1、第四章 WebLabViewer工具軟件,WebLab Viewer 是由美國Molecular Simulations Inc (MSI)公司開發(fā)的一個顯示分子結(jié)構(gòu)和化學(xué)信息的化學(xué)專業(yè)軟件。它可以用于構(gòu)建、顯示分子三維空間構(gòu)型 ,表現(xiàn)生物分子和晶體結(jié)構(gòu)的能力也比較強。,WebLab ViewerPro安裝與啟動: 在WebLab Viewer文件夾中找到名稱為4.0的文件夾，雙擊后將該文件夾打開?？梢灾苯与p擊WebLab ViewerPro的快捷方式 。,1. 不同的三維風(fēng)格展示化合物模型,棍狀圖(Stick) 球棍(ball and stick) CPK 多面體(Polyhedron) 圖

2、4-1 WebLab Viewer顯示維生素E的不同方式,WebLab ViewerPro在化學(xué)教育中的應(yīng)用 :,2. 顯現(xiàn)生物分子結(jié)構(gòu),蛋白質(zhì)(Porin),胰島素(Insulin),3. 構(gòu)建簡單的分子結(jié)構(gòu),4. 手動查詢、修改、編輯、設(shè)定分子結(jié)構(gòu)的一系列參數(shù),5. 構(gòu)建晶體結(jié)構(gòu),6. 提供分子結(jié)構(gòu)的參數(shù)信息,WebLab ViewerPro使用基礎(chǔ): WebLab ViewerPro界面結(jié)構(gòu) 工具欄的調(diào)用 菜單View(視圖) /Tool Bar（工具欄） 基本的工具欄包含： Main Tools（主要工具欄） (教材表41) Tools Palette（工具調(diào)色板） (表42) Bui

3、lder Tools（結(jié)構(gòu)工具欄） (表43),WebLab ViewerPro的文件操作 文件的打開 : Open Location（打開位置）命令 -可打開網(wǎng)上的文件 文件的存儲: 提供了12種不同的存儲格式，默認(rèn)格式為*.msv。 在Office和其他繪圖軟件中進(jìn)行調(diào)用:先用*.msv的格式進(jìn)行存儲，再用.bmp、.jpg、.gif格式進(jìn)行保存 。,視圖功能的使用 : 打開觀察范例文件,其他視圖功能的選擇 View(視圖)菜單Fit to Screen（適合屏幕） 或者在 Main Tools（主要工具欄）中選擇按鈕 View(視圖)菜單Spin（連續(xù)旋轉(zhuǎn)）命令 View(視圖)菜單/O

4、ptions(改變背景顏色）,View（視圖）菜單/Display Style（顯示風(fēng)格）命令 或者在Main Tools中選擇風(fēng)格設(shè)置按鈕,View（視圖）菜單的簡介 :,風(fēng)格設(shè)置：,Atom Display Styles（原子顯示風(fēng)格）,Label Display Styles（標(biāo)簽顯示風(fēng)格） 注：先選Tools（工具）/Labels（標(biāo)簽）/Add（添加）命令,Protein Display Styles（蛋白質(zhì)顯示風(fēng)格）,DNA/RNA Display Styles（DNA/RNA顯示風(fēng)格）,基本化學(xué)分子結(jié)構(gòu)的繪制 鏈狀分子繪制:調(diào)色板工具欄 (Tool Palltte) 畫筆(Ske

5、tch)工具和鏈(Chain)工具:,加氫工具(add hydorgens),優(yōu)化工具(Clean Structure),設(shè)置鍵的類型 : 菜單modify（命令）/Bond（鍵） 或者在Builder Tools工具欄中選擇 環(huán)狀分子的繪制 畫環(huán)工具,按Ctrl鍵則畫芳香鍵,Modify(命令)菜單/Element（元素）/Table（表格） 或者在Builder Tools工具欄中 或者鼠標(biāo)右鍵/Change Element,設(shè)置原子類型,文本的使用,注解工具的使用 文本框 文本插圖編號,Tools Palette（工具調(diào)色板）:,注:文本輸入只支持英文.,文本修改： 鼠標(biāo)右鍵/,手動檢查

6、及調(diào)整結(jié)構(gòu),Tools（工具） /Monitors（監(jiān)視）/Distance（距離） 測量: 任何兩個相鄰的原子-鍵長 任意兩個原子之間的距離 (先按住shift鍵選擇 ),Tools（工具）/ Monitors（監(jiān)視）/Angle（角度） 測量:鍵角(先按住shift鍵選擇任何三個相鄰的原子),去掉顯示出的角度、距離等:Tools（工具）/Monitors（監(jiān)視）/Remove（撤消）,顯示鍵長：選取一個鍵 若出現(xiàn)Torsion（扭轉(zhuǎn)）的角度,先去掉顯示出的角度、距離等Tools（工具）/Monitors（監(jiān)視）/Remove（撤消）,再選取Monitors（監(jiān)視）/Distance 顯示鍵

7、角：選取兩個相連的鍵,或:Measure（測量工具）(Main Tools),顯示扭轉(zhuǎn)角度： 菜單欄選擇Tools（工具）/Monitors（監(jiān)視）/Torsion（扭轉(zhuǎn)） 或 工具欄點擊選取一個鍵并拖動鼠標(biāo)。,例：乳酸(羥基丙酸),課后練習(xí)：怎樣構(gòu)建乳酸手性分子結(jié)構(gòu)？怎樣利用WebLabViewer軟件 顯示乳酸分子的手性？,手性分子，是化學(xué)中結(jié)構(gòu)上鏡像對稱而又不能完全重合的分子。這兩種分子互為同分異構(gòu)體，這種異構(gòu)的形式成為手性異構(gòu)，有R型和S型兩類。 R/S標(biāo)記法是根據(jù)手性碳原子上所連的四個原子或原子團(tuán)在空間的排列方式來標(biāo)記的。 R拉丁字Rectus（右）； S 拉丁字Sinister（左

8、）,顯示手性：Tools（工具）/Monitors（監(jiān)視）/Chirality（手性）,顯示氫鍵: Tools（工具） /Monitors（監(jiān)視）/H Bond（氫鍵）,【例】請顯示水分子中的氫鍵。,思考題：怎樣利用WebLabViewer軟件 確定水分子的氫鍵數(shù)？,晶體結(jié)構(gòu)的繪制,菜單 Tools（工具）/Crystal Cell（晶胞） Cell Builder（晶體構(gòu)建參數(shù)）窗口:包括Cell Parameters（晶胞參數(shù)）、Space Groups（空間組群標(biāo)簽）和Preference（可選項）,繪制晶體模型的基本方法,CsCl,NaCl,BuckyBall,Bucky tube碳納米管；巴基管,Diamond,窗口菜單的使用,New Hierarchy Window（