1、1,劉春艷 北京大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館信息咨詢部 liucy,PubMed生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法與技巧,2,主要內(nèi)容,PubMed概況 PubMed數(shù)據(jù)來源 PubMed檢索機制 PubMed檢索運算符 PubMed檢索方法 結(jié)果的顯示、打印、保存 其他輔助功能,3,1. PubMed概況,創(chuàng)建機構(gòu)：美國國家醫(yī)學(xué)圖書館下設(shè)的美國生物技術(shù)信息中心(NCBI) 1997年6月開始向全球開放 特色：具有收錄范圍廣（免費）、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻還可在網(wǎng)上直接免費獲得全文。,4,2. PubMed數(shù)據(jù)來源,MEDLINE： pubmed-indexed for medline In

2、Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。pubmed-in process Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻，每條記錄標有PubMed-as supplied by Publisher。,5,3. PubMed檢索機制,自動轉(zhuǎn)換匹配功能 (Automatic Term Mapping) Leukemia leukaemiaAll Fields OR leukemiaMeSH Terms OR leukemiaAll Fields,6,對于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進行對照匹配和轉(zhuǎn)換，再進行檢索。詞表匹

3、配轉(zhuǎn)換順序是： MeSH表 期刊刊名表 短語表 作者索引 如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程，檢索時各個詞之間是AND邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是AND邏輯關(guān)系。,3.1 自動轉(zhuǎn)換匹配功能,7,人重組三葉因子（human recombinant trefoil factor）,(humansMeSH Terms OR humansAll Fields OR humanAll Fields) AND recombinantAll Fields AND (trefoil factorSupp

4、lementary Concept OR trefoil factorAll Fields),8,4. PubMed檢索運算符,邏輯運算符,9,邏輯運算符,邏輯“與”運算AND： 檢索式寫成A and B，表示文獻中同時包含檢索詞A和檢索詞B的文獻才是命中文獻。 AIDS and therapy 邏輯“或”運算OR： 檢索式寫成A or B，表示包含檢索詞A的文獻或者包含檢索詞B的文獻或者同時包含檢索詞A和B的文獻為命中文獻。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome 邏輯“非”運算NOT： 檢索式寫成A not B，表示包含檢索詞A同時不包含檢索詞

5、B的文獻為命中文獻。 Hepatitis not Animal,10,IP地址：,PubMed 網(wǎng)址,11,基本檢索,高級檢索,主題檢索,臨床咨詢,臨床實驗,12,5. PubMed檢索方法,5.1 基本檢索 5.2 高級檢索 5.3 主題檢索 5.4 臨床咨詢,13,5.1 基本檢索,默認檢索字段為主題、作者、期刊,14,關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語： 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、Lung cancer； 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； 帶有連接號”-”作為一個詞組檢索（英文可以，中文不行）：interleukin-

6、6。 限制檢索字段：如liver cancerti 作者：Smith J 、 僅知道作者姓，則必須加上字段標識，如： Smithau 2002年以后的文獻若文中有作者全稱可用全稱檢索 如：Joshua Lederberg,5.1 基本檢索,15,期刊刊名： 可用期刊全稱：GENE THERAPYTA； 可用期刊簡稱：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association) 復(fù)雜表達式：liver cancer AND therapy 帶有摘要文獻的檢索 ：liver cancer AND hasabstract,5.1 基本檢索,16,分

7、析該檢索課題，包含兩個方面： 肝癌：liver cancer； 酒精：alcohol 兩個主題之間的邏輯關(guān)系是AND，即 liver cancer AND alcohol,基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系,17,基本檢索舉例：肝癌和酒精的關(guān)系,輸入：liver cancer AND alcohol,18,“肝癌和酒精的關(guān)系”的基本檢索結(jié)果,19,5.2 高級檢索,高級檢索,20,5.2 高級檢索,21,5.2 高級檢索,22,分析該檢索課題，包含兩個方面： 作者為：馬大龍（ma dl）； 作者單位為： 北京大學(xué)（peking university）。,高級檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的

8、文獻,23,高級檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻,輸入：ma dl,輸入：peking university,24,高級檢索舉例：北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部馬大龍教授發(fā)表的文獻,25,5.3 主題檢索,根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標引的規(guī)范性，利用主題詞進行的研究，對提高查全率、查準率會有相當(dāng)?shù)膸椭?點擊MeSH Database打開主題檢索界面,26,高級檢索,主題檢索,基本檢索,27,5.3 主題檢索,28,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,分析該檢索課題，有2個概念：長春新堿（Vincristine ） 、白血?。╨eukemia）

9、： 對長春新堿來說是利用其治療疾病，故其應(yīng)組配副主題詞“治療應(yīng)用（therapeutic use）”； 對白血病來說是利用藥物來治療，故其應(yīng)組配副主題詞“藥物療法（drug therapy）”。 同時這兩個概念之間是AND的關(guān)系。,29,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,30,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,31,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,第1步：檢索長春

10、新堿/治療應(yīng)用,副主題詞,32,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,33,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,第1步：檢索長春新堿/治療應(yīng)用,34,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,第2步：檢索白血病/藥物療法,35,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,第2步：檢索白血病/藥物療法,36,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血

11、病（leukemia）的文獻,第2步：檢索白血病/藥物療法,37,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,第2步：檢索白血病/藥物療法,38,主題檢索舉例： 長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,39,5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)臨床方面的文獻，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預(yù)后等； 也可以用它來檢索臨床實踐過程中遇到的一些具體問題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗、循證醫(yī)學(xué)、實踐指導(dǎo)以及有關(guān)遺傳學(xué)方面的問題等。,40,5.4 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,臨床咨詢,系統(tǒng)評價,檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)

12、研究方面的文獻,41,42,6. 結(jié)果的顯示、打印、保存,顯示 保存、打印,43,6.1 結(jié)果的顯示,顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多，一般較常用的有以下4種： （1）Summary：為默認顯示格式。顯示的信息包括文獻的標題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻的原文語種等。 （2）Abstract：顯示信息除了文獻標題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻詳細內(nèi)容。,44,（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、MeSH、文獻ID、出版狀態(tài)等。,6.1 結(jié)果

13、的顯示,45,6.1 結(jié)果的顯示,46,6.1 結(jié)果的顯示,47,保存記錄 在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。 選擇“E-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。 在檢索結(jié)果顯示頁面可將某一次檢索的全部記錄或標記記錄保存；而“Clipboard”頁面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。,6.2 檢索結(jié)果的保存,48,6.2 檢索結(jié)果的保存,49,6.2 檢索結(jié)果的保存,50,6.2 檢索結(jié)果的保存,51,7 其他輔助功能,7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用 7.2 全文鏈接 7.3 相關(guān)文獻鏈接,52,7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用,使用My NCBI(Cubby) 首先要登記注冊 保存檢索策略（save search） 定期瀏覽新的檢索結(jié)果（注冊時設(shè)置，自動按照檢索式定期重新檢索出文章）,53,7.2 全文鏈接-摘要格式顯示,54,7.2 全文鏈接-打開單篇詳細頁面,55,7.3 相關(guān)文獻鏈接,56,7.3 相關(guān)文獻鏈接,57,Estrogen Receptors gene polymorphism Cardiovascular disease,58,Ocular tuberculosis(副主題詞：并發(fā)癥) Blindness（副主題詞：并發(fā)癥）,59