1、PubMed數(shù)據(jù)庫檢索石金,1,高級(jí)培訓(xùn),PubMed數(shù)據(jù)庫檢索,PubMed及NCBI相關(guān)數(shù)據(jù)庫 認(rèn)識(shí)PubMed PubMed檢索方法 PubMed定題推送服務(wù),2,高級(jí)培訓(xùn),PubMed及相關(guān)數(shù)據(jù)庫,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美國國立生物技術(shù)信息中心) NCBI是目前國際上幾個(gè)重要分子生物信息網(wǎng)站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員Claude Pepper發(fā)現(xiàn)計(jì)算信息處理方法對(duì)生物醫(yī)學(xué)研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（

2、NIH）底下的National Library of Medicine（NLM）的部門之一。由于NLM具有建立與維護(hù)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫經(jīng)驗(yàn)，且因它是NIH的單位，因此可執(zhí)行計(jì)算分子生物計(jì)劃。NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學(xué)研究單位。 NCBI成立的主要任務(wù)為： 提供生物醫(yī)學(xué)的分析與計(jì)算工具，協(xié)助研究人員了解生物的語言-DNA在健康與疾病中所扮演的角色 發(fā)展新技術(shù)協(xié)助了解調(diào)控健康與疾病的基本分子與遺傳過程， 包括建立儲(chǔ)存與分析分子生物、生化與遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)系統(tǒng)；促進(jìn)研究與醫(yī)學(xué)社群使用數(shù)據(jù)庫與軟件；協(xié)調(diào)生物技術(shù)信息的傳遞與管理；執(zhí)行以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的進(jìn)階信息分析過程，用以分析生物重要分子的結(jié)構(gòu)與功能。

3、,3,高級(jí)培訓(xùn),可檢索的數(shù)據(jù)庫,Books 出版社提供之?dāng)?shù)字生醫(yī)圖書與醫(yī)生參考書籍?dāng)?shù)據(jù)庫 Cancer Chromosomes 美國國立癌癥研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer數(shù)據(jù)庫里已經(jīng)整合好的cytogenetic、臨床與文獻(xiàn)相關(guān)數(shù)據(jù) Conserved Domain Database（CDD），蛋白質(zhì)功能區(qū)塊保留序列數(shù)據(jù)庫 3D Domains，蛋白質(zhì)功能區(qū)塊立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù) Gene，包含許多物種的基因數(shù)據(jù)庫 Genome，包含超過800種物種的基因組數(shù)據(jù)庫 GENSAT，小鼠中樞神經(jīng)系統(tǒng)基因表現(xiàn)圖譜 GEO D

4、atasets，基因表現(xiàn)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù) GEO Profiles，基因表現(xiàn)圖譜 HomoloGene，同源基因批注數(shù)據(jù)庫 Journals，期刊文獻(xiàn)（包含PubMed） MeSH，醫(yī)學(xué)主題詞數(shù)據(jù)庫 NCBI Web Site，所有NCBI網(wǎng)頁 NLM Catalog，美國國立醫(yī)學(xué)圖書館館藏書目、期刊、視聽數(shù)據(jù)目錄 Nucleotide sequence database，核酸序列數(shù)據(jù)庫（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列數(shù)據(jù)庫）,4,高級(jí)培訓(xùn),可檢索的數(shù)據(jù)庫,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人類遺傳疾病相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)

5、據(jù)庫 PopSet，族群演化分析相關(guān)研究資料 Protein sequence database，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等數(shù)據(jù)庫與從GenBank、RefSeq核酸序列轉(zhuǎn)譯之蛋白質(zhì)序列資料） PubChem BioAssay，化學(xué)成分之生物活性篩選資料 PubChem Compound，小分子化學(xué)物質(zhì)結(jié)構(gòu) PubChem Substance，具生物活性之化學(xué)物質(zhì)篩選數(shù)據(jù) PubMed，科學(xué)文獻(xiàn)報(bào)導(dǎo)數(shù)據(jù)庫 PubMed Central，科學(xué)文獻(xiàn)數(shù)字全文數(shù)據(jù)庫 Site Search，可搜尋NCBI的網(wǎng)頁與FTP SNP，單點(diǎn)核酸多樣性數(shù)據(jù)庫(dbSNP

6、) Structure，分子模型數(shù)據(jù)(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白質(zhì)為基礎(chǔ)的分類學(xué)信息 UniGene，人類unique基因序列數(shù)據(jù)庫 UniSTS，unique序列卷標(biāo)地址數(shù)據(jù)庫,5,高級(jí)培訓(xùn),/pubmed,常用工具,Welcome to PubMed,使用幫助,更多服務(wù),檢索詞輸入框,認(rèn)識(shí)PubMed,6,高級(jí)培訓(xùn),出處SO,篇名TI,作者AU,文獻(xiàn)類型(狀態(tài)),Summary,結(jié)果篩選,檢索提示,7,高級(jí)培訓(xùn),調(diào)整顯示設(shè)置 可改變顯示模 式，顯示數(shù)量 及檢索結(jié)果排 序,顯示摘要,顯示數(shù)量,排序模式,8,高級(jí)培訓(xùn),在摘要顯示模 式下可

7、以看到 詳細(xì)的文獻(xiàn)信 息,作者地址,文獻(xiàn)摘要,文獻(xiàn)作者,文獻(xiàn)篇名,全文鏈接,9,高級(jí)培訓(xùn),非英文的文獻(xiàn) 篇名上有中括 號(hào) 且注明 有語種,英文文獻(xiàn),土耳其語, 篇名 ,英文文獻(xiàn),10,高級(jí)培訓(xùn),電子優(yōu)先即最 新文獻(xiàn)，一般 比印刷出版提 前三個(gè)月以上,電子優(yōu)先,2009年5月,2008年9月,11,高級(jí)培訓(xùn),PubMed檢索方法,PubMed基本檢索 PubMed高級(jí)檢索 PubMed主題檢索 臨床查詢檢索,12,高級(jí)培訓(xùn),PubMed基本檢索,在檢索框中鍵入一個(gè)或多個(gè)英文單詞（大寫或小寫均可），點(diǎn)擊GO按鈕，PubMed系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在主題詞表，期刊名表，短語表及作者索引中查詢與輸入的詞相匹配的形

8、式，這就是它特有的“自動(dòng)詞匯匹配功能”。 例如：檢索腫瘤 (cancer)方面的文章。 在檢索框中輸入：“cancer”，再點(diǎn)擊“Go”按鈕。 PubMed將自動(dòng)地利用它的“自動(dòng)詞匯匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中規(guī)范的用詞進(jìn)行檢索，比如，檢索“cancer” 將自動(dòng)轉(zhuǎn)換為：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields,13,高級(jí)培訓(xùn),自由詞檢索時(shí) PubMed自動(dòng) 將不規(guī)范的詞 轉(zhuǎn)換成規(guī)范的 詞進(jìn)行檢索,自動(dòng)詞匯轉(zhuǎn)換,PubMed基本檢索,14,高級(jí)培訓(xùn),布爾邏輯組合 檢索，

9、常用的 邏輯關(guān)系詞有 AND，OR， NOT等,邏輯與（AND） -檢出記錄中同時(shí)含有檢索詞A和檢索詞B. 如：A AND B,邏輯非（NOT） -在含檢索詞A的記錄中，去掉含檢索詞B的記錄。 如：A NOT B,邏輯或（OR） -檢出記錄中含有檢索詞A或檢索詞B或同時(shí)含有檢索詞A和B的文獻(xiàn)。 如：A OR B,PubMed基本檢索,15,高級(jí)培訓(xùn),作者姓名檢索 按照姓+名縮寫（不用標(biāo)點(diǎn)）的格式鍵入作者姓名，如：smith ja或jones k, 系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索。姓名第一個(gè)字母可用大寫也可用小寫，姓前名后,姓用全稱，名字一般用縮寫。 考慮到作者姓名的不同形式，PubMed采用自

10、動(dòng)轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行作者姓名檢索，如：smith j將檢索成smith ja, smith jb, smith jr 等。 精確檢索：可以用雙引號(hào)將作者名引起來，再加作者字段限定AU，如：smith jau，這樣可避免PubMed自動(dòng)轉(zhuǎn)換，實(shí)現(xiàn)精確查找。,PubMed基本檢索,16,高級(jí)培訓(xùn),作者姓名檢索 按照姓(全寫) +名(縮寫)， 之間不用標(biāo)點(diǎn) 鍵入作者姓名,smith j,PubMed基本檢索,17,高級(jí)培訓(xùn),精確檢索避免 PubMed自動(dòng) 詞匯轉(zhuǎn)換，實(shí) 現(xiàn)精確查找,smith jau,PubMed基本檢索,18,高級(jí)培訓(xùn),期刊檢索 在檢索框中鍵入期刊名，如：molecular biolog

11、y of the cell，系統(tǒng)的“自動(dòng)詞語匹配”功能會(huì)將它轉(zhuǎn)換成mol biol celljournal進(jìn)行檢索。 也可以直接輸入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：mol biol cell，或者是輸入刊物的ISSN（國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進(jìn)行檢索，如：1059-1524。 如果一個(gè)雜志名恰好是主題詞或關(guān)鍵詞，如：cancer， science，cell等，PubMed會(huì)首先將這些詞轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中的主題詞進(jìn)行檢索。因此，需要將檢索請(qǐng)求進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，即在雜志名后面加TA。如：cellta,PubMed基本檢索,19,高級(jí)培訓(xùn),期刊的一般檢 索，是在檢索 輸入框中鍵入 期刊名或期刊 的

12、ISSN號(hào),Eur J Immunol,PubMed基本檢索,20,高級(jí)培訓(xùn),期刊的標(biāo)準(zhǔn)檢 索，是在期刊 名后面加字段 限定TA. 比 如:cellta,cellta,PubMed基本檢索,21,高級(jí)培訓(xùn),期刊數(shù)據(jù)庫在 PubMed首頁 導(dǎo)航欄的右下 角部分,期刊數(shù)據(jù)庫,PubMed基本檢索,22,高級(jí)培訓(xùn),截詞檢索 截詞檢索的作用：擴(kuò)大檢索范圍，提高查全率。 截詞符：用*表示，代表多個(gè)字符，將*加在檢索詞后可以表示對(duì)所有以該詞開頭的詞進(jìn)行檢索。 如：bacter*，可以檢出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600個(gè)單詞。,PubMed基

13、本檢索,23,高級(jí)培訓(xùn),截詞檢索可以 擴(kuò)大檢索范圍 提高查全率。,bacter*TI,PubMed基本檢索,24,高級(jí)培訓(xùn),字段限制檢索 采用字段限制方式進(jìn)行檢索，其規(guī)則是： 檢索詞1字段標(biāo)識(shí) 邏輯運(yùn)算符 檢索詞2字段標(biāo)識(shí) 如：查找作者為crick在1993年發(fā)表的有關(guān)DNA方面的文獻(xiàn). DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本檢索,25,高級(jí)培訓(xùn),字段限制檢索 其規(guī)則是：檢 索詞+字段 標(biāo)識(shí),DNAmh AND crickau AND 1993dp,PubMed基本檢索,26,高級(jí)培訓(xùn),常用檢索字段描述和標(biāo)識(shí) Titleti：篇名字段 Abstractab：

14、摘要字段 Affiliation ad：著者地址字段。 Author nameau：文章的作者，檢索格式：姓+名。如：smith jaau Journal titleta：期刊名稱。如：cellta Languagela：論文出版語種。語種檢索時(shí)可只輸入前3個(gè)字母，如：chila=chinesela；Englishlang=engla 比如：檢索文章題目中含有高血壓的中文文獻(xiàn) 檢索式:hypertensionti AND chila,PubMed基本檢索,27,高級(jí)培訓(xùn),hypertensionti AND chila,檢索文章題目 中含有高血壓 的中文文獻(xiàn),PubMed基本檢索,28,高級(jí)培

15、訓(xùn),常用檢索字段描述和標(biāo)識(shí) Publication datedp: 出版日期。 日期檢索的形式為：YYYY/MM/DDDP 檢索一段時(shí)期內(nèi)的文章，日期之間可以加冒號(hào)，如： 1993/01:1995/06DP Publication typept: 出版類型。有綜述，新聞，傳記，臨床試驗(yàn)等。 如：reviewpt MeSH termsmh：主題詞字段。如：hypertensionmh Subheadingssh: 副主題詞。與主題詞組配檢索. 比如：檢索1995年到1996年出版的關(guān)于高血壓方面的綜述性文獻(xiàn) hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND rev

16、iewpt,PubMed基本檢索,29,高級(jí)培訓(xùn),檢索 1995 年 到 1996 年出 版的關(guān)于高血 壓方面的綜述 性文獻(xiàn),hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt,PubMed基本檢索,30,高級(jí)培訓(xùn),強(qiáng)制檢索功能 PubMed允許使用雙引號(hào)來強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語檢索。 如：在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“single cell”，并用雙引號(hào)引起來。點(diǎn)擊“GO”按鈕，系統(tǒng)會(huì)將其作為一個(gè)不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進(jìn)行檢索。 如果不使用雙引號(hào)進(jìn)行強(qiáng)制檢索，系統(tǒng)就會(huì)將其分成2個(gè)詞：single和cell檢索，其檢索表達(dá)式為：si

17、ngle AND cell. 很明顯這樣的檢索結(jié)果是不符合要求的。,PubMed基本檢索,31,高級(jí)培訓(xùn),強(qiáng)制檢索,普通檢索,single cell,single cell,PubMed基本檢索,32,高級(jí)培訓(xùn),PubMed高級(jí)檢索,33,高級(jí)培訓(xùn),PubMed高級(jí)檢索,檢索詳情,檢索史,高級(jí)檢索界面 下可以看到明 細(xì)欄，預(yù)覽， 檢索史，限定 和組合檢索等,34,高級(jí)培訓(xùn),醫(yī)學(xué)主題詞表數(shù)據(jù)庫(MeSH Database) 利用主題詞進(jìn)行檢索 方法: 1、點(diǎn)擊主頁右下角的MeSH Database進(jìn)入主題詞檢索界面； 2、輸入檢索詞后，點(diǎn)擊go按鈕，系統(tǒng)將顯示與該詞有關(guān)主題詞； 3、點(diǎn)擊該主題詞

18、進(jìn)一步顯示該主題詞的定義、樹狀結(jié)構(gòu)、組配的副主題詞； 4、選擇合適的主題詞與副主題詞后，點(diǎn)擊send to按鈕，進(jìn)入檢索表達(dá)式瀏覽窗口； 5、點(diǎn)擊Search PubMed將顯示檢索結(jié)果。,PubMed主題詞檢索,35,高級(jí)培訓(xùn),主題詞數(shù)據(jù)庫 在PubMed首 頁導(dǎo)航欄的右 下角,主題詞數(shù)據(jù)庫,PubMed主題檢索,36,高級(jí)培訓(xùn),將檢索詞添加 到檢索表達(dá)式 瀏覽窗口,選擇副主題詞,PubMed主題檢索,37,高級(jí)培訓(xùn),主題詞檢索是 在有主題標(biāo)引 的Medline數(shù) 據(jù)庫中檢索,主題詞檢索結(jié)果,PubMed主題檢索,38,高級(jí)培訓(xùn),普通詞不是規(guī) 范化的主題詞 檢索結(jié)果相關(guān) 度低,普通詞檢索結(jié)果

19、,PubMed主題檢索,39,高級(jí)培訓(xùn),注意：MeSH檢索的不足,人工標(biāo)引費(fèi)時(shí)，最新論文還未標(biāo)MeSH詞（ In Process），用MeSH會(huì)漏檢。 Medline不收錄的文獻(xiàn)，Supplied by publisher的文獻(xiàn)，不標(biāo)MeSH詞。 新詞、一些很專指的概念沒有對(duì)應(yīng)的規(guī)范詞。 查上述類型的文獻(xiàn)需結(jié)合自由詞檢索,40,高級(jí)培訓(xùn),檢索舉例,試在PubMed中檢索有關(guān)“更昔洛韋用于防治器官移植后巨細(xì)胞病毒感染”的文獻(xiàn)。（查準(zhǔn)） 1. 課題分析： 更昔洛韋（ganciclovir）+器官移植（organ transplantation）+巨細(xì)胞病毒感染（cytomegalovirus in

20、fection） 2.初步檢索策略： ganciclovirMeSH AND organ transplantation mesh AND cytomegalovirus infectionsmesh,41,高級(jí)培訓(xùn),42,高級(jí)培訓(xùn),3. 使用副主題詞進(jìn)一步提高查準(zhǔn)率。 (ganciclovir/administration and dosageMeSH) OR(ganciclovir/therapeutic useMeSH) AND organ transplantationmesh AND (cytomegalovirus infections/drug therapymesh OR cy

21、tomegalovirus infections/prevention and controlmesh),43,高級(jí)培訓(xùn),4. 使用主要主題詞限定 (organ transplantationmajr) AND (cytomegalovirus infections/drug therapymajr OR cytomegalovirus infections/prevention and controlmajr) AND (ganciclovir/administration and dosagemajr OR ganciclovir/therapeutic usemajr),44,高級(jí)培訓(xùn),臨床查詢檢索,“Clinical queries”是專門為臨床醫(yī)生研究設(shè)計(jì)的內(nèi)置的臨床方法學(xué)“過濾器” （Clinical Methodology Fi