1、MEGA 6 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),MEGA,全稱(chēng)是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 即分子進(jìn)化遺傳分析 MEGA 可用于序列比對(duì)、進(jìn)化樹(shù)的推斷、估計(jì)分子進(jìn)化速度、驗(yàn)證進(jìn)化假說(shuō)等。,下載網(wǎng)址：,分子進(jìn)化分析介紹,分子進(jìn)化研究的目的：從物種的一些分子特性出發(fā)，從而了解物種之間的生物系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系。 蛋白和核酸序列 通過(guò)序列同源性的比較進(jìn)而了解基因的進(jìn)化以及生物系統(tǒng)發(fā)生（即生物系統(tǒng)如何行使功能）的內(nèi)在規(guī)律。 分子進(jìn)化研究的基礎(chǔ) 基本理論：在各種不同的發(fā)育譜系及足夠大的進(jìn)化時(shí)間尺度中，許多序列的進(jìn)化速率幾乎是恒定不變的。（分子鐘理論， Molecular c

2、lock 1965 ） 實(shí)際情況：雖然很多時(shí)候仍然存在爭(zhēng)議，但是分子進(jìn)化確實(shí)能闡述一些生物系統(tǒng)發(fā)生的內(nèi)在規(guī)律。 （用于分子進(jìn)化分析中的序列必須是直系同源的，才能真實(shí)反映進(jìn)化過(guò)程。）,系統(tǒng)發(fā)生樹(shù),系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（英文：Phylogenetic tree）又稱(chēng)為演化樹(shù)（evolutionary tree）。以樹(shù)的表現(xiàn)形式，描述被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系。 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分有根(rooted)和無(wú)根(unrooted)樹(shù)。 有根樹(shù)反映了樹(shù)上物種或基因的時(shí)間順序，而無(wú)根樹(shù)只反映分類(lèi)單元之間的距離而不涉及誰(shuí)是誰(shuí)的祖先問(wèn)題。,有根樹(shù)與無(wú)根樹(shù),兩個(gè)臨近的分支的連接處稱(chēng)為節(jié)點(diǎn)（node） 表示推斷祖先的現(xiàn)存

3、類(lèi)群在樹(shù)最底部的分支點(diǎn)成為根節(jié)（root node） 分支（branches） 分類(lèi)（taxa，the singular form is taxon),一、參考序列選擇原則：,a，不選非培養(yǎng)(unclutured)微生物為參比； b，所選參考序列要正確，里面無(wú)錯(cuò)誤堿基； c，在保證同屬的前提下，優(yōu)先選擇16S rDNA全長(zhǎng)測(cè)序或全基因組測(cè)序的種； d，每個(gè)種屬選擇一個(gè)參考序列，如果自己的序列中同一屬的較多，可適當(dāng)選擇兩個(gè)參考序列。 界 門(mén) 綱 目 科 屬 種,二、序列比對(duì),1、打開(kāi)txt或fasta格式的序列,2、用ClustalW做多序列比對(duì)，比對(duì)結(jié)果輸出為meg文件,MEGA只能打開(kāi)meg

4、格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比對(duì)文件轉(zhuǎn)換過(guò)來(lái)，用.aln格式（Clustal的輸出文件）轉(zhuǎn)換.meg文件。 點(diǎn)File:Convert to MEGA Format，打開(kāi)轉(zhuǎn)換文件對(duì)話框，從目的文件夾中選文件，點(diǎn)擊打開(kāi)。 轉(zhuǎn)換好的meg文件，會(huì)彈出一個(gè)提示信息，點(diǎn)擊ok。,三、構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),主菜單File:open a file打開(kāi)比對(duì)結(jié)果.meg的文件,主窗口舉例選擇鄰位相連法（Neighbor-joining）建樹(shù)。 結(jié)果輸出：這個(gè)過(guò)程所耗時(shí)間和序列的數(shù)量和長(zhǎng)短成正比，程序就會(huì)產(chǎn)生一個(gè)樹(shù)。,四、進(jìn)化樹(shù)的優(yōu)化,1、利用該軟件可得到不同樹(shù)型 2、為了美觀，也是為了滿(mǎn)足發(fā)表文章的要求，需

5、要對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行樹(shù)形、字體、字號(hào)的修改： 點(diǎn)擊View，選擇Options。彈出窗口中，在Tree標(biāo)簽中可以修改枝與枝之間的距離（Taxon Separation）、枝長(zhǎng)（Branch Length）和樹(shù)寬（Tree Width），調(diào)整至美觀即可。Branch標(biāo)簽中，可以選擇勾選“Hide values lower than %”，一般隱藏50%以下的數(shù)值。其他的參數(shù)可以自行研究，一般默認(rèn)即可。點(diǎn)擊主菜單欄里的Image，保存成.pdf等,這之后用其他軟件編輯圖片。即可更改字體字號(hào)再導(dǎo)成圖片就可以了。,五、總結(jié),構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的一般原則 1、可靠的待分析數(shù)據(jù)； 2、準(zhǔn)確的多序列比對(duì)； 3、選擇合適的建樹(shù)方法： 序列相似程度高，MP最大簡(jiǎn)約性法（Maximum Parsimony methods）首選； 序列相似程度較低，距離法即除權(quán)配對(duì)法（UPGMAM）和鄰位相連法（Neighbor-joining）； 其他，ML最大可能性法（Maximum Lik