Appearance”選項(xiàng)下的“Line weight”選項(xiàng)可以調(diào)整樹的分支線條粗細(xì)（左下圖）。 6. 調(diào)整樹

23、：用“Tree”選項(xiàng)可以對(duì)樹根“root tree”、節(jié)點(diǎn)順序order nodes和分支改變（transform branches）等進(jìn)行調(diào)整；“transform branches”選項(xiàng)下有“equal”、“cladogram”（進(jìn)化分支圖，進(jìn)化樹）和“proportional”三個(gè)選項(xiàng)。調(diào)整樹的更多選項(xiàng)可參考“2. 樹的分支選擇及相關(guān)編輯”和“3. 編輯樹的圖形布局”。7. 調(diào)整樹的末端標(biāo)簽：用“Tip labels”選項(xiàng)可以對(duì)樹的末端標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置。 8. 調(diào)整節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽：用“Node labels”選項(xiàng)可以對(duì)樹的節(jié)點(diǎn)標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置。9. 調(diào)整分支標(biāo)簽：用“Branch lab”選項(xiàng)可以對(duì)樹

24、的分支標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置。 10. 調(diào)整比例尺：用“Scale Bar”選項(xiàng)可以對(duì)比例尺進(jìn)行設(shè)置。11. 調(diào)整比例尺基準(zhǔn)線（Axis）：用“Scale axis”選項(xiàng)可以對(duì)樹的比例尺基準(zhǔn)線進(jìn)行設(shè)置。三、輸出樹文件1. 以文本形式保存樹文件經(jīng)過編輯后的樹文件若想以文本形式保存，最好使用“FileSave As”另存，以便保留系統(tǒng)發(fā)育分析時(shí)生成的原始樹文件供不同分析時(shí)使用。2. 以圖形形式輸出樹文件發(fā)表論文時(shí)需要使用圖形系統(tǒng)發(fā)育樹，經(jīng)過編輯后的樹可通過“FileExport Graphic Ctrl+E”菜單命令輸出為圖形文件。FigTree以某些格式輸出圖形文件時(shí)背景色為彩色，這是軟件本身的缺陷，因此

25、輸出時(shí)要選用那些背景色為白色的圖形格式。TreeView的使用一、樹的導(dǎo)入和選擇運(yùn)行Treeview，點(diǎn)擊“FileOpen”菜單命令，在“打開”對(duì)話框中將“文件類型”設(shè)置為“All files（*.*）”，選定要打開的樹文件，點(diǎn)擊“打開”按鈕即可導(dǎo)入樹文件。也可直接在相應(yīng)的文件夾下選定要打開的樹文件，點(diǎn)擊右鍵，在彈出的菜單中選擇“打開”，然后在彈出的“打開方式”對(duì)話框中選擇“TreeView”，點(diǎn)擊“確定”按鈕。當(dāng)一個(gè)樹文件中包含有多棵樹時(shí)，用TreeView打開文件時(shí)顯示的是文件中的第1棵樹。要顯示其它的樹，可通過“TreeChoose”菜單命令選擇或直接使用窗口上方的工具欄圖標(biāo)；前一種方

26、式可任意選擇，后一種方式只能按順序選擇。二、樹的編輯1. 樹的圖形形狀選擇（1）樹的形狀風(fēng)格（Tree style）可直接通過窗口上方工具欄圖標(biāo)選擇。通過“EditPreferences”菜單命令選擇，在彈出來的“Preferences”窗口的“Tree style標(biāo)簽”中為何不能設(shè)置樹的形狀風(fēng)格？“Radial tree”：無根樹，與“TreeUnrooted”菜單命令對(duì)應(yīng)。“Cladogram”：與“TreeSlanted cladogram”菜單命令對(duì)應(yīng)?！癛ectangular cladogram”：與“TreeRectangular cladogram”菜單命令對(duì)應(yīng)?！癙hylogr

27、am”：與“TreePhylogram”菜單命令對(duì)應(yīng)。（2）樹的節(jié)點(diǎn)順序：可通過“TreeOder”菜單命令進(jìn)行設(shè)置。2. 樹的分支編輯通過“EditEdit tree Ctrl+E”菜單命令，可以打開“Tree Editor”窗口對(duì)樹進(jìn)行編輯。“Tree Editor”窗口上方工具欄中有一排快捷編輯圖標(biāo)，各圖標(biāo)的功能如下：“Move branch”：“Collapse branch”：打破該分支與鄰近分支之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。要恢復(fù)被打破的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，點(diǎn)擊“EditUndo Collapse branch”菜單命令即可；該命令只能恢復(fù)前一步的操作，無法前幾步的操作?！癈ollapse clade”：打破該分支上的所有分類單元間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系?；謴?fù)操作則點(diǎn)擊“EditUndo Col